TY - JOUR AU - Mardis, E. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - ChIP-seq: welcome to the new frontier JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0807-613 DO - 10.1038/nmeth0807-613 ID - Mardis2007 ER - TY - JOUR AU - Robertson, G. AU - Hirst, M. AU - Bainbridge, M. AU - Bilenky, M. AU - Zhao, Y. AU - Zeng, T. AU - Euskirchen, G. AU - Bernier, B. AU - Varhol, R. AU - Delaney, A. AU - Thiessen, N. AU - Griffith, O. L. AU - He, A. AU - Marra, M. AU - Snyder, M. AU - Jones, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1068 DO - 10.1038/nmeth1068 ID - Robertson2007 ER - TY - JOUR AU - Mikkelsen, T. S. AU - Ku, M. AU - Jaffe, D. B. AU - Issac, B. AU - Lieberman, E. AU - Giannoukos, G. AU - Alvarez, P. AU - Brockman, W. AU - Kim, T. -. K. AU - Koche, R. P. AU - Lee, W. AU - Mendenhall, E. AU - O'Donovan, A. AU - Presser, A. AU - Russ, C. AU - Xie, X. AU - Meissner, A. AU - Wernig, M. AU - Jaenisch, R. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Bernstein, B. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06008 DO - 10.1038/nature06008 ID - Mikkelsen2007 ER - TY - JOUR AU - Valouev, A. AU - Johnson, D. S. AU - Sundquist, A. AU - Medina, C. AU - Anton, E. AU - Batzoglou, S. AU - Myers, R. M. AU - Sidow, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide analysis of transcription factor binding sites based on ChIP-Seq data JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1246 DO - 10.1038/nmeth.1246 ID - Valouev2008 ER - TY - JOUR AU - Johnson, D. S. AU - Mortazavi, A. AU - Myers, R. M. AU - Wold, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1141319 DO - 10.1126/science.1141319 ID - Johnson2007 ER - TY - JOUR AU - Fejes, A. P. AU - Robertson, G. AU - Bilenky, M. AU - Varhol, R. AU - Bainbridge, M. AU - Jones, S. J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - FindPeaks 3.1: a tool for identifying areas of enrichment from massively parallel short-read sequencing technology JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn305 DO - 10.1093/bioinformatics/btn305 ID - Fejes2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, T. AU - Meyer, C. AU - Eeckhoute, J. AU - Johnson, D. AU - Bernstein, B. AU - Nussbaum, C. AU - Myers, R. AU - Brown, M. AU - Li, W. AU - Liu, X. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS) JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-9-r137 DO - 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Ji, H. AU - Jiang, H. AU - Ma, W. AU - Johnson, D. S. AU - Myers, R. M. AU - Wong, W. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1505 DO - 10.1038/nbt.1505 ID - Ji2008 ER - TY - JOUR AU - Jothi, R. AU - Cuddapah, S. AU - Barski, A. AU - Cui, K. AU - Zhao, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide identification of in vivo protein-DNA binding sites from ChIP-Seq data JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn488 DO - 10.1093/nar/gkn488 ID - Jothi2008 ER - TY - JOUR AU - Kharchenko, P. V. AU - Tolstorukov, M. Y. AU - Park, P. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1508 DO - 10.1038/nbt.1508 ID - Kharchenko2008 ER - TY - JOUR AU - Boyle, A. P. AU - Guinney, J. AU - Crawford, G. E. AU - Furey, T. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - F-Seq: a feature density estimator for high-throughput sequence tags JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn480 DO - 10.1093/bioinformatics/btn480 ID - Boyle2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. D. AU - Rozowsky, J. AU - Snyder, M. AU - Chang, J. AU - Gerstein, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Modeling ChIP sequencing in silico with applications JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000158 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000158 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Rozowsky, J. AU - Euskirchen, G. AU - Auerbach, R. K. AU - Zhang, Z. D. AU - Gibson, T. AU - Bjornson, R. AU - Carriero, N. AU - Snyder, M. AU - Gerstein, M. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls JO - Nat Biotechnol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1518 DO - 10.1038/nbt.1518 ID - Rozowsky2009 ER - TY - JOUR AU - Tuteja, G. AU - White, P. AU - Schug, J. AU - Kaestner, K. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Extracting transcription factor targets from ChIP-Seq data JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp536 DO - 10.1093/nar/gkp536 ID - Tuteja2009 ER - TY - JOUR AU - Bulyk, M. L. AU - McGuire, A. M. AU - Masuda, N. AU - Church, G. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - A motif co-occurrence approach for genome-wide prediction of transcription-factor-binding sites in Escherichia coli JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1448004 DO - 10.1101/gr.1448004 ID - Bulyk2004 ER - TY - JOUR AU - Park, H. -. D. AU - Guinn, K. M. AU - Harrell, M. I. AU - Liao, R. AU - Voskuil, M. I. AU - Tompa, M. AU - Schoolnik, G. K. AU - Sherman, D. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Rv3133c/dosR is a transcription factor that mediates the hypoxic response of Mycobacterium tuberculosis JO - Mol Microbiol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2003.03474.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2003.03474.x ID - Park2003 ER - TY - CHAP AU - Bishop, C. M. PY - 2006 DA - 2006// BT - Pattern Recognition and Machine Learning PB - Springer CY - New York ID - Bishop2006 ER - TY - CHAP AU - Hastie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Friedman, J. PY - 2001 DA - 2001// BT - The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference, and Prediction PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-21606-5 DO - 10.1007/978-0-387-21606-5 ID - Hastie2001 ER - TY - JOUR AU - Virbasius, J. V. AU - Virbasius, C. -. m. A. AU - Scarpulla, R. C. PY - 1993 DA - 1993// TI - Identity of GABP with NRF-2, a multisubunit activator of cytochrome oxidase expression, reveals a cellular role for an ETS domain activator of viral promoters JO - Genes Dev VL - 7 UR - https://doi.org/10.1101/gad.7.3.380 DO - 10.1101/gad.7.3.380 ID - Virbasius1993 ER - TY - JOUR AU - Boon, C. AU - Dick, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mycobacterium bovis BCG response regulator essential for hypoxic dormancy JO - J Bacteriol VL - 184 UR - https://doi.org/10.1128/JB.184.24.6760-6767.2002 DO - 10.1128/JB.184.24.6760-6767.2002 ID - Boon2002 ER - TY - JOUR AU - Dasgupta, N. AU - Kapur, V. AU - Singh, K. K. AU - Das, T. K. AU - Sachdeva, S. AU - Jyothisri, K. AU - Tyagi, J. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Characterization of a two-component system, devR-devS, of Mycobacterium tuberculosis JO - Tuber Lung Dis VL - 80 UR - https://doi.org/10.1054/tuld.2000.0240 DO - 10.1054/tuld.2000.0240 ID - Dasgupta2000 ER - TY - JOUR AU - Sherman, D. R. AU - Voskuil, M. AU - Schnappinger, D. AU - Liao, R. AU - Harrell, M. I. AU - Schoolnik, G. K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulation of the Mycobacterium tuberculosis hypoxic response gene encoding α-crystallin JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.121172498 DO - 10.1073/pnas.121172498 ID - Sherman2001 ER - TY - JOUR AU - Voskuil, M. I. AU - Schnappinger, D. AU - Visconti, K. C. AU - Harrell, M. I. AU - Dolganov, G. M. AU - Sherman, D. R. AU - Schoolnik, G. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Inhibition of respiration by nitric oxide induces a Mycobacterium tuberculosis dormancy program JO - J Exp Med VL - 198 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20030205 DO - 10.1084/jem.20030205 ID - Voskuil2003 ER - TY - JOUR AU - Schnappinger, D. AU - Ehrt, S. AU - Voskuil, M. I. AU - Liu, Y. AU - Mangan, J. A. AU - Monahan, I. M. AU - Dolganov, G. AU - Efron, B. AU - Butcher, P. D. AU - Nathan, C. AU - Schoolnik, G. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Transcriptional adaptation of Mycobacterium tuberculosis within macrophages: insights into the phagosomal environment JO - J Exp Med VL - 198 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20030846 DO - 10.1084/jem.20030846 ID - Schnappinger2003 ER - TY - JOUR AU - Yuan, Y. AU - Crane, D. D. AU - Simpson, R. M. AU - Zhu, Y. AU - Hickey, M. J. AU - Sherman, D. R. AU - Barry, C. E. PY - 1998 DA - 1998// TI - The 16-kDa α-crystallin (Acr) protein of Mycobacterium tuberculosis is required for growth in macrophages JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.16.9578 DO - 10.1073/pnas.95.16.9578 ID - Yuan1998 ER - TY - JOUR AU - Shi, L. AU - Sohaskey, C. D. AU - Kana, B. D. AU - Dawes, S. AU - North, R. J. AU - Mizrahi, V. AU - Gennaro, M. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Changes in energy metabolism of Mycobacterium tuberculosis in mouse lung and under in vitro conditions affecting aerobic respiration JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0507850102 DO - 10.1073/pnas.0507850102 ID - Shi2005 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. -. F. AU - Mott, S. AU - Rosmarin, A. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Ets transcription factor GABP is required for cell-cycle progression JO - Nat Cell Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1548 DO - 10.1038/ncb1548 ID - Yang2007 ER - TY - JOUR AU - Johnson, W. E. AU - Li, W. AU - Meyer, C. A. AU - Gottardo, R. AU - Carroll, J. S. AU - Brown, M. AU - Liu, X. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Model-based analysis of tiling-arrays for ChIP-chip JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0601180103 DO - 10.1073/pnas.0601180103 ID - Johnson2006 ER - TY - JOUR AU - Song, J. S. AU - Johnson, W. E. AU - Zhu, X. AU - Zhang, X. AU - Li, W. AU - Manrai, A. K. AU - Liu, J. S. AU - Chen, R. AU - Liu, X. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Model-based analysis of two-color arrays (MA2C) JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-8-r178 DO - 10.1186/gb-2007-8-8-r178 ID - Song2007 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Williams, N. AU - Misleh, C. AU - Li, W. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - MEME: discovering and analyzing DNA and protein sequence motifs JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl198 DO - 10.1093/nar/gkl198 ID - Bailey2006 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Gribskov, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Combining evidence using p-values: application to sequence homology searches JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.1.48 DO - 10.1093/bioinformatics/14.1.48 ID - Bailey1998 ER - TY - JOUR AU - Takai, D. AU - Jones, P. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comprehensive analysis of CpG islands in human chromosomes 21 and 22 JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.052410099 DO - 10.1073/pnas.052410099 ID - Takai2002 ER - TY - BOOK AU - Bertsekas, D. P. PY - 1999 DA - 1999// TI - Nonlinear Programming PB - Athena Scientific CY - Belmont, MA ID - Bertsekas1999 ER - TY - STD TI - CSDeconv. [http://www.unisa.edu.au/maths/phenomics/csdeconv/] UR - http://www.unisa.edu.au/maths/phenomics/csdeconv/ ID - ref34 ER -