TY - JOUR AU - Gierahn, T. M. AU - Wadsworth, M. H. AU - Hughes, T. K. AU - Bryson, B. D. AU - Butler, A. AU - Satija, R. AU - Fortune, S. AU - Love, J. C. AU - Shalek, A. K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Seq-Well: portable, low-cost RNA sequencing of single cells at high throughput JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4179 DO - 10.1038/nmeth.4179 ID - Gierahn2017 ER - TY - JOUR AU - Macosko, E. Z. AU - Basu, A. AU - Satija, R. AU - Nemesh, J. AU - Shekhar, K. AU - Goldman, M. AU - Tirosh, I. AU - Bialas, A. R. AU - Kamitaki, N. AU - Martersteck, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using nanoliter droplets JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.002 DO - 10.1016/j.cell.2015.05.002 ID - Macosko2015 ER - TY - JOUR AU - Klein, A. M. AU - Mazutis, L. AU - Akartuna, I. AU - Tallapragada, N. AU - Veres, A. AU - Li, V. AU - Peshkin, L. AU - Weitz, D. A. AU - Kirschner, M. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.044 DO - 10.1016/j.cell.2015.04.044 ID - Klein2015 ER - TY - JOUR AU - Easwaran, H. AU - Tsai, H. C. AU - Baylin, S. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cancer epigenetics: tumor heterogeneity, plasticity of stem-like states, and drug resistance JO - Mol Cell VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.05.015 DO - 10.1016/j.molcel.2014.05.015 ID - Easwaran2014 ER - TY - JOUR AU - Maier, T. AU - Guell, M. AU - Serrano, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Correlation of mRNA and protein in complex biological samples JO - FEBS Lett VL - 583 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2009.10.036 DO - 10.1016/j.febslet.2009.10.036 ID - Maier2009 ER - TY - JOUR AU - Genshaft, A. S. AU - Li, S. AU - Gallant, C. J. AU - Darmanis, S. AU - Prakadan, S. M. AU - Ziegler, C. G. K. AU - Lundberg, M. AU - Fredriksson, S. AU - Hong, J. AU - Regev, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Multiplexed, targeted profiling of single-cell proteomes and transcriptomes in a single reaction JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-1045-6 DO - 10.1186/s13059-016-1045-6 ID - Genshaft2016 ER - TY - STD TI - Dey SS, Kester L, Spanjaard B, Bienko M, van Oudenaarden A. Integrated genome and transcriptome sequencing 2015 of the same cell. Nat Biotechnol. 33:285. ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Angermueller, C. AU - Clark, S. J. AU - Lee, H. J. AU - Macaulay, I. C. AU - Teng, M. J. AU - Hu, T. X. AU - Krueger, F. AU - Smallwood, S. A. AU - Ponting, C. P. AU - Voet, T. PY - 2016 DA - 2016// TI - Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3728 DO - 10.1038/nmeth.3728 ID - Angermueller2016 ER - TY - STD TI - Stoeckius M, Hafemeister C, Stephenson W, Houck-Loomis B, Chattopadhyay PK, Swerdlow H, Satija R, Smibert P. Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells. Nat Meth. 2017; advance online publication. ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Satija, R. AU - Farrell, J. A. AU - Gennert, D. AU - Schier, A. F. AU - Regev, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Spatial reconstruction of single-cell gene expression data JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3192 DO - 10.1038/nbt.3192 ID - Satija2015 ER - TY - JOUR AU - Achim, K. AU - Pettit, J. B. AU - Saraiva, L. R. AU - Gavriouchkina, D. AU - Larsson, T. AU - Arendt, D. AU - Marioni, J. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3209 DO - 10.1038/nbt.3209 ID - Achim2015 ER - TY - JOUR AU - Stahl, P. L. AU - Salmen, F. AU - Vickovic, S. AU - Lundmark, A. AU - Navarro, J. F. AU - Magnusson, J. AU - Giacomello, S. AU - Asp, M. AU - Westholm, J. O. AU - Huss, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics JO - Science VL - 353 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaf2403 DO - 10.1126/science.aaf2403 ID - Stahl2016 ER - TY - JOUR AU - Cadwell, C. R. AU - Palasantza, A. AU - Jiang, X. L. AU - Berens, P. AU - Deng, Q. L. AU - Yilmaz, M. AU - Reimer, J. AU - Shen, S. AU - Bethge, M. AU - Tolias, K. F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Electrophysiological, transcriptomic and morphologic profiling of single neurons using Patch-seq JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3445 DO - 10.1038/nbt.3445 ID - Cadwell2016 ER - TY - JOUR AU - Godin, M. AU - Delgado, F. F. AU - Son, S. M. AU - Grover, W. H. AU - Bryan, A. K. AU - Tzur, A. AU - Jorgensen, P. AU - Payer, K. AU - Grossman, A. D. AU - Kirschner, M. W. AU - Manalis, S. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Using buoyant mass to measure the growth of single cells JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1452 DO - 10.1038/nmeth.1452 ID - Godin2010 ER - TY - JOUR AU - Son, S. AU - Tzur, A. AU - Weng, Y. AU - Jorgensen, P. AU - Kim, J. AU - Kirschner, M. W. AU - Manalis, S. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Direct observation of mammalian cell growth and size regulation JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2133 DO - 10.1038/nmeth.2133 ID - Son2012 ER - TY - JOUR AU - Son, S. AU - Stevens, M. M. AU - Chao, H. X. AU - Thoreen, C. AU - Hosios, A. M. AU - Schweitzer, L. D. AU - Weng, Y. C. AU - Wood, K. AU - Sabatini, D. AU - Vander Heiden, M. G. AU - Manalis, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cooperative nutrient accumulation sustains growth of mammalian cells JO - Sci Rep VL - 5 ID - Son2015 ER - TY - JOUR AU - Cermak, N. AU - Olcum, S. AU - Delgado, F. F. AU - Wasserman, S. C. AU - Payer, K. R. AU - A Murakami, M. AU - Knudsen, S. M. AU - Kimmerling, R. J. AU - Stevens, M. M. AU - Kikuchi, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - High-throughput measurement of single-cell growth rates using serial microfluidic mass sensor arrays JO - Nat Biotech VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3666 DO - 10.1038/nbt.3666 ID - Cermak2016 ER - TY - STD TI - Stevens MM, Maire CL, Chou N, Murakami MA, Knoff DS, Kikuchi Y, Kimmerling RJ, Liu H, Haidar S, Calistri NL, et al. Drug sensitivity of single cancer cells is predicted by changes in mass accumulation rate. Nat Biotech. 2016; advance online publication. ID - ref18 ER - TY - STD TI - Calistri NL, Kimmerling RJ, Malinowski S, Stevens MM, Olcum S, Ligon KL, Manalis SR. Microfluidic active loading of single cells enables analysis of complex clinical specimens. Nat Commun. 2018. ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Hecht, V. C. AU - Sullivan, L. B. AU - Kimmerling, R. J. AU - Kim, D. H. AU - Hosios, A. M. AU - Stockslager, M. A. AU - Stevens, M. M. AU - Kang, J. H. AU - Wirtz, D. AU - Vander Heiden, M. G. AU - Manalis, S. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Biophysical changes reduce energetic demand in growth factor-deprived lymphocytes JO - J Cell Biol VL - 212 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201506118 DO - 10.1083/jcb.201506118 ID - Hecht2016 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Prakadan, S. M. AU - Shalek, A. K. AU - Weitz, D. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Scaling by shrinking: empowering single-cell ‘omics’ with microfluidic devices JO - Nat Rev Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2017.15 DO - 10.1038/nrg.2017.15 ID - Prakadan2017 ER - TY - JOUR AU - Buettner, F. AU - Natarajan, K. N. AU - Casale, F. P. AU - Proserpio, V. AU - Scialdone, A. AU - Theis, F. J. AU - Teichmann, S. A. AU - Marioni, J. C. AU - Stegie, O. PY - 2015 DA - 2015// TI - Computational analysis of cell-to-cell heterogeneity in single-cell RNA-sequencing data reveals hidden subpopulations of cells JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3102 DO - 10.1038/nbt.3102 ID - Buettner2015 ER - TY - JOUR AU - Kowalczyk, M. S. AU - Tirosh, I. AU - Heck, D. AU - Rao, T. N. AU - Dixit, A. AU - Haas, B. J. AU - Schneider, R. K. AU - Wagers, A. J. AU - Ebert, B. L. AU - Regev, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-cell RNA-seq reveals changes in cell cycle and differentiation programs upon aging of hematopoietic stem cells JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.192237.115 DO - 10.1101/gr.192237.115 ID - Kowalczyk2015 ER - TY - JOUR AU - Kimmerling, R. J. AU - Szeto, G. L. AU - Li, J. W. AU - Genshaft, A. S. AU - Kazer, S. W. AU - Payer, K. R. AU - Borrajo, J. D. AU - Blainey, P. C. AU - Irvine, D. J. AU - Shalek, A. K. AU - Manalis, S. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - A microfluidic platform enabling single-cell RNA-seq of multigenerational lineages JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10220 DO - 10.1038/ncomms10220 ID - Kimmerling2016 ER - TY - JOUR AU - Cetin, A. E. AU - Stevens, M. M. AU - Calistri, N. L. AU - Fulciniti, M. AU - Olcum, S. AU - Kimmerling, R. J. AU - Munshi, N. C. AU - Manalis, S. R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Determining therapeutic susceptibility in multiple myeloma by single-cell mass accumulation JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-01593-2 DO - 10.1038/s41467-017-01593-2 ID - Cetin2017 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Best, J. A. AU - Blair, D. A. AU - Knell, J. AU - Yang, E. AU - Mayya, V. AU - Doedens, A. AU - Dustin, M. L. AU - Goldrath, A. W. AU - Immunological Genome, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcriptional insights into the CD8(+) T cell response to infection and memory T cell formation JO - Nat Immunol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/ni.2536 DO - 10.1038/ni.2536 ID - Best2013 ER - TY - JOUR AU - Fox, C. J. AU - Hammerman, P. S. AU - Thompson, C. B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fuel feeds function: energy metabolism and the T-cell response JO - Nat Rev Immunol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nri1710 DO - 10.1038/nri1710 ID - Fox2005 ER - TY - JOUR AU - Verbist, K. C. AU - Guy, C. S. AU - Milasta, S. AU - Liedmann, S. AU - Kaminski, M. M. AU - Wang, R. N. AU - Green, D. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metabolic maintenance of cell asymmetry following division in activated T lymphocytes JO - Nature VL - 532 UR - https://doi.org/10.1038/nature17442 DO - 10.1038/nature17442 ID - Verbist2016 ER - TY - JOUR AU - Wang, R. N. AU - Green, D. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metabolic checkpoints in activated T cells JO - Nat Immunol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/ni.2386 DO - 10.1038/ni.2386 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Araki, K. AU - Morita, M. AU - Bederman, A. G. AU - Konieczny, B. T. AU - Kissick, H. T. AU - Sonenberg, N. AU - Ahmed, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Translation is actively regulated during the differentiation of CD8(+) effector T cells JO - Nat Immunol VL - 18 ID - Araki2017 ER - TY - JOUR AU - Obst, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - The timing of T cell priming and cycling JO - Front Immunol VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fimmu.2015.00563 DO - 10.3389/fimmu.2015.00563 ID - Obst2015 ER - TY - JOUR AU - Batlle, E. AU - Clevers, H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Cancer stem cells revisited JO - Nat Med VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/nm.4409 DO - 10.1038/nm.4409 ID - Batlle2017 ER - TY - JOUR AU - Patel, A. P. AU - Tirosh, I. AU - Trombetta, J. J. AU - Shalek, A. K. AU - Gillespie, S. M. AU - Wakimoto, H. AU - Cahill, D. P. AU - Nahed, B. V. AU - Curry, W. T. AU - Martuza, R. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma JO - Science VL - 344 UR - https://doi.org/10.1126/science.1254257 DO - 10.1126/science.1254257 ID - Patel2014 ER - TY - JOUR AU - Tirosh, I. AU - Izar, B. AU - Prakadan, S. M. AU - Wadsworth, M. H. AU - Treacy, D. AU - Trombetta, J. J. AU - Rotem, A. AU - Rodman, C. AU - Lian, C. AU - Murphy, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad0501 DO - 10.1126/science.aad0501 ID - Tirosh2016 ER - TY - JOUR AU - Barretina, J. AU - Caponigro, G. AU - Stransky, N. AU - Venkatesan, K. AU - Margolin, A. A. AU - Kim, S. AU - Wilson, C. J. AU - Lehar, J. AU - Kryukov, G. V. AU - Sonkin, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity JO - Nature VL - 483 UR - https://doi.org/10.1038/nature11003 DO - 10.1038/nature11003 ID - Barretina2012 ER - TY - JOUR AU - Suva, M. L. AU - Rheinbay, E. AU - Gillespie, S. M. AU - Patel, A. P. AU - Wakimoto, H. AU - Rabkin, S. D. AU - Riggi, N. AU - Chi, A. S. AU - Cahill, D. P. AU - Nahed, B. V. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reconstructing and reprogramming the tumor-propagating potential of glioblastoma stem-like cells JO - Cell VL - 157 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.02.030 DO - 10.1016/j.cell.2014.02.030 ID - Suva2014 ER - TY - JOUR AU - Chene, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Inhibiting the p53-MDM2 interaction: an important target for cancer therapy JO - Nat Rev Cancer VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrc991 DO - 10.1038/nrc991 ID - Chene2003 ER - TY - JOUR AU - Verreault, M. AU - Schmitt, C. AU - Goldwirt, L. AU - Pelton, K. AU - Haidar, S. AU - Levasseur, C. AU - Guehennec, J. AU - Knoff, D. AU - Labussiere, M. AU - Marie, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Preclinical efficacy of the MDM2 inhibitor RG7112 in MDM2-amplified and TP53 wild-type glioblastomas JO - Clin Cancer Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-15-1015 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-15-1015 ID - Verreault2016 ER - TY - JOUR AU - Fischer, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Census and evaluation of p53 target genes JO - Oncogene VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2016.502 DO - 10.1038/onc.2016.502 ID - Fischer2017 ER - TY - JOUR AU - Saxton, R. A. AU - Sabatini, D. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - mTOR signaling in growth, metabolism, and disease JO - Cell VL - 168 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.02.004 DO - 10.1016/j.cell.2017.02.004 ID - Saxton2017 ER - TY - JOUR AU - Song, M. S. AU - Salmena, L. AU - Pandolfi, P. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - The functions and regulation of the PTEN tumour suppressor JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3330 DO - 10.1038/nrm3330 ID - Song2012 ER - TY - JOUR AU - Wee, K. B. AU - Surana, U. AU - Aguda, B. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Oscillations of the p53-Akt network: implications on cell survival and death JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004407 DO - 10.1371/journal.pone.0004407 ID - Wee2009 ER - TY - JOUR AU - Daniele, S. AU - Costa, B. AU - Zappelli, E. AU - Da Pozzo, E. AU - Sestito, S. AU - Nesi, G. AU - Campiglia, P. AU - Marinelli, L. AU - Novellino, E. AU - Rapposelli, S. AU - Martini, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Combined inhibition of AKT/mTOR and MDM2 enhances Glioblastoma Multiforme cell apoptosis and differentiation of cancer stem cells JO - Sci Rep VL - 5 ID - Daniele2015 ER - TY - JOUR AU - Buenostro, J. D. AU - Wu, B. J. AU - Litzenburger, U. M. AU - Ruff, D. AU - Gonzales, M. L. AU - Snyder, M. P. AU - Chang, H. Y. AU - Greenleaf, W. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation JO - Nature VL - 523 UR - https://doi.org/10.1038/nature14590 DO - 10.1038/nature14590 ID - Buenostro2015 ER - TY - JOUR AU - Shalek, A. K. AU - Benson, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell analyses to tailor treatments JO - Sci Transl Med VL - 9 ID - Shalek2017 ER - TY - JOUR AU - Trombetta, J. J. AU - Gennert, D. AU - Lu, D. AU - Satija, R. AU - Shalek, A. K. AU - Regev, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Preparation of single-cell RNA-Seq libraries for next generation sequencing JO - Curr Protoc Mol VL - 107 ID - Trombetta2014 ER - TY - JOUR AU - Picelli, S. AU - Bjorklund, A. K. AU - Faridani, O. R. AU - Sagasser, S. AU - Winberg, G. AU - Sandberg, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Smart-seq2 for sensitive full-length transcriptome profiling in single cells JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2639 DO - 10.1038/nmeth.2639 ID - Picelli2013 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Dewey, C. N. PY - 2011 DA - 2011// TI - RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome JO - Bmc Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-16 DO - 10.1186/1471-2105-12-16 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-2-r13 DO - 10.1186/gb-2013-14-2-r13 ID - Kim2013 ER - TY - STD TI - Sergushichev A. An algorithm for fast preranked gene set enrichment analysis using cumulative statistic calculation. bioRxiv. 2016. https://doi.org/10.1101/060012. ID - ref52 ER - TY - STD TI - Kimmerling RJ, Prakadan SM, Gupta AJ, Calistri NL, Stevens MM, Olcum S, Cermak N, Drake RS, Pelton K, De Smet F, Ligon KL, Shalek AK, Manalis SR. Linking single-cell measurements of mass, growth rate, and gene expression. Gene Expression Omnibus. 2018. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121655. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121655 ID - ref53 ER - TY - STD TI - Kimmerling RJ, Prakadan SM, Gupta AJ, Calistri NL, Stevens MM, Olcum S, Cermak N, Drake RS, Pelton K, De Smet F, Ligon KL, Shalek AK, Manalis SR. Linking single-cell measurements of mass, growth rate, and gene expression. Github repository. https://github.com/rjkimmer/linkedMeasurementAnalysis. 2018. UR - https://github.com/rjkimmer/linkedMeasurementAnalysis ID - ref54 ER -