TY - JOUR AU - Tsujimoto, T. AU - Jeromin, A. AU - Saitoh, N. AU - Roder, J. C. AU - Takahashi, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Neuronal calcium sensor 1 and activity-dependent facilitation of P/Q-type calcium currents at presynaptic nerve terminals JO - Science VL - 295 UR - https://doi.org/10.1126/science.1068278 DO - 10.1126/science.1068278 ID - Tsujimoto2002 ER - TY - JOUR AU - Ioerger, T. R. AU - Koo, S. AU - No, E. -. G. AU - Chen, X. AU - Larsen, M. H. AU - Jacobs, W. R. AU - Pillay, M. AU - Sturm, A. W. AU - Sacchettini, J. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome analysis of multi- and extensively-drug-resistant tuberculosis from KwaZulu-Natal, South Africa JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0007778 DO - 10.1371/journal.pone.0007778 ID - Ioerger2009 ER - TY - JOUR AU - Quail, M. AU - Smith, M. E. AU - Coupland, P. AU - Otto, T. D. AU - Harris, S. R. AU - Connor, T. R. AU - Bertoni, A. AU - Swerdlow, H. P. AU - Gu, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion torrent, pacific biosciences and illumina MiSeq sequencers JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-341 DO - 10.1186/1471-2164-13-341 ID - Quail2012 ER - TY - JOUR AU - Loman, N. J. AU - Misra, R. V. AU - Dallman, T. J. AU - Constantinidou, C. AU - Gharbia, S. E. AU - Wain, J. AU - Pallen, M. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2198 DO - 10.1038/nbt.2198 ID - Loman2012 ER - TY - JOUR AU - Lam, H. Y. K. AU - Clark, M. J. AU - Chen, R. AU - Chen, R. AU - Natsoulis, G. AU - O'Huallachain, M. AU - Dewey, F. E. AU - Habegger, L. AU - Ashley, E. A. AU - Gerstein, M. B. AU - Butte, A. J. AU - Ji, H. P. AU - Snyder, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Performance comparison of whole-genome sequencing platforms JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2065 DO - 10.1038/nbt.2065 ID - Lam2012 ER - TY - JOUR AU - Harismendy, O. AU - Ng, P. C. AU - Strausberg, R. L. AU - Wang, X. AU - Stockwell, T. B. AU - Beeson, K. Y. AU - Schork, N. J. AU - Murray, S. S. AU - Topol, E. J. AU - Levy, S. AU - Frazer, K. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evaluation of next generation sequencing platforms for population targeted sequencing studies JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r32 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r32 ID - Harismendy2009 ER - TY - JOUR AU - Liu, L. AU - Li, Y. AU - Li, S. AU - Hu, N. AU - He, Y. AU - Pong, R. AU - Lin, D. AU - Lu, L. AU - Law, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparison of next-generation sequencing systems JO - J Biomed Biotechnol VL - 2012 ID - Liu2012 ER - TY - JOUR AU - Sanger, F. AU - Nicklen, S. AU - Coulson, A. R. PY - 1977 DA - 1977// TI - DNA sequencing with chain-terminating inhibitors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 74 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.74.12.5463 DO - 10.1073/pnas.74.12.5463 ID - Sanger1977 ER - TY - JOUR AU - Collins, J. PY - 1981 DA - 1981// TI - Instability of palindromic DNA in Escherichia coli JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1101/SQB.1981.045.01.055 DO - 10.1101/SQB.1981.045.01.055 ID - Collins1981 ER - TY - JOUR AU - Wyman, A. R. AU - Wertman, K. F. PY - 1987 DA - 1987// TI - Host strains that alleviate underrepresentation of specific sequences: overview JO - Methods Enzymol VL - 152 UR - https://doi.org/10.1016/0076-6879(87)52017-1 DO - 10.1016/0076-6879(87)52017-1 ID - Wyman1987 ER - TY - JOUR AU - Leach, D. AU - Lindsey, J. PY - 1986 DA - 1986// TI - In vivo loss of supercoiled DNA carrying a palindromic sequence JO - Mol Gen Genet VL - 204 UR - https://doi.org/10.1007/BF00425517 DO - 10.1007/BF00425517 ID - Leach1986 ER - TY - JOUR AU - Chissoe, S. L. AU - Marra, M. A. AU - Hillier, L. AU - Brinkman, R. AU - Wilson, R. K. AU - Waterston, R. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - Representation of cloned genomic sequences in two sequencing vectors: correlation of DNA sequence and subclone distribution JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.15.2960 DO - 10.1093/nar/25.15.2960 ID - Chissoe1997 ER - TY - JOUR AU - Glockner, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Large scale sequencing and analysis of AT rich eukaryote genomes JO - Curr Genomics VL - 1 UR - https://doi.org/10.2174/1389202003351472 DO - 10.2174/1389202003351472 ID - Glockner2000 ER - TY - JOUR AU - Keith, J. M. AU - Cochran, D. A. E. AU - Lala, G. H. AU - Adams, P. AU - Bryant, D. AU - Mitchelson, K. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Unlocking hidden genomic sequence JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh022 DO - 10.1093/nar/gnh022 ID - Keith2004 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. AU - Zhu, Y. AU - Creevey, C. J. AU - Francino, M. P. AU - Bork, P. AU - Rubin, E. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide experimental determination of barriers to horizontal gene transfer JO - Science VL - 318 UR - https://doi.org/10.1126/science.1147112 DO - 10.1126/science.1147112 ID - Sorek2007 ER - TY - JOUR AU - Godiska, R. AU - Mead, D. AU - Dhodda, V. AU - Wu, C. AU - Hochstein, R. AU - Karsi, A. AU - Usdin, K. AU - Entezam, A. AU - Ravin, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Linear plasmid vector for cloning of repetitive or unstable sequences in Escherichia coli JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp1181 DO - 10.1093/nar/gkp1181 ID - Godiska2010 ER - TY - JOUR AU - Kimelman, A. AU - Levy, A. AU - Sberro, H. AU - Kidron, S. AU - Leavitt, A. AU - Amitai, G. AU - Yoder-Himes, D. R. AU - Wurtzel, O. AU - Zhu, Y. AU - Rubin, E. M. AU - Sorek, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - A vast collection of microbial genes that are toxic to bacteria JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.133850.111 DO - 10.1101/gr.133850.111 ID - Kimelman2012 ER - TY - JOUR AU - Bentley, D. R. AU - Balasubramanian, S. AU - Swerdlow, H. P. AU - Smith, G. P. AU - Milton, J. AU - Brown, C. G. AU - Hall, K. P. AU - Evers, D. J. AU - Barnes, C. L. AU - Bignell, H. R. AU - Boutell, J. M. AU - Bryant, J. AU - Carter, R. J. AU - Cheetham, R. K. AU - Cox, A. J. AU - Ellis, D. J. AU - Flatbush, M. R. AU - Gormley, N. A. AU - Humphray, S. J. AU - Irving, L. J. AU - Karbelashvili, M. S. AU - Kirk, S. M. AU - Li, H. AU - Liu, X. AU - Maisinger, K. S. AU - Murray, L. J. AU - Obradovic, B. AU - Ost, T. AU - Parkinson, M. L. AU - Pratt, M. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07517 DO - 10.1038/nature07517 ID - Bentley2008 ER - TY - JOUR AU - Dohm, J. C. AU - Lottaz, C. AU - Borodina, T. AU - Himmelbauer, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Substantial biases in ultra-short read data sets from high-throughput DNA sequencing JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn425 DO - 10.1093/nar/gkn425 ID - Dohm2008 ER - TY - JOUR AU - Aird, D. AU - Ross, M. G. AU - Chen, W. -. S. AU - Danielsson, M. AU - Fennell, T. AU - Russ, C. AU - Jaffe, D. B. AU - Nusbaum, C. AU - Gnirke, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Analyzing and minimizing PCR amplification bias in Illumina sequencing libraries JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-2-r18 DO - 10.1186/gb-2011-12-2-r18 ID - Aird2011 ER - TY - JOUR AU - Oyola, S. O. AU - Otto, T. D. AU - Gu, Y. AU - Maslen, G. AU - Manske, M. AU - Campino, S. AU - Turner, D. J. AU - Macinnis, B. AU - Kwiatkowski, D. P. AU - Swerdlow, H. P. AU - Quail, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Optimizing Illumina next-generation sequencing library preparation for extremely AT-biased genomes JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-1 DO - 10.1186/1471-2164-13-1 ID - Oyola2012 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Speed, T. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Summarizing and correcting the GC content bias in high-throughput sequencing JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks001 DO - 10.1093/nar/gks001 ID - Benjamini2012 ER - TY - JOUR AU - Stein, A. AU - Takasuka, T. E. AU - Collings, C. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Are nucleosome positions in vivo primarily determined by histone-DNA sequence preferences? JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp1043 DO - 10.1093/nar/gkp1043 ID - Stein2010 ER - TY - JOUR AU - Nakamura, K. AU - Oshima, T. AU - Morimoto, T. AU - Ikeda, S. AU - Yoshikawa, H. AU - Shiwa, Y. AU - Ishikawa, S. AU - Linak, M. C. AU - Hirai, A. AU - Takahashi, H. AU - Altaf-Ul-Amin, M. AU - Ogasawara, N. AU - Kanaya, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Sequence-specific error profile of Illumina sequencers JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr344 DO - 10.1093/nar/gkr344 ID - Nakamura2011 ER - TY - JOUR AU - Rothberg, J. M. AU - Hinz, W. AU - Rearick, T. M. AU - Schultz, J. AU - Mileski, W. AU - Davey, M. AU - Leamon, J. H. AU - Johnson, K. AU - Milgrew, M. J. AU - Edwards, M. AU - Hoon, J. AU - Simons, J. F. AU - Marran, D. AU - Myers, J. W. AU - Davidson, J. F. AU - Branting, A. AU - Nobile, J. R. AU - Puc, B. P. AU - Light, D. AU - Clark, T. A. AU - Huber, M. AU - Branciforte, J. T. AU - Stoner, I. B. AU - Cawley, S. E. AU - Lyons, M. AU - Fu, Y. AU - Homer, N. AU - Sedova, M. AU - Miao, X. AU - Reed, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing JO - Nature VL - 475 UR - https://doi.org/10.1038/nature10242 DO - 10.1038/nature10242 ID - Rothberg2011 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. -. J. AU - Chen, Z. AU - Dewell, S. B. AU - Du, L. AU - Fierro, J. M. AU - Gomes, X. V. AU - Godwin, B. C. AU - He, W. AU - Helgesen, S. AU - Ho, C. H. AU - Ho, C. H. AU - Irzyk, G. P. AU - Jando, S. C. AU - Alenquer, M. L. I. AU - Jarvie, T. P. AU - Jirage, K. B. AU - Kim, J. -. B. AU - Knight, J. R. AU - Lanza, J. R. AU - Leamon, J. H. AU - Lefkowitz, S. M. AU - Lei, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Huse, S. M. AU - Huber, J. A. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. AU - Welch, D. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Accuracy and quality of massively parallel DNA pyrosequencing JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-7-r143 DO - 10.1186/gb-2007-8-7-r143 ID - Huse2007 ER - TY - JOUR AU - Merriman, B. AU - D, T. e. a. m. AU - Rothberg, J. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Progress in Ion Torrent semiconductor chip based sequencing JO - Electrophoresis VL - 33 UR - https://doi.org/10.1002/elps.201200424 DO - 10.1002/elps.201200424 ID - Merriman2012 ER - TY - JOUR AU - Drmanac, R. AU - Sparks, A. B. AU - Callow, M. J. AU - Halpern, A. L. AU - Burns, N. L. AU - Kermani, B. G. AU - Carnevali, P. AU - Nazarenko, I. AU - Nilsen, G. B. AU - Yeung, G. AU - Dahl, F. AU - Fernandez, A. AU - Staker, B. AU - Pant, K. P. AU - Baccash, J. AU - Borcherding, A. P. AU - Brownley, A. AU - Cedeno, R. AU - Chen, L. AU - Chernikoff, D. AU - Cheung, A. AU - Chirita, R. AU - Curson, B. AU - Ebert, J. C. AU - Hacker, C. R. AU - Hartlage, R. AU - Hauser, B. AU - Huang, S. AU - Jiang, Y. AU - Karpinchyk, V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling DNA nanoarrays JO - Science VL - 327 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181498 DO - 10.1126/science.1181498 ID - Drmanac2010 ER - TY - JOUR AU - Eid, J. AU - Fehr, A. AU - Gray, J. AU - Luong, K. AU - Lyle, J. AU - Otto, G. AU - Peluso, P. AU - Rank, D. AU - Baybayan, P. AU - Bettman, B. AU - Bibillo, A. AU - Bjornson, K. AU - Chaudhuri, B. AU - Christians, F. AU - Cicero, R. AU - Clark, S. AU - Dalal, R. AU - Dewinter, A. AU - Dixon, J. AU - Foquet, M. AU - Gaertner, A. AU - Hardenbol, P. AU - Heiner, C. AU - Hester, K. AU - Holden, D. AU - Kearns, G. AU - Kong, X. AU - Kuse, R. AU - Lacroix, Y. AU - Lin, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules JO - Science VL - 323 UR - https://doi.org/10.1126/science.1162986 DO - 10.1126/science.1162986 ID - Eid2009 ER - TY - JOUR AU - Fisher, S. AU - Barry, A. AU - Abreu, J. AU - Minie, B. AU - Nolan, J. AU - Delorey, T. M. AU - Young, G. AU - Fennell, T. J. AU - Allen, A. AU - Ambrogio, L. AU - Berlin, A. M. AU - Blumenstiel, B. AU - Cibulskis, K. AU - Friedrich, D. AU - Johnson, R. AU - Juhn, F. AU - Reilly, B. AU - Shammas, R. AU - Stalker, J. AU - Sykes, S. M. AU - Thompson, J. AU - Walsh, J. AU - Zimmer, A. AU - Zwirko, Z. AU - Gabriel, S. AU - Nicol, R. AU - Nusbaum, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - A scalable, fully automated process for construction of sequence-ready human exome targeted capture libraries JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-1-r1 DO - 10.1186/gb-2011-12-1-r1 ID - Fisher2011 ER - TY - JOUR PY - 2010 DA - 2010// TI - A map of human genome variation from population-scale sequencing JO - Nature VL - 467 UR - https://doi.org/10.1038/nature09534 DO - 10.1038/nature09534 ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Lee, L. G. AU - Connell, C. R. AU - Woo, S. L. AU - Cheng, R. D. AU - McArdle, B. F. AU - Fuller, C. W. AU - Halloran, N. D. AU - Wilson, R. K. PY - 1992 DA - 1992// TI - DNA sequencing with dye-labeled terminators and T7 DNA polymerase: effect of dyes and dNTPs on incorporation of dye-terminators and probability analysis of termination fragments JO - Nucleic Acids Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/nar/20.10.2471 DO - 10.1093/nar/20.10.2471 ID - Lee1992 ER - TY - JOUR AU - Bashir, A. AU - Klammer, A. A. AU - Robins, W. P. AU - Chin, C. -. S. AU - Webster, D. AU - Paxinos, E. AU - Hsu, D. AU - Ashby, M. AU - Wang, S. AU - Peluso, P. AU - Sebra, R. AU - Sorenson, J. AU - Bullard, J. AU - Yen, J. AU - Valdovino, M. AU - Mollova, E. AU - Luong, K. AU - Lin, S. AU - LaMay, B. AU - Joshi, A. AU - Rowe, L. AU - Frace, M. AU - Tarr, C. L. AU - Turnsek, M. AU - Davis, B. M. AU - Kasarskis, A. AU - Mekalanos, J. J. AU - Waldor, M. K. AU - Schadt, E. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - A hybrid approach for the automated finishing of bacterial genomes JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2288 DO - 10.1038/nbt.2288 ID - Bashir2012 ER - TY - JOUR AU - Koren, S. AU - Schatz, M. C. AU - Walenz, B. P. AU - Martin, J. AU - Howard, J. T. AU - Ganapathy, G. AU - Wang, Z. AU - Rasko, D. A. AU - McCombie, W. R. AU - Jarvis, E. D. AU - Phillippy, A. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2280 DO - 10.1038/nbt.2280 ID - Koren2012 ER - TY - JOUR AU - Ribeiro, F. AU - Przybylski, D. AU - Yin, S. AU - Sharpe, T. AU - Gnerre, S. AU - Abouelleil, A. AU - Berlin, A. M. AU - Montmayeur, A. AU - Shea, T. P. AU - Walker, B. J. AU - Young, S. K. AU - Russ, C. AU - MacCallum, I. AU - Nusbaum, C. AU - Jaffe, D. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Finished bacterial genomes from shotgun sequence data JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.141515.112 DO - 10.1101/gr.141515.112 ID - Ribeiro2012 ER - TY - STD TI - Gerstein Lab: NA12878 Diploid Reference. [http://sv.gersteinlab.org/NA12878_diploid/NA12878_diploid_dec16.2012.zip] UR - http://sv.gersteinlab.org/NA12878_diploid/NA12878_diploid_dec16.2012.zip ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Keohavong, P. AU - Thilly, W. G. PY - 1989 DA - 1989// TI - Fidelity of DNA polymerases in DNA amplification JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 86 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.86.23.9253 DO - 10.1073/pnas.86.23.9253 ID - Keohavong1989 ER - TY - JOUR AU - Cariello, N. F. AU - Swenberg, J. A. AU - Skopek, T. R. PY - 1991 DA - 1991// TI - Fidelity of Thermococcus litoralis DNA polymerase (Vent) in PCR determined by denaturing gradient gel electrophoresis JO - Nucleic Acids Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/nar/19.15.4193 DO - 10.1093/nar/19.15.4193 ID - Cariello1991 ER - TY - JOUR AU - Cline, J. AU - Braman, J. C. AU - Hogrefe, H. H. PY - 1996 DA - 1996// TI - PCR fidelity of pfu DNA polymerase and other thermostable DNA polymerases JO - Nucleic Acids Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/nar/24.18.3546 DO - 10.1093/nar/24.18.3546 ID - Cline1996 ER - TY - STD TI - Complete Genomics Inc: Complete Genomics NA12878 data. [ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/working/20120424_complete_genomics_test_bams/] UR - ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/working/20120424_complete_genomics_test_bams/ ID - ref41 ER - TY - STD TI - Picard. [http://picard.sourceforge.net/] UR - http://picard.sourceforge.net/ ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - McKenna, A. AU - Hanna, M. AU - Banks, E. AU - Sivachenko, A. AU - Cibulskis, K. AU - Kernytsky, A. AU - Garimella, K. AU - Altshuler, D. AU - Gabriel, S. AU - Daly, M. AU - DePristo, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107524.110 DO - 10.1101/gr.107524.110 ID - McKenna2010 ER - TY - JOUR AU - DePristo, M. A. AU - Banks, E. AU - Poplin, R. AU - Garimella, K. V. AU - Maguire, J. R. AU - Hartl, C. AU - Philippakis, A. A. AU - del Angel, G. AU - Rivas, M. A. AU - Hanna, M. AU - McKenna, A. AU - Fennell, T. J. AU - Kernytsky, A. M. AU - Sivachenko, A. Y. AU - Cibulskis, K. AU - Gabriel, S. B. AU - Altshuler, D. AU - Daly, M. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.806 DO - 10.1038/ng.806 ID - DePristo2011 ER - TY - STD TI - Life Technologies: TMAP - torrent mapping alignment program. [https://github.com/iontorrent/TMAP] UR - https://github.com/iontorrent/TMAP ID - ref46 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698 DO - 10.1093/bioinformatics/btp698 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Carneiro, M. O. AU - Russ, C. AU - Ross, M. G. AU - Gabriel, S. AU - Nusbaum, C. AU - DePristo, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Pacific biosciences sequencing technology for genotyping and variation discovery in human data JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-375 DO - 10.1186/1471-2164-13-375 ID - Carneiro2012 ER - TY - JOUR AU - Carnevali, P. AU - Baccash, J. AU - Halpern, A. L. AU - Nazarenko, I. AU - Nilsen, G. B. AU - Pant, K. P. AU - Ebert, J. C. AU - Brownley, A. AU - Morenzoni, M. AU - Karpinchyk, V. AU - Martin, B. AU - Ballinger, D. G. AU - Drmanac, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Computational Techniques for Human Genome Resequencing Using Mated Gapped Reads JO - J Comput Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2011.0201 DO - 10.1089/cmb.2011.0201 ID - Carnevali2012 ER - TY - CHAP AU - Pruitt, K. AU - Brown, G. AU - Tatusova, T. AU - Maglott, D. ED - McEntyre, J. ED - McEntyre, O. s. t. e. l. l. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Chapter 18: The Reference Sequence (RefSeq) Database BT - The NCBI Handbook [Internet] ID - Pruitt2002 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Gnerre, S. AU - MacCallum, I. AU - Przybylski, D. AU - Ribeiro, F. AU - Burton, J. N. AU - Walker, B. J. AU - Sharpe, T. AU - Hall, G. AU - Shea, T. P. AU - Sykes, S. AU - Berlin, A. M. AU - Aird, D. AU - Costello, M. AU - Daza, R. AU - Williams, L. AU - Nicol, R. AU - Gnirke, A. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Jaffe, D. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - High-quality draft assemblies of mammalian genomes from massively parallel sequence data JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1017351108 DO - 10.1073/pnas.1017351108 ID - Gnerre2011 ER -