From: Identification and utilization of arbitrary correlations in models of recombination signal sequences
Correlated positions | Associated nucleotides | Count | Frequency |
---|---|---|---|
19:27:30:31:32:33:37 | T:G:T:C:A:G:C | 16 | 0.108 |
 | C:C:T:A:C:C:A | 12 | 0.081 |
 | A:C:A:A:C:A:A | 9 | 0.061 |
 | G:C:G:A:C:A:A | 8 | 0.054 |
 | C:C:T:A:C:A:A | 6 | 0.041 |
 | T:T:A:A:C:A:A | 6 | 0.041 |
 | C:C:C:A:C:A:A | 5 | 0.034 |
 | T:G:T:C:A:G:T | 5 | 0.034 |
 | A:C:A:G:C:A:A | 4 | 0.027 |
 | A:C:C:A:C:A:A | 4 | 0.027 |
 | A:C:C:A:T:A:A | 4 | 0.027 |
 | T:G:T:C:A:G:A | 4 | 0.027 |
 | A:C:T:A:C:A:A | 3 | 0.020 |
 | G:G:T:C:A:G:A | 3 | 0.020 |
 | C:C:T:G:C:A:A | 3 | 0.020 |
 | C:T:A:A:C:T:A | 3 | 0.020 |
 | T:C:T:A:C:A:A | 3 | 0.020 |
 | A:T:A:A:C:A:A | 2 | 0.014 |
 | C:A:A:A:C:A:A | 2 | 0.014 |
 | C:A:C:C:T:C:G | 2 | 0.014 |
 | C:C:C:A:C:C:A | 2 | 0.014 |
 | C:C:T:A:A:C:A | 2 | 0.014 |
 | C:C:T:A:C:T:A | 2 | 0.014 |
 | C:C:T:C:C:T:A | 2 | 0.014 |
 | C:C:T:T:C:A:A | 2 | 0.014 |
 | T:G:T:A:C:A:A | 2 | 0.014 |
 | T:C:G:A:C:A:A | 2 | 0.014 |
 | T:C:T:T:A:C:A | 2 | 0.014 |
 | T:T:A:C:T:A:C | 2 | 0.014 |
 | A:A:G:G:A:C:G | 1 | 0.007 |
 | A:G:C:A:G:A:A | 1 | 0.007 |
 | A:C:G:C:A:C:T | 1 | 0.007 |
 | A:C:T:G:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | A:T:G:A:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | A:T:T:A:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | G:C:A:G:C:G:A | 1 | 0.007 |
 | G:C:G:A:A:A:A | 1 | 0.007 |
 | G:C:G:C:C:C:A | 1 | 0.007 |
 | G:C:C:A:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | G:C:T:A:A:G:A | 1 | 0.007 |
 | G:C:T:G:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | G:C:T:C:T:C:A | 1 | 0.007 |
 | G:T:A:C:A:A:C | 1 | 0.007 |
 | C:C:A:C:A:A:C | 1 | 0.007 |
 | C:C:G:A:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | C:C:T:A:T:G:A | 1 | 0.007 |
 | C:T:A:G:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | C:T:C:A:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | T:G:T:C:A:C:C | 1 | 0.007 |
 | T:G:T:T:A:G:C | 1 | 0.007 |
 | T:C:C:A:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | T:C:T:G:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | T:T:G:G:C:A:A | 1 | 0.007 |
 | T:T:G:C:A:G:C | 1 | 0.007 |
 | T:T:G:T:C:A:A | 1 | 0.007 |
8:09:21 | T:T:C | 34 | 0.222 |
 | A:G:G | 24 | 0.157 |
 | C:T:T | 21 | 0.137 |
 | G:T:C | 7 | 0.046 |
 | G:T:G | 6 | 0.039 |
 | A:G:T | 5 | 0.033 |
 | T:G:G | 5 | 0.033 |
 | T:T:A | 5 | 0.033 |
 | A:C:G | 4 | 0.026 |
 | A:T:T | 4 | 0.026 |
 | G:C:G | 4 | 0.026 |
 | T:G:T | 4 | 0.026 |
 | C:T:A | 3 | 0.020 |
 | T:C:C | 3 | 0.020 |
 | T:C:T | 3 | 0.020 |
 | T:T:G | 3 | 0.020 |
 | A:C:A | 2 | 0.013 |
 | G:C:C | 2 | 0.013 |
 | C:T:G | 2 | 0.013 |
 | T:C:A | 2 | 0.013 |
 | T:T:T | 2 | 0.013 |
 | A:G:A | 1 | 0.007 |
 | A:C:T | 1 | 0.007 |
 | A:T:A | 1 | 0.007 |
 | A:T:G | 1 | 0.007 |
 | A:T:C | 1 | 0.007 |
 | G:A:C | 1 | 0.007 |
 | C:T:C | 1 | 0.007 |
 | T:G:A | 1 | 0.007 |
7:24:25 | G:A:G | 65 | 0.419355 |
 | G:A:A | 24 | 0.154839 |
 | G:G:A | 11 | 0.070968 |
 | G:C:C | 11 | 0.070968 |
 | G:C:A | 6 | 0.03871 |
 | A:A:G | 5 | 0.032258 |
 | G:A:C | 5 | 0.032258 |
 | G:T:G | 4 | 0.025806 |
 | C:T:C | 4 | 0.025806 |
 | C:T:T | 3 | 0.019355 |
 | A:A:A | 2 | 0.012903 |
 | A:C:T | 2 | 0.012903 |
 | A:T:T | 2 | 0.012903 |
 | G:G:G | 2 | 0.012903 |
 | T:T:C | 2 | 0.012903 |
 | A:C:C | 1 | 0.006452 |
 | A:T:A | 1 | 0.006452 |
 | A:T:G | 1 | 0.006452 |
 | G:T:A | 1 | 0.006452 |
 | G:T:C | 1 | 0.006452 |
 | T:G:A | 1 | 0.006452 |
 | T:T:T | 1 | 0.006452 |