TY - JOUR AU - Beall, C. M. AU - Cavalleri, G. L. AU - Deng, L. AU - Elston, R. C. AU - Gao, Y. AU - Knight, J. AU - Li, C. AU - Li, J. C. AU - Liang, Y. AU - McCormack, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Natural selection on EPAS1 (HIF2alpha) associated with low hemoglobin concentration in Tibetan highlanders JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1002443107 DO - 10.1073/pnas.1002443107 ID - Beall2010 ER - TY - JOUR AU - Samaja, M. AU - Veicsteinas, A. AU - Cerretelli, P. PY - 1979 DA - 1979// TI - Oxygen affinity of blood in altitude Sherpas JO - J Appl Physiol Respir Environ Exerc Physiol VL - 47 ID - Samaja1979 ER - TY - JOUR AU - Hackett, P. H. AU - Reeves, J. T. AU - Reeves, C. D. AU - Grover, R. F. AU - Rennie, D. PY - 1980 DA - 1980// TI - Control of breathing in Sherpas at low and high altitude JO - J Appl Physiol Respir Environ Exerc Physiol VL - 49 ID - Hackett1980 ER - TY - JOUR AU - Holden, J. E. AU - Stone, C. K. AU - Clark, C. M. AU - Brown, W. D. AU - Nickles, R. J. AU - Stanley, C. AU - Hochachka, P. W. PY - 1985 DA - 1985// TI - Enhanced cardiac metabolism of plasma glucose in high-altitude natives: adaptation against chronic hypoxia JO - J Appl Physiol VL - 79 ID - Holden1985 ER - TY - JOUR AU - Hochachka, P. W. AU - Clark, C. M. AU - Monge, C. AU - Stanley, C. AU - Brown, W. D. AU - Stone, C. K. AU - Nickles, R. J. AU - Holden, J. E. PY - 1996 DA - 1996// TI - Sherpa brain glucose metabolism and defense adaptations against chronic hypoxia JO - J Appl Physiol VL - 81 ID - Hochachka1996 ER - TY - JOUR AU - Yi, X. AU - Liang, Y. AU - Huerta-Sanchez, E. AU - Jin, X. AU - Cuo, Z. X. AU - Pool, J. E. AU - Xu, X. AU - Jiang, H. AU - Vinckenbosch, N. AU - Korneliussen, T. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sequencing of 50 human exomes reveals adaptation to high altitude JO - Science VL - 329 UR - https://doi.org/10.1126/science.1190371 DO - 10.1126/science.1190371 ID - Yi2010 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Yang, Z. AU - Zhang, H. AU - Cui, C. AU - Qi, X. AU - Luo, X. AU - Tao, X. AU - Wu, T. AU - Ouzhuluobu AU - Basang PY - 2011 DA - 2011// TI - Genetic variations in Tibetan populations and high-altitude adaptation at the Himalayas JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msq290 DO - 10.1093/molbev/msq290 ID - Peng2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, B. AU - Zhang, Y. B. AU - Zhang, F. AU - Lin, H. AU - Wang, X. AU - Wan, N. AU - Ye, Z. AU - Weng, H. AU - Zhang, L. AU - Li, X. PY - 2011 DA - 2011// TI - On the origin of Tibetans and their genetic basis in adapting high-altitude environments JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017002 DO - 10.1371/journal.pone.0017002 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, S. AU - Li, S. AU - Yang, Y. AU - Tan, J. AU - Lou, H. AU - Jin, W. AU - Yang, L. AU - Pan, X. AU - Wang, J. AU - Shen, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - A genome-wide search for signals of high-altitude adaptation in Tibetans JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msq277 DO - 10.1093/molbev/msq277 ID - Xu2011 ER - TY - JOUR AU - Aldenderfer, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Peopling the Tibetan plateau: insights from archaeology JO - High Alt Med Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/ham.2010.1094 DO - 10.1089/ham.2010.1094 ID - Aldenderfer2011 ER - TY - JOUR AU - Qi, X. AU - Cui, C. AU - Peng, Y. AU - Zhang, X. AU - Yang, Z. AU - Zhong, H. AU - Zhang, H. AU - Xiang, K. AU - Cao, X. AU - Wang, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genetic evidence of paleolithic colonization and neolithic expansion of modern humans on the tibetan plateau JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst093 DO - 10.1093/molbev/mst093 ID - Qi2013 ER - TY - JOUR AU - Lu, D. AU - Lou, H. AU - Yuan, K. AU - Wang, X. AU - Wang, Y. AU - Zhang, C. AU - Lu, Y. AU - Yang, X. AU - Deng, L. AU - Zhou, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Ancestral origins and genetic history of Tibetan highlanders JO - Am J Hum Genet VL - 99 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2016.07.002 DO - 10.1016/j.ajhg.2016.07.002 ID - Lu2016 ER - TY - JOUR AU - Oppitz, M. PY - 1968 DA - 1968// TI - Myths and facts: reconsidering some data concerning the clan history of the Sherpas JO - Kailash VL - 2 ID - Oppitz1968 ER - TY - JOUR AU - Stevens, S. F. PY - 1993 DA - 1993// TI - Claiming the high ground: Sherpas, subsistence, and environmental change in the highest himalaya JO - Geogr Rev VL - 18 ID - Stevens1993 ER - TY - BOOK AU - Norbu, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Through a Sherpa window : illustrated guide to traditional Sherpa culture PB - Vajra Publications CY - Kathmandu ID - Norbu2008 ER - TY - JOUR AU - Jeong, C. AU - Alkorta-Aranburu, G. AU - Basnyat, B. AU - Neupane, M. AU - Witonsky, D. B. AU - Pritchard, J. K. AU - Beall, C. M. AU - Rienzo, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Admixture facilitates genetic adaptations to high altitude in Tibet JO - Nat Commun VL - 5 ID - Jeong2014 ER - TY - JOUR AU - Kang, L. AU - Zheng, H. X. AU - Chen, F. AU - Yan, S. AU - Liu, K. AU - Qin, Z. AU - Liu, L. AU - Zhao, Z. AU - Li, L. AU - Wang, X. PY - 2013 DA - 2013// TI - mtDNA lineage expansions in Sherpa population suggest adaptive evolution in Tibetan highlands JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst147 DO - 10.1093/molbev/mst147 ID - Kang2013 ER - TY - STD TI - Bhandari S, Zhang X, Cui C, Bianba, Liao S, Peng Y, Zhang H, Xiang K, Shi H, Ouzhuluobu, et al. Genetic evidence of a recent Tibetan ancestry to Sherpas in the Himalayan region. Sci Rep. 2015;5:16249 ID - ref18 ER - TY - JOUR AU - Gayden, T. AU - Bukhari, A. AU - Chennakrishnaiah, S. AU - Stojkovic, O. AU - Herrera, R. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Y-chromosomal microsatellite diversity in three culturally defined regions of historical Tibet JO - Forensic Sci Int Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2011.09.002 DO - 10.1016/j.fsigen.2011.09.002 ID - Gayden2012 ER - TY - JOUR AU - Simonson, T. S. AU - Yang, Y. AU - Huff, C. D. AU - Yun, H. AU - Qin, G. AU - Witherspoon, D. J. AU - Bai, Z. AU - Lorenzo, F. R. AU - Xing, J. AU - Jorde, L. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genetic evidence for high-altitude adaptation in Tibet JO - Science VL - 329 UR - https://doi.org/10.1126/science.1189406 DO - 10.1126/science.1189406 ID - Simonson2010 ER - TY - JOUR AU - Raghavan, M. AU - Skoglund, P. AU - Graf, K. E. AU - Metspalu, M. AU - Albrechtsen, A. AU - Moltke, I. AU - Rasmussen, S. AU - Stafford, T. W. AU - Orlando, L. AU - Metspalu, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12736 DO - 10.1038/nature12736 ID - Raghavan2014 ER - TY - JOUR AU - Patterson, N. AU - Moorjani, P. AU - Luo, Y. AU - Mallick, S. AU - Rohland, N. AU - Zhan, Y. AU - Genschoreck, T. AU - Webster, T. AU - Reich, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ancient admixture in human history JO - Genetics VL - 192 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.112.145037 DO - 10.1534/genetics.112.145037 ID - Patterson2012 ER - TY - JOUR AU - Pickrell, J. K. AU - Pritchard, J. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Inference of population splits and mixtures from genome-wide allele frequency data JO - PLoS Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002967 DO - 10.1371/journal.pgen.1002967 ID - Pickrell2012 ER - TY - JOUR AU - Chambers, J. C. AU - Abbott, J. AU - Zhang, W. AU - Turro, E. AU - Scott, W. R. AU - Tan, S. T. AU - Afzal, U. AU - Afaq, S. AU - Loh, M. AU - Lehne, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - The South Asian genome JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0102645 DO - 10.1371/journal.pone.0102645 ID - Chambers2014 ER - TY - JOUR AU - Schiffels, S. AU - Durbin, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Inferring human population size and separation history from multiple genome sequences JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3015 DO - 10.1038/ng.3015 ID - Schiffels2014 ER - TY - JOUR AU - Barton, L. AU - Newsome, S. D. AU - Chen, F. H. AU - Wang, H. AU - Guilderson, T. P. AU - Bettinger, R. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Agricultural origins and the isotopic identity of domestication in northern China JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0809960106 DO - 10.1073/pnas.0809960106 ID - Barton2009 ER - TY - JOUR AU - Bettinger, R. L. AU - Barton, L. AU - Morgan, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - The origins of food production in north China: A different kind of agricultural revolution JO - Evol Anthropol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1002/evan.20236 DO - 10.1002/evan.20236 ID - Bettinger2010 ER - TY - JOUR AU - Yang, X. AU - Wan, Z. AU - Perry, L. AU - Lu, H. AU - Wang, Q. AU - Zhao, C. AU - Li, J. AU - Xie, F. AU - Yu, J. AU - Cui, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Early millet use in northern China JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1115430109 DO - 10.1073/pnas.1115430109 ID - Yang2012 ER - TY - JOUR AU - Gronau, I. AU - Hubisz, M. J. AU - Gulko, B. AU - Danko, C. G. AU - Siepel, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bayesian inference of ancient human demography from individual genome sequences JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.937 DO - 10.1038/ng.937 ID - Gronau2011 ER - TY - JOUR AU - McEvoy, B. P. AU - Powell, J. E. AU - Goddard, M. E. AU - Visscher, P. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human population dispersal "Out of Africa" estimated from linkage disequilibrium and allele frequencies of SNPs JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.119636.110 DO - 10.1101/gr.119636.110 ID - McEvoy2011 ER - TY - JOUR AU - Clanton, T. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hypoxia-induced reactive oxygen species formation in skeletal muscle JO - J Appl Physiol VL - 102 UR - https://doi.org/10.1152/japplphysiol.01298.2006 DO - 10.1152/japplphysiol.01298.2006 ID - Clanton2007 ER - TY - JOUR AU - Chandel, N. S. AU - McClintock, D. S. AU - Feliciano, C. E. AU - Wood, T. M. AU - Melendez, J. A. AU - Rodriguez, A. M. AU - Schumacker, P. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Reactive oxygen species generated at mitochondrial complex III stabilize hypoxia-inducible factor-1alpha during hypoxia: a mechanism of O2 sensing JO - J Biol Chem VL - 275 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M001914200 DO - 10.1074/jbc.M001914200 ID - Chandel2000 ER - TY - JOUR AU - Oliver, P. L. AU - Finelli, M. J. AU - Edwards, B. AU - Bitoun, E. AU - Butts, D. L. AU - Becker, E. B. E. AU - Cheeseman, M. T. AU - Davies, B. AU - Davies, K. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Oxr1 is essential for protection against oxidative stress-induced neurodegeneration JO - PLoS Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002338 DO - 10.1371/journal.pgen.1002338 ID - Oliver2011 ER - TY - JOUR AU - Elliott, N. A. AU - Volkert, M. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Stress induction and mitochondrial localization of Oxr1 proteins in yeast and humans JO - Mol Cell Biol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.24.8.3180-3187.2004 DO - 10.1128/MCB.24.8.3180-3187.2004 ID - Elliott2004 ER - TY - JOUR AU - Volkert, M. R. AU - Elliott, N. A. AU - Housman, D. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Functional genomics reveals a family of eukaryotic oxidation protection genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.260495897 DO - 10.1073/pnas.260495897 ID - Volkert2000 ER - TY - JOUR AU - Pappa, A. AU - Chen, C. AU - Koutalos, Y. AU - Townsend, A. J. AU - Vasiliou, V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Aldh3a1 protects human corneal epithelial cells from ultraviolet- and 4-hydroxy-2-nonenal-induced oxidative damage JO - Free Radical Biol Med VL - 34 UR - https://doi.org/10.1016/S0891-5849(03)00070-4 DO - 10.1016/S0891-5849(03)00070-4 ID - Pappa2003 ER - TY - JOUR AU - Estey, T. AU - Cantore, M. AU - Weston, P. A. AU - Carpenter, J. F. AU - Petrash, J. M. AU - Vasiliou, V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mechanisms involved in the protection of UV-induced protein inactivation by the corneal crystallin ALDH3A1 JO - J Biol Chem VL - 282 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M607546200 DO - 10.1074/jbc.M607546200 ID - Estey2007 ER - TY - JOUR AU - Manzer, R. AU - Pappa, A. AU - Estey, T. AU - Sladek, N. AU - Carpenter, J. F. AU - Vasiliou, V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Ultraviolet radiation decreases expression and induces aggregation of corneal ALDH3A1 JO - Chem Biol Interact VL - 143–144 UR - https://doi.org/10.1016/S0009-2797(02)00171-0 DO - 10.1016/S0009-2797(02)00171-0 ID - Manzer2003 ER - TY - JOUR AU - Reisdorph, R. AU - Lindahl, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Constitutive and 3-methylcholanthrene-induced rat ALDH3A1 expression is mediated by multiple xenobiotic response elements JO - Drug Metab Dispos VL - 35 UR - https://doi.org/10.1124/dmd.106.012393 DO - 10.1124/dmd.106.012393 ID - Reisdorph2007 ER - TY - JOUR AU - Jeansson, M. AU - Gawlik, A. AU - Anderson, G. AU - Li, C. AU - Kerjaschki, D. AU - Henkelman, M. AU - Quaggin, S. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Angiopoietin-1 is essential in mouse vasculature during development and in response to injury JO - J Clin Invest VL - 121 UR - https://doi.org/10.1172/JCI46322 DO - 10.1172/JCI46322 ID - Jeansson2011 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. AU - Fan, Z. AU - Han, E. AU - Hou, R. AU - Zhang, L. AU - Galaverni, M. AU - Huang, J. AU - Liu, H. AU - Silva, P. AU - Li, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Hypoxia adaptations in the grey wolf (Canis lupus chanco) from Qinghai-Tibet Plateau JO - PLoS Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004466 DO - 10.1371/journal.pgen.1004466 ID - Zhang2014 ER - TY - JOUR AU - Galkin, A. AU - Higgs, A. AU - Moncada, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Nitric oxide and hypoxia JO - Essays Biochem VL - 43 UR - https://doi.org/10.1042/bse0430029 DO - 10.1042/bse0430029 ID - Galkin2007 ER - TY - JOUR AU - Umbrello, M. AU - Dyson, A. AU - Feelisch, M. AU - Singer, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - The key role of nitric oxide in hypoxia: hypoxic vasodilation and energy supply–demand matching JO - Antioxid Redox Signal VL - 19 UR - https://doi.org/10.1089/ars.2012.4979 DO - 10.1089/ars.2012.4979 ID - Umbrello2013 ER - TY - JOUR AU - Li, F. AU - Sonveaux, P. AU - Rabbani, Z. N. AU - Liu, S. AU - Yan, B. AU - Huang, Q. AU - Vujaskovic, Z. AU - Dewhirst, M. W. AU - Li, C. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Regulation of HIF-1alpha stability through S-nitrosylation JO - Mol Cell VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2007.02.024 DO - 10.1016/j.molcel.2007.02.024 ID - Li2007 ER - TY - STD TI - Bigham AW, Mao X, Mei R, Brutsaert T, Wilson MJ, Julian CG, Parra EJ, Akey JM, Moore LG, Shriver MD. Identifying positive selection candidate loci for high-altitude adaptation in Andean populations. Hum Genomics. 2009. ID - ref45 ER - TY - STD TI - Bigham A, Bauchet M, Pinto D, Mao X, Akey JM, Mei R, Scherer SW, Julian CG, Wilson MJ, Lopez Herraez D, Brutsaert T, et al. Identifying signatures of natural selection in Tibetan and Andean populations using dense genome scan data. PLoS Genet. 2010. ID - ref46 ER - TY - STD TI - Droma Y, Hanaoka M, Basnyat B, Arjyal A, Neupane P, Pandit A, Sharma D, Miwa N, Ito M, Katsuyama Y, Ota M, et al. Genetic contribution of the endothelial nitric oxide synthase gene to high altitude adaptation in sherpas. High Alt Med Biol. 2006. ID - ref47 ER - TY - JOUR AU - Pritchard, J. K. AU - Rienzo, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Adaptation--not by sweeps alone JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2880 DO - 10.1038/nrg2880 ID - Pritchard2010 ER - TY - JOUR AU - Dorp, L. AU - Balding, D. AU - Myers, S. AU - Pagani, L. AU - Tyler-Smith, C. AU - Bekele, E. AU - Tarekegn, A. AU - Thomas, M. G. AU - Bradman, N. AU - Hellenthal, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evidence for a common origin of blacksmiths and cultivators in the Ethiopian Ari within the last 4500 years: lessons for clustering-based inference JO - PLoS Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1005397 DO - 10.1371/journal.pgen.1005397 ID - Dorp2015 ER - TY - JOUR AU - Li, J. Z. AU - Absher, D. M. AU - Tang, H. AU - Southwick, A. M. AU - Casto, A. M. AU - Ramachandran, S. AU - Cann, H. M. AU - Barsh, G. S. AU - Feldman, M. AU - Cavalli-Sforza, L. L. AU - Myers, R. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Worldwide human relationships inferred from genome-wide patterns of variation JO - Science VL - 319 UR - https://doi.org/10.1126/science.1153717 DO - 10.1126/science.1153717 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Gayden, T. AU - Cadenas, A. M. AU - Regueiro, M. AU - Singh, N. B. AU - Zhivotovsky, L. A. AU - Underhill, P. A. AU - Cavalli-Sforza, L. L. AU - Herrera, R. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Himalayas as a directional barrier to gene flow JO - Am J Hum Genet VL - 80 UR - https://doi.org/10.1086/516757 DO - 10.1086/516757 ID - Gayden2007 ER - TY - JOUR AU - Gayden, T. AU - Mirabal, S. AU - Cadenas, A. M. AU - Lacau, H. AU - Simms, T. M. AU - Morlote, D. AU - Chennakrishnaiah, S. AU - Herrera, R. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genetic insights into the origins of Tibeto-Burman populations in the Himalayas JO - J Hum Genet VL - 54 UR - https://doi.org/10.1038/jhg.2009.14 DO - 10.1038/jhg.2009.14 ID - Gayden2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. W. AU - Li, Y. C. AU - Sun, F. AU - Zhao, M. AU - Mitra, B. AU - Chaudhuri, T. K. AU - Regmi, P. AU - Wu, S. F. AU - Kong, Q. P. AU - Zhang, Y. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Revisiting the role of the Himalayas in peopling Nepal: insights from mitochondrial genomes JO - J Hum Genet VL - 57 UR - https://doi.org/10.1038/jhg.2012.8 DO - 10.1038/jhg.2012.8 ID - Wang2012 ER - TY - STD TI - Jeong C, Ozga AT, Witonsky DB, Malmstrom H, Edlund H, Hofman CA, Hagan RW, Jakobsson M, Lewis CM, Aldenderfer MS, et al. Long-term genetic stability and a high-altitude East Asian origin for the peoples of the high valleys of the Himalayan arc. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016. ID - ref54 ER - TY - JOUR AU - Cordaux, R. AU - Weiss, G. AU - Saha, N. AU - Stoneking, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The northeast Indian passageway: a barrier or corridor for human migrations? JO - Mol Biol Evol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msh151 DO - 10.1093/molbev/msh151 ID - Cordaux2004 ER - TY - JOUR AU - Kang, L. AU - Wang, C. C. AU - Chen, F. AU - Yao, D. AU - Jin, L. AU - Li, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Northward genetic penetration across the Himalayas viewed from Sherpa people JO - Mitochondrial DNA VL - 27 UR - https://doi.org/10.3109/19401736.2014.895986 DO - 10.3109/19401736.2014.895986 ID - Kang2016 ER - TY - JOUR AU - Purcell, S. AU - Neale, B. AU - Todd-Brown, K. AU - Thomas, L. AU - Ferreira, M. A. AU - Bender, D. AU - Maller, J. AU - Sklar, P. AU - Bakker, P. I. AU - Daly, M. J. AU - Sham, P. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses JO - Am J Hum Genet VL - 81 UR - https://doi.org/10.1086/519795 DO - 10.1086/519795 ID - Purcell2007 ER - TY - STD TI - Mallick S, Li H, Lipson M, Mathieson I, Gymrek M, Racimo F, Zhao M, Chennagiri N, Nordenfelt S, Tandon A, et al. The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations. Nature. 2016; advance online publication. ID - ref58 ER - TY - JOUR AU - Weir, B. S. AU - Cockerham, C. C. PY - 1984 DA - 1984// TI - Estimating F-statistics for the analysis of population structure JO - Evolution VL - 38 ID - Weir1984 ER - TY - JOUR AU - Reich, D. AU - Thangaraj, K. AU - Patterson, N. AU - Price, A. L. AU - Singh, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Reconstructing Indian population history JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08365 DO - 10.1038/nature08365 ID - Reich2009 ER - TY - JOUR AU - Excoffier, L. AU - Lischer, H. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows JO - Mol Ecol Resour VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x DO - 10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x ID - Excoffier2010 ER - TY - JOUR AU - Patterson, N. AU - Price, A. L. AU - Reich, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Population structure and eigenanalysis JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020190 DO - 10.1371/journal.pgen.0020190 ID - Patterson2006 ER - TY - JOUR AU - Alexander, D. H. AU - Novembre, J. AU - Lange, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.094052.109 DO - 10.1101/gr.094052.109 ID - Alexander2009 ER - TY - JOUR AU - O'Connell, J. AU - Gurdasani, D. AU - Delaneau, O. AU - Pirastu, N. AU - Ulivi, S. AU - Cocca, M. AU - Traglia, M. AU - Huang, J. AU - Huffman, J. E. AU - Rudan, I. PY - 2014 DA - 2014// TI - A general approach for haplotype phasing across the full spectrum of relatedness JO - PLoS Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004234 DO - 10.1371/journal.pgen.1004234 ID - O'Connell2014 ER - TY - JOUR AU - Scally, A. AU - Durbin, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Revising the human mutation rate: implications for understanding human evolution JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3295 DO - 10.1038/nrg3295 ID - Scally2012 ER - TY - JOUR AU - Sabeti, P. C. AU - Reich, D. E. AU - Higgins, J. M. AU - Levine, H. Z. AU - Richter, D. J. AU - Schaffner, S. F. AU - Gabriel, S. B. AU - Platko, J. V. AU - Patterson, N. J. AU - McDonald, G. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Detecting recent positive selection in the human genome from haplotype structure JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01140 DO - 10.1038/nature01140 ID - Sabeti2002 ER - TY - JOUR AU - Voight, B. F. AU - Kudaravalli, S. AU - Wen, X. AU - Pritchard, J. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - A map of recent positive selection in the human genome JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040072 DO - 10.1371/journal.pbio.0040072 ID - Voight2006 ER - TY - JOUR AU - Gautier, M. AU - Vitalis, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - rehh: an R package to detect footprints of selection in genome-wide SNP data from haplotype structure JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts115 DO - 10.1093/bioinformatics/bts115 ID - Gautier2012 ER - TY - JOUR AU - Szpiech, Z. A. AU - Hernandez, R. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - selscan: an efficient multithreaded program to perform EHH-based scans for positive selection JO - Mol Biol Evol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msu211 DO - 10.1093/molbev/msu211 ID - Szpiech2014 ER - TY - JOUR AU - Browning, B. L. AU - Browning, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - A fast, powerful method for detecting identity by descent JO - Am J Hum Genet VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2011.01.010 DO - 10.1016/j.ajhg.2011.01.010 ID - Browning2011 ER - TY - JOUR AU - Bandelt, H. J. AU - Forster, P. AU - Rohl, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036 ID - Bandelt1999 ER - TY - JOUR AU - Genomes Project, C. AU - Auton, A. AU - Brooks, L. D. AU - Durbin, R. M. AU - Garrison, E. P. AU - Kang, H. M. AU - Korbel, J. O. AU - Marchini, J. L. AU - McCarthy, S. AU - McVean, G. A. AU - Abecasis, G. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - A global reference for human genetic variation JO - Nature VL - 526 UR - https://doi.org/10.1038/nature15393 DO - 10.1038/nature15393 ID - Genomes Project2015 ER - TY - JOUR AU - Kircher, M. AU - Witten, D. M. AU - Jain, P. AU - O'Roak, B. J. AU - Cooper, G. M. AU - Shendure, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - A general framework for estimating the relative pathogenicity of human genetic variants JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2892 DO - 10.1038/ng.2892 ID - Kircher2014 ER - TY - JOUR AU - Davydov, E. V. AU - Goode, D. L. AU - Sirota, M. AU - Cooper, G. M. AU - Sidow, A. AU - Batzoglou, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identifying a high fraction of the human genome to be under selective constraint using GERP++ JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001025 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001025 ID - Davydov2010 ER - TY - JOUR AU - McLaren, W. AU - Pritchard, B. AU - Rios, D. AU - Chen, Y. AU - Flicek, P. AU - Cunningham, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deriving the consequences of genomic variants with the Ensembl API and SNP Effect Predictor JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq330 DO - 10.1093/bioinformatics/btq330 ID - McLaren2010 ER -