Table 3 Relative allele usage in expression of genes neighboring strain-specific ZFP57 peaks
| Â | Â | Genomic DNA | cDNA ES cells | cDNA NS cells | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene | Zfp57 peak | BC2 | BC8 | CB4 | CB9 | BC2 | BC8 | CB4 | CB9 | ANOVA | BC2 | BC8 | CB4 | CB9 | ANOVA |
B2_Nhlrc1 | 3′ intergna | 38 % | 35 % | 32 % | 38 % | 28 % | 21 % | 38 % | 39 % | NS | - | - | - | - | - |
B3_Talpid3 | Intron | 51 % | 52 % | 51 % | 50 % | 51 % | 51 % | 51 % | 51 % | NS | 54 % | 52 % | 52 % | 53 % | * |
B4_Cmtm4 | Intron | 49 % | 52 % | 49 % | 48 % | 54 % | 55 % | 52 % | 52 % | * | 47 % | 50 % | 47 % | 49 % | NS |
B7_Efhd2 | 3′ intergn | 52 % | 53 % | 59 % | 56 % | 37 % | 37 % | 40 % | 38 % | *** | 53 % | 55 % | 53 % | 57 % | NS |
B8_Arhgef10 | Intron | 42 % | 45 % | 41 % | 40 % | 31 % | 27 % | 26 % | 28 % | *** | 40 % | 39 % | 39 % | 40 % | NS |
B10_Fam89 | 3′ intergn | 52 % | 48 % | 47 % | 47 % | 84 % | 83 % | 80 % | 87 % | *** | 93 % | 92 % | 94 % | 88 % | *** |
B10_Trim67 | 5′ intergn | 45 % | 48 % | 45 % | 46 % | 64 % | 75 % | 84 % | 84 % | ** | 47 % | 53 % | 47 % | 58 % | NS |
B12_Nbas | Intron | 53 % | 44 % | 54 % | 54 % | 66 % | 48 % | 65 % | 66 % | NS | 53 % | 44 % | 54 % | 54 % | NS |
B13_Ankrd6 | Intron | 49 % | 49 % | 47 % | 51 % | 52 % | 51 % | 54 % | 55 % | NS | 41 % | 43 % | 37 % | 44 % | ** |
B15_Btbd11 | Intron | 58 % | 59 % | 59 % | 57 % | 56 % | 57 % | 57 % | 52 % | NS | 53 % | 54 % | 57 % | 57 % | NS |
B16_Ccdc11 | 5′ intergn | 51 % | 51 % | 52 % | 53 % | 62 % | 71 % | 62 % | 66 % | * | 62 % | 60 % | 62 % | 47 % | NS |
C1_Zfp553 | 3′ exon | 36 % | 35 % | 36 % | 34 % | 73 % | 78 % | 73 % | 75 % | *** | 39 % | 39 % | 39 % | 43 % | * |
C2_Sdk2 | Intron | - | - | - | - | 12 % | 11 % | 20 % | 20 % | ** | 59 % | 56 % | 50 % | 56 % | NS |
C3_Qrsl1 | Exon | 50 % | 46 % | 45 % | 48 % | 46 % | 49 % | 51 % | 49 % | NS | 47 % | 48 % | 50 % | 49 % | NS |
C4_Ube2w | Intron | 40 % | 37 % | 39 % | 38 % | 67 % | 66 % | 64 % | 63 % | *** | 66 % | 66 % | 64 % | 66 % | *** |
C5_Usp14 | Intron | 47 % | 45 % | 46 % | 47 % | 47 % | 45 % | 45 % | 46 % | NS | 43 % | 42 % | 43 % | 43 % | * |
C6_4933422H20Rik | Intron | 50 % | 48 % | 46 % | 49 % | 21 % | 28 % | 32 % | 36 % | ** | 8 % | 19 % | 8 % | 22 % | *** |
C7_Tmem86a | 3′ exon | 52 % | 49 % | 52 % | 52 % | 52 % | 41 % | 51 % | 59 % | NS | 46 % | 45 % | 48 % | 44 % | NS |
C8_Atrn | Intron | 41 % | 37 % | 37 % | 37 % | 45 % | 42 % | 43 % | 47 % | * | 36 % | 38 % | 40 % | 46 % | NS |