TY - JOUR AU - Mello, C. AU - Conte, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Revealing the world of RNA interference JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02872 DO - 10.1038/nature02872 ID - Mello2004 ER - TY - CHAP AU - Bailey, T. AU - Elkan, C. PY - 1994 DA - 1994// TI - Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers BT - ISMB. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Volume 2 ID - Bailey1994 ER - TY - JOUR AU - Hughes, J. AU - Estep, P. AU - Tavazoie, S. AU - Church, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Computational identification of Cis-regulatory elements associated with groups of functionally related genes in Saccharomyces cerevisiae JO - J Mol Biol VL - 296 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.3519 DO - 10.1006/jmbi.2000.3519 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Pavesi, G. AU - Mauri, G. AU - Pesole, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - An algorithm for finding signals of unknown length in DNA sequences JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.suppl_1.S207 DO - 10.1093/bioinformatics/17.suppl_1.S207 ID - Pavesi2001 ER - TY - JOUR AU - Sandve, G. AU - Abul, O. AU - Walseng, V. AU - Drabløs, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improved benchmarks for computational motif discovery JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-193 DO - 10.1186/1471-2105-8-193 ID - Sandve2007 ER - TY - JOUR AU - Elemento, O. AU - Slonim, N. AU - Tavazoie, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - A universal framework for regulatory element discovery across all genomes and data types JO - Mol Cell VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2007.09.027 DO - 10.1016/j.molcel.2007.09.027 ID - Elemento2007 ER - TY - JOUR AU - Young, J. AU - Johnson, J. AU - Benner, C. AU - Yan, S. AU - Chen, K. AU - Le Roch, K. AU - Zhou, Y. AU - Winzeler, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - In silico discovery of transcription regulatory elements in Plasmodium falciparum JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-70 DO - 10.1186/1471-2164-9-70 ID - Young2008 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - JOUR AU - Wagner, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genes regulated cooperatively by one or more transcription factors and their identification in whole eukaryotic genomes JO - Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.10.776 DO - 10.1093/bioinformatics/15.10.776 ID - Wagner1999 ER - TY - JOUR AU - Hobert, O. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene regulation by transcription factors and microRNAs JO - Science VL - 319 UR - https://doi.org/10.1126/science.1151651 DO - 10.1126/science.1151651 ID - Hobert2008 ER - TY - JOUR AU - Bozdech, Z. AU - Llinás, M. AU - Pulliam, B. AU - Wong, E. AU - Zhu, J. AU - DeRisi, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The transcriptome of the intraerythrocytic developmental cycle of Plasmodium falciparum JO - PLoS Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0000005 DO - 10.1371/journal.pbio.0000005 ID - Bozdech2003 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Hughes, T. AU - Morris, Q. PY - 2007 DA - 2007// TI - RankMotif++: a motif-search algorithm that accounts for relative ranks of K-mers in binding transcription factors JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm224 DO - 10.1093/bioinformatics/btm224 ID - Chen2007 ER - TY - JOUR AU - Eden, E. AU - Lipson, D. AU - Yogev, S. AU - Yakhini, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - Discovering motifs in ranked lists of DNA sequences JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030039 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030039 ID - Eden2007 ER - TY - JOUR AU - Bussemaker, H. AU - Li, H. AU - Siggia, E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulatory element detection using correlation with expression JO - Nature Genetics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/84792 DO - 10.1038/84792 ID - Bussemaker2001 ER - TY - JOUR AU - Foat, B. AU - Houshmandi, S. AU - Olivas, W. AU - Bussemaker, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Profiling condition-specific, genome-wide regulation of mRNA stability in yeast JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0503803102 DO - 10.1073/pnas.0503803102 ID - Foat2005 ER - TY - CHAP AU - Holmes, I. AU - Bruno, W. PY - 2000 DA - 2000// TI - Finding regulatory elements using joint likelihoods for sequence and expression profile data BT - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, Volume 8 ID - Holmes2000 ER - TY - JOUR AU - De Silva, E. AU - Gehrke, A. AU - Olszewski, K. AU - León, I. AU - Chahal, J. AU - Bulyk, M. AU - Llinás, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Specific DNA-binding by apicomplexan AP2 transcription factors JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0801993105 DO - 10.1073/pnas.0801993105 ID - De Silva2008 ER - TY - JOUR AU - Campbell, T. AU - De Silva, E. AU - Olszewski, K. AU - Elemento, O. AU - Llinás, M. AU - Smith, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification and genome-wide prediction of DNA binding specificities for the ApiAP2 family of regulators from the malaria parasite JO - PLoS Pathogens VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1001165 DO - 10.1371/journal.ppat.1001165 ID - Campbell2010 ER - TY - JOUR AU - Riordan, D. AU - Herschlag, D. AU - Brown, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of RNA recognition elements in the Saccharomyces cerevisiae transcriptome JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq920 DO - 10.1093/nar/gkq920 ID - Riordan2010 ER - TY - JOUR AU - Radovanović, M. AU - Nanopoulos, A. AU - Ivanovi¢, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Hubs in space: Popular nearest neighbors in high-dimensional data JO - J Machine Learning Research VL - 11 ID - Radovanović2010 ER - TY - JOUR AU - Gasch, A. AU - Spellman, P. AU - Kao, C. AU - Carmel-Harel, O. AU - Eisen, M. AU - Storz, G. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genomic expression programs in the response of yeast cells to environmental changes JO - Science's STKE VL - 11 ID - Gasch2000 ER - TY - CHAP AU - Nguyen, D. AU - D'haeseleer, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Deciphering principles of transcription regulation in eukaryotic genomes BT - Mol Sys Biol ID - Nguyen2006 ER - TY - JOUR AU - Spellman, P. AU - Sherlock, G. AU - Zhang, M. AU - Iyer, V. AU - Anders, K. AU - Eisen, M. AU - Brown, P. AU - Botstein, D. AU - Futcher, B. PY - 1998 DA - 1998// TI - Comprehensive identification of cell cycle-regulated genes of the yeast Saccharomyces cerevisiae by microarray hybridization JO - Mol Biol Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.9.12.3273 DO - 10.1091/mbc.9.12.3273 ID - Spellman1998 ER - TY - BOOK PY - 2011 DA - 2011// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing PB - Vienna CY - Austria ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Portales-Casamar, E. AU - Thongjuea, S. AU - Kwon, A. AU - Arenillas, D. AU - Zhao, X. AU - Valen, E. AU - Yusuf, D. AU - Lenhard, B. AU - Wasserman, W. AU - Sandelin, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - JASPAR 2010: the greatly expanded open-access database of transcription factor binding profiles JO - Nucleic Acid Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp950 DO - 10.1093/nar/gkp950 ID - Portales-Casamar2010 ER - TY - JOUR AU - Gordân, R. AU - Murphy, K. AU - McCord, R. AU - Zhu, C. AU - Vedenko, A. AU - Bulyk, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Curated collection of yeast transcription factor DNA binding specificity data reveals novel structural and gene regulatory insights JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-12-r125 DO - 10.1186/gb-2011-12-12-r125 ID - Gordân2011 ER - TY - JOUR AU - Spivak, A. AU - Stormo, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - ScerTF: a comprehensive database of benchmarked position weight matrices for Saccharomyces species JO - Nucleic Acid Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1180 DO - 10.1093/nar/gkr1180 ID - Spivak2012 ER - TY - JOUR AU - Gupta, S. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Bailey, T. AU - Noble, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantifying similarity between motifs JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-2-r24 DO - 10.1186/gb-2007-8-2-r24 ID - Gupta2007 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological) VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Wu, J. AU - Sieglaff, D. AU - Gervin, J. AU - Xie, X. PY - 2008 DA - 2008// TI - Discovering regulatory motifs in the Plasmodium genome using comparative genomics JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn348 DO - 10.1093/bioinformatics/btn348 ID - Wu2008 ER - TY - JOUR AU - Boudière, L. AU - Botté, C. AU - Saidani, N. AU - Lajoie, M. AU - Marion, J. AU - Bréhélin, L. AU - Yamaryo-Botté, Y. AU - Satiat-Jeunemaître, B. AU - Breton, C. AU - Girard-Egrot, A. AU - Bastien, O. AU - Jouhet, J. AU - Falconet, D. AU - Block, M. AU - Maréchal, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Galvestine-1, a novel chemical probe for the study of the glycerolipid homeostasis system in plant cells JO - Mol BioSyst VL - 8 UR - https://doi.org/10.1039/c2mb25067e DO - 10.1039/c2mb25067e ID - Boudière2012 ER - TY - BOOK PY - 2010 DA - 2010// TI - World Malaria Report ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Martin, D. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - JOUR AU - Horrocks, P. AU - Wong, E. AU - Russel, K. AU - Emes, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Control of gene expression in Plasmodium falciparum - Ten years on JO - Mol Biochem Parasit VL - 164 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbiopara.2008.11.010 DO - 10.1016/j.molbiopara.2008.11.010 ID - Horrocks2009 ER - TY - JOUR AU - Balaji, S. AU - Babu, M. AU - Iyer, L. AU - Aravind, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Discovery of the principal specific transcription factors of Apicomplexa and their implication for the evolution of the AP2-integrase DNA binding domains JO - Nucleic Acid Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki709 DO - 10.1093/nar/gki709 ID - Balaji2005 ER - TY - JOUR AU - Shock, J. AU - Fischer, K. AU - DeRisi, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Whole-genome analysis of mRNA decay in Plasmodium falciparum reveals a global lengthening of mRNA half-life during the intra-erythrocytic development cycle JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-7-r134 DO - 10.1186/gb-2007-8-7-r134 ID - Shock2007 ER - TY - JOUR AU - Hall, N. AU - Karras, M. AU - Raine, J. D. AU - Carlton, J. M. AU - Kooij, T. W. AU - Berriman, M. AU - Florens, L. AU - Janssen, C. S. AU - Pain, A. AU - Christophides, G. K. AU - James, K. AU - Rutherford, K. AU - Harris, B. AU - Harris, D. AU - Churcher, C. AU - Quail, M. A. AU - Ormond, D. AU - Doggett, J. AU - Trueman, H. E. AU - Mendoza, J. AU - Bidwell, S. L. AU - Rajandream, M. A. AU - Carucci, D. J. AU - Yates, J. R. AU - Kafatos, F. C. AU - Janse, C. J. AU - Barrell, B. AU - Turner, C. M. AU - Waters, A. P. AU - Sinden, R. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - A comprehensive survey of the Plasmodium life cycle by genomic, transcriptomic, and proteomic analyses JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103717 DO - 10.1126/science.1103717 ID - Hall2005 ER - TY - STD TI - RED2 software. Source code: https://bitbucket.org/mlajoie/red2, [http://www.atgc-montpellier.fr/RED2/] UR - http://www.atgc-montpellier.fr/RED2/ ID - ref38 ER - TY - BOOK AU - Ewens, W. AU - Grant, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Statistical methods in bioinformatics: an introduction, vol 10 UR - https://doi.org/10.1007/b137845 DO - 10.1007/b137845 ID - Ewens2005 ER - TY - JOUR AU - Aurrecoechea, C. AU - Brestelli, J. AU - Brunk, B. P. AU - Dommer, J. AU - Fischer, S. AU - Gajria, B. AU - Gao, X. AU - Gingle, A. AU - Grant, G. AU - Harb, O. S. AU - Heiges, M. AU - Innamorato, F. AU - Iodice, J. AU - Kissinger, J. C. AU - Kraemer, E. AU - Li, W. AU - Miller, J. A. AU - Nayak, V. AU - Pennington, C. AU - Pinney, D. F. AU - Roos, D. S. AU - Ross, C. AU - Stoeckert, C. J. AU - Treatman, C. AU - Wang, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - PlasmoDB: a functional genomic database for malaria parasites JO - Nucleic Acid Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn814 DO - 10.1093/nar/gkn814 ID - Aurrecoechea2009 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - Stoeckert, C. AU - Roos, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - OrthoMCL: identification of ortholog groups for eukaryotic genomes JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1224503 DO - 10.1101/gr.1224503 ID - Li2003 ER -