TY - JOUR AU - Kumaran, R. I. AU - Thakar, R. AU - Spector, D. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Chromatin dynamics and gene positioning JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.03.004 DO - 10.1016/j.cell.2008.03.004 ID - Kumaran2008 ER - TY - JOUR AU - Bonev, B. AU - Cavalli, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Organization and function of the 3D genome JO - Nat Rev Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2016.112 DO - 10.1038/nrg.2016.112 ID - Bonev2016 ER - TY - JOUR AU - Dekker, J. AU - Marti-Renom, M. A. AU - Mirny, L. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data JO - Nat Rev Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3454 DO - 10.1038/nrg3454 ID - Dekker2013 ER - TY - JOUR AU - Spector, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Snapshot: cellular bodies JO - Cell VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.11.026 DO - 10.1016/j.cell.2006.11.026 ID - Spector2006 ER - TY - JOUR AU - Dundr, M. AU - Misteli, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Biogenesis of nuclear bodies JO - Cold Spring Harb Perspect Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a000711 DO - 10.1101/cshperspect.a000711 ID - Dundr2010 ER - TY - JOUR AU - Takizawa, T. AU - Meaburn, K. J. AU - Misteli, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - The meaning of gene positioning JO - Cell VL - 135 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.09.026 DO - 10.1016/j.cell.2008.09.026 ID - Takizawa2008 ER - TY - JOUR AU - Khanna, N. AU - Hu, Y. AU - Belmont, A. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - HSP70 transgene directed motion to nuclear speckles facilitates heat shock activation JO - Curr Biol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.03.053 DO - 10.1016/j.cub.2014.03.053 ID - Khanna2014 ER - TY - JOUR AU - Van Steensel, B. AU - Belmont, A. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Lamina-associated domains: links with chromosome architecture, heterochromatin, and gene repression JO - Cell VL - 169 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.04.022 DO - 10.1016/j.cell.2017.04.022 ID - Van Steensel2017 ER - TY - JOUR AU - Dekker, J. AU - Belmont, A. S. AU - Guttman, M. AU - Leshyk, V. O. AU - Lis, J. T. AU - Lomvardas, S. AU - Mirny, L. A. AU - O’shea, C. C. AU - Park, P. J. AU - Ren, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - The 4D nucleome project JO - Nature VL - 549 UR - https://doi.org/10.1038/nature23884 DO - 10.1038/nature23884 ID - Dekker2017 ER - TY - JOUR AU - Lieberman-Aiden, E. AU - Van Berkum, N. L. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Ragoczy, T. AU - Telling, A. AU - Amit, I. AU - Lajoie, B. R. AU - Sabo, P. J. AU - Dorschner, M. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181369 DO - 10.1126/science.1181369 ID - Lieberman-Aiden2009 ER - TY - JOUR AU - Kempfer, R. AU - Pombo, A. PY - 2020 DA - 2020// TI - Methods for mapping 3d chromosome architecture JO - Nat Rev Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/s41576-019-0195-2 DO - 10.1038/s41576-019-0195-2 ID - Kempfer2020 ER - TY - JOUR AU - Rao, S. S. AU - Huntley, M. H. AU - Durand, N. C. AU - Stamenova, E. K. AU - Bochkov, I. D. AU - Robinson, J. T. AU - Sanborn, A. L. AU - Machol, I. AU - Omer, A. D. AU - Lander, E. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.021 DO - 10.1016/j.cell.2014.11.021 ID - Rao2014 ER - TY - JOUR AU - Guelen, L. AU - Pagie, L. AU - Brasset, E. AU - Meuleman, W. AU - Faza, M. B. AU - Talhout, W. AU - Eussen, B. H. AU - de Klein, A. AU - Wessels, L. AU - de Laat, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06947 DO - 10.1038/nature06947 ID - Guelen2008 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Zhang, Y. AU - Wang, Y. AU - Zhang, L. AU - Brinkman, E. K. AU - Adam, S. A. AU - Goldman, R. AU - Van Steensel, B. AU - Ma, J. AU - Belmont, A. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Mapping 3D genome organization relative to nuclear compartments using TSA-Seq as a cytological ruler JO - J Cell Biol VL - 217 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201807108 DO - 10.1083/jcb.201807108 ID - Chen2018 ER - TY - JOUR AU - Xiong, K. AU - Ma, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Revealing Hi-C subcompartments by imputing inter-chromosomal chromatin interactions JO - Nat Commun VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-019-12954-4 DO - 10.1038/s41467-019-12954-4 ID - Xiong2019 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Yue, F. AU - Kim, A. AU - Li, Y. AU - Shen, Y. AU - Hu, M. AU - Liu, J. S. AU - Ren, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11082 DO - 10.1038/nature11082 ID - Dixon2012 ER - TY - JOUR AU - Nora, E. P. AU - Lajoie, B. R. AU - Schulz, E. G. AU - Giorgetti, L. AU - Okamoto, I. AU - Servant, N. AU - Piolot, T. AU - van Berkum, N. L. AU - Meisig, J. AU - Sedat, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11049 DO - 10.1038/nature11049 ID - Nora2012 ER - TY - JOUR AU - Meuleman, W. AU - Peric-Hupkes, D. AU - Kind, J. AU - Beaudry, J. -. B. AU - Pagie, L. AU - Kellis, M. AU - Reinders, M. AU - Wessels, L. AU - van Steensel, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Constitutive nuclear lamina–genome interactions are highly conserved and associated with A/T-rich sequence JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.141028.112 DO - 10.1101/gr.141028.112 ID - Meuleman2013 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Brady, M. AU - Smith, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Segmentation of brain MR images through a hidden Markov random field model and the expectation-maximization algorithm JO - IEEE Trans Med Imaging VL - 20 UR - https://doi.org/10.1109/42.906424 DO - 10.1109/42.906424 ID - Zhang2001 ER - TY - BOOK AU - Koller, D. AU - Friedman, N. AU - Bach, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Probabilistic Graphical models: principles and techniques PB - MIT Press CY - Cambridge ID - Koller2009 ER - TY - JOUR AU - Zheng, X. AU - Kim, Y. AU - Zheng, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Identification of lamin B–regulated chromatin regions based on chromatin landscapes JO - Mol Biol Cell VL - 26 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.E15-04-0210 DO - 10.1091/mbc.E15-04-0210 ID - Zheng2015 ER - TY - JOUR AU - Marco, E. AU - Meuleman, W. AU - Huang, J. AU - Glass, K. AU - Pinello, L. AU - Wang, J. AU - Kellis, M. AU - Yuan, G. -. C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Multi-scale chromatin state annotation using a hierarchical hidden Markov model JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms15011 DO - 10.1038/ncomms15011 ID - Marco2017 ER - TY - JOUR AU - Libbrecht, M. W. AU - Ay, F. AU - Hoffman, M. M. AU - Gilbert, D. M. AU - Bilmes, J. A. AU - Noble, W. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Joint annotation of chromatin state and chromatin conformation reveals relationships among domain types and identifies domains of cell-type-specific expression JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.184341.114 DO - 10.1101/gr.184341.114 ID - Libbrecht2015 ER - TY - JOUR AU - Leemans, C. AU - van der Zwalm, M. C. AU - Brueckner, L. AU - Comoglio, F. AU - van Schaik, T. AU - Pagie, L. AU - van Arensbergen, J. AU - van Steensel, B. PY - 2019 DA - 2019// TI - Promoter-intrinsic and local chromatin features determine gene repression in LADs JO - Cell VL - 177 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.009 DO - 10.1016/j.cell.2019.03.009 ID - Leemans2019 ER - TY - JOUR AU - Scott, M. S. AU - Boisvert, F. -. M. AU - McDowall, M. D. AU - Lamond, A. I. AU - Barton, G. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characterization and prediction of protein nucleolar localization sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq653 DO - 10.1093/nar/gkq653 ID - Scott2010 ER - TY - JOUR AU - Vertii, A. AU - Ou, J. AU - Yu, J. AU - Yan, A. AU - Pagès, H. AU - Liu, H. AU - Zhu, L. J. AU - Kaufman, P. D. PY - 2019 DA - 2019// TI - Two contrasting classes of nucleolus-associated domains in mouse fibroblast heterochromatin JO - Genome Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1101/gr.247072.118 DO - 10.1101/gr.247072.118 ID - Vertii2019 ER - TY - JOUR AU - Ferrari, K. J. AU - Scelfo, A. AU - Jammula, S. AU - Cuomo, A. AU - Barozzi, I. AU - Stützer, A. AU - Fischle, W. AU - Bonaldi, T. AU - Pasini, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Polycomb-dependent H3K27me1 and H3K27me2 regulate active transcription and enhancer fidelity JO - Mol Cell VL - 53 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2013.10.030 DO - 10.1016/j.molcel.2013.10.030 ID - Ferrari2014 ER - TY - JOUR AU - Niskanen, E. A. AU - Malinen, M. AU - Sutinen, P. AU - Toropainen, S. AU - Paakinaho, V. AU - Vihervaara, A. AU - Joutsen, J. AU - Kaikkonen, M. U. AU - Sistonen, L. AU - Palvimo, J. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Global SUMOylation on active chromatin is an acute heat stress response restricting transcription JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0717-y DO - 10.1186/s13059-015-0717-y ID - Niskanen2015 ER - TY - JOUR AU - Dileep, V. AU - Ay, F. AU - Sima, J. AU - Vera, D. L. AU - Noble, W. S. AU - Gilbert, D. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Topologically associating domains and their long-range contacts are established during early G1 coincident with the establishment of the replication-timing program JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.183699.114 DO - 10.1101/gr.183699.114 ID - Dileep2015 ER - TY - JOUR AU - Yang, Y. AU - Gu, Q. AU - Zhang, Y. AU - Sasaki, T. AU - Crivello, J. AU - O’Neill, R. J. AU - Gilbert, D. M. AU - Ma, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Continuous-trait probabilistic model for comparing multi-species functional genomic data JO - Cell Syst VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2018.05.022 DO - 10.1016/j.cels.2018.05.022 ID - Yang2018 ER - TY - JOUR AU - Zheng, X. AU - Hu, J. AU - Yue, S. AU - Kristiani, L. AU - Kim, M. AU - Sauria, M. AU - Taylor, J. AU - Kim, Y. AU - Zheng, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Lamins organize the global three-dimensional genome from the nuclear periphery JO - Mol Cell VL - 71 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.05.017 DO - 10.1016/j.molcel.2018.05.017 ID - Zheng2018 ER - TY - JOUR AU - Lajoie, B. R. AU - Dekker, J. AU - Kaplan, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - The Hitchhiker’s guide to Hi-C analysis: practical guidelines JO - Methods VL - 72 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2014.10.031 DO - 10.1016/j.ymeth.2014.10.031 ID - Lajoie2015 ER - TY - JOUR AU - Nuebler, J. AU - Fudenberg, G. AU - Imakaev, M. AU - Abdennur, N. AU - Mirny, L. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Chromatin organization by an interplay of loop extrusion and compartmental segregation JO - Proc Natl Acad Sci VL - 115 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1717730115 DO - 10.1073/pnas.1717730115 ID - Nuebler2018 ER - TY - JOUR AU - Hua, N. AU - Tjong, H. AU - Shin, H. AU - Gong, K. AU - Zhou, X. J. AU - Alber, F. PY - 2018 DA - 2018// TI - Producing genome structure populations with the dynamic and automated PGS software JO - Nat Protoc VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2018.008 DO - 10.1038/nprot.2018.008 ID - Hua2018 ER - TY - JOUR AU - Tian, D. AU - Zhang, R. AU - Zhang, Y. AU - Zhu, X. AU - Ma, J. PY - 2020 DA - 2020// TI - MOCHI enables discovery of heterogeneous interactome modules in 3D nucleome JO - Genome Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1101/gr.250316.119 DO - 10.1101/gr.250316.119 ID - Tian2020 ER - TY - JOUR AU - Quinodoz, S. A. AU - Ollikainen, N. AU - Tabak, B. AU - Palla, A. AU - Schmidt, J. M. AU - Detmar, E. AU - Lai, M. M. AU - Shishkin, A. A. AU - Bhat, P. AU - Takei, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Higher-order inter-chromosomal hubs shape 3D genome organization in the nucleus JO - Cell VL - 174 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.024 DO - 10.1016/j.cell.2018.05.024 ID - Quinodoz2018 ER - TY - JOUR AU - Beagrie, R. A. AU - Scialdone, A. AU - Schueler, M. AU - Kraemer, D. C. AU - Chotalia, M. AU - Xie, S. Q. AU - Barbieri, M. AU - de Santiago, I. AU - Lavitas, L. -. M. AU - Branco, M. R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping JO - Nature VL - 543 UR - https://doi.org/10.1038/nature21411 DO - 10.1038/nature21411 ID - Beagrie2017 ER - TY - JOUR AU - Zheng, M. AU - Tian, S. Z. AU - Capurso, D. AU - Kim, M. AU - Maurya, R. AU - Lee, B. AU - Piecuch, E. AU - Gong, L. AU - Zhu, J. J. AU - Li, Z. PY - 2019 DA - 2019// TI - Multiplex chromatin interactions with single-molecule precision JO - Nature VL - 566 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-019-0949-1 DO - 10.1038/s41586-019-0949-1 ID - Zheng2019 ER - TY - JOUR AU - Finn, E. H. AU - Pegoraro, G. AU - Brandao, H. B. AU - Valton, A. -. L. AU - Oomen, M. E. AU - Dekker, J. AU - Mirny, L. AU - Misteli, T. PY - 2019 DA - 2019// TI - Extensive heterogeneity and intrinsic variation in spatial genome organization JO - Cell VL - 176 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.01.020 DO - 10.1016/j.cell.2019.01.020 ID - Finn2019 ER - TY - STD TI - Belaghzal H, Borrman T, Stephens AD, Lafontaine DL, Venev SV, Marko JF, Weng Z, Dekker J. Compartment-dependent chromatin interaction dynamics revealed by liquid chromatin Hi-C. bioRxiv. 2019:704957. ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Beliveau, B. J. AU - Joyce, E. F. AU - Apostolopoulos, N. AU - Yilmaz, F. AU - Fonseka, C. Y. AU - McCole, R. B. AU - Chang, Y. AU - Li, J. B. AU - Senaratne, T. N. AU - Williams, B. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Versatile design and synthesis platform for visualizing genomes with Oligopaint FISH probes JO - Proc Natl Acad Sci VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1213818110 DO - 10.1073/pnas.1213818110 ID - Beliveau2012 ER - TY - JOUR AU - Nir, G. AU - Farabella, I. AU - Estrada, C. P. AU - Ebeling, C. G. AU - Beliveau, B. J. AU - Sasaki, H. M. AU - Lee, S. H. AU - Nguyen, S. C. AU - McCole, R. B. AU - Chattoraj, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Walking along chromosomes with super-resolution imaging, contact maps, and integrative modeling JO - PLoS Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007872 DO - 10.1371/journal.pgen.1007872 ID - Nir2018 ER - TY - JOUR AU - Bintu, B. AU - Mateo, L. J. AU - Su, J. -. H. AU - Sinnott-Armstrong, N. A. AU - Parker, M. AU - Kinrot, S. AU - Yamaya, K. AU - Boettiger, A. N. AU - Zhuang, X. PY - 2018 DA - 2018// TI - Super-resolution chromatin tracing reveals domains and cooperative interactions in single cells JO - Science VL - 362 UR - https://doi.org/10.1126/science.aau1783 DO - 10.1126/science.aau1783 ID - Bintu2018 ER - TY - JOUR AU - Falk, M. AU - Feodorova, Y. AU - Naumova, N. AU - Imakaev, M. AU - Lajoie, B. R. AU - Leonhardt, H. AU - Joffe, B. AU - Dekker, J. AU - Fudenberg, G. AU - Solovei, I. PY - 2019 DA - 2019// TI - Heterochromatin drives compartmentalization of inverted and conventional nuclei JO - Nature VL - 570 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-019-1275-3 DO - 10.1038/s41586-019-1275-3 ID - Falk2019 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and samtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Durand, N. C. AU - Shamim, M. S. AU - Machol, I. AU - Rao, S. S. AU - Huntley, M. H. AU - Lander, E. S. AU - Aiden, E. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Juicer provides a one-click system for analyzing loop-resolution Hi-C experiments JO - Cell Syst VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2016.07.002 DO - 10.1016/j.cels.2016.07.002 ID - Durand2016 ER - TY - JOUR AU - Marchal, C. AU - Sasaki, T. AU - Vera, D. AU - Wilson, K. AU - Sima, J. AU - Rivera-Mulia, J. C. AU - Trevilla-García, C. AU - Nogues, C. AU - Nafie, E. AU - Gilbert, D. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genome-wide analysis of replication timing by next-generation sequencing with E/L Repli-seq JO - Nat Protoc VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2017.148 DO - 10.1038/nprot.2017.148 ID - Marchal2018 ER - TY - JOUR AU - Consortium, E. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - Consortium2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, T. AU - Meyer, C. A. AU - Eeckhoute, J. AU - Johnson, D. S. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Myers, R. M. AU - Brown, M. AU - Li, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS) JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-9-r137 DO - 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Li, G. AU - Fullwood, M. J. AU - Xu, H. AU - Mulawadi, F. H. AU - Velkov, S. AU - Vega, V. AU - Ariyaratne, P. N. AU - Mohamed, Y. B. AU - Ooi, H. -. S. AU - Tennakoon, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - ChIA-PET tool for comprehensive chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-2-r22 DO - 10.1186/gb-2010-11-2-r22 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Zhan, Y. AU - Mariani, L. AU - Barozzi, I. AU - Schulz, E. G. AU - Blüthgen, N. AU - Stadler, M. AU - Tiana, G. AU - Giorgetti, L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Reciprocal insulation analysis of Hi-C data shows that TADs represent a functionally but not structurally privileged scale in the hierarchical folding of chromosomes JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.212803.116 DO - 10.1101/gr.212803.116 ID - Zhan2017 ER - TY - JOUR AU - Celeux, G. AU - Forbes, F. AU - Peyrard, N. PY - 2003 DA - 2003// TI - EM procedures using mean field-like approximations for markov model-based image segmentation JO - Pattern Recog VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/S0031-3203(02)00027-4 DO - 10.1016/S0031-3203(02)00027-4 ID - Celeux2003 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. PY - 1992 DA - 1992// TI - The mean field theory in EM procedures for markov random fields JO - IEEE Trans Signal Process VL - 40 UR - https://doi.org/10.1109/78.157297 DO - 10.1109/78.157297 ID - Zhang1992 ER - TY - CHAP AU - Murphy, K. P. AU - Weiss, Y. AU - Jordan, M. I. PY - 1999 DA - 1999// TI - Loopy belief propagation for approximate inference: an empirical study BT - Proceedings of the Fifteenth Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence PB - Morgan Kaufmann Publishers Inc. CY - San Francisco ID - Murphy1999 ER - TY - JOUR AU - Malika, C. AU - Ghazzali, N. AU - Boiteau, V. AU - Niknafs, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Nbclust: an R package for determining the relevant number of clusters in a data set JO - J Stat Softw VL - 61 ID - Malika2014 ER - TY - JOUR AU - Pedregosa, F. AU - Varoquaux, G. AU - Gramfort, A. AU - Michel, V. AU - Thirion, B. AU - Grisel, O. AU - Blondel, M. AU - Prettenhofer, P. AU - Weiss, R. AU - Dubourg, V. AU - Vanderplas, J. AU - Passos, A. AU - Cournapeau, D. AU - Brucher, M. AU - Perrot, M. AU - Duchesnay, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scikit-learn: machine learning in Python JO - J Mach Learn Res VL - 12 ID - Pedregosa2011 ER - TY - STD TI - Wang Y, Zhang Y, Zhang R, van Schaik T, Zhang L, Sasaki T, Peric-Hupkes D, Chen Y, Gilbert DM, van Steensel B, Belmont AS, Ma J. SPIN reveals genome-wide landscape of nuclear compartmentalization. GitHub. 2020. https://github.com/ma-compbio/SPIN. Accessed 18 Dec 2020. UR - https://github.com/ma-compbio/SPIN ID - ref57 ER - TY - STD TI - Wang Y, Zhang Y, Zhang R, van Schaik T, Zhang L, Sasaki T, Peric-Hupkes D, Chen Y, Gilbert DM, van Steensel B, Belmont AS, Ma J. SPIN reveals genome-wide landscape of nuclear compartmentalization. Zenodo. 2020. https://doi.org/10.5281/zenodo.4245640. Accessed 18 Dec 2020. ID - ref58 ER - TY - STD TI - Wang Y, Zhang Y, Zhang R, van Schaik T, Zhang L, Sasaki T, Peric-Hupkes D, Chen Y, Gilbert DM, van Steensel B, Belmont AS, Ma J. SPIN reveals genome-wide landscape of nuclear compartmentalization. Multi-fraction Repli-seq on K562 cell line. Gene Expr Omnibus. 2020. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148362. Accessed 18 Dec 2020. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148362 ID - ref59 ER - TY - STD TI - Wang Y, Zhang Y, Zhang R, van Schaik T, Zhang L, Sasaki T, Peric-Hupkes D, Chen Y, Gilbert DM, van Steensel B, Belmont AS, Ma J. SPIN reveals genome-wide landscape of nuclear compartmentalization. Genome-wide maps of nucleolus interactions in human cells using 4xAP3 DamID. Gene Expr Omnibus. 2020. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148609. Accessed 18 Dec 2020. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148609 ID - ref60 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Zhou, S. AU - Schwartz, D. C. AU - Ma, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Allele-specific quantification of structural variations in cancer genomes JO - Cell Syst VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2016.05.007 DO - 10.1016/j.cels.2016.05.007 ID - Li2016 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Xu, J. AU - Dileep, V. AU - Zhan, Y. AU - Song, F. AU - Le, V. T. AU - Yardımcı, G. G. AU - Chakraborty, A. AU - Bann, D. V. AU - Wang, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Integrative detection and analysis of structural variation in cancer genomes JO - Nat Genet VL - 50 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0195-8 DO - 10.1038/s41588-018-0195-8 ID - Dixon2018 ER -