TY - JOUR PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05874 DO - 10.1038/nature05874 ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Kasukawa, T. AU - Katayama, S. AU - Gough, J. AU - Frith, M. C. AU - Maeda, N. AU - Oyama, R. AU - Ravasi, T. AU - Lenhard, B. AU - Wells, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptional landscape of the mammalian genome. JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112014 DO - 10.1126/science.1112014 ID - Carninci2005 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Cheng, J. AU - Dike, S. AU - Nix, D. A. AU - Duttagupta, R. AU - Willingham, A. T. AU - Stadler, P. F. AU - Hertel, J. AU - Hackermueller, J. AU - Hofacker, I. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription. JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138341 DO - 10.1126/science.1138341 ID - Kapranov2007 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project. JO - Science VL - 306 UR - https://doi.org/10.1126/science.1105136 DO - 10.1126/science.1105136 ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Willingham, A. T. AU - Gingeras, T. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide transcription and the implications for genomic organization. JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2083 DO - 10.1038/nrg2083 ID - Kapranov2007 ER - TY - JOUR AU - Harrow, J. AU - Denoeud, F. AU - Frankish, A. AU - Reymond, A. AU - Chen, C. K. AU - Chrast, J. AU - Lagarde, J. AU - Gilbert, J. G. AU - Storey, R. AU - Swarbreck, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE. JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-s1-s4 DO - 10.1186/gb-2006-7-s1-s4 ID - Harrow2006 ER - TY - JOUR AU - Gerhard, D. S. AU - Wagner, L. AU - Feingold, E. A. AU - Shenmen, C. M. AU - Grouse, L. H. AU - Schuler, G. AU - Klein, S. L. AU - Old, S. AU - Rasooly, R. AU - Good, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2596504 DO - 10.1101/gr.2596504 ID - Gerhard2004 ER - TY - JOUR AU - Wu, J. Q. AU - Garcia, A. M. AU - Hulyk, S. AU - Sneed, A. AU - Kowis, C. AU - Yuan, Y. AU - Steffen, D. AU - McPherson, J. D. AU - Gunaratne, P. H. AU - Gibbs, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Large-scale RT-PCR recovery of full-length cDNA clones. JO - Biotechniques VL - 36 ID - Wu2004 ER - TY - JOUR AU - Wu, J. Q. AU - Shteynberg, D. AU - Arumugam, M. AU - Gibbs, R. A. AU - Brent, M. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Identification of rat genes by TWINSCAN gene prediction, RT-PCR, and direct sequencing. JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1959604 DO - 10.1101/gr.1959604 ID - Wu2004 ER - TY - JOUR AU - Trinklein, N. D. AU - Karaoz, U. AU - Wu, J. AU - Halees, A. AU - Force Aldred, S. AU - Collins, P. J. AU - Zheng, D. AU - Zhang, Z. D. AU - Gerstein, M. B. AU - Snyder, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Integrated analysis of experimental data sets reveals many novel promoters in 1% of the human genome. JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5716607 DO - 10.1101/gr.5716607 ID - Trinklein2007 ER - TY - JOUR AU - Denoeud, F. AU - Kapranov, P. AU - Ucla, C. AU - Frankish, A. AU - Castelo, R. AU - Drenkow, J. AU - Lagarde, J. AU - Alioto, T. AU - Manzano, C. AU - Chrast, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Prominent use of distal 5' transcription start sites and discovery of a large number of additional exons in ENCODE regions. JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5660607 DO - 10.1101/gr.5660607 ID - Denoeud2007 ER - TY - JOUR AU - Cooper, S. J. AU - Trinklein, N. D. AU - Anton, E. D. AU - Nguyen, L. AU - Myers, R. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comprehensive analysis of transcriptional promoter structure and function in 1% of the human genome. JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4222606 DO - 10.1101/gr.4222606 ID - Cooper2006 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Sandelin, A. AU - Lenhard, B. AU - Katayama, S. AU - Shimokawa, K. AU - Ponjavic, J. AU - Semple, C. A. AU - Taylor, M. S. AU - Engstrom, P. G. AU - Frith, M. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution. JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1789 DO - 10.1038/ng1789 ID - Carninci2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, T. H. AU - Barrera, L. O. AU - Qu, C. AU - Van Calcar, S. AU - Trinklein, N. D. AU - Cooper, S. J. AU - Luna, R. M. AU - Glass, C. K. AU - Rosenfeld, M. G. AU - Myers, R. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Direct isolation and identification of promoters in the human genome. JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3430605 DO - 10.1101/gr.3430605 ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Bertone, P. AU - Stolc, V. AU - Royce, T. E. AU - Rozowsky, J. S. AU - Urban, A. E. AU - Zhu, X. AU - Rinn, J. L. AU - Tongprasit, W. AU - Samanta, M. AU - Weissman, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Global identification of human transcribed sequences with genome tiling arrays. JO - Science VL - 306 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103388 DO - 10.1126/science.1103388 ID - Bertone2004 ER - TY - JOUR AU - Cheng, J. AU - Kapranov, P. AU - Drenkow, J. AU - Dike, S. AU - Brubaker, S. AU - Patel, S. AU - Long, J. AU - Stern, D. AU - Tammana, H. AU - Helt, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Transcriptional maps of 10 human chromosomes at 5-nucleotide resolution. JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1108625 DO - 10.1126/science.1108625 ID - Cheng2005 ER - TY - JOUR AU - Rinn, J. L. AU - Euskirchen, G. AU - Bertone, P. AU - Martone, R. AU - Luscombe, N. M. AU - Hartman, S. AU - Harrison, P. M. AU - Nelson, F. K. AU - Miller, P. AU - Gerstein, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - The transcriptional activity of human chromosome 22. JO - Genes Dev VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1055203 DO - 10.1101/gad.1055203 ID - Rinn2003 ER - TY - JOUR AU - Rozowsky, J. AU - Wu, J. AU - Lian, Z. AU - Nagalakshmi, U. AU - Korbel, J. O. AU - Kapranov, P. AU - Zheng, D. AU - Dyke, S. AU - Newburger, P. AU - Miller, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Novel transcribed regions in the human genome. JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1101/sqb.2006.71.054 DO - 10.1101/sqb.2006.71.054 ID - Rozowsky2006 ER - TY - JOUR AU - Katayama, S. AU - Tomaru, Y. AU - Kasukawa, T. AU - Waki, K. AU - Nakanishi, M. AU - Nakamura, M. AU - Nishida, H. AU - Yap, C. C. AU - Suzuki, M. AU - Kawai, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Antisense transcription in the mammalian transcriptome. JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112009 DO - 10.1126/science.1112009 ID - Katayama2005 ER - TY - JOUR AU - Rozowsky, J. S. AU - Newburger, D. AU - Sayward, F. AU - Wu, J. AU - Jordan, G. AU - Korbel, J. O. AU - Nagalakshmi, U. AU - Yang, J. AU - Zheng, D. AU - Guigo, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The DART classification of unannotated transcription within the ENCODE regions: associating transcription with known and novel loci. JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5696007 DO - 10.1101/gr.5696007 ID - Rozowsky2007 ER - TY - JOUR AU - Kao, H. T. AU - Porton, B. AU - Czernik, A. J. AU - Feng, J. AU - Yiu, G. AU - Haring, M. AU - Benfenati, F. AU - Greengard, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - A third member of the synapsin gene family. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.8.4667 DO - 10.1073/pnas.95.8.4667 ID - Kao1998 ER - TY - JOUR AU - Lachman, H. M. AU - Stopkova, P. AU - Rafael, M. A. AU - Saito, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Association of schizophrenia in African Americans to polymorphism in synapsin III gene. JO - Psychiatr Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1097/00041444-200506000-00009 DO - 10.1097/00041444-200506000-00009 ID - Lachman2005 ER - TY - JOUR AU - Docherty, A. J. AU - Lyons, A. AU - Smith, B. J. AU - Wright, E. M. AU - Stephens, P. E. AU - Harris, T. J. AU - Murphy, G. AU - Reynolds, J. J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Sequence of human tissue inhibitor of metalloproteinases and its identity to erythroid-potentiating activity. JO - Nature VL - 318 UR - https://doi.org/10.1038/318066a0 DO - 10.1038/318066a0 ID - Docherty1985 ER - TY - STD TI - SAGE Anatomic Viewer. [http://cgap.nci.nih.gov/SAGE/AnatomicViewer] UR - http://cgap.nci.nih.gov/SAGE/AnatomicViewer ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Perocchi, F. AU - Xu, Z. AU - Clauder-Munster, S. AU - Steinmetz, L. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Antisense artifacts in transcriptome microarray experiments are resolved by actinomycin D. JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm683 DO - 10.1093/nar/gkm683 ID - Perocchi2007 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Drenkow, J. AU - Cheng, J. AU - Long, J. AU - Helt, G. AU - Dike, S. AU - Gingeras, T. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Examples of the complex architecture of the human transcriptome revealed by RACE and high-density tiling arrays. JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3455305 DO - 10.1101/gr.3455305 ID - Kapranov2005 ER - TY - JOUR AU - Gish, W. AU - States, D. J. PY - 1993 DA - 1993// TI - Identification of protein coding regions by database similarity search. JO - Nat Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/ng0393-266 DO - 10.1038/ng0393-266 ID - Gish1993 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - Finishing the euchromatic sequence of the human genome. JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature03001 DO - 10.1038/nature03001 ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Okazaki, Y. AU - Furuno, M. AU - Kasukawa, T. AU - Adachi, J. AU - Bono, H. AU - Kondo, S. AU - Nikaido, I. AU - Osato, N. AU - Saito, R. AU - Suzuki, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. JO - Nature VL - 420 UR - https://doi.org/10.1038/nature01266 DO - 10.1038/nature01266 ID - Okazaki2002 ER - TY - JOUR AU - Hastings, M. L. AU - Ingle, H. A. AU - Lazar, M. A. AU - Munroe, S. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Post-transcriptional regulation of thyroid hormone receptor expression by cis-acting sequences and a naturally occurring antisense RNA. JO - J Biol Chem VL - 275 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.275.15.11507 DO - 10.1074/jbc.275.15.11507 ID - Hastings2000 ER - TY - JOUR AU - Li, A. W. AU - Murphy, P. R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Expression of alternatively spliced FGF-2 antisense RNA transcripts in the central nervous system: regulation of FGF-2 mRNA translation. JO - Mol Cell Endocrinol VL - 162 UR - https://doi.org/10.1016/S0303-7207(00)00209-4 DO - 10.1016/S0303-7207(00)00209-4 ID - Li2000 ER - TY - JOUR AU - Kelley, R. L. AU - Kuroda, M. I. PY - 2000 DA - 2000// TI - Noncoding RNA genes in dosage compensation and imprinting. JO - Cell VL - 103 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00099-4 DO - 10.1016/S0092-8674(00)00099-4 ID - Kelley2000 ER - TY - JOUR AU - Vanhee-Brossollet, C. AU - Vaquero, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - Do natural antisense transcripts make sense in eukaryotes? JO - Gene VL - 211 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(98)00093-6 DO - 10.1016/S0378-1119(98)00093-6 ID - Vanhee-Brossollet1998 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors. JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Brenner, S. AU - Johnson, M. AU - Bridgham, J. AU - Golda, G. AU - Lloyd, D. H. AU - Johnson, D. AU - Luo, S. AU - McCurdy, S. AU - Foy, M. AU - Ewan, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene expression analysis by massively parallel signature sequencing (MPSS) on microbead arrays. JO - Nat Biotechnol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/76469 DO - 10.1038/76469 ID - Brenner2000 ER - TY - JOUR AU - Gromek, K. AU - Kaczorowski, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - DNA sequencing by indexer walking. JO - Clin Chem VL - 51 UR - https://doi.org/10.1373/clinchem.2004.046599 DO - 10.1373/clinchem.2004.046599 ID - Gromek2005 ER - TY - JOUR AU - So, A. P. AU - Turner, R. F. AU - Haynes, C. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Increasing the efficiency of SAGE adaptor ligation by directed ligation chemistry. JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh082 DO - 10.1093/nar/gnh082 ID - So2004 ER - TY - JOUR AU - Bainbridge, M. N. AU - Warren, R. L. AU - Hirst, M. AU - Romanuik, T. AU - Zeng, T. AU - Go, A. AU - Delaney, A. AU - Griffith, M. AU - Hickenbotham, M. AU - Magrini, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of the prostate cancer cell line LNCaP transcriptome using a sequencing-by-synthesis approach. JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-246 DO - 10.1186/1471-2164-7-246 ID - Bainbridge2006 ER - TY - JOUR AU - Ross-Macdonald, P. AU - Coelho, P. S. AU - Roemer, T. AU - Agarwal, S. AU - Kumar, A. AU - Jansen, R. AU - Cheung, K. H. AU - Sheehan, A. AU - Symoniatis, D. AU - Umansky, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Large-scale analysis of the yeast genome by transposon tagging and gene disruption. JO - Nature VL - 402 UR - https://doi.org/10.1038/46558 DO - 10.1038/46558 ID - Ross-Macdonald1999 ER - TY - JOUR AU - Coelho, P. S. AU - Kumar, A. AU - Snyder, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genome-wide mutant collections: toolboxes for functional genomics. JO - Curr Opin Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/S1369-5274(00)00095-3 DO - 10.1016/S1369-5274(00)00095-3 ID - Coelho2000 ER - TY - JOUR AU - Mattick, J. S. AU - Makunin, I. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Non-coding RNA. JO - Hum Mol Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddl046 DO - 10.1093/hmg/ddl046 ID - Mattick2006 ER - TY - JOUR AU - Prasanth, K. V. AU - Spector, D. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Eukaryotic regulatory RNAs: an answer to the 'genome complexity' conundrum. JO - Genes Dev VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1484207 DO - 10.1101/gad.1484207 ID - Prasanth2007 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Y. Y. AU - Machleder, E. M. AU - Chenchik, A. AU - Li, R. AU - Siebert, P. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction. JO - Biotechniques VL - 30 ID - Zhu2001 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT: the BLAST-like alignment tool. JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 DO - 10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at UCSC. JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 DO - 10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. AU - Maglott, D. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins. JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki025 DO - 10.1093/nar/gki025 ID - Pruitt2005 ER - TY - STD TI - Universal ProbeLibrary Assay Design Center. [https://www.roche-applied-science.com/sis/rtpcr/upl/adc.jsp] UR - https://www.roche-applied-science.com/sis/rtpcr/upl/adc.jsp ID - ref47 ER -