TY - JOUR AU - Barabasi, A. L. AU - Oltvai, Z. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Network biology: understanding the cell's functional organization. JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1272 DO - 10.1038/nrg1272 ID - Barabasi2004 ER - TY - JOUR AU - Davidson, E. H. AU - Rast, J. P. AU - Oliveri, P. AU - Ransick, A. AU - Calestani, C. AU - Yuh, C. H. AU - Minokawa, T. AU - Amore, G. AU - Hinman, V. AU - Arenas-Mena, C. AU - Otim, O. AU - Brown, C. T. AU - Livi, C. B. AU - Lee, P. Y. AU - Revilla, R. AU - Rust, A. G. AU - Pan, Z. AU - Schilstra, M. J. AU - Clarke, P. J. AU - Arnone, M. I. AU - Rowen, L. AU - Cameron, R. A. AU - McClay, D. R. AU - Hood, L. AU - Bolouri, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - A genomic regulatory network for development. JO - Science VL - 295 UR - https://doi.org/10.1126/science.1069883 DO - 10.1126/science.1069883 ID - Davidson2002 ER - TY - JOUR AU - Proulx, S. R. AU - Promislow, D. E. AU - Phillips, P. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Network thinking in ecology and evolution. JO - Trends Ecol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2005.04.004 DO - 10.1016/j.tree.2005.04.004 ID - Proulx2005 ER - TY - JOUR AU - Hahn, M. W. AU - Kern, A. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative genomics of centrality and essentiality in three eukaryotic protein-interaction networks. JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi072 DO - 10.1093/molbev/msi072 ID - Hahn2005 ER - TY - JOUR AU - Vitkup, D. AU - Kharchenko, P. AU - Wagner, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Influence of metabolic network structure and function on enzyme evolution. JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-5-r39 DO - 10.1186/gb-2006-7-5-r39 ID - Vitkup2006 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. AU - Zhang, Z. AU - Leach, L. AU - Kearsey, M. J. AU - Luo, Z. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Impacts of yeast metabolic network structure on enzyme evolution. JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-8-407 DO - 10.1186/gb-2007-8-8-407 ID - Lu2007 ER - TY - JOUR AU - Fraser, H. B. AU - Hirsh, A. E. AU - Steinmetz, L. M. AU - Scharfe, C. AU - Feldman, M. W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evolutionary rate in the protein interaction network. JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1068696 DO - 10.1126/science.1068696 ID - Fraser2002 ER - TY - JOUR AU - Jeong, H. AU - Mason, S. P. AU - Barabasi, A. L. AU - Oltvai, Z. N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Lethality and centrality in protein networks. JO - Nature VL - 411 UR - https://doi.org/10.1038/35075138 DO - 10.1038/35075138 ID - Jeong2001 ER - TY - JOUR AU - Wagner, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - How the global structure of protein interaction networks evolves. JO - Proc Biol Sci VL - 270 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2269 DO - 10.1098/rspb.2002.2269 ID - Wagner2003 ER - TY - JOUR AU - Proulx, S. R. AU - Phillips, P. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - The opportunity for canalization and the evolution of genetic networks. JO - Am Nat VL - 165 UR - https://doi.org/10.1086/426873 DO - 10.1086/426873 ID - Proulx2005 ER - TY - JOUR AU - Keller, E. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Revisiting "scale-free" networks. JO - Bioessays VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/bies.20294 DO - 10.1002/bies.20294 ID - Keller2005 ER - TY - BOOK AU - Davidson, E. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Regulatory Genome PB - Academic Press CY - Amsterdam, Boston, Heidelberg, London, New York, Oxford, Paris, San Diego, San Francisco, Singapore, Sydney, Tokyo ID - Davidson2006 ER - TY - JOUR AU - Guelzim, N. AU - Bottani, S. AU - Bourgine, P. AU - Kepes, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Topological and causal structure of the yeast transcriptional regulatory network. JO - Nat Genet VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/ng873 DO - 10.1038/ng873 ID - Guelzim2002 ER - TY - JOUR AU - Balaji, S. AU - Iyer, L. M. AU - Aravind, L. AU - Babu, M. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Uncovering a hidden distributed architecture behind scale-free transcriptional regulatory networks. JO - J Mol Biol VL - 360 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.04.026 DO - 10.1016/j.jmb.2006.04.026 ID - Balaji2006 ER - TY - JOUR AU - Yu, H. AU - Gerstein, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomic analysis of the hierarchical structure of regulatory networks. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0508637103 DO - 10.1073/pnas.0508637103 ID - Yu2006 ER - TY - JOUR AU - Rocha, E. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - The quest for the universals of protein evolution. JO - Trends Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2006.06.004 DO - 10.1016/j.tig.2006.06.004 ID - Rocha2006 ER - TY - JOUR AU - Pál, C. AU - Papp, B. AU - Lercher, M. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - An integrated view of protein evolution. JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1838 DO - 10.1038/nrg1838 ID - Pál2006 ER - TY - JOUR AU - Pál, C. AU - Papp, B. AU - Hurst, L. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Highly expressed genes in yeast evolve slowly. JO - Genetics VL - 158 ID - Pál2001 ER - TY - JOUR AU - Wall, D. P. AU - Hirsh, A. E. AU - Fraser, H. B. AU - Kumm, J. AU - Giaever, G. AU - Eisen, M. B. AU - Feldman, M. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Functional genomic analysis of the rates of protein evolution. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0501761102 DO - 10.1073/pnas.0501761102 ID - Wall2005 ER - TY - JOUR AU - Drummond, D. A. AU - Bloom, J. D. AU - Adami, C. AU - Wilke, C. O. AU - Arnold, F. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Why highly expressed proteins evolve slowly. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0504070102 DO - 10.1073/pnas.0504070102 ID - Drummond2005 ER - TY - JOUR AU - Drummond, D. A. AU - Raval, A. AU - Wilke, C. O. PY - 2006 DA - 2006// TI - A single determinant dominates the rate of yeast protein evolution. JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msj038 DO - 10.1093/molbev/msj038 ID - Drummond2006 ER - TY - JOUR AU - Pál, C. AU - Papp, B. AU - Hurst, L. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genomic function: Rate of evolution and gene dispensability. JO - Nature VL - 421 UR - https://doi.org/10.1038/421496b DO - 10.1038/421496b ID - Pál2003 ER - TY - JOUR AU - Hirsh, A. E. AU - Fraser, H. B. PY - 2001 DA - 2001// TI - Protein dispensability and rate of evolution. JO - Nature VL - 411 UR - https://doi.org/10.1038/35082561 DO - 10.1038/35082561 ID - Hirsh2001 ER - TY - JOUR AU - Plotkin, J. B. AU - Fraser, H. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Assessing the determinants of evolutionary rates in the presence of noise. JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm044 DO - 10.1093/molbev/msm044 ID - Plotkin2007 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. H. AU - Yi, S. V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Understanding relationship between sequence and functional evolution in yeast proteins. JO - Genetica VL - 131 UR - https://doi.org/10.1007/s10709-006-9125-2 DO - 10.1007/s10709-006-9125-2 ID - Kim2007 ER - TY - JOUR AU - Bloom, J. D. AU - Adami, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Apparent dependence of protein evolutionary rate on number of interactions is linked to biases in protein-protein interactions data sets. JO - BMC Evol Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-3-21 DO - 10.1186/1471-2148-3-21 ID - Bloom2003 ER - TY - JOUR AU - Fraser, H. B. AU - Hirsh, A. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evolutionary rate depends on number of protein-protein interactions independently of gene expression level. JO - BMC Evol Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-4-13 DO - 10.1186/1471-2148-4-13 ID - Fraser2004 ER - TY - JOUR AU - Bloom, J. D. AU - Adami, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evolutionary rate depends on number of protein-protein interactions independently of gene expression level: response. JO - BMC Evol Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-4-14 DO - 10.1186/1471-2148-4-14 ID - Bloom2004 ER - TY - JOUR AU - Giaever, G. AU - Chu, A. M. AU - Ni, L. AU - Connelly, C. AU - Riles, L. AU - Veronneau, S. AU - Dow, S. AU - Lucau-Danila, A. AU - Anderson, K. AU - Andre, B. AU - Arkin, A. P. AU - Astromoff, A. AU - El-Bakkoury, M. AU - Bangham, R. AU - Benito, R. AU - Brachat, S. AU - Campanaro, S. AU - Curtiss, M. AU - Davis, K. AU - Deutschbauer, A. AU - Entian, K. D. AU - Flaherty, P. AU - Foury, F. AU - Garfinkel, D. J. AU - Gerstein, M. AU - Gotte, D. AU - Güldener, U. AU - Hegemann, J. H. AU - Hempel, S. AU - Herman, Z. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiaegenome. JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/nature00935 DO - 10.1038/nature00935 ID - Giaever2002 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium. JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Dwight, S. S. AU - Harris, M. A. AU - Dolinski, K. AU - Ball, C. A. AU - Binkley, G. AU - Christie, K. R. AU - Fisk, D. G. AU - Issel-Tarver, L. AU - Schroeder, M. AU - Sherlock, G. AU - Sethuraman, A. AU - Weng, S. AU - Botstein, D. AU - Cherry, J. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - SaccharomycesGenome Database (SGD) provides secondary gene annotation using the Gene Ontology (GO). JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.69 DO - 10.1093/nar/30.1.69 ID - Dwight2002 ER - TY - JOUR AU - Sauer, U. AU - Heinemann, M. AU - Zamboni, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genetics. Getting closer to the whole picture. JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1142502 DO - 10.1126/science.1142502 ID - Sauer2007 ER - TY - JOUR AU - Wagner, A. AU - Wright, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Alternative routes and mutational robustness in complex regulatory networks. JO - Biosystems VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2006.06.002 DO - 10.1016/j.biosystems.2006.06.002 ID - Wagner2007 ER - TY - JOUR AU - Ishii, N. AU - Nakahigashi, K. AU - Baba, T. AU - Robert, M. AU - Soga, T. AU - Kanai, A. AU - Hirasawa, T. AU - Naba, M. AU - Hirai, K. AU - Hoque, A. AU - Ho, P. Y. AU - Kakazu, Y. AU - Sugawara, K. AU - Igarashi, S. AU - Harada, S. AU - Masuda, T. AU - Sugiyama, N. AU - Togashi, T. AU - Hasegawa, M. AU - Takai, Y. AU - Yugi, K. AU - Arakawa, K. AU - Iwata, N. AU - Toya, Y. AU - Nakayama, Y. AU - Nishioka, T. AU - Shimizu, K. AU - Mori, H. AU - Tomita, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Multiple high-throughput analyses monitor the response of E. colito perturbations. JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1132067 DO - 10.1126/science.1132067 ID - Ishii2007 ER - TY - JOUR AU - Choi, J. K. AU - Kim, S. C. AU - Seo, J. AU - Kim, S. AU - Bhak, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Impact of transcriptional properties on essentiality and evolutionary rate. JO - Genetics VL - 175 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.106.066027 DO - 10.1534/genetics.106.066027 ID - Choi2007 ER - TY - JOUR AU - Promislow, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - A regulatory network analysis of phenotypic plasticity in yeast. JO - Am Nat VL - 165 UR - https://doi.org/10.1086/429161 DO - 10.1086/429161 ID - Promislow2005 ER - TY - JOUR AU - Fraser, H. B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Modularity and evolutionary constraint on proteins. JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1530 DO - 10.1038/ng1530 ID - Fraser2005 ER - TY - JOUR AU - Flowers, J. M. AU - Sezgin, E. AU - Kumagai, S. AU - Duvernell, D. D. AU - Matzkin, L. M. AU - Schmidt, P. S. AU - Eanes, W. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Adaptive evolution of metabolic pathways in Drosophila. JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm057 DO - 10.1093/molbev/msm057 ID - Flowers2007 ER - TY - JOUR AU - Yip, K. Y. AU - Yu, H. AU - Kim, P. M. AU - Schultz, M. AU - Gerstein, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The tYNA platform for comparative interactomics: a web tool for managing, comparing and mining multiple networks. JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl488 DO - 10.1093/bioinformatics/btl488 ID - Yip2006 ER - TY - JOUR AU - Goffeau, A. AU - Barrell, B. G. AU - Bussey, H. AU - Davis, R. W. AU - Dujon, B. AU - Feldmann, H. AU - Galibert, F. AU - Hoheisel, J. D. AU - Jacq, C. AU - Johnston, M. AU - Louis, E. J. AU - Mewes, H. W. AU - Murakami, Y. AU - Philippsen, P. AU - Tettelin, H. AU - Oliver, S. G. PY - 1996 DA - 1996// TI - Life with 6000 genes. JO - Science VL - 274 UR - https://doi.org/10.1126/science.274.5287.546 DO - 10.1126/science.274.5287.546 ID - Goffeau1996 ER - TY - JOUR AU - Rokas, A. AU - Williams, B. L. AU - King, N. AU - Carroll, S. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome-scale approaches to resolving incongruence in molecular phylogenies. JO - Nature VL - 425 UR - https://doi.org/10.1038/nature02053 DO - 10.1038/nature02053 ID - Rokas2003 ER - TY - JOUR AU - Kellis, M. AU - Patterson, N. AU - Endrizzi, M. AU - Birren, B. AU - Lander, E. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements. JO - Nature VL - 423 UR - https://doi.org/10.1038/nature01644 DO - 10.1038/nature01644 ID - Kellis2003 ER - TY - JOUR AU - Cherry, J. M. AU - Adler, C. AU - Ball, C. AU - Chervitz, S. A. AU - Dwight, S. S. AU - Hester, E. T. AU - Jia, Y. AU - Juvik, G. AU - Roe, T. AU - Schroeder, M. AU - Weng, S. AU - Botstein, D. PY - 1998 DA - 1998// TI - SGD: SaccharomycesGenome Database. JO - Nucleic Acids Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/nar/26.1.73 DO - 10.1093/nar/26.1.73 ID - Cherry1998 ER - TY - JOUR AU - Hall, T. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. JO - Nucleic Acids Symp Ser VL - 41 ID - Hall1999 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 1997 DA - 1997// TI - PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood. JO - Comput Appl Biosci VL - 13 ID - Yang1997 ER - TY - JOUR AU - Hirsh, A. E. AU - Fraser, H. B. AU - Wall, D. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Adjusting for selection on synonymous sites in estimates of evolutionary distance. JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msh265 DO - 10.1093/molbev/msh265 ID - Hirsh2005 ER - TY - JOUR AU - Ghaemmaghami, S. AU - Huh, W. K. AU - Bower, K. AU - Howson, R. W. AU - Belle, A. AU - Dephoure, N. AU - O'Shea, E. K. AU - Weissman, J. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global analysis of protein expression in yeast. JO - Nature VL - 425 UR - https://doi.org/10.1038/nature02046 DO - 10.1038/nature02046 ID - Ghaemmaghami2003 ER - TY - JOUR AU - Holstege, F. C. AU - Jennings, E. G. AU - Wyrick, J. J. AU - Lee, T. I. AU - Hengartner, C. J. AU - Green, M. R. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Young, R. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - Dissecting the regulatory circuitry of a eukaryotic genome. JO - Cell VL - 95 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81641-4 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81641-4 ID - Holstege1998 ER - TY - JOUR AU - Sharp, P. M. AU - Li, W. H. PY - 1987 DA - 1987// TI - The codon Adaptation Index--a measure of directional synonymous codon usage bias, and its potential applications. JO - Nucleic Acids Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/nar/15.3.1281 DO - 10.1093/nar/15.3.1281 ID - Sharp1987 ER - TY - JOUR AU - Coghlan, A. AU - Wolfe, K. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Relationship of codon bias to mRNA concentration and protein length in Saccharomyces cerevisiae. JO - Yeast VL - 16 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-F DO - 3.0.CO;2-F ID - Coghlan2000 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. AU - Culley, D. E. AU - Zhang, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Predicted highly expressed genes in the genomes of Streptomyces coelicolor and Streptomyces avermitilisand the implications for their metabolism. JO - Microbiology VL - 151 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.27833-0 DO - 10.1099/mic.0.27833-0 ID - Wu2005 ER - TY - JOUR AU - Carbone, A. AU - Zinovyev, A. AU - Kepes, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Codon adaptation index as a measure of dominating codon bias. JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg272 DO - 10.1093/bioinformatics/btg272 ID - Carbone2003 ER -