TY - JOUR AU - Aerts, S. AU - Lambrechts, D. AU - Maity, S. AU - Van Loo, P. AU - Coessens, B. AU - De Smet, F. AU - Tranchevent, L. C. AU - De Moor, B. AU - Marynen, P. AU - Hassan, B. AU - Carmeliet, P. AU - Moreau, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene prioritization through genomic data fusion. JO - Nat Biotechnol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1203 DO - 10.1038/nbt1203 ID - Aerts2006 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Xu, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Global protein function annotation through mining genome-scale data in yeast Saccharomyces cerevisiae. JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh978 DO - 10.1093/nar/gkh978 ID - Chen2004 ER - TY - JOUR AU - Joshi, T. AU - Chen, Y. AU - Becker, J. M. AU - Alexandrov, N. AU - Xu, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome-scale gene function prediction using multiple sources of high-throughput data in yeast Saccharomyces cerevisiae. JO - OMICS VL - 8 UR - https://doi.org/10.1089/omi.2004.8.322 DO - 10.1089/omi.2004.8.322 ID - Joshi2004 ER - TY - JOUR AU - Karaoz, U. AU - Murali, T. M. AU - Letovsky, S. AU - Zheng, Y. AU - Ding, C. AU - Cantor, C. R. AU - Kasif, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Whole-genome annotation by using evidence integration in functional-linkage networks. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0307326101 DO - 10.1073/pnas.0307326101 ID - Karaoz2004 ER - TY - JOUR AU - Myers, C. L. AU - Robson, D. AU - Wible, A. AU - Hibbs, M. A. AU - Chiriac, C. AU - Theesfeld, C. L. AU - Dolinski, K. AU - Troyanskaya, O. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Discovery of biological networks from diverse functional genomic data. JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-13-r114 DO - 10.1186/gb-2005-6-13-r114 ID - Myers2005 ER - TY - JOUR AU - Troyanskaya, O. G. AU - Dolinski, K. AU - Owen, A. B. AU - Altman, R. B. AU - Botstein, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - A Bayesian framework for combining heterogeneous data sources for gene function prediction (in Saccharomyces cerevisiae). JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0832373100 DO - 10.1073/pnas.0832373100 ID - Troyanskaya2003 ER - TY - JOUR AU - Yao, Z. AU - Ruzzo, W. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - A regression-based K nearest neighbor algorithm for gene function prediction from heterogeneous data. JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-S1-S11 DO - 10.1186/1471-2105-7-S1-S11 ID - Yao2006 ER - TY - JOUR AU - Hill, D. P. AU - Davis, A. P. AU - Richardson, J. E. AU - Corradi, J. P. AU - Ringwald, M. AU - Eppig, J. T. AU - Blake, J. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Program description: strategies for biological annotation of mammalian systems: implementing gene ontologies in mouse genome informatics. JO - Genomics VL - 74 UR - https://doi.org/10.1006/geno.2001.6513 DO - 10.1006/geno.2001.6513 ID - Hill2001 ER - TY - JOUR AU - Peña-Castillo, L. AU - Tasan, M. AU - Myers, C. AU - Lee, H. AU - Joshi, T. AU - Zhang, C. AU - Guan, Y. AU - Leone, M. AU - Pagnani, A. AU - Kim, W. AU - Krumpelman, C. AU - Tian, W. AU - Obozinski, G. AU - Qi, Y. AU - Mostafavi, S. AU - Lin, G. N. AU - Berriz, G. AU - Gibbons, F. AU - Lanckriet, G. AU - Qiu, J. AU - Grant, C. AU - Barutcuoglu, Z. AU - Hill, D. P. AU - Warde-Farely, D. AU - Grouios, C. AU - Ray, D. AU - Blake, J. A. AU - Deng, M. AU - Jordan, M. AU - Noble, W. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - A critical assessment of Mus musculusgene function prediction using integrated genomic evidence. JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-s1-s2 DO - 10.1186/gb-2008-9-s1-s2 ID - Peña-Castillo2008 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Kasukawa, T. AU - Katayama, S. AU - Gough, J. AU - Frith, M. C. AU - Maeda, N. AU - Oyama, R. AU - Ravasi, T. AU - Lenhard, B. AU - Wells, C. AU - Kodzius, R. AU - Shimokawa, K. AU - Bajic, V. B. AU - Brenner, S. E. AU - Batalov, S. AU - Forrest, A. R. R. AU - Zavolan, M. AU - Davis, M. J. AU - Wilming, L. G. AU - Aidinis, V. AU - Allen, J. E. AU - Ambesi-Impiombato, A. AU - Apweiler, R. AU - Aturaliya, R. N. AU - Bailey, T. L. AU - Bansal, M. AU - Baxter, L. AU - Beisel, K. W. AU - Bersano, T. AU - Bono, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptional landscape of the mammalian genome. JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112014 DO - 10.1126/science.1112014 ID - Carninci2005 ER - TY - JOUR AU - Nishikawa, N. AU - Toyota, M. AU - Suzuki, H. AU - Honma, T. AU - Fujikane, T. AU - Ohmura, T. AU - Nishidate, T. AU - Ohe-Toyota, M. AU - Maruyama, R. AU - Sonoda, T. AU - Sasaki, Y. AU - Urano, T. AU - Imai, K. AU - Hirata, K. AU - Tokino, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene amplification and overexpression of PRDM14 in breast cancers. JO - Cancer Res VL - 67 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-06-4111 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-06-4111 ID - Nishikawa2007 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Reinberg, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalent modifications of the core histone tails. JO - Genes Dev VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gad.927301 DO - 10.1101/gad.927301 ID - Zhang2001 ER - TY - JOUR AU - Hamamoto, R. AU - Furukawa, Y. AU - Morita, M. AU - Iimura, Y. AU - Silva, F. P. AU - Li, M. AU - Yagyu, R. AU - Nakamura, Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - SMYD3 encodes a histone methyltransferase involved in the proliferation of cancer cells. JO - Nat Cell Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1151 DO - 10.1038/ncb1151 ID - Hamamoto2004 ER - TY - JOUR AU - Varambally, S. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Zhou, M. AU - Barrette, T. R. AU - Kumar-Sinha, C. AU - Sanda, M. G. AU - Ghosh, D. AU - Pienta, K. J. AU - Sewalt, R. G. AU - Otte, A. P. AU - Rubin, M. A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - The polycomb group protein EZH2 is involved in progression of prostate cancer. JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01075 DO - 10.1038/nature01075 ID - Varambally2002 ER - TY - JOUR AU - Dunn, C. D. AU - Jensen, R. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Suppression of a defect in mitochondrial protein import identifies cytosolic proteins required for viability of yeast cells lacking mitochondrial DNA. JO - Genetics VL - 165 ID - Dunn2003 ER - TY - JOUR AU - Lemaire, C. AU - Guibet-Grandmougin, F. AU - Angles, D. AU - Dujardin, G. AU - Bonnefoy, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - A yeast mitochondrial membrane methyltransferase-like protein can compensate for oxa1 mutations. JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M404861200 DO - 10.1074/jbc.M404861200 ID - Lemaire2004 ER - TY - JOUR AU - Huh, W. K. AU - Falvo, J. V. AU - Gerke, L. C. AU - Carroll, A. S. AU - Howson, R. W. AU - Weissman, J. S. AU - O'Shea, E. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global analysis of protein localization in budding yeast. JO - Nature VL - 425 UR - https://doi.org/10.1038/nature02026 DO - 10.1038/nature02026 ID - Huh2003 ER - TY - JOUR AU - Ogur, M. AU - St John, R. AU - Nagai, S. PY - 1957 DA - 1957// TI - Tetrazolium overlay technique for population studies of respiration deficiency in yeast. JO - Science VL - 125 UR - https://doi.org/10.1126/science.125.3254.928 DO - 10.1126/science.125.3254.928 ID - Ogur1957 ER - TY - JOUR AU - Burges, C. J. C. PY - 1998 DA - 1998// TI - A tutorial on Support Vector Machines for pattern recognition. JO - Data Mining Knowledge Discovery VL - 2 UR - https://doi.org/10.1023/A:1009715923555 DO - 10.1023/A:1009715923555 ID - Burges1998 ER - TY - JOUR AU - Pavlidis, P. AU - Weston, J. AU - Cai, J. AU - Noble, W. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Learning gene functional classifications from multiple data types. JO - J Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1089/10665270252935539 DO - 10.1089/10665270252935539 ID - Pavlidis2002 ER - TY - BOOK AU - Efron, B. PY - 1982 DA - 1982// TI - The Jackknife, the Bootstrap, and Other Resampling Plans PB - Society for Industrial and Applied Mathematics CY - Philadelphia, PA UR - https://doi.org/10.1137/1.9781611970319 DO - 10.1137/1.9781611970319 ID - Efron1982 ER - TY - JOUR AU - Barutcuoglu, Z. AU - Schapire, R. E. AU - Troyanskaya, O. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Hierarchical multi-label prediction of gene function. JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btk048 DO - 10.1093/bioinformatics/btk048 ID - Barutcuoglu2006 ER - TY - BOOK AU - Pearl, J. PY - 1988 DA - 1988// TI - Probabilistic Reasoning in Intelligent Systems PB - Morgan Kaufmann CY - San Francisco, CA ID - Pearl1988 ER - TY - CHAP AU - Kondor, R. AU - Lafferty, J. ED - Sammut, C. ED - Hoffmann, A. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Diffusion kernels on graphs and other discrete input spaces. BT - Proceedings of the Nineteenth International Conference on Machine Learning: 8 to 12 July 2002; Sydney PB - Morgan Kaufmann CY - San Francisco, CA ID - Kondor2002 ER - TY - JOUR AU - Yamanishi, Y. AU - Vert, J. P. AU - Kanehisa, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Protein network inference from multiple genomic data: a supervised approach. JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth910 DO - 10.1093/bioinformatics/bth910 ID - Yamanishi2004 ER - TY - JOUR AU - Kato, T. AU - Tsuda, K. AU - Asai, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Selective integration of multiple biological data for supervised network inference. JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti339 DO - 10.1093/bioinformatics/bti339 ID - Kato2005 ER - TY - JOUR AU - Ben-Hur, A. AU - Noble, W. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Kernel methods for predicting protein-protein interactions. JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti1016 DO - 10.1093/bioinformatics/bti1016 ID - Ben-Hur2005 ER - TY - JOUR AU - Mulder, N. J. AU - Apweiler, R. AU - Attwood, T. K. AU - Bairoch, A. AU - Bateman, A. AU - Binns, D. AU - Bradley, P. AU - Bork, P. AU - Bucher, P. AU - Cerutti, L. AU - Copley, R. AU - Courcelle, E. AU - Das, U. AU - Durbin, R. AU - Fleischmann, W. AU - Gough, J. AU - Haft, D. AU - Harte, N. AU - Hulo, N. AU - Kahn, D. AU - Kanapin, A. AU - Krestyaninova, M. AU - Lonsdale, D. AU - Lopez, R. AU - Letunic, I. AU - Madera, M. AU - Maslen, J. AU - McDowall, J. AU - Mitchell, A. AU - Nikolskaya, A. N. PY - 2005 DA - 2005// TI - InterPro, progress and status in 2005. JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki106 DO - 10.1093/nar/gki106 ID - Mulder2005 ER - TY - JOUR AU - Eppig, J. T. AU - Blake, J. A. AU - Bult, C. J. AU - Kadin, J. A. AU - Richardson, J. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - The mouse genome database (MGD): new features facilitating a model system. JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl940 DO - 10.1093/nar/gkl940 ID - Eppig2007 ER - TY - JOUR AU - Hamosh, A. AU - Scott, A. F. AU - Amberger, J. S. AU - Bocchini, C. A. AU - McKusick, V. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), a knowledgebase of human genes and genetic disorders. JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki033 DO - 10.1093/nar/gki033 ID - Hamosh2005 ER - TY - STD TI - O'Brien KP, Remm M, Sonnhammer EL: Inparanoid: a comprehensive database of eukaryotic orthologs. Nucleic Acids Res. 2005, D476-480. 33 Database ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Mistry, J. AU - Schuster-Böckler, B. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Hollich, V. AU - Lassmann, T. AU - Moxon, S. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Durbin, R. AU - Eddy, S. R. AU - Sonnhammer, E. L. AU - Bateman, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Pfam: clans, web tools and services. JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj149 DO - 10.1093/nar/gkj149 ID - Finn2006 ER - TY - JOUR AU - Brown, K. R. AU - Jurisica, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Online predicted human interaction database. JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti273 DO - 10.1093/bioinformatics/bti273 ID - Brown2005 ER - TY - JOUR AU - Su, A. I. AU - Wiltshire, T. AU - Batalov, S. AU - Lapp, H. AU - Ching, K. A. AU - Block, D. AU - Zhang, J. AU - Soden, R. AU - Hayakawa, M. AU - Kreiman, G. AU - Cooke, M. P. AU - Walker, J. R. AU - Hogenesch, J. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0400782101 DO - 10.1073/pnas.0400782101 ID - Su2004 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. AU - Morris, Q. D. AU - Chang, R. AU - Shai, O. AU - Bakowski, M. A. AU - Mitsakakis, N. AU - Mohammad, N. AU - Robinson, M. D. AU - Zirngibl, R. AU - Somogyi, E. AU - Laurin, N. AU - Eftekharpour, E. AU - Sat, E. AU - Grigull, J. AU - Pan, Q. AU - Peng, W. T. AU - Krogan, N. AU - Greenblatt, J. AU - Fehlings, M. AU - Kooy, D. v. a. n. d. e. r. AU - Aubin, J. AU - Bruneau, B. G. AU - Rossant, J. AU - Blencowe, B. J. AU - Frey, B. J. AU - Hughes, T. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The functional landscape of mouse gene expression. JO - J Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/jbiol16 DO - 10.1186/jbiol16 ID - Zhang2004 ER - TY - CHAP AU - Joachims, T. ED - Bratko, I. ED - Dzeroski, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Transductive inference for text classification using support vector machines. BT - Proceedings of the 16th International Conference on Machine Learning: 27 to 30 June 1999; Bled, Slovenia PB - Morgan Kaufmann CY - San Francisco, CA ID - Joachims1999 ER - TY - CHAP AU - Druzdzel, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - SMILE: structural modeling, inference, and learning engine and genie: a development environment for graphical decision-theoretic models. BT - Proceedings of the Sixteenth National Conference on Artificial Intelligence: 18 to 22 July 1999; Orlando, FL PB - AAAI Press CY - Menlo Park, CA ID - Druzdzel1999 ER - TY - CHAP AU - Joachims, T. ED - Eliassi-Rad, T. ED - Ungar, L. H. ED - Craven, M. ED - Gunopulos, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Training linear SVMs in linear time. BT - Proceedings of the Twelfth ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining: 20 to 23 August; Philadelphia, PA PB - ACM CY - New York, NY ID - Joachims2006 ER - TY - JOUR AU - Giaever, G. AU - Chu, A. M. AU - Ni, L. AU - Connelly, C. AU - Riles, L. AU - Veronneau, S. AU - Dow, S. AU - Lucau-Danila, A. AU - Anderson, K. AU - Andre, B. AU - Arkin, A. P. AU - Astromoff, A. AU - El Bakkoury, M. AU - Bangham, R. AU - Benito, R. AU - Brachat, S. AU - Campanaro, S. AU - Curtiss, M. AU - Davis, K. AU - Deutschbauer, A. AU - Entian, K. -. D. AU - Flaherty, P. AU - Foury, F. AU - Garfinke, D. J. AU - Gerstein, M. AU - Gotte, D. AU - Güldener, U. AU - Hegemann, J. H. AU - Hempel, S. AU - Herman, Z. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiaegenome. JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/nature00935 DO - 10.1038/nature00935 ID - Giaever2002 ER - TY - BOOK AU - Burke, D. AU - Dawson, D. AU - Stearns, T. AU - Stearns, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Methods in Yeast Genetics, 2000 Edition: a Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual PB - Cold Spring Harbor Laboratory Press CY - Cold Spring Harbor, NY ID - Burke2000 ER -