TY - JOUR AU - Tang, H. AU - Wang, X. AU - Bowers, J. E. AU - Ming, R. AU - Alam, M. AU - Paterson, A. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Unraveling ancient hexaploidy through multiply-aligned angiosperm gene maps JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.080978.108 DO - 10.1101/gr.080978.108 ID - Tang2008 ER - TY - JOUR AU - Comai, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - The advantages and disadvantages of being polyploid JO - Nat Rev Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1711 DO - 10.1038/nrg1711 ID - Comai2005 ER - TY - JOUR AU - Preston, J. C. AU - Kellogg, E. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reconstructing the evolutionary history of paralogous APETALA1/FRUITFULL-like genes in grasses (Poaceae) JO - Genetics VL - 174 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.106.057125 DO - 10.1534/genetics.106.057125 ID - Preston2006 ER - TY - JOUR AU - Sheehan, M. J. AU - Kennedy, L. M. AU - Costich, D. E. AU - Brutnell, T. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Subfunctionalization of PhyB1 and PhyB2 in the control of seedling and mature plant traits in maize JO - Plant J VL - 49 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02962.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2006.02962.x ID - Sheehan2007 ER - TY - JOUR AU - Chaudhary, B. AU - Flagel, L. AU - Stupar, R. M. AU - Udall, J. A. AU - Verma, N. AU - Springer, N. M. AU - Wendel, J. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Reciprocal silencing, transcriptional bias and functional divergence of homeologs in polyploid cotton (gossypium) JO - Genetics VL - 182 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.109.102608 DO - 10.1534/genetics.109.102608 ID - Chaudhary2009 ER - TY - JOUR AU - Akhunova, A. R. AU - Matniyazov, R. T. AU - Liang, H. AU - Akhunov, E. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Homoeolog-specific transcriptional bias in allopolyploid wheat JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-505 DO - 10.1186/1471-2164-11-505 ID - Akhunova2010 ER - TY - JOUR AU - Bottley, A. AU - Koebner, R. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Variation for homoeologous gene silencing in hexaploid wheat JO - Plant J VL - 56 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2008.03586.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2008.03586.x ID - Bottley2008 ER - TY - JOUR AU - Nomura, T. AU - Ishihara, A. AU - Yanagita, R. C. AU - Endo, T. R. AU - Iwamura, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Three genomes differentially contribute to the biosynthesis of benzoxazinones in hexaploid wheat JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0505156102 DO - 10.1073/pnas.0505156102 ID - Nomura2005 ER - TY - JOUR AU - Zhao, J. AU - Buchwaldt, L. AU - Rimmer, S. R. AU - Brkic, M. AU - Bekkaoui, D. AU - Hegedus, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Differential expression of duplicated peroxidase genes in the allotetraploid Brassica napus JO - Plant Physiol Biochem VL - 47 UR - https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2009.03.002 DO - 10.1016/j.plaphy.2009.03.002 ID - Zhao2009 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Lumaret, R. PY - 1992 DA - 1992// TI - The evolutionary dynamics of polyploid plants: origins, establishment and persistence JO - Trends Ecol Evol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/0169-5347(92)90228-4 DO - 10.1016/0169-5347(92)90228-4 ID - Thompson1992 ER - TY - JOUR AU - Van de Peer, Y. AU - Maere, S. AU - Meyer, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The evolutionary significance of ancient genome duplications JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2600 DO - 10.1038/nrg2600 ID - Van de Peer2009 ER - TY - JOUR AU - Devos, K. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Grass genome organization and evolution JO - Curr Opin Plant Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2009.12.005 DO - 10.1016/j.pbi.2009.12.005 ID - Devos2010 ER - TY - JOUR AU - Chalupska, D. AU - Lee, H. Y. AU - Faris, J. D. AU - Evrard, A. AU - Chalhoub, B. AU - Haselkorn, R. AU - Gornicki, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Acc homoeoloci and the evolution of wheat genomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0803981105 DO - 10.1073/pnas.0803981105 ID - Chalupska2008 ER - TY - JOUR AU - Dvorak, J. AU - Akhunov, E. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Tempos of gene locus deletions and duplications and their relationship to recombination rate during diploid and polyploid evolution in the Aegilops-Triticum alliance JO - Genetics VL - 171 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.105.041632 DO - 10.1534/genetics.105.041632 ID - Dvorak2005 ER - TY - JOUR AU - Dvorak, J. AU - Zhang, H. B. PY - 1990 DA - 1990// TI - Variation in repeated nucleotide sequences sheds light on the phylogeny of the wheat B and G genomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 87 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.87.24.9640 DO - 10.1073/pnas.87.24.9640 ID - Dvorak1990 ER - TY - JOUR AU - Dvorák, J. AU - Terlizzi, P. AU - Zhang, H. B. AU - Resta, P. PY - 1993 DA - 1993// TI - The evolution of polyploid wheats: identification of the A genome donor species JO - Genome VL - 36 UR - https://doi.org/10.1139/g93-004 DO - 10.1139/g93-004 ID - Dvorák1993 ER - TY - CHAP AU - Willcox, G. ED - Damania, A. B. ED - Valkoun, J. ED - Willcox, G. ED - Qualset, C. O. PY - 1997 DA - 1997// TI - Archaeobotanical evidence for the beginnings of agriculture in Southwest Asia BT - The Origins of Agriculture and Crop Domestication PB - ICARDA, IPGRI, FAO and UC/GRCP CY - Aleppo, Syria ID - Willcox1997 ER - TY - JOUR AU - Dubcovsky, J. AU - Dvorak, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome plasticity a key factor in the success of polyploid wheat under domestication JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1143986 DO - 10.1126/science.1143986 ID - Dubcovsky2007 ER - TY - JOUR AU - Akhunov, E. D. AU - Akhunova, A. R. AU - Linkiewicz, A. M. AU - Dubcovsky, J. AU - Hummel, D. AU - Lazo, G. AU - Chao, S. AU - Anderson, O. D. AU - David, J. AU - Qi, L. AU - Echalier, B. AU - Gill, B. S. AU - Miftahudin Gustafson, J. P. AU - La Rota, M. AU - Sorrells, M. E. AU - Zhang, D. AU - Nguyen, H. T. AU - Kalavacharla, V. AU - Hossain, K. AU - Kianian, S. F. AU - Peng, J. AU - Lapitan, N. L. AU - Wennerlind, E. J. AU - Nduati, V. AU - Anderson, J. A. AU - Sidhu, D. AU - Gill, K. S. AU - McGuire, P. E. AU - Qualset, C. O. PY - 2003 DA - 2003// TI - Synteny perturbations between wheat homoeologous chromosomes caused by locus duplications and deletions correlate with recombination rates JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1934431100 DO - 10.1073/pnas.1934431100 ID - Akhunov2003 ER - TY - JOUR AU - Charles, M. AU - Belcram, H. AU - Just, J. AU - Huneau, C. AU - Viollet, A. AU - Couloux, A. AU - Segurens, B. AU - Carter, M. AU - Huteau, V. AU - Coriton, O. AU - Appels, R. AU - Samain, S. AU - Chalhoub, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamics and differential proliferation of transposable elements during the evolution of the B and A genomes of wheat JO - Genetics VL - 180 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.108.092304 DO - 10.1534/genetics.108.092304 ID - Charles2008 ER - TY - JOUR AU - Gu, Y. Q. AU - Coleman-Derr, D. AU - Kong, X. AU - Anderson, O. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Rapid genome evolution revealed by comparative sequence analysis of orthologous regions from four triticeae genomes JO - Plant Physiol VL - 135 UR - https://doi.org/10.1104/pp.103.038083 DO - 10.1104/pp.103.038083 ID - Gu2004 ER - TY - JOUR AU - Luo, M. C. AU - Deal, K. R. AU - Akhunov, E. D. AU - Akhunova, A. R. AU - Anderson, O. D. AU - Anderson, J. A. AU - Blake, N. AU - Clegg, M. T. AU - Coleman-Derr, D. AU - Conley, E. J. AU - Crossman, C. C. AU - Dubcovsky, J. AU - Gill, B. S. AU - Gu, Y. Q. AU - Hadam, J. AU - Heo, H. Y. AU - Huo, N. AU - Lazo, G. AU - Ma, Y. AU - Matthews, D. E. AU - McGuire, P. E. AU - Morrell, P. L. AU - Qualset, C. O. AU - Renfro, J. AU - Tabanao, D. AU - Talbert, L. E. AU - Tian, C. AU - Toleno, D. M. AU - Warburton, M. L. AU - You, F. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome comparisons reveal a dominant mechanism of chromosome number reduction in grasses and accelerated genome evolution in Triticeae JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0908195106 DO - 10.1073/pnas.0908195106 ID - Luo2009 ER - TY - JOUR AU - Choulet, F. AU - Wicker, T. AU - Rustenholz, C. AU - Paux, E. AU - Salse, J. AU - Leroy, P. AU - Schlub, S. AU - Le Paslier, M. C. AU - Magdelenat, G. AU - Gonthier, C. AU - Couloux, A. AU - Budak, H. AU - Breen, J. AU - Pumphrey, M. AU - Liu, S. AU - Kong, X. AU - Jia, J. AU - Gut, M. AU - Brunel, D. AU - Anderson, J. A. AU - Gill, B. S. AU - Appels, R. AU - Keller, B. AU - Feuillet, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Megabase level sequencing reveals contrasted organization and evolution patterns of the wheat gene and transposable element spaces JO - Plant Cell VL - 22 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.110.074187 DO - 10.1105/tpc.110.074187 ID - Choulet2010 ER - TY - JOUR AU - Paux, E. AU - Roger, D. AU - Badaeva, E. AU - Gay, G. AU - Bernard, M. AU - Sourdille, P. AU - Feuillet, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Characterizing the composition and evolution of homoeologous genomes in hexaploid wheat through BAC-end sequencing on chromosome 3B JO - Plant J VL - 48 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02891.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2006.02891.x ID - Paux2006 ER - TY - JOUR AU - Akhunov, E. D. AU - Akhunova, A. R. AU - Dvorak, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mechanisms and rates of birth and death of dispersed duplicated genes during the evolution of a multigene family in diploid and tetraploid wheats JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl183 DO - 10.1093/molbev/msl183 ID - Akhunov2007 ER - TY - JOUR AU - Dvorak, J. AU - Akhunov, E. D. AU - Akhunov, A. R. AU - Deal, K. R. AU - Luo, M. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Molecular characterization of a diagnostic DNA marker for domesticated tetraploid wheat provides evidence for gene flow from wild tetraploid wheat to hexaploid wheat JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl004 DO - 10.1093/molbev/msl004 ID - Dvorak2006 ER - TY - JOUR AU - Krattinger, S. G. AU - Lagudah, E. S. AU - Wicker, T. AU - Risk, J. M. AU - Ashton, A. R. AU - Selter, L. L. AU - Matsumoto, T. AU - Keller, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Lr34 multi-pathogen resistance ABC transporter: molecular analysis of homoeologous and orthologous genes in hexaploid wheat and other grass species JO - Plant J VL - 65 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2010.04430.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2010.04430.x ID - Krattinger2011 ER - TY - JOUR AU - Barbazuk, W. B. AU - Emrich, S. J. AU - Chen, H. D. AU - Li, L. AU - Schnable, P. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - SNP discovery via 454 transcriptome sequencing JO - Plant J VL - 51 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2007.03193.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2007.03193.x ID - Barbazuk2007 ER - TY - JOUR AU - Novaes, E. AU - Drost, D. R. AU - Farmerie, W. G. AU - Pappas, G. J. AU - Grattapaglia, D. AU - Sederoff, R. R. AU - Kirst, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-throughput gene and SNP discovery in Eucalyptus grandis, an uncharacterized genome JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-312 DO - 10.1186/1471-2164-9-312 ID - Novaes2008 ER - TY - JOUR AU - Van Orsouw, N. J. AU - Hogers, R. C. AU - Janssen, A. AU - Yalcin, F. AU - Snoeijers, S. AU - Verstege, E. AU - Schneiders, H. AU - van der Poel, H. AU - van Oeveren, J. AU - Verstegen, H. AU - van Eijk, M. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Complexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS): a novel approach for large-scale polymorphism discovery in complex genomes JO - PLoS ONE VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0001172 DO - 10.1371/journal.pone.0001172 ID - Van Orsouw2007 ER - TY - JOUR AU - Van Tassell, C. P. AU - Smith, T. P. AU - Matukumalli, L. K. AU - Taylor, J. F. AU - Schnabel, R. D. AU - Lawley, C. T. AU - Haudenschild, C. D. AU - Moore, S. S. AU - Warren, W. C. AU - Sonstegard, T. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - SNP discovery and allele frequency estimation by deep sequencing of reduced representation libraries JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1185 DO - 10.1038/nmeth.1185 ID - Van Tassell2008 ER - TY - JOUR AU - Albert, T. J. AU - Molla, M. N. AU - Muzny, D. M. AU - Nazareth, L. AU - Wheeler, D. AU - Song, X. AU - Richmond, T. A. AU - Middle, C. M. AU - Rodesch, M. J. AU - Packard, C. J. AU - Weinstock, G. M. AU - Gibbs, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Direct selection of human genomic loci by microarray hybridization JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1111 DO - 10.1038/nmeth1111 ID - Albert2007 ER - TY - JOUR AU - Porreca, G. J. AU - Zhang, K. AU - Li, J. B. AU - Xie, B. AU - Austin, D. AU - Vassallo, S. L. AU - LeProust, E. M. AU - Peck, B. J. AU - Emig, C. J. AU - Dahl, F. AU - Gao, Y. AU - Church, G. M. AU - Shendure, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Multiplex amplification of large sets of human exons JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1110 DO - 10.1038/nmeth1110 ID - Porreca2007 ER - TY - JOUR AU - Gnirke, A. AU - Melnikov, A. AU - Maguire, J. AU - Rogov, P. AU - LeProust, E. M. AU - Brockman, W. AU - Fennell, T. AU - Giannoukos, G. AU - Fisher, S. AU - Russ, C. AU - Gabriel, S. AU - Jaffe, D. B. AU - Lander, E. S. AU - Nusbaum, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Solution hybrid selection with ultra-long oligonucleotides for massively parallel targeted sequencing JO - Nat Biotechnol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1523 DO - 10.1038/nbt.1523 ID - Gnirke2009 ER - TY - JOUR AU - Okou, D. T. AU - Steinberg, K. M. AU - Middle, C. AU - Cutler, D. J. AU - Albert, T. J. AU - Zwick, M. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Microarray-based genomic selection for high-throughput resequencing JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1109 DO - 10.1038/nmeth1109 ID - Okou2007 ER - TY - JOUR AU - Teer, J. K. AU - Bonnycastle, L. L. AU - Chines, P. S. AU - Hansen, N. F. AU - Aoyama, N. AU - Swift, A. J. AU - Abaan, H. O. AU - Albert, T. J. AU - Margulies, E. H. AU - Green, E. D. AU - Collins, F. S. AU - Mullikin, J. C. AU - Biesecker, L. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Systematic comparison of three genomic enrichment methods for massively parallel DNA sequencing JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.106716.110 DO - 10.1101/gr.106716.110 ID - Teer2010 ER - TY - JOUR AU - Durbin, R. M. AU - Abecasis, G. R. AU - Altshuler, D. L. AU - Auton, A. AU - Brooks, L. D. AU - Durbin, R. M. AU - Gibbs, R. A. AU - Hurles, M. E. AU - McVean, G. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A map of human genome variation from population-scale sequencing JO - Nature VL - 467 UR - https://doi.org/10.1038/nature09534 DO - 10.1038/nature09534 ID - Durbin2010 ER - TY - JOUR AU - Fu, Y. AU - Springer, N. M. AU - Gerhardt, D. J. AU - Ying, K. AU - Yeh, C. T. AU - Wu, W. AU - Swanson-Wagner, R. AU - D'Ascenzo, M. AU - Millard, T. AU - Freeberg, L. AU - Aoyama, N. AU - Kitzman, J. AU - Burgess, D. AU - Richmond, T. AU - Albert, T. J. AU - Barbazuk, W. B. AU - Jeddeloh, J. A. AU - Schnable, P. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Repeat subtraction-mediated sequence capture from a complex genome JO - Plant J VL - 62 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2010.04196.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2010.04196.x ID - Fu2010 ER - TY - JOUR AU - Haun, W. J. AU - Hyten, D. L. AU - Xu, W. W. AU - Gerhardt, D. J. AU - Albert, T. J. AU - Richmond, T. AU - Jeddeloh, J. A. AU - Jia, G. AU - Springer, N. M. AU - Vance, C. P. AU - Stupar, R. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - The composition and origins of genomic variation among individuals of the soybean reference cultivar Williams 82 JO - Plant Physiol VL - 155 UR - https://doi.org/10.1104/pp.110.166736 DO - 10.1104/pp.110.166736 ID - Haun2011 ER - TY - JOUR AU - Hodges, E. AU - Xuan, Z. AU - Balija, V. AU - Kramer, M. AU - Molla, M. N. AU - Smith, S. W. AU - Middle, C. M. AU - Rodesch, M. J. AU - Albert, T. J. AU - Hannon, G. J. AU - McCombie, W. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide in situ exon capture for selective resequencing JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2007.42 DO - 10.1038/ng.2007.42 ID - Hodges2007 ER - TY - STD TI - Wheat EST database. [http://wheat.pw.usda.gov/wEST/] UR - http://wheat.pw.usda.gov/wEST/ ID - ref41 ER - TY - CHAP AU - Sears, E. R. AU - Okamoto, M. ED - Boyes, J. W. PY - 1958 DA - 1958// TI - Intergenomic chromosome relationships in hexaploid wheat BT - Proceedings of the Tenth International Congress of Genetics, 20-27 August 1958, Montreal, Canada PB - McGill University CY - Canada ID - Sears1958 ER - TY - JOUR AU - Akhunov, E. D. AU - Akhunova, A. R. AU - Anderson, O. D. AU - Anderson, J. A. AU - Blake, N. AU - Clegg, M. T. AU - Coleman-Derr, D. AU - Conley, E. J. AU - Crossman, C. C. AU - Deal, K. R. AU - Dubcovsky, J. AU - Gill, B. S. AU - Gu, Y. Q. AU - Hadam, J. AU - Heo, H. AU - Huo, N. AU - Lazo, G. R. AU - Luo, M. C. AU - Ma, Y. Q. AU - Matthews, D. E. AU - McGuire, P. E. AU - Morrell, P. L. AU - Qualset, C. O. AU - Renfro, J. AU - Tabanao, D. AU - Talbert, L. E. AU - Tian, C. AU - Toleno, D. M. AU - Warburton, M. L. AU - You, F. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Nucleotide diversity maps reveal variation in diversity among wheat genomes and chromosomes JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-702 DO - 10.1186/1471-2164-11-702 ID - Akhunov2010 ER - TY - JOUR AU - Gore, M. A. AU - Chia, J. M. AU - Elshire, R. J. AU - Sun, Q. AU - Ersoz, E. S. AU - Hurwitz, B. L. AU - Peiffer, J. A. AU - McMullen, M. D. AU - Grills, G. S. AU - Ross-Ibarra, J. AU - Ware, D. H. AU - Buckler, E. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - A first-generation haplotype map of maize JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1177837 DO - 10.1126/science.1177837 ID - Gore2009 ER - TY - JOUR AU - Bansal, V. AU - Tewhey, R. AU - Leproust, E. M. AU - Schork, N. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Efficient and cost effective population resequencing by pooling and in-solution hybridization JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0018353 DO - 10.1371/journal.pone.0018353 ID - Bansal2011 ER - TY - JOUR AU - Springer, N. M. AU - Ying, K. AU - Fu, Y. AU - Ji, T. AU - Yeh, C. T. AU - Jia, Y. AU - Wu, W. AU - Richmond, T. AU - Kitzman, J. AU - Rosenbaum, H. AU - Iniguez, A. L. AU - Barbazuk, W. B. AU - Jeddeloh, J. A. AU - Nettleton, D. S. AU - Schnable, P. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Maize inbreds exhibit high levels of CNV and presence/absence differences in genome content JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000734 DO - 10.1371/journal.pgen.1000734 ID - Springer2009 ER - TY - JOUR AU - DeBolt, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Copy number variation shapes genome diversity in Arabidopsis over immediate family generational scales JO - Genome Biol Evol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evq033 DO - 10.1093/gbe/evq033 ID - DeBolt2010 ER - TY - JOUR AU - Hill, W. G. AU - Robertson, A. PY - 1966 DA - 1966// TI - The effect of linkage on limits to artificial selection JO - Genetical Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1017/S0016672300010156 DO - 10.1017/S0016672300010156 ID - Hill1966 ER - TY - JOUR AU - Dvorak, J. AU - Luo, M. C. AU - Yang, Z. L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Restriction fragment length polymorphism and divergence in the genomic regions of high and low recombination in self-fertilizing and cross-fertilizing Aegilops species JO - Genetics VL - 148 ID - Dvorak1998 ER - TY - JOUR AU - Clark, R. M. AU - Schweikert, G. AU - Toomajian, C. AU - Ossowski, S. AU - Zeller, G. AU - Shinn, P. AU - Warthmann, N. AU - Hu, T. T. AU - Fu, G. AU - Hinds, D. A. AU - Chen, H. AU - Frazer, K. A. AU - Huson, D. H. AU - Schölkopf, B. AU - Nordborg, M. AU - Rätsch, G. AU - Ecker, J. R. AU - Weigel, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Common sequence polymorphisms shaping genetic diversity in Arabidopsis thaliana JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138632 DO - 10.1126/science.1138632 ID - Clark2007 ER - TY - JOUR AU - Haudry, A. AU - Cenci, A. AU - Ravel, C. AU - Bataillon, T. AU - Brunel, D. AU - Poncet, C. AU - Hochu, I. AU - Poirier, S. AU - Santoni, S. AU - Glemin, S. AU - David, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Grinding up wheat: a massive loss of nucleotide diversity since domestication JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm077 DO - 10.1093/molbev/msm077 ID - Haudry2007 ER - TY - JOUR AU - Uauy, C. AU - Paraiso, F. AU - Colasuonno, P. AU - Tran, R. K. AU - Tsai, H. AU - Berardi, S. AU - Comai, L. AU - Dubcovsky, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A modified TILLING approach to detect induced mutations in tetraploid and hexaploid wheat JO - BMC Plant Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-9-115 DO - 10.1186/1471-2229-9-115 ID - Uauy2009 ER - TY - JOUR AU - Endo, T. R. AU - Gill, B. S. PY - 1996 DA - 1996// TI - The deletion stocks of common wheat JO - J Hered VL - 87 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.jhered.a023003 DO - 10.1093/oxfordjournals.jhered.a023003 ID - Endo1996 ER - TY - JOUR AU - Sears, E. R. PY - 1944 DA - 1944// TI - Cytogenetic studies with polyploid species of wheat. II. Additional chromosomal aberrations in Triticum vulgare JO - Genetics VL - 29 ID - Sears1944 ER - TY - JOUR AU - Hahn, M. W. AU - Kern, A. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative genomics of centrality and essentiality in three eukaryotic protein-interaction networks JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi072 DO - 10.1093/molbev/msi072 ID - Hahn2005 ER - TY - JOUR AU - Wheeler, D. A. AU - Srinivasan, M. AU - Egholm, M. AU - Shen, Y. AU - Chen, L. AU - McGuire, A. AU - He, W. AU - Chen, Y. J. AU - Makhijani, V. AU - Roth, G. T. AU - Gomes, X. AU - Tartaro, K. AU - Niazi, F. AU - Turcotte, C. L. AU - Irzyk, G. P. AU - Lupski, J. R. AU - Chinault, C. AU - Song, X. Z. AU - Liu, Y. AU - Yuan, Y. AU - Nazareth, L. AU - Qin, X. AU - Muzny, D. M. AU - Margulies, M. AU - Weinstock, G. M. AU - Gibbs, R. A. AU - Rothberg, J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06884 DO - 10.1038/nature06884 ID - Wheeler2008 ER - TY - JOUR AU - Mochida, K. AU - Yoshida, T. AU - Sakurai, T. AU - Ogihara, Y. AU - Shinozaki, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - TriFLDB: a database of clustered full-length coding sequences from Triticeae with applications to comparative grass genomics JO - Plant Physiol VL - 150 UR - https://doi.org/10.1104/pp.109.138214 DO - 10.1104/pp.109.138214 ID - Mochida2009 ER - TY - JOUR AU - Uauy, C. AU - Distelfeld, A. AU - Fahima, T. AU - Blechl, A. AU - Dubcovsky, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - A NAC gene regulating senescence improves grain protein, zinc, and iron content in wheat JO - Science VL - 314 UR - https://doi.org/10.1126/science.1133649 DO - 10.1126/science.1133649 ID - Uauy2006 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Xia, X. Q. AU - Jia, Z. AU - Porwollik, S. AU - Long, F. AU - Hoemme, C. AU - Ye, K. AU - Müller-Tidow, C. AU - McClelland, M. AU - Wang, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evaluating oligonucleotide properties for DNA microarray probe design JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq039 DO - 10.1093/nar/gkq039 ID - Xia2010 ER - TY - JOUR AU - Markham, N. R. AU - Zuker, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - UNAFold: software for nucleic acid folding and hybridization JO - Methods Mol Biol VL - 453 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-60327-429-6_1 DO - 10.1007/978-1-60327-429-6_1 ID - Markham2008 ER - TY - JOUR AU - Le Novere, N. PY - 2001 DA - 2001// TI - MELTING, computing the melting temperature of nucleic acid duplex JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1226 DO - 10.1093/bioinformatics/17.12.1226 ID - Le Novere2001 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Narechania, A. AU - Stein, J. C. AU - Ware, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - A new method to compute K-mer frequencies and its application to annotate large repetitive plant genomes JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-517 DO - 10.1186/1471-2164-9-517 ID - Kurtz2008 ER - TY - STD TI - CerealsDB.uk.net. [http://www.cerealsdb.uk.net/index.htm] UR - http://www.cerealsdb.uk.net/index.htm ID - ref65 ER - TY - JOUR AU - Koboldt, D. C. AU - Chen, K. AU - Wylie, T. AU - Larson, D. E. AU - McLellan, M. D. AU - Mardis, E. R. AU - Weinstock, G. M. AU - Wilson, R. K. AU - Ding, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - VarScan: variant detection in massively parallel sequencing of individual and pooled samples JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp373 DO - 10.1093/bioinformatics/btp373 ID - Koboldt2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Albers, C. A. AU - Lunter, G. AU - Macarthur, D. G. AU - McVean, G. AU - Ouwehand, W. H. AU - Durbin, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Dindel: accurate indel calls from short-read data JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.112326.110 DO - 10.1101/gr.112326.110 ID - Albers2010 ER - TY - JOUR AU - Xie, C. AU - Tammi, M. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - CNV-seq, a new method to detect copy number variation using high-throughput sequencing JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-80 DO - 10.1186/1471-2105-10-80 ID - Xie2009 ER - TY - JOUR AU - Götz, S. AU - García-Gómez, J. M. AU - Terol, J. AU - Williams, T. D. AU - Nueda, M. J. AU - Robles, M. AU - Talón, M. AU - Dopazo, J. AU - Conesa, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-throughput functional annotation and data mining with the Blast2GO suite JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn176 DO - 10.1093/nar/gkn176 ID - Götz2008 ER - TY - STD TI - AmiGO. [http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi] UR - http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi ID - ref71 ER - TY - STD TI - Rice Genome Annotation Project. [http://rice.plantbiology.msu.edu/] UR - http://rice.plantbiology.msu.edu/ ID - ref72 ER - TY - STD TI - Brachypodium. [http://www.brachypodium.org/] UR - http://www.brachypodium.org/ ID - ref73 ER - TY - STD TI - TREP, the Triticeae Repeat Sequence Database. [http://wheat.pw.usda.gov/ITMI/Repeats/] UR - http://wheat.pw.usda.gov/ITMI/Repeats/ ID - ref74 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. AU - Kapitonov, V. V. AU - Pavlicek, A. AU - Klonowski, P. AU - Kohany, O. AU - Walichiewicz, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Repbase Update, a database of eukaryotic repetitive elements JO - Cytogenet Genome Res VL - 110 UR - https://doi.org/10.1159/000084979 DO - 10.1159/000084979 ID - Jurka2005 ER -