TY - JOUR AU - Bard, J. B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Anatomics: the intersection of anatomy and bioinformatics JO - J Anat VL - 206 UR - https://doi.org/10.1111/j.0021-8782.2005.00376.x DO - 10.1111/j.0021-8782.2005.00376.x ID - Bard2005 ER - TY - JOUR AU - Rosse, C. AU - Mejino, J. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - A reference ontology for biomedical informatics: the Foundational Model of Anatomy JO - J Biomed Inform VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbi.2003.11.007 DO - 10.1016/j.jbi.2003.11.007 ID - Rosse2003 ER - TY - JOUR AU - Sprague, J. AU - Bayraktaroglu, L. AU - Bradford, Y. AU - Conlin, T. AU - Dunn, N. AU - Fashena, D. AU - Frazer, K. AU - Haendel, M. AU - Howe, D. G. AU - Knight, J. AU - Mani, P. AU - Moxon, S. A. AU - Pich, C. AU - Ramachandran, S. AU - Schaper, K. AU - Segerdell, E. AU - Shao, X. AU - Singer, A. AU - Song, P. AU - Sprunger, B. AU - Van Slyke, C. E. AU - Westerfield, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Zebrafish Information Network: the zebrafish model organism database provides expanded support for genotypes and phenotypes JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm956 DO - 10.1093/nar/gkm956 ID - Sprague2008 ER - TY - JOUR AU - Segerdell, E. AU - Bowes, J. B. AU - Pollet, N. AU - Vize, P. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - An ontology for Xenopus anatomy and development JO - BMC Dev Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-213X-8-92 DO - 10.1186/1471-213X-8-92 ID - Segerdell2008 ER - TY - JOUR AU - Grumbling, G. AU - Strelets, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - FlyBase: anatomical data, images and queries JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj068 DO - 10.1093/nar/gkj068 ID - Grumbling2006 ER - TY - JOUR AU - Hayamizu, T. F. AU - Mangan, M. AU - Corradi, J. P. AU - Kadin, J. A. AU - Ringwald, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Adult Mouse Anatomical Dictionary: a tool for annotating and integrating data JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-3-r29 DO - 10.1186/gb-2005-6-3-r29 ID - Hayamizu2005 ER - TY - STD TI - Human developmental anatomy, abstract version, v2. [http://obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=human-dev-anat-abstract2] UR - http://obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=human-dev-anat-abstract2 ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Baldock, R. A. AU - Bard, J. B. AU - Burger, A. AU - Burton, N. AU - Christiansen, J. AU - Feng, G. AU - Hill, B. AU - Houghton, D. AU - Kaufman, M. AU - Rao, J. AU - Sharpe, J. AU - Ross, A. AU - Stevenson, P. AU - Venkataraman, S. AU - Waterhouse, A. AU - Yang, Y. AU - Davidson, D. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - EMAP and EMAGE: a framework for understanding spatially organized data JO - Neuroinformatics VL - 1 UR - https://doi.org/10.1385/NI:1:4:309 DO - 10.1385/NI:1:4:309 ID - Baldock2003 ER - TY - JOUR AU - Bug, W. J. AU - Ascoli, G. A. AU - Grethe, J. S. AU - Gupta, A. AU - Fennema-Notestine, C. AU - Laird, A. R. AU - Larson, S. D. AU - Rubin, D. AU - Shepherd, G. M. AU - Turner, J. A. AU - Martone, M. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - The NIFSTD and BIRNLex vocabularies: building comprehensive ontologies for neuroscience JO - Neuroinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s12021-008-9032-z DO - 10.1007/s12021-008-9032-z ID - Bug2008 ER - TY - CHAP AU - Rector, A. AU - Nowlan, W. AU - Glowinski, A. PY - 1993 DA - 1993// TI - Goals for concept representation in the GALEN project BT - Proc Annu Symp Comput Appl Med Care ID - Rector1993 ER - TY - JOUR AU - de Coronado, S. AU - Wright, L. W. AU - Fragoso, G. AU - Haber, M. W. AU - Hahn-Dantona, E. A. AU - Hartel, F. W. AU - Quan, S. L. AU - Safran, T. AU - Thomas, N. AU - Whiteman, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - The NCI Thesaurus quality assurance life cycle JO - J Biomed Inform VL - 42 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbi.2009.01.003 DO - 10.1016/j.jbi.2009.01.003 ID - de Coronado2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, S. AU - Bodenreider, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Lessons learned from cross-validating alignments between large anatomical ontologies JO - Stud Health Technol Inform VL - 129 ID - Zhang2007 ER - TY - JOUR AU - Zhang, S. AU - Bodenreider, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Experience in aligning anatomical ontologies JO - Int J Semant Web Inf Syst VL - 3 UR - https://doi.org/10.4018/jswis.2007040101 DO - 10.4018/jswis.2007040101 ID - Zhang2007 ER - TY - JOUR AU - Travillian, R. S. AU - Diatchka, K. AU - Judge, T. K. AU - Wilamowska, K. AU - Shapiro, L. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - An ontology-based comparative anatomy information system JO - Artif Intell Med VL - 51 UR - https://doi.org/10.1016/j.artmed.2010.10.001 DO - 10.1016/j.artmed.2010.10.001 ID - Travillian2011 ER - TY - JOUR AU - Bard, J. AU - Rhee, S. Y. AU - Ashburner, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - An ontology for cell types JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-2-r21 DO - 10.1186/gb-2005-6-2-r21 ID - Bard2005 ER - TY - JOUR PY - 2008 DA - 2008// TI - The Gene Ontology project in 2008 JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm883 DO - 10.1093/nar/gkm883 ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Brinkman, R. R. AU - Courtot, M. AU - Derom, D. AU - Fostel, J. M. AU - He, Y. AU - Lord, P. AU - Malone, J. AU - Parkinson, H. AU - Peters, B. AU - Rocca-Serra, P. AU - Ruttenberg, A. AU - Sansone, S. A. AU - Soldatova, L. N. AU - Stoeckert, C. J. AU - Turner, J. A. AU - Zheng, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Modeling biomedical experimental processes with OBI JO - J Biomed Semantics VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-1-S1-S7 DO - 10.1186/2041-1480-1-S1-S7 ID - Brinkman2010 ER - TY - JOUR AU - Haendel, M. AU - Neuhaus, F. AU - Osumi-Sutherland, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - CARO-The Common Anatomy Reference Ontology JO - Anatomy Ontologies Bioinformatics Principles Practice VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-84628-885-2_16 DO - 10.1007/978-1-84628-885-2_16 ID - Haendel2008 ER - TY - JOUR AU - Dahdul, W. M. AU - Lundberg, J. G. AU - Midford, P. E. AU - Balhoff, J. P. AU - Lapp, H. AU - Vision, T. J. AU - Haendel, M. A. AU - Westerfield, M. AU - Mabee, P. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The teleost anatomy ontology: anatomical representation for the genomics age JO - Syst Biol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1093/sysbio/syq013 DO - 10.1093/sysbio/syq013 ID - Dahdul2010 ER - TY - CHAP AU - Maglia, A. M. AU - Leopold, J. L. AU - Pugener, L. A. AU - Gauch, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - An anatomical ontology for amphibians BT - Pac Symp Biocomput ID - Maglia2007 ER - TY - JOUR AU - Ilic, K. AU - Kellogg, E. A. AU - Jaiswal, P. AU - Zapata, F. AU - Stevens, P. F. AU - Vincent, L. P. AU - Avraham, S. AU - Reiser, L. AU - Pujar, A. AU - Sachs, M. M. AU - Whitman, N. T. AU - McCouch, S. R. AU - Schaeffer, M. L. AU - Ware, D. H. AU - Stein, L. D. AU - Rhee, S. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - The plant structure ontology, a unified vocabulary of anatomy and morphology of a flowering plant JO - Plant Physiol VL - 143 UR - https://doi.org/10.1104/pp.106.092825 DO - 10.1104/pp.106.092825 ID - Ilic2007 ER - TY - JOUR AU - Chang, A. AU - Scheer, M. AU - Grote, A. AU - Schomburg, I. AU - Schomburg, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - BRENDA, AMENDA and FRENDA the enzyme information system: new content and tools in 2009 JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn820 DO - 10.1093/nar/gkn820 ID - Chang2009 ER - TY - JOUR AU - Malone, J. AU - Holloway, E. AU - Adamusiak, T. AU - Kapushesky, M. AU - Zheng, J. AU - Kolesnikov, N. AU - Zhukova, A. AU - Brazma, A. AU - Parkinson, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Modeling sample variables with an Experimental Factor Ontology JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq099 DO - 10.1093/bioinformatics/btq099 ID - Malone2010 ER - TY - STD TI - Uberon September 2011 release. [http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/releases/2011-09-25/] UR - http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/releases/2011-09-25/ ID - ref24 ER - TY - CHAP AU - Horridge, M. AU - Drummond, N. AU - Goodwin, J. AU - Rector, A. AU - Stevens, R. AU - Wan, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Manchester OWL Syntax BT - OWLED ID - Horridge2006 ER - TY - JOUR AU - Smith, B. AU - Ceusters, W. AU - Klagges, B. AU - Kohler, J. AU - Kumar, A. AU - Lomax, J. AU - Mungall, C. AU - Neuhaus, F. AU - Rector, A. L. AU - Rosse, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Relations in biomedical ontologies JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-5-r46 DO - 10.1186/gb-2005-6-5-r46 ID - Smith2005 ER - TY - STD TI - Uberon main ontology files. http://purl.obolibrary.org/obo/uberon.obohttp://purl.obolibrary.org/obo/uberon.owl, UR - http://purl.obolibrary.org/obo/uberon.owl ID - ref27 ER - TY - STD TI - Uberon basic ontology files. http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/basic.obohttp://purl.obolibrary.org/obo/uberon/basic.owl, UR - http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/basic.owl ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Kruger, A. AU - Hofmann, O. AU - Carninci, P. AU - Hayashizaki, Y. AU - Hide, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Simplified ontologies allowing comparison of developmental mammalian gene expression JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-10-r229 DO - 10.1186/gb-2007-8-10-r229 ID - Kruger2007 ER - TY - CHAP AU - Gkoutos, G. V. AU - Green, E. C. AU - Mallon, A. M. AU - Hancock, J. M. AU - Davidson, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Building mouse phenotype ontologies BT - Pac Symp Biocomput ID - Gkoutos2004 ER - TY - JOUR AU - Natale, D. A. AU - Arighi, C. N. AU - Barker, W. C. AU - Blake, J. AU - Chang, T. -. C. AU - Hu, Z. AU - Liu, H. AU - Smith, B. AU - Wu, C. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Framework for a protein ontology JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-S9-S1 DO - 10.1186/1471-2105-8-S9-S1 ID - Natale2007 ER - TY - JOUR AU - Degtyarenko, K. AU - de Matos, P. AU - Ennis, M. AU - Hastings, J. AU - Zbinden, M. AU - McNaught, A. AU - Alcantara, R. AU - Darsow, M. AU - Guedj, M. AU - Ashburner, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm791 DO - 10.1093/nar/gkm791 ID - Degtyarenko2008 ER - TY - JOUR AU - Meehan, T. F. AU - Masci, A. M. AU - Abdulla, A. AU - Cowell, L. G. AU - Blake, J. A. AU - Mungall, C. J. AU - Diehl, A. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Logical development of the cell ontology JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-6 DO - 10.1186/1471-2105-12-6 ID - Meehan2011 ER - TY - STD TI - Uberon merged ontology. http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/merged.owlhttp://purl.obolibrary.org/obo/uberon/merged.obo, UR - http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/merged.obo ID - ref34 ER - TY - BOOK AU - Nelms, B. L. AU - Labosky, P. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptional Control of Neural Crest Development PB - Morgan and Claypool Life Sciences CY - San Rafael, CA ID - Nelms2010 ER - TY - JOUR AU - Hawrylycz, M. AU - Baldock, R. A. AU - Burger, A. AU - Hashikawa, T. AU - Johnson, G. A. AU - Martone, M. AU - Ng, L. AU - Lau, C. AU - Larson, S. D. AU - Nissanov, J. AU - Puelles, L. AU - Ruffins, S. AU - Verbeek, F. AU - Zaslavsky, I. AU - Boline, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Digital atlasing and standardization in the mouse brain JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001065 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001065 ID - Hawrylycz2011 ER - TY - JOUR AU - Deegan, J. I. AU - Dimmer, E. C. AU - Mungall, C. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Formalization of taxon-based constraints to detect inconsistencies in annotation and ontology development JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-530 DO - 10.1186/1471-2105-11-530 ID - Deegan2010 ER - TY - JOUR AU - Mungall, C. J. AU - Bada, M. AU - Berardini, T. Z. AU - Deegan, J. AU - Ireland, A. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Lomax, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cross-product extensions of the Gene Ontology JO - J Biomed Inform VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbi.2010.02.002 DO - 10.1016/j.jbi.2010.02.002 ID - Mungall2011 ER - TY - CHAP AU - Rector, A. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Modularisation of domain ontologies implemented in description logics and related formalisms including OWL BT - Proceedings of the 2nd International Conference on Knowledge Capture: October 23-25, 2003; Sanibel Island, FL, USA PB - ACM CY - New York, NY UR - https://doi.org/10.1145/945645.945664 DO - 10.1145/945645.945664 ID - Rector2003 ER - TY - STD TI - Ontology Alignment Evaluation Initiative. [http://oaei.ontologymatching.org/] UR - http://oaei.ontologymatching.org/ ID - ref40 ER - TY - CHAP AU - Groß, A. AU - Hartung, M. AU - Kirsten, T. AU - Rahm, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mapping Composition for Matching Large Life Science Ontologies BT - Proceedings of the Second International Conference on Biomedical Ontology: July 26-30, 2011; Buffalo, NY ID - Groß2011 ER - TY - JOUR AU - Parmentier, G. AU - Bastian, F. B. AU - Robinson-Rechavi, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Homolonto: generating homology relationships by pairwise alignment of ontologies and application to vertebrate anatomy JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq283 DO - 10.1093/bioinformatics/btq283 ID - Parmentier2010 ER - TY - CHAP AU - Niknejad, A. AU - Comte, A. AU - Parmentier, G. AU - Roux, J. AU - Bastian, F. B. AU - Robinson-Rechavi, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - vHOG, a multi-species vertebrate ontology of homologous organs groups BT - Bioinformatics ID - Niknejad2012 ER - TY - CHAP AU - Travillian, R. AU - Malone, J. AU - Pang, C. AU - Hancock, J. AU - Holland, P. W. AU - Schofield, P. AU - Parkinson, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - The Vertebrate Bridging Ontology (VBO) BT - Proceedings of the Second International Conference on Biomedical Ontology: July 26-30, 2011; Buffalo, NY ID - Travillian2011 ER - TY - JOUR AU - Kleinjan, D. A. AU - Bancewicz, R. M. AU - Gautier, P. AU - Dahm, R. AU - Schonthaler, H. B. AU - Damante, G. AU - Seawright, A. AU - Hever, A. M. AU - Yeyati, P. L. AU - van Heyningen, V. AU - Coutinho, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Subfunctionalization of duplicated zebrafish pax6 genes by cis-regulatory divergence JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0040029 DO - 10.1371/journal.pgen.0040029 ID - Kleinjan2008 ER - TY - STD TI - Human PAX6. [http://www.abdn.ac.uk/ims/staff/details.php?id=M.Collinson] UR - http://www.abdn.ac.uk/ims/staff/details.php?id=M.Collinson ID - ref46 ER - TY - JOUR AU - Favor, J. AU - Gloeckner, C. J. AU - Neuhauser-Klaus, A. AU - Pretsch, W. AU - Sandulache, R. AU - Saule, S. AU - Zaus, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Relationship of Pax6 activity levels to the extent of eye development in the mouse, Mus musculus JO - Genetics VL - 179 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.108.088591 DO - 10.1534/genetics.108.088591 ID - Favor2008 ER - TY - JOUR AU - Panganiban, G. AU - Irvine, S. M. AU - Lowe, C. AU - Roehl, H. AU - Corley, L. S. AU - Sherbon, B. AU - Grenier, J. K. AU - Fallon, J. F. AU - Kimble, J. AU - Walker, M. AU - Wray, G. A. AU - Swalla, B. J. AU - Martindale, M. Q. AU - Carroll, S. B. PY - 1997 DA - 1997// TI - The origin and evolution of animal appendages JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.10.5162 DO - 10.1073/pnas.94.10.5162 ID - Panganiban1997 ER - TY - JOUR AU - Scotland, R. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deep homology: a view from systematics JO - Bioessays VL - 32 UR - https://doi.org/10.1002/bies.200900175 DO - 10.1002/bies.200900175 ID - Scotland2010 ER - TY - STD TI - Skeletal Anatomy Jamboree. [https://www.nescent.org/phenoscape/Skeletal_Anatomy_Jamboree] UR - https://www.nescent.org/phenoscape/Skeletal_Anatomy_Jamboree ID - ref50 ER - TY - STD TI - Arthropod ontology. [http://code.google.com/p/arthropod-anatomy-ontology/] UR - http://code.google.com/p/arthropod-anatomy-ontology/ ID - ref51 ER - TY - CHAP AU - Courtot, M. AU - Gibson, F. AU - Lister, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - MIREOT: the Minimum Information to Reference an External Ontology Term BT - Proceedings of the First International Conference on Biomedical Ontology: July 24-26, 2009; Buffalo, NY ID - Courtot2009 ER - TY - CHAP AU - Osumi-Sutherland, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - FUNCARO-a functional extension to CARO BT - Proceedings of the Second International Conference on Biomedical Ontology: July 26-30, 2011; Buffalo, NY ID - Osumi-Sutherland2011 ER - TY - CHAP AU - Osumi-Sutherland, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - CARO 2.0 BT - Proceedings of the Second International Conference on Biomedical Ontology: July 26-30, 2011; Buffalo, NY ID - Osumi-Sutherland2011 ER - TY - CHAP AU - Torniai, C. AU - Brush, M. AU - Vasilevsky, N. AU - Segerdell, E. AU - Wilson, M. L. AU - Johnson, T. AU - Corday, K. AU - Shaffer, C. AU - Haendel, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Developing an application ontology for biomedical resource annotation and retrieval: Challenges and lessons learned BT - Proceedings of the Second International Conference on Biomedical Ontology: July 26-30, 2011; Buffalo, NY ID - Torniai2011 ER - TY - CHAP AU - Segerdell, E. AU - Wilson, M. L. AU - Bashor, T. AU - Bourges-Waldegg, D. AU - Corday, K. AU - Frost, H. R. AU - Johnson, T. AU - Shaffer, C. J. AU - Stone, L. AU - Torniai, C. AU - Haendel, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - eagle-i: an ontology-driven framework for biomedical resource annotation and discovery BT - Nat Precedings ID - Segerdell2010 ER - TY - JOUR AU - Mungall, C. J. AU - Gkoutos, G. V. AU - Smith, C. L. AU - Haendel, M. A. AU - Lewis, S. E. AU - Ashburner, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrating phenotype ontologies across multiple species JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-1-r2 DO - 10.1186/gb-2010-11-1-r2 ID - Mungall2010 ER - TY - JOUR AU - Robinson, P. N. AU - Kohler, S. AU - Bauer, S. AU - Seelow, D. AU - Horn, D. AU - Mundlos, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Human Phenotype Ontology: a tool for annotating and analyzing human hereditary disease JO - Am J Hum Genet VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2008.09.017 DO - 10.1016/j.ajhg.2008.09.017 ID - Robinson2008 ER - TY - JOUR AU - Hoehndorf, R. AU - Dumontier, M. AU - Oellrich, A. AU - Wimalaratne, S. AU - Rebholz-Schuhmann, D. AU - Schofield, P. AU - Gkoutos, G. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - A common layer of interoperability for biomedical ontologies based on OWL EL JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr058 DO - 10.1093/bioinformatics/btr058 ID - Hoehndorf2011 ER - TY - JOUR AU - Hoehndorf, R. AU - Oellrich, A. AU - Rebholz-Schuhmann, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Interoperability between phenotype and anatomy ontologies JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq578 DO - 10.1093/bioinformatics/btq578 ID - Hoehndorf2010 ER - TY - JOUR AU - Schindelman, G. AU - Fernandes, J. S. AU - Bastiani, C. A. AU - Yook, K. AU - Sternberg, P. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Worm Phenotype Ontology: integrating phenotype data within and beyond the C. elegans community JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-32 DO - 10.1186/1471-2105-12-32 ID - Schindelman2011 ER - TY - JOUR AU - Washington, N. L. AU - Haendel, M. A. AU - Mungall, C. J. AU - Ashburner, M. AU - Westerfield, M. AU - Lewis, S. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Linking human diseases to animal models using ontology-based phenotype annotation JO - PLoS Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000247 DO - 10.1371/journal.pbio.1000247 ID - Washington2009 ER - TY - CHAP AU - Maynard, S. M. AU - Mungall, C. J. AU - Lewis, S. E. AU - Imam, F. AU - Martone, M. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - A knowledge based approach to matching human neurodegenerative disease and animal models BT - BMC Bioinformatics ID - Maynard2012 ER - TY - JOUR AU - Hochheiser, H. AU - Aronow, B. J. AU - Artinger, K. AU - Beaty, T. H. AU - Brinkley, J. F. AU - Chai, Y. AU - Clouthier, D. AU - Cunningham, M. L. AU - Dixon, M. AU - Donahue, L. R. AU - Fraser, S. E. AU - Hallgrimsson, B. AU - Iwata, J. AU - Klein, O. AU - Marazita, M. L. AU - Murray, J. C. AU - Murray, S. AU - de Villena, F. P. AU - Postlethwait, J. AU - Potter, S. AU - Shapiro, L. AU - Spritz, R. AU - Visel, A. AU - Weinberg, S. M. AU - Trainor, P. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - The FaceBase Consortium: a comprehensive program to facilitate craniofacial research JO - Dev Biol VL - 355 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2011.02.033 DO - 10.1016/j.ydbio.2011.02.033 ID - Hochheiser2011 ER - TY - STD TI - FANTOM5. [http://fantom.gsc.riken.jp/5/] UR - http://fantom.gsc.riken.jp/5/ ID - ref65 ER - TY - JOUR AU - Smith, B. AU - Ashburner, M. AU - Rosse, C. AU - Bard, J. AU - Bug, W. AU - Ceusters, W. AU - Goldberg, L. J. AU - Eilbeck, K. AU - Ireland, A. AU - Mungall, C. J. AU - Leontis, N. AU - Rocca-Serra, P. AU - Ruttenberg, A. AU - Sansone, S. A. AU - Scheuermann, R. H. AU - Shah, N. AU - Whetzel, P. L. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1346 DO - 10.1038/nbt1346 ID - Smith2007 ER - TY - JOUR AU - Mungall, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Experiences Using Logic Programming in Bioinformatics JO - Lecture Notes Comput Sci VL - 5649 UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-02846-5_1 DO - 10.1007/978-3-642-02846-5_1 ID - Mungall2009 ER - TY - JOUR AU - Porter, M. F. PY - 1980 DA - 1980// TI - An algorithm for suffix stripping JO - Program VL - 14 UR - https://doi.org/10.1108/eb046814 DO - 10.1108/eb046814 ID - Porter1980 ER - TY - JOUR AU - Day-Richter, J. AU - Harris, M. A. AU - Haendel, M. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - OBO-Edit-an ontology editor for biologists JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm112 DO - 10.1093/bioinformatics/btm112 ID - Day-Richter2007 ER - TY - JOUR AU - Mungall, C. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Obol: integrating language and meaning in bio-ontologies JO - Comp Funct Genomics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1002/cfg.435 DO - 10.1002/cfg.435 ID - Mungall2004 ER - TY - STD TI - Uberon repository. [http://github.com/cmungall/uberon] UR - http://github.com/cmungall/uberon ID - ref71 ER - TY - STD TI - Example of Uberon bridge file. [https://github.com/cmungall/uberon/blob/master/mouse_anatomy_xp.obo] UR - https://github.com/cmungall/uberon/blob/master/mouse_anatomy_xp.obo ID - ref72 ER - TY - STD TI - Example of Uberon bridge file referencing external ontologies. [https://github.com/cmungall/uberon/blob/master/mouse_anatomy_xp_uberon.obo] UR - https://github.com/cmungall/uberon/blob/master/mouse_anatomy_xp_uberon.obo ID - ref73 ER - TY - JOUR AU - Smith, C. L. AU - Goldsmith, C. W. AU - Eppig, J. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Mammalian Phenotype Ontology as a tool for annotating, analyzing and comparing phenotypic information JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-6-1-r7 DO - 10.1186/gb-2004-6-1-r7 ID - Smith2005 ER - TY - CHAP AU - Bizer, C. AU - Lehmann, J. AU - Kobilarov, G. AU - Auer, S. AU - Becker, C. AU - Cyganiak, R. AU - Hellmann, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - DBpedia-a crystallization point for the web of data BT - J Web Semantics ID - Bizer2009 ER - TY - JOUR AU - Swart, E. C. AU - Hide, W. A. AU - Seoighe, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - FRAGS: estimation of coding sequence substitution rates from fragmentary data JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-8 DO - 10.1186/1471-2105-5-8 ID - Swart2004 ER - TY - STD TI - Mouse Anatomy Ontology tracker example. [https://sourceforge.net/tracker/?func=detail&aid=3291162&group_id=76834&atid=1205376] UR - https://sourceforge.net/tracker/?func=detail&aid=3291162&group_id=76834&atid=1205376 ID - ref77 ER - TY - STD TI - SNOMEDCT. [http://www.ihtsdo.org/snomed-ct/] UR - http://www.ihtsdo.org/snomed-ct/ ID - ref78 ER - TY - STD TI - OBO scripts. [http://github.com/cmungall/obo-scripts] UR - http://github.com/cmungall/obo-scripts ID - ref79 ER - TY - JOUR AU - Tomancak, P. AU - Beaton, A. AU - Weiszmann, R. AU - Kwan, E. AU - Shu, S. AU - Lewis, S. E. AU - Richards, S. AU - Ashburner, M. AU - Hartenstein, V. AU - Celniker, S. E. AU - Rubin, G. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Systematic determination of patterns of gene expression during Drosophila embryogenesis JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-12-research0088 DO - 10.1186/gb-2002-3-12-research0088 ID - Tomancak2002 ER - TY - JOUR AU - Tsarkov, D. AU - Horrocks, I. PY - 2006 DA - 2006// TI - FaCT++ description logic reasoner: System description JO - Lecture Notes Comput Sci VL - 4130 LNAI UR - https://doi.org/10.1007/11814771_26 DO - 10.1007/11814771_26 ID - Tsarkov2006 ER -