TY - CHAP AU - Fell, D. A. ED - Bar-Yam, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Systems properties of metabolic networks BT - Unifying Themes In Complex Systems PB - CRC Press CY - Boca Raton, Florida ID - Fell2003 ER - TY - JOUR AU - Steuer, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Computational approaches to the topology, stability and dynamics of metabolic networks JO - Phytochemistry VL - 68 UR - https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2007.04.041 DO - 10.1016/j.phytochem.2007.04.041 ID - Steuer2007 ER - TY - JOUR AU - Lewis, N. E. AU - Hixson, K. K. AU - Conrad, T. M. AU - Lerman, J. A. AU - Charusanti, P. AU - Polpitiya, A. D. AU - Adkins, J. N. AU - Schramm, G. AU - Purvine, S. O. AU - Lopez-Ferrer, D. AU - Weitz, K. K. AU - Eils, R. AU - König, R. AU - Smith, R. D. AU - Palsson, B. O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Omic data from evolved E. coli are consistent with computed optimal growth from genome-scale models JO - Mol Syst Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2010.47 DO - 10.1038/msb.2010.47 ID - Lewis2010 ER - TY - JOUR AU - de Jong, H. AU - Casagranda, S. AU - Giordano, N. AU - Cinquemani, E. AU - Ropers, D. AU - Geiselmann, J. AU - Gouzé, J. -. L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Mathematical modeling of microbes: Metabolism, gene expression, and growth JO - J R Soc Interface VL - 14 UR - https://doi.org/10.1098/rsif.2017.0502 DO - 10.1098/rsif.2017.0502 ID - de Jong2017 ER - TY - JOUR AU - Harcombe, W. R. AU - Delaney, N. F. AU - Leiby, N. AU - Klitgord, N. AU - Marx, C. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - The ability of flux balance analysis to predict evolution of central metabolism scales with the initial distance to the optimum JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003091 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003091 ID - Harcombe2013 ER - TY - JOUR AU - Schuetz, R. AU - Kuepfer, L. AU - Sauer, U. PY - 2007 DA - 2007// TI - Systematic evaluation of objective functions for predicting intracellular fluxes in Escherichia coli JO - Mol Syst Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100162 DO - 10.1038/msb4100162 ID - Schuetz2007 ER - TY - JOUR AU - Lularevic, M. AU - Racher, A. J. AU - Jaques, C. AU - Kiparissides, A. PY - 2019 DA - 2019// TI - Improving the accuracy of flux balance analysis through the implementation of carbon availability constraints for intracellular reactions JO - Biotechnol Bioeng VL - 116 UR - https://doi.org/10.1002/bit.27025 DO - 10.1002/bit.27025 ID - Lularevic2019 ER - TY - JOUR AU - Stolyar, S. AU - Van Dien, S. AU - Hillesland, K. L. AU - Pinel, N. AU - Lie, T. J. AU - Leigh, J. A. AU - Stahl, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Metabolic modeling of a mutualistic microbial community JO - Mol Syst Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100131 DO - 10.1038/msb4100131 ID - Stolyar2007 ER - TY - JOUR AU - Zomorrodi, A. R. AU - Islam, M. M. AU - Maranas, C. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - d-OptCom: dynamic multi-level and multi-objective metabolic modeling of microbial communities JO - ACS Synth Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1021/sb4001307 DO - 10.1021/sb4001307 ID - Zomorrodi2014 ER - TY - JOUR AU - Harcombe, W. AU - Riehl, W. AU - Dukovski, I. AU - Granger, B. AU - Betts, A. AU - Lang, A. AU - Bonilla, G. AU - Kar, A. AU - Leiby, N. AU - Mehta, P. AU - Marx, C. AU - Segrè, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Metabolic resource allocation in individual microbes determines ecosystem interactions and spatial dynamics JO - Cell Rep VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.03.070 DO - 10.1016/j.celrep.2014.03.070 ID - Harcombe2014 ER - TY - JOUR AU - Aden, K. AU - Rehman, A. AU - Waschina, S. AU - Pan, W. -. H. AU - Walker, A. AU - Lucio, M. AU - Nunez, A. M. AU - Bharti, R. AU - Zimmerman, J. AU - Bethge, J. AU - Schulte, B. AU - Schulte, D. AU - Franke, A. AU - Nikolaus, S. AU - Schroeder, J. O. AU - Vandeputte, D. AU - Raes, J. AU - Szymczak, S. AU - Waetzig, G. H. AU - Zeuner, R. AU - Schmitt-Kopplin, P. AU - Kaleta, C. AU - Schreiber, S. AU - Rosenstiel, P. PY - 2019 DA - 2019// TI - Metabolic functions of gut microbes associate with efficacy of tumor necrosis factor antagonists in patients with inflammatory bowel diseases JO - Gastroenterology VL - 157 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2019.07.025 DO - 10.1053/j.gastro.2019.07.025 ID - Aden2019 ER - TY - JOUR AU - Koch, S. AU - Kohrs, F. AU - Lahmann, P. AU - Bissinger, T. AU - Wendschuh, S. AU - Benndorf, D. AU - Reichl, U. AU - Klamt, S. PY - 2019 DA - 2019// TI - RedCom: A strategy for reduced metabolic modeling of complex microbial communities and its application for analyzing experimental datasets from anaerobic digestion JO - PLoS Comput Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006759 DO - 10.1371/journal.pcbi.1006759 ID - Koch2019 ER - TY - JOUR AU - Basile, A. AU - Campanaro, S. AU - Kovalovszki, A. AU - Zampieri, G. AU - Rossi, A. AU - Angelidaki, I. AU - Valle, G. AU - Treu, L. PY - 2020 DA - 2020// TI - Revealing metabolic mechanisms of interaction in the anaerobic digestion microbiome by flux balance analysis JO - Metab Eng VL - 62 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2020.08.013 DO - 10.1016/j.ymben.2020.08.013 ID - Basile2020 ER - TY - JOUR AU - Heinken, A. AU - Thiele, I. PY - 2015 DA - 2015// TI - Systematic prediction of health-relevant human-microbial co-metabolism through a computational framework JO - Gut Microbes VL - 6 UR - https://doi.org/10.1080/19490976.2015.1023494 DO - 10.1080/19490976.2015.1023494 ID - Heinken2015 ER - TY - JOUR AU - Pryor, R. AU - Norvaisas, P. AU - Marinos, G. AU - Best, L. AU - Thingholm, L. B. AU - Quintaneiro, L. M. AU - Haes, W. D. AU - Esser, D. AU - Waschina, S. AU - Lujan, C. AU - Smith, R. L. AU - Scott, T. A. AU - Martinez-Martinez, D. AU - Woodward, O. AU - Bryson, K. AU - Laudes, M. AU - Lieb, W. AU - Houtkooper, R. H. AU - Franke, A. AU - Temmerman, L. AU - Bjedov, I. AU - Cochemé, H. M. AU - Kaleta, C. AU - Cabreiro, F. PY - 2019 DA - 2019// TI - Host-microbe-drug-nutrient screen identifies bacterial effectors of metformin therapy JO - Cell VL - 178 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.08.003 DO - 10.1016/j.cell.2019.08.003 ID - Pryor2019 ER - TY - JOUR AU - Zimmermann, J. AU - Obeng, N. AU - Yang, W. AU - Pees, B. AU - Petersen, C. AU - Waschina, S. AU - Kissoyan, K. A. AU - Aidley, J. AU - Hoeppner, M. P. AU - Bunk, B. AU - Spröer, C. AU - Leippe, M. AU - Dierking, K. AU - Kaleta, C. AU - Schulenburg, H. PY - 2019 DA - 2019// TI - The functional repertoire contained within the native microbiota of the model nematode Caenorhabditis elegans JO - ISME J VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/s41396-019-0504-y DO - 10.1038/s41396-019-0504-y ID - Zimmermann2019 ER - TY - JOUR AU - Oberhardt, M. A. AU - Yizhak, K. AU - Ruppin, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Metabolically re-modeling the drug pipeline JO - Curr Opin Pharmacol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.coph.2013.05.006 DO - 10.1016/j.coph.2013.05.006 ID - Oberhardt2013 ER - TY - JOUR AU - Trawick, J. D. AU - Schilling, C. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Use of constraint-based modeling for the prediction and validation of antimicrobial targets JO - Biochem Pharmacol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1016/j.bcp.2005.10.049 DO - 10.1016/j.bcp.2005.10.049 ID - Trawick2006 ER - TY - JOUR AU - Rau, M. H. AU - Zeidan, A. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Constraint-based modeling in microbial food biotechnology JO - Biochem Soc Trans VL - 46 UR - https://doi.org/10.1042/BST20170268 DO - 10.1042/BST20170268 ID - Rau2018 ER - TY - JOUR AU - Park, J. H. AU - Lee, S. Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Towards systems metabolic engineering of microorganisms for amino acid production JO - Curr Opin Biotechnol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2008.08.007 DO - 10.1016/j.copbio.2008.08.007 ID - Park2008 ER - TY - JOUR AU - Loman, N. J. AU - Pallen, M. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Twenty years of bacterial genome sequencing JO - Nat Rev Microbiol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro3565 DO - 10.1038/nrmicro3565 ID - Loman2015 ER - TY - JOUR AU - Thiele, I. AU - Palsson, B. O. PY - 2010 DA - 2010// TI - A protocol for generating a high-quality genome-scale metabolic reconstruction JO - Nat Protoc VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2009.203 DO - 10.1038/nprot.2009.203 ID - Thiele2010 ER - TY - JOUR AU - Wittig, U. AU - De Beuckelaer, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Analysis and comparison of metabolic pathway databases JO - Brief Bioinform VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/bib/2.2.126 DO - 10.1093/bib/2.2.126 ID - Wittig2001 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Sato, Y. AU - Furumichi, M. AU - Morishima, K. AU - Tanabe, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - New approach for understanding genome variations in KEGG JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky962 DO - 10.1093/nar/gky962 ID - Kanehisa2018 ER - TY - JOUR AU - Alcántara, R. AU - Axelsen, K. B. AU - Morgat, A. AU - Belda, E. AU - Coudert, E. AU - Bridge, A. AU - Cao, H. AU - de Matos, P. AU - Ennis, M. AU - Turner, S. AU - Owen, G. AU - Bougueleret, L. AU - Xenarios, I. AU - Steinbeck, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Rhea–a manually curated resource of biochemical reactions JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1126 DO - 10.1093/nar/gkr1126 ID - Alcántara2011 ER - TY - JOUR AU - Caspi, R. AU - Billington, R. AU - Fulcher, C. A. AU - Keseler, I. M. AU - Kothari, A. AU - Krummenacker, M. AU - Latendresse, M. AU - Midford, P. E. AU - Ong, Q. AU - Ong, W. K. AU - Paley, S. AU - Subhraveti, P. AU - Karp, P. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx935 DO - 10.1093/nar/gkx935 ID - Caspi2018 ER - TY - JOUR AU - Faria, J. P. AU - Rocha, M. AU - Rocha, I. AU - Henry, C. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Methods for automated genome-scale metabolic model reconstruction JO - Biochem Soc Trans VL - 46 UR - https://doi.org/10.1042/BST20170246 DO - 10.1042/BST20170246 ID - Faria2018 ER - TY - JOUR AU - Mendoza, S. N. AU - Olivier, B. G. AU - Molenaar, D. AU - Teusink, B. PY - 2019 DA - 2019// TI - A systematic assessment of current genome-scale metabolic reconstruction tools JO - Genome Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-019-1769-1 DO - 10.1186/s13059-019-1769-1 ID - Mendoza2019 ER - TY - JOUR AU - Aite, M. AU - Chevallier, M. AU - Frioux, C. AU - Trottier, C. AU - Got, J. AU - Cortés, M. P. AU - Mendoza, S. N. AU - Carrier, G. AU - Dameron, O. AU - Guillaudeux, N. AU - Latorre, M. AU - Loira, N. AU - Markov, G. V. AU - Maass, A. AU - Siegel, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Traceability, reproducibility and wiki-exploration for à-la-carte reconstructions of genome-scale metabolic models JO - PLoS Comput Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006146 DO - 10.1371/journal.pcbi.1006146 ID - Aite2018 ER - TY - JOUR AU - Machado, D. AU - Andrejev, S. AU - Tramontano, M. AU - Patil, K. R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Fast automated reconstruction of genome-scale metabolic models for microbial species and communities JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky537 DO - 10.1093/nar/gky537 ID - Machado2018 ER - TY - CHAP AU - Dias, O. AU - Rocha, M. AU - Ferreira, E. C. AU - Rocha, I. PY - 2017 DA - 2017// TI - Reconstructing high-quality large-scale metabolic models with merlin BT - Methods in Molecular Biology PB - Springer CY - New York ID - Dias2017 ER - TY - JOUR AU - Hanemaaijer, M. AU - Olivier, B. G. AU - Röling, W. F. M. AU - Bruggeman, F. J. AU - Teusink, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Model-based quantification of metabolic interactions from dynamic microbial-community data JO - PLoS ONE VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0173183 DO - 10.1371/journal.pone.0173183 ID - Hanemaaijer2017 ER - TY - JOUR AU - Henry, C. S. AU - DeJongh, M. AU - Best, A. A. AU - Frybarger, P. M. AU - Linsay, B. AU - Stevens, R. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - High-throughput generation, optimization and analysis of genome-scale metabolic models JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1672 DO - 10.1038/nbt.1672 ID - Henry2010 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. AU - Latendresse, M. AU - Paley, S. M. AU - Ong, M. K. Q. AU - Billington, R. AU - Kothari, A. AU - Weaver, D. AU - Lee, T. AU - Subhraveti, P. AU - Spaulding, A. AU - Fulcher, C. AU - Keseler, I. M. AU - Caspi, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Pathway tools version 19.0: Integrated software for pathway/genome informatics and systems biology JO - Brief Bioinform VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbv079 DO - 10.1093/bib/bbv079 ID - Karp2015 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Marcišauskas, S. AU - Sánchez, B. J. AU - Domenzain, I. AU - Hermansson, D. AU - Agren, R. AU - Nielsen, J. AU - Kerkhoven, E. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - RAVEN 2.0: A versatile toolbox for metabolic network reconstruction and a case study on streptomyces coelicolor JO - PLoS Comput Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006541 DO - 10.1371/journal.pcbi.1006541 ID - Wang2018 ER - TY - JOUR AU - Varma, A. AU - Palsson, B. O. PY - 1994 DA - 1994// TI - Metabolic flux balancing: Basic concepts, scientific and practical use JO - Bio/Technology VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1094-994 DO - 10.1038/nbt1094-994 ID - Varma1994 ER - TY - JOUR AU - Bauer, E. AU - Thiele, I. PY - 2018 DA - 2018// TI - From metagenomic data to personalized in silico microbiotas: predicting dietary supplements for Crohn’s disease JO - NPJ Syst Biol Appl VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/s41540-018-0063-2 DO - 10.1038/s41540-018-0063-2 ID - Bauer2018 ER - TY - JOUR AU - Gu, C. AU - Kim, G. B. AU - Kim, W. J. AU - Kim, H. U. AU - Lee, S. Y. PY - 2019 DA - 2019// TI - Current status and applications of genome-scale metabolic models JO - Genome Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-019-1730-3 DO - 10.1186/s13059-019-1730-3 ID - Gu2019 ER - TY - JOUR AU - Blaby-Haas, C. E. AU - de Crécy-Lagard, V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mining high-throughput experimental data to link gene and function JO - Trends Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2011.01.001 DO - 10.1016/j.tibtech.2011.01.001 ID - Blaby-Haas2011 ER - TY - JOUR AU - Thiele, I. AU - Vlassis, N. AU - Fleming, R. M. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - fastGapFill: efficient gap filling in metabolic networks JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu321 DO - 10.1093/bioinformatics/btu321 ID - Thiele2014 ER - TY - JOUR AU - Prigent, S. AU - Frioux, C. AU - Dittami, S. M. AU - Thiele, S. AU - Larhlimi, A. AU - Collet, G. AU - Gutknecht, F. AU - Got, J. AU - Eveillard, D. AU - Bourdon, J. AU - Plewniak, F. AU - Tonon, T. AU - Siegel, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Meneco, a topology-based gap-filling tool applicable to degraded genome-wide metabolic networks JO - PLoS Comput Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005276 DO - 10.1371/journal.pcbi.1005276 ID - Prigent2017 ER - TY - JOUR AU - Karlsen, E. AU - Schulz, C. AU - Almaas, E. PY - 2018 DA - 2018// TI - Automated generation of genome-scale metabolic draft reconstructions based on KEGG JO - BMC Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12859-018-2472-z DO - 10.1186/s12859-018-2472-z ID - Karlsen2018 ER - TY - JOUR AU - Kumar, M. AU - Ji, B. AU - Zengler, K. AU - Nielsen, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Modelling approaches for studying the microbiome JO - Nat Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-019-0491-9 DO - 10.1038/s41564-019-0491-9 ID - Kumar2019 ER - TY - JOUR AU - Phelan, V. V. AU - Liu, W. -. T. AU - Pogliano, K. AU - Dorrestein, P. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Microbial metabolic exchange–the chemotype-to-phenotype link JO - Nat Chem Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nchembio.739 DO - 10.1038/nchembio.739 ID - Phelan2012 ER - TY - JOUR AU - Reimer, L. C. AU - Vetcininova, A. AU - Carbasse, J. S. AU - Söhngen, C. AU - Gleim, D. AU - Ebeling, C. AU - Overmann, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky879 DO - 10.1093/nar/gky879 ID - Reimer2018 ER - TY - JOUR AU - Brbić, M. AU - Piškorec, M. AU - Vidulin, V. AU - Kriško, A. AU - Šmuc, T. AU - Supek, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - The landscape of microbial phenotypic traits and associated genes JO - Nucleic Acids Res VL - 44 ID - Brbić2016 ER - TY - JOUR AU - Smalla, K. AU - Wachtendorf, U. AU - Heuer, H. AU - Liu, W. -. T. AU - Forney, L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Analysis of BIOLOG GN substrate utilization patterns by microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.64.4.1220-1225.1998 DO - 10.1128/AEM.64.4.1220-1225.1998 ID - Smalla1998 ER - TY - STD TI - Cook GM, Greening C, Hards K, Berney M. Chapter one - energetics of pathogenic bacteria and opportunities for drug development In: Poole RK, editor. Advances in Bacterial Pathogen Biology. Cambridge, Massachusetts: Academic Press: 2014. p. 1–62. https://doi.org/10.1016/bs.ampbs.2014.08.001. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065291114000022. UR - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065291114000022 ID - ref48 ER - TY - JOUR AU - Goldberg, I. AU - Rock, J. AU - Ben-Bassat, A. AU - Mateles, R. PY - 1976 DA - 1976// TI - Bacterial yields on methanol, methylamine, formaldehyde, and formate JO - Biotechnol Bioeng VL - 18 UR - https://doi.org/10.1002/bit.260181202 DO - 10.1002/bit.260181202 ID - Goldberg1976 ER - TY - JOUR AU - Louis, P. AU - Hold, G. L. AU - Flint, H. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - The gut microbiota, bacterial metabolites and colorectal cancer JO - Nat Rev Microbiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro3344 DO - 10.1038/nrmicro3344 ID - Louis2014 ER - TY - JOUR AU - Rivera-Chávez, F. AU - Bäumler, A. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - The pyromaniac inside you: Salmonella metabolism in the host gut JO - Ann Rev Microbiol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-micro-091014-104108 DO - 10.1146/annurev-micro-091014-104108 ID - Rivera-Chávez2015 ER - TY - JOUR AU - Bauer, E. AU - Zimmermann, J. AU - Baldini, F. AU - Thiele, I. AU - Kaleta, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - BacArena: Individual-based metabolic modeling of heterogeneous microbes in complex communities JO - PLoS Comput Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005544 DO - 10.1371/journal.pcbi.1005544 ID - Bauer2017 ER - TY - JOUR AU - Oliphant, K. AU - Allen-Vercoe, E. PY - 2019 DA - 2019// TI - Macronutrient metabolism by the human gut microbiome: major fermentation by-products and their impact on host health JO - Microbiome VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-019-0704-8 DO - 10.1186/s40168-019-0704-8 ID - Oliphant2019 ER - TY - JOUR AU - Ríos-Covián, D. AU - Ruas-Madiedo, P. AU - Margolles, A. AU - Gueimonde, M. AU - de Los Reyes-Gavilán, C. G. AU - Salazar, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Intestinal short chain fatty acids and their link with diet and human health JO - Front Microbiol VL - 7 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00185 DO - 10.3389/fmicb.2016.00185 ID - Ríos-Covián2016 ER - TY - JOUR AU - Ziels, R. M. AU - Nobu, M. K. AU - Sousa, D. Z. PY - 2019 DA - 2019// TI - Elucidating syntrophic butyrate-degrading populations in anaerobic digesters using stable-isotope-informed genome-resolved metagenomics JO - mSystems VL - 4 UR - https://doi.org/10.1128/mSystems.00159-19 DO - 10.1128/mSystems.00159-19 ID - Ziels2019 ER - TY - JOUR AU - Rivière, A. AU - Gagnon, M. AU - Weckx, S. AU - Roy, D. AU - Vuyst, L. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Mutual cross-feeding interactions between Bifidobacterium longum subsp. longum NCC2705 and Eubacterium rectale ATCC 33656 explain the bifidogenic and butyrogenic effects of arabinoxylan oligosaccharides JO - Appl Environ Microbiol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02089-15 DO - 10.1128/AEM.02089-15 ID - Rivière2015 ER - TY - JOUR AU - Bunesova, V. AU - Lacroix, C. AU - Schwab, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Mucin cross-feeding of infant bifidobacteria and Eubacterium hallii JO - Microb Ecol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-017-1037-4 DO - 10.1007/s00248-017-1037-4 ID - Bunesova2017 ER - TY - JOUR AU - Fernández-Veledo, S. AU - Vendrell, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Gut microbiota-derived succinate: Friend or foe in human metabolic diseases? JO - Rev Endocr Metab Disord VL - 20 UR - https://doi.org/10.1007/s11154-019-09513-z DO - 10.1007/s11154-019-09513-z ID - Fernández-Veledo2019 ER - TY - JOUR AU - Stams, A. J. M. AU - Hansen, T. A. PY - 1982 DA - 1982// TI - Oxygen-labile l(+) lactate dehydrogenase activity in Desulfovibrio desulfuricans JO - FEMS Microbiol Lett VL - 13 ID - Stams1982 ER - TY - JOUR AU - Rey, F. E. AU - Faith, J. J. AU - Bain, J. AU - Muehlbauer, M. J. AU - Stevens, R. D. AU - Newgard, C. B. AU - Gordon, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Dissecting the in vivo metabolic potential of two human gut acetogens JO - J Biol Chem VL - 285 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M110.117713 DO - 10.1074/jbc.M110.117713 ID - Rey2010 ER - TY - JOUR AU - Pasolli, E. AU - Asnicar, F. AU - Manara, S. AU - Zolfo, M. AU - Karcher, N. AU - Armanini, F. AU - Beghini, F. AU - Manghi, P. AU - Tett, A. AU - Ghensi, P. AU - Collado, M. C. AU - Rice, B. L. AU - DuLong, C. AU - Morgan, X. C. AU - Golden, C. D. AU - Quince, C. AU - Huttenhower, C. AU - Segata, N. PY - 2019 DA - 2019// TI - Extensive unexplored human microbiome diversity revealed by over 150, 000 genomes from metagenomes spanning age, geography, and lifestyle JO - Cell VL - 176 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.01.001 DO - 10.1016/j.cell.2019.01.001 ID - Pasolli2019 ER - TY - JOUR AU - Nurk, S. AU - Meleshko, D. AU - Korobeynikov, A. AU - Pevzner, P. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.213959.116 DO - 10.1101/gr.213959.116 ID - Nurk2017 ER - TY - STD TI - Zimmermann J, Kaleta C, Waschina S. Informed prediction and analysis of bacterial metabolic pathways and genome-scale networks. 2020. github repository. https://github.com/jotech/gapseq. UR - https://github.com/jotech/gapseq ID - ref63 ER - TY - JOUR AU - Keating, S. AU - Waltemath, D. AU - König, M. AU - Zhang, F. AU - Dräger, A. AU - Chaouiya, C. AU - Bergmann, F. AU - Finney, A. AU - Gillespie, C. AU - Helikar, T. AU - Hoops, S. AU - Malik-Sheriff, R. AU - Moodie, S. AU - Moraru, I. AU - Myers, C. AU - Naldi, A. AU - Olivier, B. AU - Sahle, S. AU - Schaff, J. AU - Smith, L. AU - Swat, M. AU - Thieffry, D. AU - Watanabe, L. AU - Wilkinson, D. AU - Blinov, M. AU - Begley, K. AU - Faeder, J. AU - Gómez, H. AU - Hamm, T. AU - Inagaki, Y. AU - Liebermeister, W. AU - Lister, A. AU - Lucio, D. AU - Mjolsness, E. AU - Proctor, C. AU - Raman, K. AU - Rodriguez, N. AU - Shaffer, C. AU - Shapiro, B. AU - Stelling, J. AU - Swainston, N. AU - Tanimura, N. AU - Wagner, J. AU - Meier-Schellersheim, M. AU - Sauro, H. AU - Palsson, B. AU - Bolouri, H. AU - Kitano, H. AU - Funahashi, A. AU - Hermjakob, H. AU - Doyle, J. AU - Hucka, M. PY - 2020 DA - 2020// TI - SBML Level 3 Community members. SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models JO - Mol Syst Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.15252/msb.20199110 DO - 10.15252/msb.20199110 ID - Keating2020 ER - TY - JOUR AU - Gelius-Dietrich, G. AU - Desouki, A. A. AU - Fritzemeier, C. J. AU - Lercher, M. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sybil–efficient constraint-based modelling in R JO - BMC Syst Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-7-125 DO - 10.1186/1752-0509-7-125 ID - Gelius-Dietrich2013 ER - TY - JOUR AU - Arkin, A. P. AU - Cottingham, R. W. AU - Henry, C. S. AU - Harris, N. L. AU - Stevens, R. L. AU - Maslov, S. AU - Dehal, P. AU - Ware, D. AU - Perez, F. AU - Canon, S. AU - Sneddon, M. W. AU - Henderson, M. L. AU - Riehl, W. J. AU - Murphy-Olson, D. AU - Chan, S. Y. AU - Kamimura, R. T. AU - Kumari, S. AU - Drake, M. M. AU - Brettin, T. S. AU - Glass, E. M. AU - Chivian, D. AU - Gunter, D. AU - Weston, D. J. AU - Allen, B. H. AU - Baumohl, J. AU - Best, A. A. AU - Bowen, B. AU - Brenner, S. E. AU - Bun, C. C. AU - Chandonia, J. -. M. AU - Chia, J. -. M. AU - Colasanti, R. AU - Conrad, N. AU - Davis, J. J. AU - Davison, B. H. AU - DeJongh, M. AU - Devoid, S. AU - Dietrich, E. AU - Dubchak, I. AU - Edirisinghe, J. N. AU - Fang, G. AU - Faria, J. P. AU - Frybarger, P. M. AU - Gerlach, W. AU - Gerstein, M. AU - Greiner, A. AU - Gurtowski, J. AU - Haun, H. L. AU - He, F. AU - Jain, R. AU - Joachimiak, M. P. AU - Keegan, K. P. AU - Kondo, S. AU - Kumar, V. AU - Land, M. L. AU - Meyer, F. AU - Mills, M. AU - Novichkov, P. S. AU - Oh, T. AU - Olsen, G. J. AU - Olson, R. AU - Parrello, B. AU - Pasternak, S. AU - Pearson, E. AU - Poon, S. S. AU - Price, G. A. AU - Ramakrishnan, S. AU - Ranjan, P. AU - Ronald, P. C. AU - Schatz, M. C. AU - Seaver, S. M. D. AU - Shukla, M. AU - Sutormin, R. A. AU - Syed, M. H. AU - Thomason, J. AU - Tintle, N. L. AU - Wang, D. AU - Xia, F. AU - Yoo, H. AU - Yoo, S. AU - Yu, D. PY - 2018 DA - 2018// TI - KBase: the United States department of energy systems biology knowledgebase JO - Nat Biotechnol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.4163 DO - 10.1038/nbt.4163 ID - Arkin2018 ER - TY - JOUR AU - Quince, C. AU - Walker, A. W. AU - Simpson, J. T. AU - Loman, N. J. AU - Segata, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Shotgun metagenomics, from sampling to analysis JO - Nat Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3935 DO - 10.1038/nbt.3935 ID - Quince2017 ER - TY - JOUR AU - Magnusdottir, S. AU - Heinken, A. AU - Kutt, L. AU - Ravcheev, D. A. AU - Bauer, E. AU - Noronha, A. AU - Greenhalgh, K. AU - Jäger, C. AU - Baginska, J. AU - Wilmes, P. AU - Fleming, R. M. T. AU - Thiele, I. PY - 2016 DA - 2016// TI - Generation of genome-scale metabolic reconstructions for 773 members of the human gut microbiota JO - Nat Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3703 DO - 10.1038/nbt.3703 ID - Magnusdottir2016 ER - TY - JOUR AU - Kim, W. J. AU - Kim, H. U. AU - Lee, S. Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Current state and applications of microbial genome-scale metabolic models JO - Curr Opin Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/j.coisb.2017.03.001 DO - 10.1016/j.coisb.2017.03.001 ID - Kim2017 ER - TY - JOUR AU - Graspeuntner, S. AU - Waschina, S. AU - Künzel, S. AU - Twisselmann, N. AU - Rausch, T. K. AU - Cloppenborg-Schmidt, K. AU - Zimmermann, J. AU - Viemann, D. AU - Herting, E. AU - Göpel, W. AU - Baines, J. F. AU - Kaleta, C. AU - Rupp, J. AU - Härtel, C. AU - Pagel, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Gut dysbiosis with bacilli dominance and accumulation of fermentation products precedes late-onset sepsis in preterm infants JO - Clin Infect Dis VL - 69 UR - https://doi.org/10.1093/cid/ciy882 DO - 10.1093/cid/ciy882 ID - Graspeuntner2018 ER - TY - JOUR AU - Byndloss, M. X. AU - Olsan, E. E. AU - Rivera-Chávez, F. AU - Tiffany, C. R. AU - Cevallos, S. A. AU - Lokken, K. L. AU - Torres, T. P. AU - Byndloss, A. J. AU - Faber, F. AU - Gao, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Microbiota-activated PPAR- γ signaling inhibits dysbiotic Enterobacteriaceae expansion JO - Science VL - 357 UR - https://doi.org/10.1126/science.aam9949 DO - 10.1126/science.aam9949 ID - Byndloss2017 ER - TY - JOUR AU - Smith, P. M. AU - Howitt, M. R. AU - Panikov, N. AU - Michaud, M. AU - Gallini, C. A. AU - Bohlooly-y, M. AU - Glickman, J. N. AU - Garrett, W. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - The microbial metabolites, short-chain fatty acids, regulate colonic Treg cell homeostasis JO - Science VL - 341 UR - https://doi.org/10.1126/science.1241165 DO - 10.1126/science.1241165 ID - Smith2013 ER - TY - JOUR AU - Pham, V. T. AU - Lacroix, C. AU - Braegger, C. P. AU - Chassard, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Early colonization of functional groups of microbes in the infant gut JO - Environ Microbiol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.13316 DO - 10.1111/1462-2920.13316 ID - Pham2016 ER - TY - JOUR AU - García-Campos, M. A. AU - Espinal-Enríquez, J. AU - Hernández-Lemus, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Pathway analysis: state of the art JO - Front Physiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fphys.2015.00383 DO - 10.3389/fphys.2015.00383 ID - García-Campos2015 ER - TY - JOUR AU - Foster, K. R. AU - Schluter, J. AU - Coyte, K. Z. AU - Rakoff-Nahoum, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - The evolution of the host microbiome as an ecosystem on a leash JO - Nature VL - 548 UR - https://doi.org/10.1038/nature23292 DO - 10.1038/nature23292 ID - Foster2017 ER - TY - JOUR AU - Bateman, A. AU - Birney, E. AU - Durbin, R. AU - Eddy, S. R. AU - Howe, K. L. AU - Sonnhammer, E. L. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.263 DO - 10.1093/nar/28.1.263 ID - Bateman2000 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Koonin, E. V. PY - 1998 DA - 1998// TI - Sources of systematic error in functional annotation of genomes: domain rearrangement, non-orthologous gene displacement and operon disruption JO - In Silico Biol VL - 1 ID - Galperin1998 ER - TY - JOUR AU - El-Gebali, S. AU - Mistry, J. AU - Bateman, A. AU - Eddy, S. R. AU - Luciani, A. AU - Potter, S. C. AU - Qureshi, M. AU - Richardson, L. J. AU - Salazar, G. A. AU - Smart, A. AU - Sonnhammer, E. L. AU - Hirsh, L. AU - Paladin, L. AU - Piovesan, D. AU - Tosatto, S. C. AU - Finn, R. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - The Pfam protein families database in 2019 JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky995 DO - 10.1093/nar/gky995 ID - El-Gebali2018 ER - TY - JOUR AU - Huerta-Cepas, J. AU - Szklarczyk, D. AU - Heller, D. AU - Hernández-Plaza, A. AU - Forslund, S. K. AU - Cook, H. AU - Mende, D. R. AU - Letunic, I. AU - Rattei, T. AU - Jensen, L. J. AU - von Mering, C. AU - Bork, P. PY - 2019 DA - 2019// TI - eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky1085 DO - 10.1093/nar/gky1085 ID - Huerta-Cepas2019 ER - TY - STD TI - Douglas GM, Maffei VJ, Zaneveld J, Yurgel SN, Brown JR, Taylor CM, Huttenhower C, Langille MGI. PICRUSt2: An improved and extensible approach for metagenome inference. bioRxiv. 2020. https://doi.org/10.1101/672295, https://www.biorxiv.org/content/early/2020/03/20/672295. UR - https://www.biorxiv.org/content/early/2020/03/20/672295 ID - ref80 ER - TY - JOUR AU - Zahiri, J. AU - Emamjomeh, A. AU - Bagheri, S. AU - Ivazeh, A. AU - Mahdevar, G. AU - Tehrani, H. S. AU - Mirzaie, M. AU - Fakheri, B. A. AU - Mohammad-Noori, M. PY - 2020 DA - 2020// TI - Protein complex prediction: A survey JO - Genomics VL - 112 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2019.01.011 DO - 10.1016/j.ygeno.2019.01.011 ID - Zahiri2020 ER - TY - JOUR AU - Overbeek, R. AU - Begley, T. AU - Butler, R. M. AU - Choudhuri, J. V. AU - Chuang, H. -. Y. AU - Cohoon, M. AU - de Crécy-Lagard, V. AU - Diaz, N. AU - Disz, T. AU - Edwards, R. AU - Fonstein, M. AU - Frank, E. D. AU - Gerdes, S. AU - Glass, E. M. AU - Goesmann, A. AU - Hanson, A. AU - Iwata-Reuyl, D. AU - Jensen, R. AU - Jamshidi, N. AU - Krause, L. AU - Kubal, M. AU - Larsen, N. AU - Linke, B. AU - McHardy, A. C. AU - Meyer, F. AU - Neuweger, H. AU - Olsen, G. AU - Olson, R. AU - Osterman, A. AU - Portnoy, V. AU - Pusch, G. D. AU - Rodionov, D. A. AU - Rückert, C. AU - Steiner, J. AU - Stevens, R. AU - Thiele, I. AU - Vassieva, O. AU - Ye, Y. AU - Zagnitko, O. AU - Vonstein, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki866 DO - 10.1093/nar/gki866 ID - Overbeek2005 ER - TY - STD TI - Mario Latendresse and Peter Midford. PythonCyc. 2020. github release 1.1. https://github.com/ecocyc/PythonCyc. UR - https://github.com/ecocyc/PythonCyc ID - ref83 ER - TY - JOUR PY - 2016 DA - 2016// TI - UniProt: the universal protein knowledgebase JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw1099 DO - 10.1093/nar/gkw1099 ID - ref84 ER - TY - JOUR AU - Jeske, L. AU - Placzek, S. AU - Schomburg, I. AU - Chang, A. AU - Schomburg, D. PY - 2018 DA - 2018// TI - BRENDA in 2019: a European ELIXIR core data resource JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky1048 DO - 10.1093/nar/gky1048 ID - Jeske2018 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Blast+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - Caspi, R. AU - Altman, T. AU - Dreher, K. AU - Fulcher, C. A. AU - Subhraveti, P. AU - Keseler, I. M. AU - Kothari, A. AU - Krummenacker, M. AU - Latendresse, M. AU - Mueller, L. A. AU - Ong, Q. AU - Paley, S. AU - Pujar, A. AU - Shearer, A. G. AU - Travers, M. AU - Weerasinghe, D. AU - Zhang, P. AU - Karp, P. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1014 DO - 10.1093/nar/gkr1014 ID - Caspi2011 ER - TY - JOUR AU - Caspi, R. AU - Billington, R. AU - Keseler, I. M. AU - Kothari, A. AU - Krummenacker, M. AU - Midford, P. E. AU - Ong, W. K. AU - Paley, S. AU - Subhraveti, P. AU - Karp, P. D. PY - 2019 DA - 2019// TI - The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes - a 2019 update JO - Nucleic Acids Res VL - 48 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkz862 DO - 10.1093/nar/gkz862 ID - Caspi2019 ER - TY - JOUR AU - Altman, T. AU - Travers, M. AU - Kothari, A. AU - Caspi, R. AU - Karp, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - A systematic comparison of the MetaCyc and KEGG pathway databases JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-112 DO - 10.1186/1471-2105-14-112 ID - Altman2013 ER - TY - STD TI - Tange O. Gnu parallel - the command-line power tool. login: The USENIX Magazine. 2018. https://doi.org/10.5281/zenodo.1146014, https://doi.org/10.5281/zenodo.1146014. ID - ref90 ER - TY - JOUR AU - Slater, G. S. C. AU - Birney, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Automated generation of heuristics for biological sequence comparison JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-31 DO - 10.1186/1471-2105-6-31 ID - Slater2005 ER - TY - STD TI - Wickham H. Stringr: Simple, consistent wrappers for common string operations. R package version 1.4.0. 2019. https://CRAN.R-project.org/package=stringr. UR - https://CRAN.R-project.org/package=stringr ID - ref92 ER - TY - STD TI - Pagès H, Aboyoun P, Gentleman R, DebRoy S. Biostrings: Efficient manipulation of biological strings. R package version 2.58.0. 2020. https://bioconductor.org/packages/Biostrings. UR - https://bioconductor.org/packages/Biostrings ID - ref93 ER - TY - JOUR AU - Saier, M. H. AU - Reddy, V. S. AU - Tamang, D. G. AU - Vastermark, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - The transporter classification database JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1097 DO - 10.1093/nar/gkt1097 ID - Saier2013 ER - TY - JOUR AU - Seaver, S. M. D. AU - Liu, F. AU - Zhang, Q. AU - Jeffryes, J. AU - Faria, J. P. AU - Edirisinghe, J. N. AU - Mundy, M. AU - Chia, N. AU - Noor, E. AU - Beber, M. E. AU - Best, A. A. AU - DeJongh, M. AU - Kimbrel, J. A. AU - D’haeseleer, P. AU - McCorkle, S. R. AU - Bolton, J. R. AU - Pearson, E. AU - Canon, S. AU - Wood-Charlson, E. M. AU - Cottingham, R. W. AU - Arkin, A. P. AU - Henry, C. S. PY - 2021 DA - 2021// TI - The ModelSEED Biochemistry Database for the integration of metabolic annotations and the reconstruction, comparison and analysis of metabolic models for plants, fungi and microbes JO - Nucleic Acids Res VL - 49 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkaa746 DO - 10.1093/nar/gkaa746 ID - Seaver2021 ER - TY - BOOK AU - Webb, E. C. PY - 1992 DA - 1992// TI - Enzyme Nomenclature 1992. Recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes PB - Academic Press CY - Cambridge, Massachusetts ID - Webb1992 ER - TY - JOUR AU - Bernard, T. AU - Bridge, A. AU - Morgat, A. AU - Moretti, S. AU - Xenarios, I. AU - Pagni, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reconciliation of metabolites and biochemical reactions for metabolic networks JO - Brief Bioinform VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbs058 DO - 10.1093/bib/bbs058 ID - Bernard2014 ER - TY - JOUR AU - Benedict, M. N. AU - Mundy, M. B. AU - Henry, C. S. AU - Chia, N. AU - Price, N. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Likelihood-based gene annotations for gap filling and quality assessment in genome-scale metabolic models JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003882 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003882 ID - Benedict2014 ER - TY - JOUR AU - Dreyfuss, J. M. AU - Zucker, J. D. AU - Hood, H. M. AU - Ocasio, L. R. AU - Sachs, M. S. AU - Galagan, J. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Reconstruction and validation of a genome-scale metabolic model for the filamentous fungus Neurospora crassa using FARM JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003126 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003126 ID - Dreyfuss2013 ER - TY - JOUR AU - Medlock, G. L. AU - Papin, J. A. PY - 2020 DA - 2020// TI - Guiding the refinement of biochemical knowledgebases with ensembles of metabolic networks and machine learning JO - Cell Syst VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2019.11.006 DO - 10.1016/j.cels.2019.11.006 ID - Medlock2020 ER - TY - JOUR AU - Bochner, B. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Global phenotypic characterization of bacteria JO - FEMS Microbiol Rev VL - 33 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2008.00149.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2008.00149.x ID - Bochner2009 ER - TY - JOUR AU - Lieven, C. AU - Beber, M. E. AU - Olivier, B. G. AU - Bergmann, F. T. AU - Ataman, M. AU - Babaei, P. AU - Bartell, J. A. AU - Blank, L. M. AU - Chauhan, S. AU - Correia, K. AU - Diener, C. AU - Dräger, A. AU - Ebert, B. E. AU - Edirisinghe, J. N. AU - Faria, J. P. AU - Feist, A. M. AU - Fengos, G. AU - Fleming, R. M. T. AU - García-Jiménez, B. AU - Hatzimanikatis, V. AU - van Helvoirt, W. AU - Henry, C. S. AU - Hermjakob, H. AU - Herrgǎrd, M. J. AU - Kaafarani, A. AU - Kim, H. U. AU - King, Z. AU - Klamt, S. AU - Klipp, E. AU - Koehorst, J. J. AU - König, M. AU - Lakshmanan, M. AU - Lee, D. -. Y. AU - Lee, S. Y. AU - Lee, S. AU - Lewis, N. E. AU - Liu, F. AU - Ma, H. AU - Machado, D. AU - Mahadevan, R. AU - Maia, P. AU - Mardinoglu, A. AU - Medlock, G. L. AU - Monk, J. M. AU - Nielsen, J. AU - Nielsen, L. K. AU - Nogales, J. AU - Nookaew, I. AU - Palsson, B. O. AU - Papin, J. A. AU - Patil, K. R. AU - Poolman, M. AU - Price, N. D. AU - Resendis-Antonio, O. AU - Richelle, A. AU - Rocha, I. AU - Sánchez, B. J. AU - Schaap, P. J. AU - Sheriff, R. S. M. AU - Shoaie, S. AU - Sonnenschein, N. AU - Teusink, B. AU - Vilaça, P. AU - Vik, J. O. AU - Wodke, J. A. H. AU - Xavier, J. C. AU - Yuan, Q. AU - Zakhartsev, M. AU - Zhang, C. PY - 2020 DA - 2020// TI - Memote for standardized genome-scale metabolic model testing JO - Nat Biotechnol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/s41587-020-0446-y DO - 10.1038/s41587-020-0446-y ID - Lieven2020 ER - TY - STD TI - Leinweber K. TIBHannover/BacDiveR: Maintenance release (Version 0.9.1). Zenodo. 2019. http://doi.org/10.5281/zenodo.3362500. UR - http://doi.org/10.5281/zenodo.3362500 ID - ref103 ER - TY - JOUR AU - Simão, F. A. AU - Waterhouse, R. M. AU - Ioannidis, P. AU - Kriventseva, E. V. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv351 DO - 10.1093/bioinformatics/btv351 ID - Simão2015 ER - TY - JOUR AU - Sayers, E. W. AU - Beck, J. AU - Brister, J. R. AU - Bolton, E. E. AU - Canese, K. AU - Comeau, D. C. AU - Funk, K. AU - Ketter, A. AU - Kim, S. AU - Kimchi, A. AU - Kitts, P. A. AU - Kuznetsov, A. AU - Lathrop, S. AU - Lu, Z. AU - McGarvey, K. AU - Madden, T. L. AU - Murphy, T. D. AU - O’Leary, N. AU - Phan, L. AU - Schneider, V. A. AU - Thibaud-Nissen, F. AU - Trawick, B. W. AU - Pruitt, K. D. AU - Ostell, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Database resources of the national center for biotechnology information JO - Nucleic Acids Res VL - 48 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkz899 DO - 10.1093/nar/gkz899 ID - Sayers2019 ER - TY - JOUR AU - Zhu, B. AU - Stülke, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - SubtiWiki in 2018: from genes and proteins to functional network annotation of the model organism Bacillus subtilis JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx908 DO - 10.1093/nar/gkx908 ID - Zhu2017 ER - TY - JOUR AU - Monk, J. M. AU - Lloyd, C. J. AU - Brunk, E. AU - Mih, N. AU - Sastry, A. AU - King, Z. AU - Takeuchi, R. AU - Nomura, W. AU - Zhang, Z. AU - Mori, H. PY - 2017 DA - 2017// TI - i ML1515, a knowledgebase that computes Escherichia coli traits JO - Nat Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3956 DO - 10.1038/nbt.3956 ID - Monk2017 ER - TY - JOUR AU - Turner, K. H. AU - Wessel, A. K. AU - Palmer, G. C. AU - Murray, J. L. AU - Whiteley, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Essential genome of Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis sputum JO - Proc Natl Acad Sci VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1419677112 DO - 10.1073/pnas.1419677112 ID - Turner2015 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Wetmore, K. M. AU - Waters, R. J. AU - Callaghan, M. AU - Ray, J. AU - Liu, H. AU - Kuehl, J. V. AU - Melnyk, R. A. AU - Lamson, J. S. AU - Suh, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Mutant phenotypes for thousands of bacterial genes of unknown function JO - Nature VL - 557 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-018-0124-0 DO - 10.1038/s41586-018-0124-0 ID - Price2018 ER - TY - JOUR AU - Glass, J. I. AU - Assad-Garcia, N. AU - Alperovich, N. AU - Yooseph, S. AU - Lewis, M. R. AU - Maruf, M. AU - Hutchison, C. A. AU - Smith, H. O. AU - Venter, J. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Essential genes of a minimal bacterium JO - Proc Natl Acad Sci VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0510013103 DO - 10.1073/pnas.0510013103 ID - Glass2006 ER - TY - JOUR AU - Holzhütter, H. -. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - The principle of flux minimization and its application to estimate stationary fluxes in metabolic networks JO - Eur J Biochem VL - 271 UR - https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.2004.04213.x DO - 10.1111/j.1432-1033.2004.04213.x ID - Holzhütter2004 ER - TY - JOUR AU - Mahadevan, R. AU - Schilling, C. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - The effects of alternate optimal solutions in constraint-based genome-scale metabolic models JO - Metab Eng VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2003.09.002 DO - 10.1016/j.ymben.2003.09.002 ID - Mahadevan2003 ER - TY - JOUR AU - Choi, J. AU - Yang, F. AU - Stepanauskas, R. AU - Cardenas, E. AU - Garoutte, A. AU - Williams, R. AU - Flater, J. AU - Tiedje, J. M. AU - Hofmockel, K. S. AU - Gelder, B. AU - Howe, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Strategies to improve reference databases for soil microbiomes JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2016.168 DO - 10.1038/ismej.2016.168 ID - Choi2016 ER - TY - STD TI - Kassambara A, Mundt F. Factoextra: extract and visualize the results of multivariate data analyses. R package version 1.0.6. 2019. https://CRAN.R-project.org/package=factoextra. UR - https://CRAN.R-project.org/package=factoextra ID - ref114 ER - TY - JOUR AU - Sekhon, J. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Multivariate and propensity score matching software with automated balance optimization: The Matching package for R JO - J Stat Softw VL - 42 UR - https://doi.org/10.18637/jss.v042.i07 DO - 10.18637/jss.v042.i07 ID - Sekhon2011 ER - TY - JOUR AU - D’Souza, G. AU - Shitut, S. AU - Preussger, D. AU - Yousif, G. AU - Waschina, S. AU - Kost, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Ecology and evolution of metabolic cross-feeding interactions in bacteria JO - Nat Prod Rep VL - 35 UR - https://doi.org/10.1039/C8NP00009C DO - 10.1039/C8NP00009C ID - D’Souza2018 ER - TY - JOUR AU - Feist, A. M. AU - Scholten, J. C. M. AU - Palsson, B. O. AU - Brockman, F. J. AU - Ideker, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Modeling methanogenesis with a genome-scale metabolic reconstruction of Methanosarcina barkeri JO - Mol Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100046 DO - 10.1038/msb4100046 ID - Feist2006 ER - TY - JOUR AU - Sieber, J. R. AU - McInerney, M. J. AU - Gunsalus, R. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic insights into syntrophy: The paradigm for anaerobic metabolic cooperation JO - Ann Rev Microbiol VL - 66 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-micro-090110-102844 DO - 10.1146/annurev-micro-090110-102844 ID - Sieber2012 ER - TY - JOUR AU - Alanjary, M. AU - Steinke, K. AU - Ziemert, N. PY - 2019 DA - 2019// TI - AutoMLST: an automated web server for generating multi-locus species trees highlighting natural product potential JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkz282 DO - 10.1093/nar/gkz282 ID - Alanjary2019 ER - TY - JOUR AU - Ondov, B. D. AU - Treangen, T. J. AU - Melsted, P. AU - Mallonee, A. B. AU - Bergman, N. H. AU - Koren, S. AU - Phillippy, A. M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x DO - 10.1186/s13059-016-0997-x ID - Ondov2016 ER - TY - STD TI - Dowle M, Srinivasan A. Data.table: Extension of ‘data.frame’. 2021. R package version 1.14.0. https://CRAN.R-project.org/package=data.table. UR - https://CRAN.R-project.org/package=data.table ID - ref121 ER - TY - STD TI - Wickham H. Stringr: Simple, consistent wrappers for common string operations. R package version 1.4.0. 2019. https://CRAN.R-project.org/package=stringr. UR - https://CRAN.R-project.org/package=stringr ID - ref122 ER - TY - STD TI - Davis TL, Day A. Getopt: C-Like ‘getopt’ behavior. R package version 1.20.3. 2019. https://CRAN.R-project.org/package=getopt. UR - https://CRAN.R-project.org/package=getopt ID - ref123 ER - TY - JOUR AU - Wickham, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reshaping data with the reshape package JO - J Stat Softw VL - 21 UR - https://doi.org/10.18637/jss.v021.i12 DO - 10.18637/jss.v021.i12 ID - Wickham2007 ER - TY - STD TI - Corporation M, Weston S. doParallel: Foreach parallel adaptor for the ‘parallel’ package. R package version 1.0.16. 2020. https://CRAN.R-project.org/package=doParallel. UR - https://CRAN.R-project.org/package=doParallel ID - ref125 ER - TY - STD TI - Microsoft, Weston S. Foreach: Provides Foreach Looping Construct. R package version 1.5.1. 2019. https://CRAN.R-project.org/package=foreach. UR - https://CRAN.R-project.org/package=foreach ID - ref126 ER - TY - STD TI - Bengtsson H. R.utils: Various Programming Utilities. R package version 2.10.1. 2019. https://CRAN.R-project.org/package=R.utils. UR - https://CRAN.R-project.org/package=R.utils ID - ref127 ER - TY - STD TI - Gagolewski M. R Package Stringi: Character String Processing Facilities. 2020. http://www.gagolewski.com/software/stringi/. UR - http://www.gagolewski.com/software/stringi/ ID - ref128 ER - TY - STD TI - Gelius-Dietrich G. glpkAPI: R Interface to C API of GLPK. R package version 1.3.2. 2020. https://CRAN.R-project.org/package=glpkAPI. UR - https://CRAN.R-project.org/package=glpkAPI ID - ref129 ER - TY - STD TI - Pagès H, Aboyoun P, Gentleman R, DebRoy S. Biostrings: Efficient Manipulation of Biological Strings. R package version 2.54.0. 2019. ID - ref130 ER - TY - JOUR AU - Bornstein, B. J. AU - Keating, S. M. AU - Jouraku, A. AU - Hucka, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - LibSBML: an API library for SBML JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn051 DO - 10.1093/bioinformatics/btn051 ID - Bornstein2008 ER - TY - STD TI - Zimmermann J, Kaleta C, Waschina S. Gapseq Source Code. 2020. Source code of the version of gapseq used in the computations of the manuscript. https://doi.org/10.5281/zenodo.4199599. ID - ref132 ER -