TY - JOUR AU - Rusch, D. B. AU - Halpern, A. L. AU - Sutton, G. AU - Heidelberg, K. B. AU - Williamson, S. AU - Yooseph, S. AU - Wu, D. AU - Eisen, J. A. AU - Hoffman, J. M. AU - Remington, K. AU - Beeson, K. AU - Tran, B. AU - Smith, H. AU - Baden-Tillson, H. AU - Stewart, C. AU - Thorpe, J. AU - Freeman, J. AU - Andrews-Pfannkoch, C. AU - Venter, J. E. AU - Li, K. AU - Kravitz, S. AU - Heidelberg, J. F. AU - Utterback, T. AU - Rogers, Y. -. H. AU - Falcón, L. I. AU - Souza, V. AU - Bonilla-Rosso, G. AU - Eguiarte, L. E. AU - Karl, D. M. AU - Sathyendranath, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Northwest Atlantic through Eastern Tropical Pacific JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050077 DO - 10.1371/journal.pbio.0050077 ID - Rusch2007 ER - TY - JOUR AU - Wu, D. AU - Wu, M. AU - Halpern, A. AU - Rusch, D. B. AU - Yooseph, S. AU - Frazier, M. AU - Venter, J. C. AU - Eisen, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Stalking the fourth domain in metagenomic data: searching for, discovering, and interpreting novel, deep branches in marker gene phylogenetic trees JO - PLoS ONE VL - 6 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - Yooseph, S. AU - Sutton, G. AU - Rusch, D. B. AU - Halpern, A. L. AU - Williamson, S. J. AU - Remington, K. AU - Eisen, J. A. AU - Heidelberg, K. B. AU - Manning, G. AU - Li, W. AU - Jaroszewski, L. AU - Cieplak, P. AU - Miller, C. S. AU - Li, H. AU - Mashiyama, S. T. AU - Joachimiak, M. P. AU - Van Belle, C. AU - Chandonia, J. -. M. AU - Soergel, D. A. AU - Zhai, Y. AU - Natarajan, K. AU - Lee, S. AU - Raphael, B. J. AU - Bafna, V. AU - Friedman, R. AU - Brenner, S. E. AU - Godzik, A. AU - Eisenberg, D. AU - Dixon, J. E. AU - Taylor, S. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expanding the Universe of Protein Families JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050016 DO - 10.1371/journal.pbio.0050016 ID - Yooseph2007 ER - TY - JOUR AU - Varin, T. AU - Lovejoy, C. AU - Jungblut, A. D. AU - Vincent, W. F. AU - Corbeil, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metagenomic analysis of stress genes in microbial mat communities from Antarctica and the High Arctic JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.06354-11 DO - 10.1128/AEM.06354-11 ID - Varin2011 ER - TY - JOUR AU - Kembel, S. W. AU - Jones, E. AU - Kline, J. AU - Northcutt, D. AU - Stenson, J. AU - Womack, A. M. AU - Bohannan, B. J. M. AU - Brown, G. Z. AU - Green, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Architectural design influences the diversity and structure of the built environment microbiome JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.211 DO - 10.1038/ismej.2011.211 ID - Kembel2012 ER - TY - JOUR AU - Warnecke, F. AU - Luginbuhl, P. AU - Ivanova, N. AU - Ghassemian, M. AU - Richardson, T. AU - Stege, J. AU - Cayouette, M. AU - McHardy, A. AU - Djordjevic, G. AU - Aboushadi, N. AU - Sorek, R. AU - Tringe, S. AU - Podar, M. AU - Martin, H. AU - Kunin, V. AU - Dalevi, D. AU - Madejska, J. AU - Kirton, E. AU - Platt, D. AU - Szeto, E. AU - Salamov, A. AU - Barry, K. AU - Mikhailova, N. AU - Kyrpides, N. AU - Matson, E. AU - Ottesen, E. AU - Zhang, X. AU - Hernandez, M. AU - Murillo, C. AU - Acosta, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Metagenomic and functional analysis of hindgut microbiota of a wood-feeding higher termite JO - Nature VL - 450 UR - https://doi.org/10.1038/nature06269 DO - 10.1038/nature06269 ID - Warnecke2007 ER - TY - JOUR AU - Arumugam, M. AU - Raes, J. AU - Pelletier, E. AU - Le Paslier, D. AU - Yamada, T. AU - Mende, D. R. AU - Fernandes, G. R. AU - Tap, J. AU - Bruls, T. AU - Batto, J. -. M. AU - Bertalan, M. AU - Borruel, N. AU - Casellas, F. AU - Fernandez, L. AU - Gautier, L. AU - Hansen, T. AU - Hattori, M. AU - Hayashi, T. AU - Kleerebezem, M. AU - Kurokawa, K. AU - Leclerc, M. AU - Levenez, F. AU - Manichanh, C. AU - Nielsen, H. B. AU - Nielsen, T. AU - Pons, N. AU - Poulain, J. AU - Qin, J. AU - Sicheritz-Ponten, T. AU - Tims, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Enterotypes of the human gut microbiome JO - Nature VL - 4 ID - Arumugam2011 ER - TY - JOUR AU - Gill, S. R. AU - Pop, M. AU - Deboy, R. T. AU - Eckburg, P. B. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Samuel, B. S. AU - Gordon, J. I. AU - Relman, D. A. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Nelson, K. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome JO - Science VL - 312 UR - https://doi.org/10.1126/science.1124234 DO - 10.1126/science.1124234 ID - Gill2006 ER - TY - JOUR AU - Kong, H. H. AU - Oh, J. AU - Deming, C. AU - Conlan, S. AU - Grice, E. A. AU - Beatson, M. AU - Nomicos, E. AU - Polley, E. AU - Komarow, H. D. AU - Program, N. C. S. AU - Murray, P. R. AU - Turner, M. L. AU - Segre, J. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Temporal shifts in the skin microbiome associated with atopic dermatitis disease flares and treatment JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.131029.111 DO - 10.1101/gr.131029.111 ID - Kong2012 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Hamady, M. AU - Yatsunenko, T. AU - Cantarel, B. L. AU - Duncan, A. AU - Ley, R. E. AU - Sogin, M. L. AU - Jones, W. J. AU - Roe, B. A. AU - Affourtit, J. P. AU - Egholm, M. AU - Henrissat, B. AU - Heath, A. C. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - A core gut microbiome in obese and lean twins JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07540 DO - 10.1038/nature07540 ID - Turnbaugh2009 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ley, R. E. AU - Hamady, M. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2007 DA - 2007// TI - The human microbiome project JO - Nature VL - 449 UR - https://doi.org/10.1038/nature06244 DO - 10.1038/nature06244 ID - Turnbaugh2007 ER - TY - JOUR AU - Mills, R. E. AU - Walter, K. AU - Stewart, C. AU - Handsaker, R. E. AU - Chen, K. AU - Alkan, C. AU - Abyzov, A. AU - Yoon, S. C. AU - Ye, K. AU - Cheetham, R. K. AU - Chinwalla, A. AU - Conrad, D. F. AU - Fu, Y. AU - Grubert, F. AU - Hajirasouliha, I. AU - Hormozdiari, F. AU - Iakoucheva, L. M. AU - Iqbal, Z. AU - Kang, S. AU - Kidd, J. M. AU - Konkel, M. K. AU - Korn, J. AU - Khurana, E. AU - Kural, D. AU - Lam, H. Y. AU - Leng, J. AU - Li, R. AU - Li, Y. AU - Lin, C. Y. AU - Luo, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing JO - Nature VL - 470 UR - https://doi.org/10.1038/nature09708 DO - 10.1038/nature09708 ID - Mills2011 ER - TY - JOUR AU - Gnerre, S. AU - MacCallum, I. AU - Przybylski, D. AU - Ribeiro, F. J. AU - Burton, J. N. AU - Walker, B. J. AU - Sharpe, T. AU - Hall, G. AU - Shea, T. P. AU - Sykes, S. AU - Berlin, A. M. AU - Aird, D. AU - Costello, M. AU - Daza, R. AU - Williams, L. AU - Nicol, R. AU - Gnirke, A. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Jaffe, D. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - High-quality draft assemblies of mammalian genomes from massively parallel sequence data JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1017351108 DO - 10.1073/pnas.1017351108 ID - Gnerre2011 ER - TY - JOUR AU - Brady, A. AU - Salzberg, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - PhummBL expanded: confidence scores, custom databases, parellelization and more JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0511-367 DO - 10.1038/nmeth0511-367 ID - Brady2011 ER - TY - JOUR AU - Brady, A. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phymm and PhymmBL: metagenomic phylogenetic classification with interpolated Markov models JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1358 DO - 10.1038/nmeth.1358 ID - Brady2009 ER - TY - JOUR AU - Clemente, J. C. AU - Jansson, J. AU - Valiente, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Flexible taxonomic assignment of ambiguous sequencing reads JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-8 DO - 10.1186/1471-2105-12-8 ID - Clemente2011 ER - TY - JOUR AU - Krause, L. AU - Diaz, N. N. AU - Goesmann, A. AU - Kelley, S. AU - Nattkemper, T. W. AU - Rohwer, F. AU - Edwards, R. A. AU - Stoye, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn038 DO - 10.1093/nar/gkn038 ID - Krause2008 ER - TY - JOUR AU - McHardy, A. C. AU - Martín, H. G. AU - Tsirigos, A. AU - Hugenholtz, P. AU - Rigoutsos, I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Accurate phylogenetic classification of variable-length DNA fragments JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth976 DO - 10.1038/nmeth976 ID - McHardy2007 ER - TY - JOUR AU - Meinicke, P. AU - Aßhauer, K. P. AU - Lingner, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mixture models for analysis of the taxonomic composition of metagenomes JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr266 DO - 10.1093/bioinformatics/btr266 ID - Meinicke2011 ER - TY - JOUR AU - Patil, K. R. AU - Haider, P. AU - Pope, P. B. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Morrison, M. AU - Scheffer, T. AU - McHardy, A. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Taxonomic metagenome sequence assignment with structured output models JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0311-191 DO - 10.1038/nmeth0311-191 ID - Patil2011 ER - TY - JOUR AU - Nalbantoglu, O. U. AU - Way, S. F. AU - Hinrichs, S. H. AU - Sayood, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - RAIphy: Phylogenetic classification of metagenomics samples using iterative refinement of relative abundance index profiles JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-41 DO - 10.1186/1471-2105-12-41 ID - Nalbantoglu2011 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - MacDonald, N. J. AU - Beiko, R. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Classifying short genomic fragments from novel lineages using composition and homology JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-328 DO - 10.1186/1471-2105-12-328 ID - Parks2011 ER - TY - JOUR AU - Luo, C. AU - Tsementzi, D. AU - Kyrpides, N. C. AU - Konstantinidis, K. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Individual genome assembly from complex community short-read metagenomic datasets JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.147 DO - 10.1038/ismej.2011.147 ID - Luo2012 ER - TY - JOUR AU - Namiki, T. AU - Hachiya, T. AU - Tanaka, H. AU - Sakakibara, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - MetaVelvet: An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks678 DO - 10.1093/nar/gks678 ID - Namiki2012 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Leung, H. C. M. AU - Yiu, S. M. AU - Chin, F. Y. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Meta-IDBA: a de Novo assembler for metagenomic data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr216 DO - 10.1093/bioinformatics/btr216 ID - Peng2011 ER - TY - JOUR AU - Laserson, J. AU - Jojic, V. AU - Koller, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genovo: de novo assembly for metagenomes JO - J Comput Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2010.0244 DO - 10.1089/cmb.2010.0244 ID - Laserson2011 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Peña, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. AU - Huttley, G. A. AU - Kelley, S. T. AU - Knights, D. AU - Koenig, J. E. AU - Ley, R. E. AU - Lozupone, C. A. AU - McDonald, D. AU - Muegge, B. D. AU - Pirrung, M. AU - Reeder, J. AU - Sevinsky, J. R. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Walters, W. A. AU - Widmann, J. AU - Yatsunenko, T. AU - Zaneveld, J. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Westcott, S. L. AU - Ryabin, T. AU - Hall, J. R. AU - Hartmann, M. AU - Hollister, E. B. AU - Lesniewski, R. A. AU - Oakley, B. B. AU - Parks, D. H. AU - Robinson, C. J. AU - Sahl, J. W. AU - Stres, B. AU - Thallinger, G. G. AU - Van Horn, D. J. AU - Weber, C. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01541-09 DO - 10.1128/AEM.01541-09 ID - Schloss2009 ER - TY - JOUR AU - Goodstadt, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ruffus: a lightweight Python library for computational pipelines JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq524 DO - 10.1093/bioinformatics/btq524 ID - Goodstadt2010 ER - TY - JOUR AU - Koren, S. AU - Treangen, T. J. AU - Pop, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bambus 2: Scaffolding Metagenomes JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr520 DO - 10.1093/bioinformatics/btr520 ID - Koren2011 ER - TY - JOUR AU - Arumugam, M. AU - Harrington, E. D. AU - Foerstner, K. U. AU - Raes, J. AU - Bork, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - SmashCommunity: a metagenomic annotation and analysis tool JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq536 DO - 10.1093/bioinformatics/btq536 ID - Arumugam2010 ER - TY - JOUR AU - Jaffe, D. B. AU - Butler, J. AU - Gnerre, S. AU - Mauceli, E. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Mesirov, J. P. AU - Zody, M. C. AU - Lander, E. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Whole-genome sequence assembly for mammalian genomes: Arachne 2 JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.828403 DO - 10.1101/gr.828403 ID - Jaffe2003 ER - TY - JOUR AU - Miller, J. R. AU - Delcher, A. L. AU - Koren, S. AU - Venter, E. AU - Walenz, B. P. AU - Brownley, A. AU - Johnson, J. AU - Li, K. AU - Mobarry, C. AU - Sutton, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Aggressive assembly of pyrosequencing reads with mates JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn548 DO - 10.1093/bioinformatics/btn548 ID - Miller2008 ER - TY - JOUR AU - Koren, S. AU - Miller, J. R. AU - Walenz, B. P. AU - Sutton, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - An algorithm for automated closure during assembly JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-457 DO - 10.1186/1471-2105-11-457 ID - Koren2010 ER - TY - CHAP AU - Borodovsky, M. AU - Mills, R. AU - Besemer, J. AU - Lomsadze, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Prokaryotic gene prediction using GeneMark and GeneMark.hmm BT - Current Protocols in Bioinformatics PB - John Wiley and Sons CY - Inc ID - Borodovsky2002 ER - TY - JOUR AU - Phillippy, A. M. AU - Schatz, M. C. AU - Pop, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-3-r55 DO - 10.1186/gb-2008-9-3-r55 ID - Phillippy2008 ER - TY - JOUR AU - Pop, M. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparative genome assembly JO - Brief Bioinform VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/bib/5.3.237 DO - 10.1093/bib/5.3.237 ID - Pop2004 ER - TY - JOUR AU - Schatz, M. C. AU - Phillippy, A. M. AU - Shneiderman, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hawkeye: an interactive visual analytics tool for genome assemblies JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-3-r34 DO - 10.1186/gb-2007-8-3-r34 ID - Schatz2007 ER - TY - JOUR AU - Schatz, M. C. AU - Phillippy, A. M. AU - Sommer, D. D. AU - Delcher, A. L. AU - Puiu, D. AU - Narzisi, G. AU - Salzberg, S. L. AU - Pop, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Hawkeye and AMOS: visualizing and assessing the quality of genome assemblies JO - Brief Bioinform VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbr074 DO - 10.1093/bib/bbr074 ID - Schatz2013 ER - TY - JOUR AU - Sommer, D. D. AU - Delcher, A. L. AU - Salzberg, S. L. AU - Pop, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Minimus: a fast, lightweight genome assembler JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-64 DO - 10.1186/1471-2105-8-64 ID - Sommer2007 ER - TY - JOUR AU - Treangen, T. J. AU - Sommer, D. D. AU - Angly, F. E. AU - Koren, S. AU - Pop, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Next generation sequence assembly with AMOS JO - Curr Protoc Bioinformatics VL - Chapter 11 ID - Treangen2011 ER - TY - CHAP AU - Ehrlich, S. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - MetaHIT: The European Union Project on Metagenomics of the Human Intestinal Tract BT - Metagenomics Hum Body UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4419-7089-3_15 DO - 10.1007/978-1-4419-7089-3_15 ID - Ehrlich2011 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Structure, function and diversity of the healthy human microbiome JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11234 DO - 10.1038/nature11234 ID - ref43 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - A framework for human microbiome research JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11209 DO - 10.1038/nature11209 ID - ref44 ER - TY - JOUR AU - Bentley, D. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Whole-genome re-sequencing JO - Curr Opin Genet Dev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2006.10.009 DO - 10.1016/j.gde.2006.10.009 ID - Bentley2006 ER - TY - JOUR AU - Ondov, B. D. AU - Bergman, N. H. AU - Phillippy, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Interactive metagenomic visualization in a Web browser JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-385 DO - 10.1186/1471-2105-12-385 ID - Ondov2011 ER - TY - JOUR AU - Narzisi, G. AU - Mishra, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparing de novo genome assembly: the long and short of it JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019175 DO - 10.1371/journal.pone.0019175 ID - Narzisi2011 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, R. AU - Raes, J. AU - Arumugam, M. AU - Burgdorf, K. S. AU - Manichanh, C. AU - Nielsen, T. AU - Pons, N. AU - Levenez, F. AU - Yamada, T. AU - Mende, D. R. AU - Li, J. AU - Xu, J. AU - Li, S. AU - Li, D. AU - Cao, J. AU - Wang, B. AU - Liang, H. AU - Zheng, H. AU - Xie, Y. AU - Tap, J. AU - Lepage, P. AU - Bertalan, M. AU - Batto, J. -. M. AU - Hansen, T. AU - Le Paslier, D. AU - Linneberg, A. AU - Nielsen, H. B. AU - Pelletier, E. AU - Renault, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08821 DO - 10.1038/nature08821 ID - Qin2010 ER - TY - CHAP AU - Langmead, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Aligning short sequencing reads with Bowtie BT - Curr Protoc Bioinform ID - Langmead2010 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Hu, Y. AU - Bolund, L. AU - Wang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - State of the art de novo assembly of human genomes from massively parallel sequencing data JO - Hum Genomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1479-7364-4-4-271 DO - 10.1186/1479-7364-4-4-271 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Liu, B. AU - Gibbons, T. AU - Ghodsi, M. AU - Treangen, T. AU - Pop, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Accurate and fast estimation of taxonomic profiles from metagenomic shotgun sequences JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-S2-S4 DO - 10.1186/1471-2164-12-S2-S4 ID - Liu2011 ER - TY - JOUR AU - Somkuti, G. A. AU - Renye, J. A. AU - Steinberg, D. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Molecular analysis of the glutamate decarboxylase locus in Streptococcus thermophilus ST110 JO - J Industrial Microbiol Biotechnol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1007/s10295-012-1114-0 DO - 10.1007/s10295-012-1114-0 ID - Somkuti2012 ER - TY - JOUR AU - Eppley, J. M. AU - Tyson, G. W. AU - Getz, W. M. AU - Banfield, J. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Strainer: software for analysis of population variation in community genomic datasets JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-398 DO - 10.1186/1471-2105-8-398 ID - Eppley2007 ER - TY - JOUR AU - McKenna, P. AU - Hoffmann, C. AU - Minkah, N. AU - Aye, P. P. AU - Lackner, A. AU - Liu, Z. AU - Lozupone, C. A. AU - Hamady, M. AU - Knight, R. AU - Bushman, F. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - The macaque gut microbiome in health, lentiviral infection, and chronic enterocolitis JO - PLoS Pathogens VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.0040020 DO - 10.1371/journal.ppat.0040020 ID - McKenna2008 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Handelsman, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Introducing SONS, a tool for operational taxonomic unit-based comparisons of microbial community memberships and structures JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00474-06 DO - 10.1128/AEM.00474-06 ID - Schloss2006 ER - TY - JOUR AU - Goll, J. AU - Rusch, D. B. AU - Tanenbaum, D. M. AU - Thiagarajan, M. AU - Li, K. AU - Methé, B. A. AU - Yooseph, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - METAREP: JCVI metagenomics reports--an open source tool for high-performance comparative metagenomics JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq455 DO - 10.1093/bioinformatics/btq455 ID - Goll2010 ER - TY - JOUR AU - Meyer, F. AU - Paarmann, D. AU - D'Souza, M. AU - Olson, R. AU - Glass, E. M. AU - Kubal, M. AU - Paczian, T. AU - Rodriguez, A. AU - Stevens, R. AU - Wilke, A. AU - Wilkening, J. AU - Edwards, R. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The metagenomics RAST server - a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-386 DO - 10.1186/1471-2105-9-386 ID - Meyer2008 ER - TY - CHAP AU - Abubucker, S. AU - Segata, N. AU - Goll, J. AU - Schubert, A. AU - Izard, J. AU - Cantarel, B. L. AU - Rodriguez-Mueller, B. AU - Zucker, J. AU - Thiagarajan, M. AU - Henrissat, B. AU - White, O. AU - Kelley, S. T. AU - Methe, B. AU - Schloss, P. D. AU - Gevers, D. AU - Mitreva, M. AU - Huttenhower, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scalable metabolic reconstruction for metagenomic data and the human microbiome BT - 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology; 17-19 July 2011: Vienna ID - Abubucker2011 ER - TY - JOUR AU - Paulson, J. N. AU - Pop, M. AU - Corrada Bravo, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metastats: an improved statistical method for analysis of metagenomic data JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1465-6906-12-S1-P17 DO - 10.1186/1465-6906-12-S1-P17 ID - Paulson2011 ER - TY - JOUR AU - Abubucker, S. AU - Segata, N. AU - Goll, J. AU - Schubert, A. M. AU - Izard, J. AU - Cantarel, B. L. AU - Rodriguez-Mueller, B. AU - Zucker, J. AU - Thiagarajan, M. AU - Henrissat, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metabolic reconstruction for metagenomic data and its application to the human microbiome JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002358 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002358 ID - Abubucker2012 ER - TY - CHAP AU - Zerbino, D. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Using the Velvet de novo assembler for short-read sequencing technologies BT - Curr Protoc Bioinform ID - Zerbino2010 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - JOUR AU - Chitsaz, H. AU - Yee-Greenbaum, J. L. AU - Tesler, G. AU - Lombardo, M. -. J. AU - Dupont, C. L. AU - Badger, J. H. AU - Novotny, M. AU - Rusch, D. B. AU - Fraser, L. J. AU - Gormley, N. A. AU - Schulz-Trieglaff, O. AU - Smith, G. P. AU - Evers, D. J. AU - Pevzner, P. A. AU - Lasken, R. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from short-read data sets JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1966 DO - 10.1038/nbt.1966 ID - Chitsaz2011 ER - TY - STD TI - PhyloSift. [https://github.com/gjospin/PhyloSift/] UR - https://github.com/gjospin/PhyloSift/ ID - ref65 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - MacDonald, N. J. AU - Parks, D. H. AU - Beiko, R. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Rapid identification of high-confidence taxonomic assignments for metagenomic data JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks335 DO - 10.1093/nar/gks335 ID - MacDonald2012 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Accelerated Profile HMM Searches JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002195 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002195 ID - Eddy2011 ER - TY - JOUR AU - Rho, M. AU - Tang, H. AU - Ye, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - FragGeneScan: predicting genes in short and error-prone reads JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq747 DO - 10.1093/nar/gkq747 ID - Rho2010 ER - TY - JOUR AU - Kelley, D. R. AU - Liu, B. B. AU - Delcher, A. L. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene prediction with Glimmer for metagenomic sequences augmented by classification and clustering JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1067 DO - 10.1093/nar/gkr1067 ID - Kelley2012 ER - TY - JOUR AU - UniProt, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource (UniProt) JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr981 DO - 10.1093/nar/gkr981 ID - UniProt2012 ER - TY - STD TI - FastQC. [http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/] UR - http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ ID - ref72 ER - TY - JOUR AU - Salzberg, S. L. AU - Phillippy, A. M. AU - Zimin, A. V. AU - Puiu, D. AU - Magoc, T. AU - Koren, S. AU - Treangen, T. AU - Schatz, M. C. AU - Delcher, A. L. AU - Roberts, M. AU - Marcais, G. AU - Pop, M. AU - Yorke, J. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - GAGE: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.131383.111 DO - 10.1101/gr.131383.111 ID - Salzberg2012 ER - TY - STD TI - FASTX-Toolkit. [http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit] UR - http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit ID - ref74 ER - TY - JOUR AU - Treangen, T. J. AU - Darling, A. E. AU - Achaz, G. AU - Ragan, M. A. AU - Messeguer, X. AU - Rocha, E. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - A novel heuristic for local multiple alignment of interspersed DNA repeats JO - IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform VL - 6 UR - https://doi.org/10.1109/TCBB.2009.9 DO - 10.1109/TCBB.2009.9 ID - Treangen2009 ER - TY - JOUR AU - Wetzel, J. AU - Kingsford, C. AU - Pop, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Assessing the benefits of using mate-pairs to resolve repeats in de novo short-read prokaryotic assemblies JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-95 DO - 10.1186/1471-2105-12-95 ID - Wetzel2011 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12 DO - 10.1186/gb-2004-5-2-r12 ID - Kurtz2004 ER - TY - STD TI - MetAMOS. [https://github.com/treangen/MetAMOS] UR - https://github.com/treangen/MetAMOS ID - ref78 ER - TY - STD TI - Human Microbiome Project Metagenomes Mock Pilot. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/48475] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/48475 ID - ref79 ER - TY - STD TI - European Nucleotide Archive: Sample ERS006608. [http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS006608] UR - http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS006608 ID - ref80 ER - TY - STD TI - Run accession ERR011181 Fastq file 1. [ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR011/ERR011181/ERR011181_1.fastq.gz] UR - ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR011/ERR011181/ERR011181_1.fastq.gz ID - ref81 ER - TY - STD TI - Run accession ERR011181 Fastq file 2. 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[http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS006550] UR - http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS006550 ID - ref86 ER - TY - STD TI - Run accession ERR011209 Fastq file 1. [ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR011/ERR011209/ERR011209_1.fastq.gz] UR - ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR011/ERR011209/ERR011209_1.fastq.gz ID - ref87 ER - TY - STD TI - Run accession ERR011209 Fastq file 2. [ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR011/ERR011209/ERR011209_2.fastq.gz] UR - ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR011/ERR011209/ERR011209_2.fastq.gz ID - ref88 ER - TY - STD TI - European Nucleotide Archive: Sample ERS006553. [http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS006553] UR - http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS006553 ID - ref89 ER - TY - STD TI - Run accession ERR011091 Fastq file 1. 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AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. -. J. AU - Chen, Z. AU - Dewell, S. B. AU - Du, L. AU - Fierro, J. M. AU - Gomes, X. V. AU - Godwin, B. C. AU - He, W. AU - Helgesen, S. AU - Ho, C. H. AU - Irzyk, G. F. AU - Jando, S. C. AU - Alenquer, M. L. AU - Jarvie, T. F. AU - Jirage, K. B. AU - Kim, J. B. AU - Knight, J. R. AU - Lanza, J. R. AU - Leamon, J. H. AU - Lefkowitz, S. M. AU - Lei, M. AU - Li, J. AU - Lohman, K. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Zhu, W. AU - Lomsadze, A. AU - Borodovsky, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ab initio gene identification in metagenomic sequences JO - Nucleic Acids Research VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq275 DO - 10.1093/nar/gkq275 ID - Zhu2010 ER -