TY - JOUR AU - Dunham, I. AU - Kundaje, A. AU - Aldred, S. F. AU - Collins, P. J. AU - Davis, C. A. AU - Doyle, F. AU - Epstein, C. B. AU - Frietze, S. AU - Harrow, J. AU - Kaul, R. AU - Khatun, J. AU - Lajoie, B. R. AU - Landt, S. G. AU - Lee, B. K. AU - Pauli, F. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Sabo, P. AU - Safi, A. AU - Shoresh, N. AU - Simon, J. M. AU - Song, L. AU - Trinklein, N. D. AU - Altshuler, R. C. AU - Birney, E. AU - Brown, J. B. AU - Cheng, C. AU - Djebali, S. AU - Dong, X. AU - Dunham, I. PY - 2012 DA - 2012// TI - An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - Dunham2012 ER - TY - JOUR AU - Furey, T. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3306 DO - 10.1038/nrg3306 ID - Furey2012 ER - TY - JOUR AU - Park, P. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2641 DO - 10.1038/nrg2641 ID - Park2009 ER - TY - JOUR AU - Cowper-Sal Lari, R. AU - Zhang, X. AU - Wright, J. B. AU - Bailey, S. D. AU - Cole, M. D. AU - Eeckhoute, J. AU - Moore, J. H. AU - Lupien, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Breast cancer risk-associated SNPs modulate the affinity of chromatin for FOXA1 and alter gene expression JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2416 DO - 10.1038/ng.2416 ID - Cowper-Sal Lari2012 ER - TY - JOUR AU - Rhee, H. S. AU - Pugh, B. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution JO - Cell VL - 147 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.11.013 DO - 10.1016/j.cell.2011.11.013 ID - Rhee2011 ER - TY - JOUR AU - Rhee, H. S. AU - Pugh, B. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide structure and organization of eukaryotic pre-initiation complexes JO - Nature VL - 483 UR - https://doi.org/10.1038/nature10799 DO - 10.1038/nature10799 ID - Rhee2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, T. AU - Meyer, C. A. AU - Eeckhoute, J. AU - Johnson, D. S. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Myers, R. M. AU - Brown, M. AU - Li, W. AU - Liu, X. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS) JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-9-r137 DO - 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Hurtado, A. AU - Holmes, K. A. AU - Ross-Innes, C. S. AU - Schmidt, D. AU - Carroll, J. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - FOXA1 is a key determinant of estrogen receptor function and endocrine response JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.730 DO - 10.1038/ng.730 ID - Hurtado2011 ER - TY - JOUR AU - Theodorou, V. AU - Stark, R. AU - Menon, S. AU - Carroll, J. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - GATA3 acts upstream of FOXA1 in mediating ESR1 binding by shaping enhancer accessibility JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.139469.112 DO - 10.1101/gr.139469.112 ID - Theodorou2013 ER - TY - JOUR AU - Carroll, J. S. AU - Liu, X. S. AU - Brodsky, A. S. AU - Li, W. AU - Meyer, C. A. AU - Szary, A. J. AU - Eeckhoute, J. AU - Shao, W. AU - Hestermann, E. V. AU - Geistlinger, T. R. AU - Fox, E. A. AU - Silver, P. A. AU - Brown, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Chromosome-wide mapping of estrogen receptor binding reveals long-range regulation requiring the forkhead protein FoxA1 JO - Cell VL - 122 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.05.008 DO - 10.1016/j.cell.2005.05.008 ID - Carroll2005 ER - TY - JOUR AU - Lupien, M. AU - Eeckhoute, J. AU - Meyer, C. A. AU - Wang, Q. AU - Zhang, Y. AU - Li, W. AU - Carroll, J. S. AU - Liu, X. S. AU - Brown, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - FoxA1 translates epigenetic signatures into enhancer-driven lineage-specific transcription JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.01.018 DO - 10.1016/j.cell.2008.01.018 ID - Lupien2008 ER - TY - JOUR AU - Laganiere, J. AU - Deblois, G. AU - Lefebvre, C. AU - Bataille, A. R. AU - Robert, F. AU - Giguere, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - From the cover: location analysis of estrogen receptor alpha target promoters reveals that FOXA1 defines a domain of the estrogen response JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0505575102 DO - 10.1073/pnas.0505575102 ID - Laganiere2005 ER - TY - JOUR AU - Jankowski, A. AU - Szczurek, E. AU - Jauch, R. AU - Tiuryn, J. AU - Prabhakar, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comprehensive prediction in 78 human cell lines reveals rigidity and compactness of transcription factor dimers JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.154922.113 DO - 10.1101/gr.154922.113 ID - Jankowski2013 ER - TY - JOUR AU - Littler, D. R. AU - Alvarez-Fernandez, M. AU - Stein, A. AU - Hibbert, R. G. AU - Heidebrecht, T. AU - Aloy, P. AU - Medema, R. H. AU - Perrakis, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Structure of the FoxM1 DNA-recognition domain bound to a promoter sequence JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq194 DO - 10.1093/nar/gkq194 ID - Littler2010 ER - TY - JOUR AU - Robertson, G. AU - Hirst, M. AU - Bainbridge, M. AU - Bilenky, M. AU - Zhao, Y. AU - Zeng, T. AU - Euskirchen, G. AU - Bernier, B. AU - Varhol, R. AU - Delaney, A. AU - Thiessen, N. AU - Griffith, O. L. AU - He, A. AU - Marra, M. AU - Snyder, M. AU - Jones, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1068 DO - 10.1038/nmeth1068 ID - Robertson2007 ER - TY - JOUR AU - Stefflova, K. AU - Thybert, D. AU - Wilson, M. D. AU - Streeter, I. AU - Aleksic, J. AU - Karagianni, P. AU - Brazma, A. AU - Adams, D. J. AU - Talianidis, I. AU - Marioni, J. C. AU - Flicek, P. AU - Odom, D. T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cooperativity and rapid evolution of cobound transcription factors in closely related mammals JO - Cell VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.07.007 DO - 10.1016/j.cell.2013.07.007 ID - Stefflova2013 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, D. AU - Wilson, M. D. AU - Spyrou, C. AU - Brown, G. D. AU - Hadfield, J. AU - Odom, D. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - ChIP-seq: using high-throughput sequencing to discover protein-DNA interactions JO - Methods VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2009.03.001 DO - 10.1016/j.ymeth.2009.03.001 ID - Schmidt2009 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Zweig, A. S. AU - Barber, G. AU - Hinrichs, A. S. AU - Karolchik, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - BigWig and BigBed: enabling browsing of large distributed datasets JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq351 DO - 10.1093/bioinformatics/btq351 ID - Kent2010 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at UCSC JO - Genome Rres VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 DO - 10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 ID - Kent2002 ER - TY - STD TI - http://genome.ucsc.edu, UR - http://genome.ucsc.edu ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - STD TI - R: A language and environment for statistical computing. http://www.r-project.org, UR - http://www.r-project.org ID - ref22 ER - TY - BOOK AU - Wickham, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis PB - Springer Publishing Company, Incorporated CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-98141-3 DO - 10.1007/978-0-387-98141-3 ID - Wickham2009 ER - TY - JOUR AU - Grant, C. E. AU - Bailey, T. L. AU - Noble, W. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - FIMO: scanning for occurrences of a given motif JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr064 DO - 10.1093/bioinformatics/btr064 ID - Grant2011 ER -