Table 1 Strongest nucleotide associations in 12-RSS
From: Identification and utilization of arbitrary correlations in models of recombination signal sequences
| Correlated positions | Associated nucleotides | Count | Frequency |
|---|---|---|---|
| 7:8:19 | G:A:A | 73 | 0.365 |
| G:C:T | 23 | 0.115 | |
| G:C:A | 17 | 0.085 | |
| G:A:G | 11 | 0.055 | |
| A:G:G | 10 | 0.05 | |
| G:A:T | 9 | 0.045 | |
| A:G:C | 6 | 0.03 | |
| A:T:T | 6 | 0.03 | |
| G:T:T | 6 | 0.03 | |
| G:G:A | 5 | 0.025 | |
| A:A:T | 4 | 0.02 | |
| A:C:T | 4 | 0.02 | |
| A:G:T | 3 | 0.015 | |
| G:A:C | 2 | 0.01 | |
| G:C:G | 2 | 0.01 | |
| G:T:G | 2 | 0.01 | |
| C:A:T | 2 | 0.01 | |
| C:T:G | 2 | 0.01 | |
| C:T:C | 2 | 0.01 | |
| T:A:T | 2 | 0.01 | |
| A:A:A | 1 | 0.005 | |
| G:G:C | 1 | 0.005 | |
| G:G:T | 1 | 0.005 | |
| G:C:C | 1 | 0.005 | |
| C:A:A | 1 | 0.005 | |
| C:G:G | 1 | 0.005 | |
| C:C:C | 1 | 0.005 | |
| C:C:T | 1 | 0.005 | |
| C:T:T | 1 | 0.005 | |
| 16:17:18 | C:T:T | 34 | 0.169 |
| C:A:T | 32 | 0.159 | |
| T:G:G | 20 | 0.1 | |
| T:C:C | 15 | 0.075 | |
| C:T:G | 14 | 0.07 | |
| C:C:T | 11 | 0.055 | |
| A:G:C | 9 | 0.045 | |
| T:T:C | 8 | 0.04 | |
| C:T:C | 7 | 0.035 | |
| T:A:G | 7 | 0.035 | |
| C:C:A | 5 | 0.025 | |
| C:A:G | 4 | 0.02 | |
| T:C:T | 4 | 0.02 | |
| T:G:A | 3 | 0.015 | |
| A:T:C | 2 | 0.01 | |
| G:G:G | 2 | 0.01 | |
| C:A:C | 2 | 0.01 | |
| C:C:G | 2 | 0.01 | |
| C:C:C | 2 | 0.01 | |
| T:A:C | 2 | 0.01 | |
| T:A:T | 2 | 0.01 | |
| T:G:T | 2 | 0.01 | |
| T:C:A | 2 | 0.01 | |
| A:A:C | 1 | 0.005 | |
| A:C:T | 1 | 0.005 | |
| A:T:A | 1 | 0.005 | |
| G:C:T | 1 | 0.005 | |
| G:T:C | 1 | 0.005 | |
| C:A:A | 1 | 0.005 | |
| C:T:A | 1 | 0.005 | |
| T:A:A | 1 | 0.005 | |
| T:T:A | 1 | 0.005 | |
| T:T:G | 1 | 0.005 | |
| 20:21:22 | A:C:A | 157 | 0.785 |
| G:C:A | 18 | 0.09 | |
| T:C:A | 6 | 0.03 | |
| C:C:C | 3 | 0.015 | |
| A:A:A | 2 | 0.01 | |
| G:A:C | 2 | 0.01 | |
| G:G:T | 2 | 0.01 | |
| G:T:C | 2 | 0.01 | |
| A:C:T | 1 | 0.005 | |
| G:A:G | 1 | 0.005 | |
| G:A:T | 1 | 0.005 | |
| C:A:A | 1 | 0.005 | |
| C:A:G | 1 | 0.005 | |
| C:C:A | 1 | 0.005 | |
| T:C:G | 1 | 0.005 | |
| T:T:C | 1 | 0.005 |