Table 2 Ranks of adjacent nucleotide proportions of candidate SNPs in D. Rerio
From: A major zebrafish polymorphism resource for genetic mapping
| Â | Observed proportion | Proportion bias | ||
|---|---|---|---|---|
SNP type | -1 | +1 | -1 | +1 |
All | T » A » C > G* | A » T » G > C | T > C > a ≈ g†| A > G > t ≈ c |
Transition | T » A » C > G | A » T » G > C | T > C > g > a | A ≈ G > c > t |
Transversion | T > A » C > G | A > T » G > C | T > A > c > g | A > T > g > c |
A/G | T » A » C » G | A » T » G > C | C > T » g > a | A > G > c > t |
C/T | T » A » C > G | A » T > G » C | T > C > g > a | G > A » c > t |
A/C | A » T » C » G | A » T » C » G | A > C » t ≈ g | A » C » g > t |
G/T | T » A » G » C | T » A » G » C | T » G » c > a | T > G » a > c |
A/T | T > A » C » G | A > T » G » C | T > A > c » g | A > T > g » c |
C/G | T > A » G » C | A > T » C » G | G > T > A » c | C > A > T » g |