TY - JOUR AU - Hogenesch, J. B. AU - Ching, K. A. AU - Batalov, S. AU - Su, A. I. AU - Walker, J. R. AU - Zhou, Y. AU - Kay, S. A. AU - Schultz, P. G. AU - Cooke, M. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - A comparison of the Celera and Ensembl predicted gene sets reveals little overlap in novel genes. JO - Cell VL - 106 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(01)00467-6 DO - 10.1016/S0092-8674(01)00467-6 ID - Hogenesch2001 ER - TY - JOUR AU - Daly, M. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Estimating the human gene count. JO - Cell VL - 109 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(02)00742-0 DO - 10.1016/S0092-8674(02)00742-0 ID - Daly2002 ER - TY - JOUR AU - Adams, M. D. AU - Celniker, S. E. AU - Holt, R. A. AU - Evans, C. A. AU - Gocayne, J. D. AU - Amanatides, P. G. AU - Scherer, S. E. AU - Li, P. W. AU - Hoskins, R. A. AU - Galle, R. F. PY - 2000 DA - 2000// TI - The genome sequence of Drosophila melanogaster. JO - Science VL - 287 UR - https://doi.org/10.1126/science.287.5461.2185 DO - 10.1126/science.287.5461.2185 ID - Adams2000 ER - TY - JOUR AU - Karlin, S. AU - Bergman, A. AU - Gentles, A. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genomics. Annotation of the Drosophilagenome. JO - Nature VL - 411 UR - https://doi.org/10.1038/35077152 DO - 10.1038/35077152 ID - Karlin2001 ER - TY - JOUR AU - Gopal, S. AU - Schroeder, M. AU - Pieper, U. AU - Sczyrba, A. AU - Aytekin-Kurban, G. AU - Bekiranov, S. AU - Fajardo, J. E. AU - Eswar, N. AU - Sanchez, R. AU - Sali, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Homology-based annotation yields 1,042 new candidate genes in the Drosophila melanogastergenome. JO - Nat Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/85922 DO - 10.1038/85922 ID - Gopal2001 ER - TY - JOUR AU - Andrews, J. AU - Bouffard, G. G. AU - Cheadle, C. AU - Lu, J. AU - Becker, K. G. AU - Oliver, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene discovery using computational and microarray analysis of transcription in the Drosophila melanogastertestis. JO - Genome Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1101/gr.10.12.2030 DO - 10.1101/gr.10.12.2030 ID - Andrews2000 ER - TY - JOUR AU - Posey, K. L. AU - Jones, L. B. AU - Cerda, R. AU - Bajaj, M. AU - Huynh, T. AU - Hardin, P. E. AU - Hardin, S. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Survey of transcripts in the adult Drosophilabrain. JO - Genome Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2001-2-3-research0008 DO - 10.1186/gb-2001-2-3-research0008 ID - Posey2001 ER - TY - JOUR AU - Morin, X. AU - Daneman, R. AU - Zavortink, M. AU - Chia, W. PY - 2001 DA - 2001// TI - A protein trap strategy to detect GFP-tagged proteins expressed from their endogenous loci in Drosophila. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.261408198 DO - 10.1073/pnas.261408198 ID - Morin2001 ER - TY - JOUR AU - Misra, S. AU - Crosby, M. A. AU - Mungall, C. J. AU - Matthews, B. B. AU - Campbell, K. S. AU - Hradecky, P. AU - Huang, Y. AU - Kaminker, J. S. AU - Millburn, G. H. AU - Prochnik, S. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Annotation of the Drosophila melanogastereuchromatic genome: a systematic review. JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-12-research0083 DO - 10.1186/gb-2002-3-12-research0083 ID - Misra2002 ER - TY - JOUR AU - Reese, M. G. AU - Kulp, D. AU - Tammana, H. AU - Haussler, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genie - gene finding in Drosophila melanogaster. JO - Genome Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1101/gr.10.4.529 DO - 10.1101/gr.10.4.529 ID - Reese2000 ER - TY - JOUR AU - Burge, C. AU - Karlin, S. PY - 1997 DA - 1997// TI - Prediction of complete gene structures in human genomic DNA. JO - J Mol Biol VL - 268 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1997.0951 DO - 10.1006/jmbi.1997.0951 ID - Burge1997 ER - TY - JOUR AU - Holt, R. A. AU - Subramanian, G. M. AU - Halpern, A. AU - Sutton, G. G. AU - Charlab, R. AU - Nusskern, D. R. AU - Wincker, P. AU - Clark, A. G. AU - Ribeiro, J. M. AU - Wides, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae. JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1076181 DO - 10.1126/science.1076181 ID - Holt2002 ER - TY - STD TI - Drosophila pseudoobscura Genome Project. [http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/drosophila/] UR - http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/drosophila/ ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Shoemaker, D. D. AU - Schadt, E. E. AU - Armour, C. D. AU - He, Y. D. AU - Garrett-Engele, P. AU - McDonagh, P. D. AU - Loerch, P. M. AU - Leonardson, A. AU - Lum, P. Y. AU - Cavet, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Experimental annotation of the human genome using microarray technology. JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057141 DO - 10.1038/35057141 ID - Shoemaker2001 ER - TY - JOUR AU - Rubin, G. M. AU - Hong, L. AU - Brokstein, P. AU - Evans-Holm, M. AU - Frise, E. AU - Stapleton, M. AU - Harvey, D. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - A Drosophilacomplementary DNA resource. JO - Science VL - 287 UR - https://doi.org/10.1126/science.287.5461.2222 DO - 10.1126/science.287.5461.2222 ID - Rubin2000 ER - TY - JOUR AU - Salamov, A. A. AU - Solovyev, V. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - Ab initio gene finding in Drosophilagenomic DNA. JO - Genome Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1101/gr.10.4.516 DO - 10.1101/gr.10.4.516 ID - Salamov2000 ER - TY - JOUR AU - Haas, S. A. AU - Beissbarth, T. AU - Rivals, E. AU - Krause, A. AU - Vingron, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - GeneNest: automated generation and visualization of gene indices. JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02116-8 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02116-8 ID - Haas2000 ER - TY - JOUR AU - Haas, S. A. AU - Hild, M. AU - Wright, A. P. H. AU - Hain, T. AU - Talibi, D. AU - Vingron, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome-scale design of PCR primers and long oligomers for DNA microarrays. JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg752 DO - 10.1093/nar/gkg752 ID - Haas2003 ER - TY - JOUR AU - Fellenberg, K. AU - Hauser, N. C. AU - Brors, B. AU - Neutzner, A. AU - Hoheisel, J. D. AU - Vingron, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Correspondence analysis applied to microarray data. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.181597298 DO - 10.1073/pnas.181597298 ID - Fellenberg2001 ER - TY - JOUR AU - Arbeitman, M. N. AU - Furlong, E. E. AU - Imam, F. AU - Johnson, E. AU - Null, B. H. AU - Baker, B. S. AU - Krasnow, M. A. AU - Scott, M. P. AU - Davis, R. W. AU - White, K. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene expression during the life-cycle of Drosophila melanogaster. JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1072152 DO - 10.1126/science.1072152 ID - Arbeitman2002 ER - TY - JOUR AU - White, K. P. AU - Rifkin, S. A. AU - Hurban, P. AU - Hogness, D. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Microarray analysis of Drosophiladevelopment during metamorphosis. JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5447.2179 DO - 10.1126/science.286.5447.2179 ID - White1999 ER - TY - JOUR AU - Furlong, E. E. AU - Andersen, E. C. AU - Null, B. AU - White, K. P. AU - Scott, M. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Patterns of gene expression during Drosophilamesoderm development. JO - Science VL - 293 UR - https://doi.org/10.1126/science.1062660 DO - 10.1126/science.1062660 ID - Furlong2001 ER - TY - JOUR AU - Tomancak, P. AU - Beaton, A. AU - Weiszmann, R. AU - Kwan, E. AU - Shu, S. AU - Lewis, S. E. AU - Richards, S. AU - Ashburner, M. AU - Hartenstein, V. AU - Celniker, S. E. AU - Rubin, G. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Systematic determination of patterns of gene expression during Drosophilaembryogenesis. JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-12-research0088 DO - 10.1186/gb-2002-3-12-research0088 ID - Tomancak2002 ER - TY - STD TI - The Heidelberg Prediction in situ patterns. [http://HDFlyArray.zmbh.uni-heidelberg.de/cgi-bin/insitu.pl] UR - http://HDFlyArray.zmbh.uni-heidelberg.de/cgi-bin/insitu.pl ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Stapleton, M. AU - Liao, G. AU - Brokstein, P. AU - Hong, L. AU - Carninci, P. AU - Shiraki, T. AU - Hayashizaki, Y. AU - Champe, M. AU - Pacleb, J. AU - Wan, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Drosophila gene collection: identification of putative full-length cDNAs for 70% of D. melanogastergenes. JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.269102 DO - 10.1101/gr.269102 ID - Stapleton2002 ER - TY - JOUR AU - Reboul, J. AU - Vaglio, P. AU - Rual, J. F. AU - Lamesch, P. AU - Martinez, M. AU - Armstrong, C. M. AU - Li, S. AU - Jacotot, L. AU - Bertin, N. AU - Janky, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - C. elegansORFeome version 1.1: experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1140 DO - 10.1038/ng1140 ID - Reboul2003 ER - TY - JOUR AU - Stein, L. D. AU - Mungall, C. AU - Shu, S. AU - Caudy, M. AU - Mangone, M. AU - Day, A. AU - Nickerson, E. AU - Stajich, J. E. AU - Harris, T. W. AU - Arva, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - The generic genome browser: a building block for a model organism system database. JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.403602 DO - 10.1101/gr.403602 ID - Stein2002 ER - TY - STD TI - The Heidelberg FlyArray GBrowser. [http://HDFlyArray.zmbh.uni-heidelberg.de/cgi-bin/gbrowse] UR - http://HDFlyArray.zmbh.uni-heidelberg.de/cgi-bin/gbrowse ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Jaillon, O. AU - Dossat, C. AU - Eckenberg, R. AU - Eiglmeier, K. AU - Segurens, B. AU - Aury, J. M. AU - Roth, C. W. AU - Scarpelli, C. AU - Brey, P. T. AU - Weissenbach, J. AU - Wincker, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Assessing the Drosophila melanogaster and Anopheles gambiaegenome annotations using genome-wide sequence comparisons. JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.922503 DO - 10.1101/gr.922503 ID - Jaillon2003 ER - TY - STD TI - Exofish between the genome of Anopheles and the genome of Drosophila. [http://www.genoscope.cns.fr/externe/Fly/] UR - http://www.genoscope.cns.fr/externe/Fly/ ID - ref30 ER - TY - JOUR PY - 2003 DA - 2003// TI - The FlyBase database of the Drosophilagenome projects and community literature. JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg094 DO - 10.1093/nar/gkg094 ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Krause, A. AU - Haas, S. A. AU - Coward, E. AU - Vingron, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - SYSTERS, GeneNest, SpliceNest: exploring sequence space from genome to protein. JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.299 DO - 10.1093/nar/30.1.299 ID - Krause2002 ER - TY - JOUR AU - Coward, E. AU - Haas, S. A. AU - Vingron, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - SpliceNest: visualizing gene structure and alternative splicing based on EST clusters. JO - Trends Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(01)02525-2 DO - 10.1016/S0168-9525(01)02525-2 ID - Coward2002 ER - TY - JOUR AU - Krause, A. AU - Stoye, J. AU - Vingron, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - The SYSTERS protein sequence cluster set. JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.270 DO - 10.1093/nar/28.1.270 ID - Krause2000 ER - TY - STD TI - GenomePride. [http://pride.molgen.mpg.de] UR - http://pride.molgen.mpg.de ID - ref35 ER - TY - STD TI - Microarray data warehouse and analysis tools. [http://www.mchips.org] UR - http://www.mchips.org ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Fellenberg, K. AU - Hauser, N. C. AU - Brors, B. AU - Hoheisel, J. D. AU - Vingron, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Microarray data warehouse allowing for inclusion of experiment annotations in statistical analysis. JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.3.423 DO - 10.1093/bioinformatics/18.3.423 ID - Fellenberg2002 ER - TY - STD TI - Berkeley Drosophila Genome Project. [http://www.fruitfly.org/] UR - http://www.fruitfly.org/ ID - ref38 ER - TY - STD TI - BDGP Download Miscellaneous Drosophila Sequences. [http://www.fruitfly.org/sequence/dlMisc.shtml] UR - http://www.fruitfly.org/sequence/dlMisc.shtml ID - ref39 ER -