TY - JOUR AU - Vogelstein, B. AU - Papadopoulos, N. AU - Velculescu, V. E. AU - Zhou, S. AU - Diaz Jr, L. A. AU - Kinzler, K. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cancer genome landscapes JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1235122 DO - 10.1126/science.1235122 ID - Vogelstein2013 ER - TY - JOUR AU - Lawrence, M. S. AU - Stojanov, P. AU - Mermel, C. H. AU - Robinson, J. T. AU - Garraway, L. A. AU - Golub, T. R. AU - Meyerson, M. AU - Gabriel, S. B. AU - Lander, E. S. AU - Getz, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12912 DO - 10.1038/nature12912 ID - Lawrence2014 ER - TY - JOUR AU - Ashworth, A. AU - Lord, C. J. AU - Reis-Filho, J. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genetic interactions in cancer progression and treatment JO - Cell VL - 145 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.03.020 DO - 10.1016/j.cell.2011.03.020 ID - Ashworth2011 ER - TY - JOUR AU - Thomas, R. K. AU - Baker, A. C. AU - Debiasi, R. M. AU - Winckler, W. AU - Laframboise, T. AU - Lin, W. M. AU - Wang, M. AU - Feng, W. AU - Zander, T. AU - MacConaill, L. AU - Macconnaill, L. E. AU - Lee, J. C. AU - Nicoletti, R. AU - Hatton, C. AU - Goyette, M. AU - Girard, L. AU - Majmudar, K. AU - Ziaugra, L. AU - Wong, K. K. AU - Gabriel, S. AU - Beroukhim, R. AU - Peyton, M. AU - Barretina, J. AU - Dutt, A. AU - Emery, C. AU - Greulich, H. AU - Shah, K. AU - Sasaki, H. AU - Gazdar, A. AU - Minna, J. AU - Armstrong, S. A. AU - Mellinghoff, I. K. AU - Hodi, F. S. AU - Dranoff, G. AU - Mischel, P. S. AU - Cloughesy, T. F. AU - Nelson, S. F. AU - Liau, L. M. AU - Mertz, K. AU - Rubin, M. A. AU - Moch, H. AU - Loda, M. AU - Catalona, W. AU - Fletcher, J. AU - Signoretti, S. AU - Kaye, F. AU - Anderson, K. C. AU - Demetri, G. D. AU - Dummer, R. AU - Wagner, S. AU - Herlyn, M. AU - Sellers, W. R. AU - Meyerson, M. AU - Garraway, L. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-throughput oncogene mutation profiling in human cancer JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1975 DO - 10.1038/ng1975 ID - Thomas2007 ER - TY - JOUR AU - Yeang, C. H. AU - McCormick, F. AU - Levine, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Combinatorial patterns of somatic gene mutations in cancer JO - FASEB J VL - 22 UR - https://doi.org/10.1096/fj.08-108985 DO - 10.1096/fj.08-108985 ID - Yeang2008 ER - TY - JOUR AU - Ciriello, G. AU - Cerami, E. AU - Sander, C. AU - Schultz, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Mutual exclusivity analysis identifies oncogenic network modules JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.125567.111 DO - 10.1101/gr.125567.111 ID - Ciriello2012 ER - TY - JOUR AU - Vandin, F. AU - Upfal, E. AU - Raphael, B. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - De novo discovery of mutated driver pathways in cancer JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.120477.111 DO - 10.1101/gr.120477.111 ID - Vandin2012 ER - TY - JOUR AU - Szczurek, E. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Modeling mutual exclusivity of cancer mutations JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003503 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003503 ID - Szczurek2014 ER - TY - JOUR AU - Babur, Ö. AU - Gönen, M. AU - Aksoy, B. A. AU - Schultz, N. AU - Ciriello, G. AU - Sander, C. AU - Demir, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Systematic identification of cancer driving signaling pathways based on mutual exclusivity of genomic alterations JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0612-6 DO - 10.1186/s13059-015-0612-6 ID - Babur2015 ER - TY - JOUR AU - Leiserson, M. D. AU - Wu, H. T. AU - Vandin, F. AU - Raphael, B. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - CoMEt: a statistical approach to identify combinations of mutually exclusive alterations in cancer JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0700-7 DO - 10.1186/s13059-015-0700-7 ID - Leiserson2015 ER - TY - JOUR AU - Hua, X. AU - Hyland, P. L. AU - Huang, J. AU - Song, L. AU - Zhu, B. AU - Caporaso, N. E. AU - Landi, M. T. AU - Chatterjee, N. AU - Shi, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - MEGSA: A powerful and flexible framework for analyzing mutual exclusivity of tumor mutations JO - Am J Hum Genet VL - 98 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2015.12.021 DO - 10.1016/j.ajhg.2015.12.021 ID - Hua2016 ER - TY - JOUR AU - Constantinescu, S. AU - Szczurek, E. AU - Mohammadi, P. AU - Rahnenführer, J. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - TiMEx: a waiting time model for mutually exclusive cancer alterations JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv400 DO - 10.1093/bioinformatics/btv400 ID - Constantinescu2016 ER - TY - JOUR AU - Bredel, M. AU - Scholtens, D. M. AU - Harsh, G. R. AU - Bredel, C. AU - Chandler, J. P. AU - Renfrow, J. J. AU - Yadav, A. K. AU - Vogel, H. AU - Scheck, A. C. AU - Tibshirani, R. AU - Sikic, B. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - A network model of a cooperative genetic landscape in brain tumors JO - JAMA VL - 302 UR - https://doi.org/10.1001/jama.2009.997 DO - 10.1001/jama.2009.997 ID - Bredel2009 ER - TY - STD TI - Gorringe KL, George J, Anglesio MS, Ramakrishna M, Etemadmoghadam D, Cowin P, Sridhar A, Williams LH, Boyle SE, Yanaihara N, Okamoto A, Urashima M, Smyth GK, Campbell IG, Bowtell DD, Australian Ovarian Cancer Study. Copy number analysis identifies novel interactions between genomic loci in ovarian cancer. PLoS ONE. 2010; 5(9). doi:10.1371/journal.pone.0011408. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Klijn, C. AU - Bot, J. AU - Adams, D. J. AU - Reinders, M. AU - Wessels, L. AU - Jonkers, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of networks of co-occurring, tumor-related DNA copy number changes using a genome-wide scoring approach JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000631 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000631 ID - Klijn2010 ER - TY - JOUR AU - Milosevic, J. D. AU - Puda, A. AU - Malcovati, L. AU - Berg, T. AU - Hofbauer, M. AU - Stukalov, A. AU - Klampfl, T. AU - Harutyunyan, A. S. AU - Gisslinger, H. AU - Gisslinger, B. AU - Burjanivova, T. AU - Rumi, E. AU - Pietra, D. AU - Elena, C. AU - Vannucchi, A. M. AU - Doubek, M. AU - Dvorakova, D. AU - Robesova, B. AU - Wieser, R. AU - Koller, E. AU - Suvajdzic, N. AU - Tomin, D. AU - Tosic, N. AU - Colinge, J. AU - Racil, Z. AU - Steurer, M. AU - Pavlovic, S. AU - Cazzola, M. AU - Kralovics, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Clinical significance of genetic aberrations in secondary acute myeloid leukemia JO - Am J Hematol VL - 87 UR - https://doi.org/10.1002/ajh.23309 DO - 10.1002/ajh.23309 ID - Milosevic2012 ER - TY - JOUR AU - Kandoth, C. AU - McLellan, M. D. AU - Vandin, F. AU - Ye, K. AU - Niu, B. AU - Lu, C. AU - Xie, M. AU - Zhang, Q. AU - McMichael, J. F. AU - Wyczalkowski, M. A. AU - Leiserson, M. D. AU - Miller, C. A. AU - Welch, J. S. AU - Walter, M. J. AU - Wendl, M. C. AU - Ley, T. J. AU - Wilson, R. K. AU - Raphael, B. J. AU - Ding, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mutational landscape and significance across 12 major cancer types JO - Nature VL - 502 UR - https://doi.org/10.1038/nature12634 DO - 10.1038/nature12634 ID - Kandoth2013 ER - TY - JOUR AU - Remy, E. AU - Rebouissou, S. AU - Chaouiya, C. AU - Zinovyev, A. AU - Radvanyi, F. AU - Calzone, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - A modeling approach to explain mutually exclusive and co-occurring genetic alterations in bladder tumorigenesis JO - Cancer Res VL - 75 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-15-0602 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-15-0602 ID - Remy2015 ER - TY - JOUR AU - Pereira, B. AU - Chin, S. F. AU - Rueda, O. M. AU - Vollan, H. K. AU - Provenzano, E. AU - Bardwell, H. A. AU - Pugh, M. AU - Jones, L. AU - Russell, R. AU - Sammut, S. J. AU - Tsui, D. W. AU - Liu, B. AU - Dawson, S. J. AU - Abraham, J. AU - Northen, H. AU - Peden, J. F. AU - Mukherjee, A. AU - Turashvili, G. AU - Green, A. R. AU - McKinney, S. AU - Oloumi, A. AU - Shah, S. AU - Rosenfeld, N. AU - Murphy, L. AU - Bentley, D. R. AU - Ellis, I. O. AU - Purushotham, A. AU - Pinder, S. E. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Earl, H. M. AU - Pharoah, P. D. AU - Ross, M. T. AU - Aparicio, S. AU - Caldas, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - The somatic mutation profiles of 2,433 breast cancers refine their genomic and transcriptomic landscapes JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms11479 DO - 10.1038/ncomms11479 ID - Pereira2016 ER - TY - JOUR AU - Zack, T. I. AU - Schumacher, S. E. AU - Carter, S. L. AU - Cherniack, A. D. AU - Saksena, G. AU - Tabak, B. AU - Lawrence, M. S. AU - Zhang, C. Z. AU - Wala, J. AU - Mermel, C. H. AU - Sougnez, C. AU - Gabriel, S. B. AU - Hernandez, B. AU - Shen, H. AU - Laird, P. W. AU - Getz, G. AU - Meyerson, M. AU - Beroukhim, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Pan-cancer patterns of somatic copy number alteration JO - Nature Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2760 DO - 10.1038/ng.2760 ID - Zack2013 ER - TY - JOUR AU - Lancaster, H. O. PY - 1961 DA - 1961// TI - Significance tests in discrete distributions JO - J Am Stat Assoc VL - 56 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1961.10482105 DO - 10.1080/01621459.1961.10482105 ID - Lancaster1961 ER - TY - JOUR AU - Weinstein, J. N. AU - Collisson, E. A. AU - Mills, G. B. AU - Shaw, K. R. AU - Ozenberger, B. A. AU - Ellrott, K. AU - Shmulevich, I. AU - Sander, C. AU - Stuart, J. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2764 DO - 10.1038/ng.2764 ID - Weinstein2013 ER - TY - JOUR AU - Tamborero, D. AU - Gonzalez-Perez, A. AU - Perez-Llamas, C. AU - Deu-Pons, J. AU - Kandoth, C. AU - Reimand, J. AU - Lawrence, M. S. AU - Getz, G. AU - Bader, G. D. AU - Ding, L. AU - Lopez-Bigas, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comprehensive identification of mutational cancer driver genes across 12 tumor types JO - Sci Rep VL - 3 ID - Tamborero2013 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Ulz, P. AU - Heitzer, E. AU - Speicher, M. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Co-occurrence of MYC amplification and TP53 mutations in human cancer JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3468 DO - 10.1038/ng.3468 ID - Ulz2016 ER - TY - JOUR AU - Szklarczyk, D. AU - Franceschini, A. AU - Wyder, S. AU - Forslund, K. AU - Heller, D. AU - Huerta-Cepas, J. AU - Simonovic, M. AU - Roth, A. AU - Santos, A. AU - Tsafou, K. P. AU - Kuhn, M. AU - Bork, P. AU - Jensen, L. J. AU - von Mering, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - STRING v10: protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1003 DO - 10.1093/nar/gku1003 ID - Szklarczyk2015 ER - TY - JOUR AU - Rodriguez-Viciana, P. AU - Warne, P. H. AU - Dhand, R. AU - Vanhaesebroeck, B. AU - Gout, I. AU - Fry, M. J. AU - Waterfield, M. D. AU - Downward, J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Phosphatidylinositol-3-OH kinase as a direct target of Ras JO - Nature VL - 370 UR - https://doi.org/10.1038/370527a0 DO - 10.1038/370527a0 ID - Rodriguez-Viciana1994 ER - TY - JOUR AU - Gong, Y. AU - Zack, T. I. AU - Morris, L. G. AU - Lin, K. AU - Hukkelhoven, E. AU - Raheja, R. AU - Tan, I. L. AU - Turcan, S. AU - Veeriah, S. AU - Meng, S. AU - Viale, A. AU - Schumacher, S. E. AU - Palmedo, P. AU - Beroukhim, R. AU - Chan, T. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Pan-cancer genetic analysis identifies PARK2 as a master regulator of G1/S cyclins JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2981 DO - 10.1038/ng.2981 ID - Gong2014 ER - TY - JOUR AU - Yan, H. AU - Tong, J. AU - Lin, X. AU - Han, Q. AU - Huang, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Effect of the WWOX gene on the regulation of the cell cycle and apoptosis in human ovarian cancer stem cells JO - Mol Med Rep VL - 12 ID - Yan2015 ER - TY - JOUR AU - Sard, L. AU - Accornero, P. AU - Tornielli, S. AU - Delia, D. AU - Bunone, G. AU - Campiglio, M. AU - Colombo, M. P. AU - Gramegna, M. AU - Croce, C. M. AU - Pierotti, M. A. AU - Sozzi, G. PY - 1999 DA - 1999// TI - The tumor-suppressor gene FHIT is involved in the regulation of apoptosis and in cell cycle control JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.15.8489 DO - 10.1073/pnas.96.15.8489 ID - Sard1999 ER - TY - JOUR AU - Wang, D. AU - Wang, L. AU - Zhou, J. AU - Pan, J. AU - Qian, W. AU - Fu, J. AU - Zhang, G. AU - Zhu, Y. AU - Liu, C. AU - Wang, C. AU - Jin, Z. AU - He, Z. AU - Wu, J. AU - Shi, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reduced expression of PTPRD correlates with poor prognosis in gastric adenocarcinoma JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0113754 DO - 10.1371/journal.pone.0113754 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Solomon, D. A. AU - Kim, J. S. AU - Cronin, J. C. AU - Sibenaller, Z. AU - Ryken, T. AU - Rosenberg, S. A. AU - Ressom, H. AU - Jean, W. AU - Bigner, D. AU - Yan, H. AU - Samuels, Y. AU - Waldman, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mutational inactivation of PTPRD in glioblastoma multiforme and malignant melanoma JO - Cancer Res VL - 68 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-08-3272 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-08-3272 ID - Solomon2008 ER - TY - JOUR AU - Zarubin, T. AU - Han, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Activation and signaling of the p38 map kinase pathway JO - Cell Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/sj.cr.7290257 DO - 10.1038/sj.cr.7290257 ID - Zarubin2005 ER - TY - JOUR AU - Regard, J. B. AU - Malhotra, D. AU - Gvozdenovic-Jeremic, J. AU - Josey, M. AU - Chen, M. AU - Weinstein, L. S. AU - Lu, J. AU - Shore, E. M. AU - Kaplan, F. S. AU - Yang, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Activation of Hedgehog signaling by loss of GNAS causes heterotopic ossification JO - Nat Med VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3314 DO - 10.1038/nm.3314 ID - Regard2013 ER - TY - JOUR AU - He, X. AU - Zhang, L. AU - Chen, Y. AU - Remke, M. AU - Shih, D. AU - Lu, F. AU - Wang, H. AU - Deng, Y. AU - Yu, Y. AU - Xia, Y. AU - Wu, X. AU - Ramaswamy, V. AU - Hu, T. AU - Wang, F. AU - Zhou, W. AU - Burns, D. K. AU - Kim, S. H. AU - Kool, M. AU - Pfister, S. M. AU - Weinstein, L. S. AU - Pomeroy, S. L. AU - Gilbertson, R. J. AU - Rubin, J. B. AU - Hou, Y. AU - Wechsler-Reya, R. AU - Taylor, M. D. AU - Lu, Q. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - The G protein α subunit G αs is a tumor suppressor in Sonic hedgehog-driven medulloblastoma JO - Nat Med VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3666 DO - 10.1038/nm.3666 ID - He2014 ER - TY - JOUR AU - Takabatake, Y. AU - Takabatake, T. AU - Sasagawa, S. AU - Takeshima, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Conserved expression control and shared activity between cognate T-box genes Tbx2 and Tbx3 in connection with Sonic hedgehog signaling during Xenopus eye development JO - Dev Growth Differ VL - 44 UR - https://doi.org/10.1046/j.1440-169X.2002.00640.x DO - 10.1046/j.1440-169X.2002.00640.x ID - Takabatake2002 ER - TY - JOUR AU - Kann, M. AU - Bae, E. AU - Lenz, M. O. AU - Li, L. AU - Trannguyen, B. AU - Schumacher, V. A. AU - Taglienti, M. E. AU - Bordeianou, L. AU - Hartwig, S. AU - Rinschen, M. M. AU - Schermer, B. AU - Benzing, T. AU - Fan, C. M. AU - Kreidberg, J. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - WT1 targets Gas1 to maintain nephron progenitor cells by modulating FGF signals JO - Development VL - 142 UR - https://doi.org/10.1242/dev.119735 DO - 10.1242/dev.119735 ID - Kann2015 ER - TY - JOUR AU - Jagani, Z. AU - Mora-Blanco, E. L. AU - Sansam, C. G. AU - McKenna, E. S. AU - Wilson, B. AU - Chen, D. AU - Klekota, J. AU - Tamayo, P. AU - Nguyen, P. T. AU - Tolstorukov, M. AU - Park, P. J. AU - Cho, Y. J. AU - Hsiao, K. AU - Buonamici, S. AU - Pomeroy, S. L. AU - Mesirov, J. P. AU - Ruffner, H. AU - Bouwmeester, T. AU - Luchansky, S. J. AU - Murtie, J. AU - Kelleher, J. F. AU - Warmuth, M. AU - Sellers, W. R. AU - Roberts, C. W. AU - Dorsch, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Loss of the tumor suppressor Snf5 leads to aberrant activation of the Hedgehog-Gli pathway JO - Nat Med VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nm.2251 DO - 10.1038/nm.2251 ID - Jagani2010 ER - TY - JOUR AU - Gross, A. M. AU - Orosco, R. K. AU - Shen, J. P. AU - Egloff, A. M. AU - Carter, H. AU - Hofree, M. AU - Choueiri, M. AU - Coffey, C. S. AU - Lippman, S. M. AU - Hayes, D. N. AU - Cohen, E. E. AU - Grandis, J. R. AU - Nguyen, Q. T. AU - Ideker, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Multi-tiered genomic analysis of head and neck cancer ties TP53 mutation to 3p loss JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3051 DO - 10.1038/ng.3051 ID - Gross2014 ER - TY - JOUR AU - Malinowska-Ozdowy, K. AU - Frech, C. AU - Schönegger, A. AU - Eckert, C. AU - Cazzaniga, G. AU - Stanulla, M. AU - zur Stadt, U. AU - Mecklenbräuker, A. AU - Schuster, M. AU - Kneidinger, D. AU - von Stackelberg, A. AU - Locatelli, F. AU - Schrappe, M. AU - Horstmann, M. A. AU - Attarbaschi, A. AU - Bock, C. AU - Mann, G. AU - Haas, O. A. AU - Panzer-Grümayer, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - KRAS and CREBBP mutations: a relapse-linked malicious liaison in childhood high hyperdiploid acute lymphoblastic leukemia JO - Leukemia VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/leu.2015.107 DO - 10.1038/leu.2015.107 ID - Malinowska-Ozdowy2015 ER - TY - JOUR AU - Leek, J. T. AU - Storey, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Capturing heterogeneity in gene expression studies by surrogate variable analysis JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030161 DO - 10.1371/journal.pgen.0030161 ID - Leek2007 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Pressoir, G. AU - Briggs, W. H. AU - Vroh Bi, I. AU - Yamasaki, M. AU - Doebley, J. F. AU - McMullen, M. D. AU - Gaut, B. S. AU - Nielsen, D. M. AU - Holland, J. B. AU - Kresovich, S. AU - Buckler, E. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1702 DO - 10.1038/ng1702 ID - Yu2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. H. PY - 1993 DA - 1993// TI - On the number of successes in independent trials JO - Statistica Sinica VL - 3 ID - Wang1993 ER - TY - JOUR AU - Liu, D. C. AU - Nocedal, J. PY - 1989 DA - 1989// TI - On the limited memory BFGS method for large scale optimization JO - Math Prog VL - 45 UR - https://doi.org/10.1007/BF01589116 DO - 10.1007/BF01589116 ID - Liu1989 ER - TY - STD TI - Carlson JM, Heckerman D, Shani G. Estimating false discovery rates for contingency tables. Technical Report MSR-TR-2009-53. 2009. http://research.microsoft.com/apps/pubs/default.aspx?id=80571. UR - http://research.microsoft.com/apps/pubs/default.aspx?id=80571 ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Bonchi, F. AU - Gionis, A. AU - Ukkonen, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Overlapping correlation clustering JO - Knowl Inf Syst VL - 35 UR - https://doi.org/10.1007/s10115-012-0522-9 DO - 10.1007/s10115-012-0522-9 ID - Bonchi2013 ER - TY - JOUR AU - Chang, Y. T. AU - Leahy, R. M. AU - Pantazis, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Modularity-based graph partitioning using conditional expected models JO - Phys Rev E VL - 85 UR - https://doi.org/10.1103/PhysRevE.85.016109 DO - 10.1103/PhysRevE.85.016109 ID - Chang2012 ER -