TY - JOUR AU - Pan, Q. AU - Shai, O. AU - Lee, L. J. AU - Frey, B. J. AU - Blencowe, B. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.259 DO - 10.1038/ng.259 ID - Pan2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. T. AU - Sandberg, R. AU - Luo, S. AU - Khrebtukova, I. AU - Zhang, L. AU - Mayr, C. AU - Kingsmore, S. F. AU - Schroth, G. P. AU - Burge, C. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07509 DO - 10.1038/nature07509 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. T. AU - Cooper, A. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Splicing in disease: disruption of the splicing code and the decoding machinery JO - Nature VL - 8 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Burge, C. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Splicing regulation: from a parts list of regulatory elements to an integrated splicing code JO - RNA VL - 14 UR - https://doi.org/10.1261/rna.876308 DO - 10.1261/rna.876308 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Barash, Y. AU - Calarco, J. A. AU - Gao, W. AU - Pan, Q. AU - Wang, X. AU - Shai, O. AU - Blencowe, B. J. AU - Frey, B. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deciphering the splicing code JO - Nature VL - 465 UR - https://doi.org/10.1038/nature09000 DO - 10.1038/nature09000 ID - Barash2010 ER - TY - JOUR AU - Barbosa-Morais, N. L. AU - Irimia, M. AU - Pan, Q. AU - Xiong, H. Y. AU - Gueroussov, S. AU - Lee, L. J. AU - Slobodeniuc, V. AU - Kutter, C. AU - Watt, S. AU - Çolak, R. AU - Kim, T. AU - Misquitta-Ali, C. M. AU - Wilson, M. D. AU - Kim, P. M. AU - Odom, D. T. AU - Frey, B. J. AU - Blencowe, B. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The evolutionary landscape of alternative splicing in vertebrate species JO - Science VL - 338 UR - https://doi.org/10.1126/science.1230612 DO - 10.1126/science.1230612 ID - Barbosa-Morais2012 ER - TY - JOUR AU - Yeo, G. AU - Burge, C. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Maximum entropy modeling of short sequence motifs with applications to RNA splicing signals JO - J Comput Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1089/1066527041410418 DO - 10.1089/1066527041410418 ID - Yeo2004 ER - TY - JOUR AU - Dogan, R. I. AU - Getoor, L. AU - Wilbur, W. J. AU - Mount, S. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - SplicePort--an interactive splice-site analysis tool JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm407 DO - 10.1093/nar/gkm407 ID - Dogan2007 ER - TY - JOUR AU - Cartegni, L. AU - Wang, J. AU - Zhu, Z. AU - Zhang, M. Q. AU - Krainer, A. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - ESEfinder: a web resource to identify exonic splicing enhancers JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg616 DO - 10.1093/nar/gkg616 ID - Cartegni2003 ER - TY - JOUR AU - Yeo, G. W. AU - Coufal, N. G. AU - Liang, T. Y. AU - Peng, G. E. AU - Fu, X. -. D. AU - Gage, F. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - An RNA code for the FOX2 splicing regulator revealed by mapping RNA-protein interactions in stem cells JO - Nat Struct Mol Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1545 DO - 10.1038/nsmb.1545 ID - Yeo2009 ER - TY - JOUR AU - Xiong, H. Y. AU - Barash, Y. AU - Frey, B. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bayesian prediction of tissue-regulated splicing using RNA sequence and cellular context JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr023 DO - 10.1093/bioinformatics/btr023 ID - Xiong2011 ER - TY - JOUR AU - Pohl, A. A. AU - Sugnet, C. W. AU - Clark, T. A. AU - Smith, K. AU - Fujita, P. A. AU - Cline, M. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Affy exon tissues: exon levels in normal tissues in human, mouse and rat JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp414 DO - 10.1093/bioinformatics/btp414 ID - Pohl2009 ER - TY - JOUR AU - Xi, L. AU - Fondufe-Mittendorf, Y. AU - Xia, L. AU - Flatow, J. AU - Widom, J. AU - Wang, J. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Predicting nucleosome positioning using a duration Hidden Markov Model JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-346 DO - 10.1186/1471-2105-11-346 ID - Xi2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. T. AU - Cody, N. A. L. AU - Jog, S. AU - Biancolella, M. AU - Wang, T. T. AU - Treacy, D. J. AU - Luo, S. AU - Schroth, G. P. AU - Housman, D. E. AU - Reddy, S. AU - Lécuyer, E. AU - Burge, C. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptome-wide regulation of pre-mRNA splicing and mRNA localization by muscleblind proteins JO - Cell VL - 150 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.06.041 DO - 10.1016/j.cell.2012.06.041 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, S. AU - Meshorer, E. AU - Ast, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chromatin organization marks exon-intron structure JO - Nat Struct Mol Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1659 DO - 10.1038/nsmb.1659 ID - Schwartz2009 ER - TY - JOUR AU - Tilgner, H. AU - Nikolaou, C. AU - Althammer, S. AU - Sammeth, M. AU - Beato, M. AU - Valcárcel, J. AU - Guigó, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Nucleosome positioning as a determinant of exon recognition JO - Nat Struct Mol Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1658 DO - 10.1038/nsmb.1658 ID - Tilgner2009 ER - TY - JOUR AU - Harper, S. J. AU - Bates, D. O. PY - 2008 DA - 2008// TI - VEGF-A splicing: the key to anti-angiogenic therapeutics? JO - Nat Rev Cancer VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2505 DO - 10.1038/nrc2505 ID - Harper2008 ER - TY - JOUR AU - Kalsotra, A. AU - Xiao, X. AU - Ward, A. J. AU - Castle, J. C. AU - Johnson, J. M. AU - Burge, C. B. AU - Cooper, T. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - A postnatal switch of CELF and MBNL proteins reprograms alternative splicing in the developing heart JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0809045105 DO - 10.1073/pnas.0809045105 ID - Kalsotra2008 ER - TY - JOUR AU - Nowak, D. G. AU - Amin, E. M. AU - Rennel, E. S. AU - Hoareau-Aveilla, C. AU - Gammons, M. AU - Damodoran, G. AU - Hagiwara, M. AU - Harper, S. J. AU - Woolard, J. AU - Ladomery, M. R. AU - Bates, D. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Regulation of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF) Splicing from Pro-angiogenic to Anti-angiogenic Isoforms: a Novel Therapeutic Strategy for Angiogenesis JO - J Biol Chem VL - 285 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.074930 DO - 10.1074/jbc.M109.074930 ID - Nowak2009 ER - TY - JOUR AU - Hall, M. P. AU - Nagel, R. J. AU - Fagg, W. S. AU - Shiue, L. AU - Cline, M. S. AU - Perriman, R. J. AU - Donohue, J. P. AU - Ares, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Quaking and PTB control overlapping splicing regulatory networks during muscle cell differentiation JO - RNA VL - 19 UR - https://doi.org/10.1261/rna.038422.113 DO - 10.1261/rna.038422.113 ID - Hall2013 ER - TY - JOUR AU - Ule, J. AU - Stefani, G. AU - Mele, A. AU - Ruggiu, M. AU - Wang, X. AU - Taneri, B. AU - Gaasterland, T. AU - Blencowe, B. J. AU - Darnell, R. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - An RNA map predicting Nova-dependent splicing regulation JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05304 DO - 10.1038/nature05304 ID - Ule2006 ER - TY - JOUR AU - Kawamoto, S. PY - 1996 DA - 1996// TI - Neuron-specific alternative splicing of nonmuscle myosin II heavy chain-B pre-mRNA requires a cis-acting intron sequence JO - J Biol Chem VL - 271 ID - Kawamoto1996 ER - TY - JOUR AU - Aznarez, I. AU - Barash, Y. AU - Shai, O. AU - He, D. AU - Zielenski, J. AU - Tsui, L. C. AU - Parkinson, J. AU - Frey, B. J. AU - Rommens, J. M. AU - Blencowe, B. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - A systematic analysis of intronic sequences downstream of 5’ splice sites reveals a widespread role for U-rich motifs and TIA1/TIAL1 proteins in alternative splicing regulation JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.073155.107 DO - 10.1101/gr.073155.107 ID - Aznarez2008 ER - TY - JOUR AU - Chen, M. AU - Manley, J. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mechanisms of alternative splicing regulation: insights from molecular and genomics approaches JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 10 ID - Chen2009 ER - TY - JOUR AU - Melamed, Z. AU - Levy, A. AU - Ashwal-Fluss, R. AU - Lev-Maor, G. AU - Mekahel, K. AU - Atias, N. AU - Gilad, S. AU - Sharan, R. AU - Levy, C. AU - Kadener, S. AU - Ast, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Alternative Splicing Regulates Biogenesis of miRNAs Located across Exon-Intron Junctions JO - Mol Cell VL - 50 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2013.05.007 DO - 10.1016/j.molcel.2013.05.007 ID - Melamed2013 ER - TY - JOUR AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. AU - Brown, G. R. AU - Maglott, D. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - NCBI Reference Sequences (RefSeq): current status, new features and genome annotation policy JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1079 DO - 10.1093/nar/gkr1079 ID - Pruitt2012 ER - TY - JOUR AU - Dreszer, T. R. AU - Karolchik, D. AU - Zweig, A. S. AU - Hinrichs, A. S. AU - Raney, B. J. AU - Kuhn, R. M. AU - Meyer, L. R. AU - Wong, M. AU - Sloan, C. A. AU - Rosenbloom, K. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - The UCSC Genome Browser database: extensions and updates 2011 JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1055 DO - 10.1093/nar/gkr1055 ID - Dreszer2012 ER - TY - BOOK AU - Ben-Dor, A. AU - Friedman, N. AU - Yakhini, Z. PY - 2000 DA - 2000// TI - Scoring Genes for Relevance ID - Ben-Dor2000 ER -