TY - JOUR AU - Bartel, D. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. JO - Cell VL - 116 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(04)00045-5 DO - 10.1016/S0092-8674(04)00045-5 ID - Bartel2004 ER - TY - JOUR AU - Berezikov, E. AU - Guryev, V. AU - Belt, J. v. a. n. d. e. AU - Wienholds, E. AU - Plasterk, R. H. AU - Cuppen, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Phylogenetic shadowing and computational identification of human microRNA genes. JO - Cell VL - 120 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.12.031 DO - 10.1016/j.cell.2004.12.031 ID - Berezikov2005 ER - TY - JOUR AU - Niwa, R. AU - Slack, F. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolution of animal microRNA function. JO - Curr Opin Genet Dev VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2007.02.004 DO - 10.1016/j.gde.2007.02.004 ID - Niwa2007 ER - TY - JOUR AU - Sempere, L. F. AU - Cole, C. N. AU - McPeek, M. A. AU - Peterson, K. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - The phylogenetic distribution of metazoan microRNAs: insights into evolutionary complexity and constraint. JO - J Exp Zoolog B Mol Dev Evol VL - 306 UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21118 DO - 10.1002/jez.b.21118 ID - Sempere2006 ER - TY - JOUR AU - Heimberg, A. M. AU - Sempere, L. F. AU - Moy, V. N. AU - Donoghue, P. C. AU - Peterson, K. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - MicroRNAs and the advent of vertebrate morphological complexity. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0712259105 DO - 10.1073/pnas.0712259105 ID - Heimberg2008 ER - TY - JOUR AU - Hertel, J. AU - Lindemeyer, M. AU - Missal, K. AU - Fried, C. AU - Tanzer, A. AU - Flamm, C. AU - Hofacker, I. L. AU - Stadler, P. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - The expansion of the metazoan microRNA repertoire. JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-25 DO - 10.1186/1471-2164-7-25 ID - Hertel2006 ER - TY - JOUR AU - Holland, L. Z. AU - Laudet, V. AU - Schubert, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The chordate amphioxus: an emerging model organism for developmental biology. JO - Cell Mol Life Sci VL - 61 UR - https://doi.org/10.1007/s00018-004-4075-2 DO - 10.1007/s00018-004-4075-2 ID - Holland2004 ER - TY - JOUR AU - Holland, N. D. AU - Chen, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Origin and early evolution of the vertebrates: new insights from advances in molecular biology, anatomy, and palaeontology. JO - Bioessays VL - 23 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-5 DO - 3.0.CO;2-5 ID - Holland2001 ER - TY - JOUR AU - Putnam, N. H. AU - Butts, T. AU - Ferrier, D. E. AU - Furlong, R. F. AU - Hellsten, U. AU - Kawashima, T. AU - Robinson-Rechavi, M. AU - Shoguchi, E. AU - Terry, A. AU - Yu, J. K. AU - Benito-Gutiérrez, E. L. AU - Dubchak, I. AU - Garcia-Fernàndez, J. AU - Gibson-Brown, J. J. AU - Grigoriev, I. V. AU - Horton, A. C. AU - de Jong, P. J. AU - Jurka, J. AU - Kapitonov, V. V. AU - Kohara, Y. AU - Kuroki, Y. AU - Lindquist, E. AU - Lucas, S. AU - Osoegawa, K. AU - Pennacchio, L. A. AU - Salamov, A. A. AU - Satou, Y. AU - Sauka-Spengler, T. AU - Schmutz, J. AU - Shin-I, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype. JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06967 DO - 10.1038/nature06967 ID - Putnam2008 ER - TY - JOUR AU - Ambros, V. AU - Bartel, B. AU - Bartel, D. P. AU - Burge, C. B. AU - Carrington, J. C. AU - Chen, X. AU - Dreyfuss, G. AU - Eddy, S. R. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Marshall, M. AU - Matzke, M. AU - Ruvkun, G. AU - Tuschl, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - A uniform system for microRNA annotation. JO - RNA VL - 9 UR - https://doi.org/10.1261/rna.2183803 DO - 10.1261/rna.2183803 ID - Ambros2003 ER - TY - JOUR AU - Berezikov, E. AU - Cuppen, E. AU - Plasterk, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Approaches to microRNA discovery. JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1794 DO - 10.1038/ng1794 ID - Berezikov2006 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Ba, Y. AU - Ma, L. AU - Cai, X. AU - Yin, Y. AU - Wang, K. AU - Guo, J. AU - Zhang, Y. AU - Chen, J. AU - Guo, X. AU - Li, Q. AU - Li, X. AU - Wang, W. AU - Zhang, Y. AU - Wang, J. AU - Jiang, X. AU - Xiang, Y. AU - Xu, C. AU - Zheng, P. AU - Zhang, J. AU - Li, R. AU - Zhang, H. AU - Shang, X. AU - Gong, T. AU - Ning, G. AU - Wang, J. AU - Zen, K. AU - Zhang, J. AU - Zhang, C. Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases. JO - Cell Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2008.282 DO - 10.1038/cr.2008.282 ID - Chen2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Zhang, J. AU - Li, F. AU - Gu, J. AU - He, T. AU - Zhang, X. AU - Li, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - MicroRNA identification based on sequence and structure alignment. JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti562 DO - 10.1093/bioinformatics/bti562 ID - Wang2005 ER - TY - JOUR AU - Jiang, P. AU - Wu, H. AU - Wang, W. AU - Ma, W. AU - Sun, X. AU - Lu, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - MiPred: classification of real and pseudo microRNA precursors using random forest prediction model with combined features. JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm368 DO - 10.1093/nar/gkm368 ID - Jiang2007 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Li, Y. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - SOAP: Short Oligonucleotide Alignment Program. JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn025 DO - 10.1093/bioinformatics/btn025 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Bentwich, I. AU - Avniel, A. AU - Karov, Y. AU - Aharonov, R. AU - Gilad, S. AU - Barad, O. AU - Barzilai, A. AU - Einat, P. AU - Einav, U. AU - Meiri, E. AU - Sharon, E. AU - Spector, Y. AU - Bentwich, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of hundreds of conserved and nonconserved human microRNAs. JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1590 DO - 10.1038/ng1590 ID - Bentwich2005 ER - TY - JOUR AU - Ng, K. AU - Mishra, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - De novo SVM classification of precursor microRNAs from genomic pseudo hairpins using global and intrinsic folding measures. JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm026 DO - 10.1093/bioinformatics/btm026 ID - Ng2007 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - The microRNA Registry. JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh023 DO - 10.1093/nar/gkh023 ID - Griffiths-Jones2004 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. AU - Ridzon, D. A. AU - Broomer, A. J. AU - Zhou, Z. AU - Lee, D. H. AU - Nguyen, J. T. AU - Barbisin, M. AU - Xu, N. L. AU - Mahuvakar, V. R. AU - Andersen, M. R. AU - Lao, K. Q. AU - Livak, K. J. AU - Guegler, K. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Real-time quantification of microRNAs by stem-loop RT-PCR. JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gni178 DO - 10.1093/nar/gni178 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Tang, F. AU - Hajkova, P. AU - Barton, S. AU - Lao, K. AU - Surani, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - MicroRNA expression profiling of single whole embryonic stem cells. JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnj009 DO - 10.1093/nar/gnj009 ID - Tang2006 ER - TY - JOUR AU - Guo, Y. AU - Chen, Z. AU - Zhang, L. AU - Zhou, F. AU - Shi, S. AU - Feng, X. AU - Li, B. AU - Meng, X. AU - Ma, X. AU - Luo, M. AU - Shao, K. AU - Li, N. AU - Qiu, B. AU - Mitchelson, K. AU - Cheng, J. AU - He, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Distinctive microRNA profiles relating to patient survival in esophageal squamous cell carcinoma. JO - Cancer Res VL - 68 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-06-4418 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-06-4418 ID - Guo2008 ER - TY - JOUR AU - Altuvia, Y. AU - Landgraf, P. AU - Lithwick, G. AU - Elefant, N. AU - Pfeffer, S. AU - Aravin, A. AU - Brownstein, M. J. AU - Tuschl, T. AU - Margalit, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Clustering and conservation patterns of human microRNAs. JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki567 DO - 10.1093/nar/gki567 ID - Altuvia2005 ER - TY - JOUR AU - Schubert, M. AU - Escriva, H. AU - Xavier-Neto, J. AU - Laudet, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Amphioxus and tunicates as evolutionary model systems. JO - Trends Ecol Evol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2006.01.009 DO - 10.1016/j.tree.2006.01.009 ID - Schubert2006 ER - TY - JOUR AU - Delsuc, F. AU - Brinkmann, H. AU - Chourrout, D. AU - Philippe, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Tunicates and not cephalochordates are the closest living relatives of vertebrates. JO - Nature VL - 439 UR - https://doi.org/10.1038/nature04336 DO - 10.1038/nature04336 ID - Delsuc2006 ER - TY - JOUR AU - Koop, D. AU - Holland, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - The basal chordate amphioxus as a simple model for elucidating developmental mechanisms in vertebrates. JO - Birth Defects Res C Embryo Today VL - 84 UR - https://doi.org/10.1002/bdrc.20128 DO - 10.1002/bdrc.20128 ID - Koop2008 ER - TY - JOUR AU - Presley, R. AU - Horder, T. AU - Slipka, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Lancelet development as evidence of ancestral chordate structure. JO - Israel J Zool VL - 42 ID - Presley1996 ER - TY - JOUR AU - Bishopric, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolution of the heart from bacteria to man. JO - Ann N Y Acad Sci VL - 1047 UR - https://doi.org/10.1196/annals.1341.002 DO - 10.1196/annals.1341.002 ID - Bishopric2005 ER - TY - JOUR AU - Lacalli, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Sensory systems in amphioxus: a window on the ancestral chordate condition. JO - Brain Behav Evol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1159/000079744 DO - 10.1159/000079744 ID - Lacalli2004 ER - TY - JOUR AU - Luo, Y. AU - Zhang, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Computational prediction of amphioxus microRNA genes and their targets. JO - Gene VL - 428 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2008.09.022 DO - 10.1016/j.gene.2008.09.022 ID - Luo2009 ER - TY - JOUR AU - Lagos-Quintana, M. AU - Rauhut, R. AU - Yalcin, A. AU - Meyer, J. AU - Lendeckel, W. AU - Tuschl, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Identification of tissue-specific microRNAs from mouse. JO - Curr Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(02)00809-6 DO - 10.1016/S0960-9822(02)00809-6 ID - Lagos-Quintana2002 ER - TY - JOUR AU - Chen, P. Y. AU - Manninga, H. AU - Slanchev, K. AU - Chien, M. AU - Russo, J. J. AU - Ju, J. AU - Sheridan, R. AU - John, B. AU - Marks, D. S. AU - Gaidatzis, D. AU - Sander, C. AU - Zavolan, M. AU - Tuschl, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - The developmental miRNA profiles of zebrafish as determined by small RNA cloning. JO - Genes Dev VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1310605 DO - 10.1101/gad.1310605 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Dai, Z. AU - Chen, Z. AU - Ye, H. AU - Zhou, L. AU - Cao, L. AU - Wang, Y. AU - Peng, S. AU - Chen, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Characterization of microRNAs in cephalochordates reveals a correlation between microRNA repertoire homology and morphological similarity in chordate evolution. JO - Evol Dev VL - 11 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2008.00301.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2008.00301.x ID - Dai2009 ER - TY - JOUR AU - Ryan, D. AU - Oliveira-Fernandes, M. AU - Lavker, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - MicroRNAs of the mammalian eye display distinct and overlapping tissue specificity. JO - Mol Vis VL - 12 ID - Ryan2006 ER - TY - JOUR AU - Reinecke, M. PY - 1981 DA - 1981// TI - Immunohistochemical localization of polypeptide hormones in endocrine cells of the digestive tract of Branchiostoma lanceolatum. JO - Cell Tissue Res VL - 219 UR - https://doi.org/10.1007/BF00209985 DO - 10.1007/BF00209985 ID - Reinecke1981 ER - TY - JOUR AU - Bravo-Egana, V. AU - Rosero, S. AU - Molano, R. D. AU - Pileggi, A. AU - Ricordi, C. AU - Domínguez-Bendala, J. AU - Pastori, R. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Quantitative differential expression analysis reveals miR-7 as major islet microRNA. JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 366 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2007.12.052 DO - 10.1016/j.bbrc.2007.12.052 ID - Bravo-Egana2008 ER - TY - JOUR AU - Sonkoly, E. AU - Stahle, M. AU - Pivarcsi, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - MicroRNAs and immunity: novel players in the regulation of normal immune function and inflammation. JO - Semin Cancer Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2008.01.005 DO - 10.1016/j.semcancer.2008.01.005 ID - Sonkoly2008 ER - TY - JOUR AU - Cooper, M. AU - Alder, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The evolution of adaptive immune systems. JO - Cell VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.02.001 DO - 10.1016/j.cell.2006.02.001 ID - Cooper2006 ER - TY - STD TI - RNAfold. [http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/RNAfold.html] UR - http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/RNAfold.html ID - ref38 ER - TY - STD TI - MIREAP. [https://sourceforge.net/projects/mireap/] UR - https://sourceforge.net/projects/mireap/ ID - ref39 ER -