Table 9 Consensus/Patser prediction in regions without binding sites reported in RegulonDB

ArcA (8)

aceB

+

i:-164;f:-144;sc:9.48

TTCATATTGTTATCAACAAG

fadB

-

-

-

fumA

-

-

-

fumC

+

i:-74;f:-54;sc:10.82

AATAATAAGTGAGCTAAAAG

glpA

-

i:-184;f:-164;sc:6.11

AAGAAAACATTCATAAATTA

hyaA

-

-

-

lpdA

+

i:-228;f:-208;sc:8.43

TAAAAATTGTTAACAATTTT

sucA

-

-

-

ArgR (13)

argD

-

i:-70;f:-50;sc:11.12

TAGTGATTTTTTATGCATAT

CRP (6)

cirA

+

i:-51;f:-31;sc:6.39

ATGTGAGCGATAACCCATTT

dsdA

-

-

-

ebgA

+

i:-91;f:-71;sc:7.53

TCGTGATCCAGTTAAAGTAA

flhD

+

i:-269;f:-249;sc:10.86

GTGTGATCTGCATCACGCAT

fucA

+

i:-399;f:-379;sc:10.18

ATATGACGGCGGTCACACTT

fucP

+

i:-205;f:-185;sc:9.74

AAGTGATGGTAGTCACATAA

glgC

-

i:-166;f:-146;sc:3.60

TCGCAATTAACGCCACGCTT

gntK

+

i:-169;f:-149;sc:11.49

ATTTGAAGTAGCTCACACTT

lpdA

-

i:-335;f:-315;sc:3.73

TGGTGATGTAAGTAAAAGAG

melA

-

i:-228;f:-208;sc:3.79

CTGCGAGTGGGAGCACGGTT

speC

-

i:-16;f:4;sc:5.55

GTTTGACCCATATCTCATGG

srlA

+

i:-91;f:-71;sc:8.89

TTGCGATCAAAATAACACTT

ubiG

-

i:-234;f:-214;sc:5.93

CAATGACCGACATCGCATAA

CysB (4)

cysP

+

i:-237;f:-217;sc:7.04

TTTATTTGTCATTTTGGCCC

CytR (1)

nupC

-

-

-

FNR (7)

aspA

-

i:-367;f:-347;sc:3.88

CATGGGCAACCTGAATAAAG

cyoA

-

i:-182;f:-162;sc:4.31

TTTGTTATAACGCCCTTTTG

icdA

-

i:-105;f:-85;sc:6.30

AATCATTAACAAAAAATTGC

sdhC

-

i:-4;f:16;sc:3.89

ATTCATGATAAGAAATGTGA

FruR (5)

aceB

+

i:-253;f:-233;sc:11.44

GATCGTTAAGCGATTCAGCA

fruB

+

i:-38;f:-18;sc:13.85

GAGGCTGAATCGTTTCAATT

ppsA

+

i:-105;f:-85;sc:6.29

TTTGCTTGAACGATTCACCG

IHF (7)

caiT

+

i:-83;f:-63;sc:8.41

AATAATAATTATATTAAATG

ecpD

+

i:-39;f:-19;sc:8.96

ATTATTCCCTGTTTTAATTA

himA

-

-

-

himD

-

i:-136;f:-116;sc:6.43

ATTCCGAAGTTTGTTGAGTT

hycA

-

i:-73;f:-53;sc:6.57

TAATAACAATAAATTAAAAG

hypA

-

i:-155;f:-135;sc:6.75

TTAATTTATTGTTATTAAAG

narK

-

i:-106;f:-86;sc:6.66

AAATATCAATGATAGATAAA

ompR

-

i:-135;f:-115;sc:6.39

TATACTTAAGCTGCTGTTTA

sucA

-

-

-

LexA (9)

umuD

+

i:-40;f:-20;sc:10.80

CTACTGTATATAAAAACAGT

Lrp (8)

livK

+

i:-235;f:-215;sc:8.35

TGCCGTTATTTTATGCTGAC

sdaA

-

i:-317;f:-297;sc:4.95

ATCACCCTTTAGATATCTAC

serA

-

i:-79;f:-59;sc:6.62

TGCCGCAATATTATTTTTTG

NarL (7)

adhE

-

i:-160;f:-140;sc:6.11

ATAACTCTAATGTTTAAACT

caiF

-

i:-163;f:-143;sc:5.62

CAAATAATAGCGTGTCATGG

torC

-

i:-20;f:0;sc:4.98

ATAATTCTACAGGGGTTATT

PurR (11)

codB

+

i:-84;f:-64;sc:13.10

CCACGAAAACGATTGCTTTT

prsA

+

i:-360;f:-340;sc:12.33

GCAAGAAAACGTTTTCGCGA

speA

-

i:-136;f:-116;sc:7.05

AAAAGAAACCGGTTGCGCAG