TY - JOUR AU - Schmidt, T. S. B. AU - Raes, J. AU - Bork, P. PY - 2018 DA - 2018// TI - The human gut microbiome: from association to modulation JO - Cell VL - 172 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.044 DO - 10.1016/j.cell.2018.02.044 ID - Schmidt2018 ER - TY - STD TI - Lynch SV, Pedersen O. The human intestinal microbiome in health and disease. N Engl J Med. Mass Medical Soc; 2016;375:2369–2379. ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Garrett, W. S. PY - 2019 DA - 2019// TI - The gut microbiota and colon cancer JO - Science VL - 364 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaw2367 DO - 10.1126/science.aaw2367 ID - Garrett2019 ER - TY - STD TI - Gevers D, Kugathasan S, Denson LA. The treatment-naive microbiome in new-onset Crohn’s disease. Cell Host Microbe. 2014;15:382–92 Elsevier. ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - Franzosa, E. A. AU - Sirota-Madi, A. AU - Avila-Pacheco, J. AU - Fornelos, N. AU - Haiser, H. J. AU - Reinker, S. PY - 2019 DA - 2019// TI - Gut microbiome structure and metabolic activity in inflammatory bowel disease JO - Nat Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-018-0306-4 DO - 10.1038/s41564-018-0306-4 ID - Franzosa2019 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. AU - Zhang, D. AU - Jia, H. AU - Feng, Q. AU - Wang, D. AU - Liang, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - The oral and gut microbiomes are perturbed in rheumatoid arthritis and partly normalized after treatment JO - Nat Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3914 DO - 10.1038/nm.3914 ID - Zhang2015 ER - TY - JOUR AU - Wen, C. AU - Zheng, Z. AU - Shao, T. AU - Liu, L. AU - Xie, Z. AU - Chatelier, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Quantitative metagenomics reveals unique gut microbiome biomarkers in ankylosing spondylitis JO - Genome Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-017-1271-6 DO - 10.1186/s13059-017-1271-6 ID - Wen2017 ER - TY - STD TI - Zeller G, Tap J, Voigt AY, Sunagawa S, Kultima JR, Costea PI, et al. Potential of fecal microbiota for early-stage detection of colorectal cancer. Mol Syst Biol. 2014;10:766. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432777/ John Wiley & Sons, Ltd. UR - https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432777/ ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Tilg, H. AU - Cani, P. D. AU - Mayer, E. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gut microbiome and liver diseases JO - Gut VL - 65 UR - https://doi.org/10.1136/gutjnl-2016-312729 DO - 10.1136/gutjnl-2016-312729 ID - Tilg2016 ER - TY - JOUR AU - Zitvogel, L. AU - Ma, Y. AU - Raoult, D. AU - Kroemer, G. AU - Gajewski, T. F. PY - 2018 DA - 2018// TI - The microbiome in cancer immunotherapy: diagnostic tools and therapeutic strategies JO - Science VL - 359 UR - https://doi.org/10.1126/science.aar6918 DO - 10.1126/science.aar6918 ID - Zitvogel2018 ER - TY - JOUR AU - Forslund, K. AU - Hildebrand, F. AU - Nielsen, T. AU - Falony, G. AU - Chatelier, E. AU - Sunagawa, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota JO - Nature. VL - 528 UR - https://doi.org/10.1038/nature15766 DO - 10.1038/nature15766 ID - Forslund2015 ER - TY - JOUR AU - Voigt, A. Y. AU - Costea, P. I. AU - Kultima, J. R. AU - Li, S. S. AU - Zeller, G. AU - Sunagawa, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Temporal and technical variability of human gut metagenomes JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0639-8 DO - 10.1186/s13059-015-0639-8 ID - Voigt2015 ER - TY - JOUR AU - McLaren, M. R. AU - Willis, A. D. AU - Callahan, B. J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Consistent and correctable bias in metagenomic sequencing experiments JO - Elife. VL - 8 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.46923 DO - 10.7554/eLife.46923 ID - McLaren2019 ER - TY - JOUR AU - Segata, N. AU - Izard, J. AU - Waldron, L. AU - Gevers, D. AU - Miropolsky, L. AU - Garrett, W. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metagenomic biomarker discovery and explanation JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-6-r60 DO - 10.1186/gb-2011-12-6-r60 ID - Segata2011 ER - TY - JOUR AU - Paulson, J. N. AU - Stine, O. C. AU - Bravo, H. C. AU - Pop, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Differential abundance analysis for microbial marker-gene surveys JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2658 DO - 10.1038/nmeth.2658 ID - Paulson2013 ER - TY - JOUR AU - Mandal, S. AU - Treuren, W. AU - White, R. A. AU - Eggesbø, M. AU - Knight, R. AU - Peddada, S. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition JO - Microb Ecol Health Dis VL - 26 ID - Mandal2015 ER - TY - JOUR AU - Knights, D. AU - Parfrey, L. W. AU - Zaneveld, J. AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human-associated microbial signatures: examining their predictive value JO - Cell Host Microbe VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2011.09.003 DO - 10.1016/j.chom.2011.09.003 ID - Knights2011 ER - TY - JOUR AU - Knights, D. AU - Costello, E. K. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Supervised classification of human microbiota JO - FEMS Microbiol Rev VL - 35 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2010.00251.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2010.00251.x ID - Knights2011 ER - TY - JOUR AU - Pasolli, E. AU - Truong, D. T. AU - Malik, F. AU - Waldron, L. AU - Segata, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Machine learning meta-analysis of large metagenomic datasets: tools and biological insights JO - PLoS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004977 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004977 ID - Pasolli2016 ER - TY - JOUR AU - Duvallet, C. AU - Gibbons, S. M. AU - Gurry, T. AU - Irizarry, R. A. AU - Alm, E. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Meta-analysis of gut microbiome studies identifies disease-specific and shared responses JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-01973-8 DO - 10.1038/s41467-017-01973-8 ID - Duvallet2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Kurilshikov, A. AU - Radjabzadeh, D. AU - Turpin, W. AU - Croitoru, K. AU - Bonder, M. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Meta-analysis of human genome-microbiome association studies: the MiBioGen consortium initiative JO - Microbiome VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-018-0479-3 DO - 10.1186/s40168-018-0479-3 ID - Wang2018 ER - TY - JOUR AU - Bang, S. AU - Yoo, D. AU - Kim, S. -. J. AU - Jhang, S. AU - Cho, S. AU - Kim, H. PY - 2019 DA - 2019// TI - Establishment and evaluation of prediction model for multiple disease classification based on gut microbial data JO - Sci Rep VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/s41598-019-46249-x DO - 10.1038/s41598-019-46249-x ID - Bang2019 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. -. H. AU - Gallins, P. PY - 2019 DA - 2019// TI - A review and tutorial of machine learning methods for microbiome host trait prediction JO - Front Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00579 DO - 10.3389/fgene.2019.00579 ID - Zhou2019 ER - TY - JOUR AU - Goallec, A. AU - Tierney, B. T. AU - Luber, J. M. AU - Cofer, E. M. AU - Kostic, A. D. AU - Patel, C. J. PY - 2020 DA - 2020// TI - A systematic machine learning and data type comparison yields metagenomic predictors of infant age, sex, breastfeeding, antibiotic usage, country of origin, and delivery type JO - PLoS Comput Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007895 DO - 10.1371/journal.pcbi.1007895 ID - Goallec2020 ER - TY - JOUR AU - Scher, J. U. AU - Sczesnak, A. AU - Longman, R. S. AU - Segata, N. AU - Ubeda, C. AU - Bielski, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Expansion of intestinal Prevotella copri correlates with enhanced susceptibility to arthritis JO - Elife. VL - 2 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.01202 DO - 10.7554/eLife.01202 ID - Scher2013 ER - TY - JOUR AU - Alkanani, A. K. AU - Hara, N. AU - Gottlieb, P. A. AU - Ir, D. AU - Robertson, C. E. AU - Wagner, B. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Alterations in intestinal microbiota correlate with susceptibility to type 1 diabetes JO - Diabetes VL - 64 UR - https://doi.org/10.2337/db14-1847 DO - 10.2337/db14-1847 ID - Alkanani2015 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, H. B. AU - Almeida, M. AU - Juncker, A. S. AU - Rasmussen, S. AU - Li, J. AU - Sunagawa, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2939 DO - 10.1038/nbt.2939 ID - Nielsen2014 ER - TY - JOUR AU - Lewis, J. D. AU - Chen, E. Z. AU - Baldassano, R. N. AU - Otley, A. R. AU - Griffiths, A. M. AU - Lee, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Inflammation, antibiotics, and diet as environmental stressors of the gut microbiome in pediatric Crohn’s disease JO - Cell Host Microbe VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.09.008 DO - 10.1016/j.chom.2015.09.008 ID - Lewis2015 ER - TY - JOUR AU - He, Q. AU - Gao, Y. AU - Jie, Z. AU - Yu, X. AU - Laursen, J. M. AU - Xiao, L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Two distinct metacommunities characterize the gut microbiota in Crohn’s disease patients JO - Gigascience VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/gigascience/gix050 DO - 10.1093/gigascience/gix050 ID - He2017 ER - TY - JOUR AU - Lloyd-Price, J. AU - Arze, C. AU - Ananthakrishnan, A. N. AU - Schirmer, M. AU - Avila-Pacheco, J. AU - Poon, T. W. PY - 2019 DA - 2019// TI - Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases JO - Nature. VL - 569 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-019-1237-9 DO - 10.1038/s41586-019-1237-9 ID - Lloyd-Price2019 ER - TY - JOUR AU - Willing, B. P. AU - Dicksved, J. AU - Halfvarson, J. AU - Andersson, A. F. AU - Lucio, M. AU - Zheng, Z. PY - 2010 DA - 2010// TI - A pyrosequencing study in twins shows that gastrointestinal microbial profiles vary with inflammatory bowel disease phenotypes JO - Gastroenterology VL - 139 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2010.08.049 DO - 10.1053/j.gastro.2010.08.049 ID - Willing2010 ER - TY - JOUR AU - Morgan, X. C. AU - Tickle, T. L. AU - Sokol, H. AU - Gevers, D. AU - Devaney, K. L. AU - Ward, D. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dysfunction of the intestinal microbiome in inflammatory bowel disease and treatment JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-9-r79 DO - 10.1186/gb-2012-13-9-r79 ID - Morgan2012 ER - TY - JOUR AU - Papa, E. AU - Docktor, M. AU - Smillie, C. AU - Weber, S. AU - Preheim, S. P. AU - Gevers, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Non-invasive mapping of the gastrointestinal microbiota identifies children with inflammatory bowel disease JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039242 DO - 10.1371/journal.pone.0039242 ID - Papa2012 ER - TY - JOUR AU - Feng, Q. AU - Liang, S. AU - Jia, H. AU - Stadlmayr, A. AU - Tang, L. AU - Lan, Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - Gut microbiome development along the colorectal adenoma–carcinoma sequence JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms7528 DO - 10.1038/ncomms7528 ID - Feng2015 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Feng, Q. AU - Wong, S. H. AU - Zhang, D. AU - Liang, Q. Y. AU - Qin, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Metagenomic analysis of faecal microbiome as a tool towards targeted non-invasive biomarkers for colorectal cancer JO - Gut VL - 66 UR - https://doi.org/10.1136/gutjnl-2015-309800 DO - 10.1136/gutjnl-2015-309800 ID - Yu2017 ER - TY - JOUR AU - Vogtmann, E. AU - Hua, X. AU - Zeller, G. AU - Sunagawa, S. AU - Voigt, A. Y. AU - Hercog, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Colorectal cancer and the human gut microbiome: reproducibility with whole-genome sequencing JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155362 DO - 10.1371/journal.pone.0155362 ID - Vogtmann2016 ER - TY - JOUR AU - Wirbel, J. AU - Pyl, P. T. AU - Kartal, E. AU - Zych, K. AU - Kashani, A. AU - Milanese, A. PY - 2019 DA - 2019// TI - Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer JO - Nat Med VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/s41591-019-0406-6 DO - 10.1038/s41591-019-0406-6 ID - Wirbel2019 ER - TY - JOUR AU - Thomas, A. M. AU - Manghi, P. AU - Asnicar, F. AU - Pasolli, E. AU - Armanini, F. AU - Zolfo, M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation JO - Nat Med VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/s41591-019-0405-7 DO - 10.1038/s41591-019-0405-7 ID - Thomas2019 ER - TY - JOUR AU - Yachida, S. AU - Mizutani, S. AU - Shiroma, H. AU - Shiba, S. AU - Nakajima, T. AU - Sakamoto, T. PY - 2019 DA - 2019// TI - Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer JO - Nat Med VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/s41591-019-0458-7 DO - 10.1038/s41591-019-0458-7 ID - Yachida2019 ER - TY - JOUR AU - Wang, T. AU - Cai, G. AU - Qiu, Y. AU - Fei, N. AU - Zhang, M. AU - Pang, X. PY - 2012 DA - 2012// TI - Structural segregation of gut microbiota between colorectal cancer patients and healthy volunteers JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.109 DO - 10.1038/ismej.2011.109 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. AU - Liu, F. AU - Ling, Z. AU - Tong, X. AU - Xiang, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human intestinal lumen and mucosa-associated microbiota in patients with colorectal cancer JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039743 DO - 10.1371/journal.pone.0039743 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Baxter, N. T. AU - Ruffin, M. T. AU - Rogers, M. A. M. AU - Schloss, P. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbiota-based model improves the sensitivity of fecal immunochemical test for detecting colonic lesions JO - Genome Med VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-016-0290-3 DO - 10.1186/s13073-016-0290-3 ID - Baxter2016 ER - TY - JOUR AU - Jie, Z. AU - Xia, H. AU - Zhong, S. -. L. AU - Feng, Q. AU - Li, S. AU - Liang, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - The gut microbiome in atherosclerotic cardiovascular disease JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-00900-1 DO - 10.1038/s41467-017-00900-1 ID - Jie2017 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Zhao, F. AU - Wang, Y. AU - Chen, J. AU - Tao, J. AU - Tian, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Gut microbiota dysbiosis contributes to the development of hypertension JO - Microbiome. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-016-0222-x DO - 10.1186/s40168-016-0222-x ID - Li2017 ER - TY - JOUR AU - Schubert, A. M. AU - Rogers, M. A. M. AU - Ring, C. AU - Mogle, J. AU - Petrosino, J. P. AU - Young, V. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Microbiome data distinguish patients with Clostridium difficile infection and non-C. difficile-associated diarrhea from healthy controls JO - MBio VL - 5 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.01021-14 DO - 10.1128/mBio.01021-14 ID - Schubert2014 ER - TY - JOUR AU - Vincent, C. AU - Stephens, D. A. AU - Loo, V. G. AU - Edens, T. J. AU - Behr, M. A. AU - Dewar, K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Reductions in intestinal Clostridiales precede the development of nosocomial Clostridium difficile infection JO - Microbiome. VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-1-18 DO - 10.1186/2049-2618-1-18 ID - Vincent2013 ER - TY - JOUR AU - Singh, P. AU - Teal, T. K. AU - Marsh, T. L. AU - Tiedje, J. M. AU - Mosci, R. AU - Jernigan, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Intestinal microbial communities associated with acute enteric infections and disease recovery JO - Microbiome. VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0109-2 DO - 10.1186/s40168-015-0109-2 ID - Singh2015 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. A. AU - Li, M. AU - Campbell, T. B. AU - Flores, S. C. AU - Linderman, D. AU - Gebert, M. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Alterations in the gut microbiota associated with HIV-1 infection JO - Cell Host Microbe VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.08.006 DO - 10.1016/j.chom.2013.08.006 ID - Lozupone2013 ER - TY - JOUR AU - Dinh, D. M. AU - Volpe, G. E. AU - Duffalo, C. AU - Bhalchandra, S. AU - Tai, A. K. AU - Kane, A. V. PY - 2015 DA - 2015// TI - Intestinal microbiota, microbial translocation, and systemic inflammation in chronic HIV infection JO - J Infect Dis VL - 211 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jiu409 DO - 10.1093/infdis/jiu409 ID - Dinh2015 ER - TY - JOUR AU - Noguera-Julian, M. AU - Rocafort, M. AU - Guillén, Y. AU - Rivera, J. AU - Casadellà, M. AU - Nowak, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gut microbiota linked to sexual preference and HIV infection JO - EBioMedicine. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2016.01.032 DO - 10.1016/j.ebiom.2016.01.032 ID - Noguera-Julian2016 ER - TY - JOUR AU - Qin, N. AU - Yang, F. AU - Li, A. AU - Prifti, E. AU - Chen, Y. AU - Shao, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis JO - Nature. VL - 513 UR - https://doi.org/10.1038/nature13568 DO - 10.1038/nature13568 ID - Qin2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Zhai, H. AU - Geng, J. AU - Yu, R. AU - Ren, H. AU - Fan, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Large-scale survey of gut microbiota associated with MHE via 16S rRNA-based pyrosequencing JO - Am J Gastroenterol VL - 108 UR - https://doi.org/10.1038/ajg.2013.221 DO - 10.1038/ajg.2013.221 ID - Zhang2013 ER - TY - JOUR AU - Loomba, R. AU - Seguritan, V. AU - Li, W. AU - Long, T. AU - Klitgord, N. AU - Bhatt, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Gut microbiome-based metagenomic signature for non-invasive detection of advanced fibrosis in human nonalcoholic fatty liver disease JO - Cell Metab VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2017.04.001 DO - 10.1016/j.cmet.2017.04.001 ID - Loomba2017 ER - TY - JOUR AU - Hoyles, L. AU - Fernández-Real, J. -. M. AU - Federici, M. AU - Serino, M. AU - Abbott, J. AU - Charpentier, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Molecular phenomics and metagenomics of hepatic steatosis in non-diabetic obese women JO - Nat Med VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/s41591-018-0061-3 DO - 10.1038/s41591-018-0061-3 ID - Hoyles2018 ER - TY - JOUR AU - Wong, V. W. -. S. AU - Tse, C. -. H. AU - Lam, T. T. -. Y. AU - Wong, G. L. -. H. AU - Chim, A. M. -. L. AU - Chu, W. C. -. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular characterization of the fecal microbiota in patients with nonalcoholic steatohepatitis--a longitudinal study JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0062885 DO - 10.1371/journal.pone.0062885 ID - Wong2013 ER - TY - JOUR AU - Zhu, L. AU - Baker, S. S. AU - Gill, C. AU - Liu, W. AU - Alkhouri, R. AU - Baker, R. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterization of gut microbiomes in nonalcoholic steatohepatitis (NASH) patients: a connection between endogenous alcohol and NASH JO - Hepatology. VL - 57 UR - https://doi.org/10.1002/hep.26093 DO - 10.1002/hep.26093 ID - Zhu2013 ER - TY - JOUR AU - Bedarf, J. R. AU - Hildebrand, F. AU - Coelho, L. P. AU - Sunagawa, S. AU - Bahram, M. AU - Goeser, F. PY - 2017 DA - 2017// TI - Functional implications of microbial and viral gut metagenome changes in early stage L-DOPA-naïve Parkinson’s disease patients JO - Genome Med VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-017-0428-y DO - 10.1186/s13073-017-0428-y ID - Bedarf2017 ER - TY - JOUR AU - Scheperjans, F. AU - Aho, V. AU - Pereira, P. A. B. AU - Koskinen, K. AU - Paulin, L. AU - Pekkonen, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Gut microbiota are related to Parkinson’s disease and clinical phenotype JO - Mov Disord VL - 30 UR - https://doi.org/10.1002/mds.26069 DO - 10.1002/mds.26069 ID - Scheperjans2015 ER - TY - JOUR AU - Kang, D. -. W. AU - Park, J. G. AU - Ilhan, Z. E. AU - Wallstrom, G. AU - Labaer, J. AU - Adams, J. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Reduced incidence of Prevotella and other fermenters in intestinal microflora of autistic children JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0068322 DO - 10.1371/journal.pone.0068322 ID - Kang2013 ER - TY - JOUR AU - Son, J. S. AU - Zheng, L. J. AU - Rowehl, L. M. AU - Tian, X. AU - Zhang, Y. AU - Zhu, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Comparison of fecal microbiota in children with autism spectrum disorders and neurotypical siblings in the Simons Simplex Collection JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0137725 DO - 10.1371/journal.pone.0137725 ID - Son2015 ER - TY - JOUR AU - Chatelier, E. AU - Nielsen, T. AU - Qin, J. AU - Prifti, E. AU - Hildebrand, F. AU - Falony, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12506 DO - 10.1038/nature12506 ID - Chatelier2013 ER - TY - JOUR AU - Goodrich, J. K. AU - Waters, J. L. AU - Poole, A. C. AU - Sutter, J. L. AU - Koren, O. AU - Blekhman, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Human genetics shape the gut microbiome JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.053 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.053 ID - Goodrich2014 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Hamady, M. AU - Yatsunenko, T. AU - Cantarel, B. L. AU - Duncan, A. AU - Ley, R. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - A core gut microbiome in obese and lean twins JO - Nature. VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07540 DO - 10.1038/nature07540 ID - Turnbaugh2009 ER - TY - JOUR AU - Zupancic, M. L. AU - Cantarel, B. L. AU - Liu, Z. AU - Drabek, E. F. AU - Ryan, K. A. AU - Cirimotich, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Analysis of the gut microbiota in the old order Amish and its relation to the metabolic syndrome JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0043052 DO - 10.1371/journal.pone.0043052 ID - Zupancic2012 ER - TY - JOUR AU - Ross, M. C. AU - Muzny, D. M. AU - McCormick, J. B. AU - Gibbs, R. A. AU - Fisher-Hoch, S. P. AU - Petrosino, J. F. PY - 2015 DA - 2015// TI - 16S gut community of the Cameron County Hispanic Cohort JO - Microbiome. VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0072-y DO - 10.1186/s40168-015-0072-y ID - Ross2015 ER - TY - JOUR AU - Kushugulova, A. AU - Forslund, S. K. AU - Costea, P. I. AU - Kozhakhmetov, S. AU - Khassenbekova, Z. AU - Urazova, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Metagenomic analysis of gut microbial communities from a Central Asian population JO - BMJ Open VL - 8 UR - https://doi.org/10.1136/bmjopen-2018-021682 DO - 10.1136/bmjopen-2018-021682 ID - Kushugulova2018 ER - TY - JOUR AU - Karlsson, F. H. AU - Tremaroli, V. AU - Nookaew, I. AU - Bergström, G. AU - Behre, C. J. AU - Fagerberg, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Gut metagenome in European women with normal, impaired and diabetic glucose control JO - Nature VL - 498 UR - https://doi.org/10.1038/nature12198 DO - 10.1038/nature12198 ID - Karlsson2013 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, Y. AU - Cai, Z. AU - Li, S. AU - Zhu, J. AU - Zhang, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes JO - Nature VL - 490 UR - https://doi.org/10.1038/nature11450 DO - 10.1038/nature11450 ID - Qin2012 ER - TY - JOUR AU - McMurdie, P. J. AU - Holmes, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061217 DO - 10.1371/journal.pone.0061217 ID - McMurdie2013 ER - TY - JOUR AU - Bischl, B. AU - Lang, M. AU - Kotthoff, L. AU - Schiffner, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - mlr: machine learning in R JO - J Mach VL - 17 ID - Bischl2016 ER - TY - JOUR AU - Frank, D. N. AU - St Amand, A. L. AU - Feldman, R. A. AU - Boedeker, E. C. AU - Harpaz, N. AU - Pace, N. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular-phylogenetic characterization of microbial community imbalances in human inflammatory bowel diseases JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0706625104 DO - 10.1073/pnas.0706625104 ID - Frank2007 ER - TY - JOUR AU - Pasolli, E. AU - Schiffer, L. AU - Manghi, P. AU - Renson, A. AU - Obenchain, V. AU - Truong, D. T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Accessible, curated metagenomic data through ExperimentHub JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4468 DO - 10.1038/nmeth.4468 ID - Pasolli2017 ER - TY - JOUR AU - Hawinkel, S. AU - Mattiello, F. AU - Bijnens, L. AU - Thas, O. PY - 2019 DA - 2019// TI - A broken promise: microbiome differential abundance methods do not control the false discovery rate JO - Brief Bioinform VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbx104 DO - 10.1093/bib/bbx104 ID - Hawinkel2019 ER - TY - JOUR AU - Tibshirani, R. PY - 1996 DA - 1996// TI - Regression shrinkage and selection via the Lasso JO - J R Stat Soc Series B Stat Methodol VL - 58 ID - Tibshirani1996 ER - TY - STD TI - Zou H, Hastie T. Regularization and variable selection via the elastic net. J R Stat Soc Series B Stat Methodol. 2005;67(2):301–20 Wiley Online Library. ID - ref75 ER - TY - BOOK AU - Ho, T. K. PY - 1995 DA - 1995// TI - Random decision forests. Proceedings of 3rd International Conference on Document Analysis and Recognition ID - Ho1995 ER - TY - JOUR AU - Deloris Alexander, A. AU - Orcutt, R. P. AU - Henry, J. C. AU - Baker, J. AU - Bissahoyo, A. C. AU - Threadgill, D. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Quantitative PCR assays for mouse enteric flora reveal strain-dependent differences in composition that are influenced by the microenvironment JO - Mamm Genome VL - 17 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-006-0063-1 DO - 10.1007/s00335-006-0063-1 ID - Deloris Alexander2006 ER - TY - JOUR AU - Imhann, F. AU - Bonder, M. J. AU - Vich Vila, A. AU - Fu, J. AU - Mujagic, Z. AU - Vork, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Proton pump inhibitors affect the gut microbiome JO - Gut VL - 65 UR - https://doi.org/10.1136/gutjnl-2015-310376 DO - 10.1136/gutjnl-2015-310376 ID - Imhann2016 ER - TY - JOUR AU - Jackson, M. A. AU - Goodrich, J. K. AU - Maxan, M. -. E. AU - Freedberg, D. E. AU - Abrams, J. A. AU - Poole, A. C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Proton pump inhibitors alter the composition of the gut microbiota JO - Gut VL - 65 UR - https://doi.org/10.1136/gutjnl-2015-310861 DO - 10.1136/gutjnl-2015-310861 ID - Jackson2016 ER - TY - STD TI - Hastie T, Tibshirani R, Friedman J. The elements of statistical learning: data mining, inference, and prediction. New York: Springer; 2009 ID - ref80 ER - TY - JOUR AU - Smialowski, P. AU - Frishman, D. AU - Kramer, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Pitfalls of supervised feature selection JO - Bioinformatics. VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp621 DO - 10.1093/bioinformatics/btp621 ID - Smialowski2010 ER - TY - JOUR AU - Roberts, D. R. AU - Bahn, V. AU - Ciuti, S. AU - Boyce, M. S. AU - Elith, J. AU - Guillera-Arroita, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Cross-validation strategies for data with temporal, spatial, hierarchical, or phylogenetic structure JO - Ecography VL - 40 UR - https://doi.org/10.1111/ecog.02881 DO - 10.1111/ecog.02881 ID - Roberts2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol Am Soc Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07 DO - 10.1128/AEM.00062-07 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Truong, D. T. AU - Franzosa, E. A. AU - Tickle, T. L. AU - Scholz, M. AU - Weingart, G. AU - Pasolli, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3589 DO - 10.1038/nmeth.3589 ID - Truong2015 ER - TY - JOUR AU - Milanese, A. AU - Mende, D. R. AU - Paoli, L. AU - Salazar, G. AU - Ruscheweyh, H. -. J. AU - Cuenca, M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2 JO - Nat Commun VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-019-08844-4 DO - 10.1038/s41467-019-08844-4 ID - Milanese2019 ER - TY - JOUR AU - Franzosa, E. A. AU - McIver, L. J. AU - Rahnavard, G. AU - Thompson, L. R. AU - Schirmer, M. AU - Weingart, G. PY - 2018 DA - 2018// TI - Species-level functional profiling of metagenomes and metatranscriptomes JO - Nat Methods VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/s41592-018-0176-y DO - 10.1038/s41592-018-0176-y ID - Franzosa2018 ER - TY - JOUR AU - Huerta-Cepas, J. AU - Szklarczyk, D. AU - Forslund, K. AU - Cook, H. AU - Heller, D. AU - Walter, M. C. PY - 2016 DA - 2016// TI - eggNOG 4.5: a hierarchical orthology framework with improved functional annotations for eukaryotic, prokaryotic and viral sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1248 DO - 10.1093/nar/gkv1248 ID - Huerta-Cepas2016 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. A. AU - Stombaugh, J. AU - Gonzalez, A. AU - Ackermann, G. AU - Wendel, D. AU - Vázquez-Baeza, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Meta-analyses of studies of the human microbiota JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.151803.112 DO - 10.1101/gr.151803.112 ID - Lozupone2013 ER - TY - JOUR AU - Sinha, R. AU - Abu-Ali, G. AU - Vogtmann, E. AU - Fodor, A. A. AU - Ren, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Assessment of variation in microbial community amplicon sequencing by the Microbiome Quality Control (MBQC) project consortium JO - Nat Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3981 DO - 10.1038/nbt.3981 ID - Sinha2017 ER - TY - JOUR AU - Costea, P. I. AU - Zeller, G. AU - Sunagawa, S. AU - Pelletier, E. AU - Alberti, A. AU - Levenez, F. PY - 2017 DA - 2017// TI - Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies JO - Nat Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3960 DO - 10.1038/nbt.3960 ID - Costea2017 ER - TY - JOUR AU - Thompson, S. G. PY - 1994 DA - 1994// TI - Why sources of heterogeneity in meta-analysis should be investigated JO - BMJ VL - 309 UR - https://doi.org/10.1136/bmj.309.6965.1351 DO - 10.1136/bmj.309.6965.1351 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Olesen, S. W. AU - Alm, E. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dysbiosis is not an answer JO - Nat Microbiol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.228 DO - 10.1038/nmicrobiol.2016.228 ID - Olesen2016 ER - TY - JOUR AU - Zeevi, D. AU - Korem, T. AU - Zmora, N. AU - Israeli, D. AU - Rothschild, D. AU - Weinberger, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Personalized nutrition by prediction of glycemic responses JO - Cell. VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.11.001 DO - 10.1016/j.cell.2015.11.001 ID - Zeevi2015 ER - TY - JOUR AU - Schirmer, M. AU - Smeekens, S. P. AU - Vlamakis, H. AU - Jaeger, M. AU - Oosting, M. AU - Franzosa, E. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Linking the human gut microbiome to inflammatory cytokine production capacity JO - Cell VL - 167 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.11.046 DO - 10.1016/j.cell.2016.11.046 ID - Schirmer2016 ER - TY - JOUR AU - Xie, H. AU - Guo, R. AU - Zhong, H. AU - Feng, Q. AU - Lan, Z. AU - Qin, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Shotgun metagenomics of 250 adult twins reveals genetic and environmental impacts on the gut microbiome JO - Cell Syst VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2016.10.004 DO - 10.1016/j.cels.2016.10.004 ID - Xie2016 ER - TY - JOUR AU - Bernstein, C. N. AU - Blanchard, J. F. AU - Kliewer, E. AU - Wajda, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Cancer risk in patients with inflammatory bowel disease: a population-based study JO - Cancer VL - 91 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-Z DO - 3.0.CO;2-Z ID - Bernstein2001 ER - TY - JOUR AU - Manichanh, C. AU - Rigottier-Gois, L. AU - Bonnaud, E. AU - Gloux, K. AU - Pelletier, E. AU - Frangeul, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reduced diversity of faecal microbiota in Crohn’s disease revealed by a metagenomic approach JO - Gut VL - 55 UR - https://doi.org/10.1136/gut.2005.073817 DO - 10.1136/gut.2005.073817 ID - Manichanh2006 ER - TY - JOUR AU - Callahan, B. J. AU - McMurdie, P. J. AU - Rosen, M. J. AU - Han, A. W. AU - Johnson, A. J. A. AU - Holmes, S. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3869 DO - 10.1038/nmeth.3869 ID - Callahan2016 ER - TY - JOUR AU - Cani, P. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Gut microbiota - at the intersection of everything? JO - Nat Rev Gastroenterol Hepatol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrgastro.2017.54 DO - 10.1038/nrgastro.2017.54 ID - Cani2017 ER - TY - JOUR AU - Yilmaz, P. AU - Kottmann, R. AU - Field, D. AU - Knight, R. AU - Cole, J. R. AU - Amaral-Zettler, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1823 DO - 10.1038/nbt.1823 ID - Yilmaz2011 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Zhao, L. AU - Zhao, R. AU - Long, X. AU - Coker, O. O. AU - Sung, J. J. Y. PY - 2019 DA - 2019// TI - The role of Parvimonas micra in intestinal tumorigenesis in germ-free and conventional APCmin/+ mice JO - J Clin Orthod VL - 37 ID - Yu2019 ER - TY - JOUR AU - Horvath, A. AU - Rainer, F. AU - Bashir, M. AU - Leber, B. AU - Schmerboeck, B. AU - Klymiuk, I. PY - 2019 DA - 2019// TI - Biomarkers for oralization during long-term proton pump inhibitor therapy predict survival in cirrhosis JO - Sci Rep VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/s41598-019-48352-5 DO - 10.1038/s41598-019-48352-5 ID - Horvath2019 ER - TY - JOUR AU - Rubinstein, M. R. AU - Wang, X. AU - Liu, W. AU - Hao, Y. AU - Cai, G. AU - Han, Y. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Fusobacterium nucleatum promotes colorectal carcinogenesis by modulating E-cadherin/β-catenin signaling via its FadA adhesin JO - Cell Host Microbe VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.07.012 DO - 10.1016/j.chom.2013.07.012 ID - Rubinstein2013 ER - TY - JOUR AU - Ohkusa, T. AU - Okayasu, I. AU - Ogihara, T. AU - Morita, K. AU - Ogawa, M. AU - Sato, N. PY - 2003 DA - 2003// TI - Induction of experimental ulcerative colitis by Fusobacterium varium isolated from colonic mucosa of patients with ulcerative colitis JO - Gut VL - 52 UR - https://doi.org/10.1136/gut.52.1.79 DO - 10.1136/gut.52.1.79 ID - Ohkusa2003 ER - TY - JOUR AU - Salazar, G. AU - Paoli, L. AU - Alberti, A. AU - Huerta-Cepas, J. AU - Ruscheweyh, H. -. J. AU - Cuenca, M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Gene expression changes and community turnover differentially shape the global ocean metatranscriptome JO - Cell VL - 179 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.10.014 DO - 10.1016/j.cell.2019.10.014 ID - Salazar2019 ER - TY - JOUR AU - Coelho, L. P. AU - Alves, R. AU - Monteiro, P. AU - Huerta-Cepas, J. AU - Freitas, A. T. AU - Bork, P. PY - 2019 DA - 2019// TI - NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language JO - Microbiome VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-019-0684-8 DO - 10.1186/s40168-019-0684-8 ID - Coelho2019 ER - TY - JOUR AU - Kultima, J. R. AU - Coelho, L. P. AU - Forslund, K. AU - Huerta-Cepas, J. AU - Li, S. S. AU - Driessen, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - MOCAT2: a metagenomic assembly, annotation and profiling framework JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw183 DO - 10.1093/bioinformatics/btw183 ID - Kultima2016 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Jia, H. AU - Cai, X. AU - Zhong, H. AU - Feng, Q. AU - Sunagawa, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2942 DO - 10.1038/nbt.2942 ID - Li2014 ER - TY - STD TI - Fox J, Weisberg S. An R companion to applied regression. Thousand Oaks: SAGE Publications; 2018. ID - ref109 ER - TY - STD TI - Wirbel J, Zych K, Essex M, Karcher N, Kartal E, Salazar G, et al. Data for “Microbiome meta-analysis and cross-disease comparison enabled by the SIAMCAT machine learning toolbox”. Zenodo. Available from: https://doi.org/10.5281/zenodo.4454489 (2021). ID - ref110 ER - TY - STD TI - Wirbel J, Zych K, Essex M, Karcher N, Kartal E, Salazar G, et al. Analysis code for the SIAMCAT manuscript. GitHub. Available from: https://github.com/zellerlab/siamcat_paper (2021). UR - https://github.com/zellerlab/siamcat_paper ID - ref111 ER - TY - STD TI - Wirbel J, Zych K, Essex M, Karcher N, Zeller G. SIAMCAT source code. GitHub. Available from: https://github.com/zellerlab/siamcat (2021). UR - https://github.com/zellerlab/siamcat ID - ref112 ER - TY - STD TI - Wirbel J, Zych K, Essex M, Karcher N, Kartal E, Salazar G, et al. Code for “Microbiome meta-analysis and cross-disease comparison enabled by the SIAMCAT machine learning toolbox”. Zenodo. Available from: https://doi.org/10.5281/zenodo.4457522 (2021). ID - ref113 ER -