Table 2 List of primers used for mutagenesis PCR cloning in this study
From: Intronic tRNAs of mitochondrial origin regulate constitutive and alternative splicing
Plasmid | Primer fwd | Primer rev | Template plasmid |
|---|---|---|---|
Y delD | GTCGAATTGCAAATTCGAAG | CTTAAGACCTCTGGTAAAAAG | Y |
Y delT | TAAGACTTCTACCGCCAT | ACCTTCGAATTTGCAATTC | Y |
Y delAcc | ttcgaaggtgtagagaaatctctacCTACCGCCATTTTTTTTTTC | tttgcaattcgacatgaatatcacctTCTGGTAAAAAGGGGTAC | Y |
Y delAnti | AGGTGTAGAGAAATCTCTAC | CATGAATATCACCTTAAGAC | Y |
Y scrbl | agtatttgcggattaacaatgactggtaccactGAGGTCTTAAGGTGGGAATTC | agcattaaggctttaacactcttggttttattaaTATGTTCATTAATCGTTGATTATTCTC | Y |
Y r.-c. | tttacagtctaatgcttactcagccattttaccGAGGTCTTAAGGTGGGAATTC | tctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaTATGTTCATTAATCGTTGATTATTCTC | Y |
C r.-c. | tttgcaattcgacatgaatatcaccttaagaccCTACCGCCATTTTTTTTTTC | ttcgaaggtgtagagaaatctctactaagacttTCTGGTAAAAAGGGGTAC | C |
mt T | TAAACCGGAGATGAAAACCTTTTTCCAAGGACAGAGGTCTTAAGGTGGGAATTC | CAAGACTGGTGTATTAGTTTATACTACAAGGACTATGTTCATTAATCGTTGATTATTCTC | Y |
Y25 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaCAGTGGCAATGAGAGTGAAG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccTCTTCGGAGAGCTTAAGG | Low0-eGFP |
Y50 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaGTATCAGCACTTGTGGAG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccTTCTCCTTCACTCTCATTG | Low0-eGFP |
Y100 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaGGATATTGATGATCTGTAGTGCTACAG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccCAAGGAGCATGGTGCCCC | Low0-eGFP |
Y214 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaCAAGAAGTAGTATTGGTAAATGTGACAGAAAATTTTAAC | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccTGGGTTGGGGTCTGTGGG | Low0-eGFP |
Y657 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaGAGCCAATTCCCATACATTATTG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccAAAGGATACCTTTGGACAG | Low0-eGFP |
Y1100 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaAATAATCTTTAAGCAATCCTC | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccGTTTTATTATTTCCAAATTGTTCTC | Low0-eGFP |
Y1450 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaTGAGGGACAATTGGAGAAGTG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccTATCGCCTCCTCCAGGTC | Low0-eGFP |
Y2125 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaTATTCACCATTATCGTTTCAG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccTCCCTGCCTAACTCTATTC | Low0-eGFP |
Y2150 | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaCGTTTCAGACCCACCTCC | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccATAATGGTGAATATCCCTGCC | Low0-eGFP |
i1-Y | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |
i2–5′-Y | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaAACTATAAGGTAGACATTCTTATTC | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccAGCTATTAAAAATATTGTTAATGATTC | Designer exon |
i2-c-Y | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaTCATTTTCATTTCCAGGG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccTAACTGTGCTCAAATTCTAG | Designer exon |
i2–3′-Y | ctaaacacagaggtttaaatcctctttttaccaCTGTGCACACGAGTGTAG | atttacagtctaatgcttactcagccattttaccCAAGAAAGAGAGATAACTGGG | Designer exon |
mt Ser2 hs | cccccatgtctaacaacatggctttctcaAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | catgagttagcagttcttgtgagctttctcAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |
nimtRNA Ser2–12 | catatattaatataacaatatggctttatcaAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | ggggcattattagcagttatcgcatactttctAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |
nimtRNA Ser2–32 | ccttttgtgtatcatccataacttttctaAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | aaaagaatgagcagttttttgttttgtttAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |
nimtRNA Ser2–34 | gggggtggcagtctctttcatcAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | atgttaaaaacatggcttcatcAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |
nimtRNA Ser2–55 | cccccagaaaccaaactggctctcttgAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | tcgtggggttaggtcctcatgcttctctAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |
nimtRNA Ser2–56 | tgtcaaatgtattagtttattctttcAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | tcaaaatttaaaacttttgctctttcAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |
nimtRNA Ser2–67 | ttaacaagaaaggctttttcaAGTTTCCCAAAATTTTATTTTTGG | tcaaagtaggcttttctttttAAAACAGGCTTCCAACAATG | Designer exon |