TY - JOUR AU - King, M. C. AU - Wilson, A. C. PY - 1975 DA - 1975// TI - Evolution at two levels in humans and chimpanzees JO - Science VL - 188 UR - https://doi.org/10.1126/science.1090005 DO - 10.1126/science.1090005 ID - King1975 ER - TY - JOUR AU - Wray, G. A. AU - Hahn, M. W. AU - Abouheif, E. AU - Balhoff, J. P. AU - Pizer, M. AU - Rockman, M. V. AU - Romano, L. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The evolution of transcriptional regulation in eukaryotes JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg140 DO - 10.1093/molbev/msg140 ID - Wray2003 ER - TY - JOUR AU - Uddin, M. AU - Wildman, D. E. AU - Liu, G. AU - Xu, W. AU - Johnson, R. M. AU - Hof, P. R. AU - Kapatos, G. AU - Grossman, L. I. AU - Goodman, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Sister grouping of chimpanzees and humans as revealed by genome-wide phylogenetic analysis of brain gene expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0308725100 DO - 10.1073/pnas.0308725100 ID - Uddin2004 ER - TY - JOUR AU - Karaman, M. W. AU - Houck, M. L. AU - Chemnick, L. G. AU - Nagpal, S. AU - Chawannakul, D. AU - Sudano, D. AU - Pike, B. L. AU - Ho, V. V. AU - Ryder, O. A. AU - Hacia, J. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative analysis of gene-expression patterns in human and African great ape cultured fibroblasts JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1289803 DO - 10.1101/gr.1289803 ID - Karaman2003 ER - TY - JOUR AU - Caceres, M. AU - Lachuer, J. AU - Zapala, M. A. AU - Redmond, J. C. AU - Kudo, L. AU - Geschwind, D. H. AU - Lockhart, D. J. AU - Preuss, T. M. AU - Barlow, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Elevated gene expression levels distinguish human from non-human primate brains JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.2135499100 DO - 10.1073/pnas.2135499100 ID - Caceres2003 ER - TY - JOUR AU - Enard, W. AU - Khaitovich, P. AU - Klose, J. AU - Zollner, S. AU - Heissig, F. AU - Giavalisco, P. AU - Nieselt-Struwe, K. AU - Muchmore, E. AU - Varki, A. AU - Ravid, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Intra- and interspecific variation in primate gene expression patterns JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1068996 DO - 10.1126/science.1068996 ID - Enard2002 ER - TY - JOUR AU - Gu, J. AU - Gu, X. PY - 2003 DA - 2003// TI - Induced gene expression in human brain after the split from chimpanzee JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(02)00040-9 DO - 10.1016/S0168-9525(02)00040-9 ID - Gu2003 ER - TY - JOUR AU - Khaitovich, P. AU - Muetzel, B. AU - She, X. AU - Lachmann, M. AU - Hellmann, I. AU - Dietzsch, J. AU - Steigele, S. AU - Do, H. H. AU - Weiss, G. AU - Enard, W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Regional patterns of gene expression in human and chimpanzee brains JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2538704 DO - 10.1101/gr.2538704 ID - Khaitovich2004 ER - TY - JOUR AU - Khaitovich, P. AU - Weiss, G. AU - Lachmann, M. AU - Hellmann, I. AU - Enard, W. AU - Muetzel, B. AU - Wirkner, U. AU - Ansorge, W. AU - Paabo, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - A neutral model of transcriptome evolution JO - PLoS Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020132 DO - 10.1371/journal.pbio.0020132 ID - Khaitovich2004 ER - TY - CHAP AU - Strachan, T. AU - Read, A. P. PY - 1999 DA - 1999// BT - Human molecular genetics PB - Wiley CY - New York ID - Strachan1999 ER - TY - BOOK AU - Carey, M. AU - Smale, S. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Transcriptional Regulation in Eukaryotes: Concepts, Strategies, and Techniques PB - Cold Spring Harbor Laboratory Press CY - Cold Spring Harbor, NY ID - Carey2000 ER - TY - JOUR AU - Roeder, R. G. PY - 1996 DA - 1996// TI - The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II JO - Trends Biochem Sci VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/S0968-0004(96)10050-5 DO - 10.1016/S0968-0004(96)10050-5 ID - Roeder1996 ER - TY - JOUR AU - Mitchell, P. J. AU - Tjian, R. PY - 1989 DA - 1989// TI - Transcriptional regulation in mammalian cells by sequence-specific DNA binding proteins JO - Science VL - 245 UR - https://doi.org/10.1126/science.2667136 DO - 10.1126/science.2667136 ID - Mitchell1989 ER - TY - JOUR AU - Schadt, E. E. AU - Monks, S. A. AU - Drake, T. A. AU - Lusis, A. J. AU - Che, N. AU - Colinayo, V. AU - Ruff, T. G. AU - Milligan, S. B. AU - Lamb, J. R. AU - Cavet, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genetics of gene expression surveyed in maize, mouse and man JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01434 DO - 10.1038/nature01434 ID - Schadt2003 ER - TY - JOUR AU - Raser, J. M. AU - O'Shea, E. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Control of stochasticity in eukaryotic gene expression JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1098641 DO - 10.1126/science.1098641 ID - Raser2004 ER - TY - JOUR AU - Morley, M. AU - Molony, C. M. AU - Weber, T. M. AU - Devlin, J. L. AU - Ewens, K. G. AU - Spielman, R. S. AU - Cheung, V. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genetic analysis of genome-wide variation in human gene expression JO - Nature VL - 430 UR - https://doi.org/10.1038/nature02797 DO - 10.1038/nature02797 ID - Morley2004 ER - TY - JOUR AU - Brem, R. B. AU - Yvert, G. AU - Clinton, R. AU - Kruglyak, L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genetic dissection of transcriptional regulation in budding yeast JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1069516 DO - 10.1126/science.1069516 ID - Brem2002 ER - TY - JOUR AU - Doss, S. AU - Schadt, E. E. AU - Drake, T. A. AU - Lusis, A. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Cis-acting expression quantitative trait loci in mice JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3216905 DO - 10.1101/gr.3216905 ID - Doss2005 ER - TY - JOUR AU - Monks, S. A. AU - Leonardson, A. AU - Zhu, H. AU - Cundiff, P. AU - Pietrusiak, P. AU - Edwards, S. AU - Phillips, J. W. AU - Sachs, A. AU - Schadt, E. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genetic inheritance of gene expression in human cell lines JO - Am J Hum Genet VL - 75 UR - https://doi.org/10.1086/426461 DO - 10.1086/426461 ID - Monks2004 ER - TY - JOUR AU - Hubner, N. AU - Wallace, C. A. AU - Zimdahl, H. AU - Petretto, E. AU - Schulz, H. AU - Maciver, F. AU - Mueller, M. AU - Hummel, O. AU - Monti, J. AU - Zidek, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Integrated transcriptional profiling and linkage analysis for identification of genes underlying disease JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1522 DO - 10.1038/ng1522 ID - Hubner2005 ER - TY - JOUR AU - Bystrykh, L. AU - Weersing, E. AU - Dontje, B. AU - Sutton, S. AU - Pletcher, M. T. AU - Wiltshire, T. AU - Su, A. I. AU - Vellenga, E. AU - Wang, J. AU - Manly, K. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Uncovering regulatory pathways that affect hematopoietic stem cell function using 'genetical genomics' JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1497 DO - 10.1038/ng1497 ID - Bystrykh2005 ER - TY - JOUR AU - Hoogendoorn, B. AU - Coleman, S. L. AU - Guy, C. A. AU - Smith, K. AU - Bowen, T. AU - Buckland, P. R. AU - O'Donovan, M. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Functional analysis of human promoter polymorphisms JO - Hum Mol Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddg246 DO - 10.1093/hmg/ddg246 ID - Hoogendoorn2003 ER - TY - JOUR AU - Bray, N. J. AU - Buckland, P. R. AU - Owen, M. J. AU - O'Donovan, M. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cis-acting variation in the expression of a high proportion of genes in human brain JO - Hum Genet VL - 113 ID - Bray2003 ER - TY - JOUR AU - Trinklein, N. D. AU - Aldred, S. J. AU - Saldanha, A. J. AU - Myers, R. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Identification and functional analysis of human transcriptional promoters JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.794803 DO - 10.1101/gr.794803 ID - Trinklein2003 ER - TY - JOUR AU - Buckland, P. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Allele-specific gene expression differences in humans JO - Hum Mol Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddh227 DO - 10.1093/hmg/ddh227 ID - Buckland2004 ER - TY - JOUR AU - Hoogendoorn, B. AU - Coleman, S. L. AU - Guy, C. A. AU - Smith, S. K. AU - O'Donovan, M. C. AU - Buckland, P. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Functional analysis of polymorphisms in the promoter regions of genes on 22q11 JO - Hum Mutat VL - 24 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20061 DO - 10.1002/humu.20061 ID - Hoogendoorn2004 ER - TY - JOUR AU - Huby, T. AU - Dachet, C. AU - Lawn, R. M. AU - Wickings, J. AU - Chapman, M. J. AU - Thillet, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Functional analysis of the chimpanzee and human apo(a) promoter sequences: identification of sequence variations responsible for elevated transcriptional activity in chimpanzee JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M102204200 DO - 10.1074/jbc.M102204200 ID - Huby2001 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, Y. AU - Yamashita, R. AU - Sugano, S. AU - Nakai, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - DBTSS, DataBase of Transcriptional Start Sites: progress report 2004 JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh076 DO - 10.1093/nar/gkh076 ID - Suzuki2004 ER - TY - JOUR AU - Xie, X. AU - Lu, J. AU - Kulbokas, E. J. AU - Golub, T. R. AU - Mootha, V. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Lander, E. S. AU - Kellis, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3' UTRs by comparison of several mammals JO - Nature VL - 434 UR - https://doi.org/10.1038/nature03441 DO - 10.1038/nature03441 ID - Xie2005 ER - TY - JOUR AU - Rockman, M. V. AU - Wray, G. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Abundant raw material for cis-regulatory evolution in humans JO - Mol Biol Evol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004023 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004023 ID - Rockman2002 ER - TY - JOUR AU - Cowles, C. R. AU - Hirschhorn, J. N. AU - Altshuler, D. AU - Lander, E. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Detection of regulatory variation in mouse genes JO - Nat Genet VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/ng992 DO - 10.1038/ng992 ID - Cowles2002 ER - TY - JOUR AU - Lo, H. S. AU - Wang, Z. AU - Hu, Y. AU - Yang, H. H. AU - Gere, S. AU - Buetow, K. H. AU - Lee, M. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Allelic variation in gene expression is common in the human genome JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.885403 DO - 10.1101/gr.885403 ID - Lo2003 ER - TY - JOUR AU - Preuss, T. M. AU - Caceres, M. AU - Oldham, M. C. AU - Geschwind, D. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human brain evolution: insights from microarrays JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1469 DO - 10.1038/nrg1469 ID - Preuss2004 ER - TY - CHAP AU - Khaitovich, P. AU - Hellmann, I. AU - Enard, W. AU - Nowick, K. AU - Leinweber, M. AU - Franz, H. AU - Weiss, G. AU - Lachmann, M. AU - Pääbo, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Parallel patterns of evolution in the genomes and transcriptomes of humans and chimpanzees BT - Science ID - Khaitovich2005 ER - TY - JOUR AU - Chesler, E. J. AU - Lu, L. AU - Shou, S. AU - Qu, Y. AU - Gu, J. AU - Wang, J. AU - Hsu, H. C. AU - Mountz, J. D. AU - Baldwin, N. E. AU - Langston, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complex trait analysis of gene expression uncovers polygenic and pleiotropic networks that modulate nervous system function JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1518 DO - 10.1038/ng1518 ID - Chesler2005 ER - TY - JOUR AU - Keightley, P. D. AU - Lercher, M. J. AU - Eyre-Walker, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence for widespread degradation of gene control regions in hominid genomes JO - PLoS Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030042 DO - 10.1371/journal.pbio.0030042 ID - Keightley2005 ER - TY - JOUR AU - Ludwig, M. Z. AU - Bergman, C. AU - Patel, N. H. AU - Kreitman, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Evidence for stabilizing selection in a eukaryotic enhancer element JO - Nature VL - 403 UR - https://doi.org/10.1038/35000615 DO - 10.1038/35000615 ID - Ludwig2000 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, Y. AU - Yamashita, R. AU - Nakai, K. AU - Sugano, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - DBTSS: DataBase of human Transcriptional Start Sites and full-length cDNAs JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.328 DO - 10.1093/nar/30.1.328 ID - Suzuki2002 ER - TY - JOUR AU - Rozen, S. AU - Skaletsky, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers JO - Methods Mol Biol VL - 132 ID - Rozen2000 ER -