TY - JOUR AU - Ahmed, R. AU - Omidian, Z. AU - Giwa, A. AU - Cornwell, B. AU - Majety, N. AU - Bell, D. R. AU - Lee, S. AU - Zhang, H. AU - Michels, A. AU - Desiderio, S. PY - 2019 DA - 2019// TI - A public bcr present in a unique dual-receptor-expressing lymphocyte from type 1 diabetes patients encodes a potent t cell autoantigen JO - Cell VL - 177 ID - Ahmed2019 ER - TY - JOUR AU - Babtie, A. C. AU - Chan, T. E. AU - Stumpf, M. P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Learning regulatory models for cell development from single cell transcriptomic data JO - Curr Opin Syst Biol VL - 5 ID - Babtie2017 ER - TY - JOUR AU - Bloom, J. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - Estimating the frequency of multiplets in single-cell RNA sequencing from cell-mixing experiments JO - PeerJ VL - 6 ID - Bloom2018 ER - TY - JOUR AU - Butler, A. AU - Hoffman, P. AU - Smibert, P. AU - Papalexi, E. AU - Satija, R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species JO - Nat Biotechnol VL - 36 ID - Butler2018 ER - TY - JOUR AU - Campbell, K. R. AU - Yau, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Order under uncertainty: robust differential expression analysis using probabilistic models for pseudotime inference JO - PLoS Comput Biol VL - 12 ID - Campbell2016 ER - TY - JOUR AU - Cao, J. AU - Packer, J. S. AU - Ramani, V. AU - Cusanovich, D. A. AU - Huynh, C. AU - Daza, R. AU - Qiu, X. AU - Lee, C. AU - Furlan, S. N. AU - Steemers, F. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Comprehensive single-cell transcriptional profiling of a multicellular organism JO - Science VL - 357 ID - Cao2017 ER - TY - JOUR AU - Collins, D. J. AU - Neild, A. AU - Liu, A. Q. AU - Ai, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - The Poisson distribution and beyond: methods for microfluidic droplet production and single cell encapsulation JO - Lab Chip VL - 15 ID - Collins2015 ER - TY - JOUR AU - Gaublomme, J. T. AU - Li, B. AU - McCabe, C. AU - Knecht, A. AU - Yang, Y. AU - Drokhlyansky, E. AU - Van Wittenberghe, N. AU - Waldman, J. AU - Dionne, D. AU - Nguyen, L. PY - 2019 DA - 2019// TI - Nuclei multiplexing with barcoded antibodies for single-nucleus genomics JO - Nat Commun VL - 10 ID - Gaublomme2019 ER - TY - JOUR AU - Haghverdi, L. AU - Buettner, M. AU - Wolf, F. A. AU - Buettner, F. AU - Theis, F. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Diffusion pseudotime robustly reconstructs lineage branching JO - Nat Methods VL - 13 ID - Haghverdi2016 ER - TY - JOUR AU - Ilicic, T. AU - Kim, J. K. AU - Kolodziejczyk, A. A. AU - Bagger, F. O. AU - McCarthy, D. J. AU - Marioni, J. C. AU - Teichmann, S. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data JO - Genome Biol VL - 17 ID - Ilicic2016 ER - TY - STD TI - Jin X, Han J. K-Medoids Clustering In: Sammut C, Webb Geoffrey I, editors. Encycl Mach Learn Data Min. US Boston, MA: Springer: 2010. p. 564–565. isbn="978-0-387-30164-8". https://doi.org/10.1007/978-0-387-30164-8_426. ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Kang, H. M. AU - Subramaniam, M. AU - Targ, S. AU - Nguyen, M. AU - Maliskova, L. AU - McCarthy, E. AU - Wan, E. AU - Wong, S. AU - Byrnes, L. AU - Lanata, C. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Multiplexed droplet single-cell RNA-sequencing using natural genetic variation JO - Nat Biotechnol VL - 36 ID - Kang2018 ER - TY - JOUR AU - Klein, A. M. AU - Mazutis, L. AU - Akartuna, I. AU - Tallapragada, N. AU - Veres, A. AU - Li, V. AU - Peshkin, L. AU - Weitz, D. A. AU - Kirschner, M. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells JO - Cell VL - 161 ID - Klein2015 ER - TY - JOUR AU - Kuipers, J. AU - Jahn, K. AU - Raphael, B. J. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors JO - Genome Res VL - 27 ID - Kuipers2017 ER - TY - JOUR AU - Kumar, P. AU - Tan, Y. AU - Cahan, P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Understanding development and stem cells using single cell-based analyses of gene expression JO - Development VL - 144 ID - Kumar2017 ER - TY - JOUR AU - Maaten, L. v. d. AU - Hinton, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Visualizing data using t-SNE JO - J Mach Learn Res VL - 9 ID - Maaten2008 ER - TY - JOUR AU - Macaulay, I. C. AU - Ponting, C. P. AU - Voet, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell multiomics: multiple measurements from single cells JO - Trends Genet VL - 33 ID - Macaulay2017 ER - TY - JOUR AU - Macosko, E. Z. AU - Basu, A. AU - Satija, R. AU - Nemesh, J. AU - Shekhar, K. AU - Goldman, M. AU - Tirosh, I. AU - Bialas, A. R. AU - Kamitaki, N. AU - Martersteck, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using nanoliter droplets JO - Cell VL - 161 ID - Macosko2015 ER - TY - JOUR AU - Maecker, H. T. AU - McCoy, J. P. AU - Nussenblatt, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Standardizing immunophenotyping for the human immunology project JO - Nat Rev Immunol VL - 12 ID - Maecker2012 ER - TY - JOUR AU - Magella, B. AU - Adam, M. AU - Potter, A. S. AU - Venkatasubramanian, M. AU - Chetal, K. AU - Hay, S. B. AU - Salomonis, N. AU - Potter, S. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Cross-platform single cell analysis of kidney development shows stromal cells express Gdnf JO - Dev Biol VL - 434 ID - Magella2018 ER - TY - JOUR AU - McGinnis, C. S. AU - Patterson, D. M. AU - Winkler, J. AU - Hein, M. Y. AU - Srivastava, V. AU - Conrad, D. N. AU - Murrow, L. M. AU - Weissman, J. S. AU - Werb, Z. AU - Chow, E. D. PY - 2019 DA - 2019// TI - Multi-seq: scalable sample multiplexing for single-cell rna sequencing using lipid-tagged indices JO - Nature Methods VL - 16 ID - McGinnis2019 ER - TY - JOUR AU - McGinnis, C. S. AU - Murrow, L. M. AU - Gartner, Z. J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Doubletfinder: doublet detection in single-cell RNA sequencing data using artificial nearest neighbors JO - Cell Syst VL - 8 ID - McGinnis2019 ER - TY - JOUR AU - McGinnis, C. S. AU - Patterson, D. M. AU - Winkler, J. AU - Conrad, D. N. AU - Hein, M. Y. AU - Srivastava, V. AU - Hu, J. L. AU - Murrow, L. M. AU - Weissman, J. S. AU - Werb, Z. PY - 2019 DA - 2019// TI - Multi-seq: sample multiplexing for single-cell rna sequencing using lipid-tagged indices JO - Nat Methods VL - 16 ID - McGinnis2019 ER - TY - JOUR AU - Moignard, V. AU - Göttgens, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dissecting stem cell differentiation using single cell expression profiling JO - Curr Opin Cell Biol VL - 43 ID - Moignard2016 ER - TY - JOUR AU - Moon, S. AU - Ceyhan, E. AU - Gurkan, U. A. AU - Demirci, U. PY - 2011 DA - 2011// TI - Statistical modeling of single target cell encapsulation JO - PloS One VL - 6 ID - Moon2011 ER - TY - JOUR AU - Muraro, M. J. AU - Dharmadhikari, G. AU - Grün, D. AU - Groen, N. AU - Dielen, T. AU - Jansen, E. AU - van Gurp, L. AU - Engelse, M. A. AU - Carlotti, F. AU - de Koning, E. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - A single-cell transcriptome atlas of the human pancreas JO - Cell Syst VL - 3 ID - Muraro2016 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, A. AU - Khoo, W. H. AU - Moran, I. AU - Croucher, P. I. AU - Phan, T. G. PY - 2018 DA - 2018// TI - Single cell RNA sequencing of rare immune cell populations JO - Front Immunol VL - 9 ID - Nguyen2018 ER - TY - STD TI - Novak SY. Extreme value methods with applications to finance. 2011. https://doi.org/10.1201/b11537. ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Olsson, A. AU - Venkatasubramanian, M. AU - Chaudhri, V. K. AU - Aronow, B. J. AU - Salomonis, N. AU - Singh, H. AU - Grimes, H. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Single-cell analysis of mixed-lineage states leading to a binary cell fate choice JO - Nature VL - 537 ID - Olsson2016 ER - TY - JOUR AU - Parra, R. G. AU - Papadopoulos, N. AU - Ahumada-Arranz, L. AU - El Kholtei, J. AU - Mottelson, N. AU - Horokhovskyi, Y. AU - Treutlein, B. AU - Soeding, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Reconstructing complex lineage trees from scRNA-seq data using MERLoT JO - Nucleic Acids Research VL - 47 ID - Parra2019 ER - TY - JOUR AU - Popat, S. K. AU - Emmanuel, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Review and comparative study of clustering techniques JO - Int J Comput Sci Inf Technol VL - 5 ID - Popat2014 ER - TY - JOUR AU - Poulin, J. F. AU - Tasic, B. AU - Hjerling-Leffler, J. AU - Trimarchi, J. M. AU - Awatramani, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Disentangling neural cell diversity using single-cell transcriptomics JO - Nat Neurosci VL - 19 ID - Poulin2016 ER - TY - JOUR AU - Quandt, D. AU - Rothe, K. AU - Scholz, R. AU - Baerwald, C. W. AU - Wagner, U. PY - 2014 DA - 2014// TI - Peripheral cd4cd8 double positive t cells with a distinct helper cytokine profile are increased in rheumatoid arthritis JO - PloS One VL - 9 ID - Quandt2014 ER - TY - STD TI - Reynolds D. Gaussian mixture models. Encycl Biom. 2015:827–32. ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Stoeckius, M. AU - Hafemeister, C. AU - Stephenson, W. AU - Houck-Loomis, B. AU - Chattopadhyay, P. K. AU - Swerdlow, H. AU - Satija, R. AU - Smibert, P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells JO - Nat Methods VL - 14 ID - Stoeckius2017 ER - TY - JOUR AU - Stoeckius, M. AU - Zheng, S. AU - Houck-Loomis, B. AU - Hao, S. AU - Yeung, B. Z. AU - Mauck, W. M. AU - Smibert, P. AU - Satija, R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Cell hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics JO - Genome Biol VL - 19 ID - Stoeckius2018 ER - TY - STD TI - Stoeckius M, Zheng S, Houck-Loomis B, Hao S, Yeung BZ, Mauck WM, Smibert P, Satija R. Cell hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics. Cell Hashing Scrna-seq Data. 2018. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108313. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108313 ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Sun, Z. AU - Chen, L. AU - Xin, H. AU - Jiang, Y. AU - Huang, Q. AU - Cillo, A. R. AU - Tabib, T. AU - Kolls, J. K. AU - Bruno, T. C. AU - Lafyatis, R. PY - 2019 DA - 2019// TI - A Bayesian mixture model for clustering droplet-based single-cell transcriptomic data from population studies JO - Nat Commun VL - 10 ID - Sun2019 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Defining cell types and states with single-cell genomics JO - Genome Res VL - 25 ID - Trapnell2015 ER - TY - JOUR AU - Tsoucas, D. AU - Yuan, G. C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Giniclust2: a cluster-aware, weighted ensemble clustering method for cell-type detection JO - Genome Biol VL - 19 ID - Tsoucas2018 ER - TY - JOUR AU - Villani, A. C. AU - Satija, R. AU - Reynolds, G. AU - Sarkizova, S. AU - Shekhar, K. AU - Fletcher, J. AU - Griesbeck, M. AU - Butler, A. AU - Zheng, S. AU - Lazo, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors JO - Science VL - 356 ID - Villani2017 ER - TY - JOUR AU - Wattenberg, M. AU - Viégas, F. AU - Johnson, I. PY - 2016 DA - 2016// TI - How to use t-SNE effectively JO - Distill VL - 1 ID - Wattenberg2016 ER - TY - JOUR AU - Wersto, R. P. AU - Chrest, F. J. AU - Leary, J. F. AU - Morris, C. AU - Stetler-Stevenson, M. AU - Gabrielson, E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Doublet discrimination in DNA cell-cycle analysis JO - Cytom J Int Soc Anal Cytol VL - 46 ID - Wersto2001 ER - TY - STD TI - Wolock SL, Lopez R, Klein AM. Scrublet: computational identification of cell doublets in single-cell transcriptomic data. Cell Syst. 2019. ID - ref44 ER - TY - STD TI - Xin H, Lian Q, Jiang Y, Luo J, Wang X, Erb C, Xu Z, Zhang X, Heidrich-O’Hare E, Yan Q, Duerr R, Chen K, Chen W. GMM-Demux: sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning and novel cell type verification in single cell sequencing. 2020. https://github.com/CHPGenetics/GMM-demux. Accessed 1 July 2020. UR - https://github.com/CHPGenetics/GMM-demux ID - ref45 ER - TY - STD TI - Xin H, Lian Q, Jiang Y, Luo J, Wang X, Erb C, Xu Z, Zhang X, Heidrich-O’Hare E, Yan Q, Duerr R, Chen K, Chen W. GMM-Demux: sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning and novel cell type verification in single cell sequencing. 2020. https://doi.org/10.5281/zenodo.3929654. ID - ref46 ER - TY - STD TI - Xin H, Lian Q, Jiang Y, Luo J, Wang X, Erb C, Xu Z, Zhang X, Heidrich-O’Hare E, Yan Q, Duerr R, Chen K, Chen W. GMM-Demux: sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning and novel cell type verification in single cell sequencing. CITE-seq, scRNA-seq and cell hashing data. 2020. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE152981. Accessed 1 July 2020. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE152981 ID - ref47 ER - TY - JOUR AU - Zheng, G. X. AU - Terry, J. M. AU - Belgrader, P. AU - Ryvkin, P. AU - Bent, Z. W. AU - Wilson, R. AU - Ziraldo, S. B. AU - Wheeler, T. D. AU - McDermott, G. P. AU - Zhu, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells JO - Nat Commun VL - 8 ID - Zheng2017 ER - TY - JOUR AU - Zunder, E. R. AU - Finck, R. AU - Behbehani, G. K. AU - El-ad, D. A. AU - Krishnaswamy, S. AU - Gonzalez, V. D. AU - Lorang, C. G. AU - Bjornson, Z. AU - Spitzer, M. H. AU - Bodenmiller, B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Palladium-based mass tag cell barcoding with a doublet-filtering scheme and single-cell deconvolution algorithm JO - Nat Protocol VL - 10 ID - Zunder2015 ER -