TY - JOUR AU - Lifton, R. P. AU - Goldberg, M. L. AU - Karp, R. W. AU - Hogness, D. S. PY - 1978 DA - 1978// TI - The organization of the histone genes in Drosophila melanogaster: functional and evolutionary implications. JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 42 UR - https://doi.org/10.1101/SQB.1978.042.01.105 DO - 10.1101/SQB.1978.042.01.105 ID - Lifton1978 ER - TY - JOUR AU - Smale, S. T. AU - Baltimore, D. PY - 1989 DA - 1989// TI - The "initiator" as a transcription control element. JO - Cell VL - 57 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(89)90176-1 DO - 10.1016/0092-8674(89)90176-1 ID - Smale1989 ER - TY - JOUR AU - Burke, T. W. AU - Kadonaga, J. T. PY - 1996 DA - 1996// TI - DrosophilaTFIID binds to a conserved downstream basal promoter element that is present in many TATA-box-deficient promoters. JO - Genes Dev VL - 10 UR - https://doi.org/10.1101/gad.10.6.711 DO - 10.1101/gad.10.6.711 ID - Burke1996 ER - TY - JOUR AU - Lewis, B. A. AU - Kim, T. K. AU - Orkin, S. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - A downstream element in the human beta-globin promoter: evidence of extended sequence-specific transcription factor IID contacts. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.120181197 DO - 10.1073/pnas.120181197 ID - Lewis2000 ER - TY - JOUR AU - Deng, W. AU - Roberts, S. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - A core promoter element downstream of the TATA box that is recognized by TFIIB. JO - Genes Dev VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gad.342405 DO - 10.1101/gad.342405 ID - Deng2005 ER - TY - JOUR AU - Lagrange, T. AU - Kapanidis, A. N. AU - Tang, H. AU - Reinberg, D. AU - Ebright, R. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - New core promoter element in RNA polymerase II-dependent transcription: sequence-specific DNA binding by transcription factor IIB. JO - Genes Dev VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gad.12.1.34 DO - 10.1101/gad.12.1.34 ID - Lagrange1998 ER - TY - JOUR AU - Lim, C. Y. AU - Santoso, B. AU - Boulay, T. AU - Dong, E. AU - Ohler, U. AU - Kadonaga, J. T. PY - 2004 DA - 2004// TI - The MTE, a new core promoter element for transcription by RNA polymerase II. JO - Genes Dev VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1193404 DO - 10.1101/gad.1193404 ID - Lim2004 ER - TY - JOUR AU - Juven-Gershon, T. AU - Hsu, J. Y. AU - Theisen, J. W. AU - Kadonaga, J. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - The RNA polymerase II core promoter - the gateway to transcription. JO - Curr Opin Cell Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2008.03.003 DO - 10.1016/j.ceb.2008.03.003 ID - Juven-Gershon2008 ER - TY - JOUR AU - Thomas, M. C. AU - Chiang, C. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The general transcription machinery and general cofactors. JO - Crit Rev Biochem Mol Biol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1080/10409230600648736 DO - 10.1080/10409230600648736 ID - Thomas2006 ER - TY - JOUR AU - Saxonov, S. AU - Berg, P. AU - Brutlag, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0510310103 DO - 10.1073/pnas.0510310103 ID - Saxonov2006 ER - TY - JOUR AU - Sawadogo, M. AU - Roeder, R. G. PY - 1985 DA - 1985// TI - Factors involved in specific transcription by human RNA polymerase II: analysis by a rapid and quantitative in vitroassay. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 82 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.82.13.4394 DO - 10.1073/pnas.82.13.4394 ID - Sawadogo1985 ER - TY - JOUR AU - Tsai, F. T. AU - Sigler, P. B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Structural basis of preinitiation complex assembly on human pol II promoters. JO - EMBO J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/19.1.25 DO - 10.1093/emboj/19.1.25 ID - Tsai2000 ER - TY - JOUR AU - Evans, R. AU - Fairley, J. A. AU - Roberts, S. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Activator-mediated disruption of sequence-specific DNA contacts by the general transcription factor TFIIB. JO - Genes Dev VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gad.206901 DO - 10.1101/gad.206901 ID - Evans2001 ER - TY - JOUR AU - Gershenzon, N. I. AU - Ioshikhes, I. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Synergy of human Pol II core promoter elements revealed by statistical sequence analysis. JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti172 DO - 10.1093/bioinformatics/bti172 ID - Gershenzon2005 ER - TY - JOUR AU - Frith, M. C. AU - Valen, E. AU - Krogh, A. AU - Hayashizaki, Y. AU - Carninci, P. AU - Sandelin, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - A code for transcription initiation in mammalian genomes. JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6831208 DO - 10.1101/gr.6831208 ID - Frith2008 ER - TY - JOUR AU - Huisinga, K. L. AU - Pugh, B. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - A TATA binding protein regulatory network that governs transcription complex assembly. JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-4-r46 DO - 10.1186/gb-2007-8-4-r46 ID - Huisinga2007 ER - TY - JOUR AU - Zanton, S. J. AU - Pugh, B. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Changes in genomewide occupancy of core transcriptional regulators during heat stress. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0404988101 DO - 10.1073/pnas.0404988101 ID - Zanton2004 ER - TY - JOUR AU - Venters, B. J. AU - Pugh, B. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - A canonical promoter organization of the transcription machinery and its regulators in the Saccharomycesgenome. JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.084970.108 DO - 10.1101/gr.084970.108 ID - Venters2009 ER - TY - JOUR AU - Andrau, J. C. AU - Pasch, L. v. a. n. d. e. AU - Lijnzaad, P. AU - Bijma, T. AU - Koerkamp, M. G. AU - Peppel, J. v. a. n. d. e. AU - Werner, M. AU - Holstege, F. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide location of the coactivator mediator: Binding without activation and transient Cdk8 interaction on DNA. JO - Mol Cell VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.03.023 DO - 10.1016/j.molcel.2006.03.023 ID - Andrau2006 ER - TY - JOUR AU - Zhu, X. AU - Wiren, M. AU - Sinha, I. AU - Rasmussen, N. N. AU - Linder, T. AU - Holmberg, S. AU - Ekwall, K. AU - Gustafsson, C. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide occupancy profile of mediator and the Srb8-11 module reveals interactions with coding regions. JO - Mol Cell VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.03.032 DO - 10.1016/j.molcel.2006.03.032 ID - Zhu2006 ER - TY - JOUR AU - van Werven, F. J. AU - van Bakel, H. AU - van Teeffelen, H. A. AU - Altelaar, A. F. AU - Koerkamp, M. G. AU - Heck, A. J. AU - Holstege, F. C. AU - Timmers, H. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cooperative action of NC2 and Mot1p to regulate TATA-binding protein function across the genome. JO - Genes Dev VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1682308 DO - 10.1101/gad.1682308 ID - van Werven2008 ER - TY - JOUR AU - Albert, T. K. AU - Grote, K. AU - Boeing, S. AU - Stelzer, G. AU - Schepers, A. AU - Meisterernst, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Global distribution of negative cofactor 2 subunit-alpha on human promoters. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0703490104 DO - 10.1073/pnas.0703490104 ID - Albert2007 ER - TY - JOUR AU - Birney, E. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Dutta, A. AU - Guigo, R. AU - Gingeras, T. R. AU - Margulies, E. H. AU - Weng, Z. AU - Snyder, M. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Thurman, R. E. AU - Kuehn, M. S. AU - Taylor, C. M. AU - Neph, S. AU - Koch, C. M. AU - Asthana, S. AU - Malhotra, A. AU - Adzhubei, I. AU - Greenbaum, J. A. AU - Andrews, R. M. AU - Flicek, P. AU - Boyle, P. J. AU - Cao, H. AU - Carter, N. P. AU - Clelland, G. K. AU - Davis, S. AU - Day, N. AU - Dhami, P. AU - Dillon, S. C. AU - Dorschner, M. O. AU - Fiegler, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05874 DO - 10.1038/nature05874 ID - Birney2007 ER - TY - JOUR AU - Denissov, S. AU - van Driel, M. AU - Voit, R. AU - Hekkelman, M. AU - Hulsen, T. AU - Hernandez, N. AU - Grummt, I. AU - Wehrens, R. AU - Stunnenberg, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of novel functional TBP-binding sites and general factor repertoires. JO - EMBO J VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601550 DO - 10.1038/sj.emboj.7601550 ID - Denissov2007 ER - TY - JOUR AU - Kim, T. H. AU - Barrera, L. O. AU - Zheng, M. AU - Qu, C. AU - Singer, M. A. AU - Richmond, T. A. AU - Wu, Y. AU - Green, R. D. AU - Ren, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - A high-resolution map of active promoters in the human genome. JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03877 DO - 10.1038/nature03877 ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Zheng, M. AU - Barrera, L. O. AU - Ren, B. AU - Wu, Y. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - ChIP-chip: data, model, and analysis. JO - Biometrics VL - 63 UR - https://doi.org/10.1111/j.1541-0420.2007.00768.x DO - 10.1111/j.1541-0420.2007.00768.x ID - Zheng2007 ER - TY - JOUR AU - Singh, B. N. AU - Hampsey, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - A transcription-independent role for TFIIB in gene looping. JO - Mol Cell VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2007.07.013 DO - 10.1016/j.molcel.2007.07.013 ID - Singh2007 ER - TY - JOUR AU - Crooks, G. E. AU - Hon, G. AU - Chandonia, J. M. AU - Brenner, S. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - WebLogo: a sequence logo generator. JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.849004 DO - 10.1101/gr.849004 ID - Crooks2004 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Elkan, C. PY - 1994 DA - 1994// TI - Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers. JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol VL - 2 ID - Bailey1994 ER - TY - JOUR AU - Gilfillan, S. AU - Stelzer, G. AU - Piaia, E. AU - Hofmann, M. G. AU - Meisterernst, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Efficient binding of NC2. TATA-binding protein to DNA in the absence of TATA. JO - J Biol Chem VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M406343200 DO - 10.1074/jbc.M406343200 ID - Gilfillan2005 ER - TY - JOUR AU - Kawaji, H. AU - Kasukawa, T. AU - Fukuda, S. AU - Katayama, S. AU - Kai, C. AU - Kawai, J. AU - Carninci, P. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - CAGE Basic/Analysis Databases: the CAGE resource for comprehensive promoter analysis. JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj034 DO - 10.1093/nar/gkj034 ID - Kawaji2006 ER - TY - JOUR AU - Yudkovsky, N. AU - Ranish, J. A. AU - Hahn, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - A transcription reinitiation intermediate that is stabilized by activator. JO - Nature VL - 408 UR - https://doi.org/10.1038/35041603 DO - 10.1038/35041603 ID - Yudkovsky2000 ER - TY - JOUR AU - Goppelt, A. AU - Stelzer, G. AU - Lottspeich, F. AU - Meisterernst, M. PY - 1996 DA - 1996// TI - A mechanism for repression of class II gene transcription through specific binding of NC2 to TBP-promoter complexes via heterodimeric histone fold domains. JO - EMBO J VL - 15 ID - Goppelt1996 ER - TY - JOUR AU - Inostroza, J. A. AU - Mermelstein, F. H. AU - Ha, I. AU - Lane, W. S. AU - Reinberg, D. PY - 1992 DA - 1992// TI - Dr1, a TATA-binding protein-associated phosphoprotein and inhibitor of class II gene transcription. JO - Cell VL - 70 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(92)90172-9 DO - 10.1016/0092-8674(92)90172-9 ID - Inostroza1992 ER - TY - JOUR AU - Schluesche, P. AU - Stelzer, G. AU - Piaia, E. AU - Lamb, D. C. AU - Meisterernst, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - NC2 mobilizes TBP on core promoter TATA boxes. JO - Nat Struct Mol Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb1328 DO - 10.1038/nsmb1328 ID - Schluesche2007 ER - TY - JOUR AU - Xie, J. AU - Collart, M. AU - Lemaire, M. AU - Stelzer, G. AU - Meisterernst, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - A single point mutation in TFIIA suppresses NC2 requirement in vivo. JO - EMBO J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/19.4.672 DO - 10.1093/emboj/19.4.672 ID - Xie2000 ER - TY - STD TI - Roche NimbleGen. [http://www.nimblegen.com] UR - http://www.nimblegen.com ID - ref37 ER - TY - STD TI - Multivariate and Propensity Score Matching Software for Causal Inference. [http://sekhon.berkeley.edu/matching/] UR - http://sekhon.berkeley.edu/matching/ ID - ref38 ER - TY - STD TI - The R Project for Statistical Computing. [http://www.r-project.org] UR - http://www.r-project.org ID - ref39 ER - TY - CHAP AU - Boeing, S. AU - Rigault, C. AU - Heidemann, M. AU - Eick, D. AU - Meisterernst, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNAPII CTD SER-7 phosphorylation is established in a mediator-dependent fashion. BT - J Biol Chem ID - Boeing2009 ER - TY - STD TI - ImageJ. [http://rsbweb.nih.gov/ij/] UR - http://rsbweb.nih.gov/ij/ ID - ref41 ER - TY - STD TI - Gene Expression Omnibus. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Sandelin, A. AU - Lenhard, B. AU - Katayama, S. AU - Shimokawa, K. AU - Ponjavic, J. AU - Semple, C. A. AU - Taylor, M. S. AU - Engstrom, P. G. AU - Frith, M. C. AU - Forrest, A. R. AU - Alkema, W. B. AU - Tan, S. L. AU - Plessy, C. AU - Kodzius, R. AU - Ravasi, T. AU - Kasukawa, T. AU - Fukuda, S. AU - Kanamori-Katayama, M. AU - Kitazume, Y. AU - Kawaji, H. AU - Kai, C. AU - Nakamura, M. AU - Konno, H. AU - Nakano, K. AU - Mottagui-Tabar, S. AU - Arner, P. AU - Chesi, A. AU - Gustincich, S. AU - Persichetti, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution. JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1789 DO - 10.1038/ng1789 ID - Carninci2006 ER - TY - STD TI - Cage Basic Viewer. [http://fantom31p.gsc.riken.jp/cage/hg17/] UR - http://fantom31p.gsc.riken.jp/cage/hg17/ ID - ref44 ER -