TY - JOUR AU - Wendel, J. F. AU - Jackson, S. A. AU - Meyers, B. C. AU - Wing, R. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Evolution of plant genome architecture JO - Genome Biol VL - 17 ID - Wendel2016 ER - TY - JOUR AU - Comai, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - The advantages and disadvantages of being polyploid JO - Nat Rev Genet VL - 6 ID - Comai2005 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Visger, C. J. AU - Soltis, P. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - The polyploidy revolution then...and now: Stebbins revisited JO - Am J Bot VL - 101 ID - Soltis2014 ER - TY - JOUR AU - Adams, K. L. AU - Wendel, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Polyploidy and genome evolution in plants JO - Curr Opin Plant Biol VL - 8 ID - Adams2005 ER - TY - JOUR AU - Jackson, S. AU - Chen, Z. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic and expression plasticity of polyploidy JO - Curr Opin Plant Biol VL - 13 ID - Jackson2010 ER - TY - JOUR AU - Leitch, A. R. AU - Leitch, I. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic plasticity and the diversity of polyploid plants JO - Science VL - 320 ID - Leitch2008 ER - TY - JOUR AU - Storchova, Z. AU - Pellman, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - From polyploidy to aneuploidy, genome instability and cancer JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 5 ID - Storchova2004 ER - TY - JOUR AU - Bevan, M. W. AU - Uauy, C. AU - Wulff, B. B. AU - Zhou, J. AU - Krasileva, K. AU - Clark, M. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Genomic innovation for crop improvement JO - Nature VL - 543 ID - Bevan2017 ER - TY - JOUR AU - Chen, Z. J. AU - Sreedasyam, A. AU - Ando, A. AU - Song, Q. AU - Santiago, L. M. AU - Hulse-Kemp, A. M. AU - Ding, M. AU - Ye, W. AU - Kirkbride, R. C. AU - Jenkins, J. PY - 2020 DA - 2020// TI - Genomic diversifications of five Gossypium allopolyploid species and their impact on cotton improvement JO - Nat Genet VL - 52 ID - Chen2020 ER - TY - JOUR AU - Selmecki, A. M. AU - Maruvka, Y. E. AU - Richmond, P. A. AU - Guillet, M. AU - Shoresh, N. AU - Sorenson, A. L. AU - De, S. AU - Kishony, R. AU - Michor, F. AU - Dowell, R. AU - Pellman, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Polyploidy can drive rapid adaptation in yeast JO - Nature VL - 519 ID - Selmecki2015 ER - TY - JOUR AU - Chao, D. Y. AU - Dilkes, B. AU - Luo, H. AU - Douglas, A. AU - Yakubova, E. AU - Lahner, B. AU - Salt, D. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Polyploids exhibit higher potassium uptake and salinity tolerance in Arabidopsis JO - Science VL - 341 ID - Chao2013 ER - TY - JOUR AU - Ni, Z. AU - Kim, E. D. AU - Ha, M. AU - Lackey, E. AU - Liu, J. AU - Zhang, Y. AU - Sun, Q. AU - Chen, Z. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Altered circadian rhythms regulate growth vigour in hybrids and allopolyploids JO - Nature VL - 457 ID - Ni2009 ER - TY - JOUR AU - Miller, M. AU - Song, Q. AU - Shi, X. AU - Juenger, T. E. AU - Chen, Z. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Natural variation in timing of stress-responsive gene expression predicts heterosis in intraspecific hybrids of Arabidopsis JO - Nat Commun VL - 6 ID - Miller2015 ER - TY - JOUR AU - Song, Q. AU - Ando, A. AU - Xu, D. AU - Fang, L. AU - Zhang, T. AU - Huq, E. AU - Qiao, H. AU - Deng, X. W. AU - Chen, Z. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Diurnal down-regulation of ethylene biosynthesis mediates biomass heterosis JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 115 ID - Song2018 ER - TY - JOUR AU - Chen, Z. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic and epigenetic insights into the molecular bases of heterosis JO - Nat Rev Genet VL - 14 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Miller, M. AU - Zhang, C. AU - Chen, Z. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ploidy and hybridity effects on growth vigor and gene expression in Arabidopsis thaliana hybrids and their parents JO - G3 (Bethesda) VL - 2 ID - Miller2012 ER - TY - JOUR AU - Galitski, T. AU - Saldanha, A. J. AU - Styles, C. A. AU - Lander, E. S. AU - Fink, G. R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Ploidy regulation of gene expression JO - Science VL - 285 ID - Galitski1999 ER - TY - JOUR AU - Coate, J. E. AU - Doyle, J. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Quantifying whole transcriptome size, a prerequisite for understanding transcriptome evolution across species: an example from a plant allopolyploid JO - Genome Biol Evol VL - 2 ID - Coate2010 ER - TY - JOUR AU - Yu, Z. AU - Haberer, G. AU - Matthes, M. AU - Rattei, T. AU - Mayer, K. F. AU - Gierl, A. AU - Torres-Ruiz, R. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Impact of natural genetic variation on the transcriptome of autotetraploid Arabidopsis thaliana JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 ID - Yu2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Tian, L. AU - Lee, H. S. AU - Wei, N. E. AU - Jiang, H. AU - Watson, B. AU - Madlung, A. AU - Osborn, T. C. AU - Doerge, R. W. AU - Comai, L. AU - Chen, Z. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomewide nonadditive gene regulation in Arabidopsis allotetraploids JO - Genetics VL - 172 ID - Wang2006 ER - TY - JOUR AU - Coate, J. E. AU - Doyle, J. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Variation in transcriptome size: are we getting the message? JO - Chromosoma VL - 124 ID - Coate2015 ER - TY - JOUR AU - Pirrello, J. AU - Deluche, C. AU - Frangne, N. AU - Gevaudant, F. AU - Maza, E. AU - Djari, A. AU - Bourge, M. AU - Renaudin, J. P. AU - Brown, S. AU - Bowler, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Transcriptome profiling of sorted endoreduplicated nuclei from tomato fruits: how the global shift in expression ascribed to DNA ploidy influences RNA-Seq data normalization and interpretation JO - Plant J VL - 93 ID - Pirrello2018 ER - TY - JOUR AU - Loven, J. AU - Orlando, D. A. AU - Sigova, A. A. AU - Lin, C. Y. AU - Rahl, P. B. AU - Burge, C. B. AU - Levens, D. L. AU - Lee, T. I. AU - Young, R. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Revisiting global gene expression analysis JO - Cell VL - 151 ID - Loven2012 ER - TY - JOUR AU - Birchler, J. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Facts and artifacts in studies of gene expression in aneuploids and sex chromosomes JO - Chromosoma VL - 123 ID - Birchler2014 ER - TY - JOUR AU - Brennecke, P. AU - Anders, S. AU - Kim, J. K. AU - Kolodziejczyk, A. A. AU - Zhang, X. AU - Proserpio, V. AU - Baying, B. AU - Benes, V. AU - Teichmann, S. A. AU - Marioni, J. C. AU - Heisler, M. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Accounting for technical noise in single-cell RNA-seq experiments JO - Nat Methods VL - 10 ID - Brennecke2013 ER - TY - JOUR AU - Islam, S. AU - Zeisel, A. AU - Joost, S. AU - Manno, G. AU - Zajac, P. AU - Kasper, M. AU - Lonnerberg, P. AU - Linnarsson, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers JO - Nat Methods VL - 11 ID - Islam2014 ER - TY - JOUR AU - Karaiskos, N. AU - Wahle, P. AU - Alles, J. AU - Boltengagen, A. AU - Ayoub, S. AU - Kipar, C. AU - Kocks, C. AU - Rajewsky, N. AU - Zinzen, R. P. PY - 2017 DA - 2017// TI - The Drosophila embryo at single-cell transcriptome resolution JO - Science VL - 358 ID - Karaiskos2017 ER - TY - JOUR AU - Navin, N. AU - Kendall, J. AU - Troge, J. AU - Andrews, P. AU - Rodgers, L. AU - McIndoo, J. AU - Cook, K. AU - Stepansky, A. AU - Levy, D. AU - Esposito, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Tumour evolution inferred by single-cell sequencing JO - Nature VL - 472 ID - Navin2011 ER - TY - JOUR AU - Efroni, I. AU - Birnbaum, K. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - The potential of single-cell profiling in plants JO - Genome Biol VL - 17 ID - Efroni2016 ER - TY - JOUR AU - Libault, M. AU - Pingault, L. AU - Zogli, P. AU - Schiefelbein, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Plant systems biology at the single-cell level JO - Trends Plant Sci VL - 22 ID - Libault2017 ER - TY - JOUR AU - Doyle, J. J. AU - Coate, J. E. PY - 2019 DA - 2019// TI - Polyploidy, the nucleotype, and novelty: the impact of genome doubling on the biology of the cell JO - Int J Plant Sci VL - 180 ID - Doyle2019 ER - TY - JOUR AU - Ng, D. W. AU - Zhang, C. AU - Miller, M. AU - Shen, Z. AU - Briggs, S. P. AU - Chen, Z. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Proteomic divergence in Arabidopsis autopolyploids and allopolyploids and their progenitors JO - Heredity VL - 108 ID - Ng2012 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Chen, K. AU - Xia, Z. AU - Chavez, M. AU - Pal, S. AU - Seol, J. H. AU - Chen, C. C. AU - Li, W. AU - Tyler, J. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Nucleosome loss leads to global transcriptional up-regulation and genomic instability during yeast aging JO - Genes Dev VL - 28 ID - Hu2014 ER - TY - JOUR AU - Steffen, J. G. AU - Kang, I. H. AU - Macfarlane, J. AU - Drews, G. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of genes expressed in the Arabidopsis female gametophyte JO - Plant J VL - 51 ID - Steffen2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, D. AU - Zhang, C. AU - Hearn, D. J. AU - Kang, I. H. AU - Punwani, J. A. AU - Skaggs, M. I. AU - Drews, G. N. AU - Schumaker, K. S. AU - Yadegari, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of transcription-factor genes expressed in the Arabidopsis female gametophyte JO - BMC Plant Biol VL - 10 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Picelli, S. AU - Faridani, O. R. AU - Bjorklund, A. K. AU - Winberg, G. AU - Sagasser, S. AU - Sandberg, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2 JO - Nat Protoc VL - 9 ID - Picelli2014 ER - TY - JOUR AU - Grun, D. AU - Kester, L. AU - Oudenaarden, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Validation of noise models for single-cell transcriptomics JO - Nat Methods VL - 11 ID - Grun2014 ER - TY - JOUR AU - Choi, Y. AU - Gehring, M. AU - Johnson, L. AU - Hannon, M. AU - Harada, J. J. AU - Goldberg, R. B. AU - Jacobsen, S. E. AU - Fischer, R. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - DEMETER, a DNA glycosylase domain protein, is required for endosperm gene imprinting and seed viability in Arabidopsis JO - Cell VL - 110 ID - Choi2002 ER - TY - JOUR AU - Kinoshita, T. AU - Miura, A. AU - Choi, Y. AU - Kinoshita, Y. AU - Cao, X. AU - Jacobsen, S. E. AU - Fischer, R. L. AU - Kakutani, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - One-way control of FWA imprinting in Arabidopsis endosperm by DNA methylation JO - Science VL - 303 ID - Kinoshita2004 ER - TY - JOUR AU - Koszegi, D. AU - Johnston, A. J. AU - Rutten, T. AU - Czihal, A. AU - Altschmied, L. AU - Kumlehn, J. AU - Wust, S. E. AU - Kirioukhova, O. AU - Gheyselinck, J. AU - Grossniklaus, U. AU - Baumlein, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Members of the RKD transcription factor family induce an egg cell-like gene expression program JO - Plant J VL - 67 ID - Koszegi2011 ER - TY - JOUR AU - Sprunck, S. AU - Rademacher, S. AU - Vogler, F. AU - Gheyselinck, J. AU - Grossniklaus, U. AU - Dresselhaus, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Egg cell-secreted EC1 triggers sperm cell activation during double fertilization JO - Science VL - 338 ID - Sprunck2012 ER - TY - JOUR AU - Tung, P. Y. AU - Blischak, J. D. AU - Hsiao, C. J. AU - Knowles, D. A. AU - Burnett, J. E. AU - Pritchard, J. K. AU - Gilad, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies JO - Sci Rep VL - 7 ID - Tung2017 ER - TY - JOUR AU - Gehring, M. AU - Huh, J. H. AU - Hsieh, T. F. AU - Penterman, J. AU - Choi, Y. AU - Harada, J. J. AU - Goldberg, R. B. AU - Fischer, R. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - DEMETER DNA glycosylase establishes MEDEA polycomb gene self-imprinting by allele-specific demethylation JO - Cell VL - 124 ID - Gehring2006 ER - TY - JOUR AU - Chaudhury, A. M. AU - Ming, L. AU - Miller, C. AU - Craig, S. AU - Dennis, E. S. AU - Peacock, W. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Fertilization-independent seed development in Arabidopsis thaliana JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 94 ID - Chaudhury1997 ER - TY - JOUR AU - Grossniklaus, U. AU - Vielle-Calzada, J. P. AU - Hoeppner, M. A. AU - Gagliano, W. B. PY - 1998 DA - 1998// TI - Maternal control of embryogenesis by MEDEA, a polycomb group gene in Arabidopsis JO - Science VL - 280 ID - Grossniklaus1998 ER - TY - JOUR AU - Xiao, W. AU - Gehring, M. AU - Choi, Y. AU - Margossian, L. AU - Pu, H. AU - Harada, J. J. AU - Goldberg, R. B. AU - Pennell, R. I. AU - Fischer, R. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Imprinting of the MEA Polycomb gene is controlled by antagonism between MET1 methyltransferase and DME glycosylase JO - Dev Cell VL - 5 ID - Xiao2003 ER - TY - JOUR AU - Raissig, M. T. AU - Bemer, M. AU - Baroux, C. AU - Grossniklaus, U. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic imprinting in the Arabidopsis embryo is partly regulated by PRC2 JO - PLoS Genet VL - 9 ID - Raissig2013 ER - TY - JOUR AU - Kohler, C. AU - Wolff, P. AU - Spillane, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Epigenetic mechanisms underlying genomic imprinting in plants JO - Annu Rev Plant Biol VL - 63 ID - Kohler2012 ER - TY - STD TI - Weinhofer I, Hehenberger E, Roszak P, Hennig L, Kohler C. H3K27me3 profiling of the endosperm implies exclusion of polycomb group protein targeting by DNA methylation. PLoS Genet. 2010;6:e1001152. ID - ref49 ER - TY - JOUR AU - Bushell, C. AU - Spielman, M. AU - Scott, R. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The basis of natural and artificial postzygotic hybridization barriers in Arabidopsis species JO - Plant Cell VL - 15 ID - Bushell2003 ER - TY - JOUR AU - Josefsson, C. AU - Dilkes, B. AU - Comai, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Parent-dependent loss of gene silencing during interspecies hybridization JO - Curr Biol VL - 16 ID - Josefsson2006 ER - TY - JOUR AU - Hu, Y. AU - Poh, H. M. AU - Chua, N. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Arabidopsis ARGOS-LIKE gene regulates cell expansion during organ growth JO - Plant J VL - 47 ID - Hu2006 ER - TY - JOUR AU - Deprost, D. AU - Yao, L. AU - Sormani, R. AU - Moreau, M. AU - Leterreux, G. AU - Nicolai, M. AU - Bedu, M. AU - Robaglia, C. AU - Meyer, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Arabidopsis TOR kinase links plant growth, yield, stress resistance and mRNA translation JO - EMBO Rep VL - 8 ID - Deprost2007 ER - TY - JOUR AU - Guo, H. AU - Li, L. AU - Ye, H. AU - Yu, X. AU - Algreen, A. AU - Yin, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 106 ID - Guo2009 ER - TY - JOUR AU - Qin, Z. AU - Zhang, X. AU - Zhang, X. AU - Feng, G. AU - Hu, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - The Arabidopsis ORGAN SIZE RELATED 2 is involved in regulation of cell expansion during organ growth JO - BMC Plant Biol VL - 14 ID - Qin2014 ER - TY - JOUR AU - Englhart, M. AU - Soljic, L. AU - Sprunck, S. PY - 1669 DA - 1669// TI - Manual isolation of living cells from the Arabidopsis thaliana female gametophyte by micromanipulation JO - Methods Mol Biol VL - 2017 ID - Englhart1669 ER - TY - JOUR AU - Frawley, L. E. AU - Orr-Weaver, T. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Polyploidy JO - Curr Biol VL - 25 ID - Frawley2015 ER - TY - JOUR AU - Dresselhaus, T. AU - Franklin-Tong, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Male-female crosstalk during pollen germination, tube growth and guidance, and double fertilization JO - Mol Plant VL - 6 ID - Dresselhaus2013 ER - TY - JOUR AU - Yu, H. J. AU - Hogan, P. AU - Sundaresan, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Analysis of the female gametophyte transcriptome of Arabidopsis by comparative expression profiling JO - Plant Physiol VL - 139 ID - Yu2005 ER - TY - JOUR AU - Sprunck, S. AU - Baumann, U. AU - Edwards, K. AU - Langridge, P. AU - Dresselhaus, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcript composition of egg cells changes significantly following fertilization in wheat (Triticum aestivum L.) JO - Plant J VL - 41 ID - Sprunck2005 ER - TY - JOUR AU - Ishikawa, R. AU - Ohnishi, T. AU - Kinoshita, Y. AU - Eiguchi, M. AU - Kurata, N. AU - Kinoshita, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Rice interspecies hybrids show precocious or delayed developmental transitions in the endosperm without change to the rate of syncytial nuclear division JO - Plant J VL - 65 ID - Ishikawa2011 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. AU - Strieder, N. AU - Krohn, N. G. AU - Cyprys, P. AU - Sprunck, S. AU - Engelmann, J. C. AU - Dresselhaus, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Zygotic genome activation occurs shortly after fertilization in maize JO - Plant Cell VL - 29 ID - Chen2017 ER - TY - JOUR AU - Wuest, S. E. AU - Vijverberg, K. AU - Schmidt, A. AU - Weiss, M. AU - Gheyselinck, J. AU - Lohr, M. AU - Wellmer, F. AU - Rahnenfuhrer, J. AU - Mering, C. AU - Grossniklaus, U. PY - 2010 DA - 2010// TI - Arabidopsis female gametophyte gene expression map reveals similarities between plant and animal gametes JO - Curr Biol VL - 20 ID - Wuest2010 ER - TY - JOUR AU - Schmid, M. W. AU - Schmidt, A. AU - Klostermeier, U. C. AU - Barann, M. AU - Rosenstiel, P. AU - Grossniklaus, U. PY - 2012 DA - 2012// TI - A powerful method for transcriptional profiling of specific cell types in eukaryotes: laser-assisted microdissection and RNA sequencing JO - PLoS One VL - 7 ID - Schmid2012 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, A. AU - Schmid, M. W. AU - Klostermeier, U. C. AU - Qi, W. AU - Guthorl, D. AU - Sailer, C. AU - Waller, M. AU - Rosenstiel, P. AU - Grossniklaus, U. PY - 2014 DA - 2014// TI - Apomictic and sexual germline development differ with respect to cell cycle, transcriptional, hormonal and epigenetic regulation JO - PLoS Genet VL - 10 ID - Schmidt2014 ER - TY - STD TI - Schon MA, Nodine M. Widespread contamination of Arabidopsis embryo and endosperm transcriptome datasets. Plant Cell. 2017;29:608-17. ID - ref66 ER - TY - JOUR AU - Huang, Q. AU - Dresselhaus, T. AU - Gu, H. AU - Qu, L. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Active role of small peptides in Arabidopsis reproduction: expression evidence JO - J Integr Plant Biol VL - 57 ID - Huang2015 ER - TY - JOUR AU - Marshall, E. AU - Costa, L. M. AU - Gutierrez-Marcos, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cysteine-rich peptides (CRPs) mediate diverse aspects of cell-cell communication in plant reproduction and development JO - J Exp Bot VL - 62 ID - Marshall2011 ER - TY - JOUR AU - Brady, S. M. AU - Orlando, D. A. AU - Lee, J. Y. AU - Wang, J. Y. AU - Koch, J. AU - Dinneny, J. R. AU - Mace, D. AU - Ohler, U. AU - Benfey, P. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - A high-resolution root spatiotemporal map reveals dominant expression patterns JO - Science VL - 318 ID - Brady2007 ER - TY - JOUR AU - Berger, F. AU - Hamamura, Y. AU - Ingouff, M. AU - Higashiyama, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Double fertilization - caught in the act JO - Trends Plant Sci VL - 13 ID - Berger2008 ER - TY - JOUR AU - Tian, H. Q. AU - Yuan, T. AU - Russell, S. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Relationship between double fertilization and the cell cycle in male and female gametes of tobacco JO - Sex Plant Reprod VL - 17 ID - Tian2005 ER - TY - JOUR AU - Zhurinsky, J. AU - Leonhard, K. AU - Watt, S. AU - Marguerat, S. AU - Bahler, J. AU - Nurse, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - A coordinated global control over cellular transcription JO - Curr Biol VL - 20 ID - Zhurinsky2010 ER - TY - JOUR AU - Sundaresan, V. AU - Alandete-Saez, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Pattern formation in miniature: the female gametophyte of flowering plants JO - Development VL - 137 ID - Sundaresan2010 ER - TY - JOUR AU - Yang, W. C. AU - Shi, D. Q. AU - Chen, Y. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Female gametophyte development in flowering plants JO - Annu Rev Plant Biol VL - 61 ID - Yang2010 ER - TY - JOUR AU - Xiong, Y. AU - Sheen, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - The role of target of rapamycin signaling networks in plant growth and metabolism JO - Plant Physiol VL - 164 ID - Xiong2014 ER - TY - JOUR AU - Brink, R. A. AU - Cooper, D. C. PY - 1940 DA - 1940// TI - Double fertilization and development of the seed in angiosperms JO - Bot Gaz VL - 102 ID - Brink1940 ER - TY - JOUR AU - Ikeda, Y. AU - Kinoshita, Y. AU - Susaki, D. AU - Ikeda, Y. AU - Iwano, M. AU - Takayama, S. AU - Higashiyama, T. AU - Kakutani, T. AU - Kinoshita, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - HMG domain containing SSRP1 is required for DNA demethylation and genomic imprinting in Arabidopsis JO - Dev Cell VL - 21 ID - Ikeda2011 ER - TY - JOUR AU - Dobin, A. AU - Davis, C. A. AU - Schlesinger, F. AU - Drenkow, J. AU - Zaleski, C. AU - Jha, S. AU - Batut, P. AU - Chaisson, M. AU - Gingeras, T. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner JO - Bioinformatics VL - 29 ID - Dobin2013 ER - TY - JOUR AU - Smith, T. AU - Heger, A. AU - Sudbery, I. PY - 2017 DA - 2017// TI - UMI-tools: modeling sequencing errors in unique molecular identifiers to improve quantification accuracy JO - Genome Res VL - 27 ID - Smith2017 ER - TY - STD TI - Huang da W, Sherman BT, Lempicki RA: Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists. Nucleic Acids Res 2009, 37:1–13. ID - ref80 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Paggi, J. M. AU - Park, C. AU - Bennett, C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2019 DA - 2019// TI - Graph-based genome alignment and genotyping with HISAT2 and HISAT-genotype JO - Nat Biotechnol VL - 37 ID - Kim2019 ER - TY - JOUR AU - Pertea, M. AU - Pertea, G. M. AU - Antonescu, C. M. AU - Chang, T. C. AU - Mendell, J. T. AU - Salzberg, S. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads JO - Nat Biotechnol VL - 33 ID - Pertea2015 ER - TY - JOUR AU - Clough, S. J. AU - Bent, A. F. PY - 1998 DA - 1998// TI - Floral dip: a simplified method for Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana JO - Plant J VL - 16 ID - Clough1998 ER - TY - STD TI - Song Q, Ando A, Jiang J, Ikeda Y, Chen ZJ: Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes. vol. SRP160651: NCBI SRA: https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP160651; 2020. UR - https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP160651; ID - ref84 ER - TY - STD TI - Song Q, Ando A, Jiang J, Ikeda Y, Chen ZJ: Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes. GitHub: https://github.com/qingxinsong/single_cell; 2020. UR - https://github.com/qingxinsong/single_cell; ID - ref85 ER -