TY - JOUR AU - Gerstberger, S. t. e. f. a. n. i. e. AU - Hafner, M. a. r. k. u. s. AU - Tuschl, T. h. o. m. a. s. PY - 2014 DA - 2014// TI - A census of human RNA-binding proteins JO - Nature Reviews Genetics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3813 DO - 10.1038/nrg3813 ID - Gerstberger2014 ER - TY - JOUR AU - Cooper, T. h. o. m. a. s. A. AU - Wan, L. i. l. i. AU - Dreyfuss, G. i. d. e. o. n. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNA and Disease JO - Cell VL - 136 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.02.011 DO - 10.1016/j.cell.2009.02.011 ID - Cooper2009 ER - TY - JOUR AU - Siddiqui, N. a. d. e. e. m. AU - Borden, K. a. t. h. e. r. i. n. e. L. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - mRNA export and cancer JO - Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA VL - 3 UR - https://doi.org/10.1002/wrna.101 DO - 10.1002/wrna.101 ID - Siddiqui2011 ER - TY - JOUR AU - Young, R. o. b. e. r. t. S. AU - Ponting, C. h. r. i. s. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Identification and function of long non-coding RNAs JO - Essays In Biochemistry VL - 54 UR - https://doi.org/10.1042/bse0540113 DO - 10.1042/bse0540113 ID - Young2013 ER - TY - JOUR AU - Ulitsky, I. g. o. r. AU - Bartel, D. a. v. i. d.  . P. PY - 2013 DA - 2013// TI - lincRNAs: Genomics, Evolution, and Mechanisms JO - Cell VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.06.020 DO - 10.1016/j.cell.2013.06.020 ID - Ulitsky2013 ER - TY - JOUR AU - Melé, M. a. r. t. a. AU - Mattioli, K. a. i. a. AU - Mallard, W. i. l. l. i. a. m. AU - Shechner, D. a. v. i. d. M. AU - Gerhardinger, C. h. i. a. r. a. AU - Rinn, J. o. h. n. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chromatin environment, transcriptional regulation, and splicing distinguish lincRNAs and mRNAs JO - Genome Research VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.214205.116 DO - 10.1101/gr.214205.116 ID - Melé2016 ER - TY - JOUR AU - Mukherjee, N. e. e. l. a. n. j. a. n. AU - Calviello, L. o. r. e. n. z. o. AU - Hirsekorn, A. n. t. j. e. AU - de Pretis, S. t. e. f. a. n. o. AU - Pelizzola, M. a. t. t. i. a. AU - Ohler, U. w. e. PY - 2016 DA - 2016// TI - Integrative classification of human coding and noncoding genes through RNA metabolism profiles JO - Nature Structural & Molecular Biology VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.3325 DO - 10.1038/nsmb.3325 ID - Mukherjee2016 ER - TY - STD TI - Chi SW, Zang JB, Mele A, Darnell RB. Ago HITS-CLIP decodes miRNA-mRNA interaction maps. Nature. 2009; 460(7254):479–86. https://doi.org/10.1038/nature08170.Ago. ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Hafner, M. a. r. k. u. s. AU - Landthaler, M. a. r. k. u. s. AU - Burger, L. u. k. a. s. AU - Khorshid, M. o. h. s. e. n. AU - Hausser, J. e. a. n. AU - Berninger, P. h. i. l. i. p. p. AU - Rothballer, A. n. d. r. e. a. AU - Ascano, M. a. n. u. e. l. AU - Jungkamp, A. n. n. a. -. C. a. r. i. n. a. AU - Munschauer, M. a. t. h. i. a. s. AU - Ulrich, A. l. e. x. a. n. d. e. r. AU - Wardle, G. r. e. g. S. AU - Dewell, S. c. o. t. t. AU - Zavolan, M. i. h. a. e. l. a. AU - Tuschl, T. h. o. m. a. s. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptome-wide Identification of RNA-Binding Protein and MicroRNA Target Sites by PAR-CLIP JO - Cell VL - 141 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.03.009 DO - 10.1016/j.cell.2010.03.009 ID - Hafner2010 ER - TY - JOUR AU - König, J. u. l. i. a. n. AU - Zarnack, K. a. t. h. i. AU - Rot, G. r. e. g. o. r. AU - Curk, T. o. m. a. ž. AU - Kayikci, M. e. l. i. s. AU - Zupan, B. l. a. ž. AU - Turner, D. a. n. i. e. l. J. AU - Luscombe, N. i. c. h. o. l. a. s. M. AU - Ule, J. e. r. n. e. j. PY - 2010 DA - 2010// TI - iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution JO - Nature Structural & Molecular Biology VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1838 DO - 10.1038/nsmb.1838 ID - König2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. h. e. n. AU - Kayikci, M. e. l. i. s. AU - Briese, M. i. c. h. a. e. l. AU - Zarnack, K. a. t. h. i. AU - Luscombe, N. i. c. h. o. l. a. s. M. AU - Rot, G. r. e. g. o. r. AU - Zupan, B. l. a. ž. AU - Curk, T. o. m. a. ž. AU - Ule, J. e. r. n. e. j. PY - 2010 DA - 2010// TI - iCLIP Predicts the Dual Splicing Effects of TIA-RNA Interactions JO - PLoS Biology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000530 DO - 10.1371/journal.pbio.1000530 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Granneman, S. AU - Kudla, G. AU - Petfalski, E. AU - Tollervey, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identification of protein binding sites on U3 snoRNA and pre-rRNA by UV cross-linking and high-throughput analysis of cDNAs JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0901997106 DO - 10.1073/pnas.0901997106 ID - Granneman2009 ER - TY - JOUR AU - Van Nostrand, E. r. i. c. L. AU - Pratt, G. a. b. r. i. e. l. A. AU - Shishkin, A. l. e. x. a. n. d. e. r. A. AU - Gelboin-Burkhart, C. h. e. l. s. e. a. AU - Fang, M. a. r. k. Y. AU - Sundararaman, B. a. l. a. j. i. AU - Blue, S. t. e. v. e. n. M. AU - Nguyen, T. h. a. i. B. AU - Surka, C. h. r. i. s. t. i. n. e. AU - Elkins, K. e. r. i. AU - Stanton, R. e. b. e. c. c. a. AU - Rigo, F. r. a. n. k. AU - Guttman, M. i. t. c. h. e. l. l. AU - Yeo, G. e. n. e. W. PY - 2016 DA - 2016// TI - Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP) JO - Nature Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3810 DO - 10.1038/nmeth.3810 ID - Van Nostrand2016 ER - TY - JOUR AU - Dominissini, D. a. n. AU - Moshitch-Moshkovitz, S. h. a. r. o. n. AU - Schwartz, S. c. h. r. a. g. a. AU - Salmon-Divon, M. a. l. i. AU - Ungar, L. i. o. r. AU - Osenberg, S. i. v. a. n. AU - Cesarkas, K. a. r. e. n. AU - Jacob-Hirsch, J. a. s. m. i. n. e. AU - Amariglio, N. i. n. e. t. t. e. AU - Kupiec, M. a. r. t. i. n. AU - Sorek, R. o. t. e. m. AU - Rechavi, G. i. d. e. o. n. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11112 DO - 10.1038/nature11112 ID - Dominissini2012 ER - TY - JOUR AU - Carlile, T. h. o. m. a. s. M. AU - Rojas-Duran, M. a. r. i. a. F. AU - Zinshteyn, B. o. r. i. s. AU - Shin, H. a. k. y. u. n. g. AU - Bartoli, K. r. i. s. t. e. n. M. AU - Gilbert, W. e. n. d. y. V. PY - 2014 DA - 2014// TI - Pseudouridine profiling reveals regulated mRNA pseudouridylation in yeast and human cells JO - Nature VL - 515 UR - https://doi.org/10.1038/nature13802 DO - 10.1038/nature13802 ID - Carlile2014 ER - TY - JOUR AU - Kishore, S. h. i. v. e. n. d. r. a. AU - Jaskiewicz, L. u. k. a. s. z. AU - Burger, L. u. k. a. s. AU - Hausser, J. e. a. n. AU - Khorshid, M. o. h. s. e. n. AU - Zavolan, M. i. h. a. e. l. a. PY - 2011 DA - 2011// TI - A quantitative analysis of CLIP methods for identifying binding sites of RNA-binding proteins JO - Nature Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1608 DO - 10.1038/nmeth.1608 ID - Kishore2011 ER - TY - JOUR AU - Johnson, D. S. AU - Mortazavi, A. AU - Myers, R. M. AU - Wold, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-Wide Mapping of in Vivo Protein-DNA Interactions JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1141319 DO - 10.1126/science.1141319 ID - Johnson2007 ER - TY - JOUR AU - Aird, D. AU - Ross, M. G. AU - Chen, W. S. AU - Danielsson, M. AU - Fennell, T. AU - Russ, C. AU - Jaffe, D. B. AU - Nusbaum, C. AU - Gnirke, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Analyzing and minimizing pcr amplification bias in illumina sequencing libraries JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-2-r18 DO - 10.1186/gb-2011-12-2-r18 ID - Aird2011 ER - TY - JOUR AU - Reyes-Herrera, P. a. u. l. a. H. AU - Ficarra, E. l. i. s. a. PY - 2014 DA - 2014// TI - Computational Methods for CLIP-Seq Data Processing JO - Bioinformatics and Biology Insights VL - 8 UR - https://doi.org/10.4137/BBI.S16803 DO - 10.4137/BBI.S16803 ID - Reyes-Herrera2014 ER - TY - JOUR AU - Cook, K. B. AU - Hughes, T. R. AU - Morris, Q. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - High-throughput characterization of protein-RNA interactions JO - Briefings in Functional Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bfgp/elu047 DO - 10.1093/bfgp/elu047 ID - Cook2014 ER - TY - JOUR AU - Corcoran, D. a. v. i. d. L. AU - Georgiev, S. t. o. y. a. n. AU - Mukherjee, N. e. e. l. a. n. j. a. n. AU - Gottwein, E. v. a. AU - Skalsky, R. e. b. e. c. c. a. L. AU - Keene, J. a. c. k. D. AU - Ohler, U. w. e. PY - 2011 DA - 2011// TI - PARalyzer: definition of RNA binding sites from PAR-CLIP short-read sequence data JO - Genome Biology VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-8-r79 DO - 10.1186/gb-2011-12-8-r79 ID - Corcoran2011 ER - TY - STD TI - Comoglio F, Sievers C, Paro R. Sensitive and highly resolved identification of RNA-protein interaction sites in PAR-CLIP data. BMC Bioinformatics. 2015; 16(1):32. https://doi.org/10.1186/s12859-015-0470-y. ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Golumbeanu, M. AU - Mohammadi, P. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bmix: probabilistic modeling of occurring substitutions in par-clip data JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv520 DO - 10.1093/bioinformatics/btv520 ID - Golumbeanu2015 ER - TY - JOUR AU - Uren, P. h. i. l. i. p. J. AU - Bahrami-Samani, E. m. a. d. AU - Burns, S. u. z. a. n. n. e. C. AU - Qiao, M. e. i. AU - Karginov, F. e. d. o. r. V. AU - Hodges, E. m. i. l. y. AU - Hannon, G. r. e. g. o. r. y. J. AU - Sanford, J. e. r. e. m. y. R. AU - Penalva, L. u. i. z. O. F. AU - Smith, A. n. d. r. e. w. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Site identification in high-throughput RNA–protein interaction data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts569 DO - 10.1093/bioinformatics/bts569 ID - Uren2012 ER - TY - JOUR AU - Lovci, M. i. c. h. a. e. l. T. AU - Ghanem, D. a. n. a. AU - Marr, H. e. n. r. y. AU - Arnold, J. u. s. t. i. n. AU - Gee, S. h. e. r. r. y. AU - Parra, M. a. r. i. l. y. n. AU - Liang, T. i. f. f. a. n. y. Y. AU - Stark, T. h. o. m. a. s. J. AU - Gehman, L. a. u. r. e. n. T. AU - Hoon, S. h. a. w. n. AU - Massirer, K. a. t. l. i. n. B. AU - Pratt, G. a. b. r. i. e. l. A. AU - Black, D. o. u. g. l. a. s. L. AU - Gray, J. o. e. W. AU - Conboy, J. o. h. n. G. AU - Yeo, G. e. n. e. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rbfox proteins regulate alternative mRNA splicing through evolutionarily conserved RNA bridges JO - Nature Structural & Molecular Biology VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2699 DO - 10.1038/nsmb.2699 ID - Lovci2013 ER - TY - JOUR AU - Ray, D. AU - Kazan, H. AU - Cook, K. B. AU - Weirauch, M. T. AU - Najafabadi, H. S. AU - Li, X. AU - Gueroussov, S. AU - Albu, M. AU - Zheng, H. AU - Yang, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - A compendium of rna-binding motifs for decoding gene regulation JO - Nature VL - 499 UR - https://doi.org/10.1038/nature12311 DO - 10.1038/nature12311 ID - Ray2013 ER - TY - JOUR AU - Wessels, H. a. n. s. -. H. e. r. m. a. n. n. AU - Imami, K. o. s. h. i. AU - Baltz, A. l. e. x. a. n. d. e. r. G. AU - Kolinski, M. a. r. c. i. n. AU - Beldovskaya, A. n. a. s. t. a. s. i. a. AU - Selbach, M. a. t. t. h. i. a. s. AU - Small, S. t. e. p. h. e. n. AU - Ohler, U. w. e. AU - Landthaler, M. a. r. k. u. s. PY - 2016 DA - 2016// TI - The mRNA-bound proteome of the early fly embryo JO - Genome Research VL - 26 UR - https://doi.org/10.1101/gr.200386.115 DO - 10.1101/gr.200386.115 ID - Wessels2016 ER - TY - JOUR AU - Benhalevy, D. a. n. i. e. l. AU - Gupta, S. a. n. j. a. y. K. AU - Danan, C. h. a. r. l. e. s. H. AU - Ghosal, S. u. m. a. n. AU - Sun, H. o. n. g. -. W. e. i. AU - Kazemier, H. i. n. k. e. G. AU - Paeschke, K. a. t. r. i. n. AU - Hafner, M. a. r. k. u. s. AU - Juranek, S. t. e. f. a. n. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - The Human CCHC-type Zinc Finger Nucleic Acid-Binding Protein Binds G-Rich Elements in Target mRNA Coding Sequences and Promotes Translation JO - Cell Reports VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2017.02.080 DO - 10.1016/j.celrep.2017.02.080 ID - Benhalevy2017 ER - TY - JOUR AU - Ray, D. AU - Ha, K. C. H. AU - Nie, K. AU - Zheng, H. AU - Hughes, T. R. AU - Morris, Q. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - RNA compete methodology and application to determine sequence preferences of unconventional RNA-binding proteins JO - Methods VL - 118-119 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2016.12.003 DO - 10.1016/j.ymeth.2016.12.003 ID - Ray2017 ER - TY - JOUR AU - Zarnack, K. AU - König, J. AU - Tajnik, M. AU - Martincorena, I. AU - Eustermann, S. AU - Stévant, I. AU - Reyes, A. AU - Anders, S. AU - Luscombe, N. M. AU - Ule, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Direct competition between hnrnp c and u2af65 protects the transcriptome from the exonization of alu elements JO - Cell VL - 152 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.12.023 DO - 10.1016/j.cell.2012.12.023 ID - Zarnack2013 ER - TY - JOUR AU - Wahl, M. C. AU - Will, C. L. AU - Lührmann, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The spliceosome: design principles of a dynamic rnp machine JO - Cell VL - 136 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.02.009 DO - 10.1016/j.cell.2009.02.009 ID - Wahl2009 ER - TY - JOUR AU - Kassuhn, W. AU - Ohler, U. AU - Drewe, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cseq-Simulator: A Data Simulator for Clip-Seq Experiments JO - Pac Symp Biocomput VL - 21 ID - Kassuhn2016 ER - TY - JOUR AU - Holland, P. a. u. l. W. AU - Welsch, R. o. y. E. PY - 1977 DA - 1977// TI - Robust regression using iteratively reweighted least-squares JO - Communications in Statistics - Theory and Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1080/03610927708827533 DO - 10.1080/03610927708827533 ID - Holland1977 ER - TY - JOUR AU - Viterbi, A. PY - 1967 DA - 1967// TI - Error bounds for convolutional codes and an asymptotically optimum decoding algorithm JO - IEEE Transactions on Information Theory VL - 13 UR - https://doi.org/10.1109/TIT.1967.1054010 DO - 10.1109/TIT.1967.1054010 ID - Viterbi1967 ER - TY - JOUR AU - Uyar, B. AU - Yusuf, D. AU - Wurmus, R. AU - Rajewsky, N. AU - Ohler, U. AU - Akalin, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Rcas: an rna centric annotation system for transcriptome-wide regions of interest JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx120 DO - 10.1093/nar/gkx120 ID - Uyar2017 ER - TY - STD TI - HannonLab. FASTX toolkit. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY. 2014. ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Martin, M. a. r. c. e. l. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads JO - EMBnet.journal VL - 17 UR - https://doi.org/10.14806/ej.17.1.200 DO - 10.14806/ej.17.1.200 ID - Martin2011 ER - TY - JOUR AU - Dobin, A. l. e. x. a. n. d. e. r. AU - Davis, C. a. r. r. i. e. A. AU - Schlesinger, F. e. l. i. x. AU - Drenkow, J. o. r. g. AU - Zaleski, C. h. r. i. s. AU - Jha, S. o. n. a. l. i. AU - Batut, P. h. i. l. i. p. p. e. AU - Chaisson, M. a. r. k. AU - Gingeras, T. h. o. m. a. s. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts635 DO - 10.1093/bioinformatics/bts635 ID - Dobin2012 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. e. n. AU - Trapnell, C. o. l. e. AU - Pop, M. i. h. a. i. AU - Salzberg, S. t. e. v. e. n. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biology VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Smith, T. AU - Heger, A. AU - Sudbery, I. PY - 2017 DA - 2017// TI - Umi-tools: modeling sequencing errors in unique molecular identifiers to improve quantification accuracy JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.209601.116 DO - 10.1101/gr.209601.116 ID - Smith2017 ER - TY - JOUR AU - Cock, P. J. A. AU - Antao, T. AU - Chang, J. T. AU - Chapman, B. A. AU - Cox, C. J. AU - Dalke, A. AU - Friedberg, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 DO - 10.1093/bioinformatics/btp163 ID - Cock2009 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. v. e. n. AU - Benner, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. AU - Spann, N. a. t. h. a. n. a. e. l. AU - Bertolino, E. r. i. c. AU - Lin, Y. i. n. C. AU - Laslo, P. e. t. e. r. AU - Cheng, J. a. s. o. n. X. AU - Murre, C. o. r. n. e. l. i. s. AU - Singh, H. a. r. i. n. d. e. r. AU - Glass, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simple Combinations of Lineage-Determining Transcription Factors Prime cis-Regulatory Elements Required for Macrophage and B Cell Identities JO - Molecular Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.05.004 DO - 10.1016/j.molcel.2010.05.004 ID - Heinz2010 ER - TY - JOUR AU - Jiang, M. i. n. g. h. u. i. AU - Anderson, J. a. m. e. s. AU - Gillespie, J. o. e. l. AU - Mayne, M. a. r. t. i. n. PY - 2008 DA - 2008// TI - uShuffle: A useful tool for shuffling biological sequences while preserving the k-let counts JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-192 DO - 10.1186/1471-2105-9-192 ID - Jiang2008 ER - TY - STD TI - Aboyoun P, Pages H, Lawrence M. GenomicRanges: Representation and manipulation of genomic intervals. R package version. 2010; 1(1):1–5. https://doi.org/10.1007/s13398-014-0173-7.2. http://arxiv.org/abs/arXiv:1011.1669v3. UR - http://arxiv.org/abs/arXiv:1011.1669v3 ID - ref44 ER - TY - JOUR AU - Akalin, A. AU - Franke, V. AU - Vlahovi ek, K. AU - Mason, C. E. AU - Schubeler, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - genomation: a toolkit to summarize, annotate and visualize genomic intervals JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu775 DO - 10.1093/bioinformatics/btu775 ID - Akalin2014 ER - TY - JOUR AU - Griebel, T. AU - Zacher, B. AU - Ribeca, P. AU - Raineri, E. AU - Lacroix, V. AU - Guigó, R. AU - Sammeth, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Modelling and simulating generic rna-seq experiments with the flux simulator JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks666 DO - 10.1093/nar/gks666 ID - Griebel2012 ER -