TY - JOUR AU - Gamazon, E. R. AU - Stranger, B. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - The impact of human copy number variation on gene expression JO - Brief Funct Genomic Proteomic VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bfgp/elv017 DO - 10.1093/bfgp/elv017 ID - Gamazon2015 ER - TY - JOUR AU - Hanks, S. AU - Coleman, K. AU - Reid, S. AU - Plaja, A. AU - Firth, H. AU - Fitzpatrick, D. AU - Kidd, A. AU - Mehes, K. AU - Nash, R. AU - Robin, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Constitutional aneuploidy and cancer predisposition caused by biallelic mutations in BUB1B JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1449 DO - 10.1038/ng1449 ID - Hanks2004 ER - TY - JOUR AU - Vicente-Duenas, C. AU - Hauer, J. AU - Cobaleda, C. AU - Borkhardt, A. AU - Sanchez-Garcia, I. PY - 2018 DA - 2018// TI - Epigenetic priming in cancer initiation JO - Trends Cancer VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.trecan.2018.04.007 DO - 10.1016/j.trecan.2018.04.007 ID - Vicente-Duenas2018 ER - TY - JOUR AU - Burrell, R. A. AU - McGranahan, N. AU - Bartek, J. AU - Swanton, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - The causes and consequences of genetic heterogeneity in cancer evolution JO - Nature VL - 501 UR - https://doi.org/10.1038/nature12625 DO - 10.1038/nature12625 ID - Burrell2013 ER - TY - JOUR AU - Jiang, Y. AU - Qiu, Y. AU - Minn, A. J. AU - Zhang, N. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Assessing intratumor heterogeneity and tracking longitudinal and spatial clonal evolutionary history by next-generation sequencing JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1522203113 DO - 10.1073/pnas.1522203113 ID - Jiang2016 ER - TY - JOUR AU - Deshwar, A. G. AU - Vembu, S. AU - Yung, C. K. AU - Jang, G. H. AU - Stein, L. AU - Morris, Q. PY - 2015 DA - 2015// TI - PhyloWGS: reconstructing subclonal composition and evolution from whole-genome sequencing of tumors JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0602-8 DO - 10.1186/s13059-015-0602-8 ID - Deshwar2015 ER - TY - JOUR AU - Zare, H. AU - Wang, J. AU - Hu, A. AU - Weber, K. AU - Smith, J. AU - Nickerson, D. AU - Song, C. AU - Witten, D. AU - Blau, C. A. AU - Noble, W. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Inferring clonal composition from multiple sections of a breast cancer JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003703 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003703 ID - Zare2014 ER - TY - JOUR AU - Carter, S. L. AU - Cibulskis, K. AU - Helman, E. AU - McKenna, A. AU - Shen, H. AU - Zack, T. AU - Laird, P. W. AU - Onofrio, R. C. AU - Winckler, W. AU - Weir, B. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Absolute quantification of somatic DNA alterations in human cancer JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2203 DO - 10.1038/nbt.2203 ID - Carter2012 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Li, J. Z. PY - 2014 DA - 2014// TI - A general framework for analyzing tumor subclonality using SNP array and DNA sequencing data JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0473-4 DO - 10.1186/s13059-014-0473-4 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Oesper, L. AU - Mahmoody, A. AU - Raphael, B. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - THetA: inferring intra-tumor heterogeneity from high-throughput DNA sequencing data JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-7-r80 DO - 10.1186/gb-2013-14-7-r80 ID - Oesper2013 ER - TY - JOUR AU - Ha, G. AU - Roth, A. AU - Khattra, J. AU - Ho, J. AU - Yap, D. AU - Prentice, L. M. AU - Melnyk, N. AU - McPherson, A. AU - Bashashati, A. AU - Laks, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - TITAN: inference of copy number architectures in clonal cell populations from tumor whole-genome sequence data JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.180281.114 DO - 10.1101/gr.180281.114 ID - Ha2014 ER - TY - JOUR AU - Miller, C. A. AU - White, B. S. AU - Dees, N. D. AU - Griffith, M. AU - Welch, J. S. AU - Griffith, O. L. AU - Vij, R. AU - Tomasson, M. H. AU - Graubert, T. A. AU - Walter, M. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - SciClone: inferring clonal architecture and tracking the spatial and temporal patterns of tumor evolution JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003665 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003665 ID - Miller2014 ER - TY - JOUR AU - Navin, N. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - The first five years of single-cell cancer genomics and beyond JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.191098.115 DO - 10.1101/gr.191098.115 ID - Navin2015 ER - TY - JOUR AU - Navin, N. AU - Kendall, J. AU - Troge, J. AU - Andrews, P. AU - Rodgers, L. AU - McIndoo, J. AU - Cook, K. AU - Stepansky, A. AU - Levy, D. AU - Esposito, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Tumour evolution inferred by single-cell sequencing JO - Nature VL - 472 UR - https://doi.org/10.1038/nature09807 DO - 10.1038/nature09807 ID - Navin2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Waters, J. AU - Leung, M. L. AU - Unruh, A. AU - Roh, W. AU - Shi, X. AU - Chen, K. AU - Scheet, P. AU - Vattathil, S. AU - Liang, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Clonal evolution in breast cancer revealed by single nucleus genome sequencing JO - Nature VL - 512 UR - https://doi.org/10.1038/nature13600 DO - 10.1038/nature13600 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Gao, R. AU - Davis, A. AU - McDonald, T. O. AU - Sei, E. AU - Shi, X. AU - Wang, Y. AU - Tsai, P. C. AU - Casasent, A. AU - Waters, J. AU - Zhang, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Punctuated copy number evolution and clonal stasis in triple-negative breast cancer JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3641 DO - 10.1038/ng.3641 ID - Gao2016 ER - TY - JOUR AU - Picelli, S. AU - Bjorklund, A. K. AU - Faridani, O. R. AU - Sagasser, S. AU - Winberg, G. AU - Sandberg, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Smart-seq2 for sensitive full-length transcriptome profiling in single cells JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2639 DO - 10.1038/nmeth.2639 ID - Picelli2013 ER - TY - JOUR AU - Klein, A. M. AU - Mazutis, L. AU - Akartuna, I. AU - Tallapragada, N. AU - Veres, A. AU - Li, V. AU - Peshkin, L. AU - Weitz, D. A. AU - Kirschner, M. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.044 DO - 10.1016/j.cell.2015.04.044 ID - Klein2015 ER - TY - JOUR AU - Patel, A. P. AU - Tirosh, I. AU - Trombetta, J. J. AU - Shalek, A. K. AU - Gillespie, S. M. AU - Wakimoto, H. AU - Cahill, D. P. AU - Nahed, B. V. AU - Curry, W. T. AU - Martuza, R. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma JO - Science VL - 344 UR - https://doi.org/10.1126/science.1254257 DO - 10.1126/science.1254257 ID - Patel2014 ER - TY - JOUR AU - Chung, W. AU - Eum, H. H. AU - Lee, H. O. AU - Lee, K. M. AU - Lee, H. B. AU - Kim, K. T. AU - Ryu, H. S. AU - Kim, S. AU - Lee, J. E. AU - Park, Y. H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell RNA-seq enables comprehensive tumour and immune cell profiling in primary breast cancer JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms15081 DO - 10.1038/ncomms15081 ID - Chung2017 ER - TY - STD TI - Kim KT, Lee HW, Lee HO, Song HJ, Jeong da E, Shin S, Kim H, Shin Y, Nam DH, Jeong BC, et al: Application of single-cell RNA sequencing in optimizing a combinatorial therapeutic strategy in metastatic renal cell carcinoma. Genome Biol 2016, 17:80. ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Tirosh, I. AU - Izar, B. AU - Prakadan, S. M. AU - Wadsworth, M. H. AU - Treacy, D. AU - Trombetta, J. J. AU - Rotem, A. AU - Rodman, C. AU - Lian, C. AU - Murphy, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad0501 DO - 10.1126/science.aad0501 ID - Tirosh2016 ER - TY - JOUR AU - Jerby-Arnon, L. AU - Shah, P. AU - Cuoco, M. S. AU - Rodman, C. AU - Su, M. J. AU - Melms, J. C. AU - Leeson, R. AU - Kanodia, A. AU - Mei, S. AU - Lin, J. R. PY - 2018 DA - 2018// TI - A cancer cell program promotes T cell exclusion and resistance to checkpoint blockade JO - Cell VL - 175 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.006 DO - 10.1016/j.cell.2018.09.006 ID - Jerby-Arnon2018 ER - TY - JOUR AU - Tirosh, I. AU - Venteicher, A. S. AU - Hebert, C. AU - Escalante, L. E. AU - Patel, A. P. AU - Yizhak, K. AU - Fisher, J. M. AU - Rodman, C. AU - Mount, C. AU - Filbin, M. G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma JO - Nature VL - 539 UR - https://doi.org/10.1038/nature20123 DO - 10.1038/nature20123 ID - Tirosh2016 ER - TY - JOUR AU - Venteicher, A. n. d. r. e. w. S. AU - Tirosh, I. t. a. y. AU - Hebert, C. h. r. i. s. t. i. n. e. AU - Yizhak, K. e. r. e. n. AU - Neftel, C. y. r. i. l. AU - Filbin, M. a. r. i. e. l. l. a. G. AU - Hovestadt, V. o. l. k. e. r. AU - Escalante, L. e. a. h. E. AU - Shaw, M. c. K. e. n. z. i. e. L. AU - Rodman, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. AU - Gillespie, S. h. a. w. n. M. AU - Dionne, D. a. n. i. e. l. l. e. AU - Luo, C. h. r. i. s. t. i. n. a. C. AU - Ravichandran, H. i. r. a. n. m. a. y. i. AU - Mylvaganam, R. a. v. i. n. d. r. a. AU - Mount, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. AU - Onozato, M. a. r. i. s. t. e. l. a. L. AU - Nahed, B. r. i. a. n. V. AU - Wakimoto, H. i. r. o. a. k. i. AU - Curry, W. i. l. l. i. a. m. T. AU - Iafrate, A. J. o. h. n. AU - Rivera, M. i. g. u. e. l. N. AU - Frosch, M. a. t. t. h. e. w. P. AU - Golub, T. o. d. d. R. AU - Brastianos, P. r. i. s. c. i. l. l. a. K. AU - Getz, G. a. d. AU - Patel, A. n. o. o. p. P. AU - Monje, M. i. c. h. e. l. l. e. AU - Cahill, D. a. n. i. e. l. P. AU - Rozenblatt-Rosen, O. r. i. t. AU - Louis, D. a. v. i. d. N. AU - Bernstein, B. r. a. d. l. e. y. E. AU - Regev, A. v. i. v. AU - Suvà, M. a. r. i. o. L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq JO - Science VL - 355 UR - https://doi.org/10.1126/science.aai8478 DO - 10.1126/science.aai8478 ID - Venteicher2017 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Courtois, E. T. AU - Sengupta, D. AU - Tan, Y. AU - Chen, K. H. AU - Goh, J. J. L. AU - Kong, S. L. AU - Chua, C. AU - Hon, L. K. AU - Tan, W. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors JO - Nat Genet VL - 49 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3818 DO - 10.1038/ng.3818 ID - Li2017 ER - TY - JOUR AU - Macaulay, I. C. AU - Ponting, C. P. AU - Voet, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell multiomics: multiple measurements from single cells JO - Trends Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2016.12.003 DO - 10.1016/j.tig.2016.12.003 ID - Macaulay2017 ER - TY - JOUR AU - Dey, S. S. AU - Kester, L. AU - Spanjaard, B. AU - Bienko, M. AU - Oudenaarden, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3129 DO - 10.1038/nbt.3129 ID - Dey2015 ER - TY - JOUR AU - Macaulay, I. C. AU - Haerty, W. AU - Kumar, P. AU - Li, Y. I. AU - Hu, T. X. AU - Teng, M. J. AU - Goolam, M. AU - Saurat, N. AU - Coupland, P. AU - Shirley, L. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - G&T-seq: parallel sequencing of single-cell genomes and transcriptomes JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3370 DO - 10.1038/nmeth.3370 ID - Macaulay2015 ER - TY - JOUR AU - Suva, M. L. AU - Tirosh, I. PY - 2019 DA - 2019// TI - Single-cell RNA sequencing in cancer: lessons learned and emerging challenges JO - Mol Cell VL - 75 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.05.003 DO - 10.1016/j.molcel.2019.05.003 ID - Suva2019 ER - TY - JOUR AU - Galen, P. AU - Hovestadt, V. AU - Wadsworth Ii, M. H. AU - Hughes, T. K. AU - Griffin, G. K. AU - Battaglia, S. AU - Verga, J. A. AU - Stephansky, J. AU - Pastika, T. J. AU - Lombardi Story, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Single-cell RNA-Seq reveals AML hierarchies relevant to disease progression and immunity JO - Cell VL - 176 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.01.031 DO - 10.1016/j.cell.2019.01.031 ID - Galen2019 ER - TY - JOUR AU - Nam, A. S. AU - Kim, K. T. AU - Chaligne, R. AU - Izzo, F. AU - Ang, C. AU - Taylor, J. AU - Myers, R. M. AU - Abu-Zeinah, G. AU - Brand, R. AU - Omans, N. D. PY - 2019 DA - 2019// TI - Somatic mutations and cell identity linked by genotyping of transcriptomes JO - Nature VL - 571 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-019-1367-0 DO - 10.1038/s41586-019-1367-0 ID - Nam2019 ER - TY - JOUR AU - Raj, A. AU - Peskin, C. S. AU - Tranchina, D. AU - Vargas, D. Y. AU - Tyagi, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Stochastic mRNA synthesis in mammalian cells JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040309 DO - 10.1371/journal.pbio.0040309 ID - Raj2006 ER - TY - JOUR AU - Jiang, Y. AU - Zhang, N. R. AU - Li, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - SCALE: modeling allele-specific gene expression by single-cell RNA sequencing JO - Genome Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-017-1200-8 DO - 10.1186/s13059-017-1200-8 ID - Jiang2017 ER - TY - JOUR AU - Padovan-Merhar, O. AU - Nair, G. P. AU - Biaesch, A. G. AU - Mayer, A. AU - Scarfone, S. AU - Foley, S. W. AU - Wu, A. R. AU - Churchman, L. S. AU - Singh, A. AU - Raj, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single mammalian cells compensate for differences in cellular volume and DNA copy number through independent global transcriptional mechanisms JO - Mol Cell VL - 58 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2015.03.005 DO - 10.1016/j.molcel.2015.03.005 ID - Padovan-Merhar2015 ER - TY - JOUR AU - Zafar, H. AU - Wang, Y. AU - Nakhleh, L. AU - Navin, N. AU - Chen, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3835 DO - 10.1038/nmeth.3835 ID - Zafar2016 ER - TY - JOUR AU - Piskol, R. AU - Ramaswami, G. AU - Li, J. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Reliable identification of genomic variants from RNA-seq data JO - Am J Hum Genet VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2013.08.008 DO - 10.1016/j.ajhg.2013.08.008 ID - Piskol2013 ER - TY - JOUR AU - Brennecke, P. AU - Anders, S. AU - Kim, J. K. AU - Kolodziejczyk, A. A. AU - Zhang, X. AU - Proserpio, V. AU - Baying, B. AU - Benes, V. AU - Teichmann, S. A. AU - Marioni, J. C. AU - Heisler, M. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Accounting for technical noise in single-cell RNA-seq experiments JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2645 DO - 10.1038/nmeth.2645 ID - Brennecke2013 ER - TY - JOUR AU - Pierson, E. AU - Yau, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - ZIFA: dimensionality reduction for zero-inflated single-cell gene expression analysis JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0805-z DO - 10.1186/s13059-015-0805-z ID - Pierson2015 ER - TY - JOUR AU - Vallejos, C. A. AU - Marioni, J. C. AU - Richardson, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - BASiCS: Bayesian analysis of single-cell sequencing data JO - PLoS Comput Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004333 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004333 ID - Vallejos2015 ER - TY - JOUR AU - Ding, B. AU - Zheng, L. AU - Zhu, Y. AU - Li, N. AU - Jia, H. AU - Ai, R. AU - Wildberg, A. AU - Wang, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Normalization and noise reduction for single cell RNA-seq experiments JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv122 DO - 10.1093/bioinformatics/btv122 ID - Ding2015 ER - TY - JOUR AU - Qiu, X. AU - Hill, A. AU - Packer, J. AU - Lin, D. AU - Ma, Y. A. AU - Trapnell, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell mRNA quantification and differential analysis with Census JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4150 DO - 10.1038/nmeth.4150 ID - Qiu2017 ER - TY - JOUR AU - Deng, Q. AU - Ramskold, D. AU - Reinius, B. AU - Sandberg, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-cell RNA-seq reveals dynamic, random monoallelic gene expression in mammalian cells JO - Science VL - 343 UR - https://doi.org/10.1126/science.1245316 DO - 10.1126/science.1245316 ID - Deng2014 ER - TY - JOUR AU - Eirew, P. AU - Steif, A. AU - Khattra, J. AU - Ha, G. AU - Yap, D. AU - Farahani, H. AU - Gelmon, K. AU - Chia, S. AU - Mar, C. AU - Wan, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dynamics of genomic clones in breast cancer patient xenografts at single-cell resolution JO - Nature VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature13952 DO - 10.1038/nature13952 ID - Eirew2015 ER - TY - JOUR AU - Gerlinger, M. AU - Rowan, A. J. AU - Horswell, S. AU - Math, M. AU - Larkin, J. AU - Endesfelder, D. AU - Gronroos, E. AU - Martinez, P. AU - Matthews, N. AU - Stewart, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing JO - N Engl J Med VL - 366 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1113205 DO - 10.1056/NEJMoa1113205 ID - Gerlinger2012 ER - TY - JOUR AU - Shi, Y. J. AU - Tsang, J. Y. AU - Ni, Y. B. AU - Tse, G. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Intratumoral heterogeneity in breast cancer: a comparison of primary and metastatic breast cancers JO - Oncologist VL - 22 UR - https://doi.org/10.1634/theoncologist.2016-0352 DO - 10.1634/theoncologist.2016-0352 ID - Shi2017 ER - TY - JOUR AU - Ribas, A. AU - Wolchok, J. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - Cancer immunotherapy using checkpoint blockade JO - Science VL - 359 UR - https://doi.org/10.1126/science.aar4060 DO - 10.1126/science.aar4060 ID - Ribas2018 ER - TY - JOUR AU - Schumacher, T. N. AU - Schreiber, R. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Neoantigens in cancer immunotherapy JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaa4971 DO - 10.1126/science.aaa4971 ID - Schumacher2015 ER - TY - JOUR AU - Rizvi, N. A. AU - Hellmann, M. D. AU - Snyder, A. AU - Kvistborg, P. AU - Makarov, V. AU - Havel, J. J. AU - Lee, W. AU - Yuan, J. AU - Wong, P. AU - Ho, T. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cancer immunology. Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaa1348 DO - 10.1126/science.aaa1348 ID - Rizvi2015 ER - TY - JOUR AU - Tumeh, P. C. AU - Harview, C. L. AU - Yearley, J. H. AU - Shintaku, I. P. AU - Taylor, E. J. AU - Robert, L. AU - Chmielowski, B. AU - Spasic, M. AU - Henry, G. AU - Ciobanu, V. PY - 2014 DA - 2014// TI - PD-1 blockade induces responses by inhibiting adaptive immune resistance JO - Nature VL - 515 UR - https://doi.org/10.1038/nature13954 DO - 10.1038/nature13954 ID - Tumeh2014 ER - TY - JOUR AU - Twyman-Saint Victor, C. AU - Rech, A. J. AU - Maity, A. AU - Rengan, R. AU - Pauken, K. E. AU - Stelekati, E. AU - Benci, J. L. AU - Xu, B. AU - Dada, H. AU - Odorizzi, P. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Radiation and dual checkpoint blockade activate non-redundant immune mechanisms in cancer JO - Nature VL - 520 UR - https://doi.org/10.1038/nature14292 DO - 10.1038/nature14292 ID - Twyman-Saint Victor2015 ER - TY - JOUR AU - Benci, J. L. AU - Johnson, L. R. AU - Choa, R. AU - Xu, Y. AU - Qiu, J. AU - Zhou, Z. AU - Xu, B. AU - Ye, D. AU - Nathanson, K. L. AU - June, C. H. PY - 2019 DA - 2019// TI - Opposing functions of interferon coordinate adaptive and innate immune responses to cancer immune checkpoint blockade JO - Cell VL - 178 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.07.019 DO - 10.1016/j.cell.2019.07.019 ID - Benci2019 ER - TY - JOUR AU - Patel, S. A. AU - Minn, A. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Combination cancer therapy with immune checkpoint blockade: mechanisms and strategies JO - Immunity VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2018.03.007 DO - 10.1016/j.immuni.2018.03.007 ID - Patel2018 ER - TY - JOUR AU - Goodman, A. M. AU - Kato, S. AU - Bazhenova, L. AU - Patel, S. P. AU - Frampton, G. M. AU - Miller, V. AU - Stephens, P. J. AU - Daniels, G. A. AU - Kurzrock, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Tumor mutational burden as an independent predictor of response to immunotherapy in diverse cancers JO - Mol Cancer Ther VL - 16 UR - https://doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-17-0386 DO - 10.1158/1535-7163.MCT-17-0386 ID - Goodman2017 ER - TY - JOUR AU - Rosenthal, R. AU - Cadieux, E. L. AU - Salgado, R. AU - Bakir, M. A. AU - Moore, D. A. AU - Hiley, C. T. AU - Lund, T. AU - Tanic, M. AU - Reading, J. L. AU - Joshi, K. PY - 2019 DA - 2019// TI - Neoantigen-directed immune escape in lung cancer evolution JO - Nature VL - 567 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-019-1032-7 DO - 10.1038/s41586-019-1032-7 ID - Rosenthal2019 ER - TY - JOUR AU - Navin, N. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cancer genomics: one cell at a time JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0452-9 DO - 10.1186/s13059-014-0452-9 ID - Navin2014 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Naxerova, K. AU - Reiter, J. G. AU - Brachtel, E. AU - Lennerz, J. K. AU - Wetering, M. AU - Rowan, A. AU - Cai, T. AU - Clevers, H. AU - Swanton, C. AU - Nowak, M. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Origins of lymphatic and distant metastases in human colorectal cancer JO - Science VL - 357 UR - https://doi.org/10.1126/science.aai8515 DO - 10.1126/science.aai8515 ID - Naxerova2017 ER - TY - JOUR AU - Wong, J. S. AU - Warren, L. E. AU - Bellon, J. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Management of the regional lymph nodes in early-stage breast cancer JO - Semin Radiat Oncol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.semradonc.2015.08.003 DO - 10.1016/j.semradonc.2015.08.003 ID - Wong2016 ER - TY - JOUR AU - Parker, J. S. AU - Mullins, M. AU - Cheang, M. C. AU - Leung, S. AU - Voduc, D. AU - Vickery, T. AU - Davies, S. AU - Fauron, C. AU - He, X. AU - Hu, Z. PY - 2009 DA - 2009// TI - Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes JO - J Clin Oncol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2008.18.1370 DO - 10.1200/JCO.2008.18.1370 ID - Parker2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. Y. AU - Zhang, F. AU - Hong, C. Q. AU - Giuliano, A. E. AU - Cui, X. J. AU - Zhou, G. J. AU - Zhang, G. J. AU - Cui, Y. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Critical protein GAPDH and its regulatory mechanisms in cancer cells JO - Cancer Biol Med VL - 12 ID - Zhang2015 ER - TY - JOUR AU - Tarrado-Castellarnau, M. AU - Diaz-Moralli, S. AU - Polat, I. H. AU - Sanz-Pamplona, R. AU - Alenda, C. AU - Moreno, V. AU - Castells, A. AU - Cascante, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase is overexpressed in colorectal cancer onset JO - Transl Med Commun VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/s41231-017-0015-7 DO - 10.1186/s41231-017-0015-7 ID - Tarrado-Castellarnau2017 ER - TY - JOUR AU - Mann, M. AU - Cortez, V. AU - Vadlamudi, R. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epigenetics of estrogen receptor signaling: role in hormonal cancer progression and therapy JO - Cancers (Basel) VL - 3 UR - https://doi.org/10.3390/cancers3021691 DO - 10.3390/cancers3021691 ID - Mann2011 ER - TY - JOUR AU - Green, K. A. AU - Carroll, J. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Oestrogen-receptor-mediated transcription and the influence of co-factors and chromatin state JO - Nat Rev Cancer VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2211 DO - 10.1038/nrc2211 ID - Green2007 ER - TY - JOUR AU - Dreijerink, K. M. AU - Mulder, K. W. AU - Winkler, G. S. AU - Hoppener, J. W. AU - Lips, C. J. AU - Timmers, H. T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Menin links estrogen receptor activation to histone H3K4 trimethylation JO - Cancer Res VL - 66 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-05-4461 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-05-4461 ID - Dreijerink2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, H. AU - Heo, K. AU - Kim, J. H. AU - Kim, K. AU - Choi, J. AU - An, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Requirement of histone methyltransferase SMYD3 for estrogen receptor-mediated transcription JO - J Biol Chem VL - 284 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.021485 DO - 10.1074/jbc.M109.021485 ID - Kim2009 ER - TY - JOUR AU - Vogelstein, B. AU - Papadopoulos, N. AU - Velculescu, V. E. AU - Zhou, S. AU - Diaz, L. A. AU - Kinzler, K. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cancer genome landscapes JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1235122 DO - 10.1126/science.1235122 ID - Vogelstein2013 ER - TY - JOUR AU - Tokheim, C. J. AU - Papadopoulos, N. AU - Kinzler, K. W. AU - Vogelstein, B. AU - Karchin, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Evaluating the evaluation of cancer driver genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1616440113 DO - 10.1073/pnas.1616440113 ID - Tokheim2016 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. AU - Bojorquez-Gomez, A. AU - Velez, D. O. AU - Xu, G. AU - Sanchez, K. S. AU - Shen, J. P. AU - Chen, K. AU - Licon, K. AU - Melton, C. AU - Olson, K. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - A global transcriptional network connecting noncoding mutations to changes in tumor gene expression JO - Nat Genet VL - 50 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0091-2 DO - 10.1038/s41588-018-0091-2 ID - Zhang2018 ER - TY - JOUR AU - Cuykendall, T. N. AU - Rubin, M. A. AU - Khurana, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Non-coding genetic variation in cancer JO - Curr Opin Syst Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.coisb.2016.12.017 DO - 10.1016/j.coisb.2016.12.017 ID - Cuykendall2017 ER - TY - JOUR AU - Singh, M. AU - Al-Eryani, G. AU - Carswell, S. AU - Ferguson, J. M. AU - Blackburn, J. AU - Barton, K. AU - Roden, D. AU - Luciani, F. AU - Giang Phan, T. AU - Junankar, S. PY - 2019 DA - 2019// TI - High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes JO - Nat Commun VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-019-11049-4 DO - 10.1038/s41467-019-11049-4 ID - Singh2019 ER - TY - JOUR AU - Dobin, A. AU - Davis, C. A. AU - Schlesinger, F. AU - Drenkow, J. AU - Zaleski, C. AU - Jha, S. AU - Batut, P. AU - Chaisson, M. AU - Gingeras, T. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts635 DO - 10.1093/bioinformatics/bts635 ID - Dobin2013 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Dewey, C. N. PY - 2011 DA - 2011// TI - RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-323 DO - 10.1186/1471-2105-12-323 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - McKenna, A. AU - Hanna, M. AU - Banks, E. AU - Sivachenko, A. AU - Cibulskis, K. AU - Kernytsky, A. AU - Garimella, K. AU - Altshuler, D. AU - Gabriel, S. AU - Daly, M. AU - DePristo, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107524.110 DO - 10.1101/gr.107524.110 ID - McKenna2010 ER - TY - JOUR AU - Pfeiffer, F. AU - Grober, C. AU - Blank, M. AU - Handler, K. AU - Beyer, M. AU - Schultze, J. L. AU - Mayer, G. PY - 2018 DA - 2018// TI - Systematic evaluation of error rates and causes in short samples in next-generation sequencing JO - Sci Rep VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41598-018-29325-6 DO - 10.1038/s41598-018-29325-6 ID - Pfeiffer2018 ER - TY - JOUR AU - Skelly, D. A. AU - Johansson, M. AU - Madeoy, J. AU - Wakefield, J. AU - Akey, J. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A powerful and flexible statistical framework for testing hypotheses of allele-specific gene expression from RNA-seq data JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.119784.110 DO - 10.1101/gr.119784.110 ID - Skelly2011 ER - TY - JOUR AU - Ward, J. H. PY - 1963 DA - 1963// TI - Hierarchical grouping to optimize an objective function JO - J Am Stat Assoc VL - 58 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1963.10500845 DO - 10.1080/01621459.1963.10500845 ID - Ward1963 ER - TY - JOUR AU - Goutte, C. AU - Hansen, L. K. AU - Liptrot, M. G. AU - Rostrup, E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Feature-space clustering for fMRI meta-analysis JO - Hum Brain Mapp VL - 13 UR - https://doi.org/10.1002/hbm.1031 DO - 10.1002/hbm.1031 ID - Goutte2001 ER - TY - JOUR AU - Urrutia, E. AU - Chen, H. AU - Zhou, Z. AU - Zhang, N. R. AU - Jiang, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Integrative pipeline for profiling DNA copy number and inferring tumor phylogeny JO - Bioinformatics VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty057 DO - 10.1093/bioinformatics/bty057 ID - Urrutia2018 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Chen, W. AU - Zhan, X. AU - Busonero, F. AU - Sanna, S. AU - Sidore, C. AU - Cucca, F. AU - Kang, H. M. AU - Abecasis, G. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - A likelihood-based framework for variant calling and de novo mutation detection in families JO - PLoS Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002944 DO - 10.1371/journal.pgen.1002944 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Schliep, K. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - phangorn: phylogenetic analysis in R JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq706 DO - 10.1093/bioinformatics/btq706 ID - Schliep2011 ER - TY - JOUR AU - Finak, G. AU - McDavid, A. AU - Yajima, M. AU - Deng, J. AU - Gersuk, V. AU - Shalek, A. K. AU - Slichter, C. K. AU - Miller, H. W. AU - McElrath, M. J. AU - Prlic, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0844-5 DO - 10.1186/s13059-015-0844-5 ID - Finak2015 ER - TY - JOUR AU - Korthauer, K. D. AU - Chu, L. F. AU - Newton, M. A. AU - Li, Y. AU - Thomson, J. AU - Stewart, R. AU - Kendziorski, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - A statistical approach for identifying differential distributions in single-cell RNA-seq experiments JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-1077-y DO - 10.1186/s13059-016-1077-y ID - Korthauer2016 ER - TY - JOUR AU - Butler, A. AU - Hoffman, P. AU - Smibert, P. AU - Papalexi, E. AU - Satija, R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species JO - Nat Biotechnol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.4096 DO - 10.1038/nbt.4096 ID - Butler2018 ER - TY - JOUR AU - Wang, K. AU - Li, M. AU - Hakonarson, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq603 DO - 10.1093/nar/gkq603 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Karosiene, E. AU - Lundegaard, C. AU - Lund, O. AU - Nielsen, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - NetMHCcons: a consensus method for the major histocompatibility complex class I predictions JO - Immunogenetics VL - 64 UR - https://doi.org/10.1007/s00251-011-0579-8 DO - 10.1007/s00251-011-0579-8 ID - Karosiene2012 ER - TY - STD TI - Zhou Z. Genetic heterogeneity profiling by single cell RNA sequencing. Github: https://github.com/zhouzilu/DENDRO; 2019. Accessed 28 Oct 2019. UR - https://github.com/zhouzilu/DENDRO; ID - ref87 ER - TY - STD TI - Zhou Z: Genetic heterogeneity profiling by single cell RNA sequencing Zenodo: https://doi.org/10.5281/zenodo.3521087; 2019. Accessed 29 Oct 2019. ID - ref88 ER - TY - STD TI - Deng Q, Ramsköld D, Reinius B, Sandberg R: Single-cell RNA-Seq reveals dynamic, random monoallelic gene expression in mammalian cells. GSE45719: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45719; 2014. Accessed 10 Jan 2014. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45719; ID - ref89 ER - TY - STD TI - Kim KT, Lee HW, Lee HO, Song HJ, Jeong da E, Shin S, Kim H, Shin Y, Nam DH, Jeong BC, et al: Single-cell transcriptome profiling for metastatic renal cell carcinoma patient-derived cells. GSE73122: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE73122; 2015. Accessed 18 Sept 2015. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE73122; ID - ref90 ER - TY - STD TI - Chung W, Eum HH, Lee HO, Lee KM, Lee HB, Kim KT, Ryu HS, Kim S, Lee JE, Park YH, et al: Single cell RNA sequencing of primary breast cancer. GSE75688: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE75688; 2016. Accessed 09 Dec 2016. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE75688; ID - ref91 ER - TY - STD TI - Zhou Z, Xu B: DENDRO: genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing. GSE139248: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE139248; 2019. Accessed 10 Nov 2019. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE139248; ID - ref92 ER -