The source of laterally transferred genes in bacterial genomes

Table 1 Relative frequencies of the codons coding isoleucine (I) and arginine (R) in the different classes of genes

		Helicobacter			Salmonella				Escherichia					Streptococcus
Amino acid	Codon	Natives	LTG	IS	Natives	LTG	IS	Phages	Natives	Recent LTG	Ancient LTG	IS	Phages	Natives	LTG	IS
I	ATA	0.12	0.26	0.27	0.08	0.23	0.29	0.12	0.06	0.32	0.25	0.23	0.14	0.08	0.25	0.12
	ATT	0.50	0.50	0.36	0.49	0.48	0.33	0.47	0.51	0.37	0.46	0.34	0.46	0.54	0.57	0.48
	ATC	0.38	0.24	0.37	0.43	0.29	0.38	0.41	0.43	0.31	0.29	0.43	0.40	0.38	0.18	0.39
R	AGA	0.26	0.45	0.58	0.03	0.14	0.16	0.07	0.03	0.18	0.15	0.08	0.09	0.14	0.36	0.25
	AGG	0.25	0.18	0.21	0.02	0.10	0.16	0.05	0.02	0.16	0.08	0.07	0.07	0.04	0.11	0.07
	CGA	0.07	0.07	0.04	0.06	0.11	0.19	0.08	0.06	0.10	0.11	0.12	0.08	0.11	0.11	0.20
	CGT	0.14	0.14	0.06	0.35	0.26	0.24	0.30	0.39	0.17	0.26	0.30	0.30	0.50	0.28	0.27
	CGC	0.25	0.14	0.06	0.43	0.23	0.13	0.36	0.41	0.23	0.25	0.26	0.26	0.17	0.10	0.16
	CGG	0.03	0.02	0.04	0.11	0.15	0.11	0.13	0.09	0.17	0.15	0.16	0.20	0.04	0.04	0.07

Underlined numbers refer to the frequency in laterally transferred genes (LTG). Bold numbers refer to codons that are overexpressed in LTG.

ISSN: 1474-760X