TY - JOUR AU - Chain, P. S. AU - Grafham, D. V. AU - Fulton, R. S. AU - Fitzgerald, M. G. AU - Hostetler, J. AU - Muzny, D. AU - Ali, J. AU - Birren, B. AU - Bruce, D. C. AU - Buhay, C. AU - Cole, J. R. AU - Ding, Y. AU - Dugan, S. AU - Field, D. AU - Garrity, G. M. AU - Gibbs, R. AU - Graves, T. AU - Han, C. S. AU - Harrison, S. H. AU - Highlander, S. AU - Hugenholtz, P. AU - Khouri, H. M. AU - Kodira, C. D. AU - Kolker, E. AU - Kyrpides, N. C. AU - Lang, D. AU - Lapidus, A. AU - Malfatti, S. A. AU - Markowitz, V. AU - Metha, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomics. Genome project standards in a new era of sequencing JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1180614 DO - 10.1126/science.1180614 ID - Chain2009 ER - TY - JOUR AU - Pagani, I. AU - Liolios, K. AU - Jansson, J. AU - Chen, I. M. AU - Smirnova, T. AU - Nosrat, B. AU - Markowitz, V. M. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Genomes OnLine Database (GOLD) v.4: status of genomic and metagenomic projects and their associated metadata JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1100 DO - 10.1093/nar/gkr1100 ID - Pagani2012 ER - TY - JOUR AU - Mak, H. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome interpretation and assembly-recent progress and next steps JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2425 DO - 10.1038/nbt.2425 ID - Mak2012 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Linton, L. M. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Zody, M. C. AU - Baldwin, J. AU - Devon, K. AU - Dewar, K. AU - Doyle, M. AU - FitzHugh, W. AU - Funke, R. AU - Gage, D. AU - Harris, K. AU - Heaford, A. AU - Howland, J. AU - Kann, L. AU - Lehoczky, J. AU - LeVine, R. AU - McEwan, P. AU - McKernan, K. AU - Meldrim, J. AU - Mesirov, J. P. AU - Miranda, C. AU - Morris, W. AU - Naylor, J. AU - Raymond, C. AU - Rosetti, M. AU - Santos, R. AU - Sheridan, A. AU - Sougnez, C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Initial sequencing and analysis of the human genome JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057062 DO - 10.1038/35057062 ID - Lander2001 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Martin, D. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - STD TI - Sequence assembly. [http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_assembly] UR - http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_assembly ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - Treangen, T. J. AU - Salzberg, S. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Repetitive DNA and next-generation sequencing: computational challenges and solutions JO - Nat Rev Genet VL - 13 ID - Treangen2011 ER - TY - JOUR AU - Alkan, C. AU - Sajjadian, S. AU - Eichler, E. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Limitations of next-generation genome sequence assembly JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1527 DO - 10.1038/nmeth.1527 ID - Alkan2011 ER - TY - JOUR AU - Salzberg, S. L. AU - Phillippy, A. M. AU - Zimin, A. AU - Puiu, D. AU - Magoc, T. AU - Koren, S. AU - Treangen, T. J. AU - Schatz, M. C. AU - Delcher, A. L. AU - Roberts, M. AU - Marcais, G. AU - Pop, M. AU - Yorke, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - GAGE: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms JO - Genome Res VL - 22 ID - Salzberg2011 ER - TY - JOUR AU - Earl, D. AU - Bradnam, K. AU - St John, J. AU - Darling, A. AU - Lin, D. AU - Fass, J. AU - Yu, H. O. AU - Buffalo, V. AU - Zerbino, D. R. AU - Diekhans, M. AU - Nguyen, N. AU - Ariyaratne, P. N. AU - Sung, W. K. AU - Ning, Z. AU - Haimel, M. AU - Simpson, J. T. AU - Fonseca, N. A. AU - Birol, I. AU - Docking, T. R. AU - Ho, I. Y. AU - Rokhsar, D. S. AU - Chikhi, R. AU - Lavenier, D. AU - Chapuis, G. AU - Naquin, D. AU - Maillet, N. AU - Schatz, M. C. AU - Kelley, D. R. AU - Phillippy, A. M. AU - Koren, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.126599.111 DO - 10.1101/gr.126599.111 ID - Earl2011 ER - TY - JOUR AU - Phillippy, A. M. AU - Schatz, M. C. AU - Pop, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-3-r55 DO - 10.1186/gb-2008-9-3-r55 ID - Phillippy2008 ER - TY - JOUR AU - Rahman, A. AU - Pachter, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - CGAL: computing genome assembly likelihoods JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-1-r8 DO - 10.1186/gb-2013-14-1-r8 ID - Rahman2013 ER - TY - JOUR AU - Clark, S. C. AU - Egan, R. AU - Frazier, P. I. AU - Wang, Z. PY - 2013 DA - 2013// TI - ALE: a generic assembly likelihood evaluation framework for assessing the accuracy of genome and metagenome assemblies JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts723 DO - 10.1093/bioinformatics/bts723 ID - Clark2013 ER - TY - JOUR AU - Vezzi, F. AU - Narzisi, G. AU - Mishra, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Reevaluating assembly evaluations with feature response curves: GAGE and assemblathons JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0052210 DO - 10.1371/journal.pone.0052210 ID - Vezzi2012 ER - TY - JOUR AU - Narzisi, G. AU - Mishra, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparing de novo genome assembly: the long and short of it JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019175 DO - 10.1371/journal.pone.0019175 ID - Narzisi2011 ER - TY - JOUR AU - Holden, M. T. AU - Lindsay, J. A. AU - Corton, C. AU - Quail, M. A. AU - Cockfield, J. D. AU - Pathak, S. AU - Batra, R. AU - Parkhill, J. AU - Bentley, S. D. AU - Edgeworth, J. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome sequence of a recently emerged, highly transmissible, multi-antibiotic- and antiseptic-resistant variant of methicillin-resistant Staphylococcus aureus, sequence type 239 (TW) JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01255-09 DO - 10.1128/JB.01255-09 ID - Holden2010 ER - TY - JOUR AU - Riley, M. C. AU - Kirkup, B. C. AU - Johnson, J. D. AU - Lesho, E. P. AU - Ockenhouse, C. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Rapid whole genome optical mapping of Plasmodium falciparum JO - Malar J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1475-2875-10-252 DO - 10.1186/1475-2875-10-252 ID - Riley2011 ER - TY - JOUR AU - Kidgell, C. AU - Volkman, S. K. AU - Daily, J. AU - Borevitz, J. O. AU - Plouffe, D. AU - Zhou, Y. AU - Johnson, J. R. AU - Le Roch, K. AU - Sarr, O. AU - Ndir, O. AU - Mboup, S. AU - Batalov, S. AU - Wirth, D. F. AU - Winzeler, E. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - A systematic map of genetic variation in Plasmodium falciparum JO - PLoS Pathog VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.0020057 DO - 10.1371/journal.ppat.0020057 ID - Kidgell2006 ER - TY - JOUR AU - Kraemer, S. M. AU - Kyes, S. A. AU - Aggarwal, G. AU - Springer, A. L. AU - Nelson, S. O. AU - Christodoulou, Z. AU - Smith, L. M. AU - Wang, W. AU - Levin, E. AU - Newbold, C. I. AU - Myler, P. J. AU - Smith, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Patterns of gene recombination shape var gene repertoires in Plasmodium falciparum: comparisons of geographically diverse isolates JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-45 DO - 10.1186/1471-2164-8-45 ID - Kraemer2007 ER - TY - JOUR AU - Carver, T. J. AU - Rutherford, K. M. AU - Berriman, M. AU - Rajandream, M. A. AU - Barrell, B. G. AU - Parkhill, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - ACT: the Artemis Comparison Tool JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti553 DO - 10.1093/bioinformatics/bti553 ID - Carver2005 ER - TY - STD TI - SMALT. [http://www.sanger.ac.uk/resources/software/smalt/] UR - http://www.sanger.ac.uk/resources/software/smalt/ ID - ref21 ER - TY - STD TI - Picard. [http://picard.sourceforge.net/] UR - http://picard.sourceforge.net/ ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Manske, H. M. AU - Kwiatkowski, D. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - SNP-o-matic JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp403 DO - 10.1093/bioinformatics/btp403 ID - Manske2009 ER - TY - JOUR AU - Carver, T. AU - Harris, S. R. AU - Berriman, M. AU - Parkhill, J. AU - McQuillan, J. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Artemis: An integrated platform for visualisation and analysis of high-throughput sequence-based experimental data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr703 DO - 10.1093/bioinformatics/btr703 ID - Carver2012 ER - TY - JOUR AU - Boetzer, M. AU - Pirovano, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Toward almost closed genomes with GapFiller JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-6-r56 DO - 10.1186/gb-2012-13-6-r56 ID - Boetzer2012 ER - TY - JOUR AU - Tsai, I. J. AU - Otto, T. D. AU - Berriman, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Improving draft assemblies by iterative mapping and assembly of short reads to eliminate gaps JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-4-r41 DO - 10.1186/gb-2010-11-4-r41 ID - Tsai2010 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - JOUR AU - Boetzer, M. AU - Henkel, C. V. AU - Jansen, H. J. AU - Butler, D. AU - Pirovano, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scaffolding pre-assembled contigs using SSPACE JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq683 DO - 10.1093/bioinformatics/btq683 ID - Boetzer2011 ER - TY - JOUR AU - Ning, Z. AU - Cox, A. J. AU - Mullikin, J. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - SSAHA: a fast search method for large DNA databases JO - Genome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gr.194201 DO - 10.1101/gr.194201 ID - Ning2001 ER - TY - JOUR AU - McKay, S. J. AU - Jones, S. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - AcePrimer: automation of PCR primer design based on gene structure JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.11.1538 DO - 10.1093/bioinformatics/18.11.1538 ID - McKay2002 ER - TY - JOUR AU - Gnerre, S. AU - Maccallum, I. AU - Przybylski, D. AU - Ribeiro, F. J. AU - Burton, J. N. AU - Walker, B. J. AU - Sharpe, T. AU - Hall, G. AU - Shea, T. P. AU - Sykes, S. AU - Berlin, A. M. AU - Aird, D. AU - Costello, M. AU - Daza, R. AU - Williams, L. AU - Nicol, R. AU - Gnirke, A. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Jaffe, D. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - High-quality draft assemblies of mammalian genomes from massively parallel sequence data JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1017351108 DO - 10.1073/pnas.1017351108 ID - Gnerre2011 ER - TY - JOUR AU - Li, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Tabix: fast retrieval of sequence features from generic TAB-delimited files JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq671 DO - 10.1093/bioinformatics/btq671 ID - Li2011 ER - TY - CHAP PY - 2010 DA - 2010// BT - R: A language and environment for statistical computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Barnett, D. W. AU - Garrison, E. K. AU - Quinlan, A. R. AU - Stromberg, M. P. AU - Marth, G. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - BamTools: a C++ API and toolkit for analyzing and managing BAM files JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr174 DO - 10.1093/bioinformatics/btr174 ID - Barnett2011 ER - TY - JOUR AU - Krzywinski, M. AU - Schein, J. AU - Birol, I. AU - Connors, J. AU - Gascoyne, R. AU - Horsman, D. AU - Jones, S. J. AU - Marra, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circos: an information aesthetic for comparative genomics JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092759.109 DO - 10.1101/gr.092759.109 ID - Krzywinski2009 ER -