TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Comprehensive molecular portraits of human breast tumours JO - Nature VL - 490 UR - https://doi.org/10.1038/nature11412 DO - 10.1038/nature11412 ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Curtis, C. AU - Shah, S. P. AU - Chin, S. F. AU - Turashvili, G. AU - Rueda, O. M. AU - Dunning, M. J. AU - Speed, D. AU - Lynch, A. G. AU - Samarajiwa, S. AU - Yuan, Y. AU - Graf, S. AU - Ha, G. AU - Haffari, G. AU - Bashashati, A. AU - Russell, R. AU - McKinney, S. AU - Langerod, A. AU - Green, A. AU - Provenzano, E. AU - Wishart, G. AU - Pinder, S. AU - Watson, P. AU - Markowetz, F. AU - Murphy, L. AU - Ellis, I. AU - Purushotham, A. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Brenton, J. D. AU - Tavare, S. AU - Caldas, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups JO - Nature VL - 486 ID - Curtis2012 ER - TY - BOOK PY - 2012 DA - 2012// TI - Breast Cancer and the Environment: a Life Course Approach PB - National Academies Press CY - Washington, DC ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Dupont, W. D. AU - Page, D. L. PY - 1985 DA - 1985// TI - Risk factors for breast cancer in women with proliferative breast disease JO - N Engl J Med VL - 312 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM198501173120303 DO - 10.1056/NEJM198501173120303 ID - Dupont1985 ER - TY - JOUR AU - Degnim, A. C. AU - Visscher, D. W. AU - Berman, H. K. AU - Frost, M. H. AU - Sellers, T. A. AU - Vierkant, R. A. AU - Maloney, S. D. AU - Pankratz, V. S. AU - de Groen, P. C. AU - Lingle, W. L. AU - Ghosh, K. AU - Penheiter, L. AU - Tlsty, T. AU - Melton, L. J. AU - Reynolds, C. A. AU - Hartmann, L. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Stratification of breast cancer risk in women with atypia: a Mayo cohort study JO - J Clin Oncol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2006.09.0217 DO - 10.1200/JCO.2006.09.0217 ID - Degnim2007 ER - TY - JOUR AU - Collins, L. C. AU - Tamimi, R. M. AU - Baer, H. J. AU - Connolly, J. L. AU - Colditz, G. A. AU - Schnitt, S. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Outcome of patients with ductal carcinoma in situ untreated after diagnostic biopsy: results from the Nurses’ Health Study JO - Cancer VL - 103 UR - https://doi.org/10.1002/cncr.20979 DO - 10.1002/cncr.20979 ID - Collins2005 ER - TY - JOUR AU - Newburger, D. E. AU - Kashef-Haghighi, D. AU - Weng, Z. AU - Salari, R. AU - Sweeney, R. T. AU - Brunner, A. L. AU - Zhu, S. X. AU - Guo, X. AU - Varma, S. AU - Troxell, M. L. AU - West, R. B. AU - Batzoglou, S. AU - Sidow, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome evolution during progression to breast cancer JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.151670.112 DO - 10.1101/gr.151670.112 ID - Newburger2013 ER - TY - JOUR AU - Troxell, M. L. AU - Brunner, A. L. AU - Neff, T. AU - Warrick, A. AU - Beadling, C. AU - Montgomery, K. AU - Zhu, S. AU - Corless, C. L. AU - West, R. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phosphatidylinositol-3-kinase pathway mutations are common in breast columnar cell lesions JO - Mod Pathol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.2012.55 DO - 10.1038/modpathol.2012.55 ID - Troxell2012 ER - TY - JOUR AU - Reis-Filho, J. S. AU - Pusztai, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Gene expression profiling in breast cancer: classification, prognostication, and prediction JO - Lancet VL - 378 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(11)61539-0 DO - 10.1016/S0140-6736(11)61539-0 ID - Reis-Filho2011 ER - TY - JOUR AU - Beck, A. H. AU - Weng, Z. AU - Witten, D. M. AU - Zhu, S. AU - Foley, J. W. AU - Lacroute, P. AU - Smith, C. L. AU - Tibshirani, R. AU - van de Rijn, M. AU - Sidow, A. AU - West, R. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - 3′-end sequencing for expression quantification (3SEQ) from archival tumor samples JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0008768 DO - 10.1371/journal.pone.0008768 ID - Beck2010 ER - TY - JOUR AU - Brunner, A. L. AU - Beck, A. H. AU - Edris, B. AU - Sweeney, R. T. AU - Zhu, S. X. AU - Li, R. AU - Montgomery, K. AU - Varma, S. AU - Gilks, T. AU - Guo, X. AU - Foley, J. W. AU - Witten, D. M. AU - Giacomini, C. P. AU - Flynn, R. A. AU - Pollack, J. R. AU - Tibshirani, R. AU - Chang, H. Y. AU - van de Rijn, M. AU - West, R. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptional profiling of long non-coding RNAs and novel transcribed regions across a diverse panel of archived human cancers JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-8-r75 DO - 10.1186/gb-2012-13-8-r75 ID - Brunner2012 ER - TY - JOUR AU - Tibshirani, R. AU - Hastie, T. AU - Narasimhan, B. AU - Chu, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Diagnosis of multiple cancer types by shrunken centroids of gene expression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.082099299 DO - 10.1073/pnas.082099299 ID - Tibshirani2002 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Tibshirani, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Finding consistent patterns: A nonparametric approach for identifying differential expression in RNA-Seq data JO - Stat Methods Med Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1177/0962280211428386 DO - 10.1177/0962280211428386 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Futreal, P. A. AU - Coin, L. AU - Marshall, M. AU - Down, T. AU - Hubbard, T. AU - Wooster, R. AU - Rahman, N. AU - Stratton, M. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A census of human cancer genes JO - Nat Rev Cancer VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrc1299 DO - 10.1038/nrc1299 ID - Futreal2004 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Fan, C. AU - Oh, D. S. AU - Marron, J. S. AU - He, X. AU - Qaqish, B. F. AU - Livasy, C. AU - Carey, L. A. AU - Reynolds, E. AU - Dressler, L. AU - Nobel, A. AU - Parker, J. AU - Ewend, M. G. AU - Sawyer, L. R. AU - Wu, J. AU - Liu, Y. AU - Nanda, R. AU - Tretiakova, M. AU - Ruiz Orrico, A. AU - Dreher, D. AU - Palazzo, J. P. AU - Perreard, L. AU - Nelson, E. AU - Mone, M. AU - Hansen, H. AU - Mullins, M. AU - Quackenbush, J. F. AU - Ellis, M. J. AU - Olopade, O. I. AU - Bernard, P. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - The molecular portraits of breast tumors are conserved across microarray platforms JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-96 DO - 10.1186/1471-2164-7-96 ID - Hu2006 ER - TY - JOUR AU - Parker, J. S. AU - Mullins, M. AU - Cheang, M. C. AU - Leung, S. AU - Voduc, D. AU - Vickery, T. AU - Davies, S. AU - Fauron, C. AU - He, X. AU - Hu, Z. AU - Quackenbush, J. F. AU - Stijleman, I. J. AU - Palazzo, J. AU - Marron, J. S. AU - Nobel, A. B. AU - Mardis, E. AU - Nielsen, T. O. AU - Ellis, M. J. AU - Perou, C. M. AU - Bernard, P. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes JO - J Clin Oncol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2008.18.1370 DO - 10.1200/JCO.2008.18.1370 ID - Parker2009 ER - TY - JOUR AU - Mosca, E. AU - Alfieri, R. AU - Merelli, I. AU - Viti, F. AU - Calabria, A. AU - Milanesi, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - A multilevel data integration resource for breast cancer study JO - BMC Syst Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-4-76 DO - 10.1186/1752-0509-4-76 ID - Mosca2010 ER - TY - JOUR AU - Gutierrez, C. AU - Schiff, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - HER2: biology, detection, and clinical implications JO - Arch Pathol Lab Med VL - 135 ID - Gutierrez2011 ER - TY - JOUR AU - Loi, S. AU - Haibe-Kains, B. AU - Majjaj, S. AU - Lallemand, F. AU - Durbecq, V. AU - Larsimont, D. AU - Gonzalez-Angulo, A. M. AU - Pusztai, L. AU - Symmans, W. F. AU - Bardelli, A. AU - Ellis, P. AU - Tutt, A. N. AU - Gillett, C. E. AU - Hennessy, B. T. AU - Mills, G. B. AU - Phillips, W. A. AU - Piccart, M. J. AU - Speed, T. P. AU - McArthur, G. A. AU - Sotiriou, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - PIK3CA mutations associated with gene signature of low mTORC1 signaling and better outcomes in estrogen receptor-positive breast cancer JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0907011107 DO - 10.1073/pnas.0907011107 ID - Loi2010 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, M. AU - Hellwig, B. AU - Hammad, S. AU - Othman, A. AU - Lohr, M. AU - Chen, Z. AU - Boehm, D. AU - Gebhard, S. AU - Petry, I. AU - Lebrecht, A. AU - Cadenas, C. AU - Marchan, R. AU - Stewart, J. D. AU - Solbach, C. AU - Holmberg, L. AU - Edlund, K. AU - Kultima, H. G. AU - Rody, A. AU - Berglund, A. AU - Lambe, M. AU - Isaksson, A. AU - Botling, J. AU - Karn, T. AU - Muller, V. AU - Gerhold-Ay, A. AU - Cotarelo, C. AU - Sebastian, M. AU - Kronenwett, R. AU - Bojar, H. AU - Lehr, H. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - A comprehensive analysis of human gene expression profiles identifies stromal immunoglobulin kappa C as a compatible prognostic marker in human solid tumors JO - Clin Cancer Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-11-2210 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-11-2210 ID - Schmidt2012 ER - TY - JOUR AU - Beck, A. H. AU - Espinosa, I. AU - Gilks, C. B. AU - van de Rijn, M. AU - West, R. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - The fibromatosis signature defines a robust stromal response in breast carcinoma JO - Lab Invest VL - 88 UR - https://doi.org/10.1038/labinvest.2008.31 DO - 10.1038/labinvest.2008.31 ID - Beck2008 ER - TY - JOUR AU - Buerger, H. AU - Otterbach, F. AU - Simon, R. AU - Poremba, C. AU - Diallo, R. AU - Decker, T. AU - Riethdorf, L. AU - Brinkschmidt, C. AU - Dockhorn-Dworniczak, B. AU - Boecker, W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Comparative genomic hybridization of ductal carcinoma in situ of the breast-evidence of multiple genetic pathways JO - J Pathol VL - 187 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-L DO - 3.0.CO;2-L ID - Buerger1999 ER - TY - JOUR AU - O’Connell, P. AU - Pekkel, V. AU - Fuqua, S. A. AU - Osborne, C. K. AU - Clark, G. M. AU - Allred, D. C. PY - 1998 DA - 1998// TI - Analysis of loss of heterozygosity in 399 premalignant breast lesions at 15 genetic loci JO - J Natl Cancer Inst VL - 90 UR - https://doi.org/10.1093/jnci/90.9.697 DO - 10.1093/jnci/90.9.697 ID - O’Connell1998 ER - TY - JOUR AU - Moinfar, F. AU - Man, Y. G. AU - Bratthauer, G. L. AU - Ratschek, M. AU - Tavassoli, F. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genetic abnormalities in mammary ductal intraepithelial neoplasia-flat type ('clinging ductal carcinoma in situ'): a simulator of normal mammary epithelium JO - Cancer VL - 88 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-H DO - 3.0.CO;2-H ID - Moinfar2000 ER - TY - JOUR AU - Simpson, P. T. AU - Gale, T. AU - Reis-Filho, J. S. AU - Jones, C. AU - Parry, S. AU - Sloane, J. P. AU - Hanby, A. AU - Pinder, S. E. AU - Lee, A. H. AU - Humphreys, S. AU - Ellis, I. O. AU - Lakhani, S. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Columnar cell lesions of the breast: the missing link in breast cancer progression? A morphological and molecular analysis JO - Am J Surg Pathol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1097/01.pas.0000157295.93914.3b DO - 10.1097/01.pas.0000157295.93914.3b ID - Simpson2005 ER - TY - JOUR AU - Xu, R. AU - Perle, M. A. AU - Inghirami, G. AU - Chan, W. AU - Delgado, Y. AU - Feiner, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Amplification of Her-2/neu gene in Her-2/neu-overexpressing and -nonexpressing breast carcinomas and their synchronous benign, premalignant, and metastatic lesions detected by FISH in archival material JO - Mod Pathol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.3880503 DO - 10.1038/modpathol.3880503 ID - Xu2002 ER - TY - JOUR AU - Ithimakin, S. AU - Day, K. C. AU - Malik, F. AU - Zen, Q. AU - Dawsey, S. J. AU - Bersano-Begey, T. F. AU - Quraishi, A. A. AU - Ignatoski, K. W. AU - Daignault, S. AU - Davis, A. AU - Hall, C. L. AU - Palanisamy, N. AU - Heath, A. N. AU - Tawakkol, N. AU - Luther, T. K. AU - Clouthier, S. G. AU - Chadwick, W. A. AU - Day, M. L. AU - Kleer, C. G. AU - Thomas, D. G. AU - Hayes, D. F. AU - Korkaya, H. AU - Wicha, M. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - HER2 drives luminal breast cancer stem cells in the absence of HER2 amplification: implications for efficacy of adjuvant trastuzumab JO - Cancer Res VL - 73 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-12-3349 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-12-3349 ID - Ithimakin2013 ER - TY - JOUR AU - Jozwik, K. M. AU - Carroll, J. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Pioneer factors in hormone-dependent cancers JO - Nat Rev Cancer VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrc3263 DO - 10.1038/nrc3263 ID - Jozwik2012 ER - TY - JOUR AU - Chou, J. AU - Provot, S. AU - Werb, Z. PY - 2009 DA - 2009// TI - GATA3 in development and cancer differentiation: cells GATA have it! JO - J Cell Physiol VL - 222 UR - https://doi.org/10.1002/jcp.21943 DO - 10.1002/jcp.21943 ID - Chou2009 ER - TY - JOUR AU - Liu, P. AU - Cheng, H. AU - Roberts, T. M. AU - Zhao, J. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Targeting the phosphoinositide 3-kinase pathway in cancer JO - Nat Rev Drug Discov VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrd2926 DO - 10.1038/nrd2926 ID - Liu2009 ER - TY - JOUR AU - Dunham, M. J. AU - Badrane, H. AU - Ferea, T. AU - Adams, J. AU - Brown, P. O. AU - Rosenzweig, F. AU - Botstein, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Characteristic genome rearrangements in experimental evolution of Saccharomyces cerevisiae JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.242624799 DO - 10.1073/pnas.242624799 ID - Dunham2002 ER - TY - JOUR AU - Sheltzer, J. M. AU - Blank, H. M. AU - Pfau, S. J. AU - Tange, Y. AU - George, B. M. AU - Humpton, T. J. AU - Brito, I. L. AU - Hiraoka, Y. AU - Niwa, O. AU - Amon, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Aneuploidy drives genomic instability in yeast JO - Science VL - 333 UR - https://doi.org/10.1126/science.1206412 DO - 10.1126/science.1206412 ID - Sheltzer2011 ER - TY - JOUR AU - Gupta, R. A. AU - Shah, N. AU - Wang, K. C. AU - Kim, J. AU - Horlings, H. M. AU - Wong, D. J. AU - Tsai, M. C. AU - Hung, T. AU - Argani, P. AU - Rinn, J. L. AU - Wang, Y. AU - Brzoska, P. AU - Kong, B. AU - Li, R. AU - West, R. B. AU - van de Vijver, M. J. AU - Sukumar, S. AU - Chang, H. Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08975 DO - 10.1038/nature08975 ID - Gupta2010 ER - TY - JOUR AU - Sinicropi, D. AU - Qu, K. AU - Collin, F. AU - Crager, M. AU - Liu, M. L. AU - Pelham, R. J. AU - Pho, M. AU - Rossi, A. D. AU - Jeong, J. AU - Scott, A. AU - Ambannavar, R. AU - Zheng, C. AU - Mena, R. AU - Esteban, J. AU - Stephans, J. AU - Morlan, J. AU - Baker, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Whole transcriptome RNA-Seq analysis of breast cancer recurrence risk using formalin-fixed paraffin-embedded tumor tissue JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0040092 DO - 10.1371/journal.pone.0040092 ID - Sinicropi2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Roberts, A. AU - Goff, L. AU - Pertea, G. AU - Kim, D. AU - Kelley, D. R. AU - Pimentel, H. AU - Salzberg, S. L. AU - Rinn, J. L. AU - Pachter, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016 DO - 10.1038/nprot.2012.016 ID - Trapnell2012 ER - TY - JOUR AU - Anscombe, F. J. PY - 1948 DA - 1948// TI - The transformation of Poisson, binomial and negative-binomial data JO - Biometrika VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/biomet/35.3-4.246 DO - 10.1093/biomet/35.3-4.246 ID - Anscombe1948 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Witten, D. M. AU - Johnstone, I. M. AU - Tibshirani, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Normalization, testing, and false discovery rate estimation for RNA-sequencing data JO - Biostatistics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxr031 DO - 10.1093/biostatistics/kxr031 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Soneson, C. AU - Delorenzi, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - A comparison of methods for differential expression analysis of RNA-seq data JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-91 DO - 10.1186/1471-2105-14-91 ID - Soneson2013 ER - TY - JOUR AU - Kononen, J. AU - Bubendorf, L. AU - Kallioniemi, A. AU - Barlund, M. AU - Schraml, P. AU - Leighton, S. AU - Torhorst, J. AU - Mihatsch, M. J. AU - Sauter, G. AU - Kallioniemi, O. P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens JO - Nat Med VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nm0798-844 DO - 10.1038/nm0798-844 ID - Kononen1998 ER -