TY - JOUR AU - Sjoblom, T. AU - Jones, S. AU - Wood, L. D. AU - Parsons, D. W. AU - Lin, J. AU - Barber, T. D. AU - Mandelker, D. AU - Leary, R. J. AU - Ptak, J. AU - Silliman, N. AU - Szabo, S. AU - Buckhaults, P. AU - Farrell, C. AU - Meeh, P. AU - Markowitz, S. D. AU - Willis, J. AU - Dawson, D. AU - Willson, J. K. AU - Gazdar, A. F. AU - Hartigan, J. AU - Wu, L. AU - Liu, C. AU - Parmigiani, G. AU - Park, B. H. AU - Bachman, K. E. AU - Papadopoulos, N. AU - Vogelstein, B. AU - Kinzler, K. W. AU - Velculescu, V. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - The consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers JO - Science VL - 314 UR - https://doi.org/10.1126/science.1133427 DO - 10.1126/science.1133427 ID - Sjoblom2006 ER - TY - JOUR AU - Wood, L. D. AU - Parsons, D. W. AU - Jones, S. AU - Lin, J. AU - Sjoblom, T. AU - Leary, R. J. AU - Shen, D. AU - Boca, S. M. AU - Barber, T. AU - Ptak, J. AU - Silliman, N. AU - Szabo, S. AU - Dezso, Z. AU - Ustyanksky, V. AU - Nikolskaya, T. AU - Nikolsky, Y. AU - Karchin, R. AU - Wilson, P. A. AU - Kaminker, J. S. AU - Zhang, Z. AU - Croshaw, R. AU - Willis, J. AU - Dawson, D. AU - Shipitsin, M. AU - Willson, J. K. AU - Sukumar, S. AU - Polyak, K. AU - Park, B. H. AU - Pethiyagoda, C. L. AU - Pant, P. V. PY - 2007 DA - 2007// TI - The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers JO - Science VL - 318 UR - https://doi.org/10.1126/science.1145720 DO - 10.1126/science.1145720 ID - Wood2007 ER - TY - JOUR AU - Jones, S. AU - Zhang, X. AU - Parsons, D. W. AU - Lin, J. C. AU - Leary, R. J. AU - Angenendt, P. AU - Mankoo, P. AU - Carter, H. AU - Kamiyama, H. AU - Jimeno, A. AU - Hong, S. M. AU - Fu, B. AU - Lin, M. T. AU - Calhoun, E. S. AU - Kamiyama, M. AU - Walter, K. AU - Nikolskaya, T. AU - Nikolsky, Y. AU - Hartigan, J. AU - Smith, D. R. AU - Hidalgo, M. AU - Leach, S. D. AU - Klein, A. P. AU - Jaffee, E. M. AU - Goggins, M. AU - Maitra, A. AU - Iacobuzio-Donahue, C. AU - Eshleman, J. R. AU - Kern, S. E. AU - Hruban, R. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Core signaling pathways in human pancreatic cancers revealed by global genomic analyses JO - Science VL - 321 UR - https://doi.org/10.1126/science.1164368 DO - 10.1126/science.1164368 ID - Jones2008 ER - TY - JOUR AU - Parsons, D. W. AU - Jones, S. AU - Zhang, X. AU - Lin, J. C. AU - Leary, R. J. AU - Angenendt, P. AU - Mankoo, P. AU - Carter, H. AU - Siu, I. M. AU - Gallia, G. L. AU - Olivi, A. AU - McLendon, R. AU - Rasheed, B. A. AU - Keir, S. AU - Nikolskaya, T. AU - Nikolsky, Y. AU - Busam, D. A. AU - Tekleab, H. AU - Diaz, L. A. AU - Hartigan, J. AU - Smith, D. R. AU - Strausberg, R. L. AU - Marie, S. K. AU - Shinjo, S. M. AU - Yan, H. AU - Riggins, G. J. AU - Bigner, D. D. AU - Karchin, R. AU - Papadopoulos, N. AU - Parmigiani, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - An integrated genomic analysis of human glioblastoma multiforme JO - Science VL - 321 UR - https://doi.org/10.1126/science.1164382 DO - 10.1126/science.1164382 ID - Parsons2008 ER - TY - JOUR AU - Ley, T. J. AU - Mardis, E. R. AU - Ding, L. AU - Fulton, B. AU - McLellan, M. D. AU - Chen, K. AU - Dooling, D. AU - Dunford-Shore, B. H. AU - McGrath, S. AU - Hickenbotham, M. AU - Cook, L. AU - Abbott, R. AU - Larson, D. E. AU - Koboldt, D. C. AU - Pohl, C. AU - Smith, S. AU - Hawkins, A. AU - Abbott, S. AU - Locke, D. AU - Hillier, L. W. AU - Miner, T. AU - Fulton, L. AU - Magrini, V. AU - Wylie, T. AU - Glasscock, J. AU - Conyers, J. AU - Sander, N. AU - Shi, X. AU - Osborne, J. R. AU - Minx, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - DNA sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid leukaemia genome JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07485 DO - 10.1038/nature07485 ID - Ley2008 ER - TY - JOUR AU - Mardis, E. R. AU - Ding, L. AU - Dooling, D. J. AU - Larson, D. E. AU - McLellan, M. D. AU - Chen, K. AU - Koboldt, D. C. AU - Fulton, R. S. AU - Delehaunty, K. D. AU - McGrath, S. D. AU - Fulton, L. A. AU - Locke, D. P. AU - Magrini, V. J. AU - Abbott, R. M. AU - Vickery, T. L. AU - Reed, J. S. AU - Robinson, J. S. AU - Wylie, T. AU - Smith, S. M. AU - Carmichael, L. AU - Eldred, J. M. AU - Harris, C. C. AU - Walker, J. AU - Peck, J. B. AU - Du, F. AU - Dukes, A. F. AU - Sanderson, G. E. AU - Brummett, A. M. AU - Clark, E. AU - McMichael, J. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Recurring mutations found by sequencing an acute myeloid leukemia genome JO - New England Journal of Medicine VL - 361 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa0903840 DO - 10.1056/NEJMoa0903840 ID - Mardis2009 ER - TY - JOUR AU - Pleasance, E. D. AU - Stephens, P. J. AU - O'Meara, S. AU - McBride, D. J. AU - Meynert, A. AU - Jones, D. AU - Lin, M. L. AU - Beare, D. AU - Lau, K. W. AU - Greenman, C. AU - Varela, I. AU - Nik-Zainal, S. AU - Davies, H. R. AU - Ordonez, G. R. AU - Mudie, L. J. AU - Latimer, C. AU - Edkins, S. AU - Stebbings, L. AU - Chen, L. AU - Jia, M. AU - Leroy, C. AU - Marshall, J. AU - Menzies, A. AU - Butler, A. AU - Teague, J. W. AU - Mangion, J. AU - Sun, Y. A. AU - McLaughlin, S. F. AU - Peckham, H. E. AU - Tsung, E. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - A small-cell lung cancer genome with complex signatures of tobacco exposure JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08629 DO - 10.1038/nature08629 ID - Pleasance2010 ER - TY - JOUR AU - Pleasance, E. D. AU - Cheetham, R. K. AU - Stephens, P. J. AU - McBride, D. J. AU - Humphray, S. J. AU - Greenman, C. D. AU - Varela, I. AU - Lin, M. L. AU - Ordonez, G. R. AU - Bignell, G. R. AU - Ye, K. AU - Alipaz, J. AU - Bauer, M. J. AU - Beare, D. AU - Butler, A. AU - Carter, R. J. AU - Chen, L. AU - Cox, A. J. AU - Edkins, S. AU - Kokko-Gonzales, P. I. AU - Gormley, N. A. AU - Grocock, R. J. AU - Haudenschild, C. D. AU - Hims, M. M. AU - James, T. AU - Jia, M. AU - Kingsbury, Z. AU - Leroy, C. AU - Marshall, J. AU - Menzies, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08658 DO - 10.1038/nature08658 ID - Pleasance2009 ER - TY - JOUR AU - Rajagopalan, H. AU - Bardelli, A. AU - Lengauer, C. AU - Kinzler, K. AU - Vogelstein, B. AU - Velculescu, V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Tumorigenesis: RAF/RAS oncogenes and mismatch-repair status JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/418934a DO - 10.1038/418934a ID - Rajagopalan2002 ER - TY - JOUR AU - Parsons, D. W. AU - Wang, T. L. AU - Samuels, Y. AU - Bardelli, A. AU - Cummins, J. M. AU - DeLong, L. AU - Silliman, N. AU - Ptak, J. AU - Szabo, S. AU - Willson, J. K. AU - Markowitz, S. AU - Kinzler, K. W. AU - Vogelstein, B. AU - Lengauer, C. AU - Velculescu, V. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Colorectal cancer: mutations in a signalling pathway JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/436792a DO - 10.1038/436792a ID - Parsons2005 ER - TY - JOUR AU - Lin, J. AU - Gan, C. AU - Zhang, X. AU - Jones, S. AU - Sjoblom, T. AU - Wood, L. AU - Parsons, W. AU - Papadopoulos, N. AU - Kinzler, K. AU - Vogelstein, B. AU - Parmigiani, G. AU - Velculescu, V. PY - 2007 DA - 2007// TI - A multidimensional analysis of genes mutated in breast and colorectal and colorectal cancers JO - Genome Research VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6431107 DO - 10.1101/gr.6431107 ID - Lin2007 ER - TY - JOUR PY - 2008 DA - 2008// TI - Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07385 DO - 10.1038/nature07385 ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Tavazoie, S. AU - Hughes, J. D. AU - Campbell, M. J. AU - Cho, R. J. AU - Church, G. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Systematic determination of genetic network architecture JO - Nature Genetics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/10343 DO - 10.1038/10343 ID - Tavazoie1999 ER - TY - JOUR AU - Mirnics, K. AU - Middleton, F. AU - Marquez, A. AU - Lewis, D. AU - Levitt, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular characterization of schizophrenia viewed by microarray analysis of gene expression in prefrontal cortex JO - Neuron VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/S0896-6273(00)00085-4 DO - 10.1016/S0896-6273(00)00085-4 ID - Mirnics2000 ER - TY - JOUR AU - Goeman, J. AU - Buhlmann, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analyzing gene expression data in terms of gene sets: methodological issues JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm051 DO - 10.1093/bioinformatics/btm051 ID - Goeman2007 ER - TY - JOUR AU - Ekins, S. AU - Nikolsky, Y. AU - Bugrim, A. AU - Kirillov, E. AU - Nikolskaya, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Pathway mapping tools for analysis of high content data JO - Methods Mol Biol VL - 356 ID - Ekins2007 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. AU - Warren, D. AU - Spencer, F. AU - Kim, I. AU - Biswal, S. AU - Frank, B. AU - Gabrielson, E. AU - Garcia, J. AU - Geoghegan, J. AU - Germino, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Multiple-laboratory comparison of microarray platforms JO - Nature Methods VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth756 DO - 10.1038/nmeth756 ID - Irizarry2005 ER - TY - JOUR AU - Allison, D. AU - Cui, X. AU - Page, G. AU - Sabripour, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus JO - Nature Reviews Genetics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1749 DO - 10.1038/nrg1749 ID - Allison2006 ER - TY - JOUR AU - Michaud, J. AU - Simpson, K. M. AU - Escher, R. AU - Buchet-Poyau, K. AU - Beissbarth, T. AU - Carmichael, C. AU - Ritchie, M. E. AU - Schutz, F. AU - Cannon, P. AU - Liu, M. AU - Shen, X. AU - Ito, Y. AU - Raskind, W. H. AU - Horwitz, M. S. AU - Osato, M. AU - Turner, D. R. AU - Speed, T. P. AU - Kavallaris, M. AU - Smyth, G. K. AU - Scott, H. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Integrative analysis of RUNX1 downstream pathways and target genes JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-363 DO - 10.1186/1471-2164-9-363 ID - Michaud2008 ER - TY - JOUR AU - Schaeffer, E. AU - Marchionni, L. AU - Huang, Z. AU - Simons, B. AU - Blackman, A. AU - Yu, W. AU - Parmigiani, G. AU - Berman, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Androgen-induced programs for prostate epithelial growth and invasion arise in embryogenesis and are reactivated in cancer JO - Oncogene VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2008.327 DO - 10.1038/onc.2008.327 ID - Schaeffer2008 ER - TY - CHAP AU - Parmigiani, G. AU - Lin, J. AU - Boca, S. AU - Sjoblom, T. AU - Kinzler, K. AU - Velculescu, V. AU - Vogelstein, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Statistical methods for the analysis of cancer genome sequencing data BT - Johns Hopkins University, Department of Biostatistics Working Papers ID - Parmigiani2007 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - Journal of the Royal Statistical Society B VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Thomas, M. AU - Taub, A. PY - 1982 DA - 1982// TI - Calculating binomial probabilities when the trial probabilities are unequal JO - Journal of Statistical Computation and Simulation VL - 14 UR - https://doi.org/10.1080/00949658208810534 DO - 10.1080/00949658208810534 ID - Thomas1982 ER - TY - BOOK AU - Lange, K. PY - 1999 DA - 1999// TI - Numerical Analysis for Statisticians PB - Springer Verlag CY - New York ID - Lange1999 ER -