Rapid haplotype inference for nuclear families

Table 6 Example haplotype inference across a series of loci from real data

					Locus		p ₀	p ₁	c ₀	c ₁	c ₂	c ₃	c ₄	# Rec
					8	hap	〈a, a〉	〈a, c〉	〈a, a〉	〈a, c〉	〈a, c〉	〈a, c〉	〈a, a〉	0
						$\vec{v}$			〈-, 0〉	〈-, 1〉	〈-, 1〉	〈-, 1〉	〈-, 0〉
					12	hap	〈g, t〉	〈t, t〉	〈t, t〉	〈t, t〉	〈g, t〉	〈t, t〉	〈t, t〉	0
						$\vec{v}$			〈1, 0〉	〈1, 1〉	〈0, 1〉	〈1, 1〉	〈1, 0〉
14	hap	〈c, a〉	〈c, a〉	〈a, c〉	〈a, a〉	〈c, c〉	〈a, c〉	〈a, c〉	2	14	hap	〈c, a〉	〈a, c〉	〈a, c〉	〈a, a〉	〈c, c〉	〈a, c〉	〈c, a〉	3
	$\vec{v}$			〈1, 0〉	〈1, 1〉	〈0, 0〉	〈1, 0〉?	〈1, 0〉			$\vec{v}$			〈1, 1〉?	〈1, 0〉	〈0, 1〉	〈1, 1〉	〈0, 0〉?
16	hap	〈a, a〉	〈g, a〉	〈a, g〉	〈a, a〉	〈a, g〉	〈a, g〉	〈a, a〉	3	16	hap	〈a, a〉	〈a, g〉	〈a, g〉	〈a, a〉	〈a, g〉	〈a, g〉	〈a, a〉	3
	$\vec{v}$			〈1, 0〉	〈1, 1〉	〈0, 0〉	〈1, 0〉	〈1, 1〉			$\vec{v}$			〈1, 1〉	〈1, 0〉	〈0, 1〉	〈1, 1〉	〈0, 0〉
17	hap	〈t, c〉	〈c, c〉	〈c, c〉	〈c, c〉	〈t, c〉	〈c, c〉	〈t, c〉	4	17	hap	〈t, c〉	〈c, c〉	〈c, c〉	〈c, c〉	〈t, c〉	〈c, c〉	〈t, c〉	3
	$\vec{v}$			〈1, 0〉	〈1, 1〉	〈0, 0〉	〈1, 0〉	〈0, 1〉			$\vec{v}$			〈1, 1〉	〈1, 0〉	〈0, 1〉	〈1, 1〉	〈0, 0〉

An example from the real dataset described in Results. The loci are from chromosome 3 and we number them sequentially in the order they occur physically. For simplicity and conciseness, we omit uninformative loci and one non-recombinant fully informative locus between locus 8 and 12. Bold inheritance vector values indicate recombinations. Each state lists its total number of recombinations. Note that the state at locus 14 with minimum recombinations is ultimately not minimum-recombinant globally. See the Example subsection for a detailed description of this table.

ISSN: 1474-760X