TY - STD TI - The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project. Science. 2004, 306: 636-640. ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Giardine, B. AU - Riemer, C. AU - Hardison, R. C. AU - Burhans, R. AU - Elnitski, L. AU - Shah, P. AU - Zhang, Y. AU - Blankenberg, D. AU - Albert, I. AU - Taylor, J. AU - Miller, W. AU - Kent, W. J. AU - Nekrutenko, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4086505 DO - 10.1101/gr.4086505 ID - Giardine2005 ER - TY - JOUR AU - Pruess, M. AU - Kersey, P. AU - Apweiler, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Integr8 project--a resource for genomic and proteomic data JO - In Silico Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1007/3-540-28904-6_8 DO - 10.1007/3-540-28904-6_8 ID - Pruess2005 ER - TY - JOUR AU - Bock, C. AU - Halachev, K. AU - Buch, J. AU - Lengauer, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - EpiGRAPH: user-friendly software for statistical analysis and prediction of (epi)genomic data JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-2-r14 DO - 10.1186/gb-2009-10-2-r14 ID - Bock2009 ER - TY - JOUR AU - Zhu, J. AU - Sanborn, J. Z. AU - Benz, S. AU - Szeto, C. AU - Hsu, F. AU - Kuhn, R. M. AU - Karolchik, D. AU - Archie, J. AU - Lenburg, M. E. AU - Esserman, L. J. AU - Kent, W. J. AU - Haussler, D. AU - Wang, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - The UCSC Cancer Genomics Browser JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0409-239 DO - 10.1038/nmeth0409-239 ID - Zhu2009 ER - TY - JOUR AU - Barski, A. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Roh, T. Y. AU - Schones, D. E. AU - Wang, Z. AU - Wei, G. AU - Chepelev, I. AU - Zhao, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-resolution profiling of histone methylations in the human genome JO - Cell VL - 129 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.009 DO - 10.1016/j.cell.2007.05.009 ID - Barski2007 ER - TY - JOUR AU - Derse, D. AU - Crise, B. AU - Li, Y. AU - Princler, G. AU - Lum, N. AU - Stewart, C. AU - McGrath, C. F. AU - Hughes, S. H. AU - Munroe, D. J. AU - Wu, X. PY - 2007 DA - 2007// TI - Human T-cell leukemia virus type 1 integration target sites in the human genome: comparison with those of other retroviruses JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02752-06 DO - 10.1128/JVI.02752-06 ID - Derse2007 ER - TY - JOUR AU - Pauler, F. M. AU - Sloane, M. A. AU - Huang, R. AU - Regha, K. AU - Koerner, M. V. AU - Tamir, I. AU - Sommer, A. AU - Aszodi, A. AU - Jenuwein, T. AU - Barlow, D. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - H3K27me3 forms BLOCs over silent genes and intergenic regions and specifies a histone banding pattern on a mouse autosomal chromosome JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.080861.108 DO - 10.1101/gr.080861.108 ID - Pauler2009 ER - TY - JOUR AU - Besag, J. AU - Clifford, P. PY - 1991 DA - 1991// TI - Sequential Monte Carlo p-values JO - Biometrika VL - 78 UR - https://doi.org/10.1093/biomet/78.2.301 DO - 10.1093/biomet/78.2.301 ID - Besag1991 ER - TY - BOOK AU - Manly, B. F. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Randomization, Bootstrap and Monte Carlo Methods in Biology PB - Chapman and Hall CY - Boca Raton, FL ID - Manly2007 ER - TY - JOUR AU - Jost, D. AU - Everaers, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome wide application of DNA melting analysis JO - J Phys Condensed Matter VL - 21 UR - https://doi.org/10.1088/0953-8984/21/3/034108 DO - 10.1088/0953-8984/21/3/034108 ID - Jost2009 ER - TY - JOUR AU - King, G. J. PY - 1993 DA - 1993// TI - Stability, structure and complexity of yeast chromosome III JO - Nucleic Acids Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/nar/21.18.4239 DO - 10.1093/nar/21.18.4239 ID - King1993 ER - TY - JOUR AU - Liu, F. AU - Tostesen, E. AU - Sundet, J. K. AU - Jenssen, T. K. AU - Bock, C. AU - Jerstad, G. I. AU - Thilly, W. G. AU - Hovig, E. PY - 2007 DA - 2007// TI - The human genomic melting map JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030093 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030093 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Suyama, A. AU - Wada, A. PY - 1983 DA - 1983// TI - Correlation between thermal stability maps and genetic maps of double-stranded DNAs JO - J Theor Biol VL - 105 UR - https://doi.org/10.1016/0022-5193(83)90429-0 DO - 10.1016/0022-5193(83)90429-0 ID - Suyama1983 ER - TY - JOUR AU - Yeramian, E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genes and the physics of the DNA double-helix JO - Gene VL - 255 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(00)00301-2 DO - 10.1016/S0378-1119(00)00301-2 ID - Yeramian2000 ER - TY - JOUR AU - Tøstesen, E. AU - Sandve, G. K. AU - Liu, F. AU - Hovig, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Segmentation of DNA sequences into twostate regions and melting fork regions JO - J Phys Condensed Matter VL - 21 UR - https://doi.org/10.1088/0953-8984/21/3/034109 DO - 10.1088/0953-8984/21/3/034109 ID - Tøstesen2009 ER - TY - JOUR AU - Carlon, E. AU - Malki, M. L. AU - Blossey, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Exons, introns, and DNA thermodynamics JO - Phys Rev Lett VL - 94 UR - https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.94.178101 DO - 10.1103/PhysRevLett.94.178101 ID - Carlon2005 ER - TY - JOUR AU - Hanai, R. AU - Suyama, A. AU - Wada, A. PY - 1988 DA - 1988// TI - Vestiges of lost introns in the thermal stability map of DNA JO - FEBS Lett VL - 226 UR - https://doi.org/10.1016/0014-5793(88)81432-7 DO - 10.1016/0014-5793(88)81432-7 ID - Hanai1988 ER - TY - BOOK AU - Cox, D. R. AU - Isham, V. PY - 1980 DA - 1980// TI - Point Processes PB - Chapman and Hall CY - Boca Raton, FL ID - Cox1980 ER - TY - BOOK AU - Grandell, J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Mixed Poisson Processes PB - Chapman and Hall CY - Boca Raton, FL UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4899-3117-7 DO - 10.1007/978-1-4899-3117-7 ID - Grandell1997 ER - TY - JOUR AU - Jenssen, T. K. AU - Laegreid, A. AU - Komorowski, J. AU - Hovig, E. PY - 2001 DA - 2001// TI - A literature network of human genes for high-throughput analysis of gene expression JO - Nat Genet VL - 28 ID - Jenssen2001 ER - TY - STD TI - Python Reference Manual. [http://docs.python.org/release/2.5.2/ref/ref.html] UR - http://docs.python.org/release/2.5.2/ref/ref.html ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at UCSC JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 DO - 10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 ID - Kent2002 ER - TY - BOOK AU - Beck, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Test Driven Development PB - Addison-Wesley Profession CY - London ID - Beck2002 ER - TY - STD TI - Galaxy. [http://main.g2.bx.psu.edu/] UR - http://main.g2.bx.psu.edu/ ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Lieberman-Aiden, E. AU - van Berkum, N. L. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Ragoczy, T. AU - Telling, A. AU - Amit, I. AU - Lajoie, B. R. AU - Sabo, P. J. AU - Dorschner, M. O. AU - Sandstrom, R. AU - Bernstein, B. AU - Bender, M. A. AU - Groudine, M. AU - Gnirke, A. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Mirny, L. A. AU - Lander, E. S. AU - Dekker, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181369 DO - 10.1126/science.1181369 ID - Lieberman-Aiden2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Zang, C. AU - Rosenfeld, J. A. AU - Schones, D. E. AU - Barski, A. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Roh, T. Y. AU - Peng, W. AU - Zhang, M. Q. AU - Zhao, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Combinatorial patterns of histone acetylations and methylations in the human genome JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.154 DO - 10.1038/ng.154 ID - Wang2008 ER - TY - STD TI - 1000Genomes. [http://www.1000genomes.org/] UR - http://www.1000genomes.org/ ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Lieberman-Aiden, E. AU - van Berkum, N. L. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Ragoczy, T. AU - Telling, A. AU - Amit, I. AU - Lajoie, B. R. AU - Sabo, P. J. AU - Dorschner, M. O. AU - Sandstrom, R. AU - Bernstein, B. AU - Bender, M. A. AU - Groudine, M. AU - Gnirke, A. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Mirny, L. A. AU - Lander, E. S. AU - Dekker, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181369 DO - 10.1126/science.1181369 ID - Lieberman-Aiden2009 ER - TY - STD TI - Naumova N, Dekker J: Integrating one-dimensional and three-dimensional maps of genomes. J Cell Sci. 123: 1979-1988. ID - ref30 ER - TY - JOUR AU - Knoch, T. A. AU - Goker, M. AU - Lohner, R. AU - Abuseiris, A. AU - Grosveld, F. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fine-structured multi-scaling long-range correlations in completely sequenced genomes - features, origin, and classification JO - Eur Biophys J VL - 38 UR - https://doi.org/10.1007/s00249-009-0489-y DO - 10.1007/s00249-009-0489-y ID - Knoch2009 ER - TY - STD TI - Mako. [http://www.makotemplates.org] UR - http://www.makotemplates.org ID - ref32 ER - TY - STD TI - JQuery. [http://jquery.com] UR - http://jquery.com ID - ref33 ER - TY - CHAP AU - Oliphant, T. E. ED - Spanish Fork, U. T. PY - 2006 DA - 2006// BT - Guide to NumPy ID - Oliphant2006 ER - TY - BOOK AU - Team, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - Austria; R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna ID - Team2006 ER - TY - STD TI - RPy a robust Python interface to the R Programming Language. [http://rpy.sf.net] UR - http://rpy.sf.net ID - ref36 ER - TY - STD TI - GPL. [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html] UR - http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html ID - ref37 ER - TY - STD TI - Titan. [http://www.notur.no/hardware/titan/] UR - http://www.notur.no/hardware/titan/ ID - ref38 ER - TY - JOUR AU - Barski, A. AU - Zhao, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomic location analysis by ChIP-Seq JO - J Cell Biochem VL - 107 UR - https://doi.org/10.1002/jcb.22077 DO - 10.1002/jcb.22077 ID - Barski2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Shin, H. AU - Song, J. S. AU - Lei, Y. AU - Liu, X. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identifying positioned nucleosomes with epigenetic marks in human from ChIP-Seq JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-537 DO - 10.1186/1471-2164-9-537 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Su, A. I. AU - Wiltshire, T. AU - Batalov, S. AU - Lapp, H. AU - Ching, K. A. AU - Block, D. AU - Zhang, J. AU - Soden, R. AU - Hayakawa, M. AU - Kreiman, G. AU - Cooke, M. P. AU - Walker, J. R. AU - Hogenesch, J. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0400782101 DO - 10.1073/pnas.0400782101 ID - Su2004 ER - TY - JOUR AU - Mikkelsen, T. S. AU - Ku, M. AU - Jaffe, D. B. AU - Issac, B. AU - Lieberman, E. AU - Giannoukos, G. AU - Alvarez, P. AU - Brockman, W. AU - Kim, T. K. AU - Koche, R. P. AU - Lee, W. AU - Mendenhall, E. AU - O'Donovan, A. AU - Presser, A. AU - Russ, C. AU - Xie, X. AU - Meissner, A. AU - Wernig, M. AU - Jaenisch, R. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Bernstein, B. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06008 DO - 10.1038/nature06008 ID - Mikkelsen2007 ER - TY - JOUR AU - Zang, C. AU - Schones, D. E. AU - Zeng, C. AU - Cui, K. AU - Zhao, K. AU - Peng, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp340 DO - 10.1093/bioinformatics/btp340 ID - Zang2009 ER - TY - BOOK AU - Poland, D. AU - Scheraga, H. A. PY - 1970 DA - 1970// TI - Theory of Helix-Coil Transitions in Biopolymers PB - Academic Press CY - New York ID - Poland1970 ER - TY - JOUR AU - Pruitt, K. D. AU - Harrow, J. AU - Harte, R. A. AU - Wallin, C. AU - Diekhans, M. AU - Maglott, D. R. AU - Searle, S. AU - Farrell, C. M. AU - Loveland, J. E. AU - Ruef, B. J. AU - Hart, E. AU - Suner, M. M. AU - Landrum, M. J. AU - Aken, B. AU - Ayling, S. AU - Baertsch, R. AU - Fernandez-Banet, J. AU - Cherry, J. L. AU - Curwen, V. AU - Dicuccio, M. AU - Kellis, M. AU - Lee, J. AU - Lin, M. F. AU - Schuster, M. AU - Shkeda, A. AU - Amid, C. AU - Brown, G. AU - Dukhanina, O. AU - Frankish, A. AU - Hart, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.080531.108 DO - 10.1101/gr.080531.108 ID - Pruitt2009 ER - TY - JOUR AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. AU - Klimke, W. AU - Maglott, D. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - NCBI Reference Sequences: current status, policy and new initiatives JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn721 DO - 10.1093/nar/gkn721 ID - Pruitt2009 ER - TY - JOUR AU - Hubbard, T. AU - Barker, D. AU - Birney, E. AU - Cameron, G. AU - Chen, Y. AU - Clark, L. AU - Cox, T. AU - Cuff, J. AU - Curwen, V. AU - Down, T. AU - Durbin, R. AU - Eyras, E. AU - Gilbert, J. AU - Hammond, M. AU - Huminiecki, L. AU - Kasprzyk, A. AU - Lehvaslaiho, H. AU - Lijnzaad, P. AU - Melsopp, C. AU - Mongin, E. AU - Pettett, R. AU - Pocock, M. AU - Potter, S. AU - Rust, A. AU - Schmidt, E. AU - Searle, S. AU - Slater, G. AU - Smith, J. AU - Spooner, W. AU - Stabenau, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Ensembl genome database project JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.38 DO - 10.1093/nar/30.1.38 ID - Hubbard2002 ER - TY - JOUR AU - Wilming, L. G. AU - Gilbert, J. G. AU - Howe, K. AU - Trevanion, S. AU - Hubbard, T. AU - Harrow, J. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - The vertebrate genome annotation (Vega) database JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm987 DO - 10.1093/nar/gkm987 ID - Wilming2008 ER - TY - JOUR AU - Yamasaki, C. AU - Murakami, K. AU - Fujii, Y. AU - Sato, Y. AU - Harada, E. AU - Takeda, J. AU - Taniya, T. AU - Sakate, R. AU - Kikugawa, S. AU - Shimada, M. AU - Tanino, M. AU - Koyanagi, K. O. AU - Barrero, R. A. AU - Gough, C. AU - Chun, H. W. AU - Habara, T. AU - Hanaoka, H. AU - Hayakawa, Y. AU - Hilton, P. B. AU - Kaneko, Y. AU - Kanno, M. AU - Kawahara, Y. AU - Kawamura, T. AU - Matsuya, A. AU - Nagata, N. AU - Nishikata, K. AU - Noda, A. O. AU - Nurimoto, S. AU - Saichi, N. AU - Sakai, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Yamasaki2008 ER -