TY - JOUR AU - Wyatt, A. W. AU - Mo, F. AU - Wang, Y. AU - Collins, C. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - The diverse heterogeneity of molecular alterations in prostate cancer identified through next-generation sequencing JO - Asian J Androl VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/aja.2013.13 DO - 10.1038/aja.2013.13 ID - Wyatt2013 ER - TY - JOUR AU - Spans, L. AU - Clinckemalie, L. AU - Helsen, C. AU - Vanderschueren, D. AU - Boonen, S. AU - Lerut, E. AU - Joniau, S. AU - Claessens, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - The genomic landscape of prostate cancer JO - Int J Mol Sci VL - 14 UR - https://doi.org/10.3390/ijms140610822 DO - 10.3390/ijms140610822 ID - Spans2013 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Laxman, B. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Helgeson, B. E. AU - Cao, X. AU - Morris, D. S. AU - Menon, A. AU - Jing, X. AU - Cao, Q. AU - Han, B. AU - Yu, J. AU - Wang, L. AU - Montie, J. E. AU - Rubin, M. A. AU - Pienta, K. J. AU - Roulston, D. AU - Shah, R. B. AU - Varambally, S. AU - Mehra, R. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distinct classes of chromosomal rearrangements create oncogenic ETS gene fusions in prostate cancer JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06024 DO - 10.1038/nature06024 ID - Tomlins2007 ER - TY - JOUR AU - Barbieri, C. E. AU - Baca, S. C. AU - Lawrence, M. S. AU - Demichelis, F. AU - Blattner, M. AU - Theurillat, J. P. AU - White, T. A. AU - Stojanov, P. AU - Van Allen, E. AU - Stransky, N. AU - Nickerson, E. AU - Chae, S. S. AU - Boysen, G. AU - Auclair, D. AU - Onofrio, R. C. AU - Park, K. AU - Kitabayashi, N. AU - MacDonald, T. Y. AU - Sheikh, K. AU - Vuong, T. AU - Guiducci, C. AU - Cibulskis, K. AU - Sivachenko, A. AU - Carter, S. L. AU - Saksena, G. AU - Voet, D. AU - Hussain, W. M. AU - Ramos, A. H. AU - Winckler, W. AU - Redman, M. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Exome sequencing identifies recurrent SPOP, FOXA1 and MED12 mutations in prostate cancer JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2279 DO - 10.1038/ng.2279 ID - Barbieri2012 ER - TY - JOUR AU - Grasso, C. S. AU - Wu, Y. M. AU - Robinson, D. R. AU - Cao, X. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Khan, A. P. AU - Quist, M. J. AU - Jing, X. AU - Lonigro, R. J. AU - Brenner, J. C. AU - Asangani, I. A. AU - Ateeq, B. AU - Chun, S. Y. AU - Siddiqui, J. AU - Sam, L. AU - Anstett, M. AU - Mehra, R. AU - Prensner, J. R. AU - Palanisamy, N. AU - Ryslik, G. A. AU - Vandin, F. AU - Raphael, B. J. AU - Kunju, L. P. AU - Rhodes, D. R. AU - Pienta, K. J. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Tomlins, S. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - The mutational landscape of lethal castration-resistant prostate cancer JO - Nature VL - 487 UR - https://doi.org/10.1038/nature11125 DO - 10.1038/nature11125 ID - Grasso2012 ER - TY - JOUR AU - Baca, S. C. AU - Prandi, D. AU - Lawrence, M. S. AU - Mosquera, J. M. AU - Romanel, A. AU - Drier, Y. AU - Park, K. AU - Kitabayashi, N. AU - MacDonald, T. Y. AU - Ghandi, M. AU - Van Allen, E. AU - Kryukov, G. V. AU - Sboner, A. AU - Theurillat, J. P. AU - Soong, T. D. AU - Nickerson, E. AU - Auclair, D. AU - Tewari, A. AU - Beltran, H. AU - Onofrio, R. C. AU - Boysen, G. AU - Guiducci, C. AU - Barbieri, C. E. AU - Cibulskis, K. AU - Sivachenko, A. AU - Carter, S. L. AU - Saksena, G. AU - Voet, D. AU - Ramos, A. H. AU - Winckler, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Punctuated evolution of prostate cancer genomes JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.03.021 DO - 10.1016/j.cell.2013.03.021 ID - Baca2013 ER - TY - JOUR AU - Meng, M. V. AU - Elkin, E. P. AU - Latini, D. M. AU - Duchane, J. AU - Carroll, P. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Treatment of patients with high risk localized prostate cancer: results from cancer of the prostate strategic urological research endeavor (CaPSURE) JO - J Urol VL - 173 UR - https://doi.org/10.1097/01.ju.0000154610.81916.81 DO - 10.1097/01.ju.0000154610.81916.81 ID - Meng2005 ER - TY - JOUR AU - Taylor, B. S. AU - Schultz, N. AU - Hieronymus, H. AU - Gopalan, A. AU - Xiao, Y. AU - Carver, B. S. AU - Arora, V. K. AU - Kaushik, P. AU - Cerami, E. AU - Reva, B. AU - Antipin, Y. AU - Mitsiades, N. AU - Landers, T. AU - Dolgalev, I. AU - Major, J. E. AU - Wilson, M. AU - Socci, N. D. AU - Lash, A. E. AU - Heguy, A. AU - Eastham, J. A. AU - Scher, H. I. AU - Reuter, V. E. AU - Scardino, P. T. AU - Sander, C. AU - Sawyers, C. L. AU - Gerald, W. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrative genomic profiling of human prostate cancer JO - Cancer Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2010.05.026 DO - 10.1016/j.ccr.2010.05.026 ID - Taylor2010 ER - TY - JOUR AU - Attard, G. AU - Cooper, C. S. AU - de Bono, J. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Steroid hormone receptors in prostate cancer: a hard habit to break? JO - Cancer Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2009.11.006 DO - 10.1016/j.ccr.2009.11.006 ID - Attard2009 ER - TY - JOUR AU - Sorrentino, C. AU - Musiani, P. AU - Pompa, P. AU - Cipollone, G. AU - Di Carlo, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Androgen deprivation boosts prostatic infiltration of cytotoxic and regulatory T lymphocytes and has no effect on disease-free survival in prostate cancer patients JO - Clin Cancer Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-10-2804 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-10-2804 ID - Sorrentino2011 ER - TY - JOUR AU - Tang, S. AU - Moore, M. L. AU - Grayson, J. M. AU - Dubey, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Increased CD8+ T-cell function following castration and immunization is countered by parallel expansion of regulatory T cells JO - Cancer Res VL - 72 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-11-2499 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-11-2499 ID - Tang2012 ER - TY - JOUR AU - Beltran, H. AU - Tagawa, S. T. AU - Park, K. AU - MacDonald, T. AU - Milowsky, M. I. AU - Mosquera, J. M. AU - Rubin, M. A. AU - Nanus, D. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Challenges in recognizing treatment-related neuroendocrine prostate cancer JO - J Clin Oncol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2011.41.5166 DO - 10.1200/JCO.2011.41.5166 ID - Beltran2012 ER - TY - JOUR AU - Lin, D. AU - Wyatt, A. W. AU - Xue, H. AU - Wang, Y. AU - Dong, X. AU - Haegert, A. AU - Wu, R. AU - Brahmbhatt, S. AU - Mo, F. AU - Jong, L. AU - Bell, R. H. AU - Anderson, S. AU - Hurtado-Cull, A. AU - Fazli, L. AU - Sharma, M. AU - Beltran, H. AU - Rubin, M. A. AU - Cox, M. E. AU - Gout, P. W. AU - Morris, J. AU - Goldenberg, L. AU - Volik, S. V. AU - Gleave, M. E. AU - Collins, C. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - High fidelity patient-derived xenografts for accelerating prostate cancer discovery and drug development JO - Cancer Res VL - 74 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-13-2921-T DO - 10.1158/0008-5472.CAN-13-2921-T ID - Lin2014 ER - TY - JOUR AU - Williamson, S. R. AU - Zhang, S. AU - Yao, J. L. AU - Huang, J. AU - Lopez-Beltran, A. AU - Shen, S. AU - Osunkoya, A. O. AU - MacLennan, G. T. AU - Montironi, R. AU - Cheng, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - ERG-TMPRSS2 rearrangement is shared by concurrent prostatic adenocarcinoma and prostatic small cell carcinoma and absent in small cell carcinoma of the urinary bladder: evidence supporting monoclonal origin JO - Mod Pathol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.2011.56 DO - 10.1038/modpathol.2011.56 ID - Williamson2011 ER - TY - JOUR AU - Lotan, T. L. AU - Gupta, N. S. AU - Wang, W. AU - Toubaji, A. AU - Haffner, M. C. AU - Chaux, A. AU - Hicks, J. L. AU - Meeker, A. K. AU - Bieberich, C. J. AU - De Marzo, A. M. AU - Epstein, J. I. AU - Netto, G. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - ERG gene rearrangements are common in prostatic small cell carcinomas JO - Mod Pathol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.2011.7 DO - 10.1038/modpathol.2011.7 ID - Lotan2011 ER - TY - JOUR AU - Guo, C. C. AU - Dancer, J. Y. AU - Wang, Y. AU - Aparicio, A. AU - Navone, N. M. AU - Troncoso, P. AU - Czerniak, B. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - TMPRSS2-ERG gene fusion in small cell carcinoma of the prostate JO - Hum Pathol VL - 42 UR - https://doi.org/10.1016/j.humpath.2010.05.026 DO - 10.1016/j.humpath.2010.05.026 ID - Guo2011 ER - TY - JOUR AU - Beltran, H. AU - Rickman, D. S. AU - Park, K. AU - Chae, S. S. AU - Sboner, A. AU - MacDonald, T. Y. AU - Wang, Y. AU - Sheikh, K. L. AU - Terry, S. AU - Tagawa, S. T. AU - Dhir, R. AU - Nelson, J. B. AU - de la Taille, A. AU - Allory, Y. AU - Gerstein, M. B. AU - Perner, S. AU - Pienta, K. J. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Wang, Y. AU - Collins, C. C. AU - Gleave, M. E. AU - Demichelis, F. AU - Nanus, D. M. AU - Rubin, M. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular characterization of neuroendocrine prostate cancer and identification of new drug targets JO - Cancer Discovery VL - 1 UR - https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-11-0130 DO - 10.1158/2159-8290.CD-11-0130 ID - Beltran2011 ER - TY - JOUR AU - Wissing, M. D. AU - Mendonca, J. AU - Kortenhorst, M. S. AU - Kaelber, N. S. AU - Gonzalez, M. AU - Kim, E. AU - Hammers, H. AU - van Diest, P. J. AU - Carducci, M. A. AU - Kachhap, S. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Targeting prostate cancer cell lines with polo-like kinase 1 inhibitors as a single agent and in combination with histone deacetylase inhibitors JO - FASEB J VL - 27 UR - https://doi.org/10.1096/fj.12-222893 DO - 10.1096/fj.12-222893 ID - Wissing2013 ER - TY - JOUR AU - Chiu, Y. T. AU - Han, H. Y. AU - Leung, S. C. AU - Yuen, H. F. AU - Chau, C. W. AU - Guo, Z. AU - Qiu, Y. AU - Chan, K. W. AU - Wang, X. AU - Wong, Y. C. AU - Ling, M. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - CDC25A functions as a novel Ar corepressor in prostate cancer cells JO - J Mol Biol VL - 385 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.10.070 DO - 10.1016/j.jmb.2008.10.070 ID - Chiu2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, S. AU - Xu, Y. AU - Yuan, X. AU - Bubley, G. J. AU - Balk, S. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Androgen receptor phosphorylation and stabilization in prostate cancer by cyclin-dependent kinase 1 JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0604193103 DO - 10.1073/pnas.0604193103 ID - Chen2006 ER - TY - JOUR AU - Hsieh, A. C. AU - Liu, Y. AU - Edlind, M. P. AU - Ingolia, N. T. AU - Janes, M. R. AU - Sher, A. AU - Shi, E. Y. AU - Stumpf, C. R. AU - Christensen, C. AU - Bonham, M. J. AU - Wang, S. AU - Ren, P. AU - Martin, M. AU - Jessen, K. AU - Feldman, M. E. AU - Weissman, J. S. AU - Shokat, K. M. AU - Rommel, C. AU - Ruggero, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - The translational landscape of mTOR signalling steers cancer initiation and metastasis JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature10912 DO - 10.1038/nature10912 ID - Hsieh2012 ER - TY - JOUR AU - Ruggero, D. AU - Pandolfi, P. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Does the ribosome translate cancer? JO - Nat Rev Cancer VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrc1015 DO - 10.1038/nrc1015 ID - Ruggero2003 ER - TY - JOUR AU - Pelicano, H. AU - Xu, R. H. AU - Du, M. AU - Feng, L. AU - Sasaki, R. AU - Carew, J. S. AU - Hu, Y. AU - Ramdas, L. AU - Hu, L. AU - Keating, M. J. AU - Zhang, W. AU - Plunkett, W. AU - Huang, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mitochondrial respiration defects in cancer cells cause activation of Akt survival pathway through a redox-mediated mechanism JO - J Cell Biol VL - 175 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200512100 DO - 10.1083/jcb.200512100 ID - Pelicano2006 ER - TY - JOUR AU - Rubin, M. A. AU - Maher, C. A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Common gene rearrangements in prostate cancer JO - J Clin Oncol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2011.35.1916 DO - 10.1200/JCO.2011.35.1916 ID - Rubin2011 ER - TY - JOUR AU - McPherson, A. AU - Hormozdiari, F. AU - Zayed, A. AU - Giuliany, R. AU - Ha, G. AU - Sun, M. G. AU - Griffith, M. AU - Heravi Moussavi, A. AU - Senz, J. AU - Melnyk, N. AU - Pacheco, M. AU - Marra, M. A. AU - Hirst, M. AU - Nielsen, T. O. AU - Sahinalp, S. C. AU - Huntsman, D. AU - Shah, S. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - DeFuse: an algorithm for gene fusion discovery in tumor RNA-Seq data JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001138 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001138 ID - McPherson2011 ER - TY - JOUR AU - Krohn, A. AU - Seidel, A. AU - Burkhardt, L. AU - Bachmann, F. AU - Mader, M. AU - Grupp, K. AU - Eichenauer, T. AU - Becker, A. AU - Adam, M. AU - Graefen, M. AU - Huland, H. AU - Kurtz, S. AU - Steurer, S. AU - Tsourlakis, M. C. AU - Minner, S. AU - Michl, U. AU - Schlomm, T. AU - Sauter, G. AU - Simon, R. AU - Sirma, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Recurrent deletion of 3p13 targets multiple tumour suppressor genes and defines a distinct subgroup of aggressive ERG fusion-positive prostate cancers JO - J Pathol VL - 231 UR - https://doi.org/10.1002/path.4223 DO - 10.1002/path.4223 ID - Krohn2013 ER - TY - JOUR AU - Osborne, M. J. AU - Volpon, L. AU - Kornblatt, J. A. AU - Culjkovic-Kraljacic, B. AU - Baguet, A. AU - Borden, K. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - eIF4E3 acts as a tumor suppressor by utilizing an atypical mode of methyl-7-guanosine cap recognition JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1216862110 DO - 10.1073/pnas.1216862110 ID - Osborne2013 ER - TY - JOUR AU - Feng, S. AU - Dakhova, O. AU - Creighton, C. J. AU - Ittmann, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Endocrine fibroblast growth factor FGF19 promotes prostate cancer progression JO - Cancer Res VL - 73 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-12-4108 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-12-4108 ID - Feng2013 ER - TY - JOUR AU - Bookout, A. L. AU - de Groot, M. H. AU - Owen, B. M. AU - Lee, S. AU - Gautron, L. AU - Lawrence, H. L. AU - Ding, X. AU - Elmquist, J. K. AU - Takahashi, J. S. AU - Mangelsdorf, D. J. AU - Kliewer, S. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - FGF21 regulates metabolism and circadian behavior by acting on the nervous system JO - Nat Med VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3249 DO - 10.1038/nm.3249 ID - Bookout2013 ER - TY - JOUR AU - Darby, S. AU - Cross, S. S. AU - Brown, N. J. AU - Hamdy, F. C. AU - Robson, C. N. PY - 2008 DA - 2008// TI - BMP-6 over-expression in prostate cancer is associated with increased Id-1 protein and a more invasive phenotype JO - J Pathol VL - 214 UR - https://doi.org/10.1002/path.2292 DO - 10.1002/path.2292 ID - Darby2008 ER - TY - JOUR AU - Nakayama, K. I. AU - Nakayama, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Ubiquitin ligases: cell-cycle control and cancer JO - Nat Rev Cancer VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrc1881 DO - 10.1038/nrc1881 ID - Nakayama2006 ER - TY - JOUR AU - Sun, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - E3 ubiquitin ligases as cancer targets and biomarkers JO - Neoplasia VL - 8 UR - https://doi.org/10.1593/neo.06376 DO - 10.1593/neo.06376 ID - Sun2006 ER - TY - JOUR AU - Stephens, P. J. AU - Greenman, C. D. AU - Fu, B. AU - Yang, F. AU - Bignell, G. R. AU - Mudie, L. J. AU - Pleasance, E. D. AU - Lau, K. W. AU - Beare, D. AU - Stebbings, L. A. AU - McLaren, S. AU - Lin, M. L. AU - McBride, D. J. AU - Varela, I. AU - Nik-Zainal, S. AU - Leroy, C. AU - Jia, M. AU - Menzies, A. AU - Butler, A. P. AU - Teague, J. W. AU - Quail, M. A. AU - Burton, J. AU - Swerdlow, H. AU - Carter, N. P. AU - Morsberger, L. A. AU - Iacobuzio-Donahue, C. AU - Follows, G. A. AU - Green, A. R. AU - Flanagan, A. M. AU - Stratton, M. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Massive genomic rearrangement acquired in a single catastrophic event during cancer development JO - Cell VL - 144 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.11.055 DO - 10.1016/j.cell.2010.11.055 ID - Stephens2011 ER - TY - JOUR AU - McBride, D. J. AU - Etemadmoghadam, D. AU - Cooke, S. L. AU - Alsop, K. AU - George, J. AU - Butler, A. AU - Cho, J. AU - Galappaththige, D. AU - Greenman, C. AU - Howarth, K. D. AU - Lau, K. W. AU - Ng, C. K. AU - Raine, K. AU - Teague, J. AU - Wedge, D. C. AU - Caubit, X. AU - Stratton, M. R. AU - Brenton, J. D. AU - Campbell, P. J. AU - Futreal, P. A. AU - Bowtell, D. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Tandem duplication of chromosomal segments is common in ovarian and breast cancer genomes JO - J Pathol VL - 227 UR - https://doi.org/10.1002/path.4042 DO - 10.1002/path.4042 ID - McBride2012 ER - TY - JOUR AU - Ng, C. K. AU - Cooke, S. L. AU - Howe, K. AU - Newman, S. AU - Xian, J. AU - Temple, J. AU - Batty, E. M. AU - Pole, J. C. AU - Langdon, S. P. AU - Edwards, P. A. AU - Brenton, J. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - The role of tandem duplicator phenotype in tumour evolution in high-grade serous ovarian cancer JO - J Pathol VL - 226 UR - https://doi.org/10.1002/path.3980 DO - 10.1002/path.3980 ID - Ng2012 ER - TY - JOUR AU - Goel, H. L. AU - Chang, C. AU - Pursell, B. AU - Leav, I. AU - Lyle, S. AU - Xi, H. S. AU - Hsieh, C. C. AU - Adisetiyo, H. AU - Roy-Burman, P. AU - Coleman, I. M. AU - Nelson, P. S. AU - Vessella, R. L. AU - Davis, R. J. AU - Plymate, S. R. AU - Mercurio, A. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - VEGF/neuropilin-2 regulation of Bmi-1 and consequent repression of IGF-IR define a novel mechanism of aggressive prostate cancer JO - Cancer Discovery VL - 2 UR - https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-12-0085 DO - 10.1158/2159-8290.CD-12-0085 ID - Goel2012 ER - TY - JOUR AU - Wade, M. AU - Li, Y. C. AU - Wahl, G. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - MDM2, MDMX and p53 in oncogenesis and cancer therapy JO - Nat Rev Cancer VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrc3430 DO - 10.1038/nrc3430 ID - Wade2013 ER - TY - JOUR AU - Stephens, P. J. AU - McBride, D. J. AU - Lin, M. L. AU - Varela, I. AU - Pleasance, E. D. AU - Simpson, J. T. AU - Stebbings, L. A. AU - Leroy, C. AU - Edkins, S. AU - Mudie, L. J. AU - Greenman, C. D. AU - Jia, M. AU - Latimer, C. AU - Teague, J. W. AU - Lau, K. W. AU - Burton, J. AU - Quail, M. A. AU - Swerdlow, H. AU - Churcher, C. AU - Natrajan, R. AU - Sieuwerts, A. M. AU - Martens, J. W. AU - Silver, D. P. AU - Langerod, A. AU - Russnes, H. E. AU - Foekens, J. A. AU - Reis-Filho, J. S. AU - Vant Veer, L. AU - Richardson, A. L. AU - Borresen-Dale, A. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Complex landscapes of somatic rearrangement in human breast cancer genomes JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08645 DO - 10.1038/nature08645 ID - Stephens2009 ER - TY - JOUR AU - Pflueger, D. AU - Terry, S. AU - Sboner, A. AU - Habegger, L. AU - Esgueva, R. AU - Lin, P. C. AU - Svensson, M. A. AU - Kitabayashi, N. AU - Moss, B. J. AU - MacDonald, T. Y. AU - Cao, X. AU - Barrette, T. AU - Tewari, A. K. AU - Chee, M. S. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Rickman, D. S. AU - Demichelis, F. AU - Gerstein, M. B. AU - Rubin, M. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Discovery of non-ETS gene fusions in human prostate cancer using next-generation RNA sequencing JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.110684.110 DO - 10.1101/gr.110684.110 ID - Pflueger2011 ER - TY - JOUR AU - Weischenfeldt, J. AU - Simon, R. AU - Feuerbach, L. AU - Schlangen, K. AU - Weichenhan, D. AU - Minner, S. AU - Wuttig, D. AU - Warnatz, H. J. AU - Stehr, H. AU - Rausch, T. AU - Jager, N. AU - Gu, L. AU - Bogatyrova, O. AU - Stutz, A. M. AU - Claus, R. AU - Eils, J. AU - Eils, R. AU - Gerhauser, C. AU - Huang, P. H. AU - Hutter, B. AU - Kabbe, R. AU - Lawerenz, C. AU - Radomski, S. AU - Bartholomae, C. C. AU - Falth, M. AU - Gade, S. AU - Schmidt, M. AU - Amschler, N. AU - Hass, T. AU - Galal, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrative genomic analyses reveal an androgen-driven somatic alteration landscape in early-onset prostate cancer JO - Cancer Cell VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2013.01.002 DO - 10.1016/j.ccr.2013.01.002 ID - Weischenfeldt2013 ER - TY - JOUR AU - Palanisamy, N. AU - Ateeq, B. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Pflueger, D. AU - Ramnarayanan, K. AU - Shankar, S. AU - Han, B. AU - Cao, Q. AU - Cao, X. AU - Suleman, K. AU - Kumar-Sinha, C. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Chen, Y. B. AU - Esgueva, R. AU - Banerjee, S. AU - LaFargue, C. J. AU - Siddiqui, J. AU - Demichelis, F. AU - Moeller, P. AU - Bismar, T. A. AU - Kuefer, R. AU - Fullen, D. R. AU - Johnson, T. M. AU - Greenson, J. K. AU - Giordano, T. J. AU - Tan, P. AU - Tomlins, S. A. AU - Varambally, S. AU - Rubin, M. A. AU - Maher, C. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Rearrangements of the RAF kinase pathway in prostate cancer, gastric cancer and melanoma JO - Nat Med VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nm.2166 DO - 10.1038/nm.2166 ID - Palanisamy2010 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Rhodes, D. R. AU - Yu, J. AU - Varambally, S. AU - Mehra, R. AU - Perner, S. AU - Demichelis, F. AU - Helgeson, B. E. AU - Laxman, B. AU - Morris, D. S. AU - Cao, Q. AU - Cao, X. AU - Andren, O. AU - Fall, K. AU - Johnson, L. AU - Wei, J. T. AU - Shah, R. B. AU - Al-Ahmadie, H. AU - Eastham, J. A. AU - Eggener, S. E. AU - Fine, S. W. AU - Hotakainen, K. AU - Stenman, U. H. AU - Tsodikov, A. AU - Gerald, W. L. AU - Lilja, H. AU - Reuter, V. E. AU - Kantoff, P. W. AU - Scardino, P. T. AU - Rubin, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The role of SPINK1 in ETS rearrangement-negative prostate cancers JO - Cancer Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2008.04.016 DO - 10.1016/j.ccr.2008.04.016 ID - Tomlins2008 ER - TY - JOUR AU - Matsumoto, H. AU - Yamamoto, Y. AU - Shiota, M. AU - Kuruma, H. AU - Beraldi, E. AU - Matsuyama, H. AU - Zoubeidi, A. AU - Gleave, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cotargeting androgen receptor and clusterin delays castrate-resistant prostate cancer progression by inhibiting adaptive stress response and AR stability JO - Cancer Res VL - 73 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-13-0359 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-13-0359 ID - Matsumoto2013 ER - TY - JOUR AU - Lapuk, A. V. AU - Wu, C. AU - Wyatt, A. W. AU - McPherson, A. AU - McConeghy, B. J. AU - Brahmbhatt, S. AU - Mo, F. AU - Zoubeidi, A. AU - Anderson, S. AU - Bell, R. H. AU - Haegert, A. AU - Shukin, R. AU - Wang, Y. AU - Fazli, L. AU - Hurtado-Coll, A. AU - Jones, E. C. AU - Hach, F. AU - Hormozdiari, F. AU - Hajiresouliha, I. AU - Boutros, P. C. AU - Bristow, R. G. AU - Zhao, Y. AU - Marra, M. A. AU - Fanjul, A. AU - Maher, C. A. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Rubin, M. A. AU - Beltran, H. AU - Sahinalp, S. C. AU - Gleave, M. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - From sequence to molecular pathology, and a mechanism driving the neuroendocrine phenotype in prostate cancer JO - J Pathol VL - 227 UR - https://doi.org/10.1002/path.4047 DO - 10.1002/path.4047 ID - Lapuk2012 ER - TY - JOUR AU - Wu, C. AU - Wyatt, A. W. AU - Lapuk, A. V. AU - McPherson, A. AU - McConeghy, B. J. AU - Bell, R. H. AU - Anderson, S. AU - Haegert, A. AU - Brahmbhatt, S. AU - Shukin, R. AU - Mo, F. AU - Li, E. AU - Fazli, L. AU - Hurtado-Coll, A. AU - Jones, E. C. AU - Butterfield, Y. S. AU - Hach, F. AU - Hormozdiari, F. AU - Hajirasouliha, I. AU - Boutros, P. C. AU - Bristow, R. G. AU - Jones, S. J. AU - Hirst, M. AU - Marra, M. A. AU - Maher, C. A. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Sahinalp, S. C. AU - Gleave, M. E. AU - Volik, S. V. AU - Collins, C. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Integrated genome and transcriptome sequencing identifies a novel form of hybrid and aggressive prostate cancer JO - J Pathol VL - 227 UR - https://doi.org/10.1002/path.3987 DO - 10.1002/path.3987 ID - Wu2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698 DO - 10.1093/bioinformatics/btp698 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - JOUR AU - Barnett, D. W. AU - Garrison, E. K. AU - Quinlan, A. R. AU - Str Mberg, M. P. AU - Marth, G. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - BamTools: a C++ API and toolkit for analyzing and managing BAM files JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr174 DO - 10.1093/bioinformatics/btr174 ID - Barnett2011 ER - TY - STD TI - Picard. [], [http://picard.sourceforge.net] UR - http://picard.sourceforge.net ID - ref49 ER - TY - JOUR AU - DePristo, M. A. AU - Banks, E. AU - Poplin, R. AU - Garimella, K. V. AU - Maguire, J. R. AU - Hartl, C. AU - Philippakis, A. A. AU - Del Angel, G. AU - Rivas, M. A. AU - Hanna, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.806 DO - 10.1038/ng.806 ID - DePristo2011 ER - TY - JOUR AU - McKenna, A. AU - Hanna, M. AU - Banks, E. AU - Sivachenko, A. AU - Cibulskis, K. AU - Kernytsky, A. AU - Garimella, K. AU - Altshuler, D. AU - Gabriel, S. AU - Daly, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107524.110 DO - 10.1101/gr.107524.110 ID - McKenna2010 ER - TY - JOUR AU - Li, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Improving SNP discovery by base alignment quality JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr076 DO - 10.1093/bioinformatics/btr076 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, K. AU - Li, M. AU - Hakonarson, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq603 DO - 10.1093/nar/gkq603 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - González-Pérez, A. AU - López-Bigas, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Improving the assessment of the outcome of nonsynonymous SNVs with a consensus deleteriousness score, Condel JO - Am J Hum Genet VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2011.03.004 DO - 10.1016/j.ajhg.2011.03.004 ID - González-Pérez2011 ER - TY - JOUR AU - Futreal, P. A. AU - Coin, L. AU - Marshall, M. AU - Down, T. AU - Hubbard, T. AU - Wooster, R. AU - Rahman, N. AU - Stratton, M. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A census of human cancer genes JO - Nat Rev Cancer VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrc1299 DO - 10.1038/nrc1299 ID - Futreal2004 ER - TY - JOUR AU - Vogelstein, B. AU - Papadopoulos, N. AU - Velculescu, V. E. AU - Zhou, S. AU - Diaz, L. A. AU - Kinzler, K. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cancer genome landscapes JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1235122 DO - 10.1126/science.1235122 ID - Vogelstein2013 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential expression analysis for sequence count data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r106 ID - Anders2010 ER - TY - JOUR AU - Rosner, B. PY - 1983 DA - 1983// TI - Percentage points for a generalized Esd many-outlier procedure JO - Technometrics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1080/00401706.1983.10487848 DO - 10.1080/00401706.1983.10487848 ID - Rosner1983 ER - TY - STD TI - Ingenuity Pathway Analysis. [], [http://www.ingenuity.com] UR - http://www.ingenuity.com ID - ref59 ER - TY - JOUR AU - McPherson, A. AU - Wu, C. AU - Wyatt, A. W. AU - Shah, S. AU - Collins, C. AU - Sahinalp, S. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - nFuse: Discovery of complex genomic rearrangements in cancer using high-throughput sequencing JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.136572.111 DO - 10.1101/gr.136572.111 ID - McPherson2012 ER - TY - JOUR AU - Mehra, R. AU - Tomlins, S. A. AU - Yu, J. AU - Cao, X. AU - Wang, L. AU - Menon, A. AU - Rubin, M. A. AU - Pienta, K. J. AU - Shah, R. B. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Characterization of TMPRSS2-ETS gene aberrations in androgen-independent metastatic prostate cancer JO - Cancer Res VL - 68 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-07-6154 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-07-6154 ID - Mehra2008 ER -