TY - JOUR AU - Mitelman, F. AU - Johansson, B. AU - Mertens, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Fusion genes and rearranged genes as a linear function of chromosome aberrations in cancer JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1335 DO - 10.1038/ng1335 ID - Mitelman2004 ER - TY - JOUR AU - Mitelman, F. AU - Johansson, B. AU - Mertens, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - The impact of translocations and gene fusions on cancer causation JO - Nat Rev Cancer VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2091 DO - 10.1038/nrc2091 ID - Mitelman2007 ER - TY - JOUR AU - Frohling, S. AU - Dohner, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Chromosomal abnormalities in cancer JO - N Engl J Med VL - 359 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra0803109 DO - 10.1056/NEJMra0803109 ID - Frohling2008 ER - TY - JOUR AU - Tkachuk, D. C. AU - Westbrook, C. A. AU - Andreeff, M. AU - Donlon, T. A. AU - Cleary, M. L. AU - Suryanarayan, K. AU - Homge, M. AU - Redner, A. AU - Gray, J. AU - Pinkel, D. PY - 1990 DA - 1990// TI - Detection of bcr-abl fusion in chronic myelogeneous leukemia by in situ hybridization JO - Science VL - 250 UR - https://doi.org/10.1126/science.2237408 DO - 10.1126/science.2237408 ID - Tkachuk1990 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Rhodes, D. R. AU - Perner, S. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Mehra, R. AU - Sun, X. W. AU - Varambally, S. AU - Cao, X. AU - Tchinda, J. AU - Kuefer, R. AU - Lee, C. AU - Montie, J. E. AU - Shah, R. B. AU - Pienta, K. J. AU - Rubin, M. A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Recurrent fusion of TMPRSS2 and ETS transcription factor genes in prostate cancer JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1117679 DO - 10.1126/science.1117679 ID - Tomlins2005 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Laxman, B. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Helgeson, B. E. AU - Cao, X. AU - Morris, D. S. AU - Menon, A. AU - Jing, X. AU - Cao, Q. AU - Han, B. AU - Yu, J. AU - Wang, L. AU - Montie, J. E. AU - Rubin, M. A. AU - Pienta, K. J. AU - Roulston, D. AU - Shah, R. B. AU - Varambally, S. AU - Mehra, R. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distinct classes of chromosomal rearrangements create oncogenic ETS gene fusions in prostate cancer JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06024 DO - 10.1038/nature06024 ID - Tomlins2007 ER - TY - JOUR AU - Soda, M. AU - Choi, Y. L. AU - Enomoto, M. AU - Takada, S. AU - Yamashita, Y. AU - Ishikawa, S. AU - Fujiwara, S. AU - Watanabe, H. AU - Kurashina, K. AU - Hatanaka, H. AU - Bando, M. AU - Ohno, S. AU - Ishikawa, Y. AU - Aburatani, H. AU - Niki, T. AU - Sohara, Y. AU - Sugiyama, Y. AU - Mano, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of the transforming EML4-ALK fusion gene in non-small-cell lung cancer JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature05945 DO - 10.1038/nature05945 ID - Soda2007 ER - TY - JOUR AU - Bass, A. J. AU - Lawrence, M. S. AU - Brace, L. E. AU - Ramos, A. H. AU - Drier, Y. AU - Cibulskis, K. AU - Sougnez, C. AU - Voet, D. AU - Saksena, G. AU - Sivachenko, A. AU - Jing, R. AU - Parkin, M. AU - Pugh, T. AU - Verhaak, R. G. AU - Stransky, N. AU - Boutin, A. T. AU - Barretina, J. AU - Solit, D. B. AU - Vakiani, E. AU - Shao, W. AU - Mishina, Y. AU - Warmuth, M. AU - Jimenez, J. AU - Chiang, D. Y. AU - Signoretti, S. AU - Kaelin, W. G. AU - Spardy, N. AU - Hahn, W. C. AU - Hoshida, Y. AU - Ogino, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genomic sequencing of colorectal adenocarcinomas identifies a recurrent VTI1A-TCF7L2 fusion JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.936 DO - 10.1038/ng.936 ID - Bass2011 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. T. AU - Sandberg, R. AU - Luo, S. AU - Khrebtukova, I. AU - Zhang, L. AU - Mayr, C. AU - Kingsmore, S. F. AU - Schroth, G. P. AU - Burge, C. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07509 DO - 10.1038/nature07509 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Hillier, L. W. AU - Reinke, V. AU - Green, P. AU - Hirst, M. AU - Marra, M. A. AU - Waterston, R. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Massively parallel sequencing of the polyadenylated transcriptome of C. elegans JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.088112.108 DO - 10.1101/gr.088112.108 ID - Hillier2009 ER - TY - JOUR AU - Nagalakshmi, U. AU - Wang, Z. AU - Waern, K. AU - Shou, C. AU - Raha, D. AU - Gerstein, M. AU - Snyder, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1158441 DO - 10.1126/science.1158441 ID - Nagalakshmi2008 ER - TY - JOUR AU - Filichkin, S. A. AU - Priest, H. D. AU - Givan, S. A. AU - Shen, R. AU - Bryant, D. W. AU - Fox, S. E. AU - Wong, W. K. AU - Mockler, T. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide mapping of alternative splicing in Arabidopsis thaliana JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.093302.109 DO - 10.1101/gr.093302.109 ID - Filichkin2010 ER - TY - JOUR AU - McManus, C. J. AU - Coolon, J. D. AU - Duff, M. O. AU - Eipper-Mains, J. AU - Graveley, B. R. AU - Wittkopp, P. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Regulatory divergence in Drosophila revealed by mRNA-seq JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.102491.109 DO - 10.1101/gr.102491.109 ID - McManus2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, G. AU - Guo, G. AU - Hu, X. AU - Zhang, Y. AU - Li, Q. AU - Li, R. AU - Zhuang, R. AU - Lu, Z. AU - He, Z. AU - Fang, X. AU - Chen, L. AU - Tian, W. AU - Tao, Y. AU - Kristiansen, K. AU - Zhang, X. AU - Li, S. AU - Yang, H. AU - Wang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.100677.109 DO - 10.1101/gr.100677.109 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, B. AU - Guo, G. AU - Wang, C. AU - Lin, Y. AU - Wang, X. AU - Zhao, M. AU - Guo, Y. AU - He, M. AU - Zhang, Y. AU - Pan, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Survey of the transcriptome of Aspergillus oryzae via massively parallel mRNA sequencing JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq256 DO - 10.1093/nar/gkq256 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Maher, C. A. AU - Kumar-Sinha, C. AU - Cao, X. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Han, B. AU - Jing, X. AU - Sam, L. AU - Barrette, T. AU - Palanisamy, N. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07638 DO - 10.1038/nature07638 ID - Maher2009 ER - TY - JOUR AU - Maher, C. A. AU - Palanisamy, N. AU - Brenner, J. C. AU - Cao, X. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Luo, S. AU - Khrebtukova, I. AU - Barrette, T. R. AU - Grasso, C. AU - Yu, J. AU - Lonigro, R. J. AU - Schroth, G. AU - Kumar-Sinha, C. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chimeric transcript discovery by paired-end transcriptome sequencing JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0904720106 DO - 10.1073/pnas.0904720106 ID - Maher2009 ER - TY - JOUR AU - Berger, M. F. AU - Levin, J. Z. AU - Vijayendran, K. AU - Sivachenko, A. AU - Adiconis, X. AU - Maguire, J. AU - Johnson, L. A. AU - Robinson, J. AU - Verhaak, R. G. AU - Sougnez, C. AU - Onofrio, R. C. AU - Ziaugra, L. AU - Cibulskis, K. AU - Laine, E. AU - Barretina, J. AU - Winckler, W. AU - Fisher, D. E. AU - Getz, G. AU - Meyerson, M. AU - Jaffe, D. B. AU - Gabriel, S. B. AU - Lander, E. S. AU - Dummer, R. AU - Gnirke, A. AU - Nusbaum, C. AU - Garraway, L. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrative analysis of the melanoma transcriptome JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.103697.109 DO - 10.1101/gr.103697.109 ID - Berger2010 ER - TY - JOUR AU - Edgren, H. AU - Murumagi, A. AU - Kangaspeska, S. AU - Nicorici, D. AU - Hongisto, V. AU - Kleivi, K. AU - Rye, I. H. AU - Nyberg, S. AU - Wolf, M. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Kallioniemi, O. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of fusion genes in breast cancer by paired-end RNA-sequencing JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-1-r6 DO - 10.1186/gb-2011-12-1-r6 ID - Edgren2011 ER - TY - JOUR AU - Sboner, A. AU - Habegger, L. AU - Pflueger, D. AU - Terry, S. AU - Chen, D. Z. AU - Rozowsky, J. S. AU - Tewari, A. K. AU - Kitabayashi, N. AU - Moss, B. J. AU - Chee, M. S. AU - Demichelis, F. AU - Rubin, M. A. AU - Gerstein, M. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - FusionSeq: a modular framework for finding gene fusions by analyzing paired-end RNA-sequencing data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r104 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r104 ID - Sboner2010 ER - TY - JOUR AU - McPherson, A. AU - Hormozdiari, F. AU - Zayed, A. AU - Giuliany, R. AU - Ha, G. AU - Sun, M. G. AU - Griffith, M. AU - Heravi Moussavi, A. AU - Senz, J. AU - Melnyk, N. AU - Pacheco, M. AU - Marra, M. A. AU - Hirst, M. AU - Nielsen, T. O. AU - Sahinalp, S. C. AU - Huntsman, D. AU - Shah, S. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - deFuse: an algorithm for gene fusion discovery in tumor RNA-Seq data JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001138 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001138 ID - McPherson2011 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Salzberg, S. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - TopHat-Fusion: an algorithm for discovery of novel fusion transcripts JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-8-r72 DO - 10.1186/gb-2011-12-8-r72 ID - Kim2011 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Chien, J. AU - Smith, D. I. AU - Ma, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - FusionHunter: identifying fusion transcripts in cancer using paired-end RNA-seq JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr265 DO - 10.1093/bioinformatics/btr265 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Asmann, Y. W. AU - Hossain, A. AU - Necela, B. M. AU - Middha, S. AU - Kalari, K. R. AU - Sun, Z. AU - Chai, H. S. AU - Williamson, D. W. AU - Radisky, D. AU - Schroth, G. P. AU - Kocher, J. P. AU - Perez, E. A. AU - Thompson, E. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - A novel bioinformatics pipeline for identification and characterization of fusion transcripts in breast cancer and normal cell lines JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr362 DO - 10.1093/nar/gkr362 ID - Asmann2011 ER - TY - JOUR AU - Iyer, M. K. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Maher, C. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - ChimeraScan: a tool for identifying chimeric transcription in sequencing data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr467 DO - 10.1093/bioinformatics/btr467 ID - Iyer2011 ER - TY - JOUR AU - Ge, H. AU - Liu, K. AU - Juan, T. AU - Fang, F. AU - Newman, M. AU - Hoeck, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - FusionMap: detecting fusion genes from next-generation sequencing data at base-pair resolution JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr310 DO - 10.1093/bioinformatics/btr310 ID - Ge2011 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Beal, K. AU - Brent, S. AU - Chen, Y. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fairley, S. AU - Fitzgerald, S. AU - Gordon, L. AU - Hendrix, M. AU - Hourlier, T. AU - Johnson, N. AU - Kahari, A. AU - Keefe, D. AU - Keenan, S. AU - Kinsella, R. AU - Kokocinski, F. AU - Kulesha, E. AU - Larsson, P. AU - Longden, I. AU - McLaren, W. AU - Overduin, B. AU - Pritchard, B. AU - Riat, H. S. AU - Rios, D. AU - Ritchie, G. R. AU - Ruffier, M. AU - Schuster, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Ensembl 2011 JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1064 DO - 10.1093/nar/gkq1064 ID - Flicek2011 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Yu, C. AU - Li, Y. AU - Lam, T. W. AU - Yiu, S. M. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp336 DO - 10.1093/bioinformatics/btp336 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Ruan, J. AU - Durbin, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping short DNA sequencing reads and calling variants using mapping quality scores JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.078212.108 DO - 10.1101/gr.078212.108 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Salzman, J. AU - Marinelli, R. J. AU - Wang, P. L. AU - Green, A. E. AU - Nielsen, J. S. AU - Nelson, B. H. AU - Drescher, C. W. AU - Brown, P. O. PY - 2011 DA - 2011// TI - ESRRA-C11orf20 is a recurrent gene fusion in serous ovarian carcinoma JO - PLoS Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001156 DO - 10.1371/journal.pbio.1001156 ID - Salzman2011 ER - TY - JOUR AU - Singh, D. AU - Chan, J. M. AU - Zoppoli, P. AU - Niola, F. AU - Sullivan, R. AU - Castano, A. AU - Liu, E. M. AU - Reichel, J. AU - Porrati, P. AU - Pellegatta, S. AU - Qiu, K. AU - Gao, Z. AU - Ceccarelli, M. AU - Riccardi, R. AU - Brat, D. J. AU - Guha, A. AU - Aldape, K. AU - Golfinos, J. G. AU - Zagzag, D. AU - Mikkelsen, T. AU - Finocchiaro, G. AU - Lasorella, A. AU - Rabadan, R. AU - Iavarone, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transforming fusions of FGFR and TACC genes in human glioblastoma JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1220834 DO - 10.1126/science.1220834 ID - Singh2012 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Mullighan, C. G. AU - Easton, J. AU - Roberts, S. AU - Heatley, S. L. AU - Ma, J. AU - Rusch, M. C. AU - Chen, K. AU - Harris, C. C. AU - Ding, L. AU - Holmfeldt, L. AU - Payne-Turner, D. AU - Fan, X. AU - Wei, L. AU - Zhao, D. AU - Obenauer, J. C. AU - Naeve, C. AU - Mardis, E. R. AU - Wilson, R. K. AU - Downing, J. R. AU - Zhang, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - CREST maps somatic structural variation in cancer genomes with base-pair resolution JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1628 DO - 10.1038/nmeth.1628 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Peng, Z. AU - Cheng, Y. AU - Tan, B. C. AU - Kang, L. AU - Tian, Z. AU - Zhu, Y. AU - Zhang, W. AU - Liang, Y. AU - Hu, X. AU - Tan, X. AU - Guo, J. AU - Dong, Z. AU - Bao, L. AU - Wang, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comprehensive analysis of RNA-Seq data reveals extensive RNA editing in a human transcriptome JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2122 DO - 10.1038/nbt.2122 ID - Peng2012 ER - TY - JOUR AU - Gao, F. AU - Liu, X. AU - Wu, X. P. AU - Wang, X. L. AU - Gong, D. AU - Lu, H. AU - Xia, Y. AU - Song, Y. AU - Wang, J. AU - Du, J. AU - Liu, S. AU - Han, X. AU - Tang, Y. AU - Yang, H. AU - Jin, Q. AU - Zhang, X. AU - Liu, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential DNA methylation in discrete developmental stages of the parasitic nematode Trichinella spiralis JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-10-r100 DO - 10.1186/gb-2012-13-10-r100 ID - Gao2012 ER - TY - STD TI - BLAT Search Genome. [http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start] UR - http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start ID - ref38 ER -