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Table 6 Example haplotype inference across a series of loci from real data

From: Rapid haplotype inference for nuclear families

      Locus   p 0 p 1 c 0 c 1 c 2 c 3 c 4 # Rec      
      8 hap 〈a, a〉 〈a, c〉 〈a, a〉 〈a, c〉 〈a, c〉 〈a, c〉 〈a, a〉 0      
       v    〈-, 0〉 〈-, 1〉 〈-, 1〉 〈-, 1〉 〈-, 0〉       
      12 hap 〈g, t〉 〈t, t〉 〈t, t〉 〈t, t〉 〈g, t〉 〈t, t〉 〈t, t〉 0      
       v    〈1, 0〉 〈1, 1〉 〈0, 1〉 〈1, 1〉 〈1, 0〉       
14 hap 〈c, a〉 〈c, a〉 〈a, c〉 〈a, a〉 〈c, c〉 〈a, c〉 〈a, c〉 2 14 hap 〈c, a〉 〈a, c〉 〈a, c〉 〈a, a〉 〈c, c〉 〈a, c〉 〈c, a〉 3
  v    〈1, 0〉 〈1, 1〉 〈0, 0 〈1, 0〉? 〈1, 0〉    v    〈1, 1〉? 〈1, 0 〈0, 1〉 〈1, 1〉 0, 0〉?  
16 hap 〈a, a〉 〈g, a〉 〈a, g〉 〈a, a〉 〈a, g〉 〈a, g〉 〈a, a〉 3 16 hap 〈a, a〉 〈a, g〉 〈a, g〉 〈a, a〉 〈a, g〉 〈a, g〉 〈a, a〉 3
  v    〈1, 0〉 〈1, 1〉 〈0, 0〉 〈1, 0〉 〈1, 1   v    〈1, 1〉 〈1, 0〉 〈0, 1〉 〈1, 1〉 〈0, 0〉  
17 hap 〈t, c〉 〈c, c〉 〈c, c〉 〈c, c〉 〈t, c〉 〈c, c〉 〈t, c〉 4 17 hap 〈t, c〉 〈c, c〉 〈c, c〉 〈c, c〉 〈t, c〉 〈c, c〉 〈t, c〉 3
  v    〈1, 0〉 〈1, 1〉 〈0, 0〉 〈1, 0〉 0, 1〉    v    〈1, 1〉 〈1, 0〉 〈0, 1〉 〈1, 1〉 〈0, 0〉  
  1. An example from the real dataset described in Results. The loci are from chromosome 3 and we number them sequentially in the order they occur physically. For simplicity and conciseness, we omit uninformative loci and one non-recombinant fully informative locus between locus 8 and 12. Bold inheritance vector values indicate recombinations. Each state lists its total number of recombinations. Note that the state at locus 14 with minimum recombinations is ultimately not minimum-recombinant globally. See the Example subsection for a detailed description of this table.