Skip to main content

Table 2 Strongest nucleotide associations in 23-RSS

From: Identification and utilization of arbitrary correlations in models of recombination signal sequences

Correlated positions

Associated nucleotides

Count

Frequency

19:27:30:31:32:33:37

T:G:T:C:A:G:C

16

0.108

 

C:C:T:A:C:C:A

12

0.081

 

A:C:A:A:C:A:A

9

0.061

 

G:C:G:A:C:A:A

8

0.054

 

C:C:T:A:C:A:A

6

0.041

 

T:T:A:A:C:A:A

6

0.041

 

C:C:C:A:C:A:A

5

0.034

 

T:G:T:C:A:G:T

5

0.034

 

A:C:A:G:C:A:A

4

0.027

 

A:C:C:A:C:A:A

4

0.027

 

A:C:C:A:T:A:A

4

0.027

 

T:G:T:C:A:G:A

4

0.027

 

A:C:T:A:C:A:A

3

0.020

 

G:G:T:C:A:G:A

3

0.020

 

C:C:T:G:C:A:A

3

0.020

 

C:T:A:A:C:T:A

3

0.020

 

T:C:T:A:C:A:A

3

0.020

 

A:T:A:A:C:A:A

2

0.014

 

C:A:A:A:C:A:A

2

0.014

 

C:A:C:C:T:C:G

2

0.014

 

C:C:C:A:C:C:A

2

0.014

 

C:C:T:A:A:C:A

2

0.014

 

C:C:T:A:C:T:A

2

0.014

 

C:C:T:C:C:T:A

2

0.014

 

C:C:T:T:C:A:A

2

0.014

 

T:G:T:A:C:A:A

2

0.014

 

T:C:G:A:C:A:A

2

0.014

 

T:C:T:T:A:C:A

2

0.014

 

T:T:A:C:T:A:C

2

0.014

 

A:A:G:G:A:C:G

1

0.007

 

A:G:C:A:G:A:A

1

0.007

 

A:C:G:C:A:C:T

1

0.007

 

A:C:T:G:C:A:A

1

0.007

 

A:T:G:A:C:A:A

1

0.007

 

A:T:T:A:C:A:A

1

0.007

 

G:C:A:G:C:G:A

1

0.007

 

G:C:G:A:A:A:A

1

0.007

 

G:C:G:C:C:C:A

1

0.007

 

G:C:C:A:C:A:A

1

0.007

 

G:C:T:A:A:G:A

1

0.007

 

G:C:T:G:C:A:A

1

0.007

 

G:C:T:C:T:C:A

1

0.007

 

G:T:A:C:A:A:C

1

0.007

 

C:C:A:C:A:A:C

1

0.007

 

C:C:G:A:C:A:A

1

0.007

 

C:C:T:A:T:G:A

1

0.007

 

C:T:A:G:C:A:A

1

0.007

 

C:T:C:A:C:A:A

1

0.007

 

T:G:T:C:A:C:C

1

0.007

 

T:G:T:T:A:G:C

1

0.007

 

T:C:C:A:C:A:A

1

0.007

 

T:C:T:G:C:A:A

1

0.007

 

T:T:G:G:C:A:A

1

0.007

 

T:T:G:C:A:G:C

1

0.007

 

T:T:G:T:C:A:A

1

0.007

8:09:21

T:T:C

34

0.222

 

A:G:G

24

0.157

 

C:T:T

21

0.137

 

G:T:C

7

0.046

 

G:T:G

6

0.039

 

A:G:T

5

0.033

 

T:G:G

5

0.033

 

T:T:A

5

0.033

 

A:C:G

4

0.026

 

A:T:T

4

0.026

 

G:C:G

4

0.026

 

T:G:T

4

0.026

 

C:T:A

3

0.020

 

T:C:C

3

0.020

 

T:C:T

3

0.020

 

T:T:G

3

0.020

 

A:C:A

2

0.013

 

G:C:C

2

0.013

 

C:T:G

2

0.013

 

T:C:A

2

0.013

 

T:T:T

2

0.013

 

A:G:A

1

0.007

 

A:C:T

1

0.007

 

A:T:A

1

0.007

 

A:T:G

1

0.007

 

A:T:C

1

0.007

 

G:A:C

1

0.007

 

C:T:C

1

0.007

 

T:G:A

1

0.007

7:24:25

G:A:G

65

0.419355

 

G:A:A

24

0.154839

 

G:G:A

11

0.070968

 

G:C:C

11

0.070968

 

G:C:A

6

0.03871

 

A:A:G

5

0.032258

 

G:A:C

5

0.032258

 

G:T:G

4

0.025806

 

C:T:C

4

0.025806

 

C:T:T

3

0.019355

 

A:A:A

2

0.012903

 

A:C:T

2

0.012903

 

A:T:T

2

0.012903

 

G:G:G

2

0.012903

 

T:T:C

2

0.012903

 

A:C:C

1

0.006452

 

A:T:A

1

0.006452

 

A:T:G

1

0.006452

 

G:T:A

1

0.006452

 

G:T:C

1

0.006452

 

T:G:A

1

0.006452

 

T:T:T

1

0.006452

  1. Details as in Table 1.