TY - JOUR AU - Boccaletto, P. AU - Machnicka, M. A. AU - Purta, E. AU - Piatkowski, P. AU - Baginski, B. AU - Wirecki, T. K. AU - Crecy-Lagard, V. AU - Ross, R. AU - Limbach, P. A. AU - Kotter, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1030 DO - 10.1093/nar/gkx1030 ID - Boccaletto2018 ER - TY - STD TI - Yang Y, Hsu PJ, Chen YS, Yang YG. Dynamic transcriptomic m6A decoration: writers, erasers, readers and functions in RNA metabolism. Cell Res. 2018;28:616–24. ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Shi, H. AU - Wei, J. AU - He, C. PY - 2019 DA - 2019// TI - Where, when, and how: context-dependent functions of RNA methylation writers, readers, and erasers JO - Mol Cell VL - 74 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.04.025 DO - 10.1016/j.molcel.2019.04.025 ID - Shi2019 ER - TY - JOUR AU - Louloupi, A. AU - Ntini, E. AU - Conrad, T. AU - Orom, U. A. V. PY - 2018 DA - 2018// TI - Transient N-6-methyladenosine transcriptome sequencing reveals a regulatory role of m6A in splicing efficiency JO - Cell Rep VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.05.077 DO - 10.1016/j.celrep.2018.05.077 ID - Louloupi2018 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Zhao, B. S. AU - Roundtree, I. A. AU - Lu, Z. AU - Han, D. AU - Ma, H. AU - Weng, X. AU - Chen, K. AU - Shi, H. AU - He, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - N6-methyladenosine modulates messenger RNA translation efficiency JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.014 DO - 10.1016/j.cell.2015.05.014 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Lu, Z. AU - Gomez, A. AU - Hon, G. C. AU - Yue, Y. AU - Han, D. AU - Fu, Y. AU - Parisien, M. AU - Dai, Q. AU - Jia, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12730 DO - 10.1038/nature12730 ID - Wang2014 ER - TY - STD TI - Roundtree IA, Luo GZ, Zhang Z, Wang X, Zhou T, Cui Y, Sha J, Huang X, Guerrero L, Xie P, et al. YTHDC1 mediates nuclear export of N6-methyladenosine methylated mRNAs. Elife. 2017;6:e31311. ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Eckert, M. A. AU - Harada, B. T. AU - Liu, S. M. AU - Lu, Z. AU - Yu, K. AU - Tienda, S. M. AU - Chryplewicz, A. AU - Zhu, A. C. AU - Yang, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - m6A mRNA methylation regulates AKT activity to promote the proliferation and tumorigenicity of endometrial cancer JO - Nat Cell Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/s41556-018-0174-4 DO - 10.1038/s41556-018-0174-4 ID - Liu2018 ER - TY - JOUR AU - Zhao, B. S. AU - Wang, X. AU - Beadell, A. V. AU - Lu, Z. AU - Shi, H. AU - Kuuspalu, A. AU - Ho, R. K. AU - He, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - m6A-dependent maternal mRNA clearance facilitates zebrafish maternal-to-zygotic transition JO - Nature VL - 542 UR - https://doi.org/10.1038/nature21355 DO - 10.1038/nature21355 ID - Zhao2017 ER - TY - JOUR AU - Yoon, K. J. AU - Ringeling, F. R. AU - Vissers, C. AU - Jacob, F. AU - Pokrass, M. AU - Jimenez-Cyrus, D. AU - Su, Y. AU - Kim, N. S. AU - Zhu, Y. AU - Zheng, L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Temporal control of mammalian cortical neurogenesis by m6A methylation JO - Cell VL - 171 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.003 DO - 10.1016/j.cell.2017.09.003 ID - Yoon2017 ER - TY - JOUR AU - Fustin, J. M. AU - Doi, M. AU - Yamaguchi, Y. AU - Hida, H. AU - Nishimura, S. AU - Yoshida, M. AU - Isagawa, T. AU - Morioka, M. S. AU - Kakeya, H. AU - Manabe, I. AU - Okamura, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - RNA-methylation-dependent RNA processing controls the speed of the circadian clock JO - Cell VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.10.026 DO - 10.1016/j.cell.2013.10.026 ID - Fustin2013 ER - TY - JOUR AU - Batista, P. J. AU - Molinie, B. AU - Wang, J. AU - Qu, K. AU - Zhang, J. AU - Li, L. AU - Bouley, D. M. AU - Lujan, E. AU - Haddad, B. AU - Daneshvar, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - m6A RNA modification controls cell fate transition in mammalian embryonic stem cells JO - Cell Stem Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2014.09.019 DO - 10.1016/j.stem.2014.09.019 ID - Batista2014 ER - TY - JOUR AU - Dominissini, D. AU - Moshitch-Moshkovitz, S. AU - Schwartz, S. AU - Salmon-Divon, M. AU - Ungar, L. AU - Osenberg, S. AU - Cesarkas, K. AU - Jacob-Hirsch, J. AU - Amariglio, N. AU - Kupiec, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11112 DO - 10.1038/nature11112 ID - Dominissini2012 ER - TY - JOUR AU - Meyer, K. D. AU - Saletore, Y. AU - Zumbo, P. AU - Elemento, O. AU - Mason, C. E. AU - Jaffrey, S. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3′ UTRs and near stop codons JO - Cell VL - 149 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.05.003 DO - 10.1016/j.cell.2012.05.003 ID - Meyer2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. AU - Lu, Z. AU - Wang, X. AU - Fu, Y. AU - Luo, G. Z. AU - Liu, N. AU - Han, D. AU - Dominissini, D. AU - Dai, Q. AU - Pan, T. AU - He, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - High-resolution N6-methyladenosine (m6A) map using photo-crosslinking-assisted m6A sequencing JO - Angew Chem Int Ed Engl VL - 54 UR - https://doi.org/10.1002/anie.201410647 DO - 10.1002/anie.201410647 ID - Chen2015 ER - TY - JOUR AU - Molinie, B. AU - Wang, J. AU - Lim, K. S. AU - Hillebrand, R. AU - Lu, Z. X. AU - Wittenberghe, N. AU - Howard, B. D. AU - Daneshvar, K. AU - Mullen, A. C. AU - Dedon, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - m6A-LAIC-seq reveals the census and complexity of the m6A epitranscriptome JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3898 DO - 10.1038/nmeth.3898 ID - Molinie2016 ER - TY - JOUR AU - Ke, S. AU - Alemu, E. A. AU - Mertens, C. AU - Gantman, E. C. AU - Fak, J. J. AU - Mele, A. AU - Haripal, B. AU - Zucker-Scharff, I. AU - Moore, M. J. AU - Park, C. Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - A majority of m6A residues are in the last exons, allowing the potential for 3′ UTR regulation JO - Genes Dev VL - 29 UR - https://doi.org/10.1101/gad.269415.115 DO - 10.1101/gad.269415.115 ID - Ke2015 ER - TY - JOUR AU - Linder, B. AU - Grozhik, A. V. AU - Olarerin-George, A. O. AU - Meydan, C. AU - Mason, C. E. AU - Jaffrey, S. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-nucleotide-resolution mapping of m6A and m6Am throughout the transcriptome JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3453 DO - 10.1038/nmeth.3453 ID - Linder2015 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Chen, L. Q. AU - Zhao, Y. L. AU - Yang, C. G. AU - Roundtree, I. A. AU - Zhang, Z. AU - Ren, J. AU - Xie, W. AU - He, C. AU - Luo, G. Z. PY - 2019 DA - 2019// TI - Single-base mapping of m6A by an antibody-independent method JO - Sci Adv VL - 5 UR - https://doi.org/10.1126/sciadv.aax0250 DO - 10.1126/sciadv.aax0250 ID - Zhang2019 ER - TY - JOUR AU - Garcia-Campos, M. A. AU - Edelheit, S. AU - Toth, U. AU - Safra, M. AU - Shachar, R. AU - Viukov, S. AU - Winkler, R. AU - Nir, R. AU - Lasman, L. AU - Brandis, A. PY - 2019 DA - 2019// TI - Deciphering the “m6A code” via antibody-independent quantitative profiling JO - Cell VL - 178 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.06.013 DO - 10.1016/j.cell.2019.06.013 ID - Garcia-Campos2019 ER - TY - STD TI - Meyer KD. DART-seq: an antibody-free method for global m6A detection. Nat Methods. 2019;16:1275–80. ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Xuan, J. J. AU - Sun, W. J. AU - Lin, P. H. AU - Zhou, K. R. AU - Liu, S. AU - Zheng, L. L. AU - Qu, L. H. AU - Yang, J. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx934 DO - 10.1093/nar/gkx934 ID - Xuan2018 ER - TY - JOUR AU - Liu, H. AU - Wang, H. AU - Wei, Z. AU - Zhang, S. AU - Hua, G. AU - Zhang, S. W. AU - Zhang, L. AU - Gao, S. J. AU - Meng, J. AU - Chen, X. AU - Huang, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - MeT-DB V2.0: elucidating context-specific functions of N6-methyl-adenosine methyltranscriptome JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1080 DO - 10.1093/nar/gkx1080 ID - Liu2018 ER - TY - STD TI - Han Y, Feng J, Xia L, Dong X, Zhang X, Zhang S, Miao Y, Xu Q, Xiao S, Zuo Z, et al. CVm6A: a visualization and exploration database for m6As in cell lines. Cells. 2019;8:168. ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Liu, Q. AU - Gregory, R. I. PY - 2019 DA - 2019// TI - RNAmod: an integrated system for the annotation of mRNA modifications JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkz479 DO - 10.1093/nar/gkz479 ID - Liu2019 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. AU - Wei, Z. AU - Zhang, Q. AU - Wu, X. AU - Rong, R. AU - Lu, Z. AU - Su, J. AU - Magalhaes, J. P. AU - Rigden, D. J. AU - Meng, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - WHISTLE: a high-accuracy map of the human N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome predicted using a machine learning approach JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkz074 DO - 10.1093/nar/gkz074 ID - Chen2019 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Zeng, P. AU - Li, Y. H. AU - Zhang, Z. AU - Cui, Q. PY - 2016 DA - 2016// TI - SRAMP: prediction of mammalian N6-methyladenosine (m6A) sites based on sequence-derived features JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw104 DO - 10.1093/nar/gkw104 ID - Zhou2016 ER - TY - JOUR AU - Yue, Y. AU - Liu, J. AU - He, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - RNA N6-methyladenosine methylation in post-transcriptional gene expression regulation JO - Genes Dev VL - 29 UR - https://doi.org/10.1101/gad.262766.115 DO - 10.1101/gad.262766.115 ID - Yue2015 ER - TY - JOUR AU - Barbieri, I. AU - Tzelepis, K. AU - Pandolfini, L. AU - Shi, J. AU - Millan-Zambrano, G. AU - Robson, S. C. AU - Aspris, D. AU - Migliori, V. AU - Bannister, A. J. AU - Han, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Promoter-bound METTL3 maintains myeloid leukaemia by m6A-dependent translation control JO - Nature VL - 552 UR - https://doi.org/10.1038/nature24678 DO - 10.1038/nature24678 ID - Barbieri2017 ER - TY - JOUR AU - Bertero, A. AU - Brown, S. AU - Madrigal, P. AU - Osnato, A. AU - Ortmann, D. AU - Yiangou, L. AU - Kadiwala, J. AU - Hubner, N. C. AU - Los Mozos, I. R. AU - Sadee, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - The SMAD2/3 interactome reveals that TGFβ controls m6A mRNA methylation in pluripotency JO - Nature VL - 555 UR - https://doi.org/10.1038/nature25784 DO - 10.1038/nature25784 ID - Bertero2018 ER - TY - JOUR AU - Slobodin, B. AU - Han, R. AU - Calderone, V. AU - Vrielink, J. AU - Loayza-Puch, F. AU - Elkon, R. AU - Agami, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Transcription impacts the efficiency of mRNA translation via co-transcriptional N6-adenosine methylation JO - Cell VL - 169 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.031 DO - 10.1016/j.cell.2017.03.031 ID - Slobodin2017 ER - TY - JOUR AU - Huang, H. AU - Weng, H. AU - Zhou, K. AU - Wu, T. AU - Zhao, B. S. AU - Sun, M. AU - Chen, Z. AU - Deng, X. AU - Xiao, G. AU - Auer, F. PY - 2019 DA - 2019// TI - Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides m6A RNA modification co-transcriptionally JO - Nature VL - 567 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-019-1016-7 DO - 10.1038/s41586-019-1016-7 ID - Huang2019 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Li, Y. AU - Yue, M. AU - Wang, J. AU - Kumar, S. AU - Wechsler-Reya, R. J. AU - Zhang, Z. AU - Ogawa, Y. AU - Kellis, M. AU - Duester, G. AU - Zhao, J. C. PY - 2018 DA - 2018// TI - N6-methyladenosine RNA modification regulates embryonic neural stem cell self-renewal through histone modifications JO - Nat Neurosci VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/s41593-017-0057-1 DO - 10.1038/s41593-017-0057-1 ID - Wang2018 ER - TY - JOUR AU - Cao, X. AU - Yan, Z. AU - Wu, Q. AU - Zheng, A. AU - Zhong, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - GIVE: portable genome browsers for personal websites JO - Genome Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-018-1465-6 DO - 10.1186/s13059-018-1465-6 ID - Cao2018 ER - TY - JOUR AU - Haeussler, M. AU - Zweig, A. S. AU - Tyner, C. AU - Speir, M. L. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Raney, B. J. AU - Lee, C. M. AU - Lee, B. T. AU - Hinrichs, A. S. AU - Gonzalez, J. N. PY - 2019 DA - 2019// TI - The UCSC Genome Browser database: 2019 update JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky1095 DO - 10.1093/nar/gky1095 ID - Haeussler2019 ER - TY - JOUR AU - Frankish, A. AU - Diekhans, M. AU - Ferreira, A. M. AU - Johnson, R. AU - Jungreis, I. AU - Loveland, J. AU - Mudge, J. M. AU - Sisu, C. AU - Wright, J. AU - Armstrong, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - GENCODE reference annotation for the human and mouse genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky955 DO - 10.1093/nar/gky955 ID - Frankish2019 ER - TY - JOUR AU - Lamesch, P. AU - Berardini, T. Z. AU - Li, D. AU - Swarbreck, D. AU - Wilks, C. AU - Sasidharan, R. AU - Muller, R. AU - Dreher, K. AU - Alexander, D. L. AU - Garcia-Hernandez, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Arabidopsis Information Resource (TAIR): improved gene annotation and new tools JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1090 DO - 10.1093/nar/gkr1090 ID - Lamesch2012 ER - TY - JOUR AU - Cunningham, F. AU - Achuthan, P. AU - Akanni, W. AU - Allen, J. AU - Amode, M. R. AU - Armean, I. M. AU - Bennett, R. AU - Bhai, J. AU - Billis, K. AU - Boddu, S. PY - 2019 DA - 2019// TI - Ensembl 2019 JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky1113 DO - 10.1093/nar/gky1113 ID - Cunningham2019 ER - TY - STD TI - Liu S. easym6A: process m6A/MeRIP-seq data in a single or batch job mode. Github. http://www.github.com/shunliubio/easym6A(2020). Accessed 7 April 2020. UR - http://www.github.com/shunliubio/easym6A(2020) ID - ref39 ER - TY - STD TI - Liu S. easym6A: process m6A/MeRIP-seq data in a single or batch job mode. Zenodo. 2020. https://doi.org/10.5281/zenodo.3742549. ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Martin, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads JO - EMBnetjournal VL - 17 ID - Martin2011 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3317 DO - 10.1038/nmeth.3317 ID - Kim2015 ER - TY - JOUR AU - Wingett, S. W. AU - Andrews, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - FastQ Screen: a tool for multi-genome mapping and quality control JO - F1000Res VL - 7 UR - https://doi.org/10.12688/f1000research.15931.2 DO - 10.12688/f1000research.15931.2 ID - Wingett2018 ER - TY - STD TI - The Picard toolkit: http://broadinstitute.github.io/picard/. Accessed 19 Feb 2018. UR - http://broadinstitute.github.io/picard/ ID - ref44 ER - TY - STD TI - Library complexity of ENCODE standards: https://www.encodeproject.org/data-standards/terms/#library. Accessed 7 April 2020. UR - https://www.encodeproject.org/data-standards/terms/#library ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Pertea, M. AU - Pertea, G. M. AU - Antonescu, C. M. AU - Chang, T. C. AU - Mendell, J. T. AU - Salzberg, S. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3122 DO - 10.1038/nbt.3122 ID - Pertea2015 ER - TY - JOUR AU - Ramirez, F. AU - Dundar, F. AU - Diehl, S. AU - Gruning, B. A. AU - Manke, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - deepTools: a flexible platform for exploring deep-sequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku365 DO - 10.1093/nar/gku365 ID - Ramirez2014 ER - TY - JOUR AU - Meng, J. AU - Cui, X. AU - Rao, M. K. AU - Chen, Y. AU - Huang, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Exome-based analysis for RNA epigenome sequencing data JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt171 DO - 10.1093/bioinformatics/btt171 ID - Meng2013 ER - TY - JOUR AU - Cui, X. AU - Meng, J. AU - Zhang, S. AU - Chen, Y. AU - Huang, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - A novel algorithm for calling mRNA m6A peaks by modeling biological variances in MeRIP-seq data JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw281 DO - 10.1093/bioinformatics/btw281 ID - Cui2016 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, T. AU - Meyer, C. A. AU - Eeckhoute, J. AU - Johnson, D. S. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Myers, R. M. AU - Brown, M. AU - Li, W. AU - Liu, X. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS) JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-9-r137 DO - 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. AU - Benner, C. AU - Spann, N. AU - Bertolino, E. AU - Lin, Y. C. AU - Laslo, P. AU - Cheng, J. X. AU - Murre, C. AU - Singh, H. AU - Glass, C. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities JO - Mol Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.05.004 DO - 10.1016/j.molcel.2010.05.004 ID - Heinz2010 ER - TY - JOUR AU - Fu, Y. AU - Wu, P. H. AU - Beane, T. AU - Zamore, P. D. AU - Weng, Z. PY - 2018 DA - 2018// TI - Elimination of PCR duplicates in RNA-seq and small RNA-seq using unique molecular identifiers JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-4933-1 DO - 10.1186/s12864-018-4933-1 ID - Fu2018 ER - TY - JOUR AU - Parekh, S. AU - Ziegenhain, C. AU - Vieth, B. AU - Enard, W. AU - Hellmann, I. PY - 2016 DA - 2016// TI - The impact of amplification on differential expression analyses by RNA-seq JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep25533 DO - 10.1038/srep25533 ID - Parekh2016 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Fuxman Bass, J. I. AU - Diallo, A. AU - Nelson, J. AU - Soto, J. M. AU - Myers, C. L. AU - Walhout, A. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Using networks to measure similarity between genes: association index selection JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2728 DO - 10.1038/nmeth.2728 ID - Fuxman Bass2013 ER - TY - JOUR AU - Fu, Y. AU - Dominissini, D. AU - Rechavi, G. AU - He, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Gene expression regulation mediated through reversible m6A RNA methylation JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3724 DO - 10.1038/nrg3724 ID - Fu2014 ER - TY - JOUR AU - Maaten, L. AU - Hinton, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Visualizing data using t-SNE JO - J Mach Learn Res VL - 9 ID - Maaten2008 ER - TY - JOUR AU - Song, L. AU - Zhang, Z. AU - Grasfeder, L. L. AU - Boyle, A. P. AU - Giresi, P. G. AU - Lee, B. K. AU - Sheffield, N. C. AU - Graf, S. AU - Huss, M. AU - Keefe, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.121541.111 DO - 10.1101/gr.121541.111 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Zhou, V. W. AU - Goren, A. AU - Bernstein, B. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Charting histone modifications and the functional organization of mammalian genomes JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2905 DO - 10.1038/nrg2905 ID - Zhou2011 ER - TY - JOUR AU - Mele, M. AU - Ferreira, P. G. AU - Reverter, F. AU - DeLuca, D. S. AU - Monlong, J. AU - Sammeth, M. AU - Young, T. R. AU - Goldmann, J. M. AU - Pervouchine, D. D. AU - Sullivan, T. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Human genomics. The human transcriptome across tissues and individuals JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaa0355 DO - 10.1126/science.aaa0355 ID - Mele2015 ER - TY - STD TI - The REPIC data download center: https://repicmod.uchicago.edu/repic/download.php. Accessed 7 April 2020. UR - https://repicmod.uchicago.edu/repic/download.php ID - ref61 ER -