TY - JOUR AU - Roy, S. W. AU - Gilbert, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - The evolution of spliceosomal introns: patterns, puzzles and progress. JO - Nat Rev Genet VL - 7 ID - Roy2006 ER - TY - JOUR AU - Jeffares, D. C. AU - Mourier, T. AU - Penny, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The biology of intron gain and loss. JO - Trends Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2005.10.006 DO - 10.1016/j.tig.2005.10.006 ID - Jeffares2006 ER - TY - STD TI - Hirschman JE, Balakrishnan R, Christie KR, Costanzo MC, Dwight SS, Engel SR, Fisk DG, Hong EL, Livstone MS, Nash R, Park J, Oughtred R, Skrzypek M, Starr B, Theesfeld CL, Williams J, Andrada R, Binkley G, Dong Q, Lane C, Miyasato S, Sethuraman A, Schroeder M, Thanawala MK, Weng S, Dolinski K, Botstein D, Cherry JM: Genome Snapshot: a new resource at the Saccharomyces Genome Database (SGD) presenting an overview of the Saccharomyces cerevisiae genome. Nucleic Acids Res. 2006, D442-D445. 10.1093/nar/gkj117. 34 Database ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Loftus, B. AU - Anderson, I. AU - Davies, R. AU - Alsmark, U. C. AU - Samuelson, J. AU - Amedeo, P. AU - Roncaglia, P. AU - Berriman, M. AU - Hirt, R. P. AU - Mann, B. J. AU - Nozaki, T. AU - Suh, B. AU - Pop, M. AU - Duchene, M. AU - Ackers, J. AU - Tannich, E. AU - Leippe, M. AU - Hofer, M. AU - Bruchhaus, I. AU - Willhoeft, U. AU - Bhattacharya, A. AU - Chillingworth, T. AU - Churcher, C. AU - Hance, Z. AU - Harris, B. AU - Harris, D. AU - Jagels, K. AU - Moule, S. AU - Mungall, K. AU - Ormond, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the protist parasite Entamoeba histolytica. JO - Nature VL - 433 UR - https://doi.org/10.1038/nature03291 DO - 10.1038/nature03291 ID - Loftus2005 ER - TY - JOUR AU - Blencowe, B. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Alternative splicing: new insights from global analyses. JO - Cell VL - 126 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.06.023 DO - 10.1016/j.cell.2006.06.023 ID - Blencowe2006 ER - TY - JOUR AU - Matlin, A. J. AU - Clark, F. AU - Smith, C. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Understanding alternative splicing: towards a cellular code. JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrm1645 DO - 10.1038/nrm1645 ID - Matlin2005 ER - TY - JOUR AU - Kwan, T. AU - Benovoy, D. AU - Dias, C. AU - Gurd, S. AU - Serre, D. AU - Zuzan, H. AU - Clark, T. A. AU - Schweitzer, A. AU - Staples, M. K. AU - Wang, H. AU - Blume, J. E. AU - Hudson, T. J. AU - Sladek, R. AU - Majewski, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Heritability of alternative splicing in the human genome. JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6281007 DO - 10.1101/gr.6281007 ID - Kwan2007 ER - TY - CHAP AU - Sugnet, C. W. AU - Kent, W. J. AU - Ares, M. AU - Haussler, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transcriptome and genome conservation of alternative splicing events in humans and mice. BT - Pac Symp Biocomput ID - Sugnet2004 ER - TY - JOUR AU - Ast, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - How did alternative splicing evolve? JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1451 DO - 10.1038/nrg1451 ID - Ast2004 ER - TY - STD TI - Thanaraj TA, Stamm S, Clark F, Riethoven JJ, Le Texier V, Muilu J: ASD: the Alternative Splicing Database. Nucleic Acids Res. 2004, D64-D69. 10.1093/nar/gkh030. 32 Database ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Ner-Gaon, H. AU - Halachmi, R. AU - Savaldi-Goldstein, S. AU - Rubin, E. AU - Ophir, R. AU - Fluhr, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Intron retention is a major phenomenon in alternative splicing in Arabidopsis. JO - Plant J VL - 39 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02172.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02172.x ID - Ner-Gaon2004 ER - TY - JOUR AU - Campbell, M. A. AU - Haas, B. J. AU - Hamilton, J. P. AU - Mount, S. M. AU - Buell, C. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comprehensive analysis of alternative splicing in rice and comparative analyses with Arabidopsis. JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-327 DO - 10.1186/1471-2164-7-327 ID - Campbell2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, B. B. AU - Brendel, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomewide comparative analysis of alternative splicing in plants. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0602039103 DO - 10.1073/pnas.0602039103 ID - Wang2006 ER - TY - JOUR AU - Kupfer, D. M. AU - Drabenstot, S. D. AU - Buchanan, K. L. AU - Lai, H. AU - Zhu, H. AU - Dyer, D. W. AU - Roe, B. A. AU - Murphy, J. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Introns and splicing elements of five diverse fungi. JO - Eukaryot Cell VL - 3 UR - https://doi.org/10.1128/EC.3.5.1088-1100.2004 DO - 10.1128/EC.3.5.1088-1100.2004 ID - Kupfer2004 ER - TY - JOUR AU - Loftus, B. J. AU - Fung, E. AU - Roncaglia, P. AU - Rowley, D. AU - Amedeo, P. AU - Bruno, D. AU - Vamathevan, J. AU - Miranda, M. AU - Anderson, I. J. AU - Fraser, J. A. AU - Allen, J. E. AU - Bosdet, I. E. AU - Brent, M. R. AU - Chiu, R. AU - Doering, T. L. AU - Donlin, M. J. AU - D'Souza, C. A. AU - Fox, D. S. AU - Grinberg, V. AU - Fu, J. AU - Fukushima, M. AU - Haas, B. J. AU - Huang, J. C. AU - Janbon, G. AU - Jones, S. J. AU - Koo, H. L. AU - Krzywinski, M. I. AU - Kwon-Chung, J. K. AU - Lengeler, K. B. AU - Maiti, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the basidiomycetous yeast and human pathogen Cryptococcus neoformans. JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103773 DO - 10.1126/science.1103773 ID - Loftus2005 ER - TY - JOUR AU - Collins, L. AU - Penny, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proceedings of the SMBE Tri-National Young Investigators' Workshop 2005. Investigating the intron recognition mechanism in eukaryotes. JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msj084 DO - 10.1093/molbev/msj084 ID - Collins2006 ER - TY - JOUR AU - Romfo, C. M. AU - Alvarez, C. J. AU - van Heeckeren, W. J. AU - Webb, C. J. AU - Wise, J. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Evidence for splice site pairing via intron definition in Schizosaccharomyces pombe. JO - Mol Cell Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.20.21.7955-7970.2000 DO - 10.1128/MCB.20.21.7955-7970.2000 ID - Romfo2000 ER - TY - JOUR AU - Talerico, M. AU - Berget, S. M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Intron definition in splicing of small Drosophilaintrons. JO - Mol Cell Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.14.5.3434 DO - 10.1128/MCB.14.5.3434 ID - Talerico1994 ER - TY - JOUR AU - Talerico, M. AU - Berget, S. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Effect of 5' splice site mutations on splicing of the preceding intron. JO - Mol Cell Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.10.12.6299 DO - 10.1128/MCB.10.12.6299 ID - Talerico1990 ER - TY - JOUR AU - Berget, S. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Exon recognition in vertebrate splicing. JO - J Biol Chem VL - 270 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.270.6.2411 DO - 10.1074/jbc.270.6.2411 ID - Berget1995 ER - TY - JOUR AU - Kennedy, C. F. AU - Kramer, A. AU - Berget, S. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - A role for SRp54 during intron bridging of small introns with pyrimidine tracts upstream of the branch point. JO - Mol Cell Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.18.9.5425 DO - 10.1128/MCB.18.9.5425 ID - Kennedy1998 ER - TY - JOUR AU - Robberson, B. L. AU - Cote, G. J. AU - Berget, S. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Exon definition may facilitate splice site selection in RNAs with multiple exons. JO - Mol Cell Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.10.1.84 DO - 10.1128/MCB.10.1.84 ID - Robberson1990 ER - TY - JOUR AU - Lim, L. P. AU - Burge, C. B. PY - 2001 DA - 2001// TI - A computational analysis of sequence features involved in recognition of short introns. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.201407298 DO - 10.1073/pnas.201407298 ID - Lim2001 ER - TY - JOUR AU - Fox-Walsh, K. L. AU - Dou, Y. AU - Lam, B. J. AU - Hung, S. P. AU - Baldi, P. F. AU - Hertel, K. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The architecture of pre-mRNAs affects mechanisms of splice-site pairing. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0508489102 DO - 10.1073/pnas.0508489102 ID - Fox-Walsh2005 ER - TY - STD TI - Locations of predicted sites of splice variation. [http://www.broad.mit.edu/ftp/pub/seq/msc/pub/altsplice_data.tar.gz] UR - http://www.broad.mit.edu/ftp/pub/seq/msc/pub/altsplice_data.tar.gz ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Zavolan, M. AU - Kondo, S. AU - Schonbach, C. AU - Adachi, J. AU - Hume, D. A. AU - Hayashizaki, Y. AU - Gaasterland, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Impact of alternative initiation, splicing, and termination on the diversity of the mRNA transcripts encoded by the mouse transcriptome. JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1017303 DO - 10.1101/gr.1017303 ID - Zavolan2003 ER - TY - JOUR AU - Howe, K. J. AU - Ares, M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Intron self-complementarity enforces exon inclusion in a yeast pre-mRNA. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.23.12467 DO - 10.1073/pnas.94.23.12467 ID - Howe1997 ER - TY - JOUR AU - Stamm, S. AU - Zhu, J. AU - Nakai, K. AU - Stoilov, P. AU - Stoss, O. AU - Zhang, M. Q. PY - 2000 DA - 2000// TI - An alternative-exon database and its statistical analysis. JO - DNA Cell Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1089/104454900750058107 DO - 10.1089/104454900750058107 ID - Stamm2000 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. AU - Shamir, R. AU - Ast, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - How prevalent is functional alternative splicing in the human genome? JO - Trends Genet VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2003.12.004 DO - 10.1016/j.tig.2003.12.004 ID - Sorek2004 ER - TY - JOUR AU - Tress, M. L. AU - Martelli, P. L. AU - Frankish, A. AU - Reeves, G. A. AU - Wesselink, J. J. AU - Yeats, C. AU - Olason, P. L. AU - Albrecht, M. AU - Hegyi, H. AU - Giorgetti, A. AU - Raimondo, D. AU - Lagarde, J. AU - Laskowski, R. A. AU - López, G. AU - Sadowski, M. I. AU - Watson, J. D. AU - Fariselli, P. AU - Rossi, I. AU - Nagy, A. AU - Kai, W. AU - Størling, Z. AU - Orsini, M. AU - Assenov, Y. AU - Blankenburg, H. AU - Huthmacher, C. AU - Ramírez, F. AU - Schlicker, A. AU - Denoeud, F. AU - Jones, P. AU - Kerrien, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0700800104 DO - 10.1073/pnas.0700800104 ID - Tress2007 ER - TY - JOUR AU - Galante, P. A. AU - Sakabe, N. J. AU - Kirschbaum-Slager, N. AU - de Souza, S. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Detection and evaluation of intron retention events in the human transcriptome. JO - Rna VL - 10 UR - https://doi.org/10.1261/rna.5123504 DO - 10.1261/rna.5123504 ID - Galante2004 ER - TY - JOUR AU - Neu-Yilik, G. AU - Gehring, N. H. AU - Hentze, M. W. AU - Kulozik, A. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Nonsense-mediated mRNA decay: from vacuum cleaner to Swiss army knife. JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-4-218 DO - 10.1186/gb-2004-5-4-218 ID - Neu-Yilik2004 ER - TY - JOUR AU - Chang, Y. F. AU - Imam, J. S. AU - Wilkinson, M. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - The nonsense-mediated decay RNA surveillance pathway. JO - Annu Rev Biochem VL - 76 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.76.050106.093909 DO - 10.1146/annurev.biochem.76.050106.093909 ID - Chang2007 ER - TY - JOUR AU - Lewis, B. P. AU - Green, R. E. AU - Brenner, S. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evidence for the widespread coupling of alternative splicing and nonsense-mediated mRNA decay in humans. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0136770100 DO - 10.1073/pnas.0136770100 ID - Lewis2003 ER - TY - JOUR AU - Sakabe, N. J. AU - de Souza, S. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sequence features responsible for intron retention in human. JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-59 DO - 10.1186/1471-2164-8-59 ID - Sakabe2007 ER - TY - JOUR AU - D'Souza, I. AU - Schellenberg, G. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - tau Exon 10 expression involves a bipartite intron 10 regulatory sequence and weak 5' and 3' splice sites. JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M203794200 DO - 10.1074/jbc.M203794200 ID - D'Souza2002 ER - TY - JOUR AU - Dye, B. T. AU - Buvoli, M. AU - Mayer, S. A. AU - Lin, C. H. AU - Patton, J. G. PY - 1998 DA - 1998// TI - Enhancer elements activate the weak 3' splice site of alpha-tropomyosin exon 2. JO - Rna VL - 4 UR - https://doi.org/10.1017/S1355838298980360 DO - 10.1017/S1355838298980360 ID - Dye1998 ER - TY - JOUR AU - Lavigueur, A. AU - La Branche, H. AU - Kornblihtt, A. R. AU - Chabot, B. PY - 1993 DA - 1993// TI - A splicing enhancer in the human fibronectin alternate ED1 exon interacts with SR proteins and stimulates U2 snRNP binding. JO - Genes Dev VL - 7 UR - https://doi.org/10.1101/gad.7.12a.2405 DO - 10.1101/gad.7.12a.2405 ID - Lavigueur1993 ER - TY - JOUR AU - Clark, F. AU - Thanaraj, T. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Categorization and characterization of transcript-confirmed constitutively and alternatively spliced introns and exons from human. JO - Hum Mol Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/11.4.451 DO - 10.1093/hmg/11.4.451 ID - Clark2002 ER - TY - JOUR AU - Garg, K. AU - Green, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Differing patterns of selection in alternative and constitutive splice sites. JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6347907 DO - 10.1101/gr.6347907 ID - Garg2007 ER - TY - JOUR AU - Schneider, T. D. AU - Stephens, R. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Sequence logos: a new way to display consensus sequences. JO - Nucleic Acids Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/nar/18.20.6097 DO - 10.1093/nar/18.20.6097 ID - Schneider1990 ER - TY - JOUR AU - McCullough, A. J. AU - Baynton, C. E. AU - Schuler, M. A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Interactions across exons can influence splice site recognition in plant nuclei. JO - Plant Cell VL - 8 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.8.12.2295 DO - 10.1105/tpc.8.12.2295 ID - McCullough1996 ER - TY - JOUR AU - Collins, L. AU - Penny, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complex spliceosomal organization ancestral to extant eukaryotes. JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi091 DO - 10.1093/molbev/msi091 ID - Collins2005 ER - TY - JOUR AU - Cech, T. R. PY - 1986 DA - 1986// TI - The generality of self-splicing RNA: relationship to nuclear mRNA splicing. JO - Cell VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(86)90751-8 DO - 10.1016/0092-8674(86)90751-8 ID - Cech1986 ER - TY - JOUR AU - Rogers, J. H. PY - 1989 DA - 1989// TI - How were introns inserted into nuclear genes? JO - Trends Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/0168-9525(89)90084-X DO - 10.1016/0168-9525(89)90084-X ID - Rogers1989 ER - TY - JOUR AU - Sharp, P. A. PY - 1991 DA - 1991// TI - "Five easy pieces". JO - Science VL - 254 UR - https://doi.org/10.1126/science.1948046 DO - 10.1126/science.1948046 ID - Sharp1991 ER - TY - JOUR AU - Cavalier-Smith, T. PY - 1991 DA - 1991// TI - Intron phylogeny: a new hypothesis. JO - Trends Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/0168-9525(91)90102-V DO - 10.1016/0168-9525(91)90102-V ID - Cavalier-Smith1991 ER - TY - JOUR AU - Stoltzfus, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - On the possibility of constructive neutral evolution. JO - J Mol Evol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1007/PL00006540 DO - 10.1007/PL00006540 ID - Stoltzfus1999 ER - TY - JOUR AU - Blencowe, B. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Exonic splicing enhancers: mechanism of action, diversity and role in human genetic diseases. JO - Trends Biochem Sci VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/S0968-0004(00)01549-8 DO - 10.1016/S0968-0004(00)01549-8 ID - Blencowe2000 ER - TY - JOUR AU - Ram, O. AU - Ast, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - SR proteins: a foot on the exon before the transition from intron to exon definition. JO - Trends Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2006.10.002 DO - 10.1016/j.tig.2006.10.002 ID - Ram2007 ER - TY - JOUR AU - Webb, C. J. AU - Romfo, C. M. AU - van Heeckeren, W. J. AU - Wise, J. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Exonic splicing enhancers in fission yeast: functional conservation demonstrates an early evolutionary origin. JO - Genes Dev VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1265905 DO - 10.1101/gad.1265905 ID - Webb2005 ER - TY - JOUR AU - Shen, H. AU - Green, M. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - RS domains contact splicing signals and promote splicing by a common mechanism in yeast through humans. JO - Genes Dev VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1422106 DO - 10.1101/gad.1422106 ID - Shen2006 ER - TY - JOUR AU - Barbosa-Morais, N. L. AU - Carmo-Fonseca, M. AU - Aparicio, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Systematic genome-wide annotation of spliceosomal proteins reveals differential gene family expansion. JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3936206 DO - 10.1101/gr.3936206 ID - Barbosa-Morais2006 ER - TY - JOUR AU - Vinogradov, A. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Intron-genome size relationship on a large evolutionary scale. JO - J Mol Evol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1007/PL00006561 DO - 10.1007/PL00006561 ID - Vinogradov1999 ER - TY - JOUR AU - Petrov, D. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mutational equilibrium model of genome size evolution. JO - Theor Popul Biol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1006/tpbi.2002.1605 DO - 10.1006/tpbi.2002.1605 ID - Petrov2002 ER - TY - JOUR AU - Schmucker, D. AU - Clemens, J. C. AU - Shu, H. AU - Worby, C. A. AU - Xiao, J. AU - Muda, M. AU - Dixon, J. E. AU - Zipursky, S. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - DrosophilaDscam is an axon guidance receptor exhibiting extraordinary molecular diversity. JO - Cell VL - 101 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)80878-8 DO - 10.1016/S0092-8674(00)80878-8 ID - Schmucker2000 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Linton, L. M. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Zody, M. C. AU - Baldwin, J. AU - Devon, K. AU - Dewar, K. AU - Doyle, M. AU - FitzHugh, W. AU - Funke, R. AU - Gage, D. AU - Harris, K. AU - Heaford, A. AU - Howland, J. AU - Kann, L. AU - Lehoczky, J. AU - LeVine, R. AU - McEwan, P. AU - McKernan, K. AU - Meldrim, J. AU - Mesirov, J. P. AU - Miranda, C. AU - Morris, W. AU - Naylor, J. AU - Raymond, C. AU - Rosetti, M. AU - Santos, R. AU - Sheridan, A. AU - Sougnez, C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Initial sequencing and analysis of the human genome. JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057062 DO - 10.1038/35057062 ID - Lander2001 ER - TY - STD TI - The Broad Institute of Harvard and MIT. [http://www.broad.mit.edu] UR - http://www.broad.mit.edu ID - ref58 ER - TY - STD TI - The Institute for Genomic Research: The J Craig Venter Institute. [http://www.tigr.org/] UR - http://www.tigr.org/ ID - ref59 ER - TY - STD TI - US Department of Energy Joint Genome Institute. [http://www.jgi.doe.gov/] UR - http://www.jgi.doe.gov/ ID - ref60 ER - TY - STD TI - Vectorbase. [http://www.vectorbase.org] UR - http://www.vectorbase.org ID - ref61 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT - the BLAST-like alignment tool. JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 DO - 10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Eyras, E. AU - Caccamo, M. AU - Curwen, V. AU - Clamp, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - ESTGenes: alternative splicing from ESTs in Ensembl. JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1862204 DO - 10.1101/gr.1862204 ID - Eyras2004 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 1997 DA - 1997// TI - PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood. JO - Comput Appl Biosci VL - 13 ID - Yang1997 ER - TY - STD TI - Danio rerio Sequencing Group at the Sanger Institute. [http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/] UR - http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/ ID - ref66 ER - TY - JOUR AU - Aparicio, S. AU - Chapman, J. AU - Stupka, E. AU - Putnam, N. AU - Chia, J. M. AU - Dehal, P. AU - Christoffels, A. AU - Rash, S. AU - Hoon, S. AU - Smit, A. AU - Gelpke, M. D. AU - Roach, J. AU - Oh, T. AU - Ho, I. Y. AU - Wong, M. AU - Detter, C. AU - Verhoef, F. AU - Predki, P. AU - Tay, A. AU - Lucas, S. AU - Richardson, P. AU - Smith, S. F. AU - Clark, M. S. AU - Edwards, Y. J. AU - Doggett, N. AU - Zharkikh, A. AU - Tavtigian, S. V. AU - Pruss, D. AU - Barnstead, M. AU - Evans, C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes. JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1072104 DO - 10.1126/science.1072104 ID - Aparicio2002 ER - TY - JOUR AU - Dehal, P. AU - Satou, Y. AU - Campbell, R. K. AU - Chapman, J. AU - Degnan, B. AU - De Tomaso, A. AU - Davidson, B. AU - Di Gregorio, A. AU - Gelpke, M. AU - Goodstein, D. M. AU - Harafuji, N. AU - Hastings, K. E. AU - Ho, I. AU - Hotta, K. AU - Huang, W. AU - Kawashima, T. AU - Lemaire, P. AU - Martinez, D. AU - Meinertzhagen, I. A. AU - Necula, S. AU - Nonaka, M. AU - Putnam, N. AU - Rash, S. AU - Saiga, H. AU - Satake, M. AU - Terry, A. AU - Yamada, L. AU - Wang, H. G. AU - Awazu, S. AU - Azumi, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - The draft genome of Ciona intestinalis: insights into chordate and vertebrate origins. JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1080049 DO - 10.1126/science.1080049 ID - Dehal2002 ER - TY - JOUR AU - Putnam, N. H. AU - Srivastava, M. AU - Hellsten, U. AU - Dirks, B. AU - Chapman, J. AU - Salamov, A. AU - Terry, A. AU - Shapiro, H. AU - Lindquist, E. AU - Kapitonov, V. V. AU - Jurka, J. AU - Genikhovich, G. AU - Grigoriev, I. V. AU - Lucas, S. M. AU - Steele, R. E. AU - Finnerty, J. R. AU - Technau, U. AU - Martindale, M. Q. AU - Rokhsar, D. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic organization. JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1139158 DO - 10.1126/science.1139158 ID - Putnam2007 ER - TY - JOUR AU - Sodergren, E. AU - Weinstock, G. M. AU - Davidson, E. H. AU - Cameron, R. A. AU - Gibbs, R. A. AU - Angerer, R. C. AU - Angerer, L. M. AU - Arnone, M. I. AU - Burgess, D. R. AU - Burke, R. D. AU - Coffman, J. A. AU - Dean, M. AU - Elphick, M. R. AU - Ettensohn, C. A. AU - Foltz, K. R. AU - Hamdoun, A. AU - Hynes, R. O. AU - Klein, W. H. AU - Marzluff, W. AU - McClay, D. R. AU - Morris, R. L. AU - Mushegian, A. AU - Rast, J. P. AU - Smith, L. C. AU - Thorndyke, M. C. AU - Vacquier, V. D. AU - Wessel, G. M. AU - Wray, G. AU - Zhang, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. JO - Science VL - 314 UR - https://doi.org/10.1126/science.1133609 DO - 10.1126/science.1133609 ID - Sodergren2006 ER - TY - JOUR AU - Adams, M. D. AU - Celniker, S. E. AU - Holt, R. A. AU - Evans, C. A. AU - Gocayne, J. D. AU - Amanatides, P. G. AU - Scherer, S. E. AU - Li, P. W. AU - Hoskins, R. A. AU - Galle, R. F. AU - George, R. A. AU - Lewis, S. E. AU - Richards, S. AU - Ashburner, M. AU - Henderson, S. N. AU - Sutton, G. G. AU - Wortman, J. R. AU - Yandell, M. D. AU - Zhang, Q. AU - Chen, L. X. AU - Brandon, R. C. AU - Rogers, Y. H. AU - Blazej, R. G. AU - Champe, M. AU - Pfeiffer, B. D. AU - Wan, K. H. AU - Doyle, C. AU - Baxter, E. G. AU - Helt, G. AU - Nelson, C. R. PY - 2000 DA - 2000// TI - The genome sequence of Drosophila melanogaster. JO - Science VL - 287 UR - https://doi.org/10.1126/science.287.5461.2185 DO - 10.1126/science.287.5461.2185 ID - Adams2000 ER - TY - JOUR AU - Nene, V. AU - Wortman, J. R. AU - Lawson, D. AU - Haas, B. AU - Kodira, C. AU - Tu, Z. J. AU - Loftus, B. AU - Xi, Z. AU - Megy, K. AU - Grabherr, M. AU - Ren, Q. AU - Zdobnov, E. M. AU - Lobo, N. F. AU - Campbell, K. S. AU - Brown, S. E. AU - Bonaldo, M. F. AU - Zhu, J. AU - Sinkins, S. P. AU - Hogenkamp, D. G. AU - Amedeo, P. AU - Arensburger, P. AU - Atkinson, P. W. AU - Bidwell, S. AU - Biedler, J. AU - Birney, E. AU - Bruggner, R. V. AU - Costas, J. AU - Coy, M. R. AU - Crabtree, J. AU - Crawford, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome sequence of Aedes aegypti, a major arbovirus vector. JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138878 DO - 10.1126/science.1138878 ID - Nene2007 ER - TY - STD TI - Lawson D, Arensburger P, Atkinson P, Besansky NJ, Bruggner RV, Butler R, Campbell KS, Christophides GK, Christley S, Dialynas E, Emmert D, Hammond M, Hill CA, Kennedy RC, Lobo NF, MacCallum MR, Madey G, Megy K, Redmond S, Russo S, Severson DW, Stinson EO, Topalis P, Zdobnov EM, Birney E, Gelbart WM, Kafatos FC, Louis C, Collins FH: VectorBase: a home for invertebrate vectors of human pathogens. Nucleic Acids Res. 2007, D503-D505. 10.1093/nar/gkl960. 35 Database ID - ref73 ER - TY - JOUR AU - Holt, R. A. AU - Subramanian, G. M. AU - Halpern, A. AU - Sutton, G. G. AU - Charlab, R. AU - Nusskern, D. R. AU - Wincker, P. AU - Clark, A. G. AU - Ribeiro, J. M. AU - Wides, R. AU - Salzberg, S. L. AU - Loftus, B. AU - Yandell, M. AU - Majoros, W. H. AU - Rusch, D. B. AU - Lai, Z. AU - Kraft, C. L. AU - Abril, J. F. AU - Anthouard, V. AU - Arensburger, P. AU - Atkinson, P. W. AU - Baden, H. AU - de Berardinis, V. AU - Baldwin, D. AU - Benes, V. AU - Biedler, J. AU - Blass, C. AU - Bolanos, R. AU - Boscus, D. AU - Barnstead, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae. JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1076181 DO - 10.1126/science.1076181 ID - Holt2002 ER - TY - JOUR PY - 2006 DA - 2006// TI - Insights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera. JO - Nature VL - 443 UR - https://doi.org/10.1038/nature05260 DO - 10.1038/nature05260 ID - ref75 ER - TY - JOUR PY - 1998 DA - 1998// TI - Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology. JO - Science VL - 282 UR - https://doi.org/10.1126/science.282.5396.2012 DO - 10.1126/science.282.5396.2012 ID - ref76 ER - TY - JOUR AU - Kämper, J. AU - Kahmann, R. AU - Bölker, M. AU - Ma, L. J. AU - Brefort, T. AU - Saville, B. J. AU - Banuett, F. AU - Kronstad, J. W. AU - Gold, S. E. AU - Müller, O. AU - Perlin, M. H. AU - Wösten, H. A. AU - de Vries, R. AU - Ruiz-Herrera, J. AU - Reynaga-Peña, C. G. AU - Snetselaar, K. AU - McCann, M. AU - Pérez-Martín, J. AU - Feldbrügge, M. AU - Basse, C. W. AU - Steinberg, G. AU - Ibeas, J. I. AU - Holloman, W. AU - Guzman, P. AU - Farman, M. AU - Stajich, J. E. AU - Sentandreu, R. AU - González-Prieto, J. M. AU - Kennell, J. C. AU - Molina, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Insights from the genome of the biotrophic fungal plant pathogen Ustilago maydis. JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05248 DO - 10.1038/nature05248 ID - Kämper2006 ER - TY - JOUR AU - Wood, V. AU - Gwilliam, R. AU - Rajandream, M. A. AU - Lyne, M. AU - Lyne, R. AU - Stewart, A. AU - Sgouros, J. AU - Peat, N. AU - Hayles, J. AU - Baker, S. AU - Basham, D. AU - Bowman, S. AU - Brooks, K. AU - Brown, D. AU - Brown, S. AU - Chillingworth, T. AU - Churcher, C. AU - Collins, M. AU - Connor, R. AU - Cronin, A. AU - Davis, P. AU - Feltwell, T. AU - Fraser, A. AU - Gentles, S. AU - Goble, A. AU - Hamlin, N. AU - Harris, D. AU - Hidalgo, J. AU - Hodgson, G. AU - Holroyd, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe. JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/nature724 DO - 10.1038/nature724 ID - Wood2002 ER - TY - JOUR AU - Goffeau, A. AU - Barrell, B. G. AU - Bussey, H. AU - Davis, R. W. AU - Dujon, B. AU - Feldmann, H. AU - Galibert, F. AU - Hoheisel, J. D. AU - Jacq, C. AU - Johnston, M. AU - Louis, E. J. AU - Mewes, H. W. AU - Murakami, Y. AU - Philippsen, P. AU - Tettelin, H. AU - Oliver, S. G. PY - 1996 DA - 1996// TI - Life with 6000 genes. JO - Science VL - 274 UR - https://doi.org/10.1126/science.274.5287.546 DO - 10.1126/science.274.5287.546 ID - Goffeau1996 ER - TY - JOUR AU - Galagan, J. E. AU - Calvo, S. E. AU - Borkovich, K. A. AU - Selker, E. U. AU - Read, N. D. AU - Jaffe, D. AU - FitzHugh, W. AU - Ma, L. J. AU - Smirnov, S. AU - Purcell, S. AU - Rehman, B. AU - Elkins, T. AU - Engels, R. AU - Wang, S. AU - Nielsen, C. B. AU - Butler, J. AU - Endrizzi, M. AU - Qui, D. AU - Ianakiev, P. AU - Bell-Pedersen, D. AU - Nelson, M. A. AU - Werner-Washburne, M. AU - Selitrennikoff, C. P. AU - Kinsey, J. A. AU - Braun, E. L. AU - Zelter, A. AU - Schulte, U. AU - Kothe, G. O. AU - Jedd, G. AU - Mewes, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa. JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01554 DO - 10.1038/nature01554 ID - Galagan2003 ER - TY - JOUR AU - Dean, R. A. AU - Talbot, N. J. AU - Ebbole, D. J. AU - Farman, M. L. AU - Mitchell, T. K. AU - Orbach, M. J. AU - Thon, M. AU - Kulkarni, R. AU - Xu, J. R. AU - Pan, H. AU - Read, N. D. AU - Lee, Y. H. AU - Carbone, I. AU - Brown, D. AU - Oh, Y. Y. AU - Donofrio, N. AU - Jeong, J. S. AU - Soanes, D. M. AU - Djonovic, S. AU - Kolomiets, E. AU - Rehmeyer, C. AU - Li, W. AU - Harding, M. AU - Kim, S. AU - Lebrun, M. H. AU - Bohnert, H. AU - Coughlan, S. AU - Butler, J. AU - Calvo, S. AU - Ma, L. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome sequence of the rice blast fungus Magnaporthe grisea. JO - Nature VL - 434 UR - https://doi.org/10.1038/nature03449 DO - 10.1038/nature03449 ID - Dean2005 ER - TY - JOUR AU - Galagan, J. E. AU - Calvo, S. E. AU - Cuomo, C. AU - Ma, L. J. AU - Wortman, J. R. AU - Batzoglou, S. AU - Lee, S. I. AU - Basturkmen, M. AU - Spevak, C. C. AU - Clutterbuck, J. AU - Kapitonov, V. AU - Jurka, J. AU - Scazzocchio, C. AU - Farman, M. AU - Butler, J. AU - Purcell, S. AU - Harris, S. AU - Braus, G. H. AU - Draht, O. AU - Busch, S. AU - D'Enfert, C. AU - Bouchier, C. AU - Goldman, G. H. AU - Bell-Pedersen, D. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Doonan, J. H. AU - Yu, J. AU - Vienken, K. AU - Pain, A. AU - Freitag, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A. fumigatus and A. oryzae. JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04341 DO - 10.1038/nature04341 ID - Galagan2005 ER - TY - JOUR AU - Eichinger, L. AU - Pachebat, J. A. AU - Glöckner, G. AU - Rajandream, M. A. AU - Sucgang, R. AU - Berriman, M. AU - Song, J. AU - Olsen, R. AU - Szafranski, K. AU - Xu, Q. AU - Tunggal, B. AU - Kummerfeld, S. AU - Madera, M. AU - Konfortov, B. A. AU - Rivero, F. AU - Bankier, A. T. AU - Lehmann, R. AU - Hamlin, N. AU - Davies, R. AU - Gaudet, P. AU - Fey, P. AU - Pilcher, K. AU - Chen, G. AU - Saunders, D. AU - Sodergren, E. AU - Davis, P. AU - Kerhornou, A. AU - Nie, X. AU - Hall, N. AU - Anjard, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum. JO - Nature VL - 435 UR - https://doi.org/10.1038/nature03481 DO - 10.1038/nature03481 ID - Eichinger2005 ER - TY - JOUR AU - Tuskan, G. A. AU - Difazio, S. AU - Jansson, S. AU - Bohlmann, J. AU - Grigoriev, I. AU - Hellsten, U. AU - Putnam, N. AU - Ralph, S. AU - Rombauts, S. AU - Salamov, A. AU - Schein, J. AU - Sterck, L. AU - Aerts, A. AU - Bhalerao, R. R. AU - Bhalerao, R. P. AU - Blaudez, D. AU - Boerjan, W. AU - Brun, A. AU - Brunner, A. AU - Busov, V. AU - Campbell, M. AU - Carlson, J. AU - Chalot, M. AU - Chapman, J. AU - Chen, G. L. AU - Cooper, D. AU - Coutinho, P. M. AU - Couturier, J. AU - Covert, S. AU - Cronk, Q. PY - 2006 DA - 2006// TI - The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa(Torr. & Gray). JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1128691 DO - 10.1126/science.1128691 ID - Tuskan2006 ER - TY - JOUR PY - 2000 DA - 2000// TI - Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. JO - Nature VL - 408 UR - https://doi.org/10.1038/35048692 DO - 10.1038/35048692 ID - ref85 ER - TY - JOUR AU - Goff, S. A. AU - Ricke, D. AU - Lan, T. H. AU - Presting, G. AU - Wang, R. AU - Dunn, M. AU - Glazebrook, J. AU - Sessions, A. AU - Oeller, P. AU - Varma, H. AU - Hadley, D. AU - Hutchison, D. AU - Martin, C. AU - Katagiri, F. AU - Lange, B. M. AU - Moughamer, T. AU - Xia, Y. AU - Budworth, P. AU - Zhong, J. AU - Miguel, T. AU - Paszkowski, U. AU - Zhang, S. AU - Colbert, M. AU - Sun, W. L. AU - Chen, L. AU - Cooper, B. AU - Park, S. AU - Wood, T. C. AU - Mao, L. AU - Quail, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica). JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1068275 DO - 10.1126/science.1068275 ID - Goff2002 ER - TY - JOUR AU - Palenik, B. AU - Grimwood, J. AU - Aerts, A. AU - Rouzé, P. AU - Salamov, A. AU - Putnam, N. AU - Dupont, C. AU - Jorgensen, R. AU - Derelle, E. AU - Rombauts, S. AU - Zhou, K. AU - Otillar, R. AU - Merchant, S. S. AU - Podell, S. AU - Gaasterland, T. AU - Napoli, C. AU - Gendler, K. AU - Manuell, A. AU - Tai, V. AU - Vallon, O. AU - Piganeau, G. AU - Jancek, S. AU - Heijde, M. AU - Jabbari, K. AU - Bowler, C. AU - Lohr, M. AU - Robbens, S. AU - Werner, G. AU - Dubchak, I. AU - Pazour, G. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The tiny eukaryote Ostreococcusprovides genomic insights into the paradox of plankton speciation. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0611046104 DO - 10.1073/pnas.0611046104 ID - Palenik2007 ER - TY - JOUR AU - Tyler, B. M. AU - Tripathy, S. AU - Zhang, X. AU - Dehal, P. AU - Jiang, R. H. AU - Aerts, A. AU - Arredondo, F. D. AU - Baxter, L. AU - Bensasson, D. AU - Beynon, J. L. AU - Chapman, J. AU - Damasceno, C. M. AU - Dorrance, A. E. AU - Dou, D. AU - Dickerman, A. W. AU - Dubchak, I. L. AU - Garbelotto, M. AU - Gijzen, M. AU - Gordon, S. G. AU - Govers, F. AU - Grunwald, N. J. AU - Huang, W. AU - Ivors, K. L. AU - Jones, R. W. AU - Kamoun, S. AU - Krampis, K. AU - Lamour, K. H. AU - Lee, M. K. AU - McDonald, W. H. AU - Medina, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Phytophthora genome sequences uncover evolutionary origins and mechanisms of pathogenesis. JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1128796 DO - 10.1126/science.1128796 ID - Tyler2006 ER - TY - JOUR AU - Carlton, J. M. AU - Angiuoli, S. V. AU - Suh, B. B. AU - Kooij, T. W. AU - Pertea, M. AU - Silva, J. C. AU - Ermolaeva, M. D. AU - Allen, J. E. AU - Selengut, J. D. AU - Koo, H. L. AU - Peterson, J. D. AU - Pop, M. AU - Kosack, D. S. AU - Shumway, M. F. AU - Bidwell, S. L. AU - Shallom, S. J. AU - van Aken, S. E. AU - Riedmuller, S. B. AU - Feldblyum, T. V. AU - Cho, J. K. AU - Quackenbush, J. AU - Sedegah, M. AU - Shoaibi, A. AU - Cummings, L. M. AU - Florens, L. AU - Yates, J. R. AU - Raine, J. D. AU - Sinden, R. E. AU - Harris, M. A. AU - Cunningham, D. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii. JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01099 DO - 10.1038/nature01099 ID - Carlton2002 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Martin, D. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - JOUR AU - Aury, J. M. AU - Jaillon, O. AU - Duret, L. AU - Noel, B. AU - Jubin, C. AU - Porcel, B. M. AU - Ségurens, B. AU - Daubin, V. AU - Anthouard, V. AU - Aiach, N. AU - Arnaiz, O. AU - Billaut, A. AU - Beisson, J. AU - Blanc, I. AU - Bouhouche, K. AU - Câmara, F. AU - Duharcourt, S. AU - Guigo, R. AU - Gogendeau, D. AU - Katinka, M. AU - Keller, A. M. AU - Kissmehl, R. AU - Klotz, C. AU - Koll, F. AU - Le Mouël, A. AU - Lepère, G. AU - Malinsky, S. AU - Nowacki, M. AU - Nowak, J. K. AU - Plattner, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Global trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia. JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05230 DO - 10.1038/nature05230 ID - Aury2006 ER - TY - JOUR AU - Eisen, J. A. AU - Coyne, R. S. AU - Wu, M. AU - Wu, D. AU - Thiagarajan, M. AU - Wortman, J. R. AU - Badger, J. H. AU - Ren, Q. AU - Amedeo, P. AU - Jones, K. M. AU - Tallon, L. J. AU - Delcher, A. L. AU - Salzberg, S. L. AU - Silva, J. C. AU - Haas, B. J. AU - Majoros, W. H. AU - Farzad, M. AU - Carlton, J. M. AU - Smith, R. K. AU - Garg, J. AU - Pearlman, R. E. AU - Karrer, K. M. AU - Sun, L. AU - Manning, G. AU - Elde, N. C. AU - Turkewitz, A. P. AU - Asai, D. J. AU - Wilkes, D. E. AU - Wang, Y. AU - Cai, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Macronuclear genome sequence of the ciliate Tetrahymena thermophila, a model eukaryote. JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040286 DO - 10.1371/journal.pbio.0040286 ID - Eisen2006 ER -