TY - JOUR AU - Golub, T. R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring JO - Science VL - 286 ID - Golub1999 ER - TY - JOUR AU - Petricoin, E. F. AU - Ardekani, A. M. AU - Hitt, B. A. AU - Levine, P. J. AU - Fusaro, V. A. AU - Steinberg, S. M. AU - Mills, G. B. AU - Simone, C. AU - Fishman, D. A. AU - Kohn, E. C. AU - Liotta, L. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Use of proteomic patterns in serum to identify ovarian cancer GLOSSARY JO - Lancet VL - 359 ID - Petricoin2002 ER - TY - JOUR AU - Tothill, R. W. AU - Tinker, A. V. AU - George, J. AU - Brown, R. AU - Fox, S. B. AU - Lade, S. AU - Johnson, D. S. AU - Trivett, M. K. AU - Etemadmoghadam, D. AU - Locandro, B. AU - Traficante, N. AU - Fereday, S. AU - Hung, J. A. AU - Chiew, Y. E. AU - Haviv, I. AU - Gertig, D. AU - DeFazio, A. AU - Bowtell, D. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Novel molecular subtypes of serous and endometrioid ovarian cancer linked to clinical outcome JO - Clin Cancer Res VL - 14 ID - Tothill2008 ER - TY - JOUR AU - Wei, X. AU - Li, K. -. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Exploring the within- and between-class correlation distributions for tumor classification JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 ID - Wei2010 ER - TY - JOUR AU - De Filippo, C. AU - Cavalieri, D. AU - Di Paola, M. AU - Ramazzotti, M. AU - Poullet, J. B. AU - Massart, S. AU - Collini, S. AU - Pieraccini, G. AU - Lionetti, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 ID - De Filippo2010 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Bäckhed, F. AU - Fulton, L. AU - Gordon, J. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Diet-induced obesity is linked to marked but reversible alterations in the mouse distal gut microbiome JO - Cell Host Microbe VL - 3 ID - Turnbaugh2008 ER - TY - JOUR AU - Ley, R. E. AU - Peterson, D. a. AU - Gordon, J. I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine JO - Cell VL - 124 ID - Ley2006 ER - TY - JOUR AU - Manichanh, C. AU - Rigottier-Gois, L. AU - Bonnaud, E. AU - Gloux, K. AU - Pelletier, E. AU - Frangeul, L. AU - Nalin, R. AU - Jarrin, C. AU - Chardon, P. AU - Marteau, P. AU - Roca, J. AU - Dore, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reduced diversity of faecal microbiota in Crohn's disease revealed by a metagenomic approach JO - Gut VL - 55 ID - Manichanh2006 ER - TY - JOUR AU - Sokol, H. AU - Seksik, P. AU - Furet, J. P. AU - Firmesse, O. AU - Nion-Larmurier, I. AU - Beaugerie, L. AU - Cosnes, J. AU - Corthier, G. AU - Marteau, P. AU - Doré, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Low counts of Faecalibacterium prausnitzii in colitis microbiota JO - Inflamm Bowel Dis VL - 15 ID - Sokol2009 ER - TY - JOUR AU - Ordovas, J. M. AU - Mooser, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Metagenomics: the role of the microbiome in cardiovascular diseases JO - Curr Opin Lipidol VL - 17 ID - Ordovas2006 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Henson, B. S. AU - Camargo, P. M. AU - Wong, D. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - The clinical value of salivary biomarkers for periodontal disease JO - Periodontology 2000 VL - 51 ID - Zhang2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Farrell, J. J. AU - Zhou, H. AU - Elashoff, D. AU - Akin, D. AU - Park, N. H. AU - Chia, D. AU - Wong, D. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Salivary transcriptomic biomarkers for detection of resectable pancreatic cancer JO - Gastroenterology VL - 138 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Peterson, J. AU - Garges, S. AU - Giovanni, M. AU - McInnes, P. AU - Wang, L. AU - Schloss, J. A. AU - Bonazzi, V. AU - McEwen, J. E. AU - Wetterstrand, K. A. AU - Deal, C. AU - Baker, C. C. AU - Di Francesco, V. AU - Howcroft, T. K. AU - Karp, R. W. AU - Lunsford, R. D. AU - Wellington, C. R. AU - Belachew, T. AU - Wright, M. AU - Giblin, C. AU - David, H. AU - Mills, M. AU - Salomon, R. AU - Mullins, C. AU - Akolkar, B. AU - Begg, L. AU - Davis, C. AU - Grandison, L. AU - Humble, M. AU - Khalsa, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The NIH Human Microbiome Project JO - Genome Res VL - 19 ID - Peterson2009 ER - TY - JOUR AU - Hamady, M. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ley, R. E. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Human Microbiome Project JO - Nature VL - 449 ID - Hamady2007 ER - TY - JOUR AU - Magrini, V. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ley, R. E. AU - Mardis, E. R. AU - Mahowald, M. A. AU - Gordon, J. I. PY - 2006 DA - 2006// TI - An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest JO - Nature VL - 444 ID - Magrini2006 ER - TY - JOUR AU - Duncan, S. H. AU - Lobley, G. E. AU - Holtrop, G. AU - Ince, J. AU - Johnstone, a. M. AU - Louis, P. AU - Flint, H. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Human colonic microbiota associated with diet, obesity and weight loss JO - Int J Obesity (Lond) VL - 32 ID - Duncan2008 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ridaura, V. K. AU - Faith, J. J. AU - Rey, F. E. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - The effect of diet on the human gut microbiome: a metagenomic analysis in humanized gnotobiotic mice JO - Sci Transl Med VL - 1 ID - Turnbaugh2009 ER - TY - JOUR AU - Gao, Z. AU - Tseng, C. -. h. AU - Strober, B. E. AU - Pei, Z. AU - Blaser, M. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Substantial alterations of the cutaneous bacterial biota in psoriatic lesions JO - PloS One VL - 3 ID - Gao2008 ER - TY - JOUR AU - Tringe, S. G. AU - von Mering, C. AU - Kobayashi, A. AU - Salamov, A. A. AU - Chen, K. AU - Chang, H. W. AU - Podar, M. AU - Short, J. M. AU - Mathur, E. J. AU - Detter, J. C. AU - Bork, P. AU - Hugenholtz, P. AU - Rubin, E. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative metagenomics of microbial communities JO - Science VL - 308 ID - Tringe2005 ER - TY - JOUR AU - Solovyev, V. V. AU - Allen, E. E. AU - Ram, R. J. AU - Rokhsar, D. S. AU - Chapman, J. AU - Richardson, P. M. AU - Tyson, G. W. AU - Rubin, E. M. AU - Banfield, J. F. AU - Hugenholtz, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment JO - Nature VL - 428 ID - Solovyev2004 ER - TY - JOUR AU - Lecuit, M. AU - Lortholary, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Immunoproliferative small intestinal disease associated with Campylobacter jejuni JO - Med Mal Infect VL - 35 ID - Lecuit2005 ER - TY - JOUR AU - Relman, D. A. AU - Schmidt, T. M. AU - MacDermott, R. P. AU - Falkow, S. PY - 1992 DA - 1992// TI - Identification of the uncultured bacillus of Whipple's disease JO - N Engl J Med VL - 327 ID - Relman1992 ER - TY - JOUR AU - Oakley, B. B. AU - Fiedler, T. L. AU - Marrazzo, J. M. AU - Fredricks, D. N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Diversity of human vaginal bacterial communities and associations with clinically defined bacterial vaginosis JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 ID - Oakley2008 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 ID - Tusher2001 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical Bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 3 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Clarke, R. AU - Ressom, H. W. AU - Wang, A. AU - Xuan, J. AU - Liu, M. C. AU - Gehan, E. a. AU - Wang, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - The properties of high-dimensional data spaces: implications for exploring gene and protein expression data JO - Nat Rev Cancer VL - 8 ID - Clarke2008 ER - TY - JOUR AU - Swan, K. a. AU - Curtis, D. E. AU - McKusick, K. B. AU - Voinov, A. V. AU - Mapa, F. a. AU - Cancilla, M. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - High-throughput gene mapping in Caenorhabditis elegans JO - Genome Res VL - 12 ID - Swan2002 ER - TY - JOUR AU - Wooley, J. C. AU - Ye, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Metagenomics: facts and artifacts, and computational challenges* JO - J Comput Sci Technol VL - 25 ID - Wooley2009 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Hamady, M. AU - Yatsunenko, T. AU - Cantarel, B. L. AU - Duncan, A. AU - Ley, R. E. AU - Sogin, M. L. AU - Jones, W. J. AU - Roe, B. A. AU - Affourtit, J. P. AU - Egholm, M. AU - Henrissat, B. AU - Heath, A. C. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - A core gut microbiome in obese and lean twins JO - Nature VL - 457 ID - Turnbaugh2009 ER - TY - JOUR AU - Pedrós-Alió, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Marine microbial diversity: can it be determined? JO - Trends Microbiol VL - 14 ID - Pedrós-Alió2006 ER - TY - JOUR AU - Sogin, M. L. AU - Morrison, H. G. AU - Huber, J. a. AU - Welch, D. AU - Huse, S. M. AU - Neal, P. R. AU - Arrieta, J. M. AU - Herndl, G. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microbial diversity in the deep sea and the underexplored "rare biosphere" JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 ID - Sogin2006 ER - TY - JOUR AU - Gobet, A. AU - Quince, C. AU - Ramette, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Multivariate Cutoff Level Analysis (MultiCoLA) of large community data sets JO - Nucleic Acids Res VL - 38 ID - Gobet2010 ER - TY - JOUR AU - Dethlefsen, L. AU - McFall-Ngai, M. AU - Relman, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - An ecological and evolutionary perspective on human-microbe mutualism and disease JO - Nature VL - 449 ID - Dethlefsen2007 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Mitra, S. AU - Gilbert, J. A. AU - Field, D. AU - Huson, D. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of multiple metagenomes using phylogenetic networks based on ecological indices JO - ISME J VL - 4 ID - Mitra2010 ER - TY - JOUR AU - Mitra, S. AU - Klar, B. AU - Huson, D. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Visual and statistical comparison of metagenomes JO - Bioinformatics VL - 25 ID - Mitra2009 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Beiko, R. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identifying biologically relevant differences between metagenomic communities JO - Bioinformatics VL - 26 ID - Parks2010 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - UniFrac: a new phylogenetic method for comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 ID - Lozupone2005 ER - TY - JOUR AU - Meyer, F. AU - Paarmann, D. AU - D'Souza, M. AU - Olson, R. AU - Glass, E. M. AU - Kubal, M. AU - Paczian, T. AU - Rodriguez, A. AU - Stevens, R. AU - Wilke, A. AU - Wilkening, J. AU - Edwards, R. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The metagenomics RAST server - a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes JO - BMC Bioinformatics VL - 9 ID - Meyer2008 ER - TY - JOUR AU - Kristiansson, E. AU - Hugenholtz, P. AU - Dalevi, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - ShotgunFunctionalizeR: an R-package for functional comparison of metagenomes JO - Bioinformatics VL - 25 ID - Kristiansson2009 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Westcott, S. L. AU - Ryabin, T. AU - Hall, J. R. AU - Hartmann, M. AU - Hollister, E. B. AU - Lesniewski, R. A. AU - Oakley, B. B. AU - Parks, D. H. AU - Robinson, C. J. AU - Sahl, J. W. AU - Stres, B. AU - Thallinger, G. G. AU - Van Horn, D. J. AU - Weber, C. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 ID - Schloss2009 ER - TY - JOUR AU - Goll, J. AU - Rusch, D. AU - Tanenbaum, D. M. AU - Thiagarajan, M. AU - Li, K. AU - Methé, B. A. AU - Yooseph, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - METAREP: JCVI Metagenomics Reports - an open source tool for high-performance comparative metagenomics JO - Bioinformatics VL - 26 ID - Goll2010 ER - TY - BOOK AU - Jolliffe, I. T. PY - 1986 DA - 1986// TI - Principal Component Analysis PB - Springer-Verlag CY - New York ID - Jolliffe1986 ER - TY - JOUR AU - Gower, J. C. PY - 1966 DA - 1966// TI - Some distance properties of latent root and vector methods used in multivariate analysis JO - Biometrika VL - 53 ID - Gower1966 ER - TY - JOUR AU - White, J. R. AU - Nagarajan, N. AU - Pop, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Statistical methods for detecting differentially abundant features in clinical metagenomic samples JO - PLoS Comput Biol VL - 5 ID - White2009 ER - TY - JOUR AU - Goecks, J. AU - Nekrutenko, A. AU - Taylor, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences JO - Genome Biol VL - 11 ID - Goecks2010 ER - TY - JOUR AU - Blankenberg, D. AU - Von Kuster, G. AU - Coraor, N. AU - Ananda, G. AU - Lazarus, R. AU - Mangan, M. AU - Nekrutenko, A. AU - Taylor, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Galaxy: a web-based genome analysis tool for experimentalists JO - Curr Protoc Mol Biol VL - Chapter 19 ID - Blankenberg2010 ER - TY - STD TI - LEfSe. [http://huttenhower.sph.harvard.edu/lefse/] UR - http://huttenhower.sph.harvard.edu/lefse/ ID - ref48 ER - TY - JOUR AU - Kruskal, W. H. AU - Wallis, W. A. PY - 1952 DA - 1952// TI - Use of ranks in one-criterion variance analysis JO - J Am Stat Assoc VL - 47 ID - Kruskal1952 ER - TY - JOUR AU - Wilcoxon, F. PY - 1945 DA - 1945// TI - Individual comparisons by ranking methods JO - Biometrics VL - 1 ID - Wilcoxon1945 ER - TY - JOUR AU - Mann, H. B. AU - Whitney, D. R. PY - 1947 DA - 1947// TI - On a test of whether one of two random variables is stochastically larger than the other JO - Ann Math Stat VL - 18 ID - Mann1947 ER - TY - JOUR AU - Fisher, R. A. PY - 1936 DA - 1936// TI - The use of multiple measurements in taxonomic problems JO - Ann Eugenics VL - 7 ID - Fisher1936 ER - TY - JOUR AU - Dal Bello, F. AU - Hertel, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Oral cavity as natural reservoir for intestinal lactobacilli JO - Syst Appl Microbiol VL - 29 ID - Dal Bello2006 ER - TY - JOUR AU - Costello, E. K. AU - Lauber, C. L. AU - Hamady, M. AU - Fierer, N. AU - Gordon, J. I. AU - Knight, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bacterial community variation in human body habitats across space and time JO - Science VL - 326 ID - Costello2009 ER - TY - STD TI - Human Microbiome Project clinical sampling protocol. [http://hmpdacc.org/micro_analysis/microbiome_sampling.php] UR - http://hmpdacc.org/micro_analysis/microbiome_sampling.php ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - Turner, J. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Intestinal mucosal barrier function in health and disease JO - Nat Rev Immunol VL - 9 ID - Turner2009 ER - TY - JOUR AU - Cole, J. R. AU - Wang, Q. AU - Cardenas, E. AU - Fish, J. AU - Chai, B. AU - Farris, R. J. AU - Kulam-Syed-Mohideen, A. S. AU - McGarrell, D. M. AU - Marsh, T. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 37 ID - Cole2009 ER - TY - JOUR AU - Hilbert, F. AU - Scherwitzel, M. AU - Paulsen, P. AU - Szostak, M. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Survival of Campylobacter jejuni under conditions of atmospheric oxygen tension with the support of Pseudomonas spp JO - Appl Environ Microbiol VL - 76 ID - Hilbert2010 ER - TY - JOUR AU - Godon, J. -. J. AU - Morinière, J. AU - Moletta, M. AU - Gaillac, M. AU - Bru, V. AU - Delgènes, J. -. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rarity associated with specific ecological niches in the bacterial world: the 'Synergistes' example JO - Environ Microbiol VL - 7 ID - Godon2005 ER - TY - JOUR AU - Shah, S. a. AU - Simpson, S. J. AU - Brown, L. F. AU - Comiskey, M. AU - de Jong, Y. P. AU - Allen, D. AU - Terhorst, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - Development of colonic adenocarcinomas in a mouse model of ulcerative colitis JO - Inflamm Bowel Dis VL - 4 ID - Shah1998 ER - TY - JOUR AU - Pizarro, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mouse models for the study of Crohn's disease JO - Trends Mol Med VL - 9 ID - Pizarro2003 ER - TY - JOUR AU - Panwala, C. M. AU - Jones, J. C. AU - Viney, J. L. PY - 1998 DA - 1998// TI - A novel model of inflammatory bowel disease: mice deficient for the multiple drug resistance gene, mdr1a, spontaneously develop colitis JO - J Immunol VL - 161 ID - Panwala1998 ER - TY - JOUR AU - Wirtz, S. AU - Neurath, M. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mouse models of inflammatory bowel disease JO - Adv Drug Delivery Rev VL - 59 ID - Wirtz2007 ER - TY - JOUR AU - Sartor, R. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mechanisms of disease: pathogenesis of Crohn's disease and ulcerative colitis JO - Nat Clin Pract Gastroenterol Hepatol VL - 3 ID - Sartor2006 ER - TY - JOUR AU - Garrett, W. S. AU - Lord, G. M. AU - Punit, S. AU - Lugo-Villarino, G. AU - Mazmanian, S. K. AU - Ito, S. AU - Glickman, J. N. AU - Glimcher, L. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Communicable ulcerative colitis induced by T-bet deficiency in the innate immune system JO - Cell VL - 131 ID - Garrett2007 ER - TY - JOUR AU - Garrett, W. S. AU - Gallini, C. A. AU - Yatsunenko, T. AU - Michaud, M. AU - DuBois, A. AU - Delaney, M. L. AU - Punit, S. AU - Karlsson, M. AU - Bry, L. AU - Glickman, J. N. AU - Gordon, J. I. AU - Onderdonk, A. B. AU - Glimcher, L. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Enterobacteriaceae act in concert with the gut microbiota to induce spontaneous and maternally transmitted colitis JO - Cell Host Microbe VL - 8 ID - Garrett2010 ER - TY - JOUR AU - Veiga, P. AU - Gallini, C. A. AU - Beal, C. AU - Michaud, M. AU - Delaney, M. L. AU - DuBois, A. AU - Khlebnikov, A. AU - van Hylckama Vlieg, J. E. AU - Punit, S. AU - Glickman, J. N. AU - Onderdonk, A. AU - Glimcher, L. H. AU - Garrett, W. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bifidobacterium animalis subsp. lactis fermented milk product reduces inflammation by altering a niche for colitogenic microbes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 ID - Veiga2010 ER - TY - JOUR AU - Masaaki, O. AU - Yoshimi, B. AU - Kai-P, L. AU - Nobuko, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Metascardovia criceti Gen. Nov., Sp. Nov., from hamster dental plaque JO - Microbiol Immunol VL - 51 ID - Masaaki2007 ER - TY - JOUR AU - Dinsdale, E. A. AU - Edwards, R. A. AU - Hall, D. AU - Angly, F. AU - Breitbart, M. AU - Brulc, J. M. AU - Furlan, M. AU - Desnues, C. AU - Haynes, M. AU - Li, L. AU - McDaniel, L. AU - Moran, M. A. AU - Nelson, K. E. AU - Nilsson, C. AU - Olson, R. AU - Paul, J. AU - Brito, B. R. AU - Ruan, Y. AU - Swan, B. K. AU - Stevens, R. AU - Valentine, D. L. AU - Thurber, R. V. AU - Wegley, L. AU - White, B. A. AU - Rohwer, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Functional metagenomic profiling of nine biomes JO - Nature VL - 452 ID - Dinsdale2008 ER - TY - JOUR AU - Overbeek, R. AU - Begley, T. AU - Butler, R. M. AU - Choudhuri, J. V. AU - Chuang, H. Y. AU - Cohoon, M. AU - de Crécy-Lagard, V. AU - Diaz, N. AU - Disz, T. AU - Edwards, R. AU - Fonstein, M. AU - Frank, E. D. AU - Gerdes, S. AU - Glass, E. M. AU - Goesmann, A. AU - Hanson, A. AU - Iwata-Reuyl, D. AU - Jensen, R. AU - Jamshidi, N. AU - Krause, L. AU - Kubal, M. AU - Larsen, N. AU - Linke, B. AU - McHardy, A. C. AU - Meyer, F. AU - Neuweger, H. AU - Olsen, G. AU - Olson, R. AU - Osterman, A. AU - Portnoy, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 ID - Overbeek2005 ER - TY - JOUR AU - Greene, J. M. AU - Collins, F. AU - Lefkowitz, E. J. AU - Roos, D. AU - Scheuermann, R. H. AU - Sobral, B. AU - Stevens, R. AU - White, O. AU - Di Francesco, V. PY - 2007 DA - 2007// TI - National Institute of Allergy and Infectious Diseases bioinformatics resource centers: new assets for pathogen informatics JO - Infect Immun VL - 75 ID - Greene2007 ER - TY - BOOK AU - Krebs, C. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ecology: The Experimental Analysis of Distribution and Abundance ID - Krebs2008 ER - TY - JOUR AU - Kurokawa, K. AU - Itoh, T. AU - Kuwahara, T. AU - Oshima, K. AU - Toh, H. AU - Toyoda, A. AU - Takami, H. AU - Morita, H. AU - Sharma, V. K. AU - Srivastava, T. P. AU - Taylor, T. D. AU - Noguchi, H. AU - Mori, H. AU - Ogura, Y. AU - Ehrlich, D. S. AU - Itoh, K. AU - Takagi, T. AU - Sakaki, Y. AU - Hayashi, T. AU - Hattori, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes JO - DNA Res VL - 14 ID - Kurokawa2007 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. PY - 1997 DA - 1997// TI - A genomic perspective on protein families JO - Science VL - 278 ID - Tatusov1997 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Natale, D. A. AU - Garkavtsev, I. V. AU - Tatusova, T. A. AU - Shankavaram, U. T. AU - Rao, B. S. AU - Kiryutin, B. AU - Galperin, M. Y. AU - Fedorova, N. D. AU - Koonin, E. V. PY - 2001 DA - 2001// TI - The COG database: new developments in phylogenetic classification of proteins from complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 29 ID - Tatusov2001 ER - TY - JOUR AU - Turroni, F. AU - Foroni, E. AU - Pizzetti, P. AU - Giubellini, V. AU - Ribbera, A. AU - Merusi, P. AU - Cagnasso, P. AU - Bizzarri, B. AU - de'Angelis, G. L. AU - Shanahan, F. AU - van Sinderen, D. AU - Ventura, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Exploring the diversity of the bifidobacterial population in the human intestinal tract JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 ID - Turroni2009 ER - TY - JOUR AU - Pawitan, Y. AU - Michiels, S. AU - Koscielny, S. AU - Gusnanto, A. AU - Ploner, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - False discovery rate, sensitivity and sample size for microarray studies JO - Bioinformatics VL - 21 ID - Pawitan2005 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, Y. AU - Nei, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - False-positive selection identified by ML-based methods: examples from the Sig1 gene of the diatom Thalassiosira weissflogii and the tax gene of a human T-cell lymphotropic virus JO - Mol Biol Evol VL - 21 ID - Suzuki2004 ER - TY - JOUR AU - Boulesteix, A. -. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Over-optimism in bioinformatics research JO - Bioinformatics VL - 26 ID - Boulesteix2010 ER - TY - STD TI - 2020 visions. Nature. 2010, 463: 26-32. ID - ref80 ER - TY - JOUR AU - Hamady, M. AU - Knight, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Microbial community profiling for human microbiome projects: tools, techniques, and challenges JO - Genome Res VL - 19 ID - Hamady2009 ER - TY - JOUR AU - Wooley, J. C. AU - Godzik, A. AU - Friedberg, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - A primer on metagenomics JO - PLoS Comput Biol VL - 6 ID - Wooley2010 ER - TY - JOUR AU - Ritchie, M. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Using prior knowledge and genome-wide association to identify pathways involved in multiple sclerosis JO - Genome Med VL - 1 ID - Ritchie2009 ER - TY - JOUR AU - Tintle, N. AU - Lantieri, F. AU - Lebrec, J. AU - Sohns, M. AU - Ballard, D. AU - Bickeböller, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Inclusion of a priori information in genome-wide association analysis JO - Genet Epidemiol VL - 33 ID - Tintle2009 ER - TY - JOUR AU - Lin, W. -. Y. AU - Lee, W. -. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Incorporating prior knowledge to facilitate discoveries in a genome-wide association study on age-related macular degeneration JO - BMC Res Notes VL - 3 ID - Lin2010 ER - TY - JOUR AU - Reeder, J. AU - Knight, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The 'rare biosphere': a reality check JO - Nat Methods VL - 6 ID - Reeder2009 ER - TY - JOUR AU - Taylor, M. W. AU - Schupp, P. J. AU - Dahllof, I. AU - Kjelleberg, S. AU - Steinberg, P. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Host specificity in marine sponge-associated bacteria, and potential implications for marine microbial diversity JO - Environ Microbiol VL - 6 ID - Taylor2003 ER - TY - JOUR AU - Tamames, J. AU - Abellán, J. J. AU - Pignatelli, M. AU - Camacho, A. AU - Moya, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Environmental distribution of prokaryotic taxa JO - BMC Microbiol VL - 10 ID - Tamames2010 ER - TY - JOUR AU - Kassen, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The experimental evolution of specialists, generalists, and the maintenance of diversity JO - J Evol Biol VL - 15 ID - Kassen2002 ER - TY - JOUR AU - Frank, D. N. AU - Pace, N. R. AU - Peterson, D. A. AU - Gordon, J. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Metagenomic approaches for defining the pathogenesis of inflammatory bowel diseases JO - Cell Host Microbe VL - 3 ID - Frank2008 ER - TY - JOUR AU - Young, C. AU - Sharma, R. AU - Handfield, M. AU - Mai, V. AU - Neu, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biomarkers for infants at risk for necrotizing enterocolitis: clues to prevention? JO - Pediatric Res VL - 65 ID - Young2009 ER - TY - JOUR AU - Asikainen, S. AU - Doğan, B. AU - Turgut, Z. AU - Paster, B. J. AU - Bodur, A. AU - Oscarsson, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Specified species in gingival crevicular fluid predict bacterial diversity JO - PLoS ONE VL - 5 ID - Asikainen2010 ER - TY - JOUR AU - Wong, D. AU - Zhang, L. AU - Farrell, J. AU - Zhou, H. AU - Elashoff, D. AU - Gao, K. AU - Paster, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Salivary biomarkers for pancreatic cancer detection JO - J Clin Oncol VL - 27 ID - Wong2009 ER - TY - JOUR AU - Culligan, E. P. AU - Hill, C. AU - Sleator, R. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Probiotics and gastrointestinal disease: successes, problems and future prospects JO - Gut Pathog VL - 1 ID - Culligan2009 ER - TY - JOUR AU - Preidis, G. A. AU - Versalovic, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Targeting the human microbiome with antibiotics, probiotics, and prebiotics: gastroenterology enters the metagenomics era JO - Gastroenterology VL - 136 ID - Preidis2009 ER - TY - JOUR AU - Borody, T. J. AU - Warren, E. F. AU - Leis, S. AU - Surace, R. AU - Ashman, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - Treatment of ulcerative colitis using fecal bacteriotherapy JO - J Clin Gastroenterol VL - 37 ID - Borody2003 ER - TY - JOUR AU - Khoruts, A. AU - Dicksved, J. AU - Jansson, J. K. AU - Sadowsky, M. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Changes in the composition of the human fecal microbiome after bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficile-associated diarrhea JO - J Clin Gastroenterol VL - 44 ID - Khoruts2010 ER - TY - JOUR AU - Manichanh, C. AU - Reeder, J. AU - Gibert, P. AU - Varela, E. AU - Llopis, M. AU - Antolin, M. AU - Guigo, R. AU - Knight, R. AU - Guarner, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Reshaping the gut microbiome with bacterial transplantation and antibiotic intake JO - Genome Res VL - 20 ID - Manichanh2010 ER - TY - JOUR AU - You, D. AU - Franzos, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Successful treatment of fulminant Clostridium difficile infection with fecal bacteriotherapy JO - Ann Intern Med VL - 148 ID - You2008 ER - TY - JOUR AU - Chang, Y. -. w. AU - Lin, C. -. j. PY - 2008 DA - 2008// TI - Feature ranking using linear SVM JO - J Machine Learning Res VL - 3 ID - Chang2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 ID - Wang2007 ER - TY - BOOK AU - Bell, T. C. AU - Cleary, J. G. AU - Witten, I. H. PY - 1990 DA - 1990// TI - Text Compression PB - Prentice-Hall CY - Inc ID - Bell1990 ER - TY - STD TI - HMP Data Analysis and Coordination Center. [http://www.hmpdacc.org/tools_protocols/tools_protocols.php] UR - http://www.hmpdacc.org/tools_protocols/tools_protocols.php ID - ref103 ER - TY - STD TI - Mo Bio PowerSoil kit. [http://www.mobio.com/] UR - http://www.mobio.com/ ID - ref104 ER - TY - JOUR AU - Huse, S. M. AU - Huber, J. a. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. AU - Welch, D. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Accuracy and quality of massively parallel DNA pyrosequencing JO - Genome Biol VL - 8 ID - Huse2007 ER - TY - JOUR AU - Pruesse, E. AU - Quast, C. AU - Knittel, K. AU - Fuchs, B. M. AU - Ludwig, W. AU - Peplies, J. AU - Glöckner, F. O. PY - 2007 DA - 2007// TI - SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB JO - Nucleic Acids Res VL - 35 ID - Pruesse2007 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - A high-throughput DNA sequence aligner for microbial ecology studies JO - PloS ONE VL - 4 ID - Schloss2009 ER - TY - JOUR AU - Haas, B. J. AU - Gevers, D. AU - Earl, A. M. AU - Feldgarden, M. AU - Ward, D. V. AU - Giannoukos, G. AU - Ciulla, D. AU - Tabbaa, D. AU - Highlander, S. K. AU - Sodergren, E. AU - Methé, B. AU - DeSantis, T. Z. AU - Petrosino, J. F. AU - Knight, R. AU - Birren, B. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Chimeric 16S rRNA sequence formation and detection in Sanger and 454-pyrosequenced PCR amplicons JO - Genome Res VL - 21 ID - Haas2011 ER - TY - BOOK AU - Garrity, G. M. AU - Lilburn, T. G. AU - Cole, J. R. AU - Harrison, S. H. AU - Euzeby, J. AU - Tindall, B. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Taxonomic Outline of the Bacteria and Archaea ID - Garrity2007 ER - TY - STD TI - Sequence Read Archive: SRP002012 Human Microbiome Project 454 Clinical Production Pilot (PPS). [http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP002012#] UR - http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP002012%23 ID - ref110 ER - TY - JOUR AU - Hothorn, T. H. AU - Hornik, K. AU - van De Wiel, M. A. AU - Zeileis, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Implementing a class of permutation tests: the coin package JO - J Stat Software VL - 28 ID - Hothorn2008 ER - TY - BOOK AU - Venables, W. N. AU - Ripley, B. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Modern Applied Statistics with S ID - Venables2002 ER - TY - STD TI - rpy2. [http://rpy.sourceforge.net/rpy2.html] UR - http://rpy.sourceforge.net/rpy2.html ID - ref113 ER - TY - JOUR AU - Hunter, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Matplotlib: a 2D graphics environment JO - Computing Sci Eng VL - 9 ID - Hunter2007 ER -