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Table 1 Summary of indels detected at the predicted inversion or deletion fusion sites

From: A versatile reporter system for CRISPR-mediated chromosomal rearrangements

Name

Replicate

Position

Ref

Indel

Reads supporting ref

Reads supporting indel

VarFreq

P value

iGFP

1

235

A

+G

2631

4158

55.31 %

0

  

236

G

-A

1786

257

11.83 %

7.64E-78

  

235

A

+GG

2631

580

7.72 %

4.36E-181

  

236

G

-AC

1786

50

2.30 %

1.67E-14

  

236

G

-ACT

1786

35

1.61 %

4.61E-10

iGFP

2

235

A

+G

2662

4152

55.50 %

0

  

236

G

-A

1852

276

12.40 %

6.55E-84

  

235

A

+GG

2662

548

7.33 %

3.92E-170

  

236

G

-AC

1852

35

1.57 %

4.63E-10

LoxP-O

1

304

A

+T

2278

4386

64.55 %

0

  

305

T

-A

1590

42

2.51 %

3.88E-12

  

302

T

-TA

7165

144

1.96 %

5.96E-35

  

303

T

-A

6941

91

1.29 %

3.68E-20

LoxP-O

2

304

A

+T

2267

4429

64.89 %

0

  

305

T

-A

1595

48

2.87 %

6.36E-14

  

302

T

-TA

7186

140

1.90 %

8.19E-34

  

303

T

-A

6974

82

1.16 %

9.96E-18

LSL

1

88

T

+A

1804

2533

56.19 %

0

  

89

A

-T

1403

41

2.74 %

7.43E-12

  

87

G

-T

4896

89

1.72 %

2.15E-22

  

87

G

-TA

4896

87

1.68 %

8.00E-22

  

86

C

-GTATAAT

5204

78

1.47 %

2.49E-18

  

89

A

-TAAT

1403

15

1.00 %

2.51E-04

LSL

2

88

T

+A

1708

2602

58.47 %

0

  

89

A

-T

1353

41

2.83 %

7.36E-12

  

87

G

-TA

4820

95

1.85 %

4.07E-24

  

87

G

-T

4820

87

1.69 %

7.96E-22

  

86

C

-GTATAAT

5144

63

1.20 %

3.26E-14

  

89

A

-TAAT

1353

17

1.17 %

6.93E-05

Pten-deletion

1

453

A

+C

6477

1110

14.16 %

0

  

453

A

-T

6477

79

1.01 %

9.97E-18

Pten-deletion

2

453

A

+C

6607

1039

13.33 %

2.08E-314