TY - JOUR AU - Stubbington, M. J. AU - Rozenblatt-Rosen, O. AU - Regev, A. AU - Teichmann, S. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease JO - Science VL - 358 UR - https://doi.org/10.1126/science.aan6828 DO - 10.1126/science.aan6828 ID - Stubbington2017 ER - TY - JOUR AU - Gaublomme, J. T. AU - Yosef, N. AU - Lee, Y. AU - Gertner, R. S. AU - Yang, L. V. AU - Wu, C. AU - Pandolfi, P. P. AU - Mak, T. AU - Satija, R. AU - Shalek, A. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-cell genomics unveils critical regulators of Th17 cell pathogenicity JO - Cell VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.11.009 DO - 10.1016/j.cell.2015.11.009 ID - Gaublomme2015 ER - TY - JOUR AU - Zhu, D. AU - Zhao, Z. AU - Cui, G. AU - Chang, S. AU - Hu, L. AU - See, Y. X. AU - Lim, M. G. L. AU - Guo, D. AU - Chen, X. AU - Robson, P. PY - 2018 DA - 2018// TI - Single-cell transcriptome analysis reveals estrogen signaling coordinately augments one-carbon, polyamine, and purine synthesis in breast cancer JO - Cell Rep VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.10.093 DO - 10.1016/j.celrep.2018.10.093 ID - Zhu2018 ER - TY - JOUR AU - Golumbeanu, M. AU - Cristinelli, S. AU - Rato, S. AU - Munoz, M. AU - Cavassini, M. AU - Beerenwinkel, N. AU - Ciuffi, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Single-cell RNA-Seq reveals transcriptional heterogeneity in latent and reactivated HIV-infected cells JO - Cell Rep VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.03.102 DO - 10.1016/j.celrep.2018.03.102 ID - Golumbeanu2018 ER - TY - JOUR AU - Tung, P. -. Y. AU - Blischak, J. D. AU - Hsiao, C. J. AU - Knowles, D. A. AU - Burnett, J. E. AU - Pritchard, J. K. AU - Gilad, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies JO - Sci Rep VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/srep39921 DO - 10.1038/srep39921 ID - Tung2017 ER - TY - JOUR AU - Hicks, S. C. AU - Townes, F. W. AU - Teng, M. AU - Irizarry, R. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Missing data and technical variability in single-cell rna-sequencing experiments JO - Biostatistics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxx053 DO - 10.1093/biostatistics/kxx053 ID - Hicks2017 ER - TY - JOUR AU - Macosko, E. Z. AU - Basu, A. AU - Satija, R. AU - Nemesh, J. AU - Shekhar, K. AU - Goldman, M. AU - Tirosh, I. AU - Bialas, A. R. AU - Kamitaki, N. AU - Martersteck, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using nanoliter droplets JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.002 DO - 10.1016/j.cell.2015.05.002 ID - Macosko2015 ER - TY - JOUR AU - Zheng, G. X. AU - Terry, J. M. AU - Belgrader, P. AU - Ryvkin, P. AU - Bent, Z. W. AU - Wilson, R. AU - Ziraldo, S. B. AU - Wheeler, T. D. AU - McDermott, G. P. AU - Zhu, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells JO - Nature Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms14049 DO - 10.1038/ncomms14049 ID - Zheng2017 ER - TY - JOUR AU - Stoeckius, M. AU - Zheng, S. AU - Houck-Loomis, B. AU - Hao, S. AU - Yeung, B. Z. AU - Mauck, W. M. AU - Smibert, P. AU - Satija, R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Cell hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics JO - Genome Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-018-1603-1 DO - 10.1186/s13059-018-1603-1 ID - Stoeckius2018 ER - TY - STD TI - Gehring J, Park JH, Chen S, Thomson M, Pachter L. Highly Multiplexed Single-Cell RNA-seq for Defining Cell Population and Transcriptional Spaces. BioRxiv. 2018;:315333. ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - McGinnis, C. S. AU - Patterson, D. M. AU - Winkler, J. AU - Conrad, D. N. AU - Hein, M. Y. AU - Srivastava, V. AU - Hu, J. L. AU - Murrow, L. M. AU - Weissman, J. S. AU - Werb, Z. PY - 2018 DA - 2018// TI - MULTI-seq: sample multiplexing for single-cell RNA sequencing using lipid-tagged indices JO - Nature Meth VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/s41592-019-0433-8 DO - 10.1038/s41592-019-0433-8 ID - McGinnis2018 ER - TY - JOUR AU - Shin, D. AU - Lee, W. AU - Lee, J. H. AU - Bang, D. PY - 2019 DA - 2019// TI - Multiplexed single-cell RNA-seq via transient barcoding for simultaneous expression profiling of various drug perturbations JO - Sci Adv VL - 5 UR - https://doi.org/10.1126/sciadv.aav2249 DO - 10.1126/sciadv.aav2249 ID - Shin2019 ER - TY - JOUR AU - Kang, H. M. AU - Subramaniam, M. AU - Targ, S. AU - Nguyen, M. AU - Maliskova, L. AU - McCarthy, E. AU - Wan, E. AU - Wong, S. AU - Byrnes, L. AU - Lanata, C. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Multiplexed droplet single-cell RNA-sequencing using natural genetic variation JO - Nature Biotechnol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.4042 DO - 10.1038/nbt.4042 ID - Kang2018 ER - TY - JOUR AU - Haque, A. AU - Engel, J. AU - Teichmann, S. A. AU - Lönnberg, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - A practical guide to single-cell rna-sequencing for biomedical research and clinical applications JO - Genome Med VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-017-0467-4 DO - 10.1186/s13073-017-0467-4 ID - Haque2017 ER - TY - STD TI - Cuomo AS, Seaton DD, McCarthy DJ, Martinez I, Bonder MJ, Garcia-Bernardo J, Amatya S, Madrigal P, Isaacson A, Buettner F, et al. Single-cell RNA-sequencing of differentiating iPS cells reveals dynamic genetic effects on gene expression. BioRxiv. 2019;:630996. ID - ref15 ER - TY - STD TI - McCarthy DJ, Rostom R, Huang Y, Kunz DJ, Danecek P, Bonder MJ, Hagai T, Wang W, Gaffney DJ, Simons BD, et al. Cardelino: Integrating whole exomes and single-cell transcriptomes to reveal phenotypic impact of somatic variants. BioRxiv. 2018;:413047. ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - van der Wijst, M. G. AU - Brugge, H. AU - de Vries, D. H. AU - Deelen, P. AU - Swertz, M. A. AU - Franke, L. PY - 2018 DA - 2018// TI - Single-cell RNA sequencing identifies celltype-specific cis-eQTLs and co-expression QTLs JO - Nat Genet VL - 50 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0089-9 DO - 10.1038/s41588-018-0089-9 ID - van der Wijst2018 ER - TY - JOUR PY - 2015 DA - 2015// TI - A global reference for human genetic variation JO - Nature VL - 526 UR - https://doi.org/10.1038/nature15393 DO - 10.1038/nature15393 ID - ref18 ER - TY - STD TI - Li B, Kowalczyk MS, Dionne D, Ashenberg O, Tabaka M, Tickle T, Lee J, Shekhar K, Slyper M, Waldman J, Rozenblatt-Rosen O, Regev A, Census of Immune Cells. 2018. https://data.humancellatlas.org. Accessed 12 April 2019. UR - https://data.humancellatlas.org ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Wolf, F. A. AU - Angerer, P. AU - Theis, F. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis JO - Genome Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-017-1382-0 DO - 10.1186/s13059-017-1382-0 ID - Wolf2018 ER - TY - JOUR AU - McCarthy, D. J. AU - Chen, Y. AU - Smyth, G. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential expression analysis of multifactor RNA-Seq experiments with respect to biological variation JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks042 DO - 10.1093/nar/gks042 ID - McCarthy2012 ER - TY - JOUR AU - Blei, D. M. AU - Kucukelbir, A. AU - McAuliffe, J. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Variational inference: A review for statisticians JO - J Am Stat Assoc VL - 112 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.2017.1285773 DO - 10.1080/01621459.2017.1285773 ID - Blei2017 ER - TY - STD TI - Huang Y. CellSNP version 0.1.6. 2019. https://doi.org/10.5281/zenodo.3516640. https://zenodo.org/record/3516640. UR - https://zenodo.org/record/3516640 ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Kilpinen, H. AU - Goncalves, A. AU - Leha, A. AU - Afzal, V. AU - Alasoo, K. AU - Ashford, S. AU - Bala, S. AU - Bensaddek, D. AU - Casale, F. P. AU - Culley, O. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs JO - Nature VL - 546 UR - https://doi.org/10.1038/nature22403 DO - 10.1038/nature22403 ID - Kilpinen2017 ER - TY - STD TI - Huang Y, McCarthy DJ, Stegle O. Vireo version 0.1.5. 2019. https://doi.org/10.5281/zenodo.3516639. https://zenodo.org/record/3516639. UR - https://zenodo.org/record/3516639 ID - ref25 ER -