Skip to main content

Table 2 Strongest nucleotide associations in 23-RSS

From: Identification and utilization of arbitrary correlations in models of recombination signal sequences

Correlated positions Associated nucleotides Count Frequency
19:27:30:31:32:33:37 T:G:T:C:A:G:C 16 0.108
  C:C:T:A:C:C:A 12 0.081
  A:C:A:A:C:A:A 9 0.061
  G:C:G:A:C:A:A 8 0.054
  C:C:T:A:C:A:A 6 0.041
  T:T:A:A:C:A:A 6 0.041
  C:C:C:A:C:A:A 5 0.034
  T:G:T:C:A:G:T 5 0.034
  A:C:A:G:C:A:A 4 0.027
  A:C:C:A:C:A:A 4 0.027
  A:C:C:A:T:A:A 4 0.027
  T:G:T:C:A:G:A 4 0.027
  A:C:T:A:C:A:A 3 0.020
  G:G:T:C:A:G:A 3 0.020
  C:C:T:G:C:A:A 3 0.020
  C:T:A:A:C:T:A 3 0.020
  T:C:T:A:C:A:A 3 0.020
  A:T:A:A:C:A:A 2 0.014
  C:A:A:A:C:A:A 2 0.014
  C:A:C:C:T:C:G 2 0.014
  C:C:C:A:C:C:A 2 0.014
  C:C:T:A:A:C:A 2 0.014
  C:C:T:A:C:T:A 2 0.014
  C:C:T:C:C:T:A 2 0.014
  C:C:T:T:C:A:A 2 0.014
  T:G:T:A:C:A:A 2 0.014
  T:C:G:A:C:A:A 2 0.014
  T:C:T:T:A:C:A 2 0.014
  T:T:A:C:T:A:C 2 0.014
  A:A:G:G:A:C:G 1 0.007
  A:G:C:A:G:A:A 1 0.007
  A:C:G:C:A:C:T 1 0.007
  A:C:T:G:C:A:A 1 0.007
  A:T:G:A:C:A:A 1 0.007
  A:T:T:A:C:A:A 1 0.007
  G:C:A:G:C:G:A 1 0.007
  G:C:G:A:A:A:A 1 0.007
  G:C:G:C:C:C:A 1 0.007
  G:C:C:A:C:A:A 1 0.007
  G:C:T:A:A:G:A 1 0.007
  G:C:T:G:C:A:A 1 0.007
  G:C:T:C:T:C:A 1 0.007
  G:T:A:C:A:A:C 1 0.007
  C:C:A:C:A:A:C 1 0.007
  C:C:G:A:C:A:A 1 0.007
  C:C:T:A:T:G:A 1 0.007
  C:T:A:G:C:A:A 1 0.007
  C:T:C:A:C:A:A 1 0.007
  T:G:T:C:A:C:C 1 0.007
  T:G:T:T:A:G:C 1 0.007
  T:C:C:A:C:A:A 1 0.007
  T:C:T:G:C:A:A 1 0.007
  T:T:G:G:C:A:A 1 0.007
  T:T:G:C:A:G:C 1 0.007
  T:T:G:T:C:A:A 1 0.007
8:09:21 T:T:C 34 0.222
  A:G:G 24 0.157
  C:T:T 21 0.137
  G:T:C 7 0.046
  G:T:G 6 0.039
  A:G:T 5 0.033
  T:G:G 5 0.033
  T:T:A 5 0.033
  A:C:G 4 0.026
  A:T:T 4 0.026
  G:C:G 4 0.026
  T:G:T 4 0.026
  C:T:A 3 0.020
  T:C:C 3 0.020
  T:C:T 3 0.020
  T:T:G 3 0.020
  A:C:A 2 0.013
  G:C:C 2 0.013
  C:T:G 2 0.013
  T:C:A 2 0.013
  T:T:T 2 0.013
  A:G:A 1 0.007
  A:C:T 1 0.007
  A:T:A 1 0.007
  A:T:G 1 0.007
  A:T:C 1 0.007
  G:A:C 1 0.007
  C:T:C 1 0.007
  T:G:A 1 0.007
7:24:25 G:A:G 65 0.419355
  G:A:A 24 0.154839
  G:G:A 11 0.070968
  G:C:C 11 0.070968
  G:C:A 6 0.03871
  A:A:G 5 0.032258
  G:A:C 5 0.032258
  G:T:G 4 0.025806
  C:T:C 4 0.025806
  C:T:T 3 0.019355
  A:A:A 2 0.012903
  A:C:T 2 0.012903
  A:T:T 2 0.012903
  G:G:G 2 0.012903
  T:T:C 2 0.012903
  A:C:C 1 0.006452
  A:T:A 1 0.006452
  A:T:G 1 0.006452
  G:T:A 1 0.006452
  G:T:C 1 0.006452
  T:G:A 1 0.006452
  T:T:T 1 0.006452
  1. Details as in Table 1.