TY - JOUR AU - Muller-McNicoll, M. AU - Neugebauer, K. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - How cells get the message: dynamic assembly and function of mRNA-protein complexes JO - Nat Rev Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3434 DO - 10.1038/nrg3434 ID - Muller-McNicoll2013 ER - TY - JOUR AU - Tange, T. O. AU - Nott, A. AU - Moore, M. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The ever-increasing complexities of the exon junction complex JO - Curr Opin Cell Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2004.03.012 DO - 10.1016/j.ceb.2004.03.012 ID - Tange2004 ER - TY - JOUR AU - Moore, M. J. AU - Proudfoot, N. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Pre-mRNA processing reaches back to transcription and ahead to translation JO - Cell VL - 136 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.02.001 DO - 10.1016/j.cell.2009.02.001 ID - Moore2009 ER - TY - JOUR AU - Le Hir, H. AU - Andersen, G. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Structural insights into the exon junction complex JO - Curr Opin Struct Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.sbi.2007.11.002 DO - 10.1016/j.sbi.2007.11.002 ID - Le Hir2008 ER - TY - JOUR AU - Le Hir, H. AU - Moore, M. J. AU - Maquat, L. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Pre-mRNA splicing alters mRNP composition: evidence for stable association of proteins at exon-exon junctions JO - Genes Dev VL - 14 ID - Le Hir2000 ER - TY - JOUR AU - Le Hir, H. AU - Izaurralde, E. AU - Maquat, L. E. AU - Moore, M. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - The spliceosome deposits multiple proteins 20–24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon junctions JO - EMBO J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/19.24.6860 DO - 10.1093/emboj/19.24.6860 ID - Le Hir2000 ER - TY - JOUR AU - Sauliere, J. AU - Murigneux, V. AU - Wang, Z. AU - Marquenet, E. AU - Barbosa, I. AU - Le Tonqueze, O. AU - Audic, Y. AU - Paillard, L. AU - Roest Crollius, H. AU - Le Hir, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - CLIP-seq of eIF4AIII reveals transcriptome-wide mapping of the human exon junction complex JO - Nat Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2420 DO - 10.1038/nsmb.2420 ID - Sauliere2012 ER - TY - JOUR AU - Singh, G. AU - Kucukural, A. AU - Cenik, C. AU - Leszyk, J. D. AU - Shaffer, S. A. AU - Weng, Z. AU - Moore, M. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The cellular EJC interactome reveals higher-order mRNP structure and an EJC-SR protein nexus JO - Cell VL - 151 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.10.007 DO - 10.1016/j.cell.2012.10.007 ID - Singh2012 ER - TY - JOUR AU - Reichert, V. L. AU - Le Hir, H. AU - Jurica, M. S. AU - Moore, M. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - 5′ exon interactions within the human spliceosome establish a framework for exon junction complex structure and assembly JO - Genes Dev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1030602 DO - 10.1101/gad.1030602 ID - Reichert2002 ER - TY - JOUR AU - Gehring, N. H. AU - Lamprinaki, S. AU - Hentze, M. W. AU - Kulozik, A. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - The hierarchy of exon-junction complex assembly by the spliceosome explains key features of mammalian nonsense-mediated mRNA decay JO - PLoS Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000120 DO - 10.1371/journal.pbio.1000120 ID - Gehring2009 ER - TY - JOUR AU - Barbosa, I. AU - Haque, N. AU - Fiorini, F. AU - Barrandon, C. AU - Tomasetto, C. AU - Blanchette, M. AU - Le Hir, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human CWC22 escorts the helicase eIF4AIII to spliceosomes and promotes exon junction complex assembly JO - Nat Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2380 DO - 10.1038/nsmb.2380 ID - Barbosa2012 ER - TY - JOUR AU - Steckelberg, A. L. AU - Boehm, V. AU - Gromadzka, A. M. AU - Gehring, N. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - CWC22 connects pre-mRNA splicing and exon junction complex assembly JO - Cell Rep VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2012.08.017 DO - 10.1016/j.celrep.2012.08.017 ID - Steckelberg2012 ER - TY - JOUR AU - Sauliere, J. AU - Haque, N. AU - Harms, S. AU - Barbosa, I. AU - Blanchette, M. AU - Le Hir, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - The exon junction complex differentially marks spliced junctions JO - Nat Struct Mol Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1890 DO - 10.1038/nsmb.1890 ID - Sauliere2010 ER - TY - JOUR AU - Ghosh, S. AU - Marchand, V. AU - Gaspar, I. AU - Ephrussi, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Control of RNP motility and localization by a splicing-dependent structure in oskar mRNA JO - Nat Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2257 DO - 10.1038/nsmb.2257 ID - Ghosh2012 ER - TY - JOUR AU - Wiegand, H. L. AU - Lu, S. AU - Cullen, B. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Exon junction complexes mediate the enhancing effect of splicing on mRNA expression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1934877100 DO - 10.1073/pnas.1934877100 ID - Wiegand2003 ER - TY - JOUR AU - Nott, A. AU - Le Hir, H. AU - Moore, M. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Splicing enhances translation in mammalian cells: an additional function of the exon junction complex JO - Genes Dev VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1163204 DO - 10.1101/gad.1163204 ID - Nott2004 ER - TY - JOUR AU - Chazal, P. E. AU - Daguenet, E. AU - Wendling, C. AU - Ulryck, N. AU - Tomasetto, C. AU - Sargueil, B. AU - Le Hir, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - EJC core component MLN51 interacts with eIF3 and activates translation JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1218732110 DO - 10.1073/pnas.1218732110 ID - Chazal2013 ER - TY - JOUR AU - Rebbapragada, I. AU - Lykke-Andersen, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Execution of nonsense-mediated mRNA decay: what defines a substrate? JO - Curr Opin Cell Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2009.02.007 DO - 10.1016/j.ceb.2009.02.007 ID - Rebbapragada2009 ER - TY - JOUR AU - Kervestin, S. AU - Jacobson, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - NMD: a multifaceted response to premature translational termination JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3454 DO - 10.1038/nrm3454 ID - Kervestin2012 ER - TY - JOUR AU - Lareau, L. F. AU - Brooks, A. N. AU - Soergel, D. A. AU - Meng, Q. AU - Brenner, S. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - The coupling of alternative splicing and nonsense-mediated mRNA decay JO - Adv Exp Med Biol VL - 623 UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-77374-2_12 DO - 10.1007/978-0-387-77374-2_12 ID - Lareau2007 ER - TY - JOUR AU - McGlincy, N. J. AU - Smith, C. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Alternative splicing resulting in nonsense-mediated mRNA decay: what is the meaning of nonsense? JO - Trends Biochem Sci VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibs.2008.06.001 DO - 10.1016/j.tibs.2008.06.001 ID - McGlincy2008 ER - TY - JOUR AU - Yap, K. AU - Makeyev, E. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Regulation of gene expression in mammalian nervous system through alternative pre-mRNA splicing coupled with RNA quality control mechanisms JO - Mol Cell Neurosci VL - 56C UR - https://doi.org/10.1016/j.mcn.2013.01.003 DO - 10.1016/j.mcn.2013.01.003 ID - Yap2013 ER - TY - JOUR AU - Lewis, B. P. AU - Green, R. E. AU - Brenner, S. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evidence for the widespread coupling of alternative splicing and nonsense-mediated mRNA decay in humans JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0136770100 DO - 10.1073/pnas.0136770100 ID - Lewis2003 ER - TY - JOUR AU - Green, R. E. AU - Lewis, B. P. AU - Hillman, R. T. AU - Blanchette, M. AU - Lareau, L. F. AU - Garnett, A. T. AU - Rio, D. C. AU - Brenner, S. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Widespread predicted nonsense-mediated mRNA decay of alternatively-spliced transcripts of human normal and disease genes JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg1015 DO - 10.1093/bioinformatics/btg1015 ID - Green2003 ER - TY - JOUR AU - Sureau, A. AU - Gattoni, R. AU - Dooghe, Y. AU - Stevenin, J. AU - Soret, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - SC35 autoregulates its expression by promoting splicing events that destabilize its mRNAs JO - EMBO J VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/20.7.1785 DO - 10.1093/emboj/20.7.1785 ID - Sureau2001 ER - TY - JOUR AU - Saltzman, A. L. AU - Kim, Y. K. AU - Pan, Q. AU - Fagnani, M. M. AU - Maquat, L. E. AU - Blencowe, B. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Regulation of multiple core spliceosomal proteins by alternative splicing-coupled nonsense-mediated mRNA decay JO - Mol Cell Biol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.00361-08 DO - 10.1128/MCB.00361-08 ID - Saltzman2008 ER - TY - JOUR AU - Ashton-Beaucage, D. AU - Udell, C. M. AU - Lavoie, H. AU - Baril, C. AU - Lefrancois, M. AU - Chagnon, P. AU - Gendron, P. AU - Caron-Lizotte, O. AU - Bonneil, E. AU - Thibault, P. AU - Therrien, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The exon junction complex controls the splicing of MAPK and other long intron-containing transcripts in Drosophila JO - Cell VL - 143 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.09.014 DO - 10.1016/j.cell.2010.09.014 ID - Ashton-Beaucage2010 ER - TY - JOUR AU - Roignant, J. Y. AU - Treisman, J. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Exon junction complex subunits are required to splice Drosophila MAP kinase, a large heterochromatic gene JO - Cell VL - 143 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.09.036 DO - 10.1016/j.cell.2010.09.036 ID - Roignant2010 ER - TY - JOUR AU - Hayashi, R. AU - Handler, D. AU - Ish-Horowicz, D. AU - Brennecke, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - The exon junction complex is required for definition and excision of neighboring introns in Drosophila JO - Genes Dev VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gad.245738.114 DO - 10.1101/gad.245738.114 ID - Hayashi2014 ER - TY - JOUR AU - Malone, C. D. AU - Mestdagh, C. AU - Akhtar, J. AU - Kreim, N. AU - Deinhard, P. AU - Sachidanandam, R. AU - Treisman, J. AU - Roignant, J. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - The exon junction complex controls transposable element activity by ensuring faithful splicing of the piwi transcript JO - Genes Dev VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gad.245829.114 DO - 10.1101/gad.245829.114 ID - Malone2014 ER - TY - JOUR AU - Haremaki, T. AU - Weinstein, D. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Eif4a3 is required for accurate splicing of the Xenopus laevis ryanodine receptor pre-mRNA JO - Dev Biol VL - 372 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2012.08.013 DO - 10.1016/j.ydbio.2012.08.013 ID - Haremaki2012 ER - TY - JOUR AU - Michelle, L. AU - Cloutier, A. AU - Toutant, J. AU - Shkreta, L. AU - Thibault, P. AU - Durand, M. AU - Garneau, D. AU - Gendron, D. AU - Lapointe, E. AU - Couture, S. AU - Le Hir, H. AU - Klinck, R. AU - Elela, R. A. AU - Prinos, P. AU - Chabot, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Proteins associated with the exon junction complex also control the alternative splicing of apoptotic regulators JO - Mol Cell Biol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.06130-11 DO - 10.1128/MCB.06130-11 ID - Michelle2012 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential expression analysis for sequence count data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r106 ID - Anders2010 ER - TY - JOUR AU - Katz, Y. AU - Wang, E. T. AU - Airoldi, E. M. AU - Burge, C. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis and design of RNA sequencing experiments for identifying isoform regulation JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1528 DO - 10.1038/nmeth.1528 ID - Katz2010 ER - TY - JOUR AU - Hu, Y. AU - Huang, Y. AU - Du, Y. AU - Orellana, C. F. AU - Singh, D. AU - Johnson, A. R. AU - Monroy, A. AU - Kuan, P. F. AU - Hammond, S. M. AU - Makowski, L. AU - Randell, S. H. AU - Chiang, D. Y. AU - Hayes, D. N. AU - Jones, C. AU - Liu, Y. AU - Prins, J. F. AU - Liu, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - DiffSplice: the genome-wide detection of differential splicing events with RNA-seq JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1026 DO - 10.1093/nar/gks1026 ID - Hu2012 ER - TY - JOUR AU - Licatalosi, D. D. AU - Darnell, R. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - RNA processing and its regulation: global insights into biological networks JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2673 DO - 10.1038/nrg2673 ID - Licatalosi2010 ER - TY - JOUR AU - Kashima, I. AU - Jonas, S. AU - Jayachandran, U. AU - Buchwald, G. AU - Conti, E. AU - Lupas, A. N. AU - Izaurralde, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - SMG6 interacts with the exon junction complex via two conserved EJC-binding motifs (EBMs) required for nonsense-mediated mRNA decay JO - Genes Dev VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gad.604610 DO - 10.1101/gad.604610 ID - Kashima2010 ER - TY - JOUR AU - Huntzinger, E. AU - Kashima, I. AU - Fauser, M. AU - Sauliere, J. AU - Izaurralde, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - SMG6 is the catalytic endonuclease that cleaves mRNAs containing nonsense codons in metazoan JO - RNA VL - 14 UR - https://doi.org/10.1261/rna.1386208 DO - 10.1261/rna.1386208 ID - Huntzinger2008 ER - TY - JOUR AU - Eberle, A. B. AU - Lykke-Andersen, S. AU - Muhlemann, O. AU - Jensen, T. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - SMG6 promotes endonucleolytic cleavage of nonsense mRNA in human cells JO - Nat Struct Mol Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1530 DO - 10.1038/nsmb.1530 ID - Eberle2009 ER - TY - JOUR AU - Yang, E. AU - van Nimwegen, E. AU - Zavolan, M. AU - Rajewsky, N. AU - Schroeder, M. AU - Magnasco, M. AU - Darnell, J. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Decay rates of human mRNAs: correlation with functional characteristics and sequence attributes JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.997703 DO - 10.1101/gr.997703 ID - Yang2003 ER - TY - JOUR AU - Tange, T. O. AU - Shibuya, T. AU - Jurica, M. S. AU - Moore, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Biochemical analysis of the EJC reveals two new factors and a stable tetrameric protein core JO - RNA VL - 11 UR - https://doi.org/10.1261/rna.2155905 DO - 10.1261/rna.2155905 ID - Tange2005 ER - TY - JOUR AU - Murachelli, A. G. AU - Ebert, J. AU - Basquin, C. AU - Le Hir, H. AU - Conti, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - The structure of the ASAP core complex reveals the existence of a Pinin-containing PSAP complex JO - Nat Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2242 DO - 10.1038/nsmb.2242 ID - Murachelli2012 ER - TY - JOUR AU - Sekiguchi, T. AU - Hayano, T. AU - Yanagida, M. AU - Takahashi, N. AU - Nishimoto, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - NOP132 is required for proper nucleolus localization of DEAD-box RNA helicase DDX47 JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl603 DO - 10.1093/nar/gkl603 ID - Sekiguchi2006 ER - TY - JOUR AU - Ule, J. AU - Darnell, R. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - RNA binding proteins and the regulation of neuronal synaptic plasticity JO - Curr Opin Neurobiol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.conb.2006.01.003 DO - 10.1016/j.conb.2006.01.003 ID - Ule2006 ER - TY - JOUR AU - Ule, J. AU - Jensen, K. B. AU - Ruggiu, M. AU - Mele, A. AU - Ule, A. AU - Darnell, R. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - CLIP identifies Nova-regulated RNA networks in the brain JO - Science VL - 302 UR - https://doi.org/10.1126/science.1090095 DO - 10.1126/science.1090095 ID - Ule2003 ER - TY - JOUR AU - Braunschweig, U. AU - Gueroussov, S. AU - Plocik, A. M. AU - Graveley, B. R. AU - Blencowe, B. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dynamic integration of splicing within gene regulatory pathways JO - Cell VL - 152 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.02.034 DO - 10.1016/j.cell.2013.02.034 ID - Braunschweig2013 ER - TY - JOUR AU - Ip, J. Y. AU - Schmidt, D. AU - Pan, Q. AU - Ramani, A. K. AU - Fraser, A. G. AU - Odom, D. T. AU - Blencowe, B. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Global impact of RNA polymerase II elongation inhibition on alternative splicing regulation JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.111070.110 DO - 10.1101/gr.111070.110 ID - Ip2011 ER - TY - JOUR AU - Kornblihtt, A. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Coupling transcription and alternative splicing JO - Adv Exp Med Biol VL - 623 UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-77374-2_11 DO - 10.1007/978-0-387-77374-2_11 ID - Kornblihtt2007 ER - TY - JOUR AU - Marshall, N. F. AU - Peng, J. AU - Xie, Z. AU - Price, D. H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Control of RNA polymerase II elongation potential by a novel carboxyl-terminal domain kinase JO - J Biol Chem VL - 271 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.271.43.27176 DO - 10.1074/jbc.271.43.27176 ID - Marshall1996 ER - TY - JOUR AU - Chao, S. H. AU - Fujinaga, K. AU - Marion, J. E. AU - Taube, R. AU - Sausville, E. A. AU - Senderowicz, A. M. AU - Peterlin, B. M. AU - Price, D. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Flavopiridol inhibits P-TEFb and blocks HIV-1 replication JO - J Biol Chem VL - 275 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.C000446200 DO - 10.1074/jbc.C000446200 ID - Chao2000 ER - TY - JOUR AU - Bird, G. AU - Zorio, D. A. AU - Bentley, D. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - RNA polymerase II carboxy-terminal domain phosphorylation is required for cotranscriptional pre-mRNA splicing and 3′-end formation JO - Mol Cell Biol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.24.20.8963-8969.2004 DO - 10.1128/MCB.24.20.8963-8969.2004 ID - Bird2004 ER - TY - JOUR AU - Nogues, G. AU - Kadener, S. AU - Cramer, P. AU - Bentley, D. AU - Kornblihtt, A. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transcriptional activators differ in their abilities to control alternative splicing JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M208418200 DO - 10.1074/jbc.M208418200 ID - Nogues2002 ER - TY - JOUR AU - Darzacq, X. AU - Shav-Tal, Y. AU - de Turris, V. AU - Brody, Y. AU - Shenoy, S. M. AU - Phair, R. D. AU - Singer, R. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - In vivo dynamics of RNA polymerase II transcription JO - Nat Struct Mol Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb1280 DO - 10.1038/nsmb1280 ID - Darzacq2007 ER - TY - JOUR AU - Bensaude, O. PY - 2011 DA - 2011// TI - Inhibiting eukaryotic transcription: Which compound to choose? How to evaluate its activity? JO - Transcription VL - 2 UR - https://doi.org/10.4161/trns.2.3.16172 DO - 10.4161/trns.2.3.16172 ID - Bensaude2011 ER - TY - JOUR AU - Dutertre, M. AU - Sanchez, G. AU - De Cian, M. C. AU - Barbier, J. AU - Dardenne, E. AU - Gratadou, L. AU - Dujardin, G. AU - Le Jossic-Corcos, C. AU - Corcos, L. AU - Auboeuf, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cotranscriptional exon skipping in the genotoxic stress response JO - Nat Struct Mol Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1912 DO - 10.1038/nsmb.1912 ID - Dutertre2010 ER - TY - JOUR AU - Singh, J. AU - Padgett, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Rates of in situ transcription and splicing in large human genes JO - Nat Struct Mol Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1666 DO - 10.1038/nsmb.1666 ID - Singh2009 ER - TY - JOUR AU - Bessonov, S. AU - Anokhina, M. AU - Will, C. L. AU - Urlaub, H. AU - Luhrmann, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Isolation of an active step I spliceosome and composition of its RNP core JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06842 DO - 10.1038/nature06842 ID - Bessonov2008 ER - TY - JOUR AU - Crabb, T. L. AU - Lam, B. J. AU - Hertel, K. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Retention of spliceosomal components along ligated exons ensures efficient removal of multiple introns JO - RNA VL - 16 UR - https://doi.org/10.1261/rna.2186510 DO - 10.1261/rna.2186510 ID - Crabb2010 ER - TY - JOUR AU - Corrionero, A. AU - Valcarcel, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNA processing: Redrawing the map of charted territory JO - Mol Cell VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2009.12.004 DO - 10.1016/j.molcel.2009.12.004 ID - Corrionero2009 ER - TY - JOUR AU - Ule, J. AU - Stefani, G. AU - Mele, A. AU - Ruggiu, M. AU - Wang, X. AU - Taneri, B. AU - Gaasterland, T. AU - Blencowe, B. J. AU - Darnell, R. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - An RNA map predicting Nova-dependent splicing regulation JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05304 DO - 10.1038/nature05304 ID - Ule2006 ER - TY - JOUR AU - Schmid, M. AU - Jensen, T. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcription-associated quality control of mRNP JO - Biochim Biophys Acta VL - 1829 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2012.08.012 DO - 10.1016/j.bbagrm.2012.08.012 ID - Schmid2013 ER - TY - JOUR AU - Kornblihtt, A. R. AU - Schor, I. E. AU - Allo, M. AU - Dujardin, G. AU - Petrillo, E. AU - Munoz, M. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Alternative splicing: a pivotal step between eukaryotic transcription and translation JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3525 DO - 10.1038/nrm3525 ID - Kornblihtt2013 ER - TY - JOUR AU - Braunschweig, U. AU - Barbosa-Morais, N. L. AU - Pan, Q. AU - Nachman, E. N. AU - Alipanahi, B. AU - Gonatopoulos-Pournatzis, T. AU - Frey, B. AU - Irimia, M. AU - Blencowe, B. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Widespread intron retention in mammals functionally tunes transcriptomes JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.177790.114 DO - 10.1101/gr.177790.114 ID - Braunschweig2014 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - STD TI - Anders S, Pyl PT, Huber W: HTSeq - A Python framework to work with high-throughput sequencing data. Bioinformatics 2014. doi:10.1101/002824., ID - ref65 ER - TY - JOUR AU - Yeo, G. AU - Burge, C. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Maximum entropy modeling of short sequence motifs with applications to RNA splicing signals JO - J Comput Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1089/1066527041410418 DO - 10.1089/1066527041410418 ID - Yeo2004 ER - TY - JOUR AU - Fairbrother, W. G. AU - Yeo, G. W. AU - Yeh, R. AU - Goldstein, P. AU - Mawson, M. AU - Sharp, P. A. AU - Burge, C. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - RESCUE-ESE identifies candidate exonic splicing enhancers in vertebrate exons JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh393 DO - 10.1093/nar/gkh393 ID - Fairbrother2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Rolish, M. E. AU - Yeo, G. AU - Tung, V. AU - Mawson, M. AU - Burge, C. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Systematic identification and analysis of exonic splicing silencers JO - Cell VL - 119 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.11.010 DO - 10.1016/j.cell.2004.11.010 ID - Wang2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Ma, M. AU - Xiao, X. AU - Wang, Z. PY - 2012 DA - 2012// TI - Intronic splicing enhancers, cognate splicing factors and context-dependent regulation rules JO - Nat Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2377 DO - 10.1038/nsmb.2377 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Xiao, X. AU - Zhang, J. AU - Choudhury, R. AU - Robertson, A. AU - Li, K. AU - Ma, M. AU - Burge, C. B. AU - Wang, Z. PY - 2013 DA - 2013// TI - A complex network of factors with overlapping affinities represses splicing through intronic elements JO - Nat Struct Mol Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2459 DO - 10.1038/nsmb.2459 ID - Wang2013 ER -