TY - JOUR AU - Sachs, J. AU - Malaney, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - The economic and social burden of malaria. JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415680a DO - 10.1038/415680a ID - Sachs2002 ER - TY - JOUR AU - Ridley, R. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Medical need, scientific opportunity and the drive for antimalarial drugs. JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415686a DO - 10.1038/415686a ID - Ridley2002 ER - TY - JOUR AU - Richie, T. L. AU - Saul, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Progress and challenges for malaria vaccines. JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415694a DO - 10.1038/415694a ID - Richie2002 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berrlman, M. AU - Hyman, R. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. AU - Bowman, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - STD TI - PlasmoDB: The Plasmodium Genome Resource. [http://plasmodb.org] UR - http://plasmodb.org ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Bahl, A. AU - Brunk, B. AU - Coppel, R. L. AU - Crabtree, J. AU - Diskin, S. J. AU - Fraunholz, M. J. AU - Grant, G. R. AU - Gupta, D. AU - Huestis, R. L. AU - Kissinger, J. C. PY - 2002 DA - 2002// TI - PlasmoDB: the Plasmodiumgenome resource. An integrated database providing tools for accessing, analyzing and mapping expression and sequence data (both finished and unfinished). JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.87 DO - 10.1093/nar/30.1.87 ID - Bahl2002 ER - TY - JOUR AU - Deitsch, K. AU - Driskill, C. AU - Wellems, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - Transformation of malaria parasites by the spontaneous uptake and expression of DNA from human erythrocytes. JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.3.850 DO - 10.1093/nar/29.3.850 ID - Deitsch2001 ER - TY - JOUR AU - DeRisi, J. AU - Penland, L. AU - Brown, P. O. AU - Bittner, M. L. AU - Meltzer, P. S. AU - Ray, M. AU - Chen, Y. AU - Su, Y. A. AU - Trent, J. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Use of a cDNA microarray to analyse gene expression patterns in human cancer. JO - Nat Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/ng1296-457 DO - 10.1038/ng1296-457 ID - DeRisi1996 ER - TY - JOUR AU - DeRisi, J. L. AU - Iyer, V. R. AU - Brown, P. O. PY - 1997 DA - 1997// TI - Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale. JO - Science VL - 278 UR - https://doi.org/10.1126/science.278.5338.680 DO - 10.1126/science.278.5338.680 ID - DeRisi1997 ER - TY - JOUR AU - Sorlie, T. AU - Perou, C. M. AU - Tibshirani, R. AU - Aas, T. AU - Geisler, S. AU - Johnsen, H. AU - Hastie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.191367098 DO - 10.1073/pnas.191367098 ID - Sorlie2001 ER - TY - JOUR AU - Hughes, T. R. AU - Marton, M. J. AU - Jones, A. R. AU - Roberts, C. J. AU - Stoughton, R. AU - Armour, C. D. AU - Bennett, H. A. AU - Coffey, E. AU - Dai, H. AU - He, Y. D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Functional discovery via a compendium of expression profiles. JO - Cell VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00015-5 DO - 10.1016/S0092-8674(00)00015-5 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Marton, M. J. AU - DeRisi, J. L. AU - Bennett, H. A. AU - Iyer, V. R. AU - Meyer, M. R. AU - Roberts, C. J. AU - Stoughton, R. AU - Burchard, J. AU - Slade, D. AU - Dai, H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Drug target validation and identification of secondary drug target effects using DNA microarrays. JO - Nat Med VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/3282 DO - 10.1038/3282 ID - Marton1998 ER - TY - JOUR AU - Spellman, P. T. AU - Sherlock, G. AU - Zhang, M. Q. AU - Iyer, V. R. AU - Anders, K. AU - Eisen, M. B. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. AU - Futcher, B. PY - 1998 DA - 1998// TI - Comprehensive identification of cell cycle-regulated genes of the yeast Saccharomyces cerevisiaeby microarray hybridization. JO - Mol Biol Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.9.12.3273 DO - 10.1091/mbc.9.12.3273 ID - Spellman1998 ER - TY - JOUR AU - de Avalos, S. V. AU - Blader, I. J. AU - Fisher, M. AU - Boothroyd, J. C. AU - Burleigh, B. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Immediate/early response to Trypanosoma cruzi infection involves minimal modulation of host cell transcription JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109037200 DO - 10.1074/jbc.M109037200 ID - de Avalos2002 ER - TY - JOUR AU - Ben Mamoun, C. AU - Gluzman, I. Y. AU - Hott, C. AU - MacMillan, S. K. AU - Amarakone, A. S. AU - Anderson, D. L. AU - Carlton, J. M. AU - Dame, J. B. AU - Chakrabarti, D. AU - Martin, R. K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Co-ordinated programme of gene expression during asexual intraerythrocytic development of the human malaria parasite Plasmodium falciparumrevealed by microarray analysis. JO - Mol Microbiol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02222.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2001.02222.x ID - Ben Mamoun2001 ER - TY - JOUR AU - Hayward, R. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Plasmodium falciparumphosphoenolpyruvate carboxykinase is developmentally regulated in gametocytes. JO - Mol Biochem Parasitol VL - 107 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(00)00191-2 DO - 10.1016/S0166-6851(00)00191-2 ID - Hayward2000 ER - TY - JOUR AU - Hayward, R. E. AU - Derisi, J. L. AU - Alfadhli, S. AU - Kaslow, D. C. AU - Brown, P. O. AU - Rathod, P. K. PY - 2000 DA - 2000// TI - Shotgun DNA microarrays and stage-specific gene expression in Plasmodium falciparummalaria. JO - Mol Microbiol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2000.01730.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2000.01730.x ID - Hayward2000 ER - TY - STD TI - The Sanger Centre Plasmodium falciparum Genome Project. [http://www.sanger.ac.uk/Projects/P_falciparum] UR - http://www.sanger.ac.uk/Projects/P_falciparum ID - ref18 ER - TY - STD TI - Stanford Genome Technology Center Malaria Genome Project. [http://sequence-www.stanford.edu/group/malaria/index.html] UR - http://sequence-www.stanford.edu/group/malaria/index.html ID - ref19 ER - TY - STD TI - TIGR Plasmodium falciparum Genome Database (PFDB). [http://www.tigr.org/tdb/edb2/pfa1/htmls] UR - http://www.tigr.org/tdb/edb2/pfa1/htmls ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Tettelin, H. AU - Carucci, D. J. AU - Cummings, L. M. AU - Aravind, L. AU - Koonin, E. V. AU - Shallom, S. AU - Mason, T. AU - Yu, K. AU - Fujii, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - Chromosome 2 sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. JO - Science VL - 282 UR - https://doi.org/10.1126/science.282.5391.1126 DO - 10.1126/science.282.5391.1126 ID - Gardner1998 ER - TY - JOUR AU - Salzberg, S. L. AU - Pertea, M. AU - Delcher, A. L. AU - Gardner, M. J. AU - Tettelin, H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Interpolated Markov models for eukaryotic gene finding. JO - Genomics VL - 59 UR - https://doi.org/10.1006/geno.1999.5854 DO - 10.1006/geno.1999.5854 ID - Salzberg1999 ER - TY - STD TI - Joseph DeRisi lab: web supplement. [http://derisilab.ucsf.edu/falciparum] UR - http://derisilab.ucsf.edu/falciparum ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Smith, T. F. AU - Waterman, M. S. PY - 1981 DA - 1981// TI - Identification of common molecular subsequences. JO - J Mol Biol VL - 147 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(81)90087-5 DO - 10.1016/0022-2836(81)90087-5 ID - Smith1981 ER - TY - JOUR AU - Hughes, T. R. AU - Mao, M. AU - Jones, A. R. AU - Burchard, J. AU - Marton, M. J. AU - Shannon, K. W. AU - Lefkowitz, S. M. AU - Ziman, M. AU - Schelter, J. M. AU - Meyer, M. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Expression profiling using microarrays fabricated by an ink-jet oligonucleotide synthesizer. JO - Nat Biotechnol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/86730 DO - 10.1038/86730 ID - Hughes2001 ER - TY - STD TI - ArrayOligoSelector. [http://arrayoligosel.sourceforge.net] UR - http://arrayoligosel.sourceforge.net ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Lockhart, D. J. AU - Dong, H. AU - Byrne, M. C. AU - Follettie, M. T. AU - Gallo, M. V. AU - Chee, M. S. AU - Mittmann, M. AU - Wang, C. AU - Kobayashi, M. AU - Horton, H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Expression monitoring by hybridization to high-density oligonucleotide arrays. JO - Nat Biotechnol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1296-1675 DO - 10.1038/nbt1296-1675 ID - Lockhart1996 ER - TY - JOUR AU - Rouillard, J. -. M. AU - Herbert, C. J. AU - Zuker, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - OligoArray: genome-scale oligonucleotide design for microarrays. JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.3.486 DO - 10.1093/bioinformatics/18.3.486 ID - Rouillard2002 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool. JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Jaeger, J. AU - Turner, D. H. AU - Zuker, M. PY - 1989 DA - 1989// TI - Improved predictions of secondary structures for RNA. JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 86 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.86.20.7706 DO - 10.1073/pnas.86.20.7706 ID - Jaeger1989 ER - TY - JOUR AU - Allawi, H. T. AU - SantaLucia, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Nearest neighbor thermodynamic parameters for internal G.A mismatches in DNA. JO - Biochemistry VL - 37 UR - https://doi.org/10.1021/bi9724873 DO - 10.1021/bi9724873 ID - Allawi1998 ER - TY - JOUR AU - Lyngso, R. B. AU - Zuker, M. AU - Pedersen, C. N. PY - 1999 DA - 1999// TI - Fast evaluation of internal loops in RNA secondary structure prediction. JO - Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.6.440 DO - 10.1093/bioinformatics/15.6.440 ID - Lyngso1999 ER - TY - JOUR AU - Peritz, A. E. AU - Kierzek, R. AU - Sugimoto, N. AU - Turner, D. H. PY - 1991 DA - 1991// TI - Thermodynamic study of internal loops in oligoribonucleotides: symmetric loops are more stable than asymmetric loops. JO - Biochemistry VL - 30 UR - https://doi.org/10.1021/bi00240a013 DO - 10.1021/bi00240a013 ID - Peritz1991 ER - TY - JOUR AU - Peyret, N. AU - Seneviratne, P. A. AU - Allawi, H. T. AU - Santa Lucia, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Nearest-neighbor thermodynamics and NMR of DNA sequences with internal A.A, C.C, G.G, and T.T mismatches. JO - Biochemistry VL - 38 UR - https://doi.org/10.1021/bi9825091 DO - 10.1021/bi9825091 ID - Peyret1999 ER - TY - JOUR AU - Sugimoto, N. AU - Nakano, S. AU - Yoneyama, M. AU - Honda, K. PY - 1996 DA - 1996// TI - Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predict stability of DNA duplexes. JO - Nucleic Acids Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/nar/24.22.4501 DO - 10.1093/nar/24.22.4501 ID - Sugimoto1996 ER - TY - JOUR AU - Ziv, J. AU - Lempel, A. PY - 1977 DA - 1977// TI - A universal algorithm for sequential data compression. JO - IEEE Trans Inf Theory VL - 23 UR - https://doi.org/10.1109/TIT.1977.1055714 DO - 10.1109/TIT.1977.1055714 ID - Ziv1977 ER - TY - JOUR AU - Kumar, V. P. AU - Datta, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Use of variability in the stage-specific transcription levels of Plasmodium falciparumin the selection of target genes. JO - Parasitol Int VL - 50 UR - https://doi.org/10.1016/S1383-5769(01)00075-7 DO - 10.1016/S1383-5769(01)00075-7 ID - Kumar2001 ER - TY - JOUR AU - Certa, U. AU - Ghersa, P. AU - Dobeli, H. AU - Matile, H. AU - Kocher, H. P. AU - Shrivastava, I. K. AU - Shaw, A. R. AU - Perrin, L. H. PY - 1988 DA - 1988// TI - Aldolase activity of a Plasmodium falciparumprotein with protective properties. JO - Science VL - 240 UR - https://doi.org/10.1126/science.3285469 DO - 10.1126/science.3285469 ID - Certa1988 ER - TY - JOUR AU - Bowman, S. AU - Lawson, D. AU - Basham, D. AU - Brown, D. AU - Chillingworth, T. AU - Churcher, C. M. AU - Craig, A. AU - Davies, R. M. AU - Devlin, K. AU - Feltwell, T. PY - 1999 DA - 1999// TI - The complete nucleotide sequence of chromosome 3 of Plasmodium falciparum. JO - Nature VL - 400 UR - https://doi.org/10.1038/22964 DO - 10.1038/22964 ID - Bowman1999 ER - TY - JOUR AU - Vinkenoog, R. AU - Speranca, M. A. AU - van Breemen, O. AU - Ramesar, J. AU - Williamson, D. H. AU - Ross-MacDonald, P. B. AU - Thomas, A. W. AU - Janse, C. J. AU - del Portillo, H. A. AU - Waters, A. P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Malaria parasites contain two identical copies of an elongation factor 1 alpha gene. JO - Mol Biochem Parasitol VL - 94 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(98)00035-8 DO - 10.1016/S0166-6851(98)00035-8 ID - Vinkenoog1998 ER - TY - JOUR AU - Song, P. AU - Malhotra, P. AU - Tuteja, N. AU - Chauhan, V. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - RNA helicase-related genes of Plasmodium falciparum and Plasmodium cynomolgi. JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 255 UR - https://doi.org/10.1006/bbrc.1999.0204 DO - 10.1006/bbrc.1999.0204 ID - Song1999 ER - TY - JOUR AU - Watanabe, J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Cloning and characterization of heat shock protein DnaJ homologues from Plasmodium falciparumand comparison with ring infected erythrocyte surface antigen. JO - Mol Biochem Parasitol VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(97)00073-X DO - 10.1016/S0166-6851(97)00073-X ID - Watanabe1997 ER - TY - JOUR AU - Joachimiak, M. P. AU - Chang, C. AU - Rosenthal, P. J. AU - Cohen, F. E. PY - 2001 DA - 2001// TI - The impact of whole genome sequence data on drug discovery - a malaria case study. JO - Mol Med VL - 7 ID - Joachimiak2001 ER - TY - JOUR AU - Coombs, G. H. AU - Goldberg, D. E. AU - Klemba, M. AU - Berry, C. AU - Kay, J. AU - Mottram, J. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Aspartic proteases of Plasmodium falciparum and other parasitic protozoa as drug targets. JO - Trends Parasitol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/S1471-4922(01)02037-2 DO - 10.1016/S1471-4922(01)02037-2 ID - Coombs2001 ER - TY - JOUR AU - Pinder, J. AU - Fowler, R. AU - Bannister, L. AU - Dluzewski, A. AU - Mitchell, G. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Motile systems in malaria merozoites: how is the red blood cell invaded? JO - Parasitol Today VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-4758(00)01664-1 DO - 10.1016/S0169-4758(00)01664-1 ID - Pinder2000 ER - TY - JOUR AU - McColl, D. J. AU - Silva, A. AU - Foley, M. AU - Kun, J. F. AU - Favaloro, J. M. AU - Thompson, J. K. AU - Marshall, V. M. AU - Coppel, R. L. AU - Kemp, D. J. AU - Anders, R. F. PY - 1994 DA - 1994// TI - Molecular variation in a novel polymorphic antigen associated with Plasmodium falciparummerozoites. JO - Mol Biochem Parasitol VL - 68 UR - https://doi.org/10.1016/0166-6851(94)00149-9 DO - 10.1016/0166-6851(94)00149-9 ID - McColl1994 ER - TY - JOUR AU - de Stricker, K. AU - Vuust, J. AU - Jepsen, S. AU - Oeuvray, C. AU - Theisen, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Conservation and heterogeneity of the glutamate-rich protein (GLURP) among field isolates and laboratory lines of Plasmodium falciparum. JO - Mol Biochem Parasitol VL - 111 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(00)00304-2 DO - 10.1016/S0166-6851(00)00304-2 ID - de Stricker2000 ER - TY - JOUR AU - Patankar, S. AU - Munasinghe, A. AU - Shoaibi, A. AU - Cummings, L. M. AU - Wirth, D. F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Serial analysis of gene expression in Plasmodium falciparumreveals the global expression profile of erythrocytic stages and the presence of antisense transcripts in the malarial parasite. JO - Mol Biol Cell VL - 12 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.12.10.3114 DO - 10.1091/mbc.12.10.3114 ID - Patankar2001 ER - TY - JOUR AU - van Lin, L. H. AU - Pace, T. AU - Janse, C. J. AU - Birago, C. AU - Ramesar, J. AU - Picci, L. AU - Ponzi, M. AU - Waters, A. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Interspecies conservation of gene order and intron-exon structure in a genomic locus of high gene density and complexity in Plasmodium. JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.10.2059 DO - 10.1093/nar/29.10.2059 ID - van Lin2001 ER - TY - JOUR AU - Van Dooren, G. G. AU - Su, V. AU - DiOmbrain, M. C. AU - McFadden, G. I. PY - 2002 DA - 2002// TI - Processing of an apicoplast leader sequence in Plasmodium falciparum, and the identification of a putative leader cleavage enzyme. JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M201748200 DO - 10.1074/jbc.M201748200 ID - Van Dooren2002 ER - TY - JOUR AU - Iyer, V. R. AU - Horak, C. E. AU - Scafe, C. S. AU - Botstein, D. AU - Snyder, M. AU - Brown, P. O. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genomic binding sites of the yeast cell-cycle transcription factors SBF and MBF. JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35054095 DO - 10.1038/35054095 ID - Iyer2001 ER - TY - JOUR AU - Horrocks, P. AU - Dechering, K. AU - Lanzer, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Control of gene expression in Plasmodium falciparum. JO - Mol Biochem Parasitol VL - 95 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(98)00110-8 DO - 10.1016/S0166-6851(98)00110-8 ID - Horrocks1998 ER - TY - JOUR AU - Eisen, M. B. AU - Brown, P. O. PY - 1999 DA - 1999// TI - DNA arrays for analysis of gene expression. JO - Methods Enzymol VL - 303 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(99)03014-1 DO - 10.1016/S0076-6879(99)03014-1 ID - Eisen1999 ER - TY - JOUR AU - Trager, W. AU - Jensen, J. B. PY - 1976 DA - 1976// TI - Human malaria parasites in continuous culture. JO - Science VL - 193 UR - https://doi.org/10.1126/science.781840 DO - 10.1126/science.781840 ID - Trager1976 ER - TY - STD TI - Microarrays: source for microarray protocols and software. [http://derisilab.ucsf.edu/microarray/index.html] UR - http://derisilab.ucsf.edu/microarray/index.html ID - ref55 ER - TY - BOOK AU - Sambrook, J. AU - Fritsch, E. F. AU - Maniatis, T. PY - 1989 DA - 1989// TI - Molecular Cloning, a Laboratory Manual PB - Cold Spring Harbor Press CY - Cold Spring Harbor, NY ID - Sambrook1989 ER -