TY - JOUR AU - McClintock, B. PY - 1950 DA - 1950// TI - The origin and behavior of mutable loci in maize JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 36 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.36.6.344 DO - 10.1073/pnas.36.6.344 ID - McClintock1950 ER - TY - JOUR AU - Feschotte, C. AU - Jiang, N. AU - Wessler, S. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Plant transposable elements: where genetics meets genomics JO - Nat Rev Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrg793 DO - 10.1038/nrg793 ID - Feschotte2002 ER - TY - JOUR AU - Arabidopsis, G. I. PY - 2000 DA - 2000// TI - Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana JO - Nature VL - 408 UR - https://doi.org/10.1038/35048692 DO - 10.1038/35048692 ID - Arabidopsis2000 ER - TY - JOUR AU - Schnable, P. S. AU - Ware, D. AU - Fulton, R. S. AU - Stein, J. C. AU - Wei, F. AU - Pasternak, S. AU - Liang, C. AU - Zhang, J. AU - Fulton, L. AU - Graves, T. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1178534 DO - 10.1126/science.1178534 ID - Schnable2009 ER - TY - JOUR AU - Devos, K. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Grass genome organization and evolution JO - Curr Opin Plant Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2009.12.005 DO - 10.1016/j.pbi.2009.12.005 ID - Devos2010 ER - TY - JOUR AU - Bennetzen, J. L. AU - Ma, J. AU - Devos, K. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mechanisms of recent genome size variation in flowering plants JO - Ann Bot VL - 95 UR - https://doi.org/10.1093/aob/mci008 DO - 10.1093/aob/mci008 ID - Bennetzen2005 ER - TY - JOUR AU - Tenaillon, M. I. AU - Hollister, J. D. AU - Gaut, B. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - A triptych of the evolution of plant transposable elements JO - Trends Plant Sci VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2010.05.003 DO - 10.1016/j.tplants.2010.05.003 ID - Tenaillon2010 ER - TY - JOUR AU - Naito, K. AU - Zhang, F. AU - Tsukiyama, T. AU - Saito, H. AU - Hancock, C. N. AU - Richardson, A. O. AU - Okumoto, Y. AU - Tanisaka, T. AU - Wessler, S. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Unexpected consequences of a sudden and massive transposon amplification on rice gene expression JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08479 DO - 10.1038/nature08479 ID - Naito2009 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Choulet, F. AU - Heng, Y. AU - Hao, W. AU - Paux, E. AU - Liu, Z. AU - Yue, W. AU - Jin, W. AU - Feuillet, C. AU - Zhang, X. PY - 2013 DA - 2013// TI - Wheat centromeric retrotransposons: the new ones take a major role in centromeric structure JO - Plant J VL - 73 UR - https://doi.org/10.1111/tpj.12086 DO - 10.1111/tpj.12086 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Vitte, C. AU - Bennetzen, J. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of retrotransposon structural diversity uncovers properties and propensities in angiosperm genome evolution JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0605618103 DO - 10.1073/pnas.0605618103 ID - Vitte2006 ER - TY - JOUR AU - Matsumoto, T. AU - Wu, J. AU - Kanamori, H. AU - Katayose, Y. AU - Fujisawa, M. AU - Namiki, N. AU - Mizuno, H. AU - Yamamoto, K. AU - Antonio, B. A. AU - Baba, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - The map-based sequence of the rice genome JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03895 DO - 10.1038/nature03895 ID - Matsumoto2005 ER - TY - JOUR AU - Paterson, A. H. AU - Bowers, J. E. AU - Bruggmann, R. AU - Dubchak, I. AU - Grimwood, J. AU - Gundlach, H. AU - Haberer, G. AU - Hellsten, U. AU - Mitros, T. AU - Poliakov, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07723 DO - 10.1038/nature07723 ID - Paterson2009 ER - TY - JOUR AU - Gao, X. AU - Hou, Y. AU - Ebina, H. AU - Levin, H. L. AU - Voytas, D. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Chromodomains direct integration of retrotransposons to heterochromatin JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.7146408 DO - 10.1101/gr.7146408 ID - Gao2008 ER - TY - JOUR AU - Marín, I. AU - Lloréns, C. PY - 2000 DA - 2000// TI - Ty3/Gypsy retrotransposons: description of new Arabidopsis thaliana elements and evolutionary perspectives derived from comparative genomic data JO - Mol Biol Evol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026385 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026385 ID - Marín2000 ER - TY - JOUR AU - Chatterjee, A. G. AU - Leem, Y. E. AU - Kelly, F. D. AU - Levin, H. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - The chromodomain of Tf1 integrase promotes binding to cDNA and mediates target site selection JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01588-08 DO - 10.1128/JVI.01588-08 ID - Chatterjee2009 ER - TY - JOUR AU - Devos, K. M. AU - Brown, J. K. AU - Bennetzen, J. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome size reduction through illegitimate recombination counteracts genome expansion in Arabidopsis JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.132102 DO - 10.1101/gr.132102 ID - Devos2002 ER - TY - JOUR AU - Ma, J. AU - Devos, K. M. AU - Bennetzen, J. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Analyses of LTR-retrotransposon structures reveal recent and rapid genomic DNA loss in rice JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1466204 DO - 10.1101/gr.1466204 ID - Ma2004 ER - TY - JOUR AU - Tian, Z. AU - Rizzon, C. AU - Du, J. AU - Zhu, L. AU - Bennetzen, J. L. AU - Jackson, S. A. AU - Gaut, B. S. AU - Ma, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Do genetic recombination and gene density shape the pattern of DNA elimination in rice long terminal repeat retrotransposons? JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.083899.108 DO - 10.1101/gr.083899.108 ID - Tian2009 ER - TY - JOUR AU - Duret, L. AU - Marais, G. AU - Biémont, C. PY - 2000 DA - 2000// TI - Transposons but not retrotransposons are located preferentially in regions of high recombination rate in Caenorhabditis elegans JO - Genetics VL - 156 ID - Duret2000 ER - TY - JOUR AU - Long, M. AU - Betrán, E. AU - Thornton, K. AU - Wang, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - The origin of new genes: glimpses from the young and old JO - Nat Rev Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1204 DO - 10.1038/nrg1204 ID - Long2003 ER - TY - JOUR AU - Yang, L. AU - Bennetzen, J. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Distribution, diversity, evolution, and survival of Helitrons in the maize genome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0908008106 DO - 10.1073/pnas.0908008106 ID - Yang2009 ER - TY - JOUR AU - Morgante, M. AU - Brunner, S. AU - Pea, G. AU - Fengler, K. AU - Zuccolo, A. AU - Rafalski, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene duplication and exon shuffling by helitron-like transposons generate intraspecies diversity in maize JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1615 DO - 10.1038/ng1615 ID - Morgante2005 ER - TY - JOUR AU - Hanada, K. AU - Vallejo, V. AU - Nobuta, K. AU - Slotkin, R. K. AU - Lisch, D. AU - Meyers, B. C. AU - Shiu, S. -. H. AU - Jiang, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - The functional role of pack-MULEs in rice inferred from purifying selection and expression profile JO - Plant Cell VL - 21 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.108.063206 DO - 10.1105/tpc.108.063206 ID - Hanada2009 ER - TY - JOUR AU - Jiang, N. AU - Wessler, S. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Insertion preference of maize and rice miniature inverted repeat transposable elements as revealed by the analysis of nested elements JO - Plant Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.13.11.2553 DO - 10.1105/tpc.13.11.2553 ID - Jiang2001 ER - TY - JOUR AU - Juretic, N. AU - Bureau, T. E. AU - Bruskiewich, R. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transposable element annotation of the rice genome JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth019 DO - 10.1093/bioinformatics/bth019 ID - Juretic2004 ER - TY - JOUR AU - Jiang, N. AU - Feschotte, C. AU - Zhang, X. AU - Wessler, S. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Using rice to understand the origin and amplification of miniature inverted repeat transposable elements (MITEs) JO - Curr Opin Plant Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2004.01.004 DO - 10.1016/j.pbi.2004.01.004 ID - Jiang2004 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. AU - Chen, J. AU - Zhang, Y. AU - Hu, Q. AU - Su, W. AU - Kuang, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Miniature inverted–repeat transposable elements (MITEs) have been accumulated through amplification bursts and play important roles in gene expression and species diversity in Oryza sativa JO - Mol Biol Evol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr282 DO - 10.1093/molbev/msr282 ID - Lu2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. AU - Hu, Q. AU - Zhang, Y. AU - Lu, C. AU - Kuang, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - P-MITE: a database for plant miniature inverted-repeat transposable elements JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1000 DO - 10.1093/nar/gkt1000 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Bennetzen, J. L. AU - Coleman, C. AU - Liu, R. AU - Ma, J. AU - Ramakrishna, W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Consistent over-estimation of gene number in complex plant genomes JO - Curr Opin Plant Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2004.09.003 DO - 10.1016/j.pbi.2004.09.003 ID - Bennetzen2004 ER - TY - JOUR AU - Lerat, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identifying repeats and transposable elements in sequenced genomes: how to find your way through the dense forest of programs JO - Heredity VL - 104 UR - https://doi.org/10.1038/hdy.2009.165 DO - 10.1038/hdy.2009.165 ID - Lerat2009 ER - TY - JOUR AU - Choulet, F. AU - Wicker, T. AU - Rustenholz, C. AU - Paux, E. AU - Salse, J. AU - Leroy, P. AU - Schlub, S. AU - Le Paslier, M. -. C. AU - Magdelenat, G. AU - Gonthier, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Megabase level sequencing reveals contrasted organization and evolution patterns of the wheat gene and transposable element spaces JO - Plant Cell VL - 22 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.110.074187 DO - 10.1105/tpc.110.074187 ID - Choulet2010 ER - TY - JOUR AU - SanMiguel, P. J. AU - Ramakrishna, W. AU - Bennetzen, J. L. AU - Busso, C. S. AU - Dubcovsky, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transposable elements, genes and recombination in a 215-kb contig from wheat chromosome 5Am JO - Funct Integr Genomics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-002-0056-4 DO - 10.1007/s10142-002-0056-4 ID - SanMiguel2002 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Zhang, P. AU - Fellers, J. P. AU - Friebe, B. AU - Gill, B. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Sequence composition, organization, and evolution of the core Triticeae genome JO - Plant J VL - 40 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02228.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02228.x ID - Li2004 ER - TY - JOUR AU - Sabot, F. AU - Guyot, R. AU - Wicker, T. AU - Chantret, N. AU - Laubin, B. AU - Chalhoub, B. AU - Leroy, P. AU - Sourdille, P. AU - Bernard, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Updating of transposable element annotations from large wheat genomic sequences reveals diverse activities and gene associations JO - Mol Genet Genomics VL - 274 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-005-0012-9 DO - 10.1007/s00438-005-0012-9 ID - Sabot2005 ER - TY - JOUR AU - Paux, E. AU - Roger, D. AU - Badaeva, E. AU - Gay, G. AU - Bernard, M. AU - Sourdille, P. AU - Feuillet, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Characterizing the composition and evolution of homoeologous genomes in hexaploid wheat through BAC‐end sequencing on chromosome 3B JO - Plant J VL - 48 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02891.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2006.02891.x ID - Paux2006 ER - TY - JOUR AU - Charles, M. AU - Belcram, H. AU - Just, J. AU - Huneau, C. AU - Viollet, A. AU - Couloux, A. AU - Segurens, B. AU - Carter, M. AU - Huteau, V. AU - Coriton, O. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamics and differential proliferation of transposable elements during the evolution of the B and A genomes of wheat JO - Genetics VL - 180 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.108.092304 DO - 10.1534/genetics.108.092304 ID - Charles2008 ER - TY - STD TI - TREP, the Triticeae REPeat Sequence Database. [http://wheat.pw.usda.gov/ITMI/Repeats/] UR - http://wheat.pw.usda.gov/ITMI/Repeats/ ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Brenchley, R. AU - Spannagl, M. AU - Pfeifer, M. AU - Barker, G. L. AU - D’Amore, R. AU - Allen, A. M. AU - McKenzie, N. AU - Kramer, M. AU - Kerhornou, A. AU - Bolser, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Analysis of the bread wheat genome using whole-genome shotgun sequencing JO - Nature VL - 491 UR - https://doi.org/10.1038/nature11650 DO - 10.1038/nature11650 ID - Brenchley2012 ER - TY - JOUR AU - Ling, H. Q. AU - Zhao, S. AU - Liu, D. AU - Wang, J. AU - Sun, H. AU - Zhang, C. AU - Fan, H. AU - Li, D. AU - Dong, L. AU - Tao, Y. AU - Gao, C. AU - Wu, H. AU - Li, Y. AU - Cui, Y. AU - Guo, X. AU - Zheng, S. AU - Wang, B. AU - Yu, K. AU - Liang, Q. AU - Yang, W. AU - Lou, X. AU - Chen, J. AU - Feng, M. AU - Jian, J. AU - Zhang, X. AU - Luo, G. AU - Jiang, Y. AU - Liu, J. AU - Wang, Z. AU - Sha, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu JO - Nature VL - 496 UR - https://doi.org/10.1038/nature11997 DO - 10.1038/nature11997 ID - Ling2013 ER - TY - JOUR AU - Jia, J. AU - Zhao, S. AU - Kong, X. AU - Li, Y. AU - Zhao, G. AU - He, W. AU - Appels, R. AU - Pfeifer, M. AU - Tao, Y. AU - Zhang, X. AU - Jing, R. AU - Zhang, C. AU - Ma, Y. AU - Gao, L. AU - Gao, C. AU - Spannagl, M. AU - Mayer, K. F. AU - Li, D. AU - Pan, S. AU - Zheng, F. AU - Hu, Q. AU - Xia, X. AU - Li, J. AU - Liang, Q. AU - Chen, J. AU - Wicker, T. AU - Gou, C. AU - Kuang, H. AU - He, G. AU - Luo, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Aegilops tauschii draft genome sequence reveals a gene repertoire for wheat adaptation JO - Nature VL - 496 UR - https://doi.org/10.1038/nature12028 DO - 10.1038/nature12028 ID - Jia2013 ER - TY - STD TI - International Wheat Genome Sequencing Consortium. [http://www.wheatgenome.org/] UR - http://www.wheatgenome.org/ ID - ref41 ER - TY - JOUR AU - Choulet, F. AU - Alberti, A. AU - Theil, S. AU - Glover, N. AU - Barbe, V. AU - Daron, J. AU - Pingault, L. AU - Sourdille, P. AU - Couloux, A. AU - Paux, E. AU - Leroy, P. AU - Mangenot, S. AU - Guilhot, N. AU - Le Gouis, J. AU - Balfourier, F. AU - Alaux, M. AU - Jamilloux, V. AU - Poulain, J. AU - Durand, C. AU - Bellec, A. AU - Gaspin, C. AU - Safar, J. AU - Dolezel, J. AU - Rogers, J. AU - Vandepoele, K. AU - Aury, J. M. AU - Mayer, K. AU - Berges, H. AU - Quesneville, H. AU - Wincker, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Structural and functional partitioning of bread wheat chromosome 3B JO - Science VL - 345 UR - https://doi.org/10.1126/science.1249721 DO - 10.1126/science.1249721 ID - Choulet2014 ER - TY - STD TI - IWGSC: A chromosome-based draft sequence of the hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) genome. Science 2014, 345:1251788., ID - ref43 ER - TY - JOUR AU - El Baidouri, M. AU - Panaud, O. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparative genomic paleontology across plant kingdom reveals the dynamics of TE-driven genome evolution JO - Genome Biol Evol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evt025 DO - 10.1093/gbe/evt025 ID - El Baidouri2013 ER - TY - JOUR AU - Flutre, T. AU - Duprat, E. AU - Feuillet, C. AU - Quesneville, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016526 DO - 10.1371/journal.pone.0016526 ID - Flutre2011 ER - TY - JOUR AU - Vogel, J. P. AU - Garvin, D. F. AU - Mockler, T. C. AU - Schmutz, J. AU - Rokhsar, D. AU - Bevan, M. W. AU - Barry, K. AU - Lucas, S. AU - Harmon-Smith, M. AU - Lail, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08747 DO - 10.1038/nature08747 ID - Vogel2010 ER - TY - JOUR AU - Baucom, R. S. AU - Estill, J. C. AU - Chaparro, C. AU - Upshaw, N. AU - Jogi, A. AU - Deragon, J. -. M. AU - Westerman, R. P. AU - SanMiguel, P. J. AU - Bennetzen, J. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Exceptional diversity, non-random distribution, and rapid evolution of retroelements in the B73 maize genome JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000732 DO - 10.1371/journal.pgen.1000732 ID - Baucom2009 ER - TY - JOUR AU - Rustenholz, C. AU - Choulet, F. AU - Laugier, C. AU - Šafář, J. AU - Šimková, H. AU - Doležel, J. AU - Magni, F. AU - Scalabrin, S. AU - Cattonaro, F. AU - Vautrin, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - A 3,000-loci transcription map of chromosome 3B unravels the structural and functional features of gene islands in hexaploid wheat JO - Plant Physiol VL - 157 UR - https://doi.org/10.1104/pp.111.183921 DO - 10.1104/pp.111.183921 ID - Rustenholz2011 ER - TY - JOUR AU - Wicker, T. AU - Guyot, R. AU - Yahiaoui, N. AU - Keller, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - CACTA transposons in Triticeae. A diverse family of high-copy repetitive elements JO - Plant Physiol VL - 132 UR - https://doi.org/10.1104/pp.102.015743 DO - 10.1104/pp.102.015743 ID - Wicker2003 ER - TY - JOUR AU - Liu, R. AU - Vitte, C. AU - Ma, J. AU - Mahama, A. A. AU - Dhliwayo, T. AU - Lee, M. AU - Bennetzen, J. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - A GeneTrek analysis of the maize genome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0704258104 DO - 10.1073/pnas.0704258104 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Rees, H. AU - Walters, M. PY - 1965 DA - 1965// TI - Nuclear DNA and the evolution of wheat JO - Heredity VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/hdy.1965.9 DO - 10.1038/hdy.1965.9 ID - Rees1965 ER - TY - JOUR AU - Kashkush, K. AU - Feldman, M. AU - Levy, A. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transcriptional activation of retrotransposons alters the expression of adjacent genes in wheat JO - Nat Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1063 DO - 10.1038/ng1063 ID - Kashkush2002 ER - TY - JOUR AU - Parisod, C. AU - Alix, K. AU - Just, J. AU - Petit, M. AU - Sarilar, V. AU - Mhiri, C. AU - Ainouche, M. AU - Chalhoub, B. AU - Grandbastien, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Impact of transposable elements on the organization and function of allopolyploid genomes JO - New Phytol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2009.03096.x DO - 10.1111/j.1469-8137.2009.03096.x ID - Parisod2010 ER - TY - JOUR AU - Wright, S. I. AU - Agrawal, N. AU - Bureau, T. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Effects of recombination rate and gene density on transposable element distributions in Arabidopsis thaliana JO - Genome Res VL - 13 ID - Wright2003 ER - TY - JOUR AU - Yang, G. AU - Lee, Y. H. AU - Jiang, Y. AU - Shi, X. AU - Kertbundit, S. AU - Hall, T. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - A two-edged role for the transposable element Kiddo in the rice ubiquitin2 promoter JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.030528 DO - 10.1105/tpc.104.030528 ID - Yang2005 ER - TY - JOUR AU - Han, Y. AU - Qin, S. AU - Wessler, S. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparison of class 2 transposable elements at superfamily resolution reveals conserved and distinct features in cereal grass genomes JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-71 DO - 10.1186/1471-2164-14-71 ID - Han2013 ER - TY - JOUR AU - Kuang, H. AU - Padmanabhan, C. AU - Li, F. AU - Kamei, A. AU - Bhaskar, P. B. AU - Ouyang, S. AU - Jiang, J. AU - Buell, C. R. AU - Baker, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identification of miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) and biogenesis of their siRNAs in the Solanaceae: new functional implications for MITEs JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.078196.108 DO - 10.1101/gr.078196.108 ID - Kuang2009 ER - TY - JOUR AU - Consortium, I. B. G. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome JO - Nature VL - 491 ID - Consortium2012 ER - TY - JOUR AU - Batzer, M. A. AU - Deininger, P. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Alu repeats and human genomic diversity JO - Nat Rev Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrg798 DO - 10.1038/nrg798 ID - Batzer2002 ER - TY - JOUR AU - Hawkins, J. S. AU - Kim, H. AU - Nason, J. D. AU - Wing, R. A. AU - Wendel, J. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Differential lineage-specific amplification of transposable elements is responsible for genome size variation in Gossypium JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5282906 DO - 10.1101/gr.5282906 ID - Hawkins2006 ER - TY - JOUR AU - Piegu, B. AU - Guyot, R. AU - Picault, N. AU - Roulin, A. AU - Saniyal, A. AU - Kim, H. AU - Collura, K. AU - Brar, D. S. AU - Jackson, S. AU - Wing, R. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Doubling genome size without polyploidization: dynamics of retrotransposition-driven genomic expansions in Oryza australiensis, a wild relative of rice JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5290206 DO - 10.1101/gr.5290206 ID - Piegu2006 ER - TY - JOUR AU - Vitte, C. AU - Panaud, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - LTR retrotransposons and flowering plant genome size: emergence of the increase/decrease model JO - Cytogenet Genome Res VL - 110 UR - https://doi.org/10.1159/000084941 DO - 10.1159/000084941 ID - Vitte2005 ER - TY - JOUR AU - Hawkins, J. S. AU - Proulx, S. R. AU - Rapp, R. A. AU - Wendel, J. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Rapid DNA loss as a counterbalance to genome expansion through retrotransposon proliferation in plants JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0904339106 DO - 10.1073/pnas.0904339106 ID - Hawkins2009 ER - TY - JOUR AU - Zabala, G. AU - Vodkin, L. O. PY - 2005 DA - 2005// TI - The wp mutation of Glycine max carries a gene-fragment-rich transposon of the CACTA superfamily JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.033506 DO - 10.1105/tpc.105.033506 ID - Zabala2005 ER - TY - JOUR AU - Takahashi, S. AU - Inagaki, Y. AU - Satoh, H. AU - Hoshino, A. AU - Iida, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Capture of a genomic HMG domain sequence by the En/Spm-related transposable element Tpn1 in the Japanese morning glory JO - Mol Gen Genet VL - 261 UR - https://doi.org/10.1007/s004380050987 DO - 10.1007/s004380050987 ID - Takahashi1999 ER - TY - JOUR AU - Wicker, T. AU - Buchmann, J. P. AU - Keller, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Patching gaps in plant genomes results in gene movement and erosion of colinearity JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107284.110 DO - 10.1101/gr.107284.110 ID - Wicker2010 ER - TY - JOUR AU - Jiang, N. AU - Bao, Z. AU - Zhang, X. AU - Eddy, S. R. AU - Wessler, S. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Pack-MULE transposable elements mediate gene evolution in plants JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02953 DO - 10.1038/nature02953 ID - Jiang2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Enright, A. J. AU - Van Dongen, S. AU - Ouzounis, C. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - An efficient algorithm for large-scale detection of protein families JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.7.1575 DO - 10.1093/nar/30.7.1575 ID - Enright2002 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Kuma, K. -. i. AU - Toh, H. AU - Miyata, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki198 DO - 10.1093/nar/gki198 ID - Katoh2005 ER - TY - JOUR AU - Waterhouse, A. M. AU - Procter, J. B. AU - Martin, D. M. AU - Clamp, M. AU - Barton, G. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Jalview Version 2–a multiple sequence alignment editor and analysis workbench JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033 DO - 10.1093/bioinformatics/btp033 ID - Waterhouse2009 ER - TY - STD TI - Smit AFA, Hubley R, Green P: RepeatMasker Open-3.0. [http://www.repeatmasker.org/] UR - http://www.repeatmasker.org/ ID - ref72 ER - TY - JOUR AU - Stajich, J. E. AU - Block, D. AU - Boulez, K. AU - Brenner, S. E. AU - Chervitz, S. A. AU - Dagdigian, C. AU - Fuellen, G. AU - Gilbert, J. G. AU - Korf, I. AU - Lapp, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.361602 DO - 10.1101/gr.361602 ID - Stajich2002 ER - TY - STD TI - Daron J: CLARI-TE. [https://github.com/jdaron/CLARI-TE] UR - https://github.com/jdaron/CLARI-TE ID - ref74 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - SanMiguel, P. AU - Gaut, B. S. AU - Tikhonov, A. AU - Nakajima, Y. AU - Bennetzen, J. L. PY - 1998 DA - 1998// TI - The paleontology of intergene retrotransposons of maize JO - Nat Genet VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/1695 DO - 10.1038/1695 ID - SanMiguel1998 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - STD TI - Rambaut A: FigTree-v1.4.2. [http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/] UR - http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ ID - ref78 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, R. AU - Shimodaira, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Pvclust: an R package for assessing the uncertainty in hierarchical clustering JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl117 DO - 10.1093/bioinformatics/btl117 ID - Suzuki2006 ER -